View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0816_low_3 (Length: 775)

Name: NF0816_low_3
Description: NF0816
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0816_low_3
NF0816_low_3
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (10-433)||(54967088-54967509)
chr3 (144-433)||(54979854-54980141)
chr3 (131-433)||(44782523-44782823)
chr3 (491-743)||(54980199-54980451)
chr3 (491-746)||(54967567-54967822)
chr3 (491-746)||(44782879-44783134)
chr3 (132-431)||(39298706-39299001)
chr3 (491-746)||(39298382-39298644)
chr3 (132-355)||(18556305-18556523)
chr3 (132-428)||(17645700-17645981)
chr3 (534-729)||(17645401-17645604)
chr3 (223-290)||(50603254-50603320)
chr3 (132-200)||(50603333-50603403)
chr3 (66-119)||(14048528-14048581)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (132-433)||(41481516-41481815)
chr8 (131-433)||(36167515-36167814)
chr8 (491-746)||(36167205-36167459)
chr8 (491-744)||(41481208-41481460)
chr8 (137-433)||(18951129-18951419)
chr8 (498-746)||(18951484-18951734)
chr8 (510-745)||(18965841-18966078)
chr8 (133-178)||(18116885-18116930)
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (132-433)||(9757212-9757512)
chr4 (149-433)||(42682854-42683130)
chr4 (157-427)||(37286908-37287174)
chr4 (491-653)||(37287240-37287402)
chr4 (491-724)||(42683188-42683427)
chr4 (499-627)||(9757567-9757695)
chr4 (647-737)||(3346345-3346435)
chr4 (516-649)||(3346410-3346541)
chr4 (647-738)||(37287373-37287464)
chr4 (648-737)||(38394082-38394171)
[»] scaffold0479 (2 HSPs)
scaffold0479 (129-433)||(2637-2939)
scaffold0479 (491-746)||(2325-2580)
[»] chr7 (22 HSPs)
chr7 (129-433)||(25857128-25857427)
chr7 (132-433)||(4835575-4835872)
chr7 (132-433)||(4842648-4842947)
chr7 (132-433)||(24379279-24379577)
chr7 (491-746)||(4843006-4843261)
chr7 (491-746)||(25857485-25857745)
chr7 (132-431)||(27340935-27341226)
chr7 (223-431)||(13465048-13465251)
chr7 (132-431)||(17845753-17846051)
chr7 (491-746)||(24379627-24379876)
chr7 (491-738)||(17845466-17845716)
chr7 (491-735)||(4603262-4603520)
chr7 (620-746)||(4836030-4836156)
chr7 (252-427)||(4603584-4603755)
chr7 (491-746)||(27341286-27341547)
chr7 (503-737)||(13465994-13466232)
chr7 (491-686)||(38994396-38994598)
chr7 (491-601)||(4835931-4836041)
chr7 (333-431)||(38994237-38994336)
chr7 (132-309)||(38994060-38994236)
chr7 (647-747)||(38994605-38994706)
chr7 (132-182)||(24380113-24380163)
[»] scaffold0003 (2 HSPs)
scaffold0003 (132-433)||(342217-342514)
scaffold0003 (491-746)||(342572-342832)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (132-353)||(22981494-22981710)
chr6 (132-353)||(23806698-23806914)
chr6 (132-184)||(31151926-31151978)
chr6 (223-290)||(31152009-31152076)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (146-431)||(37037834-37038112)
chr2 (491-653)||(37037612-37037774)
chr2 (647-733)||(37037555-37037641)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (132-350)||(22763814-22764029)
chr5 (221-431)||(16698399-16698603)
chr5 (491-706)||(16698118-16698339)
chr5 (132-401)||(33807965-33808213)
chr5 (132-401)||(33811619-33811867)
chr5 (132-401)||(33816537-33816785)
chr5 (676-746)||(22764053-22764123)
chr5 (132-193)||(16698609-16698670)
[»] scaffold0045 (2 HSPs)
scaffold0045 (223-421)||(26579-26771)
scaffold0045 (531-738)||(26798-27012)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (185-419)||(27642033-27642261)
chr1 (647-738)||(27641341-27641432)
chr1 (491-536)||(27641915-27641960)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 401; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 433
Target Start/End: Original strand, 54967088 - 54967509
Alignment:
Q  10 gcataggtgataggagttccctcagccaaaacagaccaatgagcagaaattagagattcacaactgtcataagtggtccaggatttataaaatttaaatc 109  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54967088 gcataggtgataggtgttccctcagccaaaacagaccaatgagcagaaattagagattcacaactgtcataagtggtccaggatttataaaatttaaatc 54967187  T
Q  110 taggaataattacctcaaatcatgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgta 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54967188 taggaataattacctcaaatcatgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtcaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgta 54967287  T
Q  210 atgacacagagagaattttagcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgata 309  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54967288 atgacacaaagagaattttagcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgata 54967387  T
Q  310 acatgggaatacaacaacttcacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctca 409  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54967388 --atgggaatacaacaacttcacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctca 54967485  T
Q  410 caagaaaactctctatgaggatga 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  54967486 caagaaaactctctatgaggatga 54967509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 144 - 433
Target Start/End: Original strand, 54979854 - 54980141
Alignment:
Q  144 cctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagcgtggaaaacctt 243  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  54979854 cctgcataatttccctcctccgtcaactcaaaataagcactagcggaaacgtgaaataaaagtgtaatgacacaaagagaattttagcatggaaaacctt 54979953  T
Q  244 ctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttcacccttaggtgga 343  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54979954 ctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgata--atgggaatacaacaacttcacccttaggtgga 54980051  T
Q  344 tctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgaggatga 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54980052 tctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcgctatttctctcacaagaaaactctctatgaggatga 54980141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 131 - 433
Target Start/End: Original strand, 44782523 - 44782823
Alignment:
Q  131 atgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttag 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||    
T  44782523 atgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaatagacactagcggaaacgtgaaatataaacgtaatgacacaaagagaattttag 44782622  T
Q  231 cgtggaaaaccttctcaatatgagaaaggg-aaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaactt 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  44782623 cgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaaccacgggacccttggacctctt-aaaacttccactataatgata--atgggaatacaacaactt 44782719  T
Q  330 cacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagg 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44782720 cacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgcaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagg 44782819  T
Q  430 atga 433  Q
    ||||    
T  44782820 atga 44782823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 491 - 743
Target Start/End: Original strand, 54980199 - 54980451
Alignment:
Q  491 gtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaa 590  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54980199 gtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgccttacatgcatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaa 54980298  T
Q  591 caccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtctctcatgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatctt 690  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  54980299 caccaagtgtcccttgcaatgcatgcaccacaccaagtgtctctcatgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcct 54980398  T
Q  691 gctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatg 743  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54980399 gctacttgtcatcacatgcaaccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatg 54980451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 491 - 746
Target Start/End: Original strand, 54967567 - 54967822
Alignment:
Q  491 gtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaa 590  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54967567 gtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgccttacatgcatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaa 54967666  T
Q  591 caccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtctctcatgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatctt 690  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  54967667 caccaagtgtcccttgcaatgcatgcaccacaccaagtgtctctcatgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcct 54967766  T
