View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0821_low_1 (Length: 1324)

Name: NF0821_low_1
Description: NF0821
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0821_low_1
NF0821_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (32-1149)||(52889696-52890826)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (557-1145)||(47610494-47611094)
chr4 (556-600)||(49544614-49544658)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 1008; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 1008; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 1149
Target Start/End: Complemental strand, 52890826 - 52889696
Alignment:
Q  32 tggtaatactaggctagaagtggagttaatgttgaagagacaaaaggatatacaaggtgaagcttttggagaatgtcagaatatagtgaccccactgggg 131  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52890826 tggtaataccaggctagaagtggagttaatgttgaagagacaaaaggatatacaaggtgaagcttttggagaatgtcagaatatagtgaccccactgggg 52890727  T
Q  132 gaaagtttttcaaatgatctaatgggtatgtgacatgtggcaaaggaggggacaatggatgacgcgacgtttgggagagcggatcaggatgaggctttag 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52890726 gaaagtttttcaaatgatctaatgggtatatgacatgtggcaaaggaggggacaatggatgacgtgacgtttgggagagcggatcaggatgaggctttag 52890627  T
Q  232 cagagaaggg-tcaggaattggggaggggaacgtggaggctgtggaggggtcagaggagagaaataagcggctggggacaggtgaaggggagagtcaacg 330  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52890626 cagagaaggggtcaggaattggggaggggaacgtggaggctgtggaggggtcagaggagagaaataagcggctggggacaggtgaaggggagagtcaacg 52890527  T
Q  331 ggaggatgtagttggcccacaggttccttatttaaatgatttaattgttggtagtcaggtaagtggggtgaaaggagtaaaaggagatgatgcgtcatca 430  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52890526 ggaggatgtaggtggcccacaggttccttatttaaatgatttaactgttggtagtcaggtgagtggggtgaaaggagtaaaaggagatgatgcgtcatca 52890427  T
Q  431 taagatgcagtttttggctatccaagagacaaagatggaggtgattactccaactttatgttatagtttatggggtgatgaggattgcgattgggagtac 530  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52890426 taagatgcagtttttggctatccaagagacaaagatggaggtgattactccaaatttatgttatagtttatggggtgatgaggattgcgattgggagtac 52890327  T
Q  531 ctcccatcggagggtaatggtggggtaatattatttaatttaatatgaaaactttgaatgtgtcataacataaagatgatgtggttttatgagaatgaaa 630  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52890326 ctcccatcggagggtaatggtggggtaatattatttaatttaatatgaaaactttgaatttgtcgtaacataaagatgatgtggttttatgagaatgaaa 52890227  T
Q  631 tgatttcgtgagcttttaatcattaaaacgcaaatttacatgtttctacaggagagttaaagaatcttagtatccttgttattgatgcaaaggcaaatgg 730  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52890226 tgatttcgtgagc-tttaatcattaaaactcaaatttgcatgtttctacaggagagttaaagaatcttagtatccttgttattgatgcaaaggcaaatgg 52890128  T
Q  731 tattggagtggtgcctacttcagtcaaaagaatgctggaaagaaacacattcctttttggcgctgtcgacttagctgaaagttctgtcacagaaacagta 830  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52890127 tattggagtggtgcctacttcagtcaaaagaatgctggaaagaaacacattcctttttggcgctgtcgacttagctgaaagttctgtcacagaaacagta 52890028  T
Q  831 aagcaactccaacaattagaga-------------aggcatatgaaaaatacatgaccatattgaacctttgaacttatattcaatatccttctttcttt 917  Q
    ||||||||||||||||||||||             ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52890027 aagcaactccaacaattagagaaggcatattcaagaggcatatgaaaagtacatgaccatattgaacctttgaacttatattcaatatccttctttcttt 52889928  T
Q  918 gtcgtattgtcatgttagtgttttaagccaacagcttatttgtttgaacgtgttccatttggatgacaggttgtttgatagcacggcaattgaaaactat 1017  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  52889927 gtcgtattgtcatgttagtgttttaagccaacagcttatttgtttgaacgtgttccatttggatgacaggttgtttgatagcacaccaattgaaaactat 52889828  T
Q  1018 gtccgcatgaaccttgtaagtttccggttctttgtgacttgcaaaatgatttatttgttagtctttttcaactatggtattatacagtcagcttgacatt 1117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  52889827 gtccgcatgaaccttgtaagtttccggttctttgtgacttgcaaaatgatttatttgttagtctttttcaactatggtattatacagccaacttgacatt 52889728  T
Q  1118 aggaggatggaacaaaaactgaagtccagtaa 1149  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52889727 aggaggatggaacaaaaactgaagtccagtaa 52889696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 557 - 1145
Target Start/End: Original strand, 47610494 - 47611094
Alignment:
Q  557 aatattatttaatttaatatgaaaactttgaatgtgtcataacataaagatgatgtggttttatgagaatgaaatgatttcgtgagcttttaatcattaa 656  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||| |||||    
T  47610494 aatattatttaatttaatatgaaaactttgagtgtgtcataacataaagatgatgtggttttatgagaatgagatgatttcatgag-ttttaataattaa 47610592  T
Q  657 aacgcaaatttacatgtttctacaggagagttaaagaatcttagtatccttgttattgatgcaaaggcaaatggtattggagtggtgcctacttcagtca 756  Q
     || ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| ||| |||||    
T  47610593 gactcaaatttgcatgtttctacaggagagttaaaaaatcttagaattcttgttattgatgcaaaggcaaatgatatcggagttgtgcctgctttagtca 47610692  T
Q  757 aaagaatgctggaaagaaacacattcctttttggcgctgtcgacttagctgaaagttctgtcacagaaacagtaaagcaactccaacaattagagaag-- 854  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||      
T  47610693 aaagaatgctggaaagtaacacgttcctttttggtgctgttgacttagcggaatgttctgccacagaaacagtaaaccaactcgaacaattacagaaggc 47610792  T
Q  855 -------------gcatatgaaaaatacatgaccatattgaacctttgaacttatattcaatatccttctttctttgtcgtattgtcatgttagtgtttt 941  Q
                 ||||||||||| || || |||||||||||| | |||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  47610793 ccgtattcaagctgcatatgaaaagtaaatcaccatattgaacttatgaacttatgctcaatatccttctttctttgtcgtgttgtcatgttagtgtttt 47610892  T
Q  942 aagccaacagcttatttgtttgaacgtgttccatttggatgacaggttgtttgatagcacggcaattgaaaactatgtccgcatgaaccttgtaagtttc 1041  Q
    |  |||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  47610893 agcccaacaacttatttgtttgaatgtgttccatgtggatgacaggttgtttgatagcatgccaattgaaaactatgtccgcatggaccttgtaagtttc 47610992  T
Q  1042 cggttctttgtgacttgcaaaatgatttatttgttagtctttttcaactatggtattatacagtcagcttgacattaggaggatggaacaaaaactgaag 1141  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| || |    
T  47610993 cggttctttgtgac-cacaaaatgatttattcgttaatcttcttcaactatggtattatacagtcagc-taacattaggaagatggaacaaaaacagatg 47611090  T
Q  1142 tcca 1145  Q
    ||||    
T  47611091 tcca 47611094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 556 - 600
Target Start/End: Original strand, 49544614 - 49544658
Alignment:
Q  556 taatattatttaatttaatatgaaaactttgaatgtgtcataaca 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49544614 taatattatttaatttaatatgaaaactttgaatgtgtcataaca 49544658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 5150 times since January 2019
Visitors: 5755