View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0825-Insertion-1 (Length: 1161)

Name: NF0825-Insertion-1
Description: NF0825
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0825-Insertion-1
NF0825-Insertion-1
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (8-1029)||(25526704-25527730)
chr7 (8-935)||(25534835-25535759)
chr7 (424-934)||(25515099-25515619)
chr7 (8-359)||(25514682-25515033)
chr7 (489-627)||(25538136-25538274)
chr7 (846-925)||(25544412-25544491)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (425-801)||(43223700-43224073)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 960; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 960; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1029
Target Start/End: Complemental strand, 25527730 - 25526704
Alignment:
Q  8 gcctctgccatggcccgccagtcggcgttctcagcaacgactcgtccgacggtgttcacctgcaacgccatcatcggtgccatgcaccgcgcaaaaagac 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25527730 gcctctgccatggcccgccagtcggcgttctcagcaacgaatcgtccgacggtgttcacctgcaacgccatcatcggtgccatgcaccgcgcaaaaagac 25527631  T
Q  108 acaacgaagctcttgatttgcacgagttcttctttaactcgtttaaaattactcctaacattgtctcttataactttatgatcaacgcatattgtgatga 207  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25527630 acaacgaagctcttgatttgtacgagttcttctttaactcgtttaaaattactcctaacattgtctcttataactttatgatcaacgcatattgtgatga 25527531  T
Q  208 gggctgcattgatgcggccctcgatgtttttcggaaaatgaaggctaatgcatctatcaaaccctcactggttacctatcagattatcaccaaatgtatg 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25527530 gggctgcattgatgcggccctcgatgtttttcggaaaatgaaggctgatgcatctatcaaaccctcactggttacctatcagattatcaccaaatgtatg 25527431  T
Q  308 atcaatgctggtcgtattgaggacgccagtgacatttggtttgagatgttattagactcgggtcataccgattcctcggtgtataataatctgacattgg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25527430 atcaatgctggtcgtattgaggacgccagtgacatttggtttgagatgttattagactcgggtcataccgattcctcggtgtataataatctgacattgg 25527331  T
Q  408 cttgttctcaactgggaaatttggataaggctaatgagtttattgatgagcttaagataaggtgtccatattaccaccatggtgttgtgagtgccactta 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25527330 cttgttctcaactgggaaatttggataaggctaatgagtttattgatgagcttaagataaggtgtccatattaccaccatggtgttgtgagtgccactta 25527231  T
Q  508 catgaattggtttcttaagcaaggaagagataaggacgccatggagtgttataagtctttattgaaccgcaagtgtaggatgagacctgagactggcgat 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25527230 catgaattggtttcttaagcaaggaagagataaggacgccatggagtgttataagtctttattgaaccgcaagtgtaggatgagacctgaaactggcgat 25527131  T
Q  608 gttctcttggaggttttgctcaagtatggaaagaaaactgaggcttgggacttgtttcatgacatgttagacaatcacacgccttccacttttcatgatg 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  25527130 gttctcttggaggttttgctcaagtatggaaagaaaactgaggcttgggacttgtttcatgacatgttagacaatcacacgccttccacttttcatggtg 25527031  T
Q  708 tcgactctgacacttttactttgatggtcgaggaatgcttgaagctcggtaaggttgatgaagcccttgcaactttgaagaaagttggaaccaaacctga 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25527030 tcgactctgacacttttactttgatggtcgaggaatgcttgaagctcggtaaggttgatgaagcccttgcaactttgaagaaagttggaaccaaacctga 25526931  T
Q  808 ttctaagccttttttcttggatgttgatggctactgtcagctcatctccattttctgtgcacatgatatgttgtctgaagctgagaatctatttcaagat 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25526930 ttctaagccttttttcttggatgttgatggctactgtcagctcatctccattttctgtgcacatgatatgttgtctgaagctgagaatctatttcaagat 25526831  T
