View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0844_low_36 (Length: 347)

Name: NF0844_low_36
Description: NF0844
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0844_low_36
NF0844_low_36
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (1-245)||(4711822-4712066)
chr7 (1-249)||(4845758-4846006)
chr7 (1-248)||(4631031-4631275)
chr7 (1-249)||(4783581-4783826)
chr7 (1-249)||(4816010-4816255)
chr7 (1-248)||(4653624-4653868)
chr7 (1-203)||(4663095-4663294)
chr7 (58-249)||(4643868-4644056)
chr7 (1-249)||(4696936-4697181)
chr7 (26-249)||(4667067-4667290)
chr7 (1-249)||(4636961-4637206)
chr7 (31-249)||(4672837-4673052)
chr7 (1-249)||(4864026-4864271)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-249)||(18925488-18925733)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 4712066 - 4711822
Alignment:
Q  1 caagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaat 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  4712066 caagttacattataatcctctgtcacatccattccataacttcttgcagtaaagtatacagcttctggtgcagtgtaattgggaatggtattgtttaaat 4711967  T
Q  101 agtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacgaaacatgcctgt 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  |||||||| |||||||||| |||||    
T  4711966 agtttggatgatcacttccataaacagttgatacactttgtggatattctttttccaggtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgt 4711867  T
Q  201 atcttggttggctggaacttgattttgaccaacgttgactctata 245  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711866 atcttggtttggtggaacttgattttgaccaacgttgactctata 4711822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 4846006 - 4845758
Alignment:
Q  1 caagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaat 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||| | ||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  4846006 caagttacattataatcctctgtcacatactttccataacttcttgcagttaagtatacagcttctggtgcagtgtaatttggaatagtattgtttaaat 4845907  T
Q  101 agtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacgaaacatgcctgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||    
T  4845906 agtttagatgatcacttccataaaaacttgatacactaagtggatattctttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattgcgaaacatacctgt 4845807  T
Q  201 atcttggttggctggaacttgattttgaccaacgttgactctataaacc 249  Q
    ||| |   | | | |||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  4845806 atcatcacttggttgaacttgattttcaccaacattgactctataaacc 4845758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 4631031 - 4631275
Alignment:
Q  1 caagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaat 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  4631031 caagttacattgtaatcctttgttgcatccattccataacttctcgcagttaagtaaacagcttctggtgcagtgtaatttgaaatggtattgtttaaat 4631130  T
Q  101 agtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacgaaacatgcctgt 200  Q
    ||||||||||||    |||| ||  ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||    
T  4631131 agtttagatgat---gtccaaaataacttgatacactaagtggatattctttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattgcgaaacatacctgt 4631227  T
Q  201 atcttggttggctggaacttgattttgaccaacgttgactctataaac 248  Q
    ||| |  || | |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  4631228 atcataatttggtggaacttgattttcaccagcgttgactctataaac 4631275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 4783826 - 4783581
Alignment:
Q  1 caagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || || ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||    
T  4783826 caagttacattgtaatcctctgtctcatacattccataacttcttgcagttaagtaaacaccttctggtgcaatgtaatttggaatgacattgtttttat 4783727  T
Q  101 agtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacgaaacatgcctgt 200  Q
    |  |||| | ||   |   | |  |||||||||||||   ||| || ||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  4783726 atgttaggttatgtgt---aaagtcacttgatacactagatgggtactctttctccaagtaacgaggagaatcattgtcccaattacgaaacatgcctgt 4783630  T
Q  201 atcttggttggctggaacttgattttgaccaacgttgactctataaacc 249  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4783629 atcttggtttgctggaacttgattttgaccaacgttgactctataaacc 4783581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 4816255 - 4816010
Alignment:
Q  1 caagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || || ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||    
