View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0836_low_24 (Length: 520)

Name: NF0836_low_24
Description: NF0836
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0836_low_24
NF0836_low_24
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (11-492)||(2097947-2098428)
chr7 (11-492)||(2065135-2065616)
chr7 (16-440)||(2121931-2122355)
chr7 (11-492)||(2072243-2072724)
chr7 (11-492)||(2137831-2138312)
chr7 (16-492)||(2692251-2692727)
chr7 (11-440)||(2055846-2056273)
chr7 (11-440)||(2246129-2246557)
chr7 (207-491)||(2125424-2125708)
chr7 (85-468)||(1697215-1697598)
chr7 (11-189)||(2134714-2134892)
chr7 (11-118)||(2125317-2125424)
chr7 (315-485)||(2134911-2135081)
chr7 (389-492)||(2113785-2113888)
chr7 (11-104)||(2104250-2104343)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 434; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 492
Target Start/End: Original strand, 2097947 - 2098428
Alignment:
Q  11 tgatatgaagtttgggaaatgtgcatgtcatgttgccagagcaccttatgtctccatggaatgcattgttacttaaagacaataccttcaactcgggtaa 110  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2097947 tgatgtgaagtttgggaaatgtgcatgtcatgttgtcagagcacctaatgtctccatgaaattcattgttacttaaagacaataccttcaactcgggtaa 2098046  T
Q  111 atctttcatccataatggaaatgaatcattgatattgttataactaacatcaaagaactctaggcttctgctatttaccaatgcccttggcaactgaccc 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2098047 atctttcatccataatggaaatgaatcattgatattgttataactaacatcaaagaactctaggcttctgctatttaccaatgcccttggcaactgaccc 2098146  T
Q  211 tgcagaatgttgttgctaaaatcaatccgctgaagggaatttcctatcatgtatgtttgaggaatggggccagacaatttgttcccttttagagctagtg 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2098147 tgcagaatgttgttgctaaaatcaatccgctgaagggaatttcctatcatgtatgtttgaggaatggggccagacaatttgttcccttttagagctagtg 2098246  T
Q  311 tttgtaaagattggctaaagtttccaagacatgaaggaacattgccgcttaagttgttgaacgctaaatcaagatatgtgagtgatttgagattgcatat 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2098247 tttgtaaagattggctaaagtttccaagacatgaaggaacattgccgcttaagttgttgaacgctaaatcaagatatgtgagtgatttgagattgcatat 2098346  T
Q  411 ggatggggatatttctcctgtcaatgaattttgggaaacatgtaagccttgtagactttctttttcccataaccaattgggt 492  Q
      |||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2098347 taatggggttatttctcctgtcaatgaattttggttaacaactaagccttgtagactttctttttcccataaccaattgggt 2098428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 11 - 492
Target Start/End: Original strand, 2065135 - 2065616
Alignment:
Q  11 tgatatgaagtttgggaaatgtgcatgtcatgttgccagagcaccttatgtctccatggaatgcattgttacttaaagacaataccttcaactcgggtaa 110  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2065135 tgatgtgaagtttggaaaatgtgcatgtcatgttgccagagcacctaatgtctccatggaattcattgttagttaaagacaataccttcaactcgggtaa 2065234  T
Q  111 atctttcatccataatggaaatgaatcattgatattgttataactaacatcaaagaactctaggcttctgctatttaccaatgcccttggcaactgaccc 210  Q
     |||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||  | || ||||| ||||||||||||||||||    
T  2065235 ctctcccatccagaatggaaatgaatcattgatattgttataactaacatcaaagaattccagccttctattgttgaccaaagcccttggcaactgaccc 2065334  T
Q  211 tgcagaatgttgttgctaaaatcaatccgctgaagggaatttcctatcatgtatgtttgaggaatggggccagacaatttgttcccttttagagctagtg 310  Q
    |||||| |||||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| | ||      
