View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF0809_low_3 (Length: 832)
Name: NF0809_low_3
Description: NF0809
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF0809_low_3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 711; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 711; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 735
Target Start/End: Complemental strand, 4163950 - 4163228
Alignment:
| Q |
13 |
aatatatggattgcaaacagagatcaaccactcaaggattcaaatggaatagtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaatattgaacaaagaaaatg |
112 |
Q |
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| T |
4163950 |
aatatatggattgcaaacagagatcaaccactcaaggattcaaatggaatagtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaatattgaacaaagaaaatg |
4163851 |
T |
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| Q |
113 |
gtagcatcatttggtcaacaagcatttcaagtccaaattcaataaattccacagctcaacttgttgatgtaggaaacttgattctaagtgacatcaattc |
212 |
Q |
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|
| T |
4163850 |
gtagcatcatttggtcaacaagcatttcaagtccaaattcaataaattccacagctcaacttgttgatgtaggaaacttgattctaagtgacatcaattc |
4163751 |
T |
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| Q |
213 |
tggatcaacaatttgggatagtttcactcaccctgcggatgccgctgttccaacgatgagaattgcatctaataaagcaacggggaagaatatatctttt |
312 |
Q |
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| T |
4163750 |
tagatcaacaatttgggatagtttcactcaccctgcggatgccgctgttccaacgatgagaattgcatctaataaagcaacggggaagaatatatctttt |
4163651 |
T |
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| Q |
313 |
gtatcaagaaaaagtgaaaatgatccttcttcaggacattatataggaagtcttgaaagattggatgcaccagaagtttttatttggtatgataagagaa |
412 |
Q |
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| T |
4163650 |
gtatcaagaaaaagtgaaaatgatccttcttcaggacattatataggaagtcttgaaagattggatgcaccagaagtttttatttggtatgataagagaa |
4163551 |
T |
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| Q |
413 |
ttcattggagaactggtccatggaatggaacggtttttctcggatcaccgagaatgtcaaccgagtatttagccggttggcgttttgatcaagacaaaga |
512 |
Q |
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| T |
4163550 |
ttcattggagaactggtccatggaatggaacggtttttctcggatcaccgagaatgttaaccgagtatttagccggttggcgttttgatcaagacaaaga |
4163451 |
T |
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| Q |
513 |
tggaactacttatctaacttatgatttcgccgtcaaagctatgtttggaattctctcattgacatcaaatggaacacttaagttggttgagtttttgaat |
612 |
Q |
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| T |
4163450 |
tggaactacttatctaacttatgatttcgccgtcaaagctatgtttggaattctctcattgacaccaaatggaacacttaagttggttgagtttttgaat |
4163351 |
T |
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| Q |
613 |
aataaggaatttctatcacttacggttagtcaaaacgagtgtgatttttatggaaaatgtgggccatttggaaattgtgatatttctagtgtaccaaata |
712 |
Q |
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| T |
4163350 |
aataaggaatttctatcacttacggttagtcaaaacgagtgtgatttttatggaaaatgtgggccatttggaaattgtgatatttctagtgtaccaaata |
4163251 |
T |
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| Q |
713 |
tttgtagttgttttaaagggttt |
735 |
Q |
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| T |
4163250 |
tttgtagttgttttaaagggttt |
4163228 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 735
Target Start/End: Complemental strand, 4124241 - 4123528
Alignment:
| Q |
13 |
aatatatggattgcaaacagagatcaaccactcaaggattcaaatggaatagtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaatattgaacaaagaaaatg |
112 |
Q |