Q  691 gctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgtgg 746  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54967767 gctacttatcatcacatgcaaccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgtgg 54967822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 491 - 746
Target Start/End: Original strand, 44782879 - 44783134
Alignment:
Q  491 gtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaa 590  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  44782879 gtgtgttttgaatgcttgctcatggtcctatttataggagaagcaagccaaagttgccttacatgcatgaagacatttgtcatttgccttttatgcaaaa 44782978  T
Q  591 caccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtctctcatgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatctt 690  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44782979 caccaagtgtcccttgcaatgcatgcaccacaccaaatgtctctcatgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatctt 44783078  T
Q  691 gctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgtgg 746  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44783079 gctacttgtcaccacatgcaaccttccatcttgtcaaatgtatgttgaacatgtgg 44783134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 132 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 39299001 - 39298706
Alignment:
Q  132 tgttgggaaatgcctgc-ataatttccctcctccgtgaactcaaaatag-gcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaatttta 229  Q
    |||||||||||| || | |||||||||||||| | |||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||| ||| ||||||||||  ||| |||||||    
T  39299001 tgttgggaaatgacttccataatttccctccttcatgaacttaaaatagcgcattagcagaaacgtgaaatataagtgtaatgacacgaagataatttta 39298902  T
Q  230 gcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaactt 329  Q
    | ||| |||||||||||||| |||  |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||    
T  39298901 gtgtgaaaaaccttctcaatgtgatgaagg-aaaaatcacgggacccttgtgcctcttaaa--cttccactataatgataaa--gggaatacaacaactt 39298807  T
Q  330 cacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagg 429  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||||    
T  39298806 cacccttaggtggatctaactacaatatatctctcaatttgtaagg-acactctcacaaattggctcactatttctctcacaaaggaactctccatgagg 39298708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 491 - 746
Target Start/End: Complemental strand, 39298644 - 39298382
Alignment:
Q  491 gtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaa 590  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39298644 gtgtgttgtgaatgcttactcatggttctatttataggagaagcaagccaaagttcatttacatgcatgaagacacttgtcatttgcttttcatgcaaaa 39298545  T
Q  591 caccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtctct-------catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccat 683  Q
    |||||| |||||||| |||  |||||| ||||||| ||||||||       ||||||| ||| ||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  39298544 caccaagtgtcccttgcaaaacatgcatcacaccatgtgtctcttgcaatgcatgcatcacaacatatgttactcgtacactacactatgtgtacaccat 39298445  T
Q  684 gcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgtgg 746  Q
    ||| |||  ||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||  |||||||| |||||||    
T  39298444 gcaccttaatacttatcatcacatgcaatcttccattttgtcaaacctatgttggccatgtgg 39298382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 132 - 355
Target Start/End: Original strand, 18556305 - 18556523
Alignment:
Q  132 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagc 231  Q
    ||||||||||  ||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| || ||| ||||||||||||| ||||||||||||||  | | |||||||||    
T  18556305 tgttgggaaacacctacataatttgcctcctccatgaactcaaaataggtaccagcagaaacgtgaaatataagcgtaatgacac--ataaaattttagc 18556402  T
Q  232 gtggaaaaccttctcaatatgagaaagg-gaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttc 330  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||| | |||||||  |||||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||||    
T  18556403 gtggaaaaccttctcaatctgagaaaggcaaaaaaccacgggaccctcgagcctctt--aaacttccactataatgaca--atgagaatacaacaacttc 18556498  T
Q  331 acccttaggtggatctcactacaat 355  Q
    |||||||||||||||||| ||||||    
T  18556499 acccttaggtggatctcattacaat 18556523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 132 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 17645981 - 17645700
Alignment:
Q  132 tgttgggaaatg-cctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttag 230  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  | ||| | || || ||| ||||| ||||| |    |||||||    
T  17645981 tgttgggaaatgacctccataatttccctcatccgtgaactcaaaatagacactagtaggaacataaattataagtgtaatcacacaaa----attttag 17645886  T
Q  231 cgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttc 330  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||   |||||||||||||| |||| || |||||||  ||||||||||||||||||  ||  |||||||||||       
T  17645885 cgtggaaaaccttctcaatataaaaaa---aaaaaccacgggactcttgagcgtcttaaa--cttccactataatgataa--tgacaatacaacaac--- 17645796  T
Q  331 acccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgag 428  Q
      || |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||    
T  17645795 --ccctaggtggatctcactacaacgtatctctcaatttgtaaggaacactcttacaaattggctcactatttatctcacaaggaaactctttatgag 17645700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 534 - 729
Target Start/End: Complemental strand, 17645604 - 17645401
Alignment:
Q  534 caagccaaagtt-gtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtct 632  Q
    |||||||||||| | ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||    
T  17645604 caagccaaagtttgccttacatgcatgaacacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaagtgtcccttccaatgaatgcaccgcaccatgtgtct 17645505  T
Q  633 ct-------catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtc 725  Q
    ||       ||||||  ||| ||| ||||||||||||||||||| |  | |||||||| || | |||||||||| |||||||||| ||||| |  |||||    
T  17645504 cttgcaatgcatgcaccacaacatatgttactcatacactacacaaactatacaccatacaccctgctacttgtgatcacatgcaaccttcgagtttgtc 17645405  T
Q  726 aaat 729  Q
    ||||    
T  17645404 aaat 17645401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 223 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 50603320 - 50603254
Alignment:
Q  223 aattttagcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaa 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| || | ||||||||||| |||| | |||||||||||    
T  50603320 aattttagcgtggaaaaccttctcaatgtgagtaa-gaaaaaaccacggaacccgtaggcctcttaaa 50603254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 132 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 50603403 - 50603333
Alignment:
Q  132 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcac--tagcggaaacgtgaaat 200  Q
    |||||||||||||| | | |||||| |||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||||| ||||    
T  50603403 tgttgggaaatgccagtacaatttctctcctccgtgaactcaaaatagacactttagcgaaaacgtaaaat 50603333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 66 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 14048581 - 14048528
Alignment:
Q  66 ttcacaactgtcataagtggtccaggatttataaaatttaaatctaggaataat 119  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||| | || |||||||||||| ||||    
T  14048581 ttcacaactatcaaaagtggtccaggatttaaagaacttaaatctaggagtaat 14048528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 260; Significance: 1e-144; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 132 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 41481815 - 41481516
Alignment:
Q  132 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagc 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||    
T  41481815 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaatagacactagcggaaacgtgaaatataaacgtaatgacacaaagagaattttagc 41481716  T
Q  232 gtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaa-ccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttc 330  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  41481715 gtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaa-cttccactataatgataa--tgggaatacaacaacttc 41481619  T
Q  331 acccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagga 430  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41481618 acccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagga 41481519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 131 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 36167814 - 36167515
Alignment:
Q  131 atgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttag 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||    
