View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0821_low_29 (Length: 430)

Name: NF0821_low_29
Description: NF0821
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0821_low_29
NF0821_low_29
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (14-403)||(23140037-23140426)
chr3 (18-403)||(23039032-23039417)
chr3 (14-403)||(23145911-23146300)
chr3 (14-403)||(23148749-23149138)
chr3 (14-403)||(23036161-23036550)
chr3 (11-403)||(23017053-23017445)
chr3 (14-403)||(23024263-23024652)
chr3 (14-403)||(23032705-23033079)
chr3 (183-331)||(22972014-22972162)
chr3 (210-331)||(22946467-22946588)
chr3 (285-334)||(22919134-22919183)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (14-403)||(21779804-21780193)
[»] scaffold0554 (1 HSPs)
scaffold0554 (14-400)||(6374-6760)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (37-403)||(12609896-12610262)
chr1 (17-403)||(15885585-15885971)
chr1 (198-403)||(12636992-12637197)
[»] scaffold0059 (1 HSPs)
scaffold0059 (17-403)||(62144-62530)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 370; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 23140426 - 23140037
Alignment:
Q  14 agattgggcaatggtagaaatgataagggatccaagaataatgaagaaagcgcaagatgaggtgagagagattttcaaaatgaaaggaagggttgatgaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23140426 agattgggcaatggtagaaatgataagggatccaagaataatgaagaaagtgcaagatgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaagggttgatgaa 23140327  T
Q  114 aattgcatcaacgagctccattatttgaaatcaatcatcaaagaaaccttgaggttacacactccggtgcctcttttgctaccaagagagtgtggtcaag 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23140326 aattgcatcaacgagctccattatttgaaatcaatcgtcaaagaaaccttgaggttacacactccggtgcctcttttgctaccaagagagtgtggtcaag 23140227  T
Q  214 catgtgagatacatggttatcacataccaattaagactaaggtggtcgtcaatgcatgggcaattgcgagagatccaaactactggactgaaccagagaa 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23140226 catgtgagatacatggttatcacataccatttaagactaaggtggtcgtcaatgcatgggcaatcgcgagagatccaaactactggactgaaccagagaa 23140127  T
Q  314 attttatccagagagattcatgggaaacactattgactataaagggagtgattttgagtacattccttttggtgcgggacgaagaatatg 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23140126 attttatccagagagattcatgggaaacactattgactataaagggagtgattttgagtacattccttttggtgcgggacgaagaatatg 23140037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 18 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 23039417 - 23039032
Alignment:
Q  18 tgggcaatggtagaaatgataagggatccaagaataatgaagaaagcgcaagatgaggtgagagagattttcaaaatgaaaggaagggttgatgaaaatt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23039417 tgggcaatggtagaaatgataagggatccaagaataatgaagaaagcgcaagatgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaagggttgatgaaaatt 23039318  T
Q  118 gcatcaacgagctccattatttgaaatcaatcatcaaagaaaccttgaggttacacactccggtgcctcttttgctaccaagagagtgtggtcaagcatg 217  Q
    ||||||| || ||| |||||||||| ||| |  ||||||||||| ||||||||||| ||||    ||||||||||| |||||||| ||| ||||| ||||    
T  23039317 gcatcaatgaactcaattatttgaagtcagttgtcaaagaaaccctgaggttacaccctccaacacctcttttgctgccaagagaatgtcgtcaaacatg 23039218  T
Q  218 tgagatacatggttatcacataccaattaagactaaggtggtcgtcaatgcatgggcaattgcgagagatccaaactactggactgaaccagagaaattt 317  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||    
T  23039217 tgagataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtgatagtcaatgcttgggcaattgcaagagatccaaattactggactgagccggagagattt 23039118  T
Q  318 tatccagagagattcatgggaaacactattgactataaagggagtgattttgagtacattccttttggtgcgggacgaagaatatg 403  Q
    ||||||||||||||| | |  | | | |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  23039117 tatccagagagattccttgacagcgccattgactataaaggaagtaattatgagtacattccttttggtgccggaagaagaatatg 23039032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 14 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 23146300 - 23145911
