View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0831_high_30 (Length: 377)

Name: NF0831_high_30
Description: NF0831
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0831_high_30
NF0831_high_30
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (16-345)||(13089902-13090231)
chr8 (16-345)||(4034416-4034745)
chr8 (29-345)||(8444388-8444704)
chr8 (39-345)||(45539971-45540277)
chr8 (28-345)||(9932233-9932550)
chr8 (18-311)||(24503744-24504037)
chr8 (28-219)||(25582718-25582909)
chr8 (28-301)||(13780981-13781253)
chr8 (18-97)||(10230232-10230311)
chr8 (33-134)||(15729332-15729433)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (16-345)||(12912375-12912704)
chr6 (18-341)||(18972737-18973063)
chr6 (31-341)||(24393564-24393874)
chr6 (18-345)||(6028976-6029303)
chr6 (16-75)||(165423-165482)
chr6 (52-305)||(7093612-7093865)
chr6 (55-224)||(30987167-30987335)
chr6 (64-134)||(8753089-8753159)
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (16-345)||(37870773-37871102)
chr4 (30-345)||(39059850-39060165)
chr4 (31-345)||(36651871-36652185)
chr4 (28-345)||(9896633-9896950)
chr4 (18-311)||(42718260-42718553)
chr4 (18-311)||(43498987-43499280)
chr4 (24-345)||(47590588-47590909)
chr4 (18-311)||(7743262-7743555)
chr4 (28-345)||(48640380-48640697)
chr4 (28-219)||(40850586-40850777)
chr4 (48-345)||(56024691-56024988)
chr4 (214-345)||(23108098-23108229)
chr4 (131-218)||(23106851-23106938)
chr4 (52-305)||(40345944-40346197)
chr4 (55-219)||(50771581-50771745)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (18-345)||(11031434-11031761)
chr2 (28-311)||(6764110-6764393)
chr2 (18-311)||(12410477-12410770)
chr2 (18-311)||(37647655-37647948)
chr2 (18-311)||(12422537-12422830)
chr2 (31-345)||(27271304-27271609)
chr2 (28-236)||(2380758-2380966)
chr2 (28-160)||(3044171-3044303)
chr2 (18-201)||(7901091-7901278)
chr2 (31-152)||(34394621-34394742)
chr2 (141-345)||(29739759-29739963)
chr2 (28-100)||(29739968-29740040)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (16-345)||(34549007-34549336)
chr1 (16-341)||(19228014-19228338)
chr1 (18-293)||(33936135-33936410)
chr1 (28-345)||(26676545-26676862)
chr1 (18-345)||(31911675-31912002)
chr1 (28-219)||(20505417-20505608)
chr1 (28-345)||(33676633-33676950)
chr1 (31-311)||(4532217-4532497)
chr1 (30-345)||(46731717-46732030)
chr1 (18-325)||(27007514-27007821)
chr1 (30-216)||(28756617-28756803)
chr1 (19-175)||(51534596-51534752)
chr1 (28-145)||(52022615-52022732)
chr1 (52-323)||(15759629-15759900)
chr1 (274-342)||(52022517-52022585)
chr1 (103-139)||(36016712-36016748)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (16-253)||(94616-94853)
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (16-253)||(40871429-40871666)
chr7 (18-344)||(17194009-17194334)
chr7 (28-345)||(1031880-1032197)
chr7 (16-188)||(12623031-12623203)
chr7 (30-311)||(9942731-9943012)
chr7 (28-345)||(40858157-40858474)
chr7 (52-345)||(32575119-32575412)
chr7 (52-323)||(19323896-19324167)
chr7 (77-154)||(8123965-8124042)
chr7 (52-323)||(38141911-38142182)
chr7 (53-305)||(18299607-18299859)
chr7 (52-303)||(29126016-29126265)
chr7 (52-303)||(29626605-29626856)
chr7 (52-323)||(15669363-15669634)
chr7 (19-79)||(9948852-9948912)
[»] scaffold0074 (1 HSPs)
scaffold0074 (18-341)||(23445-23771)
[»] scaffold0300 (1 HSPs)
scaffold0300 (28-345)||(9233-9550)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (19-345)||(22639215-22639541)
chr5 (40-345)||(19021046-19021351)
chr5 (28-345)||(26369072-26369389)
chr5 (48-297)||(22580548-22580800)
chr5 (64-325)||(40973444-40973705)
chr5 (39-99)||(6536979-6537039)
chr5 (52-219)||(25982339-25982506)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (28-345)||(10436568-10436885)
chr3 (28-321)||(20406049-20406342)
chr3 (48-343)||(15029729-15030024)
chr3 (64-219)||(53459080-53459235)
chr3 (55-219)||(28432665-28432829)
[»] scaffold0037 (1 HSPs)
scaffold0037 (16-105)||(861-950)
[»] scaffold0432 (1 HSPs)
scaffold0432 (52-305)||(8789-9043)
[»] scaffold0020 (1 HSPs)
scaffold0020 (28-98)||(124327-124397)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 16 - 345
Target Start/End: Original strand, 13089902 - 13090231
Alignment:
Q  16 ataagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttca 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13089902 ataagaatgctgccctgttacaaaaatattcccaagcaaggtaaaggattcaaccaccataaatggtaggagaaaacaaaactaggacgatttgccttca 13090001  T
Q  116 gccaccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcaccca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13090002 gccaccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaaagaagcttctttttggtgaaagatccgatcattcctttcaagccaaatcaccca 13090101  T
Q  216 cacatatgatagccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaagg 315  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  13090102 cacacatgatagccaaataaggttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgtcaaattgatataaatggtctgacacgttttcaggg 13090201  T
Q  316 aacactatgttataaccaagccagtgagaa 345  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13090202 aacactatgttataaccaagccagttagaa 13090231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 16 - 345
Target Start/End: Original strand, 4034416 - 4034745
Alignment:
Q  16 ataagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttca 115  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  4034416 ataagaatgctgccctgttacagaaatattcccaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactaggacgatttgctttca 4034515  T
Q  116 gccaccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcaccca 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  4034516 gccaccagtaagattgaagcttgactttatccagcaattgattaaaagaagcttctttttggtgaaagatctgatcattcctttcaagccaaatcaccca 4034615  T
Q  216 cacatatgatagccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaagg 315  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  4034616 cacacatgatagccaaataaggttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggcctgacacgttttcaggg 4034715  T
Q  316 aacactatgttataaccaagccagtgagaa 345  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4034716 aacactatgttataaccaagccagttagaa 4034745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 29 - 345
Target Start/End: Original strand, 8444388 - 8444704
Alignment:
Q  29 cctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaaga 128  Q
    ||||||||| ||||||||  ||||||||||||   |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| || |||||||||||||| ||    
T  8444388 cctgttacataaatattcctaagcaaggtaaagagttcaacaaccatgaatggtaagagaaaacaaaactaggtcgattcgctttcagccaccagtatga 8444487  T
Q  129 ttgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatagc 228  Q
    ||| ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||||| || |||||||||||| | ||||||    
T  8444488 ttggagcttaactttatctaacaattgattaaaagaagcttctttttggtgaaatatgcgagcattcctttcaaggcagatcacccacacacaagatagc 8444587  T
Q  229 caaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactatgttat 328  Q
    |||||||  ||||||| |||| ||||| |||| || || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    |||||||  |  |    
T  8444588 caaataagattaagagttgagcgtttgctgttagagaagccgctaaaggtgccaaattgatataaatggtctaacacattttccgaaaacactaattcgt 8444687  T
Q  329 aaccaagccagtgagaa 345  Q
    |||||||||||||||||    
T  8444688 aaccaagccagtgagaa 8444704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 39 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 45540277 - 45539971
Alignment:
Q  39 aaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttg 138  Q
    |||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || || || |||||||||||||| |||||||| ||     
T  45540277 aaatattcccaagcaaggtaaagggttcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactaaggcggttcgctttcagccaccagtatgattgaagttta 45540178  T
Q  139 actttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatagccaaataaagt 238  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||  |||||||||||||| | |||||||||||| | ||||| |||||||  |    
T  45540177 actttatctaacaattgattaaaagaagcttctttttggtgaaatgttcgagcattcctttcaagctagatcacccacacacaagatagacaaataagat 45540078  T
Q  239 taagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactatgttataaccaagcca 338  Q
    |||||| |||| |||||||||| || || ||| || ||||||||||||||||||| || ||| |||| |||||| | || |||| ||  |||||||||||    
T  45540077 taagagttgagagtttgttgttagagaagccgttacaggtgccaaattgatataagtgatctcacacattttcaggaaatactaagtggtaaccaagcca 45539978  T
Q  339 gtgagaa 345  Q
    |||||||    
T  45539977 gtgagaa 45539971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 28 - 345
Target Start/End: Original strand, 9932233 - 9932550
Alignment:
Q  28 ccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaag 127  Q
    |||||||||| ||  |||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||    
T  9932233 ccctgttacataataattcccaagcaaggtaaaggatttaaccaccaagaatggtaggagaaaacaaaactaggacgattagctttcagccaccagtaag 9932332  T
Q  128 attgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatag 227  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| | |||  ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||     
T  9932333 attgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggtgaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataa 9932432  T
Q  228 ccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactatgtta 327  Q
    ||| ||||  | || ||| ||| | ||||| ||||| || ||    ||||||||||||| ||| |||||||||| ||| | |||| | ||||||||||      
T  9932433 ccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggtgccaaattaataaaaatggtctggcacatgttcaggaaacactatgtgg 9932532  T
Q  328 taaccaagccagtgagaa 345  Q
    |||| |||||| ||||||    
T  9932533 taactaagccaatgagaa 9932550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 18 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 24504037 - 24503744
Alignment:
Q  18 aagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagc 117  Q
    ||||| ||| |||||||||| ||||||||  || ||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  || || || |||| |    
T  24504037 aagaaggctaccctgttacataaatattcctaaacaaggtaaagggttcagccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactaggtcggttcgctttcaac 24503938  T
Q  118 caccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccaca 217  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||  |||| |||||||| |||||||||||||    
T  24503937 caccagtatgattggagcttaactttatctaacaattgattaaaagaagcttctttttggtgaaatatgcgaacattactttcaagacaaatcacccaca 24503838  T
Q  218 catatgatagccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttc 311  Q
    || | |||||||||||||  ||||||| |||| ||||| |||| || || | | ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  24503837 cacaagatagccaaataagattaagagttgagcgtttgctgttagagaagcagctaaagatgccaaattgatataaatggtctaacacattttc 24503744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Original strand, 25582718 - 25582909
Alignment:
Q  28 ccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaag 127  Q
    |||||||||| ||  |||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||    
T  25582718 ccctgttacataataattcccaagcaaggtaaaggatttaaccaccaagaatggtaggagaaaacaaaactaggacgattagctttcagccaccagtaag 25582817  T
Q  128 attgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacaca 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| | |||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  25582818 attgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggtgaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacaca 25582909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 28 - 301
