View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0814-Insertion-2 (Length: 1059)

Name: NF0814-Insertion-2
Description: NF0814
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0814-Insertion-2
NF0814-Insertion-2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (5-953)||(46078149-46079094)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 838; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 838; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 953
Target Start/End: Original strand, 46078149 - 46079094
Alignment:
Q  5 acattatcaaagttgaaaagcaactaggtcaagttgctacattaatttaatttccaaatataagttaacatactttggatatgacacaatcaagcacacc 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46078149 acattatcaaagttgaaaagcaactaggtcaagttgctacattaatttaatttccaaatataagttaacatactttggatatgacacaatcaagcacacc 46078248  T
Q  105 tttttcttcaaaactccaaaaccaaaatcaaattttgattgtctctgccccccaacattgatggtcaaatcttccaccagacccaccaacaaataatggt 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  46078249 tttttcttcaaaactccaaaaccaaaatcaaattttgattgtctctgccccccaacattgatggtcaaatcttccactagacccaccaacaaataatggt 46078348  T
Q  205 acaaacatgattgaagcaaagtgaccaatcttataatggagataaaa-tgaggatggaactgtgtatgtcctaattgtgacactgcctcaatcaagaaac 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  46078349 acaaacatgattgaagcaaagtgaccaatcttataatggagataaaaatgaggatggaactgtgtatgtcctaattgtgacactgtctcaatcaagaaac 46078448  T
Q  304 tatagtgttgttgtaactaaggtccaaccttgttgagtatgtctatttgatgggatttttctcataaggaaatgcttatcaattactcttaccagctatt 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46078449 tatagtgttgttgtaactaaggtccaaccttgttgagtatgtctatttgatgggatttttctcataaggaaatgcttatcaattactcttaccagctatt 46078548  T
Q  404 tgcatgacatagtgacaactactacgccatcatgttaattagttgcctctactaatggaactgataaatgtcatctctctgtccctcttctcttactcaa 503  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  46078549 tgcatgacatagtcacaactactacgccatcatgttaattagttgcctctactaatggaactgataaatgtcatctctctgtccctcttctcttacccaa 46078648  T
Q  504 tattccttgtcctatatgatctgatgtgggatattatgtagtttggaatttaggaaattttatcatttgagtcaattgttggcaacgnnnnnnngattgg 603  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||    
T  46078649 tattccttgtcctatatgatctgatgtgggatattatgtagtttggaatttaggaaattttatcatttgagtcaattgttggcaacgaaaaaaagattgg 46078748  T
Q  604 taaccatgttagtagtttgaagtatccatcggttttattgatgattaatctctccgcaaaatttagctgtcaccttttagtgaagtctcccctttcaatc 703  Q
    |||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46078749 taaccatgttagtagtttgaagtatcc-------ttattgatgattaatctctccgcaaaatttagctgtcaccttttagtgaagtctcccctttcaatc 46078841  T
Q  704 gcaaatttttcagtttacatttcttgaatcgaaaatcttacttaattaggggtttaaatttagttctattcagacaactgcaatgttgacagttggcaat 803  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46078842 gcaaatttttcagtttacatttttcgaataaaaaatcttacttaattagggatttaaatttagttctattcagacaactgcaatgttgacagttggcaat 46078941  T
Q  804 gaaaatatgattaagatattagtacatttttctggtgagggagttgacacttaccaagtttgagatgccaaaccatatctgatcttatgtgctagt-aaa 902  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  46078942 gaaaatatgattaagatattagtacatttttctggtgagggagttgacacttaccaagtttgagatgccaaaccatatctgatcttatgtgctagtaaaa 46079041  T
Q  903 acatgattgaaatgataaaggaga-tgacacattaa-tttagactagtaggca 953  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  46079042 acatgattgaaatgataaaggagattgacacattaattttagactagtaggca 46079094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University