View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0847_high_31 (Length: 365)

Name: NF0847_high_31
Description: NF0847
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0847_high_31
NF0847_high_31
[»] chr4 (31 HSPs)
chr4 (9-336)||(1548262-1548590)
chr4 (74-286)||(1552668-1552883)
chr4 (9-285)||(546897-547176)
chr4 (169-276)||(1524485-1524592)
chr4 (174-285)||(8187095-8187206)
chr4 (96-285)||(570335-570524)
chr4 (29-321)||(3438422-3438716)
chr4 (12-273)||(55908567-55908831)
chr4 (115-276)||(553472-553633)
chr4 (174-276)||(1513411-1513513)
chr4 (44-241)||(1600447-1600647)
chr4 (174-276)||(12121461-12121563)
chr4 (174-274)||(8184034-8184134)
chr4 (157-272)||(532186-532301)
chr4 (175-274)||(558493-558592)
chr4 (174-255)||(1519146-1519227)
chr4 (93-336)||(53761692-53761935)
chr4 (188-276)||(1508021-1508109)
chr4 (160-276)||(1537757-1537873)
chr4 (164-285)||(640899-641020)
chr4 (179-254)||(659726-659799)
chr4 (174-285)||(7307844-7307955)
chr4 (157-283)||(55505095-55505221)
chr4 (115-214)||(644885-644984)
chr4 (197-243)||(12116602-12116648)
chr4 (225-276)||(566182-566233)
chr4 (174-321)||(1489365-1489512)
chr4 (92-214)||(21834297-21834422)
chr4 (174-276)||(7225887-7225989)
chr4 (41-144)||(8186959-8187065)
chr4 (174-240)||(1545802-1545868)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (9-276)||(18315109-18315379)
chr8 (19-276)||(32151294-32151551)
chr8 (174-325)||(27922452-27922603)
chr8 (44-276)||(34936034-34936269)
chr8 (38-281)||(17636262-17636512)
chr8 (115-276)||(28246240-28246399)
chr8 (169-285)||(21235542-21235658)
chr8 (11-66)||(17627897-17627952)
chr8 (174-321)||(17628018-17628165)
chr8 (234-274)||(44736530-44736570)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (91-321)||(51113699-51113932)
chr3 (19-321)||(13470581-13470883)
chr3 (113-281)||(51120836-51121004)
chr3 (11-321)||(51764281-51764591)
chr3 (189-257)||(27005791-27005859)
chr3 (174-276)||(1657244-1657346)
chr3 (176-233)||(33714861-33714918)
chr3 (189-229)||(36811046-36811086)
[»] chr6 (28 HSPs)
chr6 (92-276)||(6432154-6432341)
chr6 (92-274)||(6402855-6403040)
chr6 (39-274)||(7119152-7119387)
chr6 (39-274)||(7131630-7131865)
chr6 (92-276)||(6394857-6395044)
chr6 (154-276)||(6409999-6410121)
chr6 (92-276)||(6415959-6416146)
chr6 (92-285)||(6426495-6426691)
chr6 (92-321)||(6585156-6585388)
chr6 (115-276)||(11936220-11936381)
chr6 (115-276)||(11948200-11948361)
chr6 (97-321)||(19632387-19632611)
chr6 (156-276)||(6423210-6423330)
chr6 (112-255)||(6589265-6589408)
chr6 (92-273)||(6594525-6594709)
chr6 (169-285)||(9411339-9411455)
chr6 (154-261)||(12102274-12102381)
chr6 (92-276)||(7994101-7994288)
chr6 (186-263)||(28935055-28935132)
chr6 (158-262)||(6596916-6597020)
chr6 (174-274)||(6603206-6603306)
chr6 (176-274)||(14802331-14802429)
chr6 (184-274)||(10579750-10579840)
chr6 (92-275)||(14820687-14820873)
chr6 (197-336)||(14818315-14818454)
chr6 (157-220)||(9410751-9410814)
chr6 (9-68)||(9411556-9411615)
chr6 (174-274)||(6586114-6586214)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (10-321)||(41889391-41889705)
chr5 (45-336)||(32267408-32267699)
chr5 (177-321)||(41901542-41901686)
chr5 (177-276)||(37937880-37937979)
chr5 (113-276)||(20478025-20478188)
chr5 (176-274)||(38267562-38267660)
chr5 (33-142)||(41901398-41901510)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (40-276)||(10614586-10614822)
chr7 (93-276)||(15092071-15092257)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (12-273)||(1037503-1037767)
chr2 (9-274)||(32785611-32785876)
chr2 (176-276)||(45245091-45245191)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (157-274)||(19468486-19468603)
chr1 (203-321)||(7554436-7554554)
chr1 (174-268)||(52082582-52082676)
chr1 (91-270)||(52092776-52092955)
chr1 (179-276)||(9586632-9586729)
chr1 (197-285)||(43634891-43634979)
chr1 (203-321)||(29718956-29719074)
chr1 (11-68)||(19468340-19468397)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (82-270)||(533-724)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (161-277)||(39176-39285)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (184-286)||(88822-88924)
[»] scaffold0807 (1 HSPs)
scaffold0807 (97-262)||(1388-1559)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 31)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 9 - 336
Target Start/End: Original strand, 1548262 - 1548590
Alignment:
Q  9 gagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1548262 gagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagt 1548361  T
Q  109 tttaagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctac-ttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1548362 tttaagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctactttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaa 1548461  T
Q  208 cttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcaca 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1548462 cttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttgcacttgttacaaaaacgttgtaaaaatatcaca 1548561  T
Q  308 gagaagggagtgaaccatatagaagaaaa 336  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1548562 gagaagggagtgaaacatatagaagaaaa 1548590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 74 - 286
Target Start/End: Original strand, 1552668 - 1552883
Alignment:
Q  74 tgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaa---aagtgaagctacttg 170  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||| |   ||| |||||||||||    
T  1552668 tgcactggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacatttgaacttagcccatagttttatagaagggaagctacttg 1552767  T
Q  171 gactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggct 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  1552768 gactgaactttgaaattcccaaactggaagtgttgaatttgtcacatacaaatattaatgatgaaacactcaatgtgatatcaaagaattgtcgtgggct 1552867  T
Q  271 tttgcacttgttacta 286  Q
    ||||||  ||||||||    
T  1552868 tttgcagctgttacta 1552883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 9 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 547176 - 546897
Alignment:
Q  9 gagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagt 108  Q
    ||||||||| ||||||||| ||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| | | ||||  ||  |||||| || ||  |||||||||| ||    
T  547176 gagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgt 547077  T
Q  109 tttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttg 205  Q
    ||||||   |||||||||||| || || ||||||||| |   | |||||  |||||| ||| ||||| ||||||||||| |||| ||| |||||||| ||    
T  547076 tttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtg 546977  T
Q  206 aacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttact 285  Q
    |||||||||| ||||| | |  |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  546976 aacttgtcacgtacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttact 546897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 169 - 276
Target Start/End: Original strand, 1524485 - 1524592
Alignment:
Q  169 tggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtggg 268  Q
    |||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  1524485 tggaatgaactttgaagttcccaatttggaggtgttgaatttgtcacgtacaagtgttgatgatgaaacactctatatgatctcacagagttgtcgtggg 1524584  T
Q  269 cttttgca 276  Q
    ||||||||    
T  1524585 cttttgca 1524592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 174 - 285
Target Start/End: Original strand, 8187095 - 8187206
Alignment:
Q  174 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 273  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||  |||  || |||||||||||| ||||||||||    
T  8187095 tgaactttgaaatttccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgataaaacactttatgcaatttcaaagagttgttgtgggctttt 8187194  T
Q  274 gcacttgttact 285  Q
    ||| ||||||||    
T  8187195 gcagttgttact 8187206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 96 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 570524 - 570335
Alignment:
Q  96 gtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaact 195  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||   | | ||||||||| || | |||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  570524 gtatttgtcaagttttaagatgttgtaaacttaggcatttgaacttagctcactgctcaaaagtgaaactgcgtggattgaactttgaagttctcaaact 570425  T
Q  196 ggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttact 285  Q
     |||||||||||||||||| ||||| |  ||||| | |||  |||| || |||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  570424 cgaggtgttgaacttgtcatatacaggagttgataacgaagaactctatctgatttcaaagagttgtcgcgggcttttgcaactgttact 570335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 29 - 321
Target Start/End: Original strand, 3438422 - 3438716
Alignment:
Q  29 ttttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaaga 125  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||   | |||     |||||| ||||||||| ||  | ||||||||||   |||||||||||    