T  36167814 atgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaatataaacgtaatgacacaaagagaattttag 36167715  T
Q  231 cgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaa-ccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaactt 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  36167714 cgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaaccacgg-acccttgggcctctt-aaaacttccactataatgata--atgggaatacaacaactt 36167619  T
Q  330 cacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagg 429  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36167618 cacccttaggtggatctcactataatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagg 36167519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 200; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 491 - 746
Target Start/End: Complemental strand, 36167459 - 36167205
Alignment:
Q  491 gtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaa 590  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||| |||||||||||||     
T  36167459 gtgtgttgtgaatgcttgctcatggtcctatttataggagaagcaagccaaagttgccttacatgcatgaagacatttgttattttcctttcatgcaaa- 36167361  T
Q  591 caccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtctctcatgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatctt 690  Q
    |||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36167360 caccaagtgtcccttgcattgcatgcaccacaccaagtgtctctcatgcattacaacatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatctt 36167261  T
Q  691 gctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgtgg 746  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36167260 gctacttgtcatcacatgcaaccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgtgg 36167205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 491 - 744
Target Start/End: Complemental strand, 41481460 - 41481208
Alignment:
Q  491 gtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaa 590  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||| |||||||||||||     
T  41481460 gtgtgttatgaatgcttgctcatggtcctatttataggagaagcaagccaaagttgccttacatgcatgaagacatttgtaatttacctttcatgcaaa- 41481362  T
Q  591 caccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtctctcatgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatctt 690  Q
    |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41481361 caccaagtgtccattgcaatgcatgcaccacaccaagtgtctctcatgcattacaacatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatctt 41481262  T
Q  691 gctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgt 744  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41481261 gctacttgtcatcacatgcaaccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgt 41481208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 137 - 433
Target Start/End: Original strand, 18951129 - 18951419
Alignment:
Q  137 ggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagcgtgga 236  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    |||||||| ||||    
T  18951129 ggaaatgcctgcataatttgcctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacatgaaatataagcgtaatgacacaga----attttagcatgga 18951224  T
Q  237 aaaccttctcaatatgagaaagggaaaaa-ccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttcaccct 335  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  18951225 aaaccttctcaatgtgagaaagggaaaaaaccacgagacctttgggcttcttaaaa-cttccactataatgataa--tgggaatacaacaacttcaccct 18951321  T
Q  336 taggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgaggatga 433  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  18951322 taggttgatctcactataatttatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcattatttccctcaagagaaaactctctacgaggatga 18951419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 498 - 746
Target Start/End: Original strand, 18951484 - 18951734
Alignment:
Q  498 gtgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaa 597  Q
    ||||||||||| | |||||| |||||||||||| | |||||||||| || ||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||     
T  18951484 gtgaatgcttgcttatggtcttatttataggagaaacaagccaaagctgccttacatgcatgagaacacttgtcattttcctttcatgcaaatcaccaat 18951583  T
Q  598 tgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtctct--catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctac 695  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||  ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18951584 tgtcccttgcaatgcatgcaccacaccaagtgtcccttacatgcaccacaacatgtgtcactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctac 18951683  T
Q  696 ttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgtgg 746  Q
    || |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  18951684 ttttcatcacatgcaaccttccattttgtcaaatgtatgttggtcatgtgg 18951734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 510 - 745
Target Start/End: Complemental strand, 18966078 - 18965841
Alignment:
Q  510 tcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaa 609  Q
    |||||||| |||||||||||| || ||||||||| || ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||| |||    
T  18966078 tcatggtcttatttataggagaaggaagccaaagctgccttacatgcatgaagacatttgtcattttcctttcatgcaaatcaccaactgtcccttgcaa 18965979  T
Q  610 tgcatgcaccacaccaagtgtctct--catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacat 707  Q
    |||||||||||||||||||||| ||  ||||||  | | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18965978 tgcatgcaccacaccaagtgtcccttgcatgcaccaaaacatgtgtcactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacat 18965879  T
Q  708 gcagccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgtg 745  Q
     |  | |||||| |||||||||  ||||||| ||||||    
T  18965878 actacgttccattttgtcaaatacatgttggccatgtg 18965841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 133 - 178
Target Start/End: Original strand, 18116885 - 18116930
Alignment:
Q  133 gttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaata 178  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||| ||||||    
T  18116885 gttgggaaatgcctgcataatttacctcgtctgtgaacttaaaata 18116930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 132 - 433
Target Start/End: Original strand, 9757212 - 9757512
Alignment:
Q  132 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagc 231  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9757212 tgttggtaaatgcctgcataatttccttcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaatataagcgtaatgacacaaagagaattttagc 9757311  T
Q  232 gtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctctt-aaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttc 330  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  9757312 gtggaaaaccttctcaatgtgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaaacttccactataatgata--atgggaatacaacaacttc 9757409  T
Q  331 acccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagga 430  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  9757410 acccttaggtggatctcactataatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcaaaagaaaactctctatgaaga 9757509  T
Q  431 tga 433  Q
    |||    
T  9757510 tga 9757512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 5e-95
Query Start/End: Original strand, 149 - 433
Target Start/End: Original strand, 42682854 - 42683130
Alignment:
Q  149 ataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagcgtggaaaaccttctcaa 248  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| || |||||||||||| |    |||| ||||||||||||||||||||    
T  42682854 ataatttccttcccccgtgaactcaaaatagacactagcgaaaacgtaaaatataaacgtaatgacacata----atttcagcgtggaaaaccttctcaa 42682949  T
Q  249 tatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttcacccttaggtggatctca 348  Q
    | ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  42682950 tgtgagaaagg-aaaaatcacgggacccttggacctcttaaaa-cttccactataatgataa--tgggaatacaacaacttcacccttaggtgcatctca 42683045  T
Q  349 ctacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgaggatga 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  42683046 ctacaatatatctctcaatttgtaaggaacactcttacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctttgtgaggatga 42683130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 157 - 427
Target Start/End: Original strand, 37286908 - 37287174
Alignment:
Q  157 cctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagcgtggaaaaccttctcaatatgagaa 256  Q
    |||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| || |||||||||| | ||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||    