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| T |
4124241 |
aatatatggattgcaaacagagatcaaccactcaaagattcaaatggaatagtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatg |
4124142 |
T |
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| Q |
113 |
gtagcatcatttggtcaacaagcatttcaagtccaaattcaataaattccacagctcaacttgttgatgtaggaaacttgattctaagtgacatcaattc |
212 |
Q |
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| T |
4124141 |
gtgttattatatggtcaacaaacatttca--tc----ttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttc |
4124048 |
T |
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| Q |
213 |
tggatcaacaatttgggatagtttcactcaccctgcggatgccgctgttccaacgatgagaattgcatctaataaagcaacggggaagaatatatctttt |
312 |
Q |
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| T |
4124047 |
tggagcaacaatctgggatagtttcacacaccctgcagatgcagctgttccaacaatgagaattgcagctaaccaagtaacaggtaagaaaatatccttt |
4123948 |
T |
|
| Q |
313 |
gtatcaagaaaaagtgaaaatgatccttcttcaggacattatataggaagtcttgaaagattggatgcaccagaagtttttatttggtatgataagagaa |
412 |
Q |
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| T |
4123947 |
gtatcaagaaaaagtgataatgatccttcttcaggacattattcagctagtcttgaaagattggatgcaccagaagttttcatttggtatgataagaaaa |
4123848 |
T |
|
| Q |
413 |
ttcattggagaactggtccatggaatggaacggtttttctcggatcaccgagaatgtcaaccgagtatttagccggttggcgttttgatcaagacaaaga |
512 |
Q |
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| T |
4123847 |
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4123748 |
T |
|
| Q |
513 |
tggaactacttatctaacttatgatttcgccgtcaaagctatgtttggaattctctcattgacatcaaatggaacacttaagttggttgagtttttgaat |
612 |
Q |
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| T |
4123747 |
tggaactacttatattacttacaatttcgccgacaaaactatgtttggaattctgtcattgacaccacatggaacacttaagttggttgagtatatgaat |
4123648 |
T |
|
| Q |
613 |
aataaggaatttctatcacttacggttagtcaaaacgagtgtgatttttatggaaaatgtgggccatttggaaattgtgatatttctagtgtaccaaata |
712 |
Q |
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| T |
4123647 |
aaaaaggaacttcttagatttgaggttgatcaaaatgagtgtgatttttatggaaaatgtgggccatttggtaactgtgataattctgttgtgcca---a |
4123551 |
T |
|
| Q |
713 |
tttgtagttgttttaaagggttt |
735 |
Q |
| |
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|
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| T |
4123550 |
tttgtagttgttttgatgggttt |
4123528 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 735
Target Start/End: Complemental strand, 4134783 - 4134070
Alignment:
| Q |
16 |
atatggattgcaaacagagatcaaccactcaaggattcaaatggaatagtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaatattgaacaaagaaaatggta |
115 |
Q |
| |
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| T |
4134783 |
atatggattgcaaacagagatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggta |
4134684 |
T |
|
| Q |
116 |
gcatcatttggtcaacaagcatttcaagtccaaattcaataaattccacagctcaacttgttgatgtaggaaacttgattctaagtgacatcaattctgg |
215 |
Q |
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| T |
4134683 |
tcatcatttggtcaacaaacatttca--tc----ttcaacaaattcaacagctaaacttgatgatgcagggaacttgattctaagagacatcaattctgg |
4134590 |
T |
|
| Q |
216 |
atcaacaatttgggatagtttcactcaccctgcggatgccgctgttccaacgatgagaattgcatctaataaagcaacggggaagaatatatcttttgta |
315 |
Q |
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| T |
4134589 |
agcaacaatctgggatagtttcacacaccctgcagattcagctgttccatcgatgaaaattgcatctaataaagttacaggtaagcaaattgcttttgta |
4134490 |
T |
|
| Q |
316 |
tcaagaaaaagtgaaaatgatccttcttcaggacattatataggaagtcttgaaagattggatgcaccagaagtttttatttggtatgataagagaattc |