Alignment:
Q  14 agattgggcaatggtagaaatgataagggatccaagaataatgaagaaagcgcaagatgaggtgagagagattttcaaaatgaaaggaagggttgatgaa 113  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23146300 agattgggcaatggtagaattggtaaaggatccaagaatcatgaagaaagcacaagatgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaagggttgatgaa 23146201  T
Q  114 aattgcatcaacgagctccattatttgaaatcaatcatcaaagaaaccttgaggttacacactccggtgcctcttttgctaccaagagagtgtggtcaag 213  Q
    ||||||||||| || ||| |||||||||||| | |  ||||||||||||| ||| ||||| |||| |  ||||||||| |||| ||||| ||| ||||||    
T  23146200 aattgcatcaatgaactcaattatttgaaattagttgtcaaagaaaccttaaggctacaccctccagcacctcttttgttaccgagagaatgtagtcaag 23146101  T
Q  214 catgtgagatacatggttatcacataccaattaagactaaggtggtcgtcaatgcatgggcaattgcgagagatccaaactactggactgaaccagagaa 313  Q
     |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  23146100 aatgtgatataaatggttatcacataccgattaagactaaggtgttagtcaatgcttgggcagttgcaagagatccaaactactggactgaaccagagag 23146001  T
Q  314 attttatccagagagattcatgggaaacactattgactataaagggagtgattttgagtacattccttttggtgcgggacgaagaatatg 403  Q
     |||||||||||||||||||| |  | |  ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  23146000 gttttatccagagagattcatcgacagcgatattgactataaagggagtaactttgagtacattccttttggtgctggaagaagaatatg 23145911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 14 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 23149138 - 23148749
Alignment:
Q  14 agattgggcaatggtagaaatgataagggatccaagaataatgaagaaagcgcaagatgaggtgagagagattttcaaaatgaaaggaagggttgatgaa 113  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  23149138 agattgggcaatggtagagatggtaaaggatccaagaataatgaagaaagcacaagatgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaaaggttgatgaa 23149039  T
Q  114 aattgcatcaacgagctccattatttgaaatcaatcatcaaagaaaccttgaggttacacactccggtgcctcttttgctaccaagagagtgtggtcaag 213  Q
    ||||||||||| || ||| |||||||||||| | |  ||||||||||||| ||| ||||| ||||||  ||||||||| |||| ||||| ||| ||||||    
T  23149038 aattgcatcaatgaactcaattatttgaaattagttgtcaaagaaaccttaaggctacaccctccggcacctcttttgttaccgagagaatgtagtcaag 23148939  T
Q  214 catgtgagatacatggttatcacataccaattaagactaaggtggtcgtcaatgcatgggcaattgcgagagatccaaactactggactgaaccagagaa 313  Q
    | ||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||| ||| |  ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  23148938 cgtgtgatataaatggttatcacattccgattaagactaaagtgataatcaatgcttgggcaattgcaagagattcaaactactggactgaaccagagag 23148839  T
Q  314 attttatccagagagattcatgggaaacactattgactataaagggagtgattttgagtacattccttttggtgcgggacgaagaatatg 403  Q
     |||||||||||||||||||| | || |  ||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  23148838 gttttatccagagagattcattgaaagcgatattgactataaagggagtaacttcgagtacattccttttggtgccggaagaagaatatg 23148749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 14 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 23036550 - 23036161
Alignment:
Q  14 agattgggcaatggtagaaatgataagggatccaagaataatgaagaaagcgcaagatgaggtgagagagattttcaaaatgaaaggaagggttgatgaa 113  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||     
T  23036550 agattgggcaatggcagaaatggtaaggaatccaagaataatgaagaaagcacaagctgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaagggtcgaagag 23036451  T
Q  114 aattgcatcaacgagctccattatttgaaatcaatcatcaaagaaaccttgaggttacacactccggtgcctcttttgctaccaagagagtgtggtcaag 213  Q
    ||||| |||||||| |||  ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||    ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23036450 aattgtatcaacgaactcatttatttgaaatcagtcgtcaaagaaaccctgaggttacaccctccaacacctcttttgctaccaagagagtgtgttcaag 23036351  T
Q  214 catgtgagatacatggttatcacataccaattaagactaaggtggtcgtcaatgcatgggcaattgcgagagatccaaactactggactgaaccagagaa 313  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||     | ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  23036350 catgtgtgataaatggttatcacatacctattaagagtaaggtaacaataaatgcttgggcaattgcaagagatccaaattactggactgaaccagagag 23036251  T
