View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0829_low_48 (Length: 349)

Name: NF0829_low_48
Description: NF0829
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0829_low_48
NF0829_low_48
[»] chr4 (40 HSPs)
chr4 (21-349)||(27497173-27497501)
chr4 (44-289)||(27415608-27415851)
chr4 (24-249)||(27506662-27506887)
chr4 (46-289)||(27489946-27490189)
chr4 (28-245)||(27478838-27479055)
chr4 (44-245)||(27563301-27563502)
chr4 (44-283)||(27425796-27426035)
chr4 (28-234)||(27485909-27486115)
chr4 (24-245)||(27468282-27468503)
chr4 (44-283)||(27412654-27412887)
chr4 (24-245)||(27475534-27475755)
chr4 (24-245)||(27503886-27504107)
chr4 (37-176)||(27527138-27527277)
chr4 (44-245)||(27565906-27566107)
chr4 (26-282)||(27569967-27570223)
chr4 (26-283)||(27420374-27420631)
chr4 (25-240)||(27524489-27524704)
chr4 (44-239)||(27585672-27585867)
chr4 (24-245)||(27514855-27515076)
chr4 (25-245)||(27508817-27509037)
chr4 (91-245)||(27423253-27423407)
chr4 (21-174)||(27486944-27487097)
chr4 (41-200)||(27526112-27526271)
chr4 (41-198)||(27501298-27501455)
chr4 (44-200)||(27431148-27431304)
chr4 (87-174)||(27557516-27557603)
chr4 (44-199)||(27498399-27498554)
chr4 (21-200)||(27513776-27513955)
chr4 (44-210)||(17970283-17970449)
chr4 (44-174)||(27554293-27554423)
chr4 (21-174)||(27469421-27469574)
chr4 (21-200)||(27500338-27500517)
chr4 (38-200)||(27411456-27411618)
chr4 (83-200)||(27479924-27480041)
chr4 (21-174)||(27523429-27523582)
chr4 (38-174)||(27414330-27414466)
chr4 (38-174)||(27424540-27424676)
chr4 (44-200)||(27444794-27444950)
chr4 (44-200)||(27505702-27505858)
chr4 (41-118)||(27476668-27476745)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (35-253)||(1754663-1754881)
chr5 (44-245)||(1756712-1756913)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (20-279)||(55084746-55085005)
chr3 (44-201)||(38043887-38044044)
chr3 (21-201)||(38024874-38025054)
chr3 (21-201)||(38031326-38031506)
chr3 (44-249)||(50909944-50910149)
chr3 (44-200)||(50904792-50904948)
chr3 (44-201)||(50911868-50912025)
chr3 (44-174)||(38033805-38033935)
chr3 (44-201)||(38028765-38028922)
chr3 (44-201)||(38036792-38036949)
chr3 (44-201)||(38040080-38040237)
chr3 (83-210)||(48840702-48840828)
chr3 (38-75)||(38032260-38032297)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (44-210)||(3073553-3073719)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (44-201)||(21607295-21607452)
chr8 (124-173)||(21634607-21634656)
chr8 (44-201)||(21604753-21604910)
chr8 (38-75)||(21608235-21608272)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (47-75)||(21477498-21477526)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 305; Significance: 1e-172; HSPs: 40)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 305; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 21 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 27497501 - 27497173
Alignment:
Q  21 catcatcaaaatctgtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaacc 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27497501 catcatcaaaatctgtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaacc 27497402  T
Q  121 attgtttcaagatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcactgaaaatgtcttccaacgc 220  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27497401 attgtttcaatatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcaccattccttgcactgaaaatgtcttccaacgc 27497302  T
Q  221 ataacttctcgcttgaatgggctataaatttcacatggaaagagactgacgtagtttagtagactagagtagaggcatttttgtatactaggcatctaat 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27497301 ataacttctcgcttgaatgggctataaatttcacgtggaaagagactgacgtagtttagtagactagagtagagacatttttgtatactaggcatctaat 27497202  T
Q  321 caaatagcaatgatgggaagagaaattac 349  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  27497201 caaattgcaatgatgggaaaagaaattac 27497173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 44 - 289
Target Start/End: Original strand, 27415608 - 27415851
Alignment:
Q  44 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtc 143  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  27415608 ccaaagggatatcttgcagtgtatgttgga---aaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaagacttgttgagtc 27415704  T
Q  144 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcactgaaaatgtcttccaacgcataacttctcgcttgaatgggct 243  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||| |||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||  |    
T  27415705 aagctgaggaagagtttggatatgatcattccatgggtggcctcaccattccttgcacagaagatgtctttcaacacataacatctcgcttgaacggaat 27415804  T
Q  244 ataaatttcaca-tggaaagagactgacgtagtttagtagactagag 289  Q
    || ||| | |||    |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27415805 atgaatctaacacaaaaaagagactgacatagtttagtagactagag 27415851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 24 - 249
Target Start/End: Original strand, 27506662 - 27506887
Alignment:
Q  24 catcaaaatctgtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccatt 123  Q
    |||||||||| | || |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  27506662 catcaaaatcagcaggagttccaaagggctatgttgcagtatatgtcggagagaaacagacgcggtttgtgatcccaatatcatacttaaaccaaccatt 27506761  T
Q  124 gtttcaagatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcactgaaaatgtcttccaacgcata 223  Q
    ||||||||| ||| |   |||||| || ||||| |||||||||||||||||||  ||||| |||| |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||    
T  27506762 gtttcaagaattgctacatcaagcggaagaagaatttggatatgatcatcccatgggtggactcaccattccttgcactgaagatgtctttcaacacata 27506861  T
Q  224 acttctcgcttgaatgggctataaat 249  Q
    |||||| ||||||||| || ||||||    
T  27506862 acttcttgcttgaatgagccataaat 27506887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 46 - 289
Target Start/End: Original strand, 27489946 - 27490189
Alignment:
Q  46 aaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtcaa 145  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||  ||||| | |||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| ||||    
