View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0844-INSERTION-7 (Length: 417)

Name: NF0844-INSERTION-7
Description: NF0844
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0844-INSERTION-7
NF0844-INSERTION-7
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (1-412)||(25321897-25322308)
chr6 (1-412)||(26151590-26152001)
chr6 (3-370)||(25324681-25325048)
chr6 (3-370)||(26154374-26154741)
chr6 (14-288)||(25434491-25434762)
chr6 (1-288)||(25442399-25442683)
chr6 (3-145)||(25989519-25989661)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 388; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 25322308 - 25321897
Alignment:
Q  1 gtttgatcttagtatttcctttaaactcaatcggtccaagaaaagttgtattcttgtgtccttgatcgaacggtgtcaaactcacataactaaaaccatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25322308 gtttgatcttagtatttcctttaaactcaatcggtccaagaaaagttgtattcttgtgtccttgatcgaacggtgtcaaactcacataactaaaaccatt 25322209  T
Q  101 gtctttgtaccaagcaatcccagtgattcttcggtaataaacaatgatgttcttgttggggtttcgtattgtgacattgactttcaaattgtagtataag 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  25322208 gtctttgtaccaagcaatcgcagtgattcttcggtaataaacaatgatgttgttgttggggtttcgtactgtgacattgactttcaaattgtagtacaag 25322109  T
Q  201 gtgttgttgtttgcgatgttgaactcggtgagagtagcatcggttatgtggaatttcacgcttgagggggagattactatccagaagatgaccgcggtaa 300  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25322108 gtgttgttgtttgtgatgttgaactctgtgagagtagcatcggttatgtggaatttcacgcttgagggggagattactatccagaagatgaccgcggtaa 25322009  T
Q  301 tcatgaaaaagaatataacgacatagattgtgcaatagaagcaccaaaaccaacgaggtctgcaacacattttgatgagatttgaatatttttgtgatga 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25322008 tcatgaaaaagaatataacgacatagattgtgcaatagaagcaccaaaaccaacgaggtctgcaacacattttgatgagatttgaatatttttgtgatga 25321909  T
Q  401 tgatgggttttt 412  Q
    ||||||||||||    
T  25321908 tgatgggttttt 25321897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 26152001 - 26151590
Alignment:
Q  1 gtttgatcttagtatttcctttaaactcaatcggtccaagaaaagttgtattcttgtgtccttgatcgaacggtgtcaaactcacataactaaaaccatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26152001 gtttgatcttagtatttcctttaaactcaatcggtccaagaaaagttgtattcttgtgtccttgatcgaacggtgtcaaactcacataactaaaaccatt 26151902  T
Q  101 gtctttgtaccaagcaatcccagtgattcttcggtaataaacaatgatgttcttgttggggtttcgtattgtgacattgactttcaaattgtagtataag 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  26151901 gtctttgtaccaagcaatcgcagtgattcttcggtaataaacaatgatgttgttgttggggtttcgtactgtgacattgactttcaaattgtagtacaag 26151802  T
Q  201 gtgttgttgtttgcgatgttgaactcggtgagagtagcatcggttatgtggaatttcacgcttgagggggagattactatccagaagatgaccgcggtaa 300  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26151801 gtgttgttgtttgtgatgttgaactctgtgagagtagcatcggttatgtggaatttcacgcttgagggggagattactatccagaagatgaccgcggtaa 26151702  T
Q  301 tcatgaaaaagaatataacgacatagattgtgcaatagaagcaccaaaaccaacgaggtctgcaacacattttgatgagatttgaatatttttgtgatga 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26151701 tcatgaaaaagaatataacgacatagattgtgcaatagaagcaccaaaaccaacgaggtctgcaacacattttgatgagatttgaatatttttgtgatga 26151602  T
Q  401 tgatgggttttt 412  Q
    ||||||||||||    
T  26151601 tgatgggttttt 26151590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 3 - 370
Target Start/End: Original strand, 25324681 - 25325048
Alignment:
Q  3 ttgatcttagtatttcctttaaactcaatcggtccaagaaaagttgtattcttgtgtccttgatcgaacggtgtcaaactcacataactaaaaccattgt 102  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  ||| |    
T  25324681 ttgatcttagtattccctttaaactctataggtccaaaaaatgttgtattcttgtgtccttgatcaaacggtgtcaaactcacataaccaaaataattat 25324780  T
Q  103 ctttgtaccaagcaatcccagtgattcttcggtaataaacaatgatgttcttgttggggtttcgtattgtgacattgactttcaaattgtagtataaggt 202  Q
    |||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  25324781 ctttgtaccaagaaatcgcggtgattcttcggtaatagactatgatgttgttgttggggtttcgtattgtgacattgactttgaaattatagtataaggt 25324880  T
Q  203 gttgttgtttgcgatgttgaactcggtgagagtagcatcggttatgtggaatttcacgcttgagggggagattactatccagaagatgaccgcggtaatc 302  Q
     |||||||||| || ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||  | |  |  |    
T  25324881 attgttgtttgtgaggttgaactcggtgagagtagcgtctgttatgtggaatttcacgcttgagggagagattactatccaggcgatgattgagaaagac 25324980  T
Q  303 atgaaaaagaatataacgacatagattgtgcaatagaagcaccaaaaccaacgaggtctgcaacacat 370  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||| | |||||| |||||| |||||| ||  |||||| |||||    