Q  908 atgtactccatgtctatgaccccggatgcgagcacatacgcaattttg-ttgatacatataggaga--tggtaggaaagatgatgcttacatgttaaata 1004  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25526830 atgtactccatgtctatgaccccggatgcaagcacatatgcaattttgtttgatacatataggagaatgggtaggaaagatgatgcttacatgttaaata 25526731  T
Q  1005 ac-aaatggccga-gctgagttgatta 1029  Q
    || |||||||||| |||||||||||||    
T  25526730 acaaaatggccgaggctgagttgatta 25526704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 442; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 935
Target Start/End: Complemental strand, 25535759 - 25534835
Alignment:
Q  8 gcctctgccatggcccgccagtcggcgttctcagcaacgactcgtccgacggtgttcacctgcaacgccatcatcggtgccatgcaccgcgcaaaaagac 107  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| || ||||| | ||| |||||||| || ||||||     
T  25535759 gcctctgccatggcccgccagtcgacgttctcagcaacaactcgtccaactgtgttcacctgcaatgctatcattgctgcaatgcaccgtgcgaaaagat 25535660  T
Q  108 acaacgaagctcttgatttgcacgagttcttctttaactcgtttaaaattactcctaacattgtctcttataactttatgatcaacgcatattgtgatga 207  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||| || |||||||||||    
T  25535659 acaatgaagctcttgatttgtacgagttcttctttaacctctttaaaattgctcctaacattgtctcttataactttgttatcaatgcttattgtgatga 25535560  T
Q  208 gggctgcattgatgcggccctcgatgtttttcggaaaatgaaggctaatgcatctatcaaaccctcactggttacctatcagattatcaccaaatgtatg 307  Q
    |||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||| || |  ||||||||||||||| ||    
T  25535559 gggccgcattgacgcggctctcgatgtttttcggaaaatgaaggccgatgcatctatcaaaccctcacccgttacttaccgcattatcaccaaatgtttg 25535460  T
Q  308 atcaatgctggtcgtattgaggacgccagtgacatttggtttgagatgttattagactcgggtcataccgattcctcggtgtataataatctgacattgg 407  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| | | || |||||||||   || |||| ||| | |||| | | ||||||  |||| | | ||  |    
T  25535459 atcagtgctggtcgtattgaggatgcccgtgacatcttggttaagatgttat---acacgggccatgcggatttcactgtgtatgctaatatcatatctg 25535363  T
Q  408 cttgttctcaactgggaaatttggataaggctaatgagtttattgatgagcttaagataaggtgtccatattaccaccatggtgttgtgagtgccactta 507  Q
    |||||  ||||||||||||| | ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||  ||||  ||  ||| | |||||||| ||||||    
T  25535362 cttgtattcaactgggaaatgttgataaagctaatgagcttattgatgagcttaagaggtggtgtccgaattattacattggcgatgtgagtgtcactta 25535263  T
Q  508 catgaattggtttcttaagcaaggaagagataaggacgccatggagtgttataagtctttattgaaccgcaagtgtaggatgagacctgagactggcgat 607  Q
     ||  |||||||| || |||||| |||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| || ||    
T  25535262 tatacattggttttttgagcaagaaagagataaggaggctatggagtgttataactccttattgaaccgcaagtgtatgatgagacctaaaacttgcaat 25535163  T
Q  608 gttctcttggaggttttgctcaagtatggaaagaaaactgaggcttgggacttgtttcatgacatgttagacaatcacacgccttccacttttcatgatg 707  Q
     | ||||||||| ||||||||| || |||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||| |||||||||||| ||    
T  25535162 atgctcttggagattttgctcaggtttggaaaaaaaaccgaggcttgggacttgtttcatggcatgttagacaatcatacacctcccacttttcatgctg 25535063  T
Q  708 tcgactctgacacttttactttgatggtcgaggaatgcttgaagctcggtaaggttgatgaagcccttgcaactttgaagaaagttggaaccaaacctga 807  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25535062 tcaactctgacacttttattttgatggtcgatgaatgcttgaagcttggtaagattgatgaagcccttgcaactttgaagaaagttggaaccaagcctga 25534963  T