T  27489946 aaagggctatgttgtagtgtatgttggagagaaacaaaaacggtttgtagtccctgtgtcatacttaaacaaaccatcatttcaagatttgttgaatcaa 27490045  T
Q  146 gctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcactgaaaatgtcttccaacgcataacttctcgcttgaatgggctat 245  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| |||||||  ||  ||| ||| |||||||  ||||| ||||||||| |||||||| |    
T  27490046 gccgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattcctgtcaacgaagatgacttccaatacataatttctcgctttaatgggctgt 27490145  T
Q  246 aaatttcacatggaaagagactgacgtagtttagtagactagag 289  Q
    ||| |||| |  | ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27490146 aaacttcatactgcaagagactgacatagtttagtagactagag 27490189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 28 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 27479055 - 27478838
Alignment:
Q  28 aaaatctgtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgttt 127  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||| || |||||||| |||||||||||||||    
T  27479055 aaaatcagcagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaacagaagcggtttgttgtcccaatatcatacttgaaccaaccattgttt 27478956  T
Q  128 caagatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcactgaaaatgtcttccaacgcataactt 227  Q
    ||||| ||| |   |||||| || ||||| |||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| | ||| |||| |||||||  |||||||    
T  27478955 caagaattgctacatcaagcggaagaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgctccgaagatgtgttccaacatataactt 27478856  T
Q  228 ctcgcttgaatgggctat 245  Q
    || |||||||||||||||    
T  27478855 cttgcttgaatgggctat 27478838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 44 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 27563502 - 27563301
Alignment:
Q  44 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtc 143  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||||||  | |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  27563502 ccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaacattgtttcaagatttgctgagtc 27563403  T
Q  144 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcactgaaaatgtcttccaacgcataacttctcgcttgaatgggct 243  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||  ||||||||||||||| ||| ||| ||||  ||||||||||||||||||| |||    
T  27563402 aagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatgcctttcaacatataacttctcgcttgaatgagct 27563303  T
Q  244 at 245  Q
    ||    
T  27563302 at 27563301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 44 - 283
Target Start/End: Original strand, 27425796 - 27426035
Alignment:
Q  44 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtc 143  Q
    |||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || |||||||| ||||||||||  |||||||| || |||||||    
T  27425796 ccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacaaaagcggtatgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcatttcaagacttattgagtc 27425895  T
Q  144 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcactgaaaatgtcttccaacgcataacttctcgcttgaatgggct 243  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||| ||  |||| || ||||  || || |||||||||||||| ||    
T  27425896 aatttgaggaagagtttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaggatgtatttcaacatatgacatctcgcttgaatggcct 27425995  T
Q  244 ataaatttcacatggaaagagactgacgtagtttagtaga 283  Q
    || ||| | |||   ||| |||||||| ||||||||||||    
T  27425996 atgaatctgacaccaaaacagactgacatagtttagtaga 27426035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 28 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 27486115 - 27485909
Alignment:
Q  28 aaaatctgtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgttt 127  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||| || |||||||| |||||||||||||||    
T  27486115 aaaatcagcagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaacagaagcggtttgttgtcccaatatcatacttgaaccaaccattgttt 27486016  T
Q  128 caagatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcactgaaaatgtcttccaacgcataactt 227  Q
    ||||| ||| |   |||||| || ||||| |||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||   ||||| |||| | ||||||    
T  27486015 caagaattgctacatcaagcggaagaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcactgaaggcgtctttcaacacgtaactt 27485916  T
Q  228 ctcgctt 234  Q
    || ||||    
T  27485915 cttgctt 27485909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 24 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 27468503 - 27468282
Alignment:
Q  24 catcaaaatctgtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccatt 123  Q
    |||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    |||||||||  ||||| | ||||||||||||||||| |     
T  27468503 catcaaaatctgtagaagtgagaaagggctatgttgcggtgtatgttggagagaaactggtgcggtttgtagtccctgtatcatacttaaaccaaccttc 27468404  T
Q  124 gtttcaagatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcactgaaaatgtcttccaacgcata 223  Q
     |||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||  |||    
T  27468403 atttcaagacttgttgagtcaatccgaggaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcacggaagatgtcttccaacatata 27468304  T
Q  224 acttctcgcttgaatgggctat 245  Q
    | ||||  ||||||||| ||||    
T  27468303 atttcttccttgaatggactat 27468282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 44 - 283
Target Start/End: Original strand, 27412654 - 27412887
Alignment:
Q  44 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtc 143  Q
    |||||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||      ||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||    
T  27412654 ccaaagggatatattgccgtgtatgttggagagaaac------ggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccattatttcaagacttattgagtc 27412747  T
Q  144 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcactgaaaatgtcttccaacgcataacttctcgcttgaatgggct 243  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| |||||||||||| ||| ||||||| ||||  ||||| ||||||| |||||||||    