T  2065335 tgcagattgttgttgctaagatctatctgttgaagggaatttcctatcatgtatgtttgaggaatgaggccagataatttattcccttttagatccagac 2065434  T
Q  311 tttgtaaagattggctaaagtttccaagacatgaaggaacattgccgcttaagttgttgaacgctaaatcaagatatgtgagtgatttgagattgcatat 410  Q
    ||| |||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  2065435 tttctaaatattggctaaagttccctagacatgaaggaacattgccgcttaagttgttgaacgataaatcaagttgtgtgagtgatttgagattgcatat 2065534  T
Q  411 ggatggggatatttctcctgtcaatgaattttgggaaacatgtaagccttgtagactttctttttcccataaccaattgggt 492  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||  ||||  |||||| |||||||||||||| | ||| ||||| ||||||    
T  2065535 ggatggggatatttctcctctcaatgaattgtggttaacagctaagccgtgtagactttctttcttccacaaccatttgggt 2065616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 16 - 440
Target Start/End: Original strand, 2121931 - 2122355
Alignment:
Q  16 tgaagtttgggaaatgtgcatgtcatgttgccagagcaccttatgtctccatggaatgcattgttacttaaagacaataccttcaactcgggtaaatctt 115  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  2121931 tgaagtatggaaaatgtgcatgtcatgttgccagagcacctaatgtctccatggaattcattgttacttaaagacaataccttcaactcgggtaactctc 2122030  T
Q  116 tcatccataatggaaatgaatcattgatattgttataactaacatcaaagaactctaggcttctgctatttaccaatgcccttggcaactgaccctgcag 215  Q
     |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||  | || ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2122031 ccatccagaatggaaatgaatcattgatgttgttataactaacatcaaagaattccagccttctattgttgaccaaagcccttggcaactgaccctgcag 2122130  T
Q  216 aatgttgttgctaaaatcaatccgctgaagggaatttcctatcatgtatgtttgaggaatggggccagacaatttgttcccttttagagctagtgtttgt 315  Q
    | |||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| | ||  ||| |    
T  2122131 attgttgttgctaagatcaatctgttgaagggaatttcctatcatgtatgtttgaggaatgaggccagataatttattcccttttagatccagactttat 2122230  T
Q  316 aaagattggctaaagtttccaagacatgaaggaacattgccgcttaagttgttgaacgctaaatcaagatatgtgagtgatttgagattgcatatggatg 415  Q
    ||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2122231 aaatattggctaaagttccctagacatgaaggaacattgccgcttaagttgttgaacgataaatcaagttgtgtgagtgatttgagattgcatatggatg 2122330  T
Q  416 gggatatttctcctgtcaatgaatt 440  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  2122331 gggatatttctcctgtcaatgaatt 2122355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 11 - 492
Target Start/End: Original strand, 2072243 - 2072724
Alignment:
Q  11 tgatatgaagtttgggaaatgtgcatgtcatgttgccagagcaccttatgtctccatggaatgcattgttacttaaagacaataccttcaactcgggtaa 110  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2072243 tgatgtgaagtttggaaaatgtgcatgtcatgttgccagagcacctaatgtctccatggaattcattgttacttaaagacaataccttcaactccggtaa 2072342  T
Q  111 atctttcatccataatggaaatgaatcattgatattgttataactaacatcaaagaactctaggcttctgctatttaccaatgcccttggcaactgaccc 210  Q
     |||  |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||  | || ||||| ||||||||||||||||||    
T  2072343 ctctcccatccagaatggaaatgaatcattgatgttgttataactaacatcaaagaattccagccttctattgttgaccaaagcccttggcaactgaccc 2072442  T
Q  211 tgcagaatgttgttgctaaaatcaatccgctgaagggaatttcctatcatgtatgtttgaggaatggggccagacaatttgttcccttttagagctagtg 310  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| | ||      