Target Start/End: Original strand, 13780981 - 13781253
Alignment:
Q  28 ccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaag 127  Q
    |||||||||| ||  |||| |||| |||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||| |||||||    
T  13780981 ccctgttacataataattcccaagtaaggtaaaggatttaaccaccaagaatggtaggagaaaacaaaattaggacgatttgctttcagcca-cagtaag 13781079  T
Q  128 attgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatag 227  Q
    |||||||||| ||||||| || ||||| | |||  ||||||||| |||||||||| | |||  ||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||     
T  13781080 attgaagcttaactttatttaacaattaagtaatcgaagcttctatttggtgaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcatccacacacaagataa 13781179  T
Q  228 ccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctg 301  Q
    ||| ||||  | || ||| ||| | ||||| |||||||| ||    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13781180 ccatataagatgaaaagcggagcggttgttttttgaaaagcctcctaaggtgccaaattgatataaatggtctg 13781253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 18 - 97
Target Start/End: Original strand, 10230232 - 10230311
Alignment:
Q  18 aagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaac 97  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10230232 aagaaagctgccctgttacaaaaatattctcaggcaaagtaaatgatttaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaac 10230311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 33 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 15729433 - 15729332
Alignment:
Q  33 ttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagattga 132  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||| || | | ||||||  |||| || |  ||| ||||| ||| ||||||||| ||||||||||| || ||||||    
T  15729433 ttacaaaaatattctcaaacaagataaaagactaagccaccacaaatgataagtaaaatcaaaattaggacgatttgctttcagccaccaatatgattga 15729334  T
Q  133 ag 134  Q
    ||    
T  15729333 ag 15729332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 16 - 345
Target Start/End: Original strand, 12912375 - 12912704
Alignment:
Q  16 ataagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttca 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12912375 ataagaatgctgccctgttacaaaaatattcccaagcaaggtaaaggattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactaggacgatttgccttca 12912474  T
Q  116 gccaccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcaccca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||    
T  12912475 gccaccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaaagaagcttctttttggtgaaagatccaatcattcctttcaagccatatcaccca 12912574  T
Q  216 cacatatgatagccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaagg 315  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  12912575 cacacatgatagccaaataaggttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctggcacgttttcaggg 12912674  T
Q  316 aacactatgttataaccaagccagtgagaa 345  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12912675 aacactatgttataaccaagccagttagaa 12912704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 18 - 341
Target Start/End: Original strand, 18972737 - 18973063
Alignment:
Q  18 aagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagc 117  Q
    ||||| ||| || |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  18972737 aagaaagctaccgtgttacaaaagtattcccaagcaaggtatatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactaggacgatttgctttcagc 18972836  T
Q  118 caccagtaagattgaagcttgactttatc-tagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccac 216  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||||||||||    
T  18972837 cacgagtaagattgaagcttaactttatcaaagcaattgattaaacgaagcttctttttggtgaaagattagagcattcctttcaagccaaatcacccac 18972936  T
Q  217 acatatgatagccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattg--atataaatggtctgacacgttttcaag 314  Q
    ||| | |||||||||||||  |||||||| |||| ||||||||| ||||||||| || || ||||||||||  |||||||||||||||| | |||||| |    
T  18972937 acacaagatagccaaataagattaagagcggagtttttgttgttagaaaaaccgctatagttgccaaattgatatataaatggtctgacgcattttcatg 18973036  T
Q  315 gaacactatgttataaccaagccagtg 341  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||    
T  18973037 aaacactatgttgtaaccaagccagtg 18973063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 7e-99
Query Start/End: Original strand, 31 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 24393874 - 24393564
Alignment:
Q  31 tgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagatt 130  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||    
T  24393874 tgttacaaaagtattcccaagcaaggtaaaggattcaaccaccacgaatggtaggagaaaacaaaactaggacgatttactttcagccaccagtaagatt 24393775  T
Q  131 gaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatagcca 230  Q
    || |||| |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||    
T  24393774 gaggcttaactttatcaaacaattgattaaacgaagcttctttttggtgaaagattccagcattcctttcatgccaaatcacccacacacaagatagcca 24393675  T
Q  231 aataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactatgttataa 330  Q
    |||||  |||||||| |||||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | |||| |||||| |||    
T  24393674 aataagattaagagcggagtgtttgttgttagaaaaaccgctatagttgccaaattgatataaattgtctgacacattttcaggaaacattatgttgtaa 24393575  T
Q  331 ccaagccagtg 341  Q
    |||||||||||    
T  24393574 ccaagccagtg 24393564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 18 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 6029303 - 6028976
Alignment:
Q  18 aagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagc 117  Q
    ||||| ||| ||||||| || ||  |||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||    
T  6029303 aagaaagctaccctgttgcataataattcccaagcaaggtaaatgatttaaccaccatgtatggtaggagaaaacaaaactaggacgattcgctttcagc 6029204  T
Q  118 caccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccaca 217  Q
    ||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| | |||  ||||||||||||||||||||||||| |    
T  6029203 cactaataagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggtgaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccaaa 6029104  T
Q  218 catatgatagccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaa 317  Q
    || | |||| ||| |||   | || | | ||| | |||||  |||| || ||    |||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| | ||    
T  6029103 cacaagataaccatatacgatcaaaaacggagcgattgtttcttgagaagcctcctaaggtgccaaattgatataaatggtccgacacatgttcaggaaa 6029004  T
Q  318 cactatgttataaccaagccagtgagaa 345  Q
     |||||||  |||| |||||||||||||    
T  6029003 tactatgtggtaactaagccagtgagaa 6028976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 16 - 75
Target Start/End: Complemental strand, 165482 - 165423
Alignment:
Q  16 ataagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccat 75  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  165482 ataagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccat 165423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 52 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 7093865 - 7093612
Alignment:
Q  52 caaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttgactttatctagca 151  Q
    ||||||||| | |||||||||||  |||||||||| ||| ||||  ||| ||| || || |||||||||||||| |||||||| || | ||||||||| |    
T  7093865 caaggtaaagggttcaaccaccacaaatggtaggaaaaagcaaaggtaggacggttcgctttcagccaccagtatgattgaagtttaattttatctagta 7093766  T
Q  152 attgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatagccaaataaagttaagagctgagtg 251  Q
    ||||| | || || || |||||||| ||||||| | |    || ||||| | |||||||||||||||| | || ||||| || |  |||| ||||||| |    
T  7093765 attgaatgaacgaggcctctttttgatgaaagacctgagtgtttctttctatccaaatcacccacacacaagaaagccatatgagattaaaagctgagcg 7093666  T
Q  252 tttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacac 305  Q
     ||| | || ||||| |||   ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  7093665 gttgcttttggaaaacccgcctaaggtgccaaattgatacaaatgatctgacac 7093612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 55 - 224
Target Start/End: Original strand, 30987167 - 30987335
Alignment:
Q  55 ggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttgactttatctagcaatt 154  Q
    |||||||||| ||| |||||| ||| ||  |||| | |||| |||| ||| ||||| ||||||||||| || |||||||| || | ||||||||| ||||    
T  30987167 ggtaaatgat-caatcaccataaatagttagagagagcaaagctaggacggtttgctttcagccaccaatatgattgaagtttaattttatctagtaatt 30987265  T
Q  155 gattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatga 224  Q
    ||| ||| || | |||||||||| |||| ||| || |||| ||| ||  |||||||||||||||||||||    
T  30987266 gatgaaacgaggtttctttttggagaaaaatctgggcatttcttccagcccaaatcacccacacatatga 30987335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 64 - 134
Target Start/End: Original strand, 8753089 - 8753159
Alignment:
Q  64 ttcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagattgaag 134  Q
    |||||||||||  |||| || ||||||||||| |||| |||||| || |||| ||||||| ||||||||||    
T  8753089 ttcaaccaccaaaaatgataagagaaaacaaagctaggacgattcgctttcaaccaccagaaagattgaag 8753159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 16 - 345
Target Start/End: Original strand, 37870773 - 37871102
Alignment:
Q  16 ataagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttca 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  37870773 ataagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaaggattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaaccaggacgatttgccttca 37870872  T
Q  116 gccaccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcaccca 215  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  37870873 gccactagtaagattgaaacttgactttatctagcaattgattaaaagaagcttctttttggtgaaagatccgatcattcctttcaagccaaatcactca 37870972  T
Q  216 cacatatgatagccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaagg 315  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  37870973 cacacatgatagccaaataaggttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatgatctgacacgttttcaggg 37871072  T
Q  316 aacactatgttataaccaagccagtgagaa 345  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37871073 aacactatgttataaccaagccagtgagaa 37871102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 30 - 345
Target Start/End: Original strand, 39059850 - 39060165
Alignment:
Q  30 ctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagat 129  Q
    |||||||| |||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   | || || ||||| |||||||| |||    
T  39059850 ctgttacataaatattcgcaggcaaggtaaatggttcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaacttgggtggttcgctttcagtcaccagtatgat 39059949  T
Q  130 tgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatagcc 229  Q
    |||||||| | |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||  ||||||||||||| || |||||||||||| | ||||| |    
T  39059950 tgaagcttaattttatctaacaattgattaaaagaagcttctttttggtggaatattcgagcattcctttcaagtcagatcacccacacacaagatagtc 39060049  T
Q  230 aaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactatgttata 329  Q
    ||||||  |||||||||||| ||||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||| ||  ||    
T  39060050 aaataagattaagagctgagcgtttgctgttagaaaagccgctaaaggtgccaaattgatataaatgatctgatacattttcaagaaacactaagtggta 39060149  T
Q  330 accaagccagtgagaa 345  Q
    ||||||||| ||||||    
T  39060150 accaagccaatgagaa 39060165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 31 - 345
Target Start/End: Original strand, 36651871 - 36652185
Alignment:
Q  31 tgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagatt 130  Q
    ||||||| ||||||||  |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || || || ||||||||||| || ||||    