T  37286908 cctcctccgtgagctcaaaataaacactagcggaaacgtgaaatataaacgtaatgacagaaagaaaattttagcatggaaaaccttctcaatgtga-aa 37287006  T
Q  257 agggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaac-ttcacccttaggtggatctcactacaat 355  Q
    | ||||||| ||||||||||||  || ||||  |||||||||||||||| |||  ||  |||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||    
T  37287007 aaggaaaaatcacgggacccttaagcatctt--aaacttccactataataata--ataagaatacaacaactttcacccttagatggagctcactacaat 37287102  T
Q  356 atatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatga 427  Q
    |||||||||||||||||||||||| |  ||||||| |||||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||    
T  37287103 atatctctcaatttgtaaggaacattaacacaaatcggctcactgtttctctcagaaggaaattctctatga 37287174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 491 - 653
Target Start/End: Original strand, 37287240 - 37287402
Alignment:
Q  491 gtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaa 590  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37287240 gtgtgttgtgaatgcttactcatggtcctatttataggagaagcaagccaaagttgtcttacatgcatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaa 37287339  T
Q  591 caccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtctctcatgcattacaccatgtgt 653  Q
    ||| || ||||||||  ||||||||||||||| || ||||  ||||| || ||||||||||||    
T  37287340 cactaagtgtcccttgaaatgcatgcaccacaacatgtgttactcatacactacaccatgtgt 37287402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 491 - 724
Target Start/End: Original strand, 42683188 - 42683427
Alignment:
Q  491 gtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaa 590  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  42683188 gtgtgttgtgaatgcttgctcatggtcctatttataggagaagcaagtcaaagttgtcttacatgcatgaagacacttgtcatttgtctttcatacaaaa 42683287  T
Q  591 caccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtctct-------catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccat 683  Q
    ||| || ||| |||| ||||||||||| ||||||| | ||||||        |||||  |   ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  42683288 cacgaagtgt-ccttgcaatgcatgcaacacaccacgcgtctcttgtaatgtatgcaccatgacatgtgttactcatatactacatcatgtgtacaccat 42683386  T
Q  684 gcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgt 724  Q
    ||| |||| ||||||||||||||| || |||| ||| ||||    
T  42683387 gcaccttgttacttgtcatcacatacaacctttcattttgt 42683427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 499 - 627
Target Start/End: Original strand, 9757567 - 9757695
Alignment:
Q  499 tgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaat 598  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| || |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  9757567 tgaatgcttgctcatggtcctatttataagagaagccagccaaagttgcctcacatgcatgaagacatttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaagt 9757666  T
Q  599 gtcccttccaatgcatgcaccacaccaag 627  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9757667 gtcccttgcaatgcatgcaccacaccaag 9757695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 647 - 737
Target Start/End: Complemental strand, 3346435 - 3346345
Alignment:
Q  647 catgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttg 737  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  3346435 catgtgtcactcatacactacaccatatgtacatcatgcaccttgctatttgtcatcacaagcaaccttccattttgtcaaatgtatgttg 3346345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 516 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 3346541 - 3346410
Alignment:
Q  516 tcctatttataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaatgcatg 615  Q
    ||||||||||||||| || |||  ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||| |||||||| ||||  |||    
T  3346541 tcctatttataggagaagtaagttaaagttgtcttacatgcataaagacacttgtcatttgactttcatgtaaaacatcaagtgtcccttgcaat--atg 3346444  T
Q  616 caccacaccaagtgtctctcatgcattacaccat 649  Q
    ||||||| || ||||| ||||| || ||||||||    
T  3346443 caccacaacatgtgtcactcatacactacaccat 3346410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 647 - 738
Target Start/End: Original strand, 37287373 - 37287464
Alignment:
Q  647 catgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttgg 738  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | |  | |||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||    
T  37287373 catgtgttactcatacactacaccatgtgtacactatgcaccttaccatatctcatcacatgcaaccttctattttatcaaatgtatgttgg 37287464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 648 - 737
Target Start/End: Original strand, 38394082 - 38394171
Alignment:
Q  648 atgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttg 737  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||| | ||||  |||||||||||||||||||||| | ||| || || ||||||||||||||    
T  38394082 atgtgttactcatacaccacactatgtgtacatcgtgcacgttgctacttgtcatcacatgcaacattctattttatcaaatgtatgttg 38394171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0479 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 2)
Name: scaffold0479
Description:

Target: scaffold0479; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 129 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 2939 - 2637
Alignment:
Q  129 tcatgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaatttt 228  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  2939 tcatgttgggaaatgcatgcataatttcccttctccgtgaactcaaaatagacactagcggaaacgtgaaatataagcgtaatgacacaaagagaatttt 2840  T
Q  229 agcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaa-ccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaac 327  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  2839 agcgtggaaaaccttctcaatgtgagaaagggaaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaa-cttccactataatgataa--tgggaatacaacaac 2743  T
Q  328 ttcacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatga 427  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2742 ttcacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacgctctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatga 2643  T
Q  428 ggatga 433  Q
    ||||||    
T  2642 ggatga 2637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0479; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 491 - 746
Target Start/End: Complemental strand, 2580 - 2325
Alignment:
Q  491 gtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaa 590  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2580 gtgtgttttgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgccttacatgcatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaga 2481  T
Q  591 caccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtctctcatgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatctt 690  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2480 caccaagtgtcccttgcaatgcatgcaccacaccaagtgtctctcatgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatctt 2381  T
Q  691 gctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgtgg 746  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2380 gctacttgtcatcacatgaaaccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgtgg 2325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 22)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 129 - 433
Target Start/End: Original strand, 25857128 - 25857427
Alignment:
Q  129 tcatgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaatttt 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||    
T  25857128 tcatgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaacttaaaataggcactagcggaaacgtgaaatataagcgtaatgacacagaga--atttt 25857225  T
Q  229 agcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaact 328  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  25857226 agcgtggaaaaccttctcaatgtgagaaaaggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaa-cttccactataatgataa--tgggaatacaacaact 25857322  T
Q  329 tcacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgag 428  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25857323 tcacctttaggtggatctcactacaatatatctcttaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgag 25857422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 132 - 433
Target Start/End: Original strand, 4835575 - 4835872
Alignment:
Q  132 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagc 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||  ||||||||    
T  4835575 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccatgaactcaaaataggcactagtggaaacgtgaaatataaacgtaatgacacagaga--attttagc 4835672  T