Q  314 attttatccagagagattcatgggaaacactattgactataaagggagtgattttgagtacattccttttggtgcgggacgaagaatatg 403  Q
    ||||||||| ||||||||||| |  | | |||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  23036250 attttatcccgagagattcatcgacagcgctattgactacaaagggagtaactttgagtacattccttttggtgccggaagaagaatatg 23036161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 11 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 23017445 - 23017053
Alignment:
Q  11 cacagattgggcaatggtagaaatgataagggatccaagaataatgaagaaagcgcaagatgaggtgagagagattttcaaaatgaaaggaagggttgat 110  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||  || | |||||||||||| ||||||||    
T  23017445 cacagattgggcaatgatagaaatgataaggaatccaagaataatgaagaaagcacaagatgaagtgagggatgttataaaaatgaaaggacgggttgat 23017346  T
Q  111 gaaaattgcatcaacgagctccattatttgaaatcaatcatcaaagaaaccttgaggttacacactccggtgcctcttttgctaccaagagagtgtggtc 210  Q
    ||||| ||||| || || |||  |||| |||||||| |  ||||||||||| | || |||||  || | || |||||||||||||||||||| ||||||     
T  23017345 gaaaaatgcataaatgaactcagttatctgaaatcagttgtcaaagaaacccttagattacatccttcagtacctcttttgctaccaagagaatgtggta 23017246  T
Q  211 aagcatgtgagatacatggttatcacataccaattaagactaaggtggtcgtcaatgcatgggcaattgcgagagatccaaactactggactgaaccaga 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  | ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23017245 aagcatgtgagatacatggttatcacataccagttaagactaaggtgataattaatgcttgggcaatcgcaagagatccaaactactggactgaaccaga 23017146  T
Q  311 gaaattttatccagagagattcatgggaaacactattgactataaagggagtgattttgagtacattccttttggtgcgggacgaagaatatg 403  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |  |||  ||||||||||||||||||| | || || ||||||||||||||||  ||| ||||||||||    
T  23017145 gaagttttatccagagagattcattgacaacggtattgactataaagggagtaacttcgaatacattccttttggtggtggaagaagaatatg 23017053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 14 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 23024652 - 23024263
Alignment:
Q  14 agattgggcaatggtagaaatgataagggatccaagaataatgaagaaagcgcaagatgaggtgagagagattttcaaaatgaaaggaagggttgatgaa 113  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||     
T  23024652 agattgggcaatggcagaaatggtaaagaatccaagaataatgaagaaagcacaagctgaggtgcgagagattttcaatatgaaaggaagggttgaagag 23024553  T
Q  114 aattgcatcaacgagctccattatttgaaatcaatcatcaaagaaaccttgaggttacacactccggtgcctcttttgctaccaagagagtgtggtcaag 213  Q
    ||||| ||||| || ||  ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||  || |||||  |||| ||||| |||| ||||     
T  23024552 aattgtatcaatgaacttaattatttgaaatcaattgtcaaagaaaccctgaggttacaccctccggcaccacttttaataccgagagaatgtgctcaat 23024453  T
Q  214 catgtgagatacatggttatcacataccaattaagactaaggtggtcgtcaatgcatgggcaattgcgagagatccaaactactggactgaaccagagaa 313  Q
    ||||| ||||| | |||||| |||| |||| ||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||     
T  23024452 catgtaagatagacggttatgacattccaactaagactaaggtgatagtcaatgcttgggcaattgcaagagatccaaattactggaccgaaccagagag 23024353  T
Q  314 attttatccagagagattcatgggaaacactattgactataaagggagtgattttgagtacattccttttggtgcgggacgaagaatatg 403  Q
     |||||||||||||||||||| |  |    ||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23024352 gttttatccagagagattcatcgatagtgatattgactataaagggagtaactttgagtatattccttttggtgcgggacgaagaatatg 23024263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 14 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 23033079 - 23032705
Alignment:
Q  14 agattgggcaatggtagaaatgataagggatccaagaataatgaagaaagcgcaagatgaggtgagagagattttcaaaatgaaaggaagggttgatgaa 113  Q
    ||||||||| |||  |||||||||||| |||| | |||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  23033079 agattgggcgatgacagaaatgataagagatcaacgaataatgaagaaagcacaagctgaggtgagagaggttttcaaaatgaaaggaaaggttgatgaa 23032980  T