T  36651871 tgttacataaatattcctaagcaaggtaaagggttcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactaagtcggttcgctttcagccaccaatatgatt 36651970  T
Q  131 gaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatagcca 230  Q
    | ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||  |||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||    
T  36651971 ggagcttaactttatctaacaattgattaaaagaagcttctttttggtgaaatatgcgagcatttctttcaagccagatcacccacacacaagatagcca 36652070  T
Q  231 aataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactatgttataa 330  Q
    |||||  ||||||| |||||||||| |||| || || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  | |||||||  |  |||    
T  36652071 aataagattaagagttgagtgtttgctgttagagaagccgctaaaggtgccaaattgatataaatggtctaacacattttccggaaacactaattggtaa 36652170  T
Q  331 ccaagccagtgagaa 345  Q
    |||||||||||||||    
T  36652171 ccaagccagtgagaa 36652185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 28 - 345
Target Start/End: Original strand, 9896633 - 9896950
Alignment:
Q  28 ccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaag 127  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || || || |||||||||||||| |    
T  9896633 ccctgttacataaatattcccaagcaaggtaaagggttcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaacttgggcggttcgctttcagccaccagtatg 9896732  T
Q  128 attgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatag 227  Q
    ||||||| || |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| || || ||  |||||||||||||||| |||||||||||| | |||||    
T  9896733 attgaagtttaactttatctaacaattgattaaaataagcttctttttggtggaatattcgagcattcctttcaagccagatcacccacacacaagatag 9896832  T
Q  228 ccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactatgtta 327  Q
    ||||||||  ||||||| | || |||||  ||| || || ||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| | ||||||| ||      
T  9896833 ccaaataagattaagagattagcgtttgccgttagagaagccactaaaggtgccaaattgatataaatgatctgacacattttcaggaaacactaagtgg 9896932  T
Q  328 taaccaagccagtgagaa 345  Q
    ||||||||||||||||||    
T  9896933 taaccaagccagtgagaa 9896950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 18 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 42718553 - 42718260
Alignment:
Q  18 aagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagc 117  Q
    ||||| ||| ||| |||||| ||||||||  |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  || || || ||||||    
T  42718553 aagaaggctaccccgttacataaatattcctaagcaaggtaaagggttcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaattaggtcggttcgctttcagc 42718454  T
Q  118 caccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccaca 217  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||  |||| ||||||||||| ||||||||||    
T  42718453 caccagtatgattggagcttaactttatctaacaattgattaaaataagcttctttttggtgaaatatgcgagcatttctttcaagccagatcacccaca 42718354  T
Q  218 catatgatagccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttc 311  Q
    || | |||||||||||||  ||||||| |||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  42718353 cacaagatagccaaataagattaagagttgagcgtttgttgttagaaaagccgctaaaggtgccaaattgatataaatggtctaacacattttc 42718260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 18 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 43499280 - 43498987
Alignment:
Q  18 aagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagc 117  Q
    ||||| ||| |||||||||| ||||||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || || || ||||||    
T  43499280 aagaaggctaccctgttacataaatattcctaagcaaggtaaagggttcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactaggtcggttcgctttcagc 43499181  T
Q  118 caccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccaca 217  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||  |||| |||||| |||| ||||||||||    
T  43499180 caccagtatgattggagcttaactttatctaacaattgattaaaagaagcttctttttggtgaaatatgcgagcatttctttcacgccagatcacccaca 43499081  T
Q  218 catatgatagccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttc 311  Q
    || | |||||||||||||  ||||| | |||| ||||| | || || || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  43499080 cacaagatagccaaataagattaagtgttgagcgtttgctattagagaagccgctaaaggtgccaaattgatataaatggtctaacacattttc 43498987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 24 - 345
Target Start/End: Original strand, 47590588 - 47590909
Alignment:
Q  24 gctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccag 123  Q
    |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||     
T  47590588 gctgccctgttacataaaaattcccaagcaaggtaaatgatttaaccaccaagaatggtaggagaaaacaaaactaggacgatttgctttcagccaccaa 47590687  T
Q  124 taagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatg 223  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| ||||| |||||||||| | |||  ||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  47590688 taagattgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaaacttctgtttggtgaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaag 47590787  T
Q  224 atagccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactat 323  Q
    |||  || ||||  | || ||| ||| | ||||| ||||| || ||    ||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||| | |||| |||    
T  47590788 ataatcatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggtgccaaattgatacaaatggtctggcacatgttcaggaaacattat 47590887  T
Q  324 gttataaccaagccagtgagaa 345  Q
    ||  |||| |||||| ||||||    
T  47590888 gtggtaactaagccaatgagaa 47590909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 18 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 7743555 - 7743262
Alignment:
Q  18 aagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagc 117  Q
    ||||| ||| ||||| |||| ||||||||  || ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || || || |||| |    
T  7743555 aagaaggctaccctgctacataaatattcctaaacaaggtaaagggttcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactaggtcggttcgctttcaac 7743456  T
Q  118 caccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccaca 217  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||  |||| ||||||||||| ||||||||||    
T  7743455 caccagtatgattgaagcttaactttatttaacaattgattaaaagaagcttctttttggtggaatatgcgagcatttctttcaagccagatcacccaca 7743356  T
Q  218 catatgatagccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttc 311  Q
    |  | |||||||||||||  ||||||| |||| ||||| |||| || || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  7743355 cgcaagatagccaaataagattaagagttgagcgtttgctgttagagaagccgttaaaggtgccaaattgatataaatggtctaacacattttc 7743262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 28 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 48640697 - 48640380
Alignment:
Q  28 ccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaag 127  Q
    |||||||||| ||| |||  ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||    
T  48640697 ccctgttacataaaaatttccaagcaaggtaaaagatttaaccaccaagaatggtaggagaaaacaaaactatgacgatttgctttcagccaccagtaag 48640598  T
Q  128 attgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatag 227  Q
    ||||||| || ||||||||||||| ||||||||  ||||||||| |||||||||| | |||  ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||     
T  48640597 attgaagattaactttatctagcagttgattaatcgaagcttctgtttggtgaaaaacccgagcattcatttcaagccaaatcacccacacacaagataa 48640498  T
Q  228 ccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactatgtta 327  Q
    ||| ||||    || ||| |||   ||||| ||||| || ||  | |||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||| | ||||||||||      
T  48640497 ccatataagaagaaaagcggagctgttgttttttgagaagcctcttaaggtgccaaattgatataaatggtctggcacatgttcaggaaacactatgtgg 48640398  T
Q  328 taaccaagccagtgagaa 345  Q
    |||| |||||| ||||||    
T  48640397 taactaagccaatgagaa 48640380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 40850777 - 40850586
Alignment:
Q  28 ccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaag 127  Q
    |||||||||| ||  |||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||    
T  40850777 ccctgttacataataattcccaagcaaggtaaaggatttaaccaccaagaatggtaggaaaaaacaaaactaggacgattagctttcagccaccagtaag 40850678  T
Q  128 attgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacaca 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| |||||  ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40850677 attgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggtgaaaaatccgagcattcatttcaagccaaatcacccacaca 40850586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 48 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 56024988 - 56024691
Alignment:
Q  48 caagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttgactttatct 147  Q
    ||||||||||||| |||| || || || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  56024988 caagcaaggtaaaggatttaaacatcaagaatggtaggagaaaacaaaactaggacgatttgctttcagccaccagtaagattgaagcttaactttatct 56024889  T
Q  148 agcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatagccaaataaagttaagagctg 247  Q
    |||||||||||||  ||||||||| |||||||||| | |||  ||||||||||||||||||||| ||||||| | |||| ||| ||||  | || |||      
T  56024888 agcaattgattaatcgaagcttctgtttggtgaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcaaccacacacaagataaccatataagatgaaaagcga 56024789  T
Q  248 agtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactatgttataaccaagccagtgagaa 345  Q
    || | ||||| ||| | || ||    ||||||||||| |||||||||||||||||||  | |||| | ||||||||||  |||| |||||| ||||||    
T  56024788 agcggttgtttttttagaagcctcctaaggtgccaaaatgatataaatggtctgacaaatgttcaggaaacactatgtggtaactaagccaatgagaa 56024691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 214 - 345
Target Start/End: Original strand, 23108098 - 23108229
Alignment:
Q  214 cacacatatgatagccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaa 313  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |     
T  23108098 cacacacatgatagccaaataaggttaagagctgagtgtttgctgtttgaaaaaccgctaaaggtgccaaattaatataaatggtctgacatgtttttag 23108197  T
Q  314 ggaacactatgttataaccaagccagtgagaa 345  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23108198 gaaacactatgttgtaaccaagccagtgagaa 23108229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 131 - 218
Target Start/End: Original strand, 23106851 - 23106938
Alignment:
Q  131 gaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacac 218  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23106851 gaagcttaattttatctagcaattgattaaaagaagcttctttttggtgaaagatccgagcattcctttcaagccaaatcacccacac 23106938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 52 - 305
Target Start/End: Original strand, 40345944 - 40346197
Alignment:
Q  52 caaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttgactttatctagca 151  Q
    ||||||||||| |||||||||||  |||||||||| ||| ||||  ||  ||  || || |||||||||||||| |||||||| || | ||||||||| |    
T  40345944 caaggtaaatggttcaaccaccacaaatggtaggaaaaagcaaaggtatgacagttcgctttcagccaccagtatgattgaagtttaattttatctagta 40346043  T
Q  152 attgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatagccaaataaagttaagagctgagtg 251  Q
    ||||| | || || || |||||||| ||||||| |||    || ||||| | |||||||||||||||| | || ||||| || |  |||| ||||||| |    
T  40346044 attgaatgaacgaggcctctttttgatgaaagacccgagtgtttctttctatccaaatcacccacacacaagaaagccatatgagattaaaagctgagcg 40346143  T
Q  252 tttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacac 305  Q
     ||| | || ||||| |||   ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  40346144 gttgcttttggaaaacccgcctaaggtgccaaattgatacaaatgatctgacac 40346197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 55 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 50771745 - 50771581