T  2072443 tgcagattgttgttgctaagatcaatctgtttaagggaatttcctatcatgtatgtttgaggaatgaggccagataatttattcccttttagatccagac 2072542  T
Q  311 tttgtaaagattggctaaagtttccaagacatgaaggaacattgccgcttaagttgttgaacgctaaatcaagatatgtgagtgatttgagattgcatat 410  Q
    ||| |||| |||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |   ||||||||||||||||||||||    
T  2072543 tttctaaatattggctaaacttccctagacatgaaggaacattgccgcttaagttgttgaatgataaatcaagtttcctgagtgatttgagattgcatat 2072642  T
Q  411 ggatggggatatttctcctgtcaatgaattttgggaaacatgtaagccttgtagactttctttttcccataaccaattgggt 492  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||| | |||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||    
T  2072643 ggatggggatatttctcctaccaatgaattgttggaaacatctaagatttgtagactttcttttttccacaaccatttgggt 2072724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 11 - 492
Target Start/End: Original strand, 2137831 - 2138312
Alignment:
Q  11 tgatatgaagtttgggaaatgtgcatgtcatgttgccagagcaccttatgtctccatggaatgcattgttacttaaagacaataccttcaactcgggtaa 110  Q
    |||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2137831 tgatgtgaagcttgggaaacgtgcatgtcatgttgctagagcacctaatgtctccatgaaatttattgttacttaaagacaatactttcaactcgggtaa 2137930  T
Q  111 atctttcatccataatggaaatgaatcattgatattgttataactaacatcaaagaactctaggcttctgctatttaccaatgcccttggcaactgaccc 210  Q
     |||  |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||| | || | ||||||| |||||||| ||||     
T  2137931 ttctcccatccaaaatggaaatgaatcattgatattgttgtaactaatatcaaagaattctagccttctgttgttgatcaatgccattggcaaccgaccg 2138030  T
Q  211 tgcagaatgttgttgctaaaatcaatccgctgaagggaatttcctatcatgtatgtttgaggaatggggccagacaatttgttcccttttagagctagtg 310  Q
    || | | ||||||| || | |||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| | |       
T  2138031 tgaatattgttgttactgagatcaatcttttgaagggaatttcctatcatgtatgtttgaggaatgaggccagacaatttattcccttttagatccaaac 2138130  T
Q  311 tttgtaaagattggctaaagtttccaagacatgaaggaacattgccgcttaagttgttgaacgctaaatcaagatatgtgagtgatttgagattgcatat 410  Q
    |||  ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  2138131 tttccaaagatttgctaaagttccccagacatgaaggaacattgccgcttaagttgttgaacgataaatcaagttctgtgagtgatttgagattgcatat 2138230  T
Q  411 ggatggggatatttctcctgtcaatgaattttgggaaacatgtaagccttgtagactttctttttcccataaccaattgggt 492  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||| |||  ||||   |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||    
T  2138231 ggatgggtttatttctcctgtcaatgaattgtggttaacaacaaagccttgtagactttctttcttccacaaccaattgggt 2138312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 16 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 2692727 - 2692251
Alignment:
Q  16 tgaagtttgggaaatgtgcatgtcatgttgccagagcaccttatgtctccatggaatgcattgttacttaaagacaataccttcaactcgggtaaatctt 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |  || |||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||||  ||||| | |||||| || |||     
T  2692727 tgaagcttgggaaatgtgcatgtcatgtagatagggcacctaatgtctccatgaaattcgttgttacttaaagacagcacctttagctcgggcaattctc 2692628  T
Q  116 tcatccataatggaaatgaatcattgatattgttataactaacatcaaagaactctaggcttctgctatttaccaatgcccttggcaactgaccctgcag 215  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2692627 ccatccagaatggaaatgaatcattgatattgttataactaacatcaaagaactctagccttctgttgttgaccaatgcccttggcaactgaccctgcag 2692528  T
