View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0813_low_1 (Length: 821)

Name: NF0813_low_1
Description: NF0813
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0813_low_1
NF0813_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (30-809)||(38124273-38125041)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 714; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 714; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 809
Target Start/End: Original strand, 38124273 - 38125041
Alignment:
Q  30 cataactagctcggttgataccgaatccaacgatgaagctttggcttctccagcaagaaaaccagcggtggattttcctacaaggttgatgaatgatgca 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38124273 cataactagctcggttgataccgaatccaacgatgaagctttggcttctccagcaagaaaaccagcggtggattttcctacaaggttgatgaatgatgca 38124372  T
Q  130 acattgagaagggctagaagaggagcttctgattctaacattgggaatttgaacggtgattcgttgaaaccgatgatgaagaggactaattcgattacgg 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38124373 acattgagaagggctagaagaggagcttctgattctaacattgggaatttgaacggtgattctttgaaaccgatgatgaagaggactaattcgattacgg 38124472  T
Q  230 ggtacaagagttcgacatcacaatgggctttgtcaccagggaggtcagagttttcgagccccacgaaggcaaaacgagttgaaaaactactcaattttgg 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38124473 ggtacaagagttcgacatcacaatgggctttgtcaccagggaggtcagagttttcgagccccacgaaggcaaaacgagttgaaaaactactcaattttgg 38124572  T
Q  330 ttttgatttcttcaagagtaaaaaatctgttggccttaattcaccgtcgaatggttttggaaataatgaagacgttcataagcttcgtttgcttgataac 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38124573 ttttgatttcttcaagagtaaaaaatctgttggccttaattcaccgtcgaatggttttggaaacaatgaagacgttcataagcttcgtttgcttgataac 38124672  T
Q  430 cgtttgattcagtggcgatatgcaaacgctagagcacaaattgtgaatgcaaacatttctcgccacaccaaggtacacttgtttgtctcacatatttaat 529  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38124673 cgtttgattcagtggcgatatgcaaacgctagagcacaaattgtgaatgcaaacatttctcgccacaccgaggtacacttgtttgtctcacatatttaat 38124772  T
Q  530 aaacttttatcgaataagcatttctgtaagttgtttacataagttgtccggaacacttgttgaaataaacggaaactaggttactaagatgtcatggcat 629  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  38124773 gaacttttatcgaataagcatttctgtaagttgtttgcataagttgtccggaacacttgttgaaataaactgaaactaggttactaagatgtcatgtcat 38124872  T
Q  630 taactatttttataaccttgttaaaacaaagtttatgctataagacaagataagtggtaaataagctaattctaaatgcattatgtctcctttctttatg 729  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            
T  38124873 taactatttttataaccttgttaaaacaaagtttatgctataagacaagataagtggtaaataagctaattctaaatgcattatgtctcctt-------- 38124964  T
Q  730 tgatctttatagctaatgagaaattgaattaacattatcttggtttatgaatgtttttagagcaatttgatatgtgtctg 809  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38124965 ---tctttatagctaatgagaaattgaattaacattatcttggtttatgaatgtttttagagcaatttgatatgtgtctg 38125041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 4562 times since January 2019
Visitors: 5751