Q  232 gtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaa-ccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttc 330  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||    
T  4835673 gtggaaaaccttctcaatgtgagaaagggaaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaa-cttccactataatgataa--tgggaatgcaacaacttc 4835769  T
Q  331 acccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagga 430  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4835770 acccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagga 4835869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 132 - 433
Target Start/End: Original strand, 4842648 - 4842947
Alignment:
Q  132 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagc 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  4842648 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaatataagtgtaatgacacaaagagaattttagc 4842747  T
Q  232 gtggaaaaccttctcaatatgagaaaggg-aaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttc 330  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||    
T  4842748 gtggaaaaccttctcaatgtgagaaagggaaaaaaccacaggacccttgggcctctt-aaaacttccactataatgata--ataggaatacaacaacttc 4842844  T
Q  331 acccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagga 430  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4842845 acccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttttaaggaacactctcacaaattggctcaatatttctctcacaagaaaactctttatgagga 4842944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 132 - 433
Target Start/End: Original strand, 24379279 - 24379577
Alignment:
Q  132 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagc 231  Q
    |||||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||| ||||| ||||||| |    
T  24379279 tgttggaaaatgtctacataatttctctcctccgtgaacttaaaataggcactagtggaaacgtaaaatataaacgtaatgacatagagataattttaac 24379378  T
Q  232 gtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttca 331  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||    
T  24379379 gtggaaaaccttctcaatgtgagaaagggaaaaaccacgggatctttgggcctcttaaaa-cttccactataatgataata--ggaatacaacaacttca 24379475  T
Q  332 cccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgaggat 431  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24379476 cccttaggtggatctccctacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcataaattggctcactatttctttcacaagaaaactctctatgaggat 24379575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 491 - 746
Target Start/End: Original strand, 4843006 - 4843261
Alignment:
Q  491 gtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaa 590  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4843006 gtgtgttttgaatgcttgttcatggtcctatttataggagaagcaagtcaaagttgccttacatgcatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaa 4843105  T
Q  591 caccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtctctcatgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatctt 690  Q
    |||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  4843106 caccaagtgtcccttgctatgcatgcaccacaccaagtgtctctcatgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacacaatgcacctt 4843205  T
Q  691 gctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgtgg 746  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  4843206 gctacttctcatcacatgcaaccttccatcttgccaaatgtatgttggccatgtgg 4843261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 491 - 746
Target Start/End: Original strand, 25857485 - 25857745
Alignment:
Q  491 gtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaa 590  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  25857485 gtgtgttgtgaatgcttgctcatggtcctatttataggagaagcaagccaaagttgccttacatgcatgaagacatttgtcatttgcctttcatgcaaa- 25857583  T
Q  591 caccaaatgtcccttccaatgcatgcac----cacaccaagtgtctct--catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatg 684  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||    |||||||| |||| ||  ||||||  ||| ||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25857584 caccaagtgtcccttgcaatgcatgcacgcaccacaccaaatgtcccttgcatgcaccacaacacatgtcactcatacactacaccatgtgtacaccatg 25857683  T
Q  685 catcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgtgg 746  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25857684 catcttgctacttgtcatcacatgcaaccttccattttgtcaaatgtatgttggacatgtgg 25857745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 132 - 431
Target Start/End: Original strand, 27340935 - 27341226
Alignment:
Q  132 tgttgggaaatg-cctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttag 230  Q
    |||||||||||  ||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||  |||||||    
T  27340935 tgttgggaaataacctccataatttccctcttttgtgaactcaaaataggcactagcggaaacatgaaatataagcgtaatgacacagaga--attttag 27341032  T
Q  231 cgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttc 330  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||  |||| |||| ||||||||  ||| ||||||| ||||||    
T  27341033 cgtggaaaaccttctcaatgtaagaaagg-aaaaaccacgggacccttgtacctcttaaa--cttctactacaatgataa--tggaaatacaataacttc 27341127  T
Q  331 acccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagga 430  Q
     |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  27341128 tc--ttagatggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaggttggctcactatttctctcacaaagaaactctatatgagga 27341225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 223 - 431
Target Start/End: Original strand, 13465048 - 13465251
Alignment:
Q  223 aattttagcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaataca 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  13465048 aattttagcgtggaaaaccttctcaatgtgagaaagggaaaaaccacaggacccttgggcctcttaaaa-catccactataatgataa--tgggaataca 13465144  T
Q  323 acaacttcacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctc 422  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||||||  ||    
T  13465145 acaagttcaccctcaggtggatctcactacaatgtatctctcaatttgtaaggaacactcttacaaattggttcactatt--tctcacaagaaaacattc 13465242  T
Q  423 tatgaggat 431  Q
    |||||||||    
T  13465243 tatgaggat 13465251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 132 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 17846051 - 17845753
Alignment:
Q  132 tgttgggaaatgcctgc-ataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttag 230  Q
    |||||||||||| || | ||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| |||  |||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||    
T  17846051 tgttgggaaatgacttccataattttcctcctccgtgaacttaaaattggcattaggagaaatgtgaaatataagcgtaaagacaca-agagaattttag 17845953  T
Q  231 cgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttc 330  Q
     ||||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||| ||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||    
T  17845952 agtggaaaaccttcccaatgtgaggaagg-aaaaaccacaggacctttggacctcttaaa--cttccactataatgataa--tggaaatacaacaacttc 17845858  T
Q  331 acccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctca----caaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatg 426  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| |||     
T  17845857 acccttaggtgaatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcataattaaattgactcaatatttctctcacaaggaaactctttatt 17845758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 491 - 746
Target Start/End: Original strand, 24379627 - 24379876
Alignment:
Q  491 gtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaa 590  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  | || |||||||||||| ||||||| ||||||||||       ||||||||| ||||||||    
T  24379627 gtgtgttgtgaatgcttgctcatggtcctatttatagccgaaggaagccaaagttgccttacatgcatgaagaca-------tttgccttt-atgcaaaa 24379718  T
Q  591 caccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtctct--catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatc 688  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||  ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24379719 caccaagtgtcccttgcaatgcatgcaccacacaaagtgtctcttgcatgcaccacaacatatgtcactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatc 24379818  T
Q  689 ttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgtgg 746  Q
    ||||| ||||| |||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  24379819 ttgctgcttgttatcagatgcaaccttccattttgtcaaatgtatgttggccatgtgg 24379876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 125; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 491 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 17845716 - 17845466