T  27412748 aagctgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcacggaagatgtctttcaacatataacatctcgctcgaatgggct 27412847  T
Q  244 ataaatttcacatggaaagagactgacgtagtttagtaga 283  Q
    || ||| | |||   ||||| |||||| ||||||||||||    
T  27412848 atgaatctgacaccaaaagaaactgacatagtttagtaga 27412887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 24 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 27475755 - 27475534
Alignment:
Q  24 catcaaaatctgtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccatt 123  Q
    |||||||||| ||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||| |||     |||||||||  | ||| | |||||||| || ||||| |     
T  27475755 catcaaaatcagtagaagtgaaaaagggctatgttgccgtgtatgttggagagaaattggcgcggtttgtagttcctgtatcatacttgaatcaaccttc 27475656  T
Q  124 gtttcaagatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcactgaaaatgtcttccaacgcata 223  Q
     |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| | ||| ||||||||||||  |||    
T  27475655 atttcaagacttgttgagtcaagccgaggaagagtttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgctccgaagatgtcttccaacatata 27475556  T
Q  224 acttctcgcttgaatgggctat 245  Q
    |||||| |||||||||||||||    
T  27475555 acttcttgcttgaatgggctat 27475534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 24 - 245
Target Start/End: Original strand, 27503886 - 27504107
Alignment:
Q  24 catcaaaatctgtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccatt 123  Q
    |||||||||| ||||||||   ||||||||||||| | |||||||||||||| |||     |||||||||  | ||| | |||||||| |||||||| |     
T  27503886 catcaaaatcagtagaagtgaaaaagggctatgtttccgtgtatgttggagagaaattggcgcggtttgtagttcctgtatcatacttgaaccaaccttc 27503985  T
Q  124 gtttcaagatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcactgaaaatgtcttccaacgcata 223  Q
     |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| ||||    
T  27503986 atttcaagacttgttgagtcaagccgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgtcttccaacacata 27504085  T
Q  224 acttctcgcttgaatgggctat 245  Q
    |||||| |||||||||| ||||    
T  27504086 acttcttgcttgaatggactat 27504107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 37 - 176
Target Start/End: Original strand, 27527138 - 27527277
Alignment:
Q  37 agaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttg 136  Q
    |||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||| ||||||||||||||| ||||| ||| |||    
T  27527138 agaagtaccaaagggctatcttgcggtgtatgttggagataaacagaaacggtttgtgatcccaatatcacacttaaaccaaccatcgtttctagagttg 27527237  T
Q  137 ttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccca 176  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27527238 ctgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccca 27527277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 44 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 27566107 - 27565906
Alignment:
Q  44 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtc 143  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||| | |||||||||||||||||||| ||| |||  |    
T  27566107 ccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccattgtttcaagacttgctgatac 27566008  T
Q  144 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcactgaaaatgtcttccaacgcataacttctcgcttgaatgggct 243  Q
    ||| ||||||||||  ||||||||||||||| |  |||||||||| |||||||||    ||| ||||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||    
T  27566007 aagttgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtggcgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatggact 27565908  T
Q  244 at 245  Q
    ||    
T  27565907 at 27565906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 26 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 27570223 - 27569967
Alignment:
Q  26 tcaaaatctgtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgt 125  Q
    |||||| |||| || || |||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||| | ||||| |||||||||  | |||||||||| |||||| |  |    
T  27570223 tcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcat 27570124  T
Q  126 ttcaagatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcactgaaaatgtcttccaacgcataac 225  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||| ||| || |||| ||||  |||||    
T  27570123 ttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatatctttcaacatataac 27570024  T
Q  226 ttctcgcttgaatgggctataaatttcacatggaaagagactgacgtagtttagtag 282  Q
     |||||| |||| ||| ||| ||| | |||    ||||||||||| |||||||||||    
T  27570023 atctcgcatgaacgggatatgaatctaacaccagaagagactgacatagtttagtag 27569967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 26 - 283
Target Start/End: Original strand, 27420374 - 27420631
Alignment:
Q  26 tcaaaatctgtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgt 125  Q
    ||||||||||| || || |||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||| | ||||| | | |||||  | |||||||| | |||||| |  |    
T  27420374 tcaaaatctgtggacgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatttaatccccgtatcatacttgagccaaccttcat 27420473  T
Q  126 ttcaagatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcactgaaaatgtcttccaacgcataac 225  Q
    ||||||  ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||| ||| ||||||| ||||  |||||    
T  27420474 ttcaaggcttgctgagtcaagttgaggaagagtttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcacggaagatgtctttcaacatataac 27420573  T
Q  226 ttctcgcttgaatgggctataaatttcacatggaaagagactgacgtagtttagtaga 283  Q
    |||| |||| |||||||||| ||| | | |   |||||| ||||| ||||||||||||    
T  27420574 ttcttgcttcaatgggctatgaatctgagaccaaaagagtctgacatagtttagtaga 27420631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 25 - 240
Target Start/End: Original strand, 27524489 - 27524704
Alignment:
Q  25 atcaaaatctgtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattg 124  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  | ||||||  |  | ||| | ||||| || |||||||| |      
T  27524489 atcaaaatctgtagaagtgagaaagggctacgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttca 27524588  T
