View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0846_high_12 (Length: 615)

Name: NF0846_high_12
Description: NF0846
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0846_high_12
NF0846_high_12
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (25-606)||(9822295-9822874)
chr3 (25-606)||(6274621-6275189)
chr3 (25-606)||(9822932-9823508)
chr3 (25-606)||(6273338-6273921)
chr3 (25-606)||(6273979-6274563)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (246-567)||(35679597-35679917)
chr7 (117-290)||(35679384-35679556)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 522; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 522; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 606
Target Start/End: Original strand, 9822295 - 9822874
Alignment:
Q  25 ccgacacttcagatggaactggcaggacatggacatatgtgatacattcgattaattcattttttcaaattttaacatgtcagcgtcgggcctggtgtct 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9822295 ccgacacttcagatggaactggcaggacatggacatatgtgatacattcgattaattcattttttcaaattttaacatgtcagtgtcgggcctggtgtct 9822394  T
Q  125 gtgctacatatatagaaattgatatattcttaacaagttctataatgtcttgtgattggttcgaagtttcctgtaaacttgagctttgatctgcgnnnnn 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||         
T  9822395 gtgctacatatatagaaattgatatattcttaacaagttctataatgtcttgtgattggttcgaagtttcatgtaaacttgagctttgatctgcgttttt 9822494  T
Q  225 nnnnactgttacaatgcatgtataattttttctctggaactcttagcaatgaacatgggattttgttcaaaataagttcacttctctgcatttggtatga 324  Q
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9822495 tt--actgttacaacgcatgtataattttttctctggaactcttagcaatgaacatgggattttgttcaaaataagttcacttctctgcatttggtatga 9822592  T
Q  325 ttcagtcatttccacattagctcagagttatgaatttgagagacattatattgttttacgttttataaaatggcttgcgagctgtgaatacggcgaatta 424  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9822593 ttcagtcatttccacattagctcagagttatgaatttgagagacattatattgttttacgttttataaaatggcttgcgagctgtgaatacggcgaatta 9822692  T
Q  425 tctgtttcagaccttaagcttttgtgcatgctaatggcttgtttctgggataacggggaaatgattctgatatctgaacttgtttcttttatcctgttat 524  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9822693 tctgtttaagaccttaagcttttgtgcatgctaatggcttgtttctgggataacggggaaatgattctgatatctgaacttgtttcttttatcctgttat 9822792  T
Q  525 cgattaggtcaagatacaatagatcatttacctttaaatttctctcaatggtttgatccgtagttttattttgtcttcatct 606  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9822793 cgattaggtcaagaaacgatagaccatttacctttaaatttctctcaatggtttgatccgtagttttattttgtcttcatct 9822874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 6275189 - 6274621
Alignment:
Q  25 ccgacacttcagatggaactggcaggacatggacatatgtgatacattcgattaattcattttttcaaattttaacatgtcagcgtcgggcctggtgtct 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6275189 ccgacacttcagatggaactggcaggacatgg------gtgatacattcgattaattcattttttcaaattttaacatgtcagtgtcgggcctggtgtct 6275096  T
Q  125 gtgctacatatatagaaattgatatattcttaacaagttctataatgtcttgtgattggttcgaagtttcctgtaaacttgagctttgatctgcgnnnnn 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||         
T  6275095 gtgctacatatatagaaattgatatattcttaaaaagttctataatgtcttgtgattggttcgaagtttcatgtaaactggagctttgatctgcgttttt 6274996  T
Q  225 nnnnactgttacaatgcatgtataattttttctctggaactcttagcaatgaacatgggattttgttcaaaataagttcacttctctgcatttggtatga 324  Q
        |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6274995 tt--actgttacaaagcatgtataattttttctctggaacccttagcaatgaacatgggattttgttcaaaataagtgcacttctctgcatttggtatga 6274898  T
Q  325 ttcagtcatttccacattagctcagagttatgaatttgagagacattatattgttttacgttttataaaatggcttgcgagctgtgaatacggcgaatta 424  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  6274897 ttcagtcatttccacattagctcagagttatgaatttgagagacattatattgttttacgttttataaaatggcttgcgagctgtgaatacgactaatta 6274798  T
Q  425 tctgtttcagaccttaagcttttgtgcatgctaatggcttgtttctgggataacggggaaatgattctgatatctgaacttgtttcttttatcctgttat 524  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  6274797 tctgtttaagactttaagcttttgtgcatgctaatggcttgtttctgggataacggggacatgattctgacacctgaacttgtttcttttatcctgttat 6274698  T
Q  525 cgattaggtcaagatacaatagatcatttacctttaaatttctctcaatggtttgatccgtagttttattttgtcttcatct 606  Q
    ||||||||||||     |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6274697 cgattaggtcaa-----aatagaccatttacctttaaatttctctcaatggtttgatccgtagttttattttgtcttcatct 6274621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 25 - 606