Q  216 aatgttgttgctaaaatcaatccgctgaagggaatttcctatcatgtatgtttgaggaatggggccagacaatttgttcccttttagagctagtgtttgt 315  Q
      ||||||| || | ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||| |||||| | ||  ||| |    
T  2692527 tttgttgttactgagatcaatctgctgaagggaattttctatcatgtatgtttgaggaatgacgcctgacaatttgttcccatttagatccagattttct 2692428  T
Q  316 aaagattggctaaagtttccaagacatgaaggaacattgccgcttaagttgttgaacgctaaatcaagatatgtgagtgatttgagattgcatatggatg 415  Q
    || ||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||| | |||||||||||||||| ||||||||||   | ||| ||||| | || |||||||||||    
T  2692427 aaggattgactaaagtttcctagacatgaaggaatgttgtctcttaagttgttgaacgataaatcaagagtcgcgagcgattttaaatcgcatatggatg 2692328  T
Q  416 gggatatttctcctgtcaatgaattttgggaaacatgtaagccttgtagactttctttttcccataaccaattgggt 492  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||| ||||||||||||    
T  2692327 gggatatttctcctgacaatgaattgtgggaaacatctaagctttgtagacttgcttttttccacaaccaattgggt 2692251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 11 - 440
Target Start/End: Original strand, 2055846 - 2056273
Alignment:
Q  11 tgatatgaagtttgggaaatgtgcatgtcatgttgccagagcaccttatgtctccatggaatgcattgttacttaaagacaataccttcaactcgggtaa 110  Q
    |||| ||||| |||| |||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2055846 tgatgtgaagcttggaaaatgtgcattttatgttgccagaacacctaatgtctccatggaattcattgttacttaaagacaataccttcaactcgg-taa 2055944  T
Q  111 atctttcatccataatggaaatgaatcattgatattgttataactaacatcaaagaactctaggcttctgctatttaccaatgcccttggcaactgaccc 210  Q
    ||||  || ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||| |||||| | ||||||||| |||||||||||| ||||    
T  2055945 atctcccagccagaatggaaatgaatcattgatattgttatgactaacatcgatgaactctagccttctgttgtttaccaattcccttggcaactcaccc 2056044  T
Q  211 tgcagaatgttgttgctaaaatcaatccgctgaagggaatttcctatcatgtatgtttgaggaatggggccagacaatttgttcccttttagagctagtg 310  Q
    |||||| ||||||| || | |||||||  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||| | ||      
T  2056045 tgcagattgttgttactgagatcaatcatctgaagataatttcctatcatgtatgtttgaggaatgaggccagacaatttgttcacacctagatccagat 2056144  T
Q  311 tttgtaaagattggctaaagtttccaagacatgaaggaacattgccgcttaagttgttgaacgctaaatcaagatatgtgagtgatttgagattgcatat 410  Q
    ||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||      ||||| ||||||||||||||    
T  2056145 tttctaaagattggctaaagttccccagacatgaaggaacattaccgcttaagttgttgaacgataaatcaagaatcaatagtga-ttgagattgcatat 2056243  T
Q  411 ggatggggatatttctcctgtcaatgaatt 440  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2056244 ggatggggatatttctccggtcaatgaatt 2056273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 11 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 2246557 - 2246129
Alignment:
Q  11 tgatatgaagtttgggaaatgtgcatgtcatgttgccagagcaccttatgtctccatggaatgcattgttacttaaagacaataccttcaactcgggtaa 110  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2246557 tgatgtgaagcttggaaaatgtgcatgtcatattgccagagcacctaatgtctccatggaattcattgttacttaaagacaataccttcaactcaggtaa 2246458  T
Q  111 atctttcatccataatggaaatgaatcattgatattgttataactaacatcaaagaactctaggcttctgctatttaccaatgcccttggcaactgaccc 210  Q
    ||||  || ||| || |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||     