Q  114 aattgcatcaacgagctccattatttgaaatcaatcatcaaagaaaccttgaggttacacactccggtgcctcttttgctaccaagagagtgtggtcaag 213  Q
    |||| ||||  ||| ||| |||||||||||||| || ||||||||||| | ||||| ||| || | || |||||||||||||||||||| || |||||||    
T  23032979 aattacatccccgatctcaattatttgaaatcagtcgtcaaagaaacccttaggttccaccctacagtacctcttttgctaccaagagaatgcggtcaag 23032880  T
Q  214 catgtgagatacatggttatcacataccaattaagactaaggtggtcgtcaatgcatgggcaattgcgagagatccaaactactggactgaaccagagaa 313  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||| | |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||         
T  23032879 catgtgagataaatggttatcacataccaattaaaagtaaggtgatagtcaatgcttgggcaattgcaagagatccaaactactggactgaacca----- 23032785  T
Q  314 attttatccagagagattcatgggaaacactattgactataaagggagtgattttgagtacattccttttggtgcgggacgaagaatatg 403  Q
              ||||||||||| |  | | |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||    
T  23032784 ----------gagagattcatcgacagcgctattgactataaaggaagtaattttgagtacattccctttggtgccggaagaagaatatg 23032705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 183 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 22972162 - 22972014
Alignment:
Q  183 cctcttttgctaccaagagagtgtggtcaagcatgtgagatacatggttatcacataccaattaagactaaggtggtcgtcaatgcatgggcaattgcga 282  Q
    ||||||||  ||||||| | |||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| || | || |||| |  ||||||| ||||||||||  |    
T  22972162 cctcttttagtaccaagggtgtgtggacaagcttgtgagattgatggttatcacataccaatcaaaagtagggtgataatcaatgcttgggcaattggaa 22972063  T
Q  283 gagatccaaactactggactgaaccagagaaattttatccagagagatt 331  Q
    | |||||||| || |||||||| ||||| || |||||||| || |||||    
T  22972062 gggatccaaaatattggactgatccagataagttttatcctgaaagatt 22972014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 210 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 22946588 - 22946467
Alignment:
Q  210 caagcatgtgagatacatggttatcacataccaattaagactaaggtggtcgtcaatgcatgggcaattgcgagagatccaaactactggactgaaccag 309  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || | || |||| |  ||||||| ||||||||||  || |||||||| || |||||||| ||||    
T  22946588 caagcatgtgagattgatggttatcacataccaatcaatagtagggtgataatcaatgcttgggcaattggaagggatccaaaatattggactgatccag 22946489  T
Q  310 agaaattttatccagagagatt 331  Q
    | || |||||||| || |||||    
T  22946488 ataagttttatcctgaaagatt 22946467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 285 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 22919183 - 22919134
Alignment:
Q  285 gatccaaactactggactgaaccagagaaattttatccagagagattcat 334  Q
    |||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| || |||||    
T  22919183 gatccaaactactggaatgaaccgaagaaattttatccagaaaggttcat 22919134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 14 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 21780193 - 21779804
Alignment:
Q  14 agattgggcaatggtagaaatgataagggatccaagaataatgaagaaagcgcaagatgaggtgagagagattttcaaaatgaaaggaagggttgatgaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21780193 agattgggcaatggtagaaatggtaagggatccaagaataatgaagaaagcacaagatgaagtgagagaagttttcaaaatgaaaggaagggttgatgaa 21780094  T
Q  114 aattgcatcaacgagctccattatttgaaatcaatcatcaaagaaaccttgaggttacacactccggtgcctcttttgctaccaagagagtgtggtcaag 213  Q
    ||||||||||| || ||| |||||||||||||| |  ||||||||||||| ||| ||||| |||| |  ||||||||| |||| ||||| ||| ||||||    
T  21780093 aattgcatcaatgaactcaattatttgaaatcagttgtcaaagaaaccttaaggctacaccctccagcacctcttttgttaccgagagaatgtagtcaag 21779994  T
Q  214 catgtgagatacatggttatcacataccaattaagactaaggtggtcgtcaatgcatgggcaattgcgagagatccaaactactggactgaaccagagaa 313  Q