Q  125 tttcaagatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcactgaaaatgtcttccaacgcataa 224  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||  ||||    
T  27524589 tttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccgtgcaccgaagatgtcttccaacatataa 27524688  T
Q  225 cttctcgcttgaatgg 240  Q
    ||||  ||||||||||    
T  27524689 cttcatgcttgaatgg 27524704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 44 - 239
Target Start/End: Original strand, 27585672 - 27585867
Alignment:
Q  44 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtc 143  Q
    |||||||| ||| | |||||||  ||||| |||||||||||| | |||||||||||  | |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27585672 ccaaagggatatctcgcagtgtgcgttggtgataaacaaaagagatttgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgatgagtc 27585771  T
Q  144 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcactgaaaatgtcttccaacgcataacttctcgcttgaatg 239  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||| |  || || |||| |||||||||||| ||| ||| |||| |||  ||||||| |||||||||||    
T  27585772 aagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggaggtctcaccattccttgcacagaagatgccttcaaacatataacttatcgcttgaatg 27585867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 24 - 245
Target Start/End: Original strand, 27514855 - 27515076
Alignment:
Q  24 catcaaaatctgtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccatt 123  Q
    |||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    |||||||||  ||||| | |||||||| || ||||| |     
T  27514855 catcaaaatctgtagaagtgagaaagggctatgttgcggtgtatgttggagagaaactggtgcggtttgtagtccctgtatcatacttgaatcaaccttc 27514954  T
Q  124 gtttcaagatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcactgaaaatgtcttccaacgcata 223  Q
     |||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||| || ||| |||||||||| |  |||    
T  27514955 atttcaagacttgttgagtcaatccgaggaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgtacagaagatgtcttccagcatata 27515054  T
Q  224 acttctcgcttgaatgggctat 245  Q
    | ||||  ||||||||| ||||    
T  27515055 atttcttccttgaatggactat 27515076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 25 - 245
Target Start/End: Original strand, 27508817 - 27509037
Alignment:
Q  25 atcaaaatctgtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattg 124  Q
    |||||||||| |||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||| |||||  | ||| | ||||| || |||||||| |      
T  27508817 atcaaaatctatagaagtgagaaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcgttttgtcgttcctgtgtcatatttgaaccaaccttca 27508916  T
Q  125 tttcaagatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcactgaaaatgtcttccaacgcataa 224  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||| ||| | ||| |||| |||||||  ||||    
T  27508917 tttcaagacttgttgaatcaggctgaggaagagtttggatatgatcatccaacgggtggcctcaccattccatgctccgaagatgtgttccaacatataa 27509016  T
Q  225 cttctcgcttgaatgggctat 245  Q
    ||||| |||| ||||| ||||    
T  27509017 cttcttgcttcaatggactat 27509037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 91 - 245
Target Start/End: Original strand, 27423253 - 27423407
Alignment:
Q  91 tgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatc 190  Q
    ||||||||  || |||||||| |||||||| |  |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||  |||||||||| |    
T  27423253 tgtgatccgcatatcatacttgaaccaaccttcatttcaagaattgttgagtcaagccgaggaagagtttggttacaatcatcccatgggtggcctcacc 27423352  T
Q  191 attccttgcactgaaaatgtcttccaacgcataacttctcgcttgaatgggctat 245  Q
     |||||||||| ||| |||| |||||||  |||||||||| ||||||||| ||||    
T  27423353 gttccttgcacggaagatgttttccaacatataacttctcacttgaatggactat 27423407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 21 - 174
Target Start/End: Original strand, 27486944 - 27487097
Alignment:
Q  21 catcatcaaaatctgtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaacc 120  Q
    |||| |||||| |||| || ||||||||||| ||| | |||||||| || ||||| |||   |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  27486944 catcttcaaaagctgtggacgttccaaagggatatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctttatcatacttaaaccaacc 27487043  T
Q  121 attgtttcaagatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcc 174  Q
    || ||||||||| |||||||  |||||||| ||| | |||| ||||||||||||    
T  27487044 atcgtttcaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatcc 27487097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 41 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 27526271 - 27526112
Alignment:
Q  41 gttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttga 140  Q
    ||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| |||   |||||||||||||| ||| | |||||||| |||||| | |  || ||||| |||||||    
T  27526271 gttccaaagggatatctagcagtgtatgttggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacctcattccaagaattgttga 27526172  T
Q  141 gtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgca 200  Q
    | |||||||||||| | |||| |||||||||||| || ||||| ||||  ||||||||||    
T  27526171 gccaagctgaggaacaatttgaatatgatcatccaacgggtggtctcactattccttgca 27526112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 41 - 198
Target Start/End: Original strand, 27501298 - 27501455
Alignment:
Q  41 gttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttga 140  Q
    ||||||||||| | | | ||||| |||||||||||  ||   || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27501298 gttccaaagggatgtctagcagtatatgttggagaggaaatgaaacggtttgtgatcccaatatcatacttaaaccaaccattgtttcaagacttgttga 27501397  T
Q  141 gtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttg 198  Q
      ||||| |||||| | |||| ||| |||||||| || ||||| ||||  ||||||||    
T  27501398 accaagccgaggaacaatttgaatacgatcatccaacgggtggtctcactattccttg 27501455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 44 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 27431304 - 27431148
Alignment:
Q  44 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtc 143  Q
    |||||||| ||| ||||||| |||||||| ||| ||   ||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||| |  |||||||| ||||||| ||    
