View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0821_high_3 (Length: 893)

Name: NF0821_high_3
Description: NF0821
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0821_high_3
NF0821_high_3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (87-893)||(40696002-40696812)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 786; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 786; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 87 - 893
Target Start/End: Complemental strand, 40696812 - 40696002
Alignment:
Q  87 atatagaaaattacaaatattcacatcatggttctatttcaattgaaggtggaatctaacagcaggagctgcaaggcctaatccacaaggaacattcaat 186  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40696812 atatagaaaattacaaatattcacatcatggttctatttcaattgaaggtggaatctaacagcaggagctgcaaggcctaatccacaaggaacattcaat 40696713  T
Q  187 gtaacaaatgtaacaatatctcagacttttattctagaagcatcaactgcgacgattgatcaagtatctttccacactgtcaacaatgtgtcatactcga 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40696712 gtaacaaatgtaacaatatctcagacttttattctagaagcatcaactgcgacgattgatcaagtatctttccacactgtcaacaatgtgtcatactcga 40696613  T
Q  287 caccaaaaacaccactgaagttagctgatcacttttccaatggatctggtgtgtatgaacttgatgcttattccaagaacacttcaaatgttaaagcggt 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40696612 caccaaaaacaccactgaagttagctgatcacttttccaatggatctggtgtgtatgaacttgatgcttattccaagaacacttcaaatgttaaagcggt 40696513  T
Q  387 tcgcgatgtttttgtagcaagtgcattgcataaagagtgggcagagatagtggttaagaacactttaaccaacattgattcttggcatttggatggatat 486  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40696512 tcgcgatgtttttgtagcaagtgcattgcataaagagtgggcagagatagtggttaagaacactttaaccaacattgattcttggcatttggatggatat 40696413  T
Q  487 agtttctttgttgttggatatggagaaggagaatggaaagaagagtcaaggtcaagttataacctatttgaccccgtcgttcgctcaactgtgcaagtgt 586  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40696412 agtttctttgttgttggatatggagaaggagaatggaaagaagagtcaaggtcaagttataacctatttgaccccgtcgttcgctcaactgtgcaagtgt 40696313  T
Q  587 tccctggaggatggagtgcagtttatgtgtatcctgacaatccaggaatgtggaacttgagatcacagaatttgaaaagttggtatttaggtgaagagct 686  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40696312 tccctggaggatggagtgcagtttatgtgtatcctgacaatccaggaatgtggaacttgagatcacagaatttgaaaagttggtatttaggtgaagagct 40696213  T
Q  687 ttatgtgagagtttttgatcctaatcctaaccctgccaaagagaaacctcctccacagaatctacttttatgtggttagttacttattatatacttcagg 786  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  40696212 ttatgtgagagtttttgatcctaatcctaaccctgccaaagagaaacctcctccacagaatctacttttatgtggttagttacttattatatacttcatg 40696113  T
Q  787 tgaaaaatttatcttattgatgctat----tagggttatgtgattgatgtcattgaattgtttacatgattaaaggcaagtatcaaccttcagctccacc 882  Q
    |||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40696112 tgaaaaatttatcttattgatgctacgtactagggttatgtgattgatgtcattgaattgtttacatgattaaaggcaagtatcaaccttcagctccacc 40696013  T
Q  883 tcctactcctc 893  Q
    |||||||||||    
T  40696012 tcctactcctc 40696002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 5914 times since January 2019
Visitors: 5761