T  3438422 ttttcttctattttccccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgactacatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagatgttgtaaga 3438521  T
Q  126 ttagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtat 225  Q
    ||||||| |||||||||||| || |||||  ||||||  |   || | ||||||||||  || | ||| ||||||| |||| |||||||||||||||  |    
T  3438522 ttagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgtgtgcaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagt 3438621  T
Q  226 tgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaa 321  Q
    ||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||  ||  |||||||  | |||||| ||||||||||||    
T  3438622 tgatgat-aaatactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgtaaaggtgtcacagtgaagggagtgaa 3438716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 12 - 273
Target Start/End: Original strand, 55908567 - 55908831
Alignment:
Q  12 atgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagtttt 111  Q
    |||||| ||||| | | ||| |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||     |||  |  |||||| || |||||||||||||||||| |    
T  55908567 atgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttct 55908666  T
Q  112 aag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaac 208  Q
    |||   |||||||||| ||||||| ||||| |||||     ||| || |||||| |||||| || | |||||| || ||||  || | |||||||| |||    
T  55908667 aaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaac 55908766  T
Q  209 ttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 273  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||    
T  55908767 ttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggctttt 55908831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 115 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 553633 - 553472
Alignment:
Q  115 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 214  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||| | ||  ||| || ||||||| ||| |  | |||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  553633 atgttgtaacattagacatttgaacttaacccgctgttcaagagtgaagttacgtacattgaactttaaagttctcaaactggaggtgttgaacttgtca 553534  T
Q  215 catacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 276  Q
      ||||||  ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||    
T  553533 tttacaagagttgatgatgaagcacttaatgtgatttcaaagagttgttctgggcttttgca 553472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 174 - 276
Target Start/End: Original strand, 1513411 - 1513513
Alignment:
Q  174 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 273  Q
    ||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||| | || ||||||||| ||||||||||||||||    
T  1513411 tgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatttacaaatgttgatgatgaaacactctacgtaatctcaaagtgttgtcgtgggctttt 1513510  T
Q  274 gca 276  Q
    |||    
T  1513511 gca 1513513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 44 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 1600647 - 1600447
Alignment:
Q  44 cccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaact 140  Q
    |||||||||||||||||||||||||  | ||||| |  |||||| || |||||||||||| ||||||||||   || || ||| |||||||| |||||||    
T  1600647 cccaatttgcaactgcttgatttgagcagttgcattaacatatctgaagaaggtatttgtcaagttttaaggagattttctaaaattagacatttgaact 1600548  T
Q  141 tagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacact 240  Q
    |||| |   ||| || | ||||||| |  ||| ||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||| ||||    
T  1600547 tagcccagtgttcaataatgaagctgcgaggaatgaactttgaagttcttaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaagggttgacgatgaagcact 1600448  T
Q  241 c 241  Q
    |    
T  1600447 c 1600447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 174 - 276
Target Start/End: Original strand, 12121461 - 12121563
Alignment:
Q  174 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 273  Q
    ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||   || ||||||||| |||| |||||||||||    
T  12121461 tgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaaacactctccgtaatctcaaagtgttgccgtgggctttt 12121560  T
Q  274 gca 276  Q
    |||    
T  12121561 gca 12121563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 174 - 274
Target Start/End: Original strand, 8184034 - 8184134
Alignment:
Q  174 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 273  Q
    ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  | ||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  8184034 tgaactttgaagttccgaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgatatagcactctatgcaatctcaaagagttgttgtgggctttt 8184133  T
Q  274 g 274  Q
    |    
T  8184134 g 8184134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 157 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 532301 - 532186
Alignment:
Q  157 agtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaag 256  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||| || |||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||  ||  |||||| |||||||    
T  532301 agtgaatctacttggaatgaactttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaacattgatgatgaaaagctttatgtgacctcaaag 532202  T
Q  257 agttgtcgtgggcttt 272  Q
    | |||||||| |||||    
T  532201 aattgtcgtgagcttt 532186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 175 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 558592 - 558493
Alignment:
Q  175 gaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 274  Q
    |||||||||| || |||| || | ||||||||||||||||   |||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  558592 gaactttgaagttgccaacctaggggtgttgaacttgtcattaacatatattgatgatgaagcactccatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 558493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 174 - 255
Target Start/End: Original strand, 1519146 - 1519227
Alignment:
Q  174 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaa 255  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||| |||||||||||||    
T  1519146 tgaactttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagggttgatgaataagcactctatgtgatctcaaa 1519227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 93 - 336
Target Start/End: Original strand, 53761692 - 53761935
Alignment:
Q  93 aaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcc 189  Q
    ||||||||||| ||||||||||   ||||||||| ||||| || |||||||||||     ||| || |||||||||| ||||| ||||||||| | ||||    
T  53761692 aaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttagccgagtgttcaagagtgaagctaattggaatgaactttgtagttcc 53761791  T
Q  190 caaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaa 289  Q
    ||| || |||| |||||||||||||  ||| |   || | ||| ||||||||  ||||||||| |||| ||||||||||||||||||  | ||||| |||    
T  53761792 caagctagaggcgttgaacttgtcatttacgaaagttaacgataaaacactc--tgtgatctcgaagaattgtcgtgggcttttgca-atattactgaaa 53761888  T
Q  290 cgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaa 336  Q
    | |||| | ||| |||| || ||||||||||| ||| | ||||||||    
T  53761889 cattgtgataatgtcacggacaagggagtgaaacatgtggaagaaaa 53761935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 188 - 276
Target Start/End: Original strand, 1508021 - 1508109
Alignment:
Q  188 cccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 276  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||   ||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1508021 cccaaactagaagtgttgaacttgtcacataccaatgttgatgatgaaacactgtgtgtaatctcaaagtgttgtcgtgggcttttgca 1508109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 160 - 276
Target Start/End: Original strand, 1537757 - 1537873
Alignment:
Q  160 gaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagt 259  Q
    |||||| | |||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||||| | || ||||  |||||||   ||| ||||||||| ||    
T  1537757 gaagctgcatggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttaatgacaaaacactgtgtgtaatctcaaagtgt 1537856  T
Q  260 tgtcgtgggcttttgca 276  Q
    |||||||||||||||||    
T  1537857 tgtcgtgggcttttgca 1537873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 164 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 641020 - 640899
Alignment:
Q  164 ctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtc 263  Q
    ||||||||| |||| |||||| | || | | |||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||| |    
T  641020 ctacttggaatgaaatttgaactaccaatattggaggtgttgaacttgtcagatacaaacgttgatgatgaaacactctacgtgacctcaaagaattgcc 640921  T
Q  264 gtgggcttttgcacttgttact 285  Q
    |||| ||||||||  |||||||    
T  640920 gtggtcttttgcatctgttact 640899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 179 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 659799 - 659726
Alignment:
Q  179 tttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaa 254  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||  ||||||||||||    
T  659799 tttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagtgttaataatgaaacact--atgtgatctcaa 659726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 174 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 7307955 - 7307844
Alignment:
Q  174 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 273  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||    ||||||||||| ||||   | ||||||||||||||||| || |||||||    
T  7307955 tgaactttaaagttcccaaattggaggtattgaacttgtcatatacagaagttgatgatgaagcactacgtatgatctcaaagagttgttgtaggctttt 7307856  T
Q  274 gcacttgttact 285  Q
    |||| |||||||    
T  7307855 gcacctgttact 7307844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 157 - 283
Target Start/End: Original strand, 55505095 - 55505221
Alignment:
Q  157 agtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaag 256  Q
    |||||| ||| ||||| ||||||||  | | ||| |||| |||||||||||||||||| ||||||   |||| |||| ||||||  |||||| |||||||    
T  55505095 agtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccaactagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaag 55505194  T
Q  257 agttgtcgtgggcttttgcacttgtta 283  Q
    | ||||||||| |||||||| ||||||    
T  55505195 aattgtcgtggacttttgcatttgtta 55505221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 115 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 644984 - 644885
Alignment:
Q  115 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 214  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||  ||| || | |||||||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  644984 atgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacttacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttagacttgtca 644885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 197 - 243
Target Start/End: Original strand, 12116602 - 12116648
Alignment:
Q  197 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaa 243  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  12116602 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtgttgatgatgaatcactcaa 12116648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 225 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 566233 - 566182
Alignment:
Q  225 ttgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 276  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  566233 ttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagtactgtcgtgggcttttgca 566182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 174 - 321
Target Start/End: Original strand, 1489365 - 1489512
Alignment:
Q  174 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 273  Q
    ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||||| | || |  | ||||||||   ||| ||||||| | |||| |||||||||||    
T  1489365 tgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttaacaacgaaacactgtgtgtaatctcaatgtgttgccgtgggctttt 1489464  T
Q  274 gcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaa 321  Q
    |||  | |||||  || | |||   ||| |||||||||||||||||||    
T  1489465 gcaactcttactggaagggtgttttaatgtcacagagaagggagtgaa 1489512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 92 - 214
Target Start/End: Original strand, 21834297 - 21834422
Alignment:
Q  92 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 188  Q
    ||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||  || ||||||||| |  || |||  ||||||||||||| | |  | ||||||| | |||    
T  21834297 gaaggtatttgcgaagttttaaggaaatgttgtaagattaagcatttgaacttatcaggttgttataaagtgaagctacatagtatcaactttgtagttc 21834396  T
Q  189 ccaaactggaggtgttgaacttgtca 214  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||    
T  21834397 ccaagctggaggtgttggacttgtca 21834422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 174 - 276
Target Start/End: Original strand, 7225887 - 7225989
Alignment:
Q  174 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 273  Q
    ||||||||||| ||| | || ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  ||  |||   |||||| |||||||||||| |||| |||||    
T  7225887 tgaactttgaagttctcgaattggaggtcttgaacttgtcacatacaagagttgatgacaaaggacttcgtgtgatatcaaagagttgttgtggactttt 7225986  T
Q  274 gca 276  Q
    |||    
T  7225987 gca 7225989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 41 - 144
Target Start/End: Original strand, 8186959 - 8187065
Alignment:
Q  41 ttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagtttt---aagatgttgtaagattagacagttga 137  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| | |||||  || |||||| || |||||||||||| |||||||    ||||||||| |||||||  | ||||    
T  8186959 ttccccaatttgcagttgcttgatttgagtcattgctatgacatatctgaagaaggtatttgtcaagttttgaagagatgttgtgagattagggatttga 8187058  T
Q  138 acttagc 144  Q
    |||||||    
T  8187059 acttagc 8187065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 174 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 1545868 - 1545802
Alignment:
Q  174 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacact 240  Q
    |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    ||||||  ||||||||||||||||    
T  1545868 tgaactttaaagttcctaaactggaggtgttgaacttgttgtttacaagagttgatgatgaaacact 1545802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 9 - 276
Target Start/End: Original strand, 18315109 - 18315379
Alignment:
Q  9 gagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagt 108  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||   | |||  |  |||| | || |||||||||||| ||||    
T  18315109 gagaggaaagcatcaaaatattttcttccattttccccaatttgcagttgcttgatttgagctactgcgataacatacctgaagaaggtatttgtcaagt 18315208  T
Q  109 tttaagatgttgta---agattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttg 205  Q
    |||| || |||||    ||||||||||||||||||||||||||  || || | ||||||||| |||| |||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  18315209 tttacgaagttgttctgagattagacagttgaacttagctcgtgattcaagaatgaagctacgtggaatgaactttaaagttcccaaactggaggtgttg 18315308  T
Q  206 aacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 276  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18315309 aacttgtcacatacaaaagttgatgatgaagcactctatgtgatctcaaagagttgtcgtaggcttttgca 18315379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 19 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 32151551 - 32151294
Alignment:
Q  19 catcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgt 118  Q
    ||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    ||||  |  |||||| || ||||| |||||| |||||||||||||     
T  32151551 catcaaaatgtttgcttccattttccctaatttgcaactgcttgatttgaggtgttgccataacatatctgaagaaggaatttgtcaagttttaagatgc 32151452  T
Q  119 tgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacata 218  Q
    | | ||||||| || ||||| ||  |  |  ||||| | |||||||| | |||| ||||||| ||| || |||| ||||||||||| |||||||||  ||    
T  32151451 tctgagattaggcatttgaatttcaccggctgtttacatgtgaagctgcgtggaatgaacttcgaagtttccaatctggaggtgttaaacttgtcatgta 32151352  T
Q  219 caagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 276  Q
    ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  32151351 caaggtttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgtagtgggcttttgca 32151294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 174 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 27922603 - 27922452
Alignment:
Q  174 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 273  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27922603 tgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgggctttt 27922504  T
Q  274 gcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaaccat 325  Q
    | | |||| |||  ||  ||||||  || ||||| |||||||||||||||||    
T  27922503 gaaattgtcacttgaaaattgtaatgatttcacaaagaagggagtgaaccat 27922452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 44 - 276
Target Start/End: Original strand, 34936034 - 34936269
Alignment:
Q  44 cccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaact 140  Q
    ||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||  |  ||||||||| | | ||||||||   ||||||| | |||||||| ||| |||    
T  34936034 cccaatttgcatctgcttgatttgagcgattgcagtggcatatctaatcaaggtatttatcatgttttaaggagatgttgtgacattagacatttgtact 34936133  T
Q  141 tagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacact 240  Q
    | ||   | ||| ||||||||| || |   || ||| ||||||  |||| ||||| ||||||||| |||||||| |||||||  |||||||| |||||||    
T  34936134 tggccgattgttcaaaagtgaaccttcacagaatgatctttgatgttccaaaactagaggtgttggacttgtcatatacaagagttgatgataaaacact 34936233  T
Q  241 caatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 276  Q
    | |||  ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  34936234 ctatgccatcgcaaagagttgtcgtgggcttttgca 34936269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 38 - 281
Target Start/End: Original strand, 17636262 - 17636512