T  4816255 caagttacattgtaatcctctgtctcatacattccataacttcttgcagttaagtaaacaccttctggtgcaatgtaatttggaatgacattgtttttat 4816156  T
Q  101 agtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacgaaacatgcctgt 200  Q
    |  |||| | ||   |   | |  |||||||||||||   ||| || ||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  4816155 atgttaggttatgtgt---aaagtcacttgatacactagatgggtactctttctccaagtaacgaggagaatcattgtcccaattacgaaacatgcctgt 4816059  T
Q  201 atcttggttggctggaacttgattttgaccaacgttgactctataaacc 249  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4816058 atcttggtttgctggaacttgattttgaccaacgttgactctataaacc 4816010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 4653624 - 4653868
Alignment:
Q  1 caagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||| || || | |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  ||    
T  4653624 caagttacattgtaatcctctgtgacattcattccataacttctcgcagttaggtatacagcttctggtgcgatgtaatttggaattgtattgtttttat 4653723  T
Q  101 agtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacgaaacatgcctgt 200  Q
    |||| |||||||   || || || |||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||||  || ||    
T  4653724 agttgagatgat---ttacaaaatcacttgatacacttagtggatattgtttctctaagtaacgaggataatcgttatcccaattacgaaacaaaccagt 4653820  T
Q  201 atcttggttggctggaacttgattttgaccaacgttgactctataaac 248  Q
    |||| |||| | |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  4653821 atctaggtttggtggaacttgattttcaccaacgttgacactataaac 4653868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Original strand, 4663095 - 4663294
Alignment:
Q  1 caagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaat 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||| | |||||||| |||| || || |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4663095 caagttacattataatcctctgtcacatactttccataatttcttgcagttaagtatacagtttctggtgcagtgtaatttggaatggtattgtttaaat 4663194  T
Q  101 agtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacgaaacatgcctgt 200  Q
    |||||||||||||   |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| || ||||||  ||||||||| |||||    
T  4663195 agtttagatgatc---tccaaaatcacttgatacactttgtggatattctatctccaagtaacgaggagaatcattttcccaataacgaaacatacctgt 4663291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 58 - 249
Target Start/End: Original strand, 4643868 - 4644056
Alignment:
Q  58 acagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctcca 157  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    | ||||| || ||||||| ||| | ||||||| ||||||||    
T  4643868 acagcttctggtgcagtgtaatttggaatggcattttttaaatagtttagatgatg---ttcataatcatttgatacgcttagcggatattgtttctcca 4643964  T
Q  158 agtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacgaaacatgcctgtatcttggttggctggaacttgattttgaccaacgttgactctataaacc 249  Q
    ||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| | |||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  4643965 agtaacgaggataatcattgtcccaattacgaaacatacctgtatcttggtttggtggaacttgaattcgaccaacgttgactctataaacc 4644056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 4697181 - 4696936
Alignment:
Q  1 caagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaat 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  |||||| || || ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||  ||    
T  4697181 caagttacattgaaatcctctgtctcatccaatccacgacttcttgcagttaagtacacagcttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcat 4697082  T
Q  101 agtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacgaaacatgcctgt 200  Q
    |||| |||||||   |   | || |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||  |||||||||| || ||    
T  4697081 agttaagatgatgttt---aaaatcacttgatatgctttgtggatattgtttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccagttacgaaacataccagt 4696985  T
Q  201 atcttggttggctggaacttgattttgaccaacgttgactctataaacc 249  Q
    ||||||||| | ||||||||||||   ||| || |||||||||||||||    
T  4696984 atcttggtttggtggaacttgattgccacccacattgactctataaacc 4696936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 26 - 249
Target Start/End: Original strand, 4667067 - 4667290
Alignment:
Q  26 catccattccataacttctagcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaac 125  Q
    ||||||||||||||||||| || || ||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| | |||||||||| ||||||||  |||| ||      
T  4667067 catccattccataacttcttgcagttaagtacacaacttctggtgcagtgtaatttggaatagtattttgtaaatagtttggatgatcaggtccaaaata 4667166  T
