View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF0809_low_51 (Length: 456)
Name: NF0809_low_51
Description: NF0809
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF0809_low_51 |
 | |
|
| [»] scaffold0062 (3 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0443 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: scaffold0062 (Bit Score: 406; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: scaffold0062
Description:
Target: scaffold0062; HSP #1
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 48330 - 47889
Alignment:
| Q |
7 |
tagcgttccaaacaaaaataccagggagtgattcgcattcgaggagggatttgcaacccttaatgaagacatctcgtgtcatgttagtgttactatctgg |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48330 |
tagcgttccaaacaaaaataccagggagtgattcgctttcgaggagggatttgcaacccttaatgaagacatctcgtgtcatgttagtgttactatctgg |
48231 |
T |
|
| Q |
107 |
atcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaattcatccgcgctggacacagcctga |
206 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
48230 |
atcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaattcatccgcgctggacacagtctga |
48131 |
T |
|
| Q |
207 |
ttgtagaacttgtagtcaacccagttaattatctctttgttggcccaatacaattgatggtagtggggtttgagacgctctgttggagcaatggacacca |
306 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48130 |
ttgtagaacttgtagtcaacccagttaattatgtctttgttggcccaatacaatttatggtagtggggtttgagaagctctgttggagcaatggacacca |
48031 |
T |
|
| Q |
307 |
gttttatggatttgcaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatcctgattgcaattgctgtactcatagttaatatc |
406 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48030 |
gttttatggatttggaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatccggattgcaattgctgtactcatagttaatatc |
47931 |
T |
|
| Q |
407 |
aataccatcaattatgtcatcgcaatggcacccgtctgtgct |
448 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |
|
|
| T |
47930 |
aataccatcaattatgtcatcgcaatggcactcgtcggtgct |
47889 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0062; HSP #2
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 60869 - 60428
Alignment:
| Q |
7 |
tagcgttccaaacaaaaataccagggagtgattcgcattcgaggagggatttgcaacccttaatgaagacatctcgtgtcatgttagtgttactatctgg |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
60869 |
tagcgttccaaacaaaaataccagggagtgattcgctttcgaggagggatttgcaacccttaatgaagacatctcgtgtcatgttagtgttactatctgg |
60770 |
T |
|
| Q |
107 |
atcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaattcatccgcgctggacacagcctga |
206 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
60769 |
atcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaattcatccgcgctggacacagtctga |
60670 |
T |
|
| Q |
207 |
ttgtagaacttgtagtcaacccagttaattatctctttgttggcccaatacaattgatggtagtggggtttgagacgctctgttggagcaatggacacca |
306 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
60669 |
ttgtagaacttgtagtcaacccagttaattatgtctttgttggcccaatacaatttatggtagtggggtttgagaagctctgttggagcaatggacacca |
60570 |
T |
|
| Q |
307 |
gttttatggatttgcaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatcctgattgcaattgctgtactcatagttaatatc |
406 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
60569 |
gttttatggatttggaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatccggattgcaattgctgtactcatagttaatatc |
60470 |
T |
|
| Q |
407 |
aataccatcaattatgtcatcgcaatggcacccgtctgtgct |
448 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |
|
|
| T |
60469 |
aataccatcaattatgtcatcgcaatggcactcgtcggtgct |
60428 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0062; HSP #3
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 72988 - 72547
Alignment:
| Q |
7 |
tagcgttccaaacaaaaataccagggagtgattcgcattcgaggagggatttgcaacccttaatgaagacatctcgtgtcatgttagtgttactatctgg |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
72988 |
tagcgttccaaacaaaaataccagggagtgattcgctttcgaggagggatttgcaacccttaatgaagacatctcgtgtcatgttagtgttactatctgg |
72889 |
T |
|
| Q |
107 |
atcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaattcatccgcgctggacacagcctga |
206 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
72888 |
atcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaattcatccgcgctggacacagtctga |
72789 |
T |
|
| Q |
207 |
ttgtagaacttgtagtcaacccagttaattatctctttgttggcccaatacaattgatggtagtggggtttgagacgctctgttggagcaatggacacca |
306 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
72788 |
ttgtagaacttgtagtcaacccagttaattatgtctttgttggcccaatacaatttatggtagtggggtttgagaagctctgttggagcaatggacacca |
72689 |
T |
|
| Q |
307 |
gttttatggatttgcaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatcctgattgcaattgctgtactcatagttaatatc |
406 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
72688 |
gttttatggatttggaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatccggattgcaattgctgtactcatagttaatatc |
72589 |
T |
|
| Q |
407 |
aataccatcaattatgtcatcgcaatggcacccgtctgtgct |
448 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |
|
|
| T |
72588 |
aataccatcaattatgtcatcgcaatggcactcgtcggtgct |
72547 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 406; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 18691679 - 18691238
Alignment:
| Q |
7 |
tagcgttccaaacaaaaataccagggagtgattcgcattcgaggagggatttgcaacccttaatgaagacatctcgtgtcatgttagtgttactatctgg |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18691679 |
tagcgttccaaacaaaaataccagggagtgattcgctttcgaggagggatttgcaacccttaatgaagacatctcgtgtcatgttagtgttactatctgg |
18691580 |
T |
|
| Q |
107 |
atcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaattcatccgcgctggacacagcctga |
206 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
18691579 |
atcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaattcatccgcgctggacacagtctga |
18691480 |
T |
|
| Q |
207 |
ttgtagaacttgtagtcaacccagttaattatctctttgttggcccaatacaattgatggtagtggggtttgagacgctctgttggagcaatggacacca |