Q  808 ttctaagccttttttcttggatgttgatggctactgtcagctcatctccattttctgtgcacatgatatgttgtctgaagctgagaatctatttcaagat 907  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||||| ||||  || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  25534962 ttctaggccttttttcttggatattgatggcaactctaagctcatctccagtttcgatgaatatgatatgttgtctgaagctgagaatctatttcaagag 25534863  T
Q  908 atgtactccatgtctatgaccccggatg 935  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||    
T  25534862 atgtactccatgtctatgactccggatg 25534835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 424 - 934
Target Start/End: Original strand, 25515099 - 25515619
Alignment:
Q  424 aaatttggataaggctaatgagtttattgatgagcttaagataaggtgtccatattaccaccatggtgttgtgagtgccacttacatgaattggtttctt 523  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||   |||||||  ||||  || | || ||||||||||||||||| ||| | ||||   ||    
T  25515099 aaattttgataaggctaatgagcttattgatgaccttaagaggtggtgtccgaattattacaacggcgttgtgagtgccacttatatgcagtggtgcttt 25515198  T
Q  524 aagcaaggaagagataaggacgccatggagtgttataagtctttattgaaccgcaagtgtaggatg---agacctgagactggcgatgttctcttggagg 620  Q
       ||| ||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||   |||||||| ||| || || ||||||||  ||    
T  25515199 gtacaaagaagagagaaggaggctatggagtgttataactccttattgaaccgcaagtgtacgatgatgagacctgaaacttgcaatattctcttgacgg 25515298  T
Q  621 ttttgctcaagtatggaaagaaaactgaggcttgggacttgtttcatgacatgttagacaatcacacgccttccacttttcatgatgtcgactctgacac 720  Q
    ||||||||  || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| |||||| ||||    
T  25515299 ttttgctctcgtctggaaaaaaaactgaggcttgggacttgtttcatgacatgttagacaatcacacacctcccacttttcatggtgttgactctaacac 25515398  T
Q  721 ttttactttgatggtcgaggaatgcttgaagctcggtaaggttgatgaagcccttgcaactttgaagaaag-------ttggaaccaaacctgattctaa 813  Q
    ||||| | |||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||| |||||||||||    
T  25515399 ttttattgtgatggtcaatgaatgcttcaagcttggtaaggttgatgaagcccttgcaactttgaagaaagttggaacttggaaccaagcctgattctaa 25515498  T
Q  814 gccttttttcttggatgttgatggctactgtcagctcatctccattttctgtgcacatgatatgttgtctgaagctgagaatctatttcaagatatgtac 913  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25515499 gccttttttcttggatgttgatggcaactctaagctcatctcccttttctgtcataatgatatgttgtctgaagctgagaatctatttcaagagatgtac 25515598  T
Q  914 tccatgtctatgaccccggat 934  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  25515599 tccatgtctatgaccccggat 25515619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 8 - 359
Target Start/End: Original strand, 25514682 - 25515033
Alignment:
Q  8 gcctctgccatggcccgccagtcggcgttctcagcaacgactcgtccgacggtgttcacctgcaacgccatcatcggtgccatgcaccgcgcaaaaagac 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  25514682 gcctctgccatggcccgccagtcggcgttctcagcaacgactcgtccgacggtgttcacctgcaacgccatcatcggtgccatgctccacgcaaaaagac 25514781  T
Q  108 acaacgaagctcttgatttgcacgagttcttctttaactcgtttaaaattactcctaacattgtctcttataactttatgatcaacgcatattgtgatga 207  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| | ||||| || |||||||||||    
T  25514782 acaaccaagctcttgatttgtacgagttcttctttaacttgtttaaaattgttcctaacattgtctctcataactttgttatcaatgcctattgtgatga 25514881  T