Target Start/End: Original strand, 9822932 - 9823508
Alignment:
Q  25 ccgacacttcagatggaactggcaggacatggacatatgtgatacattcgattaattcattttttcaaattttaaca----tgtcagc-gtcgggcctgg 119  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||||||  | |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||     |||  |  |||| | ||||    
T  9822932 ccgacacttctaatggaaccggcaggacacagccatatgtgatacattcaattaattcattttttcaagttttaactatggtgtatggtgtcgtgtctgg 9823031  T
Q  120 tgtctgtgctacatatatagaaattgatatattcttaacaagttctataatgtcttgtgattggttcgaagtttcctgtaaacttgagctttgat-ctgc 218  Q
    ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| |||     
T  9823032 tgtatgtgctacatagataaaaattgatatattcttaaaaagttctattgtgtcttatgattggttcgaagtttcatgtaaactgtagctttgattctgt 9823131  T
Q  219 gnnnnnnnnnactgttacaatgcatgtataattttttctctggaactcttagcaatgaacatgggattttgttcaaaataa-gttcacttctctgcattt 317  Q
    |         |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||    
T  9823132 gtttttt---actgttacaaagcatgtataaatttttctctggaactcttggcaatgaacatgggattttgttcaaactaaagttcatttctctgcattt 9823228  T
Q  318 ggtatgattcagtcatttccacattagctcaga-gttatgaatttgagagacattatattgttttacgttttataaaatggcttgcgagctgtgaatacg 416  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| |||||| |||    
T  9823229 ggtatgattcagtcatttctacattagctcagaagttatgaatttcagagacattatattgttttacactttataaaatggcttacgagttgtgaagacg 9823328  T
Q  417 gcgaattatctgtttcagaccttaagcttttgtgcatgctaatggcttgtttctgggataacggggaaatgattctgatatctgaacttgtttcttttat 516  Q
    || |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||      ||||||||||    
T  9823329 gctaattatctttttaagaccttaagcttttgtgcatgctaatgacttgtttctgggataatggggaaatgattctgatatctg-----ttttcttttat 9823423  T
Q  517 cctgttatcgattaggtcaagatacaatagatcatttacctttaaatttctctcaatggtttgatccgtagttttattttgtcttcatct 606  Q
    ||||||||| ||||| |||||     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||    
T  9823424 cctgttatcaattagatcaag-----atagaccatttacctttaaatttctctcaatggtttgacccgtagttttcttttgtctttatct 9823508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 25 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 6273921 - 6273338
Alignment:
Q  25 ccgacacttcagatggaactggcaggacatggacatatgtgatacattcgattaattcattttttcaaattttaac----------atgtcagcgtcggg 114  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||||||    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||          ||||| | |||  |    
T  6273921 ccgacacttctaatggaaccggcaggacacaaccatatgtgatacattcaattaattcattttttcaagttttaactggtgtcgacatgtctgtgtcttg 6273822  T
Q  115 cctggtgtctgtgctacatatatagaaattgatatattcttaacaagttctataatgtcttgtgattggttcgaagtttcctgtaaacttgagctttgat 214  Q
     ||||||| ||||||||| | ||| ||||||||| |||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||    
T  6273821 tctggtgtatgtgctacagagataaaaattgatacattcttaaaaagttctattgtgtcttgtgattggttcgaagtttcatgtaaactgtagctttgat 6273722  T
Q  215 -ctgcgnnnnnnnnnactgttacaatgcatgtataattttttctctggaactcttagcaatgaacatgggattttgttcaaaataa-gttcacttctctg 312  Q
     ||| |         |||||||||| || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||    
T  6273721 tctgtgtttttt---actgttacaaagcttgtataaatttttctctagaactcttagcaatgaacatgggattttgttcaaactaaagttcatttctctg 6273625  T
Q  313 catttggtatgattcagtcatttccacattagctcaga-gttatgaatttgagagacattatat----tgttttacgttttataaaatggcttgcgagct 407  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  |||| |||||||||||||    ||||||||  |||||||||||||||  ||| |    
T  6273624 catttggtatgattcagtcatttctacattagctcagaagttat--atttcagagacattatatatattgttttacactttataaaatggcttatgagtt 6273527  T
Q  408 gtgaatacggcgaattatctgtttcagaccttaagcttttgtgcatgctaatggcttgtttctgggataacggggaaatgattctgatatctgaacttgt 507  Q
    ||||||||||  |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |    
T  6273526 gtgaatacggataattatctttttaagaccttaagcttttgtgcatgctaatgacttgtttctgggataacggggaaatgattctgatatctg-----tt 6273432  T
Q  508 ttcttttatcctgttatcgattaggtcaagatacaatagatcatttacctttaaatttctctcaatggtttgatccgtagttttattttgtcttcatct 606  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||     ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||    
T  6273431 ttcttttatcctgttatcaattaggtcaag-----atagaccatttacctttaaatttctctcaatggtttgatccgtagttttcttttggctttatct 6273338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 25 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 6274563 - 6273979