T  27431304 ccaaagggatatattgcagtatatgttggggatgaaatgaagaggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccgtcatttcaagaattgttgaatc 27431205  T
Q  144 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgca 200  Q
    |||| |||||| | ||||||||||| ||||| || ||||| ||||  ||||||||||    
T  27431204 aagccgaggaacaatttggatatgaccatccaaccggtggtctcacaattccttgca 27431148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 87 - 174
Target Start/End: Original strand, 27557516 - 27557603
Alignment:
Q  87 ggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcc 174  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||| ||| ||| ||||||||||||| | |||| ||||| ||||||    
T  27557516 ggtttgtgatcccaatgtcatacttaaaccaaccatcatttcaagaattgctgaatcaagctgaggaacaatttgaatatgttcatcc 27557603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 44 - 199
Target Start/End: Original strand, 27498399 - 27498554
Alignment:
Q  44 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtc 143  Q
    |||||||| ||| | ||||| |||||||||||  ||   || || |||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||| |||||||  |    
T  27498399 ccaaagggatatctagcagtatatgttggagaggaaatgaaacgttttgtgatccctatatcatacttgaaccaaccatcgttccaagacttgttgaacc 27498498  T
Q  144 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgc 199  Q
    |||| |||||| | || | |||||||||||| |  ||||| ||||  |||||||||    
T  27498499 aagccgaggaacaattcgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgc 27498554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 27513955 - 27513776
Alignment:
Q  21 catcatcaaaatctgtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaacc 120  Q
    |||| |||||| |||| || || ||||| || ||| | ||||||||||| ||||| |||   ||||||||||||||||| || |||||||| |||||| |    
T  27513955 catcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaac 27513856  T
Q  121 attgtttcaagatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgca 200  Q
     | ||| ||||| |||||||  |||||||| ||| | | || |||||||||||| |  ||||| ||||  ||||||||||    
T  27513855 ctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatatgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgca 27513776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 44 - 210
Target Start/End: Original strand, 17970283 - 17970449
Alignment:
Q  44 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtc 143  Q
    |||||||| ||| |||| ||||| ||||||||  ||   |||||||||||||||||||  |||||||| |||||| | |  |||||| | ||| ||||||    
T  17970283 ccaaagggatatcttgcggtgtacgttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctacgtcatacttgaaccaaacttcatttcaatacttgctgagtc 17970382  T
Q  144 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcactgaaaatgt 210  Q
      || |||||||| || ||||| |||||||| |  ||||||||||  ||||||||||| ||| ||||    
T  17970383 gggcagaggaagaattcggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatgt 17970449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 44 - 174
Target Start/End: Original strand, 27554293 - 27554423
Alignment:
Q  44 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtc 143  Q
    |||||||| ||  ||||||| |||||||||||  ||   ||||||||||||||  | || || |  |||| |||||||| ||||||||| ||| ||| ||    
T  27554293 ccaaagggataccttgcagtatatgttggagaggaaatgaagcggtttgtgatatcaatttctttgttaagccaaccatcgtttcaagaattgctgaatc 27554392  T
Q  144 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcc 174  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  27554393 aagctgaggaacaatttggatatgatcatcc 27554423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 174
Target Start/End: Original strand, 27469421 - 27469574
Alignment:
Q  21 catcatcaaaatctgtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaacc 120  Q
    |||| |||||| |||| || ||||||||||| ||| | |||||||| || ||||| |||   |||||||||||||||||||| ||||| || || ||| |    
T  27469421 catcttcaaaagctgtggacgttccaaagggatatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctatatcatatttgaagcaaac 27469520  T
Q  121 attgtttcaagatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcc 174  Q
    ||  || |||||  ||||||| |||||||| ||| | |||| |||||| |||||    
T  27469521 atcattacaagaactgttgagccaagctgaagaacaatttgaatatgaacatcc 27469574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 27500517 - 27500338
Alignment:
Q  21 catcatcaaaatctgtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaacc 120  Q
    |||| ||||||||||| || || ||||| || ||| | |||||||| || ||||| |||   ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||      
T  27500517 catcttcaaaatctgtggacgtaccaaaaggatatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcgatttgtgatccctatatcatacttaaaccaaag 27500418  T
Q  121 attgtttcaagatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgca 200  Q
     |  || ||||| ||| |||| ||| |||| ||| |||| |||||||| ||||| |  |||||| |||  ||||||||||    
T  27500417 ttcattccaagaattgctgagccaatctgaagaacagttcggatatgaccatccaatgggtggcatcactattccttgca 27500338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 38 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 27411618 - 27411456
Alignment:
Q  38 gaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgt 137  Q
    ||||| ||||| |||||| | ||||| ||||||||||||| |   |  ||||| ||||| ||  | |||||||| |||||||||| ||||||||| ||      
T  27411618 gaagtcccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatagaatgagacggttcgtgattccagtatcatacttgaaccaaccatcgtttcaagaattac 27411519  T
Q  138 tgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgca 200  Q
    | | |||||| || ||||| ||||||||||||||||| |  ||||| ||||  ||||||||||    
T  27411518 taaatcaagcagaagaagaatttggatatgatcatcctatgggtggtctcacaattccttgca 27411456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 83 - 200
Target Start/End: Original strand, 27479924 - 27480041
Alignment:
Q  83 aagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtg 182  Q
    ||||| |||||||| ||| | |||||||| |||||| |||  || ||| | |||||||  |||||||||||| | |||| |||||||||||| |  ||||    