    ||||||| ||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||| |  ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  21779993 catgtgatataaatggttaccacattccgattaagactaaggtgataatcaatgcttgggcaattgcaagagatccaaactactggactgaaccagagat 21779894  T
Q  314 attttatccagagagattcatgggaaacactattgactataaagggagtgattttgagtacattccttttggtgcgggacgaagaatatg 403  Q
     |||||||||||||||||||| |  | |  |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||    
T  21779893 gttttatccagagagattcatcgatagcgatattgactttaaagggagtaattttgagtacattccatttggtgccggaagaagaatatg 21779804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0554 (Bit Score: 179; Significance: 2e-96; HSPs: 1)
Name: scaffold0554
Description:

Target: scaffold0554; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 14 - 400
Target Start/End: Original strand, 6374 - 6760
Alignment:
Q  14 agattgggcaatggtagaaatgataagggatccaagaataatgaagaaagcgcaagatgaggtgagagagattttcaaaatgaaaggaagggttgatgaa 113  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||||||| ||||  |||| | | |||| |||| ||||||||||    
T  6374 agattgggcaatggcagaaatgataagggagccaagaataatgatgaaagcacaagctgaggtgcgagaagtttttacattgaatggaaaggttgatgaa 6473  T
Q  114 aattgcatcaacgagctccattatttgaaatcaatcatcaaagaaaccttgaggttacacactccggtgcctcttttgctaccaagagagtgtggtcaag 213  Q
    |||| ||| | | | ||| |||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||||| |||| |  |||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  6474 aattacattagcaaactcaattatttgaaatcagtcgtcaaagaaacccttaggttacaccctccagcacctcttttgctaccaagagaatgtggtaaag 6573  T
Q  214 catgtgagatacatggttatcacataccaattaagactaaggtggtcgtcaatgcatgggcaattgcgagagatccaaactactggactgaaccagagaa 313  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||  ||| || ||||||| |  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  6574 catgtgagataaatggttataacataccgtttaggagtaaggtgataatcaatgcttgggcaattgcaagagatccaaacttctggactgaaccagagag 6673  T
Q  314 attttatccagagagattcatgggaaacactattgactataaagggagtgattttgagtacattccttttggtgcgggacgaagaat 400  Q
     |||||||||||||||||||  |  | ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  6674 gttttatccagagagattcactgacagcactattgactataaagggggtaattttgagtacattccttttggtgctggaagaagaat 6760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 37 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 12610262 - 12609896
Alignment:
Q  37 taagggatccaagaataatgaagaaagcgcaagatgaggtgagagagattttcaaaatgaaaggaagggttgatgaaaattgcatcaacgagctccatta 136  Q
    ||||||||  |||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||  ||||| |||||||| || || || |||  |||    
T  12610262 taagggataaaagagtgatgaagaaagcacaagatgaggtaagagatatattcaacatgaaaggaaatgttgaagaaaattgtataaatgaactcactta 12610163  T
Q  137 tttgaaatcaatcatcaaagaaaccttgaggttacacactccggtgcctcttttgctaccaagagagtgtggtcaagcatgtgagatacatggttatcac 236  Q
    ||| || ||| |  | ||||| ||||| ||||||||  |||| |  |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||  |||| ||||      
T  12610162 tttaaagtcagttgtgaaagagaccttaaggttacatcctccaggtcctcttttacttccaagagaatgtggacaagcatgtgagattgatgggtatcgt 12610063  T
Q  237 ataccaattaagactaaggtggtcgtcaatgcatgggcaattgcgagagatccaaactactggactgaaccagagaaattttatccagagagattcatgg 336  Q
    |||||||| || |  |||||| | |||||||||||||| ||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |    
T  12610062 ataccaatcaaaagcaaggtgatagtcaatgcatgggcgattggaagagatccaaagtactggactgaaccagagaagttttatccggagagattcatcg 12609963  T
Q  337 gaaacactattgactataaagggagtgattttgagtacattccttttggtgcgggacgaagaatatg 403  Q
    | | | |||||||||| ||||||| | |||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||    
T  12609962 gtagctctattgactacaaagggaataattttgagtacattccctttggtgctggaagaagaatatg 12609896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 17 - 403
Target Start/End: Original strand, 15885585 - 15885971
Alignment:
Q  17 ttgggcaatggtagaaatgataagggatccaagaataatgaagaaagcgcaagatgaggtgagagagattttcaaaatgaaaggaagggttgatgaaaat 116  Q