415 |
Q |
| |
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| T |
4134489 |
gcaagaaaaagtgacaatgatccttcttcgggacattttacaattagtgttgaaagattggatgtaccagaagttttcatttggaaagataaaaaaattt |
4134390 |
T |
|
| Q |
416 |
attggagaactggtccatggaatggaacggtttttctcggatcaccgagaatgtcaaccgagtatttagccggttggcgttttgatcaagacaaagatgg |
515 |
Q |
| |
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| T |
4134389 |
attggagaactggtccatggaatggaagggtttttctcggaacgccaagattgtcaaccgaatatctatttggttggcgtttaggtgtcgacgatgatgg |
4134290 |
T |
|
| Q |
516 |
aactacttatctaacttatgatttcgccgtcaaagctatgtttggaattctctcattgacatcaaatggaacacttaagttggttgagtttttgaataat |
615 |
Q |
| |
|
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|
| T |
4134289 |
aaccacttttataacttataatttcgccgacaaaactatgtttggaattctctcattgacaccacatgggacacttaagttgattgagtataagaataaa |
4134190 |
T |
|
| Q |
616 |
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715 |
Q |
| |
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| T |
4134189 |
aaggaacattttagacttgaggtggatcaaaatgagtgtgatttttatggaaaatgtgggccatttggaaattgtgataattctagtgtaccaaatattt |
4134090 |
T |
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| Q |
716 |
gtagttgttttaaagggttt |
735 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4134089 |
gtagttgttttaaagggttt |
4134070 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 735
Target Start/End: Complemental strand, 4153591 - 4152878
Alignment:
| Q |
13 |
aatatatggattgcaaacagagatcaaccactcaaggattcaaatggaatagtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaatattgaacaaagaaaatg |
112 |
Q |
| |
|
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|
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| T |
4153591 |
aatatatggattgcaaacagagatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaattttataatattgaacaaaccaaatg |
4153492 |
T |
|
| Q |
113 |
gtagcatcatttggtcaacaagcatttcaagtccaaattcaataaattccacagctcaacttgttgatgtaggaaacttgattctaagtgacatcaattc |
212 |
Q |
| |
|
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|
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| T |
4153491 |
gtgttattatatggtcaacaaacatttca--tc----ttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttc |
4153398 |
T |
|
| Q |
213 |
tggatcaacaatttgggatagtttcactcaccctgcggatgccgctgttccaacgatgagaattgcatctaataaagcaacggggaagaatatatctttt |
312 |
Q |
| |
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| T |
4153397 |
cggagcaacaatctgggatagtttcacacaccctgcagatgcagctgttccaacaatgagaattgcagctaaccaagtaacaggtaagaaaatatccttt |
4153298 |
T |
|
| Q |
313 |
gtatcaagaaaaagtgaaaatgatccttcttcaggacattatataggaagtcttgaaagattggatgcaccagaagtttttatttggtatgataagagaa |
412 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| | | |
|
|
| T |
4153297 |
gtatcaagaaaaagtgataatgatccttcttcaggacattattcagctagtcttgaaagattggatgcaccagaagttttcatttggaaagataaaaata |
4153198 |
T |
|
| Q |
413 |
ttcattggagaactggtccatggaatggaacggtttttctcggatcaccgagaatgtcaaccgagtatttagccggttggcgttttgatcaagacaaaga |
512 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
4153197 |
ttcattggagaacaggtccatggaatggaagggtttttctcggatcaccgagaatgttaaccgagtatttagccggttggcgttttgatcaagacactga |
4153098 |
T |
|
| Q |
513 |
tggaactacttatctaacttatgatttcgccgtcaaagctatgtttggaattctctcattgacatcaaatggaacacttaagttggttgagtttttgaat |
612 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
4153097 |
tggaactacttatattacttacaattttgctgataaaactatgttcggaattctctcattgacaccgcatggaacactcaagttgattgagtatatgaat |
4152998 |
