View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0830_low_4 (Length: 777)

Name: NF0830_low_4
Description: NF0830
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0830_low_4
NF0830_low_4
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (7-637)||(38286971-38287595)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 467; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 467; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 637
Target Start/End: Complemental strand, 38287595 - 38286971
Alignment:
Q  7 tagattattcttgcctgatgaccgaacctctttttcctgagaaaccagagggttaacacnnnnnnntattgcattcttaatttacgagtatattttctcc 106  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38287595 tagattatccttgtctgatgaccgaacctcttttttctgagaaaccagagggttaacacaaaaaa-tattgcattcttaatttacgagtatattttctcc 38287497  T
Q  107 tgacatgaatgtgtgtgtatttgtgtgtctatatatgtattaaggaaaatggaaaagggtagagtagtaccactcctatacaatttggaaccagtacaaa 206  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38287496 tg-catgaatgtgtgtttatttgtgtgtctatatacgtattaaggaaaatggaaaagggtagagtagtaccactcctatacaatttggaaccagtacaaa 38287398  T
Q  207 gtgatatcatacgcacagacnnnnnnnnn--ggaaagccaaatcccatatctaagcaataatcaaccgggttcacatatcactaattaattatagacatc 304  Q
    ||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  38287397 gtgatatcatacgcacagacaaaaaaaaaaaggaaagccaaatcccatatctaagcaataatcaaccgggttcacatatcactaattaatcatagacatc 38287298  T
Q  305 atgattataaacttgctggattgtcatcaatgaa-gcaataaaaataactaataatcttactgttgattgagctttgtgatcgatgcatgagctaattta 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38287297 atgattataaacttgctggattgtcatcaatgaaagcagtaa---taactaataatcttactgttgattgagctttgtgatcgatgcatgagctaattta 38287201  T
Q  404 aagaaaatttgtctttgtacacaaatacaccttattgactctttaagagagaaagaaatnnnnnnnnttatgtgaatatgtgatcgatataattaatatg 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||    |||||||    
T  38287200 aagaaaatttgtctttgtacacaaatataccttattgactctttaagagagaaagaaataaaaaaaattatgtgaatatgtgatcgata----taatatg 38287105  T
Q  504 ttgatgataagatacaaagaaaatagagagaaaatgatatacatactatggaatgagtgttgagaaattagagatgaggtaatttaaagtaagcaaattg 603  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38287104 ttgatgataagatacaaagaaaatagagagaaaatgatatacatactatggaatgagtgttgagaaattagagatgaggtaatttaaagtaagcaaattg 38287005  T
Q  604 aagtatatgcaaagttatatagttggtagttaat 637  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38287004 aagtatatgcaaagttatatagttggtagttaat 38286971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University