Alignment:
Q  491 gtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaa 590  Q
    ||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||  ||||||  |||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17845716 gtgtgttatgaatgcttgtccatggtcctatttataggacaagcaagttaaagatgccttacatacatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaa 17845617  T
Q  591 caccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtctct---catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcat 687  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||    | ||| |||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||     
T  17845616 caccaaatgtcccttgcaatgcatgcaccacaccacatgtctcttgcaaagcactacaacatgtgttactcatacaccataccatgtgtacaccatgcac 17845517  T
Q  688 cttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttgg 738  Q
    |||  |||||||| ||||||||| ||||| || || |||||| ||||||||    
T  17845516 cttattacttgtcttcacatgcaaccttctattttatcaaatatatgttgg 17845466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 491 - 735
Target Start/End: Complemental strand, 4603520 - 4603262
Alignment:
Q  491 gtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaa 590  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  4603520 gtgtgttgtgaatgcttgttcatgatcctatttataggagaagcaaaccaaagtttccttacatgcacgaagacatttgtcatttgcctttcatgcacaa 4603421  T
Q  591 caccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtctct--catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtg------------t 676  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||  ||||||  |   ||||||| |||||||||||||||||||||            |    
T  4603420 caccaagtgtcccttgcaatgcatgcacaacaccaagtgtcccttgcatgcaccaacacatgtgtcactcatacactacaccatgtgttactgatacact 4603321  T
Q  677 acaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgt 735  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  4603320 acaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcaaccttccattttgtcaaatgtatgt 4603262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 620 - 746
Target Start/End: Original strand, 4836030 - 4836156
Alignment:
Q  620 acaccaagtgtctctcatgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccat 719  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4836030 acaccaagtgtctctcatgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcaccttgctacttgtcatcacatgcaaccttccat 4836129  T
Q  720 cttgtcaaatgtatgttggacatgtgg 746  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||    
T  4836130 cttgtcaaatgtatgttggccatgtgg 4836156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 252 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 4603755 - 4603584
Alignment:
Q  252 gagaaagggaaaaa-ccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttcacccttaggtggatctcact 350  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4603755 gagaaagggaaaaaaccacgggacctttgggcctcttaaac-cttccactataatgataa--tggaaatacaacaactttacccttaggtggatctcact 4603659  T
Q  351 acaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatga 427  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4603658 acaatatatctttcaatttgtaaggaaca--cttacaaattggctctctatttctctcacaagaaaactctttatga 4603584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 491 - 746
Target Start/End: Original strand, 27341286 - 27341547
Alignment:
Q  491 gtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaa 590  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  27341286 gtgtgttgtgaatgcttgcccatggtcccatttataggagaagcaagtcaaagttgccttacatgcatgaagacacttgccattttcctttcaagcaaaa 27341385  T
Q  591 caccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtctct-------catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccat 683  Q
    |||||| || |||||  |||||||||||||||||| ||||||||       ||||||  ||| |||| || ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27341386 caccaagtgccccttgtaatgcatgcaccacaccatgtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatg-gtaactcatatactacaccatgtgtacaccat 27341484  T
Q  684 gcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgtgg 746  Q
    ||  |||||||||||||||| | |||| | |||| | |||||||||| || |||| |||||||    
T  27341485 gccccttgctacttgtcatctcgtgcaactttcccttttgtcaaatgcatattggccatgtgg 27341547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 503 - 737
Target Start/End: Original strand, 13465994 - 13466232
Alignment:
Q  503 tgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcc 602  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | |||||    
T  13465994 tgcttgctcatggtcctatttataggagaaacaagccaaagttatcttacatgcatgaagacacttgtcatttgtctttcatgcaaaacacttagtgtcc 13466093  T
Q  603 cttccaatgcatgcaccacaccaagtgtctct-------catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctac 695  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||       | | ||  ||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| || ||   |||    
T  13466094 cttgcaatgcatgcaccacaccatgtgtcacttgcaatgcgtacaccacaacatgtgttactcatacattacaccatatgtacaccatacacct---tac 13466190  T
Q  696 ttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttg 737  Q
    | || |||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||    
T  13466191 tagttatcacatgcaaccttctattttgtcaaatatatgttg 13466232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 491 - 686
Target Start/End: Original strand, 38994396 - 38994598
Alignment:
Q  491 gtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaa 590  Q
    ||||||||||| | |||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  38994396 gtgtgttgtgattacttgctcatggtcatatttataggagaagcaagccaaagttgtcttacgtgcatgaagaaacttgtcatttgcatttcatgcaaaa 38994495  T
Q  591 caccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtctct-------catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccat 683  Q
    || ||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||| |        |||||  ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  38994496 catcaagtgtcccatgcaatgcatgcaccacaccatgtgtcttttgtaatatatgcaccacaacatgtgttactcatacactacatcatgtgtacactat 38994595  T
Q  684 gca 686  Q
    |||    
T  38994596 gca 38994598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 491 - 601
Target Start/End: Original strand, 4835931 - 4836041
Alignment:
Q  491 gtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaa 590  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4835931 gtgtgttgtgaatgcttgctcatggtcctatttataggagaagcaagccaaagttgccttacatgcatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaa 4836030  T
Q  591 caccaaatgtc 601  Q
    |||||| ||||    
T  4836031 caccaagtgtc 4836041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 333 - 431
Target Start/End: Original strand, 38994237 - 38994336
Alignment:
Q  333 ccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaa-gaaaactctctatgaggat 431  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38994237 ccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactatcacaaattggctcattatttctctcacaaggaaaactctctatgaggat 38994336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 132 - 309
Target Start/End: Original strand, 38994060 - 38994236
Alignment:
Q  132 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagc 231  Q
    ||||||||||| | |||||||||||  || ||| |||||| ||||||| |||   ||||||| ||||||| ||  ||||||||||| ||||||||||| |    
T  38994060 tgttgggaaatacatgcataatttctatcatccatgaacttaaaatagacaccgacggaaacatgaaatataaatgtaatgacacaaagagaattttaac 38994159  T
Q  232 gtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgata 309  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||| || ||||||||||    
T  38994160 gtggaaaaccttctcaatgcgagaaagggaaaaaccacgggaccctcgagcctctt-aaaactttcattataatgata 38994236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 647 - 747
Target Start/End: Original strand, 38994605 - 38994706
Alignment:
Q  647 catgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttcca-tcttgtcaaatgtatgttggacatgtg 745  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||| | ||||||    
T  38994605 catgtgttactcatacactacttcatgtgtacttcatgcaccttgctacttgtcatcacatgcaacattccatttttgtcaaatgtatgttcgtcatgtg 38994704  T
Q  746 gt 747  Q
    ||    
T  38994705 gt 38994706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 132 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 24380163 - 24380113
Alignment:
Q  132 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggca 182  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24380163 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctctgtgaactcaaaataggca 24380113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 132 - 433