Alignment:
Q  25 ccgacacttcagatggaactggcaggacatggacatatgtgatacattcgattaattcattttttcaaattttaac----------atgtcagcgtcggg 114  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||||||    |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||          ||||| | |||| |    
T  6274563 ccgacacttctaatggaaccggcaggacacaaccatatgcgatacattcaattaattcattttttcaagttttaactggtgtcgacatgtctgtgtcgtg 6274464  T
Q  115 cctggtgtctgtgctacatatatagaaattgatatattcttaacaagttctataatgtcttgtgattggttcgaagtttcctgtaaacttgagctttgat 214  Q
     ||||||| ||||||||||| ||| || ||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||    
T  6274463 tctggtgtatgtgctacatagataaaatttgatatattcttaaaaagttctattgtgtcttgtgattggttcgaagtttcatgtaaactgtagctttgat 6274364  T
Q  215 -ctgcgnnnnnnnnnactgttacaatgcatgtataattttttctctggaactcttagcaatgaacatgggattttgttcaaaataa-gttcacttctctg 312  Q
     ||| |         |||||||||| || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||    
T  6274363 tctgtgtttttt---actgttacaaagcttgtataaatttttctctagaactcttagcaatgaacatgggattttgttcaaactaaagttcatttctctg 6274267  T
Q  313 catttggtatgattcagtcatttccacattagctcaga-gttatgaatttgagagacattatat----tgttttacgttttataaaatggcttgcgagct 407  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||  |||| |||||||||||||    ||||||||  |||||||||||||||  ||| |    
T  6274266 catttggtatgattctgtcatttctacattagctcagaagttat--atttcagagacattatatatattgttttacactttataaaatggcttatgagtt 6274169  T
Q  408 gtgaatacggcgaattatctgtttcagaccttaagcttttgtgcatgctaatggcttgtttctgggataacggggaaatgattctgatatctgaacttgt 507  Q
    ||||||||||  |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||      |    
T  6274168 gtgaatacggataattatctttttaagaccttaagcttttgtgcatgctaatgacttgtttctgggataaccaggaaatgattctgatatctg-----tt 6274074  T
Q  508 ttcttttatcctgttatcgattaggtcaagatacaatagatcatttacctttaaatttctctcaatgg-tttgatccgtagttttattttgtcttcatct 606  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||     ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6274073 ttcttttatcctgttatcaattaggtcaag-----atagaccatttacctttaaatttctctcaatggttttgctccgtagttttattttgtcttcatct 6273979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 175; Significance: 6e-94; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 246 - 567
Target Start/End: Original strand, 35679597 - 35679917
Alignment:
Q  246 ataattttttctctggaactcttagcaatgaacatgggattttgttcaaaataagttcacttctctgcatttggtatgattcagtcatttccacattagc 345  Q
    |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  35679597 ataaatttttctatggaactctaagcaatgaacatgggattttgttcaaactaagttcatttctctgcatttcgtatgattcagtcatttctacattagc 35679696  T
Q  346 tcaga-gttatgaatttgagagacattatattgttttacgttttataaaatggc--ttgcgagctgtgaatacggcgaattatctgtttcagaccttaag 442  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||  || ||||  ||||||  ||| |||||| ||||| ||||||||||    
T  35679697 tcagacgttatgaatttcagagacattatattgttttacactttataaaatggcttttacgagtggtgaatttggctaattatatgtttaagaccttaag 35679796  T
Q  443 cttttgtgcatgctaatggcttgtttctgggataacggggaaatgattctgatatctgaacttgtttcttttatcctgttatcgattagg-tcaagatac 541  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||        
T  35679797 cttttgtgcatgctaatggcatgtttctgggataacagggaaaatattctaatatctgaacgtgtttcttttatcctgttatctattaggatcaag---- 35679892  T
Q  542 aatagatcatttacctttaaatttct 567  Q
     ||||| |||||||||||||||||||    
T  35679893 -atagaccatttacctttaaatttct 35679917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 117 - 290
Target Start/End: Original strand, 35679384 - 35679556
Alignment:
Q  117 tggtgtctgtgctacatatatagaaattgatatattcttaacaagttctataatgtcttgtgattggttcgaagtttcctgtaaacttgagctttgatct 216  Q
    ||||||| ||||| |||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |    
T  35679384 tggtgtcggtgcttcatagatggaagttgatatattcttaaaaagttctatagtttcttgtgattggttcgaagtttcatgtaaactggagctttgat-t 35679482  T
Q  217 gcgnnnnnnnnnactgttacaatgcatgtataattttttctctggaactcttagcaatgaacatgggattttgt 290  Q
      |         |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  35679483 ctgtgtttttttactgttacaaagcatgtataaatttttctctggaactcttagcaatgaacacaggattttgt 35679556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 134 times since January 2019
Visitors: 6045