T  27479924 aagcgttttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacatcattccaaaagttgttgaaccaagctgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtg 27480023  T
Q  183 gcctcatcattccttgca 200  Q
    | |||| |||||||||||    
T  27480024 gtctcaccattccttgca 27480041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 21 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 27523582 - 27523429
Alignment:
Q  21 catcatcaaaatctgtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaacc 120  Q
    |||| |||||| |||| || ||||||||||||||| | |||||||| || ||||| |||   |||||||||||||| ||| | ||||| || |||||| |    
T  27523582 catcttcaaaagctgtggacgttccaaagggctatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatatttgaaccaaac 27523483  T
Q  121 attgtttcaagatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcc 174  Q
     |  || ||||| ||||||||  |||| |||||| | |||| |||||| |||||    
T  27523482 ttcattccaagaattgttgagcgaagccgaggaacaatttgaatatgaccatcc 27523429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 38 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 27414466 - 27414330
Alignment:
Q  38 gaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgt 137  Q
    ||||| ||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||   |  ||||||||||| ||| | |||||||| |||||||| |  |||||||| ||      
T  27414466 gaagtgccaaaaggctatcttgcagtctacgttggagataaaatgagacggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaccctcatttcaagaattac 27414367  T
Q  138 tgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcc 174  Q
    | | |||| | || ||||| |||||||||||||||||    
T  27414366 taaatcaatcagaagaagaatttggatatgatcatcc 27414330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 38 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 27424676 - 27424540
Alignment:
Q  38 gaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgt 137  Q
    ||||| ||||| |||||| | ||||| |||||||||||| ||   | |||||||||||| ||  | |||||||| |||||||| |  |||||||| |||     
T  27424676 gaagtcccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatcaaatgaggcggtttgtgattccagtatcatacttgaaccaaccttcatttcaagaattgc 27424577  T
Q  138 tgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcc 174  Q
    | | |||| |||| ||||| | |||||||||||||||    
T  27424576 taaatcaatctgaagaagaatatggatatgatcatcc 27424540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 44 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 27444950 - 27444794
Alignment:
Q  44 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtc 143  Q
    |||||||| ||| ||||||| || ||||||||  ||   ||| ||||||||||||| || |||||||| | |||| |||  |||||||| || |||| ||    
T  27444950 ccaaagggatatcttgcagtatacgttggagaggaaatgaagaggtttgtgatcccaatatcatacttgagccaatcatcatttcaagaattattgaatc 27444851  T
Q  144 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgca 200  Q
    |||| |||||| | || |||||||| ||||| |  ||||| ||||  ||||||||||    
T  27444850 aagccgaggaacaattcggatatgaccatccaatgggtggtctcacaattccttgca 27444794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 44 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 27505858 - 27505702
Alignment:
Q  44 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtc 143  Q
    |||||||| ||| | |||||||| || ||||| |||   |||||||||||||| ||| | |||||||| |||||| | |  || ||||| |||||||  |    
T  27505858 ccaaaggggtatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacctcattccaagaattgttgaacc 27505759  T
Q  144 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgca 200  Q
    ||||||||||| | |||| |||||| ||||| |  ||||| ||||  ||||||||||    
T  27505758 aagctgaggaacaatttgaatatgaccatccaatgggtggtctcactattccttgca 27505702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 41 - 118
Target Start/End: Original strand, 27476668 - 27476745
Alignment:
Q  41 gttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaa 118  Q
    ||||||||||| ||| | |||||||||||||| || |||   |||||||||||||| ||| | |||||||| ||||||    
T  27476668 gttccaaagggatatctagcagtgtatgttggtgagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaa 27476745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 35 - 253
Target Start/End: Original strand, 1754663 - 1754881
Alignment:
Q  35 gtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatt 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || |||  ||||||||| || |||||||| || ||||||| |||||||   |    
T  1754663 gtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatattggagagaaacagaaacggcatgtgatcccaatatcatacttgaatcaaccatcgtttcaatcct 1754762  T
Q  135 tgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcactgaaaatgtcttccaacgcataacttctcgctt 234  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||| |||||| ||| |||||||| ||   ||||||||| ||||    
T  1754763 tgttgagtcaagctgcggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattctttgcacagaagatgtcttcgaaaatataacttctagctt 1754862  T
Q  235 gaatgggctataaatttca 253  Q
     ||||||||||||||||||    
T  1754863 aaatgggctataaatttca 1754881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 44 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 1756913 - 1756712
Alignment:
Q  44 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtc 143  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||| | ||||||||||    
T  1756913 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaatacttgttgagtc 1756814  T
Q  144 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcactgaaaatgtcttccaacgcataacttctcgcttgaatgggct 243  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||| |||||||||||| ||| ||| ||||||||  || || ||| |||||||||||||    
T  1756813 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaacatattacctcttgcttgaatgggct 1756714  T
Q  244 at 245  Q
    ||    
T  1756713 at 1756712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 20 - 279
Target Start/End: Original strand, 55084746 - 55085005
Alignment:
Q  20 acatcatcaaaatctgtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaac 119  Q
    |||||||||||||||||  | || ||||| || | | ||||||||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||    