Target Start/End: Original strand, 342217 - 342514
Alignment:
Q  132 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagc 231  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||  ||||||||    
T  342217 tgttggaaaatgcctgcataattttcctcctccgtgaactcaaaataggcactagcagaaacgtgaaatataagcgtaatgacacaaaga--attttagc 342314  T
Q  232 gtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaa-aaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttc 330  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||    
T  342315 gtgaaaaaccttctcaatatgagaaatggaagaaaccacgggatccttgggcctcttaaaa-cttccactataatgataa--tgggaatacaacaatttc 342411  T
Q  331 acccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagga 430  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  342412 acccttaggtgtatctgactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgagga 342511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 491 - 746
Target Start/End: Original strand, 342572 - 342832
Alignment:
Q  491 gtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaa 590  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  342572 gtgtgttgtgaatgcttgctcatggtcctatttataggagaagcaagccaaagttgacttacatgcatgaagacatttgtcatttgcctttcatgcaaa- 342670  T
Q  591 caccaaatgtcccttccaatgcatgcac----cacaccaagtgtctct--catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatg 684  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||    |||||||| |||| ||  ||||||  ||| ||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  342671 caccaagtgtcccttgcaatgcatgcacgcaccacaccaaatgtcccttgcatgcaccacaacaaatgtcactcatacactacaccatgtgtacaccatg 342770  T
Q  685 catcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgtgg 746  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  342771 catcttgctacttgtcatcacatgcaaccttccattttgtcaaatgtatgttggacatgtgg 342832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 164; Significance: 3e-87; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 132 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 22981710 - 22981494
Alignment:
Q  132 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagc 231  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||  ||||||||||||    
T  22981710 tgttgggaaatgactgcataatttcccccctccgtgaactcaaaacaggcactagcggaaacgtgaaaaataagcgtaatgacaca--gagaattttagc 22981613  T
Q  232 gtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttca 331  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  22981612 gtggaaaaccttctcaatgtgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctctt-aaaacttccactataatgata--atgggaatacaacaacttca 22981516  T
Q  332 cccttaggtggatctcactaca 353  Q
    ||||||||||||| ||||||||    
T  22981515 cccttaggtggatttcactaca 22981494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 132 - 353
Target Start/End: Original strand, 23806698 - 23806914
Alignment:
Q  132 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagc 231  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  |||||||||||||    
T  23806698 tgttgggaaatgactgcataatttcccccctccgtgaactcaaaacaggcactagcggaaacgtgaaaaataagcgtaatgacac--agagaattttagc 23806795  T
Q  232 gtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttca 331  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  23806796 gtggaaaaccttctcaatgtgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctctt-aaaacttccactataatgata--atgggaatacaacaacttca 23806892  T
Q  332 cccttaggtggatctcactaca 353  Q
    ||||||||||||| ||||||||    
T  23806893 cccttaggtggatttcactaca 23806914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 132 - 184
Target Start/End: Original strand, 31151926 - 31151978
Alignment:
Q  132 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcact 184  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  31151926 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctctctgaactcaaaataggcact 31151978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 223 - 290
Target Start/End: Original strand, 31152009 - 31152076
Alignment:
Q  223 aattttagcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaa 290  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| |||| |||  ||||||||||||| || | |||||||||||    
T  31152009 aattttaatgtggaaaaccttctcaatgtgagtaagaaaaaaaccacgggatccgtaggcctcttaaa 31152076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 153; Significance: 1e-80; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 146 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 37038112 - 37037834
Alignment:
Q  146 tgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagcgtggaaaaccttct 245  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    |||||| |||||| |||   |||||||| ||||||||||||    
T  37038112 tgcataatttctctcctccgtgaactcaaaataggcactagcgaaaacctgaaatctttgcgtaaagacacatagat--ttttagcgaggaaaaccttct 37038015  T
Q  246 caatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttcacccttaggtggatc 345  Q
    |||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||| |||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37038014 caatgtgagaaagg-agaaaccacgggacccttgggcctcttaaa--ctttcactataacgataa--tgagaatacaacaacttcactcttaggtggatc 37037920  T
Q  346 tcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgaggat 431  Q
    ||| |||||| |  |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37037919 tcattacaatctgactctcaatttataagaaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactctctatgaggat 37037834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 491 - 653
Target Start/End: Complemental strand, 37037774 - 37037612
Alignment:
Q  491 gtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaa 590  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  37037774 gtgtgttgtgaatgcttgctcatggtcctatttataggagaagcaagacaaagttgtcttacatgcatgaaaacacttgtcatttgtctttcatgcaaaa 37037675  T
Q  591 caccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtctctcatgcattacaccatgtgt 653  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||  ||||| || ||||||||||||    
T  37037674 caccaagtgtcccttccaatgcatgcaccacaacatgtgttgctcatacactacaccatgtgt 37037612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 647 - 733
Target Start/End: Complemental strand, 37037641 - 37037555
Alignment:
Q  647 catgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtat 733  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||    
T  37037641 catgtgttgctcatacactacaccatgtgtacaccatgcaccttactacttgtcatcacatgcaacctttcattttgtcaaatgtat 37037555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 124; Significance: 2e-63; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 132 - 350
Target Start/End: Original strand, 22763814 - 22764029
Alignment:
Q  132 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagc 231  Q
    |||||||||||| | ||||||||| | ||||| | ||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  22763814 tgttgggaaatgtcagcataattttcttcctcggagaatttaaaataggcactagcagaaacgtgaaatataagcgtaatgatacaaagagaattttagc 22763913  T
Q  232 gtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttca 331  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||   |||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  22763914 atggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggaccattgggcctctt-aaaacttatgctataatgata--atgggaatacaacaacttca 22764010  T
Q  332 cccttaggtggatctcact 350  Q
    | |||||||| ||||||||    
T  22764011 ctcttaggtgaatctcact 22764029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 221 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 16698603 - 16698399
Alignment:
Q  221 agaattttagcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaata 320  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  16698603 agaattttagtgtggaaatccttctcaatgtgagaaagggaaaaattatgggacccttggacctcttaaaa-cttccactataatgataa--tgggaata 16698507  T
Q  321 caacaacttcacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactc 420  Q
    ||||   |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || ||||||||| |||||||||||||    
T  16698506 caac---ttcacccttatgtggatctcactacaatgtatctctcaatttgtaagaaacactctcacgaattgggtccctatttctcccacaagaaaactc 16698410  T
Q  421 tctatgaggat 431  Q
    |||||||||||    
T  16698409 tctatgaggat 16698399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 491 - 706
Target Start/End: Complemental strand, 16698339 - 16698118
Alignment:
Q  491 gtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaa 590  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |||| |||||||    