T  2246457 atctcccagccaaaaaggaaatgaatcattgatattattgtagctaacatcaaagaattctagacttctgctgtttaccaatgcccttggcaactcacca 2246358  T
Q  211 tgcagaatgttgttgctaaaatcaatccgctgaagggaatttcctatcatgtatgtttgaggaatggggccagacaatttgttcccttttagagctagtg 310  Q
     ||||| |||||||| | |||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| | ||      
T  2246357 agcagattgttgttgttgaaatcaatcatccgaagggaatttcctatcatgtatgtttgaggaatgaggccagacaatttattccattttagatccagcc 2246258  T
Q  311 tttgtaaagattggctaaagtttccaagacatgaaggaacattgccgcttaagttgttgaacgctaaatcaagatatgtgagtgatttgagattgcatat 410  Q
    ||| |||  ||||||||||||| || ||||||||||||     ||| |||||||||||||| | ||||||||| |   ||||||||||||| ||||||||    
T  2246257 tttctaacaattggctaaagttccccagacatgaaggagtgcggcctcttaagttgttgaatgataaatcaagttgcatgagtgatttgag-ttgcatat 2246159  T
Q  411 ggatggggatatttctcctgtcaatgaatt 440  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2246158 ggatggggatatttctcctttcaatgaatt 2246129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 207 - 491
Target Start/End: Original strand, 2125424 - 2125708
Alignment:
Q  207 accctgcagaatgttgttgctaaaatcaatccgctgaagggaatttcctatcatgtatgtttgaggaatggggccagacaatttgttcccttttagagct 306  Q
    |||||||||| |||||||| | |||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||   |    
T  2125424 accctgcagattgttgttgttgaaatcaatcatctgaagggaacttcctatcatgtatgtttgaggaatgaggccagacaatttattcccttttagcatt 2125523  T
Q  307 agtgtttgtaaagattggctaaagtttccaagacatgaaggaacattgccgcttaagttgttgaacgctaaatcaagatatgtgagtgatttgagattgc 406  Q
    |   ||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||||||||     |||||||||||||||||    
T  2125524 atattttctaaagattggctaaagttacccagacatgaaggaatgttgccgcttaagttgttgatcgataaatcaagagtcacgagtgatttgagattgc 2125623  T
Q  407 atatggatggggatatttctcctgtcaatgaattttgggaaacatgtaagccttgtagactttctttttcccataaccaattggg 491  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |  ||||||| |||||| ||| |||||||||||    
T  2125624 atatggatgggggtatttctcctgtcaatgaattgtgggaaacaagtaagcttattagacttgcttttttccacaaccaattggg 2125708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 85 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 1697598 - 1697215
Alignment:
Q  85 aaagacaataccttcaactcgggtaaatctttcatccataatggaaatgaatcattgatattgttataactaacatcaaagaactctaggcttctgctat 184  Q
    |||| ||||||||||||||| |||| |  |  || ||| ||||||||  |||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||  |    
T  1697598 aaagccaataccttcaactcaggtatagttcccagccagaatggaaacaaatctttgatattgttatggctaacatcaaagaactctagccttctgcagt 1697499  T
Q  185 ttaccaatgcccttggcaactgaccctgcagaatgttgttgctaaaatcaatccgctgaagggaatttcctatcatgtatgtttgaggaatggggccaga 284  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |  ||||||  |||||||||||||    |||| ||||||||||||||| | |||||    
T  1697498 taaccaatgctcttggcaactgaccctgcagattattgttgctgaggtcaatcatctgaagggaattttgagtcatatatgtttgaggaatgagaccaga 1697399  T
Q  285 caatttgttcccttttagagctagtgtttgtaaagattggctaaagtttccaagacatgaaggaacattgccgcttaagttgttgaacgctaaatcaaga 384  Q
     |||||||| ||||||||    |   ||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  1697398 taatttgtttccttttagcatcaaaatttctaaagagtggctaaagttacctagacatgaaggaacattgccgcttaaattgttgaacgataaatcaaga 1697299  T
Q  385 tatgtgagtgatttgagattgcatatggatggggatatttctcctgtcaatgaattttgggaaacatgtaagccttgtagactt 468  Q