Alignment:
Q  38 attttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagt 134  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||     |||||| |   ||||||||  ||||||||||| ||||||||||   ||||| ||| ||||| || |    
T  17636262 attttccccaatttgcagctgcttgatttacgagattgcaataaaatatcagagaaaggtatttgtcaagttttaaggggatgttctaatattaggcatt 17636361  T
Q  135 tgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggac----tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatg 230  Q
    |||||||||  ||  ||| || |||||| |||| | ||     ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |  |||| |    
T  17636362 tgaacttaggccgatgttcaagagtgaaactacatcgatcgaatgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcacaaacaggagttgacg 17636461  T
Q  231 atgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgt 281  Q
    ||||| || |  ||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||    
T  17636462 atgaagcattgtatgtgatctcaaagagttgtcttagacttttgcaattgt 17636512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 115 - 276
Target Start/End: Original strand, 28246240 - 28246399
Alignment:
Q  115 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 214  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||| ||| || | ||||||||| |  | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28246240 atgttgtaacattagacatttgaatttaactcgttgttcaagactgaagctacatacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtca 28246339  T
Q  215 catacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 276  Q
      ||||||  ||||  || || ||||| ||  |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  28246340 tttacaagagttga--ataaatcactctattggatctcaaagagttgtagcgggcttttgca 28246399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 169 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 21235658 - 21235542
Alignment:
Q  169 tggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtggg 268  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  ||||| | |||  |||| || |||| |||||||| |||||  ||    
T  21235658 tggagtgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaggagttgataacgaagaactctatttgatttcaaagagctgtcgcagg 21235559  T
Q  269 cttttgcacttgttact 285  Q
    ||||||||  |||||||    
T  21235558 cttttgcaactgttact 21235542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 11 - 66
Target Start/End: Original strand, 17627897 - 17627952
Alignment:
Q  11 gatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgattt 66  Q
    ||||||| ||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17627897 gatgaaaacatcaaaatgtttgcttccattttccccaatttgcaactgcttgattt 17627952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 174 - 321
Target Start/End: Original strand, 17628018 - 17628165
Alignment:
Q  174 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 273  Q
    |||||||| || || | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||| || |||||  |||||||||||||| ||||  |||||| ||    
T  17628018 tgaactttaaactttctaaattggaggtgttgaacttgtcacatactagagttgatgataaagcactccgtgtgatctcaaagaattgttttgggctctt 17628117  T
Q  274 gcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaa 321  Q
    | |  | |||||| ||  |||||||  | ||||||| |||||||||||    
T  17628118 gaaactattactagaattttgtaaaggtgtcacagacaagggagtgaa 17628165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 234 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 44736570 - 44736530
Alignment:
Q  234 aaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 274  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  44736570 aaacactcattgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttg 44736530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 91 - 321
Target Start/End: Original strand, 51113699 - 51113932
Alignment:
Q  91 cgaaggtatttgtgaagttttaa---gatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaatt 187  Q
    ||||||||||||| |||||||||   |||||||||| ||||| || ||||| ||||||    ||| |||| |||||||||||||| |||||||||||  |    
T  51113699 cgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagct 51113798  T
Q  188 cccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaa 287  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| ||||||   ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||| |    
T  51113799 cccaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactga 51113898  T
Q  288 aacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaa 321  Q
    ||  |||| |  || |||||||||||||||||||    
T  51113899 aaaattgttaccatgtcacagagaagggagtgaa 51113932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 19 - 321
Target Start/End: Original strand, 13470581 - 13470883
Alignment:
Q  19 catcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---a 115  Q
    ||||| ||| ||| |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| |  ||||| |  | ||||| |   |||||||||| ||||||||||   |    
T  13470581 catcataatgtttgcttccaatttccccaatttgcagctgcttgatttgaattgttgcaatctcttatcaaa---aggtatttgtcaagttttaaggata 13470677  T
Q  116 tgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcac 215  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||   | ||  ||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||     
T  13470678 tgttgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaa 13470777  T
Q  216 atacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaaggg 315  Q
    ||||||   || ||||| |||||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||  | |||||  ||| |||| | ||| |||||||  ||||    
T  13470778 atacaaaggttaatgataaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactattacttgaactttgtcataatgtcacagaagaggg 13470877  T
Q  316 agtgaa 321  Q
    ||||||    
T  13470878 agtgaa 13470883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 113 - 281
Target Start/End: Original strand, 51120836 - 51121004
Alignment:
Q  113 agatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgt 212  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||  |  || ||| || |||||| || | |||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  51120836 agatgttgtaacattagacacttgaacttcaccggttgttcaagagtgaaactgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgt 51120935  T
Q  213 cacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgt 281  Q
    | ||||||||  |||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  51120936 cgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgt 51121004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 11 - 321
Target Start/End: Original strand, 51764281 - 51764591
Alignment:
Q  11 gatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttt 110  Q
    ||||||| ||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | |  ||||| | |||||||  |   |||| | ||||||||||    
T  51764281 gatgaaagcatcataatgtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgattttaattcttgcaatcgcatatctaa---aggtgtctgtgaagttt 51764377  T
Q  111 taag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgta-gtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttga 206  Q
    ||||   ||||| ||||||||| || |||||| || | || | ||| || |||||||||||||||| ||||||||| | |||| || |||||||||||      
T  51764378 taaggagatgttctaagattaggcatttgaacctatc-cgaatgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgcagttccgaagctggaggtgttag 51764476  T
Q  207 acttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcac 306  Q
    ||||||||  |||||   |||||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||| | |||||||||||  | |||||  ||| |||| | ||| |||     
T  51764477 acttgtcatttacaaaagttgatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgcgggcttttgcaactattactggaacattgtgataatgtcaa 51764576  T
Q  307 agagaagggagtgaa 321  Q
     ||||||||||||||    
T  51764577 ggagaagggagtgaa 51764591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 189 - 257
Target Start/End: Original strand, 27005791 - 27005859
Alignment:
Q  189 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaaga 257  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||  |||| ||||||||||    
T  27005791 ccaaactggaggtcttgaacttgtcacatacaagaattgataatacaacactttatgtaatctcaaaga 27005859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 174 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 1657346 - 1657244
Alignment:
Q  174 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 273  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||  ||||  ||  | ||||| ||  |||||||||||||||  | ||||||||    
T  1657346 tgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttgacaatatatcactctattggatctcaaagagttgcagcgggctttt 1657247  T
Q  274 gca 276  Q
    |||    
T  1657246 gca 1657244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 176 - 233
Target Start/End: Original strand, 33714861 - 33714918
Alignment:
Q  176 aactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatg 233  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |  |||| ||||||||||    