Alignment:
Q  55 ggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttgactttatctagcaatt 154  Q
    |||||| | ||||||||| |  ||| ||| || ||||||||  ||||||| || || |||||||||||||| ||||||||  | | ||||||||| ||||    
T  50771745 ggtaaagggttcaaccactacaaattgtacgaaaaaacaaaggtagaacggttcgctttcagccaccagtatgattgaagtataattttatctagtaatt 50771646  T
Q  155 gattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacaca 219  Q
    |||| || ||  | |||||||| |||||||  ||    || ||||| ||||||||||||||||||    
T  50771645 gattgaacgagacctctttttgatgaaagactcgagtgtttctttctagccaaatcacccacaca 50771581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 280; Significance: 1e-157; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 18 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 11031761 - 11031434
Alignment:
Q  18 aagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  11031761 aagaatgctgccctgttacaaaaatattcccaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaattaggacgatttgccttcagc 11031662  T
Q  118 caccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccaca 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||    
T  11031661 caccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaaagaagcttctttttggtgaaagatccgagcattcctttcaagtcaaatcacccaca 11031562  T
Q  218 catatgatagccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaa 317  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  11031561 cacatgatagccaaataaggttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgctaaaggtgccaaattgatataaatgatctgacacgttttcagggaa 11031462  T
Q  318 cactatgttataaccaagccagtgagaa 345  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11031461 cactatgttataaccaagccagtgagaa 11031434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 28 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 6764393 - 6764110
Alignment:
Q  28 ccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaag 127  Q
    ||||| |||| ||||||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || || || |||||||||||||| |    
T  6764393 ccctgctacataaatattcataagcaaggtaaagggttcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactaggtcggttcgctttcagccaccagtatg 6764294  T
Q  128 attgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatag 227  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||  |||| ||||||||||| |||||||||||| | |||||    
T  6764293 attgaagcttaactttatctaacaattgattaaaagaagcttctttttggtgaaatatgcgagcatttctttcaagccagatcacccacacacaagatag 6764194  T
Q  228 ccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttc 311  Q
    ||||||||  ||||||| |||| ||||| |||| || || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  6764193 ccaaataagattaagagttgagcgtttgctgttagagaagccgctaaaggtgccaaattgatataaatggtctaacacattttc 6764110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 12410770 - 12410477
Alignment:
Q  18 aagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagc 117  Q
    ||||| ||| || ||||||| ||||||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || || || ||||||    
T  12410770 aagaaggctaccttgttacataaatattcctaagcaaggtaaagggttcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactaggtcggttcgctttcagc 12410671  T
Q  118 caccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccaca 217  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||  |||| ||||||||||| ||||||||||    
T  12410670 caccagtatgattggagcttaactttatctaacaattgattaaaagaagcttctttttggtgaaatatgcgagcatttctttcaagccatatcacccaca 12410571  T
Q  218 catatgatagccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttc 311  Q
    || | |||||||||||||  ||||||| |||| ||||| |||| || || ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  12410570 cacaagatagccaaataagattaagagttgagcgtttgctgttagagaagccgctaaagatgccaaattgatataaatggtctaacacattttc 12410477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 37647948 - 37647655
Alignment:
Q  18 aagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagc 117  Q
    ||||| ||| || ||||||| ||||||||  |||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || || || ||||||    
T  37647948 aagaaggctaccatgttacataaatattcctaagcaaggtaaagggtccaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactaggtcggttcgctttcagc 37647849  T
Q  118 caccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccaca 217  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||  |||| ||||||||||| ||||||||||    
T  37647848 caccagtatgattggagcttaactttatctaacaattgattaaaagaagcttctttttggtgaaatatacgagcatttctttcaagccagatcacccaca 37647749  T
Q  218 catatgatagccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttc 311  Q
    || | |||||||||||||  ||||||| |||| ||||| |||| || || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  37647748 cacaggatagccaaataagattaagagttgagcgtttgctgttagagaagccgctaaaggtgccaaattgatataaatggtctaacacattttc 37647655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 18 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 12422830 - 12422537
Alignment:
Q  18 aagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagc 117  Q
    ||||| ||| || ||||||| ||||||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || || || ||||||    
T  12422830 aagaaggctaccttgttacataaatattcctaagcaaggtaaagggttcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactaggtcggttcgctttcagc 12422731  T
Q  118 caccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccaca 217  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||  |||| ||||||||||| ||||||||||    
T  12422730 caccagtatgattggagcttaactttatctaacaattgattaaaagaagcttctttttggtgaaatatgcgagcatttctttcaagccatatcacccaca 12422631  T
Q  218 catatgatagccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttc 311  Q
    || | |||||||||||||  ||||||| |||| ||||| |||| || || | | ||| | ||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  12422630 cacaagatagccaaataagattaagagttgagcgtttgctgttagagaagctgctaatgttgccaaattgatataaatggtctaacacattttc 12422537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 31 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 27271609 - 27271304
Alignment:
Q  31 tgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagatt 130  Q
    ||||||| || ||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |  ||||||||||||||  |||    
T  27271609 tgttacataagtattcccaagcaaggtaaagggttcaaccaccatgaaaggtaggagaaaacaaaactaggacggttcgttttcagccaccagtataatt 27271510  T
Q  131 gaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatagcca 230  Q
    | |||||         || |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||  |||| |||| ||||||||||||||||||| | | ||| ||    
T  27271509 ggagctt---------taacaattgattaaaagaagcttctttttggtgaaatattcgagcatttcttttaagccaaatcacccacacacaagttaggca 27271419  T
Q  231 aataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactatgttataa 330  Q
    |||||  |||||||||||| ||||| |||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||  |  |||    
T  27271418 aataagattaagagctgagcgtttgctgttagaaaagccgctaaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacattttcagaaaacactaattggtaa 27271319  T
Q  331 ccaagccagtgagaa 345  Q
    |||||||||||||||    
T  27271318 ccaagccagtgagaa 27271304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 28 - 236
Target Start/End: Original strand, 2380758 - 2380966
Alignment:
Q  28 ccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaag 127  Q
    |||||||||| ||  ||| |||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||     
T  2380758 ccctgttacataataattgtcaagcaaggtaaaggatttaaacaccaagaatggtaggagaaaacgaaactaggacgatttgctttcagccaccagtaaa 2380857  T
Q  128 attgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatag 227  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  || |  ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||     
T  2380858 attgaagtttaactttatctagcaattgattaattgaagcttctgtttggtgaaaagtctgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataa 2380957  T
Q  228 ccaaataaa 236  Q
    ||| |||||    
T  2380958 ccatataaa 2380966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 28 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 3044303 - 3044171
Alignment:
Q  28 ccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaag 127  Q
    |||||||||| ||  |||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||    
T  3044303 ccctgttacataataattctcaagcaaggtaaaggatttaaccaccaagaatggtaggagaaaacaaaactaggacgattagctttcagccaccagtaag 3044204  T
Q  128 attgaagcttgactttatctagcaattgattaa 160  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3044203 attgaagcttaactttatctagcaattgattaa 3044171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 18 - 201
Target Start/End: Original strand, 7901091 - 7901278
Alignment:
Q  18 aagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagc 117  Q
    ||||| ||| |||||||||| ||  |||  |||||||||||||  ||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  7901091 aagaaagctaccctgttacataataatttccaagcaaggtaaagaatttaaccaccataaatgataggagaaaacaaaactaggacgatttgctttcagc 7901190  T
Q  118 caccagtaagattgaagcttg----actttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttca 201  Q
    |||||||||||||||||||||    |||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||| | |||  |||||||||||    
T  7901191 caccagtaagattgaagcttgcttaactttatctaacaattgattaattgaagcttctgtttggtgaaaaacccgagcattcctttca 7901278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 31 - 152
Target Start/End: Original strand, 34394621 - 34394742
Alignment:
Q  31 tgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagatt 130  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||  |||||||||    
T  34394621 tgttacaaaaatattttcaagcaaggtaaaagattcaaccttcacgaatggtaggagaaaacaaaactaggacgatttgccttcaaccaatagtaagatt 34394720  T
Q  131 gaagcttgactttatctagcaa 152  Q
    |||||||  |||||||||||||    
T  34394721 gaagcttatctttatctagcaa 34394742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 141 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 29739963 - 29739759
Alignment:
Q  141 tttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatagccaaataaagtta 240  Q
    |||||||  |||||||||||  ||||||| | |||||||||| | |||  |||||||||||||||||||||| |||||| |  ||| ||| ||||  | |    
T  29739963 tttatctgtcaattgattaatcgaagcttttgtttggtgaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcactcacacacaaaataaccatataagatga 29739864  T
Q  241 agagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactatgttataaccaagccagt 340  Q
    | ||| ||| | ||||| ||||| || ||    ||| |||||||||||||||||||||||| ||| | |||| | ||||||||||  |||| |||||| |    
T  29739863 aaagcggagcggttgttttttgagaagcctcctaagatgccaaattgatataaatggtctggcacatgttcaggaaacactatgtggtaactaagccaat 29739764  T
Q  341 gagaa 345  Q
    |||||    
T  29739763 gagaa 29739759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 28 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 29740040 - 29739968
Alignment:
Q  28 ccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactag 100  Q
    |||||||||| ||  |||| |||||||  |||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  29740040 ccctgttacataataattcccaagcaatttaaaagatttaaccaccaagaatgataggagaaaacaaaactag 29739968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 16 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 34549336 - 34549007
Alignment:
Q  16 ataagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttca 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  34549336 ataagaatgctgccctgttacaaaaatattcccaagcaaggtaaaggattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactaggacgatttgccttca 34549237  T
Q  116 gccaccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcaccca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||    