T |
|
| Q |
613 |
aataaggaatttctatcacttacggttagtcaaaacgagtgtgatttttatggaaaatgtgggccatttggaaattgtgatatttctagtgtaccaaata |
712 |
Q |
| |
|
|| |||||| || | |||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||| ||| ||| | |
|
|
| T |
4152997 |
aaaaaggaactttttagacttgaggttgatcaaaatgagtgtgatttttatggaaaatgtgggccatttggtaactgtgataattctactgtgcca---a |
4152901 |
T |
|
| Q |
713 |
tttgtagttgttttaaagggttt |
735 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| | |||||| |
|
|
| T |
4152900 |
tttgtagttgttttgatgggttt |
4152878 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 16 - 735
Target Start/End: Complemental strand, 4145585 - 4144875
Alignment:
| Q |
16 |
atatggattgcaaacagagatcaaccactcaaggattcaaatggaatagtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaatattgaacaaagaaaatggta |
115 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | |
|
|
| T |
4145585 |
atatggattgcaaacagagatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaattttgaacaaaccaaatggca |
4145486 |
T |
|
| Q |
116 |
gcatcatttggtcaacaagcatttcaagtccaaattcaataaattccacagctcaacttgttgatgtaggaaacttgattctaagtgacatcaattctgg |
215 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
4145485 |
gcatcatttggtcaacaaacatttca--tc----ttcaacaaattcaacagctaaacttgatgatgcagggaacttgattctaagagacatcaattctgg |
4145392 |
T |
|
| Q |
216 |
atcaacaatttgggatagtttcactcaccctgcggatgccgctgttccaacgatgagaattgcatctaataaagcaacggggaagaatatatcttttgta |
315 |
Q |
| |
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| ||||||| |||||||||||||| |||||| | ||| | ||||||||| |||||| |||||||||||| |||| || || ||| | || |||||||| |
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|
| T |
4145391 |
agcaacaatctgggatagtttcacacacccttcagattcagctgttccatcgatgaaaattgcatctaacaaagttacaggtaagcaaattgcttttgta |
4145292 |
T |
|
| Q |
316 |
tcaagaaaaagtgaaaatgatccttcttcaggacattatataggaagtcttgaaagattggatgcaccagaagtttttatttggtatgataagagaattc |
415 |
Q |
| |
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| T |
4145291 |
gcaagaaaaagtgacaatgatccttcttcgggacattttacaattagtgttgaaagattggatgtaccagaagttttcatttggaaagataaaaaaattt |
4145192 |
T |
|
| Q |
416 |
attggagaactggtccatggaatggaacggtttttctcggatcaccgagaatgtcaaccgagtatttagccggttggcgttttgatcaagacaaagatgg |
515 |
Q |
| |
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| T |
4145191 |
attggagaactggtccatggaatggaagagtttttctcggaacgccaagattgtcaaccgaatatctatttggttggcgtttaggtgtcgacgatgatgg |
4145092 |
T |
|
| Q |
516 |
aactacttatctaacttatgatttcgccgtcaaagctatgtttggaattctctcattgacatcaaatggaacacttaagttggttgagtttttgaataat |
615 |
Q |
| |
|
||| |||| | |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||| |||||| | |||||| |
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|
| T |
4145091 |
aaccacttttataacttataatttcgccgacaaaactatgtttggaattctctcattgacaccacatgggacacttaagttgattgagtataagaataaa |
4144992 |
T |
|
| Q |
616 |
aaggaatttctatcacttacggttagtcaaaacgagtgtgatttttatggaaaatgtgggccatttggaaattgtgatatttctagtgtaccaaatattt |
715 |
Q |
| |
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|||||| || | |||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |
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|
| T |
4144991 |
aaggaactttttagacttgaggttgatcaaaatgagtgtgatttttatggaaaatgtgggccatttggaaattgtgataattctagtgtacca---attt |
4144895 |
T |
|
| Q |
716 |
gtagttgttttaaagggttt |
735 |
Q |
| |
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| T |
4144894 |
gtagttgttttgatgggttt |
4144875 |
T |
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