T  33714861 aactttgaagtttccaaactggaggtgctgaacttgtcaaactcaagaattgatgatg 33714918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 189 - 229
Target Start/End: Original strand, 36811046 - 36811086
Alignment:
Q  189 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgat 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||    
T  36811046 ccaaactggaggtgttgaacttgtcccattcaagaattgat 36811086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 28)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 92 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 6432341 - 6432154
Alignment:
Q  92 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 188  Q
    |||||||||||| ||||||||||   |||||||||  ||| ||| |||||||||||   | || ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||    
T  6432341 gaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttc 6432242  T
Q  189 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 276  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||  ||||||||| ||||| |||| |||||||| ||||    
T  6432241 ccaagctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaacactttatgtgatcttaaagaattgttgtgggcttctgca 6432154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 92 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 6403040 - 6402855
Alignment:
Q  92 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 188  Q
    |||||||||||| ||||||||||   ||||||||| ||||| || ||||||||| || |  ||| || |||||||||||||||| | ||||||| | |||    
T  6403040 gaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttaactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttgcagttc 6402941  T
Q  189 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 274  Q
    || |||| || ||||||||||||||| |||| |   ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  6402940 cccaactagaagtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgtagtgggcttttg 6402855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 39 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 7119387 - 7119152
Alignment:
Q  39 ttttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagtttta---agatgttgtaagattagacagtt 135  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||| |  ||||||    |||||||||||| ||||||||   ||||||| |||||||| ||| ||    
T  7119387 ttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatc---tgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacattt 7119291  T
Q  136 gaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaa 235  Q
    ||||||||| |   ||| || |||||||||||||||| |||||||||   ||| | | ||||||||||||||||||||| |||| |   |||||||||||    
T  7119290 gaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcaccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaa 7119191  T
Q  236 acactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 274  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||| | |||||||||    
T  7119190 acactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttg 7119152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 39 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 7131865 - 7131630
Alignment:
Q  39 ttttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagtttta---agatgttgtaagattagacagtt 135  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||| |  ||||||    |||||||||||| ||||||||   ||||||| |||||||| ||| ||    
T  7131865 ttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatc---tgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacattt 7131769  T
Q  136 gaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaa 235  Q
    ||||||||| |   ||| || |||||||||||||||| |||||||||   ||| | | ||||||||||||||||||||| |||| |   |||||||||||    
T  7131768 gaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcgccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaa 7131669  T
Q  236 acactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 274  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||| | |||||||||    
T  7131668 acactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttg 7131630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 92 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 6395044 - 6394857
Alignment:
Q  92 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 188  Q
    |||||||||||| |||||||||    |||||||||| ||| ||| ||||||||||||    ||| ||||||||| |||| |||| ||||||||| | |||    
T  6395044 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 6394945  T
Q  189 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 276  Q
    || | ||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||   |||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  6394944 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttctgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttgca 6394857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 154 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 6410121 - 6409999
Alignment:
Q  154 aaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctca 253  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||||| ||  |||||||||||    
T  6410121 aaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaactagtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttatgtgatctca 6410022  T
Q  254 aagagttgtcgtgggcttttgca 276  Q
    |||| |||| || ||||||||||    
T  6410021 aagaattgttgtcggcttttgca 6409999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 92 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 6416146 - 6415959
Alignment:
Q  92 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 188  Q
    |||||||||||| |||||||||    ||||||||||||| | || |||||||||||   | ||  |||||||||||||| |||| || |||||| | |||    
T  6416146 gaaggtatttgtcaagttttaaagatatgttgtaagattgggcatttgaacttagccttttgtaaaaaagtgaagctacatggaatggactttgtagttc 6416047  T
Q  189 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 276  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||   || ||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||| | |||||||||||    
T  6416046 ccaacctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaactctctatgtgatctcaaagaattgtagcgggcttttgca 6415959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 92 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 6426691 - 6426495
Alignment:
Q  92 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 188  Q
    |||||||||||||||||||||||   |||||||||| ||| ||| ||||||||||||    ||| ||| ||||| |||| |||| ||||||||| | |||    
T  6426691 gaaggtatttgtgaagttttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaacgtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 6426592  T
Q  189 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttact 285  Q
    || | |||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||  |  ||| ||||||||||| |||| || || ||||||| || |||||    
T  6426591 ccgagctggaggtgttgaatttgtcaaacacaagcattgatgatgaaactttttatgcgatctcaaagaattgttgtcggattttgcaattattact 6426495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 92 - 321
Target Start/End: Original strand, 6585156 - 6585388
Alignment:
Q  92 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 188  Q
    |||||||||||| | ||||||||   ||||| ||| ||||| || ||||||||  || |  ||| || |||||||||||||||| | ||||||  | ||     
T  6585156 gaaggtatttgtcatgttttaaggagatgttttaatattaggcatttgaactttactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttttagtta 6585255  T
Q  189 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaa 288  Q
    || |  ||||||| |||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  || ||||||| |  | ||||| ||    
T  6585256 cccagttggaggtattgaacttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttctgcgcttttggaactattactgaa 6585355  T
Q  289 acgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaa 321  Q
    | ||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  6585356 aggttgtgaaaatgtcacagagaagggactgaa 6585388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 115 - 276
Target Start/End: Original strand, 11936220 - 11936381
Alignment:
Q  115 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 214  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||  ||| || | ||||||||| |  | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11936220 atgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtca 11936319  T
Q  215 catacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 276  Q
      ||||||  |||| ||| || ||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11936320 tttacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggcttttgca 11936381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 115 - 276
Target Start/End: Original strand, 11948200 - 11948361
Alignment:
Q  115 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 214  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||  ||| || | ||||||||| |  | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11948200 atgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtca 11948299  T