T  16698339 gtgtattgtgaatgcttgatcatgatcctatttacaggagaagcaagcaaaagttgccttacatgcatgaagacacttgtcatttggttttcgtgcaaaa 16698240  T
Q  591 caccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgtctct-------catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccat 683  Q
    || ||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||       ||||||  ||| |||||||   |||||||||||||||| |||||| |||    
T  16698239 catcaagtgtcccttgcaatgcatgcaccacaccatgtgtctcttgcaatgcatgcaccacaacatgtgtctgtcatacactacaccatatgtacatcat 16698140  T
Q  684 gcatcttgctacttgtcatcaca 706  Q
    ||| |||||||| ||||||||||    
T  16698139 gcaccttgctac-tgtcatcaca 16698118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 132 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 33808213 - 33807965
Alignment:
Q  132 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcac--tagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaatttta 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |           ||||||||| | | |||||||    
T  33808213 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactttagcggaaacgtaa-----------aatgacaca-acaaaatttta 33808126  T
Q  230 gcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaactt 329  Q
    |||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| | ||||||||  |||  ||||||||||| |||  |||||||||||| | |||    
T  33808125 gcgtggaaaaccttctcaatgtgagtaa-ggaaaaaccacgggacccgtaggcctctt--aaatctccactataataata--atgggaatacaa-atctt 33808032  T
Q  330 cacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactat 401  Q
    |||||| ||||||| || ||     ||| | ||||||||||||   |  |||||||||||||||||||||||    
T  33808031 caccctcaggtggacctaac-----tatgtatctcaatttgtagatacaactctcacaaattggctcactat 33807965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 132 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 33811867 - 33811619
Alignment:
Q  132 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcac--tagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaatttta 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |           ||||||||| | | |||||||    
T  33811867 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactttagcggaaacgtaa-----------aatgacaca-acaaaatttta 33811780  T
Q  230 gcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaactt 329  Q
    |||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| | ||||||||  |||  ||||||||||| |||  |||||||||||| | |||    
T  33811779 gcgtggaaaaccttctcaatgtgagtaa-ggaaaaaccacgggacccgtaggcctctt--aaatctccactataataata--atgggaatacaa-atctt 33811686  T
Q  330 cacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactat 401  Q
    |||||| ||||||| || ||     ||| | ||||||||||||   |  |||||||||||||||||||||||    
T  33811685 caccctcaggtggacctaac-----tatgtatctcaatttgtagatacaactctcacaaattggctcactat 33811619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 132 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 33816785 - 33816537
Alignment:
Q  132 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcac--tagcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaatttta 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |           ||||||||| | | |||||||    
T  33816785 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactttagcggaaacgtaa-----------aatgacaca-acaaaatttta 33816698  T
Q  230 gcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaactt 329  Q
    |||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| | ||||||||  |||  ||||||||||| |||  |||||||||||| | |||    
T  33816697 gcgtggaaaaccttctcaatgtgagtaa-ggaaaaaccacgggacccgtaggcctctt--aaatctccactataataata--atgggaatacaa-atctt 33816604  T
Q  330 cacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactat 401  Q
    |||||| ||||||| || ||     ||| | ||||||||||||   |  |||||||||||||||||||||||    
T  33816603 caccctcaggtggacctaac-----tatgtatctcaatttgtagatacaactctcacaaattggctcactat 33816537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 676 - 746
Target Start/End: Complemental strand, 22764123 - 22764053
Alignment:
Q  676 tacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttggacatgtgg 746  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22764123 tacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcaaccttccattttgtcaaatgtatgttggacatgtgg 22764053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 132 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 16698670 - 16698609
Alignment:
Q  132 tgttgggaaatgcctgcataatttccctcctccgtgaactcaaaataggcactagcggaaac 193  Q
    |||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16698670 tgttgggaaatatatgcataatttccatcctccgtgaactcagaataggcactagcggaaac 16698609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0045 (Bit Score: 117; Significance: 3e-59; HSPs: 2)
Name: scaffold0045
Description:

Target: scaffold0045; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 223 - 421
Target Start/End: Original strand, 26579 - 26771
Alignment:
Q  223 aattttagcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcctcttaaaaacttccactataatgataacatgggaataca 322  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| |||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||  | |||||||    
T  26579 aattttagggtggaaaaccttttcaatgtgagtaagg-aaaaactacgggacccttgggcctcttaaa--cttccactctaatgataac--gagaataca 26673  T
Q  323 acaacttcacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactatttctctcacaagaaaactct 421  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  26674 actactccacccttaggtggatctcactacaatttatctctcaatttgtaaggaacactctcacaaattggctcactattt-tctcacaaaaaaactct 26771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0045; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 531 - 738
Target Start/End: Original strand, 26798 - 27012
Alignment:
Q  531 gagcaagccaaagttgtcttacatccatgaagacacttgtcatttgcctttcatgcaaaacaccaaatgtcccttccaatgcatgcaccacaccaagtgt 630  Q
    |||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||  || |||  |||||||||||||| || |    
T  26798 gagcaagccaaagttgcctcacatgcatgaagacacttgttattttcctttcatgcaaaacaccaagtgtcagttgcaacacatgcaccacaccatgtat 26897  T
Q  631 ctct-------catgcattacaccatgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttg 723  Q
    ||||       ||||||| | | || |||||||||||||||||||| || |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||    
T  26898 ctcttgcaatacatgcatcataacacgtgttactcatacactacactatttgtacaccatacaccttgctacttgtcatcacatgcaacctttcattttg 26997  T
Q  724 tcaaatgtatgttgg 738  Q
    |||||||||||||||    
T  26998 tcaaatgtatgttgg 27012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 109; Significance: 2e-54; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 185 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 27642261 - 27642033
Alignment:
Q  185 agcggaaacgtgaaataaaagcgtaatgacacagagagaattttagcgtggaaaaccttctcaatatgagaaagggaaaaaccacgggacccttgggcct 284  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| || ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||  ||| ||| ||    
T  27642261 agcggaaacgtgaaatataagcgtaatgataca-ag-gaattttggcgtgtaaaaccttctcaatgtgagaaaggaaaaaatcacggggtcctcgggtct 27642164  T
Q  285 cttaaaaacttccactataatgataacatgggaatacaacaacttcacccttaggtggatctcactacaatatatctctcaatttgtaaggaacactctc 384  Q
    ||||||  ||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27642163 cttaaa--cttccactataataataa--tgggaataaaacaacttcatctttaagtggatctcactacaatatatctctctatttgtaaggaacactctc 27642068  T
Q  385 acaaattggctcactatttctctcacaagaaaact 419  Q
    |||||||| ||  |||||||||||| ||| |||||    
T  27642067 acaaattgacttcctatttctctcaaaaggaaact 27642033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 647 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 27641432 - 27641341
Alignment:
Q  647 catgtgttactcatacactacaccatgtgtacaccatgcatcttgctacttgtcatcacatgcagccttccatcttgtcaaatgtatgttgg 738  Q
    |||||||||||||||||| |||| || || | ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  27641432 catgtgttactcatacacaacactatctgcataccatgcacattgctacttgtcatcacatgcaaccttccatgttgtcaaatgtatgttgg 27641341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 491 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 27641960 - 27641915
Alignment:
Q  491 gtgtgttgtgaatgcttgatcatggtcctatttataggaggagcaa 536  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||    
T  27641960 gtgtgttgtgaatgcttgattatggtcttatttataggagaagcaa 27641915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 5040 times since January 2019
Visitors: 5753