T  34549236 gccaccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaaagaagcttctttttggttaaagatcctatcattcctttcaagccatatcaccca 34549137  T
Q  216 cacatatgatagccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaagg 315  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  34549136 cacacatgatagccaaataaggttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctggcacgttttcaggg 34549037  T
Q  316 aacactatgttataaccaagccagtgagaa 345  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34549036 aacactatgttataaccaagccagttagaa 34549007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 16 - 341
Target Start/End: Original strand, 19228014 - 19228338
Alignment:
Q  16 ataagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttca 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  19228014 ataagaatgttgccctgttacaaaaatatttccaaataaggtaaaggattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactaggacgatttaccttca 19228113  T
Q  116 gccaccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcaccca 215  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  19228114 gccaccgataagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaaagaagcttctttttggtgaaagatccgagcattcctttcaagccaaatcaccca 19228213  T
Q  216 cacatatgatagccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaagg 315  Q
    |||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  19228214 cacacatgatagccaaat-aggttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgctaaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaggg 19228312  T
Q  316 aacactatgttataaccaagccagtg 341  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  19228313 aacactatgttataaccaagccagtg 19228338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 18 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 33936410 - 33936135
Alignment:
Q  18 aagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagc 117  Q
    ||||| ||| |||| |||||| ||||||| ||| ||||||||| ||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||  |||||| || |||||     
T  33936410 aagaaagctaccctattacaacaatattcccaatcaaggtaaaggattcgaccaccacgaatggtaagagaaaacaaaactatgacgattcgctttcagt 33936311  T
Q  118 caccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccaca 217  Q
     | ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  33936310 tatcagtaagattgaagcttaactttatttagcaattgattaaacgaatcttcattttggtgaaagatccgagcattcctttcaagccaaatcacccaca 33936211  T
Q  218 catatgatagccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataa 293  Q
    || | |||||| ||||||  ||||||| || ||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  33936210 cacaagatagctaaataagattaagagttgtgtgtttgctgttagaaaaaccgctaaaggtgccaaattgatataa 33936135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 28 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 26676862 - 26676545
Alignment:
Q  28 ccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaag 127  Q
    |||||||||| ||  |||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||    
T  26676862 ccctgttacataataattcccaagcaaggtaaaggatttaaccaccaagaatggtaggagaaaacaaaactaggacgattagctttcagccaccagtaag 26676763  T
Q  128 attgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatag 227  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| | |||  ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||     
T  26676762 attgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggtgaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataa 26676663  T
Q  228 ccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactatgtta 327  Q
    ||| || |  | || ||| ||| | ||||| ||||| || ||    ||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||| | ||||||||||      
T  26676662 ccatattagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggtgccaaattgatacaaatggtctggcacatgttcaggaaacactatgtgg 26676563  T
Q  328 taaccaagccagtgagaa 345  Q
    |||| |||||| ||||||    
T  26676562 taactaagccaatgagaa 26676545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 18 - 345
Target Start/End: Original strand, 31911675 - 31912002
Alignment:
Q  18 aagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagc 117  Q
    ||||| ||| |||| ||||| | | |||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||  | ||||||    
T  31911675 aagaaagctaccctattacatataaattcccaagcaaggtaaatgactcaaccaccacgaatggtaggagaaaacaaaactatgacgattcactttcagc 31911774  T
Q  118 caccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccaca 217  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||| |    
T  31911775 cactagtaagattgaagcttaactttatctagcaattgattaaacgaaacttctttttggtgaaagatctgagcattcctttcaagtcaaatcacccata 31911874  T
Q  218 catatgatagccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaa 317  Q
    || | |||||||||||||  |||| ||||||| | ||| | || || || |||   || ||| ||||||||||||||||||||| ||| | |||||| ||    
T  31911875 cacaagatagccaaataagattaaaagctgagcggttgctattagagaagccgcataatgtgtcaaattgatataaatggtctggcacatgttcaagaaa 31911974  T
Q  318 cactatgttataaccaagccagtgagaa 345  Q
    ||| | ||  |||| |||||| ||||||    
T  31911975 cacaacgtggtaactaagccaatgagaa 31912002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 20505608 - 20505417
Alignment:
Q  28 ccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaag 127  Q
    |||||||||| ||  |||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||    
T  20505608 ccctgttacataacaattcccaagcaaggtaaaggatttaaccaccaagaatggtaggagaaaacaaaactaggacgattagctttcagccaccagtaag 20505509  T
Q  128 attgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacaca 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| | |||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20505508 attgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggtgaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacaca 20505417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 28 - 345
Target Start/End: Original strand, 33676633 - 33676950
Alignment:
Q  28 ccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaag 127  Q
    |||||||||| ||| |||| ||| ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||    
T  33676633 ccctgttacataaaaattcccaaacaaggtaaaggatttaaccaccaagaatggtaggagaaaacaaaactaggacgatttgctttcagccactagtaag 33676732  T
Q  128 attgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatag 227  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| ||||| |||||||||| | | |  |||||||||||||||||||||| |||||| | ||||     
T  33676733 attgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaaacttctgtttggtgaaaaacctgagcattcctttcaagccaaatcactcacacacaagataa 33676832  T
Q  228 ccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactatgtta 327  Q
    ||| ||||  | || ||| ||| | ||||| ||||| || ||    | ||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||| | ||||||||||      
T  33676833 ccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcatatggtgccaaattgatacaaatggtctggcacatgttcaggaaacactatgtgg 33676932  T
Q  328 taaccaagccagtgagaa 345  Q
    |||| |||||| ||||||    
T  33676933 taactaagccaatgagaa 33676950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 31 - 311
Target Start/End: Original strand, 4532217 - 4532497
Alignment:
Q  31 tgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagatt 130  Q
    ||||||| ||||||||  ||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || || || |||||||||||||| ||||    
T  4532217 tgttacataaatattcctaagcaaggtgaagggttcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactaggtcggttcgctttcagccaccagtatgatt 4532316  T
Q  131 gaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatagcca 230  Q
    |  |||| |||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||| || ||  ||||||||||||| || |||||||||||| | ||||| ||    
T  4532317 ggtgcttaactttatctaacaattgattaaaagaagtttctttttggtgaaatatgcgagcattcctttcaagtcagatcacccacacacaagatagtca 4532416  T
Q  231 aataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttc 311  Q
    |||||  ||||||| |||| ||||| |||| || || |||  ||||||| |||| ||||||||||||||| |||| |||||    
T  4532417 aataagattaagagttgagcgtttgctgttagagaagccgccaaaggtgtcaaactgatataaatggtctaacacattttc 4532497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 30 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 46732030 - 46731717
Alignment:
Q  30 ctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagat 129  Q
    |||||||| ||  |||||||||||||||||| |||| ||||||||  |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| |||||| |||||    
T  46732030 ctgttacataataattctcaagcaaggtaaaggatttaaccaccaaaaatggtaggagaaaacaaaattaggacgatttgctttcagtcaccagcaagat 46731931  T
Q  130 tgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatagcc 229  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| | |||||||||| | ||| | |||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||    
T  46731930 tgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttttgtttggtgaaaaacccgattattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataacc 46731831  T
Q  230 aaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactatgttata 329  Q
    | ||||  | || ||| ||| | ||||| ||||| || ||    ||||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||| || ||||||||||  ||    
T  46731830 atataagatgaaaagcagagcggttgtt-tttgagaagcctcctaaggtgcgaaattgatataaatggtctgtcacatgttc-agaaacactatgtggta 46731733  T
Q  330 accaagccagtgagaa 345  Q
    || |||||| ||||||    
T  46731732 actaagccaatgagaa 46731717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 18 - 325
Target Start/End: Original strand, 27007514 - 27007821
Alignment:
Q  18 aagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagc 117  Q
    ||||| ||| |||||||||||| | |||  |||| || ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| || ||||||    
T  27007514 aagaaagctaccctgttacaaataaatttccaagtaatgtaaaggattcaaccaccacgaatggtaggagaaaacaaaactagaaaaattcgctttcagc 27007613  T
Q  118 caccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccaca 217  Q
     |||| || |||||||  || ||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||  ||||| |||||||||||||||||||||    
T  27007614 taccaatatgattgaaatttaactctatctagcaattgattaaacgaagattctttttggtgaaagacccgaacattcatttcaagccaaatcacccaca 27007713  T
Q  218 catatgatagccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaa 317  Q
    || | ||||| || ||||  |||| ||||||| | ||  | || || || |||   ||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||| | ||    
T  27007714 cacaagatagtcatataagtttaaaagctgagcggttacttttggagaagccgtctaaggtgccaaattgatacaaatggtctgacacatgttcaggaaa 27007813  T
Q  318 cactatgt 325  Q
    ||||||||    
T  27007814 cactatgt 27007821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 30 - 216
Target Start/End: Original strand, 28756617 - 28756803
Alignment:
Q  30 ctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagat 129  Q
    |||||||| ||  |||| ||| ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||    
T  28756617 ctgttacataataattcccaaacaaggtaaaggatttaaccaccaagaatggtaggagaaaacaaaactaggatgatttgctttcagccaccagtaagat 28756716  T
Q  130 tgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccac 216  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||| | |||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  28756717 tgaagcttaactttatctaacaattgattaatcgaagcttctgtttggtgaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccac 28756803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 19 - 175
Target Start/End: Original strand, 51534596 - 51534752
Alignment:
Q  19 agaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagcc 118  Q
    |||||||| |||| ||||| ||||||||  |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||  || || || |||||||    