Q  126 acttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacgaaacatgcctgtatcttggttggctggaacttgattt 225  Q
    ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||| |     | |||||||||| ||    
T  4667167 acttgatatgctttgtggatattgtttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatcgtcaccaggtggaacttgactt 4667266  T
Q  226 tgaccaacgttgactctataaacc 249  Q
    | ||||||| ||||||||||||||    
T  4667267 tcaccaacgctgactctataaacc 4667290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Original strand, 4636961 - 4637206
Alignment:
Q  1 caagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaat 100  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||| || || ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||    
T  4636961 caagttacattataatcctttgtctcatacattccgtaacttcttgcagttaagtacacaacttctggtgcaatgtaatttggaatgacattgtttttat 4637060  T
Q  101 agtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacgaaacatgcctgt 200  Q
    |  |||| | ||   |   | |  |||||||||||||   ||| || |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | |||||||| |||||    
T  4637061 atgttaggttatgtgt---aaagtcacttgatacactagatgggtactctttctccaagtaaagaggaaaatcattgccccaattgcgaaacatacctgt 4637157  T
Q  201 atcttggttggctggaacttgattttgaccaacgttgactctataaacc 249  Q
    ||| |   | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4637158 atcatcacttggtggaacttgattttgaccaacgttgactctataaacc 4637206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 31 - 249
Target Start/End: Original strand, 4672837 - 4673052
Alignment:
Q  31 attccataacttctagcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttg 130  Q
    |||||||||||||| || || | ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||   |   |||  ||||||    
T  4672837 attccataacttcttgcagttacgtaaacagcttctggtgcagtgtaatttggaatggtattgtttaaaaagttgagatgatgcat---atactcacttg 4672933  T
Q  131 atacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacgaaacatgcctgtatcttggttggctggaacttgattttgacc 230  Q
    |||||||  ||||||||| |||||||||||||  | ||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||| |     | |||||||||| ||| |||    
T  4672934 atacactaagtggatattgtttctccaagtaaccatgaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatcgtcacccggtggaacttgactttcacc 4673033  T
Q  231 aacgttgactctataaacc 249  Q
    |||||||||||||||||||    
T  4673034 aacgttgactctataaacc 4673052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Original strand, 4864026 - 4864271
Alignment:
Q  1 caagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaat 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||  ||| |  ||| |||||||| || || ||||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||  ||    
T  4864026 caagttacattgtactcctctgtggcatactgtccgtaacttcttgcagttaagtacacaacttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcat 4864125  T
Q  101 agtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacgaaacatgcctgt 200  Q
    |||| |||||||   |   | || |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||    
T  4864126 agttaagatgatgttt---aaaatcacttgatatgctttgtggatattgtttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagt 4864222  T
Q  201 atcttggttggctggaacttgattttgaccaacgttgactctataaacc 249  Q
    ||| |     | |||||||||| ||| ||| || |||||||||||||||    
T  4864223 atcatcacccggtggaacttgactttcaccgacattgactctataaacc 4864271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 18925733 - 18925488
Alignment:
Q  1 caagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaat 100  Q
    ||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| || || ||||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||||||| ||    
T  18925733 caagttacattataatcctttgtcgcatccattccataacttcttgcagttaagtatacaacttctggtgccgtgtagtttggaatggtattgtttatat 18925634  T
Q  101 agtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacgaaacatgcctgt 200  Q
    |||| |||| ||    |  | || || ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||    
T  18925633 agttgagattat---gtgtaaaatcatttgatacacttagtggatattgtttctccaagtaacgaggaaaatcgttgtcccaataacgaaacatacctgt 18925537  T
Q  201 atc-ttggttggctggaacttgattttgaccaacgttgactctataaacc 249  Q
     || ||  || | |||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||    
T  18925536 gtcattacttcg-tggaacttgattatcaccaacgctgactctataaacc 18925488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 3120 times since January 2019
Visitors: 6169