Q  215 catacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 276  Q
      ||||||  |||| ||| || ||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11948300 tttacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggcttttgca 11948361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 97 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 19632611 - 19632387
Alignment:
Q  97 tatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactg 196  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |  || ||||||||| ||||  ||| || ||| || ||||||||| | ||||||  | ||||||| ||     
T  19632611 tatttgtcaagttttaagatgttgtaagataacgcatttgaacttaactcgatgttcaatagttaacctacttggaataaactttctagttcccaagcta 19632512  T
Q  197 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgta 296  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||   ||||||||||   |||   |||||||||||||| |||| |||||||||||||  | ||||| |||  ||||     
T  19632511 gaggtgttggacttgtcgtatacaaaggttgatgatgagcaactttttgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactcttactgaaaaattgtg 19632412  T
Q  297 aaaatatcacagagaagggagtgaa 321  Q
      |||||||||||||||||||||||    
T  19632411 ctaatatcacagagaagggagtgaa 19632387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 156 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 6423330 - 6423210
Alignment:
Q  156 aagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaa 255  Q
    |||||||||||| || | |||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  ||   ||| |||||||| ||| |||||||||    
T  6423330 aagtgaagctacgtgcaatgaacttttaagttcccaagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagagttagcgataaaacactctatgcgatctcaaa 6423231  T
Q  256 gagttgtcgtgggcttttgca 276  Q
    ||||||| ||||| |||||||    
T  6423230 gagttgttgtgggattttgca 6423210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 112 - 255
Target Start/End: Original strand, 6589265 - 6589408
Alignment:
Q  112 aagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttg 211  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||     ||   |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||    
T  6589265 aagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgctggaggtgttgaacttg 6589364  T
Q  212 tcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaa 255  Q
    ||| |||||| | || ||||| |||||||  || ||||||||||    
T  6589365 tcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaa 6589408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 92 - 273
Target Start/End: Original strand, 6594525 - 6594709
Alignment:
Q  92 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 188  Q
    |||||||||||| ||||||||||   ||||| |||||||| ||| ||| ||||| |  |  ||| || ||||||||||| |||| | ||||||  | |||    
T  6594525 gaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttataagattacacatttgtacttatccgggtgttcaagagtgaagctacatggaataaactttttagttc 6594624  T
Q  189 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 273  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||    |||||||||| |||||   |||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  6594625 ccaaactggaggtgttgtacttgtcaaatacagaggttgatgatgagacactacgtgtgatctcaaagaattgttgtgggctttt 6594709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 169 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 9411455 - 9411339
Alignment:
Q  169 tggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtggg 268  Q
    |||| ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || ||   ||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||||     
T  9411455 tggattgaactttgaggttcccaagctggaggtgttgaacttgtcatatacaggtgttttcgatgaaatactctatgagatctcaaagaattgtcgtgga 9411356  T
Q  269 cttttgcacttgttact 285  Q
    ||||||||  |||||||    
T  9411355 cttttgcaactgttact 9411339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 154 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 12102381 - 12102274
Alignment:
Q  154 aaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctca 253  Q
    ||||||||| || | |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| | |||  |||| || |||| |||    
T  12102381 aaaagtgaaactgcatggattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacatgagttgataacgaagaactctatctgatttca 12102282  T
Q  254 aagagttg 261  Q
    ||||||||    
T  12102281 aagagttg 12102274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 92 - 276
Target Start/End: Original strand, 7994101 - 7994288
Alignment:
Q  92 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 188  Q
    |||||||||||| | ||||||||   |||||||||||| || || |||||| ||||   | ||  || |||||||||||| ||| ||||||||| | |||    
T  7994101 gaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttc 7994200  T
Q  189 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 276  Q
    | || || |||||||||||| ||||| |||||||  || |||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||    
T  7994201 cgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatgacgaaacactatatgtgatctcaaagaattgttctggacttttgca 7994288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 186 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 28935132 - 28935055
Alignment:
Q  186 ttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtc 263  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| |||||| |||||| |||||||||||||    
T  28935132 ttccccaactcgaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgacgatgaagcactcagtgtgatttcaaagagttgtc 28935055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 158 - 262
Target Start/End: Original strand, 6596916 - 6597020
Alignment:
Q  158 gtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaaga 257  Q
    ||||||| ||||| | | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||| | |  ||||||||||    
T  6596916 gtgaagcgacttgaaataaactttgaaattccccagctggaggtgttgaacttgtcaagtacaaatgttgatgatgaaacactctacgctatctcaaaga 6597015  T
Q  258 gttgt 262  Q
     ||||    
T  6597016 attgt 6597020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 174 - 274
Target Start/End: Original strand, 6603206 - 6603306
Alignment:
Q  174 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 273  Q
    ||||||||| | ||||||| ||  |||||||| ||||| || ||||| || |||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  6603206 tgaactttgtacttcccaagctacaggtgttggacttggcagatacaggtgttgatgatgaaacagtctatgcgatctcaaagagttgtcctgggctttt 6603305  T
Q  274 g 274  Q
    |    
T  6603306 g 6603306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 176 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 14802429 - 14802331
Alignment:
Q  176 aactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 274  Q
    ||||||||| |||||||  |||| |||||||| |||||| ||||||   ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||| |||| ||||||    
T  14802429 aactttgaagttcccaagatggaagtgttgaatttgtcaaatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatttcaaagaattgttgtggtcttttg 14802331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 184 - 274
Target Start/End: Original strand, 10579750 - 10579840
Alignment:
Q  184 aattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 274  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||| |||||||| ||  ||||||||||| |||| || ||||||||    
T  10579750 aattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgataaaacactctattcgatctcaaagaattgttgtcggcttttg 10579840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 92 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 14820873 - 14820687
Alignment:
Q  92 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 188  Q
    |||||||||||| ||| ||||||   |||||||||| ||| ||| ||||||||||    | ||| |  |||||| |||| |||| | ||||||| | |||    
T  14820873 gaaggtatttgtcaaggtttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagaattttgttcaggagtgaaactacatggaattaactttgcagttc 14820774  T
Q  189 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgc 275  Q
    ||||  | |||||||||||||| ||| ||||||   ||||| ||||||||||  || ||||||| |||| |||| ||||||||||||    
T  14820773 ccaagttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttgtgggcttttgc 14820687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 197 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 14818454 - 14818315
Alignment:
Q  197 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgta 296  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||   ||||| ||||||||||  || ||||||| |||| ||||  |||||||||||  || |||||  ||  |||||    
T  14818454 gaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttctgggcttttgcgattattacttgaaaattgta 14818355  T
Q  297 aaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaa 336  Q
    | ||| ||||||||||||| ||||| ||| ||| ||||||    
T  14818354 ataatgtcacagagaagggtgtgaaacatgtagtagaaaa 14818315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 157 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 9410814 - 9410751
Alignment:
Q  157 agtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacataca 220  Q