Q  208 gggctgcattgatgcggccctcgatgtttttcggaaaatgaaggctaatgcatctatcaaaccctcactggttacctatcagattatcaccaaatgtatg 307  Q
    |||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||    
T  25514882 gggccgcattgacgcggctctcgatgtttttcggaaaatgaaggccgatgcatctatcaaaccctcaccggttacctatcagattatcaccaaagctttg 25514981  T
Q  308 atcaatgctggtcgtattgaggacgccagtgacatttggtttgagatgttat 359  Q
    |||| ||||||||||||||| || ||| ||||||| | |||| |||||||||    
T  25514982 atcagtgctggtcgtattgaagatgcccgtgacatcttgtttaagatgttat 25515033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 489 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 25538274 - 25538136
Alignment:
Q  489 gtgttgtgagtgccacttacatgaattggtttcttaagcaaggaagagataaggacgccatggagtgttataagtctttattgaaccgcaagtgtaggat 588  Q
    ||||||||| |||||| | |||| | |||||| ||||| | |||||||| ||||| |||||||||| |||| | || |||||||||| ||||| ||||||    
T  25538274 gtgttgtgaatgccacattcatggaatggttttttaaggagggaagagaaaaggaagccatggagtcttatgactccttattgaaccacaagtttaggat 25538175  T
Q  589 gagacctgagactggcgatgttctcttggaggttttgct 627  Q
    ||||||||| ||| || ||| ||| |||||||| |||||    
T  25538174 gagacctgaaacttgcaatgctcttttggaggtgttgct 25538136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 846 - 925
Target Start/End: Complemental strand, 25544491 - 25544412
Alignment:
Q  846 agctcatctccattttctgtgcacatgatatgttgtctgaagctgagaatctatttcaagatatgtactccatgtctatg 925  Q
    |||| |||||||  ||||||| | ||| ||| |||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||||    
T  25544491 agcttatctccacgttctgtgaatatggtattttgtctaaagctgagaatcagtttcaagagatgtactccatgactatg 25544412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 55; Significance: 5e-22; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 425 - 801
Target Start/End: Original strand, 43223700 - 43224073
Alignment:
Q  425 aatttggataaggctaatgagtttattgatgagcttaagataaggtgtccatattaccaccatggtgttgtgagtgccacttacatgaattggtttctta 524  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  |||||||     |||  |   ||||||||| | ||| ||||||||| | |||||| |||    
T  43223700 aatttggataaggctaatgagctttttgatgagcttaagggaaggtgtagtgtttatga---tggtgttgtaaatgctacttacatggaatggtttttta 43223796  T
Q  525 agcaaggaagagataaggacgccatggagtgttataagtctttattgaaccgcaagtgtaggatgagacctgagactggcgatgttctcttggaggtttt 624  Q
    |||| |||||||||||||| || ||||| |  |||||||||||  || | ||| ||| |||||||| |||||  ||| |  ||||||| |||||||||||    
T  43223797 agcagggaagagataaggaggctatggattcgtataagtctttcatggatcgcgagtttaggatgacacctgcaacttgtaatgttctgttggaggtttt 43223896  T
Q  625 gctcaagtatggaaagaaaactgaggcttgggacttgtttcatgacatgttagacaatcacacgccttccacttttcatgatgtcgactctgacactttt 724  Q
    ||| ||| |||  |||||||  ||||||||| | |||||| || | ||||| || |||||||| ||| | | |||||| | |||  | || || ||||||    
T  43223897 gcttaagcatgataagaaaaaggaggcttggaaattgtttgatcagatgttggataatcacactcctcctaattttcaagctgttaattccgatactttt 43223996  T
Q  725 actttgatggtcgaggaatgcttgaagctcggtaaggttgatgaagcccttgcaactttgaagaaagttggaaccaa 801  Q
    | | | |||||  | || ||||| ||||  |||||| |||||||||||||||  ||||| | ||| ||||| |||||    
T  43223997 aatatcatggttaatgagtgctttaagcatggtaagtttgatgaagcccttgatacttttaggaaggttggtaccaa 43224073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 4959 times since January 2019
Visitors: 5753