    ||||||||||| |||  || ||||||||  |||| | ||||||||||| |||||||| || ||||| || ||||| |  |||||||  |||| ||| ||     
T  15885585 ttgggcaatggcagagttggtaagggatgaaagagtgatgaagaaagcacaagatgaagtaagagaaatgttcaacacaaaaggaattgttggtgagaac 15885684  T
Q  117 tgcatcaacgagctccattatttgaaatcaatcatcaaagaaaccttgaggttacacactccggtgcctcttttgctaccaagagagtgtggtcaagcat 216  Q
    |  || || ||||||  ||||||||| ||| |  | ||||| ||||| ||||||||| |||| |  |||||||| || |||||||| ||||  |||||||    
T  15885685 tatattaatgagctcacttatttgaagtcagttgtgaaagagaccttaaggttacaccctccagctcctcttttacttccaagagaatgtgaacaagcat 15885784  T
Q  217 gtgagatacatggttatcacataccaattaagactaaggtggtcgtcaatgcatgggcaattgcgagagatccaaactactggactgaaccagagaaatt 316  Q
    |||||||  |||||||||| |||||||  || |  |||||| | |||||||||||||| ||||  ||||||||||| || ||||||||||||||||  ||    
T  15885785 gtgagattgatggttatcatataccaaccaaaagcaaggtgatagtcaatgcatgggcgattggaagagatccaaagtattggactgaaccagagaggtt 15885884  T
Q  317 ttatccagagagattcatgggaaacactattgactataaagggagtgattttgagtacattccttttggtgcgggacgaagaatatg 403  Q
    |||||||||||||||||| || | | |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||    
T  15885885 ttatccagagagattcattggtagctctattgactataaagggaataattttgagtacattccttttggttctggaagaagaatatg 15885971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 198 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 12637197 - 12636992
Alignment:
Q  198 agagagtgtggtcaagcatgtgagatacatggttatcacataccaattaagactaaggtggtcgtcaatgcatgggcaattgcgagagatccaaactact 297  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||  | || ||||| ||||||   || | ||||||| | || ||||||||| ||||||  ||||||||||| ||||    
T  12637197 agagaatgtggacaagcatgtgaaattgaagggtatcatataccagccaaaagtaaggtgatagtaaatgcatggacaattggtagagatccaaagtact 12637098  T
Q  298 ggactgaaccagagaaattttatccagagagattcatgggaaacactattgactataaagggagtgattttgagtacattccttttggtgcgggacgaag 397  Q
    |||||||||||||||  ||| |||||||||||||||| || | | |||||||||| ||||| | | ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  12637097 ggactgaaccagagaggtttcatccagagagattcattggtagctctattgactacaaaggaaataattttgagtacattccttttggtgcaggaagaag 12636998  T
Q  398 aatatg 403  Q
    ||||||    
T  12636997 aatatg 12636992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 76; Significance: 5e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 17 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 62530 - 62144
Alignment:
Q  17 ttgggcaatggtagaaatgataagggatccaagaataatgaagaaagcgcaagatgaggtgagagagattttcaaaatgaaaggaagggttgatgaaaat 116  Q
    ||||||||||| |||  || |||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||||| || | ||| ||||| |||    ||||||||| |    
T  62530 ttgggcaatggcagagttggtaagagatccaagagtgatgaagaaagcacaagatgaagtgagagaaatatacaacatgaagggagcttttgatgaaagt 62431  T
Q  117 tgcatcaacgagctccattatttgaaatcaatcatcaaagaaaccttgaggttacacactcc-ggtgcctcttttgctaccaagagagtgtggtcaagca 215  Q
    || ||  | || ||| | ||  |||| |||||  | ||||| ||| ||||||||||| | || ||||| |||||| || |||||||| ||| |  |||||    
T  62430 tgtatgcatgaactcaaatacgtgaagtcaattgtgaaagagaccctgaggttacaccccccaggtgc-tcttttacttccaagagaatgtagagaagca 62332  T
Q  216 tgtgagatacatggttatcacataccaattaagactaaggtggtcgtcaatgcatgggcaattgcgagagatccaaactactggactgaaccagagaaat 315  Q
    ||||||||  |||| ||||| |||||||| || || ||| || | || |||||||||||||| |  ||||||||||  |||||||| ||||||||||  |    
T  62331 tgtgagattgatgggtatcatataccaatgaaaacaaagctgatagttaatgcatgggcaatcggaagagatccaaggtactggacggaaccagagaggt 62232  T
Q  316 tttatccagagagattcatgggaaacactattgactataaagggagtgattttgagtacattccttttggtgcgggacgaagaatatg 403  Q
    ||||||||||||||||||| || |   |||||||||| || |||| | |||| |||||||||||||||||||| |||  |||||||||    
T  62231 tttatccagagagattcattggtagttctattgactacaacgggaataatttcgagtacattccttttggtgctggaaaaagaatatg 62144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University