    ||||||| || ||||| |||||||||||  ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||    
T  9410814 agtgaagttaattggattgaactttgaagctcccaagttggaggtgttgaatttgtcacataca 9410751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 9 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 9411615 - 9411556
Alignment:
Q  9 gagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttga 68  Q
    ||||| ||| ||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9411615 gagataaaaacatcaaaaggtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgatttga 9411556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 174 - 274
Target Start/End: Original strand, 6586114 - 6586214
Alignment:
Q  174 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 273  Q
    ||||||||| | ||||||| || ||||||||| | |||||| | |||  | || ||||||||||||||  || ||||||||||| ||||| | |||||||    
T  6586114 tgaactttgtacttcccaagctagaggtgttggatttgtcaaaaacagatgttcatgatgaaacactctgtgcgatctcaaagatttgtcctaggctttt 6586213  T
Q  274 g 274  Q
    |    
T  6586214 g 6586214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 73; Significance: 3e-33; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 10 - 321
Target Start/End: Original strand, 41889391 - 41889705
Alignment:
Q  10 agatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagtt 109  Q
    |||||||  ||||| ||| ||| |||| |||||||| |||||||| || ||||||||||  |||||  || ||||||  || |||||||||  | |||||    
T  41889391 agatgaagacatcataatgtttgcttccattttccctaatttgcagctacttgatttgagcaattgttgtcgcatatttgatgaaggtattactcaagtt 41889490  T
Q  110 ttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttga 206  Q
    |||||   ||||||||| |||||| | ||||||||| |  |  ||| || |||||||||||||| | |||||||| || |||||||| ||||||||||||    
T  41889491 ttaaggatatgttgtaacattagatatttgaacttatccggatgttcaatagtgaagctacttgaaatgaactttaaagttcccaaattggaggtgttga 41889590  T
Q  207 acttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcac 306  Q
    |||| ||| ||||||   ||||||||||||||||  ||  |||||||||||||||| | ||||||| | | |||||||| |||  |||| |  || ||||    
T  41889591 acttatcatatacaaaagttgatgatgaaacactttataagatctcaaagagttgttgcgggctttcgaaattgttacttaaaaattgttatgatgtcac 41889690  T
Q  307 agagaagggagtgaa 321  Q
    | |||||||||||||    
T  41889691 aaagaagggagtgaa 41889705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 45 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 32267699 - 32267408
Alignment:
Q  45 ccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaactt 141  Q
    |||||||||| |||||||||||||  |||||  || ||||||| || ||||||||   | || |||||||   ||||||||| |||||||| ||||||||    
T  32267699 ccaatttgcagctgcttgatttgagcaattgttgtcgcatatctgaagaaggtatcgttcaatttttaaggatatgttgtaacattagacatttgaactt 32267600  T
Q  142 agctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactc 241  Q
    | | |   ||| || |||||| |||   | | ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||   ||||||||||| ||||     
T  32267599 atcccagtgttcaacagtgaaacta---gaaatgaactttgaagttcccaaattggaggtattgaacttgtcacaaacaatagttgatgatgaagcactt 32267503  T
Q  242 aatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaa 336  Q
     || ||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| ||| |||  ||||||  |||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||    
T  32267502 tatatgatctcaaagagttgttgtgggcttttgaaattgtcacttaaaaattgtaatgatatcacaaagaagggagtgaagcatgtagtagaaaa 32267408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 177 - 321
Target Start/End: Original strand, 41901542 - 41901686
Alignment:
Q  177 actttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 276  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||| |||| |||||| |    
T  41901542 actttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtggacttttgaa 41901641  T
Q  277 cttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaa 321  Q
     |||| |||  ||  ||||||  || ||||| |||||||||||||    
T  41901642 attgtcacttcaagattgtaatgatgtcacaaagaagggagtgaa 41901686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 177 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 37937979 - 37937880
Alignment:
Q  177 actttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 276  Q
    |||||||| ||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||  |||||||||||||||||    
T  37937979 actttgaagttcccaaccttgaggtgttggacttgacacatacaagaattgatgatcaaacactctatgtaatctcaaagatgtgtcgtgggcttttgca 37937880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 113 - 276
Target Start/End: Original strand, 20478025 - 20478188
Alignment:
Q  113 agatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgt 212  Q
    |||||||||||| | || || |||||||||||| |  ||  || || ||||||||||||| | ||| ||| ||||||| | |||||||||||||||||||    
T  20478025 agatgttgtaagttaaggcatttgaacttagctggatgtcgaagagcgaagctacttggaataaacgttgtaattccccagctggaggtgttgaacttgt 20478124  T
Q  213 cacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 276  Q
    || |||||| | ||||||| |||||| |   ||||||||||| || |||| |||||||||||||    
T  20478125 catatacaaatgttgatgacgaaacattatctgtgatctcaaggaattgttgtgggcttttgca 20478188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 176 - 274
Target Start/End: Original strand, 38267562 - 38267660
Alignment:
Q  176 aactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 274  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||||| |||||| |||| ||||||||||  || ||||||||||||    
T  38267562 aactttgaagttcccaaccttgaggtgttggacttgacacatacaagagttgatgatgacacactctatgtaatctcaaagacgtgccgtgggcttttg 38267660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 33 - 142
Target Start/End: Original strand, 41901398 - 41901510
Alignment:
Q  33 cttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattag 129  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||  || ||||||  || |||||||||  | ||||||||||    |||||||| |||||    
T  41901398 cttccattttccccaatttgcagctgcttgatttgagcaattgttgtcgcatatttgaagaaggtattgttcaagttttaaggatgtgttgtaacattag 41901497  T
Q  130 acagttgaactta 142  Q
    ||| |||||||||    
T  41901498 acatttgaactta 41901510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 40 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 10614822 - 10614586
Alignment:
Q  40 tttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttg 136  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |  | |||   | |||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||| || |||    
T  10614822 tttccccaatttgcaactgcttgatttgaatcgttgcaatctcttat---atgaaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttg 10614726  T
Q  137 aacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaa 236  Q
    ||||||||   | ||  ||||||||||||||||||| ||||| |||   ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |   || ||||| |||    
T  10614725 aacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaacgttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatacgaaggttaatgataaaa 10614626  T
Q  237 cactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 276  Q
    ||||| |||||||||| ||||  ||| |||||||||||||    
T  10614625 cactctatgtgatctcgaagaactgtagtgggcttttgca 10614586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 93 - 276
Target Start/End: Original strand, 15092071 - 15092257
Alignment:
Q  93 aaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcc 189  Q
    ||||||||| | ||||||||||   ||||| |||| ||| ||| ||||||||| || |  ||||||  ||||| |||| |||| ||||||||| | ||||    
T  15092071 aaggtatttctcaagttttaaggaaatgttataagcttaaacatttgaacttaactggatgtttaagtgtgaaactacatggaatgaactttgcagttcc 15092170  T
Q  190 caaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 276  Q
    | | |||||||||||||| |||||| | ||||   || ||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  15092171 cgagctggaggtgttgaatttgtcagaaacaaaggttaatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgca 15092257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 64; Significance: 7e-28; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 12 - 273
Target Start/End: Original strand, 1037503 - 1037767
Alignment:
Q  12 atgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagtttt 111  Q
    |||||| ||||| | | ||| |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||     |||  |  |||||| || ||||||||||||||||||||    
T  1037503 atgaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagtttt 1037602  T
Q  112 aag---atgttgtaagattagacagttgaacttagc-tcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaa 207  Q
    |||   |||||||||| ||||||| ||||| ||||| |  || || || |||||| |||||| || | |||||| || ||||  || | |||||||| ||    
T  1037603 aaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctacta-ttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaa 1037701  T
Q  208 cttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 273  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||    