    |   |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||   |||||||||  ||||| ||||||||||    
T  1697298 tgcatgagtgatttgagattgcatatggacaaggatatttctcctgtcaatgaaccgtgggaaacagttaagctttgtagactt 1697215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 11 - 189
Target Start/End: Original strand, 2134714 - 2134892
Alignment:
Q  11 tgatatgaagtttgggaaatgtgcatgtcatgttgccagagcaccttatgtctccatggaatgcattgttacttaaagacaataccttcaactcgggtaa 110  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  2134714 tgatgtgaagtttggaaaatgtgcatgtcatgttgccagagcacctaacgtctccatggaattcattgttacctaaagacaataccttcaactcaggtaa 2134813  T
Q  111 atctttcatccataatggaaatgaatcattgatattgttataactaacatcaaagaactctaggcttctgctatttacc 189  Q
    ||||  || ||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| |||||  ||||||| ||||||    
T  2134814 atctcccagccagaatggaaatgaatcattgatattattgtagctaacatcaaagaattctagaattctgctgtttacc 2134892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 11 - 118
Target Start/End: Original strand, 2125317 - 2125424
Alignment:
Q  11 tgatatgaagtttgggaaatgtgcatgtcatgttgccagagcaccttatgtctccatggaatgcattgttacttaaagacaataccttcaactcgggtaa 110  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2125317 tgatgtgaagcttgggaaatgtgcatgtcatgttgccagagcacctaatgtctccatggaatgcattgttacttaaagacaataccttcaactcgggtaa 2125416  T
Q  111 atctttca 118  Q
    ||||||||    
T  2125417 atctttca 2125424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 315 - 485
Target Start/End: Original strand, 2134911 - 2135081
Alignment:
Q  315 taaagattggctaaagtttccaagacatgaaggaacattgccgcttaagttgttgaacgctaaatcaagatatgtgagtgatttgagattgcatatggat 414  Q
    ||||| |||||||||||| || |||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||  ||||||||      |||||||||||||||||||||||||    
T  2134911 taaaggttggctaaagttccctagacatgaaggaatgttgccacctaagttgttgaacgtgaaatcaagcatcacgagtgatttgagattgcatatggat 2135010  T
Q  415 ggggatatttctcctgtcaatgaattttgggaaacatgtaagccttgtagactttctttttcccataacca 485  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| || ||| ||| |||||| ||| |||||    
T  2135011 ggggatatttctcctgtcaatgaactatgggaaacatctaagctttttagccttgcttttttccacaacca 2135081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 389 - 492
Target Start/End: Original strand, 2113785 - 2113888
Alignment:
Q  389 tgagtgatttgagattgcatatggatggggatatttctcctgtcaatgaattttgggaaacatgtaagccttgtagactttctttttcccataaccaatt 488  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||  || ||||||| |||| | ||| ||||||||    
T  2113785 tgagtgacttgagattgcatatggatggggatatttctcctgtcaatgaattttgagaaacatctaagttttttagacttgctttcttccacaaccaatt 2113884  T
Q  489 gggt 492  Q
    ||||    
T  2113885 gggt 2113888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 11 - 104
Target Start/End: Original strand, 2104250 - 2104343
Alignment:
Q  11 tgatatgaagtttgggaaatgtgcatgtcatgttgccagagcaccttatgtctccatggaatgcattgttacttaaagacaataccttcaactc 104  Q
    |||||||||| || | |||||||||||||||||| |||| |||||| ||| ||||||| ||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  2104250 tgatatgaagctttgtaaatgtgcatgtcatgtttccagggcacctaatgactccatgaaattcattgttacgtaaagataataccttcaactc 2104343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 666 times since January 2019
Visitors: 6034