T  51534596 agaatgctaccctattacataaatattcctaagcaaggtaaagggttcaatcaccatgaatggtaggagaaaccaaaactaggtcggttcgctttcagcc 51534695  T
Q  119 accagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttcttttt 175  Q
    |||| || ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||    
T  51534696 accaatatgattggagcttaactttatctaacaattgattaaaagaagtttcttttt 51534752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 28 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 52022732 - 52022615
Alignment:
Q  28 ccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaag 127  Q
    |||||||||| | | || |||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||| || ||| |||  |||||||    
T  52022732 ccctgttacatataaatcctcaagtaaggtaaaggattcaaccaccatgaatgataggagaaaacaaaactaggacaattcgctttcggccgtcagtaag 52022633  T
Q  128 attgaagcttgactttat 145  Q
    |||||||||| |||||||    
T  52022632 attgaagcttaactttat 52022615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 52 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 15759900 - 15759629
Alignment:
Q  52 caaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttgactttatctagca 151  Q
    ||||||||| | |||||||| ||  |||||||||| ||| ||||  ||| ||| || || |||||||||||||| |||||||| || | ||||||||| |    
T  15759900 caaggtaaagggttcaaccatcacaaatggtaggaaaaagcaaaggtaggacggttcgctttcagccaccagtatgattgaagtttaattttatctagta 15759801  T
Q  152 attgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatagccaaataaagttaagagctgagtg 251  Q
    ||||||| || ||  | |||||||| ||||||| |||    || ||||| | |||||||||| ||||| | || ||||| || |  |||| || |||| |    
T  15759800 attgattgaacgagacctctttttgatgaaagacccgagtgtttctttctatccaaatcacctacacacaagaaagccatatgagattaaaagttgagcg 15759701  T
Q  252 tttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactat 323  Q
     ||| | || ||||| |||   ||||||||||||||||| ||||| |||||||| | |||| | ||||||||    
T  15759700 gttgcttttggaaaacccgcctaaggtgccaaattgatacaaatgatctgacacatgttcaggaaacactat 15759629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 274 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 52022585 - 52022517
Alignment:
Q  274 aaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactatgttataaccaagccagtga 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||  | |||||| ||||||| ||  |||| ||||||||||    
T  52022585 aaggtgccaaattgatataaatggtctggcatatgttcaagaaacactaagtggtaactaagccagtga 52022517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 103 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 36016748 - 36016712
Alignment:
Q  103 cgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttga 139  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  36016748 cgatttgctttcagccaccattaagattgaagcttga 36016712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 218; Significance: 1e-120; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 16 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 94853 - 94616
Alignment:
Q  16 ataagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttca 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  94853 ataagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactaggacgatttgccttca 94754  T
Q  116 gccaccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcaccca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  94753 gccaccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaaagaagcttctttttggtgaaagatccgatcattcctttcaagccaaatcaccca 94654  T
Q  216 cacatatgatagccaaataaagttaagagctgagtgtt 253  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  94653 cacaaatgatagccaaataaggttaagagctgagtgtt 94616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 218; Significance: 1e-120; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 16 - 253
Target Start/End: Original strand, 40871429 - 40871666
Alignment:
Q  16 ataagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttca 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  40871429 ataagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactaggacgatttgccttca 40871528  T
Q  116 gccaccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcaccca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  40871529 gccaccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaaagaagcttctttttggtgaaagatccgatcattcctttcaagccaaatcaccca 40871628  T
Q  216 cacatatgatagccaaataaagttaagagctgagtgtt 253  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  40871629 cacaaatgatagccaaataaggttaagagctgagtgtt 40871666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 18 - 344
Target Start/End: Original strand, 17194009 - 17194334
Alignment:
Q  18 aagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagc 117  Q
    ||||| ||| |||| |||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||  ||||||| | ||||||    
T  17194009 aagaaagctaccctattacaaaaatattcccaaacaaggtaaaggattcaaccaccacgaatggtaggagagaacaaaactatgacgattttctttcagc 17194108  T
Q  118 caccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccaca 217  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||     ||||||||||||| |||||||| ||||    
T  17194109 caccagtgagattgaagcttaactttatctagcaattgattaaaagaagctttttattggt-aaagatttaagcattcctttcaagtcaaatcactcaca 17194207  T
Q  218 catatgatagccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaa 317  Q
    || | |||| |||||||| |||||||| | ||||| |  |||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | | ||    
T  17194208 cacaagataaccaaataaggttaagagttaagtgtctactgttagaaaaaccgctaaaggtgccaagttgatataaatggtctgacacatttttaggaaa 17194307  T
Q  318 cactatgttataaccaagccagtgaga 344  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||    
T  17194308 cactatgttgtaaccaagccagtgaga 17194334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 28 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 1032197 - 1031880
Alignment:
Q  28 ccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaag 127  Q
    |||||||||| ||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    | || || |||||||||||||| |    
T  1032197 ccctgttacataaatattcctaagcaaggtaaatggttcaaccaccatgaatagtaggagaaaacaaaactattgtggttcgctttcagccaccagtatg 1032098  T
Q  128 attgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatag 227  Q
    |||||||||| ||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||  | |||||||||||| | |||||||||||| |  ||||    
T  1032097 attgaagcttaactttatctaataattgattaaaagaagcttctttttggtgaaatattcgagcgttcctttcaagctagatcacccacacacaatatag 1031998  T
Q  228 ccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactatgtta 327  Q
    ||||||||  || |||| |||| |||||||||| || || ||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| ||      
T  1031997 ccaaataagattcagagttgagcgtttgttgttagagaagccgctaaaggtgctaaattgatataaatgatctgacacgttttcaggaaacactaagtgg 1031898  T
Q  328 taaccaagccagtgagaa 345  Q
    ||||||||||||||||||    
T  1031897 taaccaagccagtgagaa 1031880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 16 - 188
Target Start/End: Original strand, 12623031 - 12623203
Alignment:
Q  16 ataagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttca 115  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||     
T  12623031 ataagaatgttgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccatcatgaatggtagaagaaaacaaaactaggacgatttgccttcg 12623130  T
Q  116 gccaccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccg 188  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  12623131 gccacaagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgtttaaaagaagcctctttttggtgaaagatccg 12623203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 30 - 311
Target Start/End: Original strand, 9942731 - 9943012
Alignment:
Q  30 ctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagat 129  Q
    |||||||| ||||||||  ||| |||  ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  || || || |||||||||||||| |||    
T  9942731 ctgttacataaatattcctaagtaagacaaatggttcaactaccatgaatggtaggagaaaacaaaactaggtcggttcgctttcagccaccagtatgat 9942830  T
Q  130 tgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatagcc 229  Q
    || ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| || |   |||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||| |    
T  9942831 tggagcttaactttatctaacaattgattaaaagaagcttctttttggtgaaatatgcaagcatttctttcaagccagatcacccacacacaagatagtc 9942930  T
Q  230 aaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttc 311  Q
    ||||||  ||||||| |||||||||| |||  || || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  9942931 aaataagattaagagttgagtgtttgctgtcagagaagccgctaaaggtgccaaattgatataaatggtctaacacattttc 9943012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 28 - 345
Target Start/End: Original strand, 40858157 - 40858474
Alignment:
Q  28 ccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaag 127  Q
    |||||||||| ||| |||| ||||||||||| | |||| |||||| | |||||| |||||||||||||||||| |||||| || |||||||| |||||||    
T  40858157 ccctgttacataaaaattcccaagcaaggtagaggatttaaccactaagaatggaaggagaaaacaaaactaggacgattagctttcagccatcagtaag 40858256  T
Q  128 attgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatag 227  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| | |||  ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||     
T  40858257 attgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggtgaaaaacccgagcattcatttcaagccaaatcacccacacacaagataa 40858356  T
Q  228 ccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactatgtta 327  Q
    ||| ||||  | || ||| ||| | ||||| ||||| || ||    ||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||| | ||||||||||      
T  40858357 ccatataagatgaaaagcggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggtgccaaattgatacaaatggtctgacacatgttcaggaaacactatgtgg 40858456  T
Q  328 taaccaagccagtgagaa 345  Q
    |||| |||||| ||||||    
T  40858457 taactaagccaatgagaa 40858474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 52 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 32575412 - 32575119
Alignment:
Q  52 caaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttgactttatctagca 151  Q
    ||||||||| | |||||||||||  |||||||||| ||| ||||  ||| ||| || || |||||||||||||| |||||||| || | ||||||||| |    
T  32575412 caaggtaaagggttcaaccaccacaaatggtaggaaaaagcaaaggtaggacggttcgctttcagccaccagtatgattgaagtttaattttatctagta 32575313  T
Q  152 attgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatagccaaataaagttaagagctgagtg 251  Q
    ||||||| || || || |||||||| ||||||| |||    || ||||| | |||||||||||||||| | || ||||| || |  |||| ||||||| |    
T  32575312 attgattgaacgaggcctctttttgatgaaagacccgagtgtttctttctatccaaatcacccacacacaagaaagccatatgagattaaaagctgagcg 32575213  T
Q  252 tttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactatgttataaccaagccagtgagaa 345  Q
     ||| | || ||||| |||   ||||||||||||||||| ||||| |||||||| | |||| | |||||||| |   | |||||||||||||||    
T  32575212 attgcttttggaaaacccgcctaaggtgccaaattgatacaaatgatctgacacatgttcaggaaacactatatggaacccaagccagtgagaa 32575119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 52 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 19324167 - 19323896
Alignment:
Q  52 caaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttgactttatctagca 151  Q
    ||||||||| | |||||||||||  |||||||||| ||| ||||  ||| ||| || || |||||||||| ||| |||||||| || | ||||||||| |    
T  19324167 caaggtaaagggttcaaccaccacaaatggtaggaaaaagcaaaggtaggacggttcgctttcagccaccggtatgattgaagtttaattttatctagta 19324068  T
Q  152 attgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatagccaaataaagttaagagctgagtg 251  Q
    ||||||| || || || |||||||| ||||||| |||  | || ||||| | |||||||||||||||| | || ||||| || | ||||| || |||| |    