T  1037702 cttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggctttt 1037767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 9 - 274
Target Start/End: Original strand, 32785611 - 32785876
Alignment:
Q  9 gagatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagt 108  Q
    ||||||||| |||||  || |||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||||||   |||||  |  |||||| || |||||||||||| || |    
T  32785611 gagatgaaagcatcaggatgttttcttctattttttccaatttgcaactacttgatttgagctattgctataacatatctgaagaaggtatttgtcaatt 32785710  T
Q  109 tttaagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaac 208  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||| || |  |    || || | |  |||  | | || |||||||| ||  ||||||||| ||||||||||||    
T  32785711 tttaagatgttctaagattagacatttgaatttggaccacttttcaagaatcgagcaccgtcgaatgaactttaaagctcccaaactagaggtgttgaac 32785810  T
Q  209 ttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 274  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||  ||||||||||||  |||| || ||||||||||    
T  32785811 ttgtcacatacaagaattgatgatgaagcactttatgtgatctcaataagttttcatgggcttttg 32785876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 176 - 276
Target Start/End: Original strand, 45245091 - 45245191
Alignment:
Q  176 aactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgc 275  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||| | ||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45245091 aactttgaagttccaaaacttgaggtgttgaatttgtcagagacaatggttgatgatgaaacactccatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgc 45245190  T
Q  276 a 276  Q
    |    
T  45245191 a 45245191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 54; Significance: 6e-22; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 157 - 274
Target Start/End: Original strand, 19468486 - 19468603
Alignment:
Q  157 agtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaag 256  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| | ||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||   ||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  19468486 agtgaatctacttggagtgaactttgtagttcccaagctggaggtgttgaagttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactttatgtgatctcaaag 19468585  T
Q  257 agttgtcgtgggcttttg 274  Q
    |  ||| |||| ||||||    
T  19468586 aactgttgtggacttttg 19468603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 203 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 7554554 - 7554436
Alignment:
Q  203 ttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaata 302  Q
    |||||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||| ||||| ||  ||||||| ||| | ||| | |||     
T  7554554 ttgaacttatcatatacaagtgttgatgatgaagcactctatatgatctcaaagagttgtggtggacttttacaactgttactgaaaggatgtgataatg 7554455  T
Q  303 tcacagagaagggagtgaa 321  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  7554454 tcacagaaaagggagtgaa 7554436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 174 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 52082676 - 52082582
Alignment:
Q  174 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtggg 268  Q
    |||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||| | ||||  ||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||    
T  52082676 tgaactttcaagtttccaaattggaggtgttgaacttgtcaaagacaaaaattgatgatgaaacattgtatgtgatctcaaagagttgttgtggg 52082582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 91 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 52092955 - 52092776
Alignment:
Q  91 cgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaactt-agctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcc 189  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||| || || | ||  || | |||| ||||||  | |||||||| || || |    
T  52092955 cgaaggtattgttgaagttttaagatgttgtaaaattactcatttgaacttgagatcttggtc-aacattgaatctactttcaatgaactttcaagtttc 52092857  T
Q  190 caaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggct 270  Q
    |||| ||||||||||||||||| || | ||||  ||||||||||| ||| |  |||||||||||||||||| | |||||||    
T  52092856 caaattggaggtgttgaacttggcaaagacaaaaattgatgatgacacattgtatgtgatctcaaagagtttttgtgggct 52092776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 179 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 9586729 - 9586632
Alignment:
Q  179 tttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 276  Q
    |||||| | ||||| || |||||||||||||||||| |||||  | || |||||||||||||  |||||| ||||| || ||||||||| ||||||||    
T  9586729 tttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacagatgttaatgatgaaacactttatgtgacctcaatgaattgtcgtggacttttgca 9586632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 43634979 - 43634891
Alignment:
Q  197 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttact 285  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||   |||| |||| ||||||  |||||| |||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||    
T  43634979 gaggcgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgtggacttttgaatttgttact 43634891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 203 - 321
Target Start/End: Original strand, 29718956 - 29719074
Alignment:
Q  203 ttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaata 302  Q
    |||||||||||| |||| |   |||||||| || ||||| || | || |||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||  || ||||||  |||     
T  29718956 ttgaacttgtcatataccaacgttgatgataaatcactccatatcatatcaacgagttgttgtggccttttgcaattgttactggaaagttgtatgaatg 29719055  T
Q  303 tcacagagaagggagtgaa 321  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  29719056 tcacagagaatggagtgaa 29719074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 11 - 68
Target Start/End: Original strand, 19468340 - 19468397
Alignment:
Q  11 gatgaaaccatcaaaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttga 68  Q
    ||||||| ||||| ||| ||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  19468340 gatgaaaacatcataatgtttgcttccatttttcccaatttgcagctgcttgatttga 19468397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 82 - 270
Target Start/End: Original strand, 533 - 724
Alignment:
Q  82 catatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaac 178  Q
    |||||| || |||||||||||||||||| ||||   ||||||||||  |||||| ||||| |||||     ||| || |||||| |||||| || | |||    
T  533 catatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggctagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaac 632  T
Q  179 tttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggct 270  Q
    ||| || ||||  || | |||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||||| |||| |||| |||||||    
T  633 tttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacaagtgtcgatgatgaaacactctatatgatctcgaagaattgttgtgggct 724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 161 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 39285 - 39176
Alignment:
Q  161 aagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagtt 260  Q
    |||||||||||| |||||||||||||       || ||||||||||||||| ||  |||||   || |||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  39285 aagctacttggattgaactttgaaat-------ctcgaggtgttgaacttgacatttacaaaggttaatgatgaaacactttatgtgatctcaaagagtt 39193  T
Q  261 gtcgtgggcttttgcac 277  Q
    || ||||||||||||||    
T  39192 gtagtgggcttttgcac 39176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 184 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 88924 - 88822
Alignment:
Q  184 aattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgtta 283  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||   ||||  || || |||||| ||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| |    
T  88924 aattcacaaactggaggtattgaacttgtcaagaacaatcatagacgatgaagcactccatgtgatctcaaagaggtgtcatgggcttttgcaattgtaa 88825  T
Q  284 cta 286  Q
    |||    
T  88824 cta 88822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0807 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0807
Description:

Target: scaffold0807; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 97 - 262
Target Start/End: Original strand, 1388 - 1559
Alignment:
Q  97 tatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaa 193  Q
    ||||||| ||||||||||   ||||| |||||||||||| |||||||||||  |  ||| |   ||| | ||| ||| | ||||||||| | |||| ||     
T  1388 tatttgtcaagttttaaggagatgttataagattagacatttgaacttagcctggtgttcatctgtggacctatttgaaatgaactttgtagttcctaag 1487  T
Q  194 ctggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgat---gatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgt 262  Q
    || ||||||||| |||||||| |||||| | |||||   |||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  1488 ctagaggtgttggacttgtcaaatacaaatgttgatgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgt 1559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1858 times since January 2019
Visitors: 6150