View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0811_low_2 (Length: 750)

Name: NF0811_low_2
Description: NF0811
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0811_low_2
NF0811_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-740)||(46873662-46874401)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 704; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 704; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 740
Target Start/End: Original strand, 46873662 - 46874401
Alignment:
Q  1 ctatcttatcaggaagagttactgaggtaaattctccaaaatgttttccctttttatgtgatttgtggttgcttgaaatcacagacgtggcactagacat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  46873662 ctatcttatcaggaagagttactgaggtaaattctccaaaatgttttccctttttatgtgatttgtggttgcttgaaatcacagacgcggcactagacat 46873761  T
Q  101 gacactatgcattgaatccaataatagtttgataaaatggactaattgaatgtatgtgttggtaacgtgtgtgtgtcttgcattagtcgcgcatcggaca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46873762 gacactatgcattgaatccaataatagtttgataaaatggactaattgaatgtatgtgttggtaatgtgtgtgtgtcttgcattagtcgcgcatcggaca 46873861  T
Q  201 taccttcgatctgaagtgtccatgatacgtatgttaatgttgactaactttatgttgttttgttgctgtttaatagtggaatggtggacaagttagctat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46873862 taccttcgatctgaagtgtccatgatacatatgctaatgttgactaactttatgttgttttgttgctgtttaatagtggaatggtggacaagttagctat 46873961  T
Q  301 gtgattcggaaggccaatacttcatggatacaaccaaaatggggtgcctcagtagtgcaattagaccctaatacttgggttcttgagtatcaaaggagct 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46873962 gtgattcggaaggccaatacttcatggatacaaccaaaatggggtgcctcggtagtgcaattagaccctaatacttgggttcttgagtatcaaaggagct 46874061  T
Q  401 ctatgattgatggtaaaggattgttttctacagcattggagtttatcaagtataggatttcaaggattgtcagcaagatgaagaaagatttctggcagtt 500  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46874062 ctatgattgattgtaaaggattgttttctacagcattggagtttatcaagtataggatttcaaggattgtcagcaagatgaagaaagatttctggcagtt 46874161  T
Q  501 tgtggcatttgaagataatcatcaatacaattggttcacaacaacaaactatgggtctaagaccccaacttgaagtcaatagtagattgtggagttaaat 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46874162 tgtggcatttgaagataatcatcaatacaattggttcacaacaacaaactatgggtctaagaccccaacttgaagtcaatagtagattgtggagttaaat 46874261  T
Q  601 tattctcaatcagcgcaaagccctcatttcttgtgaggagctccaacttttttacttgtaaaggttcttttatatctttgattttatctgtcaattctta 700  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46874262 tattctcaatcagtgcaaagccctcatttcttgtgaggagttccaacttttttacttgtaaaggttcttttatatctttgattttatctgtcaattctta 46874361  T
Q  701 atcaacaatagattttgaacctcttttgtcatcccctttg 740  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  46874362 atcaacaatagattttgaacctcttttgtcatcccttttg 46874401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 4975 times since January 2019
Visitors: 5753