T  25324981 atgaagaagaatataacggcgtagattgagtaatagatgcaccagaaccaatgaaatctgcagcacat 25325048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 3 - 370
Target Start/End: Original strand, 26154374 - 26154741
Alignment:
Q  3 ttgatcttagtatttcctttaaactcaatcggtccaagaaaagttgtattcttgtgtccttgatcgaacggtgtcaaactcacataactaaaaccattgt 102  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  ||| |    
T  26154374 ttgatcttagtattccctttaaactctataggtccaaaaaatgttgtattcttgtgtccttgatcaaacggtgtcaaactcacataaccaaaataattat 26154473  T
Q  103 ctttgtaccaagcaatcccagtgattcttcggtaataaacaatgatgttcttgttggggtttcgtattgtgacattgactttcaaattgtagtataaggt 202  Q
    |||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  26154474 ctttgtaccaagaaatcgcggtgattcttcggtaatagactatgatgttgttgttggggtttcgtattgtgacattgactttgaaattatagtataaggt 26154573  T
Q  203 gttgttgtttgcgatgttgaactcggtgagagtagcatcggttatgtggaatttcacgcttgagggggagattactatccagaagatgaccgcggtaatc 302  Q
     |||||||||| || ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||  | |  |  |    
T  26154574 attgttgtttgtgaggttgaactcggtgagagtagcgtctgttatgtggaatttcacgcttgagggagagattactatccaggcgatgattgagaaagac 26154673  T
Q  303 atgaaaaagaatataacgacatagattgtgcaatagaagcaccaaaaccaacgaggtctgcaacacat 370  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||| | |||||| |||||| |||||| ||  |||||| |||||    
T  26154674 atgaagaagaatataacggcgtagattgagtaatagatgcaccagaaccaatgaaatctgcagcacat 26154741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 14 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 25434762 - 25434491
Alignment:
Q  14 atttcctttaaactcaatcggtccaagaaaagttgtattcttgtgtccttgatcgaacggtgtcaaactcacataactaaaaccattgtctttgtaccaa 113  Q
    |||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| | | || ||| ||| |||||||||||||||||    
T  25434762 atttcctttaaattctataggtccaagaaaagtggtattcttgtgtccttgatcaaagggtgtcaaagttatatgactgaaatcattgtctttgtaccaa 25434663  T
Q  114 gcaatcccagtgattcttcggtaataaacaatgatgttcttgttggggtttcgtattgtgacattgactttcaaattgtagtataaggtgttgttgtttg 213  Q
    |||||| |  |||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||| |  ||||||||| ||||| |||||||| |||||   |||||||||||    
T  25434662 gcaatcgccttgattcttcgataatagactatgatgttgttgttggggtttcttgctgtgacattcactttgaaattgtaatataa---gttgttgtttg 25434566  T
Q  214 cgatgttgaactcggtgagagtagcatcggttatgtggaatttcacgcttgagggggagattactatccagaaga 288  Q
     ||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| || |||||| ||||    
T  25434565 tgagattgaactcggtgagagttgcatcggttacgtgaaatttcacgcttgaaggggagactattatccaaaaga 25434491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 25442683 - 25442399
Alignment:
Q  1 gtttgatcttagtatttcctttaaactcaatcggtccaagaaaagttgtattcttgtgtccttgatcgaacggtgtcaaactcacataactaaaaccatt 100  Q
    |||||||  ||| |||||||||||| || |  |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || | ||||||| ||  ||| ||| ||||    
T  25442683 gtttgatggtagcatttcctttaaattctacaggtccaagaaaagtggtattcttgtgtccttgatcaaagggagacaaactcgcacgactgaaatcatt 25442584  T
Q  101 gtctttgtaccaagcaatcccagtgattcttcggtaataaacaatgatgttcttgttggggtttcgtattgtgacattgactttcaaattgtagtataag 200  Q
    |||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||| |  ||||| ||| ||||| ||||||||  ||||     
T  25442583 gtctttgtaccaggcaatcgcggtgattcttcgataatagactatgatgttgttgttggggtttcttgctgtgatattcactttgaaattgtaaaataa- 25442485  T
Q  201 gtgttgttgtttgcgatgttgaactcggtgagagtagcatcggttatgtggaatttcacgcttgagggggagattactatccagaaga 288  Q
      ||||||||||| || |||||||||||||||||  ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25442484 --gttgttgtttgtgaggttgaactcggtgagagatgcatcagttacgtgaaatttcacgcttgagggggagattactatccagaaga 25442399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 3 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 25989661 - 25989519
Alignment:
Q  3 ttgatcttagtatttcctttaaactcaatcggtccaagaaaagttgtattcttgtgtccttgatcgaacggtgtcaaactcacataactaaaaccattgt 102  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25989661 ttgatcctagtatttcctttaaactctataggttcaagaaatgttgtattcttgtgtccttgatcgaacggtgtcaaactcacataactaaaaccattgt 25989562  T
Q  103 ctttgtaccaagcaatcccagtgattcttcggtaataaacaat 145  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25989561 ctttgtaccgagcaatcacagtgattcttcggtaataaacaat 25989519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University