306 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18691479 |
ttgtagaacttgtagtcaacccagttaattatgtctttgttggcccaatacaatttatggtagtggggtttgagaagctctgttggagcaatggacacca |
18691380 |
T |
|
| Q |
307 |
gttttatggatttgcaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatcctgattgcaattgctgtactcatagttaatatc |
406 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18691379 |
gttttatggatttggaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatccggattgcaattgctgtactcatagttaatatc |
18691280 |
T |
|
| Q |
407 |
aataccatcaattatgtcatcgcaatggcacccgtctgtgct |
448 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |
|
|
| T |
18691279 |
aataccatcaattatgtcatcgcaatggcactcgtcggtgct |
18691238 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 406; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 15699418 - 15698977
Alignment:
| Q |
7 |
tagcgttccaaacaaaaataccagggagtgattcgcattcgaggagggatttgcaacccttaatgaagacatctcgtgtcatgttagtgttactatctgg |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15699418 |
tagcgttccaaacaaaaataccagggagtgattcgctttcgaggagggatttgcaacccttaatgaagacatctcgtgtcatgttagtgttactatctgg |
15699319 |
T |
|
| Q |
107 |
atcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaattcatccgcgctggacacagcctga |
206 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
15699318 |
atcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaattcatccgcgctggacacagtctga |
15699219 |
T |
|
| Q |
207 |
ttgtagaacttgtagtcaacccagttaattatctctttgttggcccaatacaattgatggtagtggggtttgagacgctctgttggagcaatggacacca |
306 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15699218 |
ttgtagaacttgtagtcaacccagttaattatgtctttgttggcccaatacaatttatggtagtggggtttgagaagctctgttggagcaatggacacca |
15699119 |
T |
|
| Q |
307 |
gttttatggatttgcaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatcctgattgcaattgctgtactcatagttaatatc |
406 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15699118 |
gttttatggatttggaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatccggattgcaattgctgtactcatagttaatatc |
15699019 |
T |
|
| Q |
407 |
aataccatcaattatgtcatcgcaatggcacccgtctgtgct |
448 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |
|
|
| T |
15699018 |
aataccatcaattatgtcatcgcaatggcactcgtcggtgct |
15698977 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 15711957 - 15711516
Alignment:
| Q |
7 |
tagcgttccaaacaaaaataccagggagtgattcgcattcgaggagggatttgcaacccttaatgaagacatctcgtgtcatgttagtgttactatctgg |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15711957 |
tagcgttccaaacaaaaataccagggagtgattcgctttcgaggagggatttgcaacccttaatgaagacatctcgtgtcatgttagtgttactatctgg |
15711858 |
T |
|
| Q |
107 |
atcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaattcatccgcgctggacacagcctga |
206 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
15711857 |
atcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaattcatccgcgctggacacagtctga |
15711758 |
T |
|
| Q |
207 |
ttgtagaacttgtagtcaacccagttaattatctctttgttggcccaatacaattgatggtagtggggtttgagacgctctgttggagcaatggacacca |
306 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15711757 |
ttgtagaacttgtagtcaacccagttaattatgtctttgttggcccaatacaatttatggtagtggggtttgagaagctctgttggagcaatggacacca |
15711658 |
T |
|
| Q |
307 |
gttttatggatttgcaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatcctgattgcaattgctgtactcatagttaatatc |
406 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15711657 |
gttttatggatttggaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatccggattgcaattgctgtactcatagttaatatc |
15711558 |
T |
|
| Q |
407 |
aataccatcaattatgtcatcgcaatggcacccgtctgtgct |
448 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |
|
|
| T |
15711557 |
aataccatcaattatgtcatcgcaatggcactcgtcggtgct |
15711516 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 15724435 - 15723994
Alignment:
| Q |
7 |
tagcgttccaaacaaaaataccagggagtgattcgcattcgaggagggatttgcaacccttaatgaagacatctcgtgtcatgttagtgttactatctgg |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15724435 |
tagcgttccaaacaaaaataccagggagtgattcgctttcgaggagggatttgcaacccttaatgaagacatctcgtgtcatgttagtgttactatctgg |
15724336 |
T |
|
| Q |
107 |
atcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaattcatccgcgctggacacagcctga |
206 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
15724335 |
atcagtgctgactcctggcaagagtttaacatcagtaccgtattcattaagcaacttattatagagatttaccaattcatccgcgctggacacagtctga |
15724236 |
T |
|
| Q |
207 |
ttgtagaacttgtagtcaacccagttaattatctctttgttggcccaatacaattgatggtagtggggtttgagacgctctgttggagcaatggacacca |
306 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15724235 |
ttgtagaacttgtagtcaacccagttaattatgtctttgttggcccaatacaatttatggtagtggggtttgagaagctctgttggagcaatggacacca |
15724136 |
T |
|
| Q |
307 |
gttttatggatttgcaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatcctgattgcaattgctgtactcatagttaatatc |
406 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15724135 |
gttttatggatttggaactcttcttgagttttcttatgagttctcctatgcaggaagaaaactcatccggattgcaattgctgtactcatagttaatatc |
15724036 |
T |
|
| Q |
407 |
aataccatcaattatgtcatcgcaatggcacccgtctgtgct |
448 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |
|
|
| T |
15724035 |
aataccatcaattatgtcatcgcaatggcactcgtcggtgct |
15723994 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0443 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0443
Description:
Target: scaffold0443; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 390 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 8933 - 8901
Alignment:
| Q |
390 |
tactcatagttaatatcaataccatcaattatg |
422 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8933 |
tactcatagttaatatcaataccatcaattatg |
8901 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University
This website was viewed 5095 times since January 2019
Visitors: 5754