T  55084746 acatcatcaaaatctgtgaatgtgccaaaagggtgtcttgcagtgtatgttggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctatgtcttacttgaaccaac 55084845  T
Q  120 cattgtttcaagatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcactgaaaatgtcttccaacg 219  Q
    |||  |||||||| ||||||||||  || |||||||| |||||||| |||||||| |  ||||||||||  ||||||||||| ||| |||| |||   |     
T  55084846 catcatttcaagacttgttgagtcgggcggaggaagaatttggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatgttttctttca 55084945  T
Q  220 cataacttctcgcttgaatgggctataaatttcacatggaaagagactgacgtagtttag 279  Q
     || ||||||||||| ||||  |||||||| | |||  |||||||| |||| ||| ||||    
T  55084946 tattacttctcgcttcaatgaactataaatcttacactgaaagagattgacatagattag 55085005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 44 - 201
Target Start/End: Original strand, 38043887 - 38044044
Alignment:
Q  44 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtc 143  Q
    |||||| ||||| ||||||||||  |||||||  ||   |||||||||||||||||||| |||||||| || ||| | | ||||||||| ||| ||||||    
T  38043887 ccaaagagctatcttgcagtgtactttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctatgtcatacttgaatcaaacttcgtttcaagacttgctgagtc 38043986  T
Q  144 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcac 201  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||| |  || |||||||  |||||||||||    
T  38043987 aagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggcggcctcacaattccttgcac 38044044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 21 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 38025054 - 38024874
Alignment:
Q  21 catcatcaaaatctgtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaacc 120  Q
    ||||||||||| ||||  | || |||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||   ||||||||||| ||||| || |||||||| |||||| |    
T  38025054 catcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagc 38024955  T
Q  121 attgtttcaagatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcac 201  Q
     |  |||||| | || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |  ||||||||||  |||||||||||    
T  38024954 ttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcac 38024874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 21 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 38031506 - 38031326
Alignment:
Q  21 catcatcaaaatctgtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaacc 120  Q
    ||||||||||| ||||  | || |||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||   ||||||||||| ||||| || |||||||| |||||| |    
T  38031506 catcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagc 38031407  T
Q  121 attgtttcaagatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcac 201  Q
     |  |||||| | || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |  ||||||||||  |||||||||||    
T  38031406 ttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcac 38031326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 44 - 249
Target Start/End: Original strand, 50909944 - 50910149
Alignment:
Q  44 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtc 143  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||  ||     ||||||||| ||||| || |||||||| |||||| | |  |||||| | ||||||| ||    
T  50909944 ccaaagggttatcttgcagtgtatgttggagagcaaatgctgcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacttgttgaatc 50910043  T
Q  144 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcactgaaaatgtcttccaacgcataacttctcgcttgaatgggct 243  Q
    |||  |||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||  ||||||||||| ||| ||||||||   |  || ||||||||||| |||| |||    
T  50910044 aagtggaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatgtcttcttgcaaattacttctcgcttcaatgagct 50910143  T
Q  244 ataaat 249  Q
    ||||||    
T  50910144 ataaat 50910149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 44 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 50904948 - 50904792
Alignment:
Q  44 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtc 143  Q
    |||||||| ||| |||||||||| ||||||||  ||   |||||||||||||||| ||| || ||||| |||||| | |  |||||||| ||||||||||    
T  50904948 ccaaagggatatcttgcagtgtacgttggagaagaaatgaagcggtttgtgatccatatgtcctacttgaaccaaacttcatttcaagacttgttgagtc 50904849  T
Q  144 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgca 200  Q
     ||| ||||| || || |||||||||||||| |  |||||||||| |||||||||||    
T  50904848 gagcagaggatgaattcggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 50904792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 44 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 50912025 - 50911868
Alignment:
Q  44 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtc 143  Q
    |||||||||||| |||| || ||||||||||| ||    || |||||||||||||| |  |||||||| |||||| | |  |||||| | ||||||||||    
T  50912025 ccaaagggctatcttgcggtatatgttggagacaagatgaaacggtttgtgatccccaagtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacttgttgagtc 50911926  T
Q  144 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcac 201  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||| || |  |||||||| |  |||||||||||    
T  50911925 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctaacaattccttgcac 50911868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 44 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 38033935 - 38033805
Alignment:
Q  44 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtc 143  Q
    |||||||||||| ||||||||||  |||||||  ||   ||||||||||| ||||| |  |||||||| |||||| | |  |||||| | ||||||||||    
T  38033935 ccaaagggctatcttgcagtgtacattggagagcaaatgaagcggtttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacttgttgagtc 38033836  T
Q  144 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcc 174  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  38033835 aagccgaggaagaatttggatatgaccatcc 38033805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 44 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 38028922 - 38028765
Alignment:
Q  44 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtc 143  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||  ||   ||||| ||||| ||||| |  |||||||| |||||| | |  |||||| |  |||||||||    
T  38028922 ccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacctgttgagtc 38028823  T
Q  144 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcac 201  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| ||||| |  || |||||||  |||||||||||    
T  38028822 aagccgaggaagaatttggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcac 38028765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 44 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 38036949 - 38036792
Alignment:
Q  44 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtc 143  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||  ||   || ||||||||  |||| ||  ||||||| |||||| | |  |||||| ||||||||||||    
T  38036949 ccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaaacggtttgttgtccccatgccatacttgaaccaagcttcatttcaaaatttgttgagtc 38036850  T
Q  144 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcac 201  Q
    |||| |||||||| || |||||||| ||||| |  || |||||||  |||||||||||    
T  38036849 aagccgaggaagaattcggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcac 38036792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 44 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 38040237 - 38040080
Alignment:
Q  44 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtc 143  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||  ||   ||||| ||||| ||||| |  |||||||| |||||| | |  |||||| |  |||||||||    
T  38040237 ccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacctgttgagtc 38040138  T
Q  144 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcac 201  Q
    |||| |||||||| || |||||||| ||||| |  || |||||||  |||||||||||    
T  38040137 aagccgaggaagaattcggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcac 38040080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 83 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 48840828 - 48840702
Alignment:
Q  83 aagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtg 182  Q
    ||||| ||||| ||||| ||  ||||||| |||||| | |  |||||||| ||||||||| |||  ||| |||| ||||||||||||||||| |  ||||    
T  48840828 aagcgatttgtaatccccatgccatacttgaaccaagcctcatttcaagacttgttgagt-aagtggagaaagaatttggatatgatcatccaatgggtg 48840730  T
Q  183 gcctcatcattccttgcactgaaaatgt 210  Q
    ||||||  ||||||||||| ||| ||||    
T  48840729 gcctcacaattccttgcacagaagatgt 48840702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 38 - 75
Target Start/End: Original strand, 38032260 - 38032297
Alignment:
Q  38 gaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggaga 75  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  38032260 gaagttccaaaaggctatcttgcagtgtatgttggaga 38032297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000005; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 44 - 210
Target Start/End: Original strand, 3073553 - 3073719
Alignment:
Q  44 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtc 143  Q
    |||||||| ||| |||| ||||| ||||||||  ||   |||||||||||||||||||  |||||||| |||||| | |  |||||| | ||| ||||||    
T  3073553 ccaaagggatatcttgcggtgtacgttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctacgtcatacttgaaccaaacttcatttcaatacttgctgagtc 3073652  T
Q  144 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcactgaaaatgt 210  Q
      || |||||||| || ||||| |||||||| |  ||||||||||  ||||||||||| ||| ||||    
T  3073653 gggcagaggaagaattcggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatgt 3073719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 44 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 21607452 - 21607295
Alignment:
Q  44 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtc 143  Q
    |||||||| ||| |||| || |||||||||||  ||   ||||||||||| ||||| || |||||||| |||| | | |  |||||| | || |||||||    
T  21607452 ccaaagggatatcttgcggtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccgagcttcctttcaaaacttattgagtc 21607353  T
Q  144 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcac 201  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||| || |  ||||||||||   ||||||||||    
T  21607352 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacggttccttgcac 21607295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 124 - 173
Target Start/End: Original strand, 21634607 - 21634656
Alignment:
Q  124 gtttcaagatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatc 173  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  21634607 gtttcaagacttgctgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatc 21634656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 44 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 21604910 - 21604753
Alignment:
Q  44 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaagatttgttgagtc 143  Q
    |||||||||||| |||||||||| || |||||  ||   ||||| ||||| ||||| |  |||||||| |||||| | |  |||||| |  |||||||||    
T  21604910 ccaaagggctatcttgcagtgtaagtaggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacatgttgagtc 21604811  T
Q  144 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcatcattccttgcac 201  Q
    |||  |||||||| || |||||||| ||||| |  || |||||||  |||||||||||    
T  21604810 aagacgaggaagaattaggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcac 21604753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 38 - 75
Target Start/End: Original strand, 21608235 - 21608272
Alignment:
Q  38 gaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggaga 75  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  21608235 gaagttccaaaaggctatcttgcagtgtatgttggaga 21608272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 47 - 75
Target Start/End: Complemental strand, 21477526 - 21477498
Alignment:
Q  47 aagggctatgttgcagtgtatgttggaga 75  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21477526 aagggctatgttgcagtgtatgttggaga 21477498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 787 times since January 2019
Visitors: 6131