T  19324067 attgattgaacgaggcctctttttgatgaaagacccgagcgtttctttctatccaaatcacccacacacaagaaagccatatgaggttaaaagttgagcg 19323968  T
Q  252 tttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactat 323  Q
     ||| | || ||||| |||   ||||||||||||| ||| ||||| |||||||| | |||| | ||||||||    
T  19323967 gttgcttttggaaaacccgcctaaggtgccaaattcatacaaatgatctgacacatgttcaggaaacactat 19323896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 77 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 8124042 - 8123965
Alignment:
Q  77 aatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttgactttatctagcaatt 154  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  8124042 aatggtaggagaaaacaaaactaggacgattagctttcaaccaccagtaagattgaagcttaactttatctaacaatt 8123965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 52 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 38142182 - 38141911
Alignment:
Q  52 caaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttgactttatctagca 151  Q
    ||||||||| | |||||||||||  |||||||||| ||| ||||  ||| ||| || || |||||||||||||| |||||||| || | ||||||||  |    
T  38142182 caaggtaaagggttcaaccaccacaaatggtaggaaaaagcaaaggtaggacggttcgctttcagccaccagtatgattgaagtttaattttatctaata 38142083  T
Q  152 attgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatagccaaataaagttaagagctgagtg 251  Q
    ||||| | || || || |||||||| ||||||| |||    || ||||| | |||||||||||||||| | || ||||| || |  |||| ||||||| |    
T  38142082 attgaatgaacgaggcctctttttgatgaaagacccgagtgtttctttctatccaaatcacccacacacaagaaagccatatgagattaaaagctgagcg 38141983  T
Q  252 tttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactat 323  Q
     ||| | || ||||| |||   ||||||||||||||||| ||||| |||||||| | |||| | ||||||||    
T  38141982 gttgcttttggaaaacccgcctaaggtgccaaattgatacaaatgatctgacacatgttcaggaaacactat 38141911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 53 - 305
Target Start/End: Original strand, 18299607 - 18299859
Alignment:
Q  53 aaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttgactttatctagcaa 152  Q
    |||||||| | |||||||||||  |||||||||| ||| |||| |||| ||| ||  | |||||||||||||| |||||||| || | ||||||||| ||    
T  18299607 aaggtaaagggttcaaccaccacaaatggtaggaaaaagcaaagctaggacggttccctttcagccaccagtatgattgaagtttaattttatctagtaa 18299706  T
Q  153 ttgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatagccaaataaagttaagagctgagtgt 252  Q
    |||||  || || || |||||||| ||||||| |||  |  | ||||| | |||||||||||||||| | || ||||| || |  |||| ||||||| |     
T  18299707 ttgatggaacgaggcctctttttgatgaaagacccgagcgattctttctatccaaatcacccacacacaagaaagccatatgagattaaaagctgagcgg 18299806  T
Q  253 ttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacac 305  Q
    ||| | || ||||| ||    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  18299807 ttgcttttggaaaacccacctaaggtgccaaattgatacaaatgatctgacac 18299859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 52 - 303
Target Start/End: Original strand, 29126016 - 29126265
Alignment:
Q  52 caaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttgactttatctagca 151  Q
    ||||||||| | |||||||||||  |||||||||| ||| ||||  ||| ||| || || |||||||||||||| |||||||  || | ||||||||| |    
T  29126016 caaggtaaagggttcaaccaccacaaatggtaggaaaaagcaaaggtaggacggttcgctttcagccaccagtatgattgaaatttaattttatctagta 29126115  T
Q  152 attgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatagccaaataaagttaagagctgagtg 251  Q
    ||||||| || || || |||||||| ||||||| |||    || ||||| | |||||||||||||||  | || ||||| || |  |||| ||||||| |    
T  29126116 attgattgaacgaggcctctttttgatgaaagacccgagtgtttctttctatccaaatcacccacac--aagaaagccatatgagattaaaagctgagcg 29126213  T
Q  252 tttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgac 303  Q
     ||| | || ||||| |||   ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  29126214 gttgcttttggaaaacccgcctaaggtgccaaattgatacaaatgatctgac 29126265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 52 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 29626856 - 29626605
Alignment:
Q  52 caaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttgactttatctagca 151  Q
    ||||||||| | |||||||||||  |||||||||| ||| ||||  ||| ||| || || |||||||| |||||  ||||||| || | |||||| || |    
T  29626856 caaggtaaagggttcaaccaccacaaatggtaggaaaaagcaaaggtaggacggttcgctttcagccatcagtattattgaagtttaattttatcaagta 29626757  T
Q  152 attgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatagccaaataaagttaagagctgagtg 251  Q
    ||||| | || || || |||||||| |||||||||||    || ||||| | |||||||||||||||| | || ||||| || |  |||| ||||||| |    
T  29626756 attgaatgaacgaggcctctttttgatgaaagatccgagtgtttctttctatccaaatcacccacacacaagaaagccatatgagattaaaagctgagcg 29626657  T
Q  252 tttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgac 303  Q
     ||| | || ||||| |||   ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  29626656 gttgcttttggaaaacccgcctaaggtgccaaattgatacaaatgatctgac 29626605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 52 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 15669634 - 15669363
Alignment:
Q  52 caaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttgactttatctagca 151  Q
    ||||||||| | |||||||||||  |||||||||| ||| ||||  ||| ||| || || |||||||||||||| |||||||| || | ||||||||| |    
T  15669634 caaggtaaagggttcaaccaccacaaatggtaggaaaaagcaaaggtaggacggttcgctttcagccaccagtatgattgaagtttaattttatctagta 15669535  T
Q  152 attgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatagccaaataaagttaagagctgagtg 251  Q
    ||||||| ||  | || ||||||||  |||||| |||    || ||||| | | |||||||||||||| | || ||||| || |  |||| || |||| |    
T  15669534 attgattgaacaaggcctctttttgaagaaagacccgagtgtttctttctatcgaaatcacccacacacaagaaagccatatgagattaaaagttgagcg 15669435  T
Q  252 tttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactat 323  Q
     ||| | || ||||| |||   ||||||||||||||||| ||||| |||| ||| | |||| | ||||||||    
T  15669434 gttgcttttggaaaacccgcctaaggtgccaaattgatacaaatgatctggcacatgttcaggaaacactat 15669363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 9948912 - 9948852
Alignment:
Q  19 agaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaat 79  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||||||  |||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  9948912 agaaggctaccctgttacataaatattcctaagcaaggtaaagggttcaaccaccatgaat 9948852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0074 (Bit Score: 168; Significance: 6e-90; HSPs: 1)
Name: scaffold0074
Description:

Target: scaffold0074; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 18 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 23771 - 23445
Alignment:
Q  18 aagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagc 117  Q
    ||||| ||| || |||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  23771 aagaaagctaccgtgttacaaaagtatttccaagcaaggtaaatgattcaaccaccacgaatggtaggagaaaacaaaactatgacgatttgctttcagc 23672  T
Q  118 caccagtaagattgaagcttgactttatcta-gcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccac 216  Q
    ||| ||||||| |||||||| |||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||||||||||    
T  23671 cacgagtaagaatgaagcttaactttatcaaagcaattgattaaacgaagcttctttttggtgaaagatttgagcattcctttcaagccaaatcacccac 23572  T
Q  217 acatatgatagccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattga--tataaatggtctgacacgttttcaag 314  Q
    ||| | |||||||||||||  |||||||| |||| ||||||||| ||||||||| || || |||||||||||  ||||||||||||||| | |||||| |    
T  23571 acacaagatagccaaataagattaagagcggagtttttgttgttagaaaaaccgctatagttgccaaattgatatataaatggtctgacgcattttcatg 23472  T
Q  315 gaacactatgttataaccaagccagtg 341  Q
     ||||||||||| ||||||||| ||||    
T  23471 aaacactatgttgtaaccaagctagtg 23445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0300 (Bit Score: 154; Significance: 1e-81; HSPs: 1)
Name: scaffold0300
Description:

Target: scaffold0300; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 28 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 9550 - 9233
Alignment:
Q  28 ccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaag 127  Q
    |||||||||| ||||||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || || || |||||||||||||| |    
T  9550 ccctgttacataaatattcctaagcaaggtaaagggttcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactaggtcggttcgctttcagccaccagtatg 9451  T
Q  128 attgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatag 227  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||  |||||||||||||||| |||||||||||| | |||||    
T  9450 attgaagcttaactttatctaacaattgattaaaataagcttctttttggtgaaatatgcgagcattcctttcaagccagatcacccacacacaagatag 9351  T
Q  228 ccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactatgtta 327  Q
    ||||||||  ||||||| |||| ||||| |||| || || | | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  | |||||||  |      
T  9350 ccaaataagattaagagttgagcgtttgctgttagagaagctgctaaaggtgccaaattgatataaatggtctaacacattttccggaaacactaattgg 9251  T
Q  328 taaccaagccagtgagaa 345  Q
    ||||||||||||||||||    
T  9250 taaccaagccagtgagaa 9233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 143; Significance: 5e-75; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 19 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 22639541 - 22639215
Alignment:
Q  19 agaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagcc 118  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||  | |||||||    
T  22639541 agaaggctaccctgttacataaatattcctaagcaaggtaaatggttcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactaggtcggttcactttcagcc 22639442  T
Q  119 accagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacac 218  Q
    |||| || ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  22639441 accaatatgattggagcttaactttatctaacaattgattaaaagaagcttctttttggtgaaatatgcgagcattcctttcaagccagatcacccacac 22639342  T
Q  219 atatgatagccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaac 318  Q
    | | |||||||||||||  |||||||  ||| ||||| |||| || || ||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||  | |||    
T  22639341 acaagatagccaaataagattaagagaagagcgtttgctgttagagaagccgctaaaggtggcaaattgatataaatggtctaacacattttccggaaac 22639242  T
Q  319 actatgttataaccaagccagtgagaa 345  Q
    ||||  |  ||||||||||||| ||||    
T  22639241 actaattggtaaccaagccagtaagaa 22639215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 40 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 19021351 - 19021046
Alignment:
Q  40 aatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttga 139  Q
    |||||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  || || || |||||||||||||| ||||| ||||| |    
T  19021351 aatattcctaagcaaggtaaagggttcaaccaccatgaatggcaggagaaaacaaaactaggtcggttcgctttcagccaccagtatgattggagcttaa 19021252  T
Q  140 ctttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatagccaaataaagtt 239  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||  |||| ||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||  ||    
T  19021251 ctttatctaacaattgattaaaagaagcttctttttggtgaaatatgcgagcatttctttcaagccagatcacccacacacaagatagccaaataagatt 19021152  T
Q  240 aagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactatgttataaccaagccag 339  Q
    ||||| |||| ||||| |||| || || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  | | |||||  |  ||||||||||||    
T  19021151 aagagttgagcgtttgctgttagagaagccgctaaaggtgccaaattgatataaatggtctaacacattttccggaagcactaattggtaaccaagccag 19021052  T
Q  340 tgagaa 345  Q
    ||||||    
T  19021051 tgagaa 19021046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 28 - 345
Target Start/End: Original strand, 26369072 - 26369389
Alignment:
Q  28 ccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaag 127  Q
    |||||||||| ||  |||| ||||||||||||| |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||    
T  26369072 ccctgttacataataattcccaagcaaggtaaaagatttaaccaccaagaatagtaggagaaaacaaaactaggacgattagctttcagccaccagtaag 26369171  T
Q  128 attgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatag 227  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| | |||  ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||     
T  26369172 attgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggtgaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataa 26369271  T
Q  228 ccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactatgtta 327  Q
    ||| ||||  | || ||  ||| | ||||| ||||| || ||    ||||||||||||| ||  |||||||||| ||| | |||| | ||||||||||      
T  26369272 ccatataagatgaaaagtggagcgattgttttttgagaagcctcctaaggtgccaaattaatgcaaatggtctggcacatgttcaggaaacactatgtgg 26369371  T
Q  328 taaccaagccagtgagaa 345  Q
    |||| |||||| ||||||    
T  26369372 taactaagccaatgagaa 26369389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 48 - 297
Target Start/End: Original strand, 22580548 - 22580800
Alignment:
Q  48 caagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagcca---ccagtaagattgaagcttgacttta 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||||| || ||| || ||||||||   |||||||||||||||||| ||||||    
T  22580548 caagcaaggtaaatgattcaaccaccacgaatggtaggaaaaagtaaaactaggactattcgctttcagccagcaccagtaagattgaagcttcacttta 22580647  T
Q  145 tctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatagccaaataaagttaagag 244  Q
    ||||||||||||||||| |||| || | |||| ||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||| ||||  |||| ||    
T  22580648 tctagcaattgattaaacgaagtttatatttgttgaaagacccgaacattcctttcaagccaaatcacccgcacacaagatagccatataagattaaaag 22580747  T
Q  245 ctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatgg 297  Q
     |||| | |||   || || || |||   ||||||||||||||||||||||||    
T  22580748 ttgagcggttgcgtttggagaagccgcctaaggtgccaaattgatataaatgg 22580800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 64 - 325
Target Start/End: Original strand, 40973444 - 40973705
Alignment:
Q  64 ttcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaatg 163  Q
    |||||||||||  |||||||||| |||  |||||||| ||| || || |||||||||||||| |||||||| || | ||||||||| |||||||  || |    
T  40973444 ttcaaccaccacaaatggtaggaaaaagtaaaactaggacggttcgctttcagccaccagtatgattgaagtttaattttatctagtaattgatggaacg 40973543  T
Q  164 aagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatagccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttga 263  Q
    | || |||||||| ||||||| |||  | || ||||| | |||||| ||||||||| | || ||||| || |  |||| ||||||| | ||| | || ||    
T  40973544 aggcctctttttgatgaaagacccgagcgtttctttctatccaaataacccacacacaagaaagccatatgagattaaaagctgagcggttgcttttgga 40973643  T
Q  264 aaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactatgt 325  Q
    ||| ||    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| | |||| | ||||||||||    
T  40973644 aaacccacctaaggtgccaaattgatacaaatgatctgacacatgttcaggaaacactatgt 40973705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 39 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 6537039 - 6536979
Alignment:
Q  39 aaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaacta 99  Q
    ||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6537039 aaatattatcaagcaaggtaaagggttcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaacta 6536979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 52 - 219
Target Start/End: Original strand, 25982339 - 25982506
Alignment:
Q  52 caaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttgactttatctagca 151  Q
    ||||||||| | |||||||||||  |||||||||| |||||||| || | ||| || || |||||||||||||| |||||||| || | ||||||||| |    
T  25982339 caaggtaaagggttcaaccaccacaaatggtaggaaaaaacaaagcttggacggttcgctttcagccaccagtatgattgaagtttaattttatctagta 25982438  T
Q  152 attgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacaca 219  Q
    ||||||  || ||  | |||||||| |||||||  ||| | || ||||| | ||||||||||||||||    
T  25982439 attgatggaacgagacctctttttgatgaaagacacgggcgtttctttctatccaaatcacccacaca 25982506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 134; Significance: 1e-69; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 28 - 345
Target Start/End: Original strand, 10436568 - 10436885
Alignment:
Q  28 ccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaag 127  Q
    |||||||||| ||  |||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||    
T  10436568 ccctgttacataataattcccaagcaaggtaaaggatttaaccaccaagaatggtaggagaaaacaaaactaggacgattagctttcagccaccagtaag 10436667  T
Q  128 attgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatag 227  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| | |||  ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||     
T  10436668 attgaagcttaactttatctagcaattgattaatcgaagcttctgtttggtgaaaaacccgagcattcctttcaagccaaatcacccacacacaagataa 10436767  T
Q  228 ccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactatgtta 327  Q
    ||| ||||  | || ||| ||| | ||||| ||||| || ||    ||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||| | ||||||||||      
T  10436768 ccatataagatgaaaagcagagcgattgttttttgagaagcctcctaaggtgccaaattgatacaaatggtctggcacatgttcaggaaacactatgtgg 10436867  T
Q  328 taaccaagccagtgagaa 345  Q
    |||| |||||| ||||||    
T  10436868 taactaagccaatgagaa 10436885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 28 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 20406342 - 20406049
Alignment:
Q  28 ccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaag 127  Q
    |||||||||| ||  |||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||    
T  20406342 ccctgttacataataattcccaagcaaggtaaaagatttaaccaccaagaatggtaggagaaaacaaaactaggacgatttgctttcagccactagtaag 20406243  T
Q  128 attgaagcttgactttatctagcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatag 227  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||||| |||||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||     
T  20406242 attgaagcttaactttatctagcaattgcttaatcgaagcttctgtttggtgaaaaatccgagcattcctttcaagtcaaatcacccacacacaagataa 20406143  T
Q  228 ccaaataaagttaagagctgagtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacact 321  Q
    ||| ||||  | || ||| ||| | ||||| ||||| || ||    || ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | ||||||    
T  20406142 ccatataagatgaaaagcggagcggttgttttttgagaagcctcctaaagtgccaaattgatataaatggtctggcacgtgttcaggaaacact 20406049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 48 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 15030024 - 15029729
Alignment:
Q  48 caagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttgactttatct 147  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||  | |||| || |||| |||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  15030024 caagcaaggtaaaagatttaaccaccatgtatggtaggagaaaccaaaactatgatgattcgctttcaaccaccaataagattgaagcttaactttatct 15029925  T
Q  148 agcaattgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatagccaaataaagttaagagctg 247  Q
    |||||||||||||  ||||||| | |||||||||| | ||   ||||| |||||||||||||||||||| |||| |||| ||  ||||  |||| |||      
T  15029924 agcaattgattaatcgaagcttttgtttggtgaaaaacccaagcattcatttcaagccaaatcacccacgcataagataaccttataagattaaaagcga 15029825  T
Q  248 agtgtttgttgtttgaaaaaccgataaaggtgccaaattgatataaatggtctgacacgttttcaaggaacactatgttataaccaagccagtgag 343  Q
    || | ||||| ||| | || ||    ||| ||||||||||||||||||||| || ||| | |||| | ||||||||||  |||| |||||||||||    
T  15029824 agcgattgtttttttagaagcctcctaagatgccaaattgatataaatggtttggcacatgttcaggaaacactatgtggtaactaagccagtgag 15029729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 64 - 219
Target Start/End: Original strand, 53459080 - 53459235
Alignment:
Q  64 ttcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttgactttatctagcaattgattaaatg 163  Q
    |||||||||||  |||||||||| |||  |||  ||||||| || || |||||||||||||| |||||||| || | ||||||||| |||||||| || |    
T  53459080 ttcaaccaccaccaatggtaggaaaaagtaaaggtagaacggttcgctttcagccaccagtatgattgaagtttaattttatctagtaattgattgaacg 53459179  T
Q  164 aagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacaca 219  Q
    | || |||||||| ||||||| |||    || ||||| | ||||||||||||||||    
T  53459180 aggcctctttttgatgaaagacccgagtgtttctttctatccaaatcacccacaca 53459235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 55 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 28432829 - 28432665
Alignment:
Q  55 ggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttgactttatctagcaatt 154  Q
    |||||||||||||||||| |  ||||||| |||||| |||| |||| ||| ||  | |||||||||||||| |||| |||||| | ||| || || ||||    
T  28432829 ggtaaatgattcaaccacgacaaatggtaagagaaagcaaagctaggacggttctctttcagccaccagtatgattaaagcttaattttgtcgagtaatt 28432730  T
Q  155 gattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacaca 219  Q
    ||| |   || |  |||| ||| ||||||| |||  |||| ||||||| ||||||||| ||||||    
T  28432729 gatgaggcgaggtctcttattgatgaaagacccgagcatttctttcaatccaaatcactcacaca 28432665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0037 (Bit Score: 74; Significance: 7e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0037
Description:

Target: scaffold0037; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 16 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 950 - 861
Alignment:
Q  16 ataagaatgctgccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacga 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  950 ataagaatgctgccctgttacaaaaatattcccaagcaaggttaaggattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactaggacga 861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0432 (Bit Score: 59; Significance: 6e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0432
Description:

Target: scaffold0432; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 52 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 9043 - 8789
Alignment:
Q  52 caaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaactagaacgatttgccttcagccaccagtaagattgaagcttgactttatctagca 151  Q
    ||||||||| | |||||||||||  |||||||||| ||| |||| |||| ||| || || |||||||||||||| |||||||| || | ||||||||| |    
T  9043 caaggtaaagggttcaaccaccacaaatggtaggaaaaagcaaagctaggacggttcgctttcagccaccagtatgattgaagtttaattttatctagta 8944  T
Q  152 attgattaaatgaagcttctttttggtgaaagatccggtcattcctttcaagccaaatcacccacacatatgatagccaaataaagttaagagctgagtg 251  Q
    |||||| ||| || || |||||| | ||||||| |||  | || ||||| | |||||||||||||||| | || ||||| || |  |||| ||||||| |    
T  8943 attgatgaaacgaggcctcttttagatgaaagacccgagcgtttctttctatccaaatcacccacacacaagaaagccatatgagattaaaagctgagcg 8844  T
Q  252 tttgttgtttgaaaaaccga-taaaggtgccaaattgatataaatggtctgacac 305  Q
     ||| | || |||||||| |   ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  8843 gttgcttttggaaaaacccacctaaggtgccaaattgatacaaatgatctgacac 8789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0020 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0020
Description:

Target: scaffold0020; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 28 - 98
Target Start/End: Original strand, 124327 - 124397
Alignment:
Q  28 ccctgttacaaaaatattctcaagcaaggtaaatgattcaaccaccatgaatggtaggagaaaacaaaact 98  Q
    |||||||||| ||  |||| ||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  124327 ccctgttacataataattcccaagcaaggtaaaggatttaaccaccaagaatggtaggagaaaacaaaact 124397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 3100 times since January 2019
Visitors: 6169