View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0847_low_43 (Length: 342)

Name: NF0847_low_43
Description: NF0847
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0847_low_43
NF0847_low_43
[»] chr4 (31 HSPs)
chr4 (1-313)||(1548277-1548590)
chr4 (51-263)||(1552668-1552883)
chr4 (1-262)||(546897-547161)
chr4 (146-253)||(1524485-1524592)
chr4 (151-262)||(8187095-8187206)
chr4 (73-262)||(570335-570524)
chr4 (92-253)||(553472-553633)
chr4 (6-298)||(3438422-3438716)
chr4 (59-250)||(55908637-55908831)
chr4 (151-253)||(1513411-1513513)
chr4 (25-218)||(1600447-1600643)
chr4 (151-253)||(12121461-12121563)
chr4 (151-251)||(8184034-8184134)
chr4 (134-249)||(532186-532301)
chr4 (152-251)||(558493-558592)
chr4 (151-232)||(1519146-1519227)
chr4 (70-313)||(53761692-53761935)
chr4 (165-253)||(1508021-1508109)
chr4 (137-253)||(1537757-1537873)
chr4 (141-262)||(640899-641020)
chr4 (156-231)||(659726-659799)
chr4 (151-262)||(7307844-7307955)
chr4 (134-260)||(55505095-55505221)
chr4 (92-191)||(644885-644984)
chr4 (174-220)||(12116602-12116648)
chr4 (202-253)||(566182-566233)
chr4 (151-298)||(1489365-1489512)
chr4 (69-191)||(21834297-21834422)
chr4 (151-253)||(7225887-7225989)
chr4 (151-217)||(1545802-1545868)
chr4 (18-121)||(8186959-8187065)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (1-253)||(18315124-18315379)
chr8 (1-253)||(32151294-32151546)
chr8 (151-302)||(27922452-27922603)
chr8 (25-253)||(34936038-34936269)
chr8 (92-253)||(28246240-28246399)
chr8 (151-258)||(17636405-17636512)
chr8 (146-262)||(21235542-21235658)
chr8 (151-298)||(17628018-17628165)
chr8 (211-251)||(44736530-44736570)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (68-298)||(51113699-51113932)
chr3 (70-298)||(13470652-13470883)
chr3 (90-258)||(51120836-51121004)
chr3 (134-298)||(51764427-51764591)
chr3 (166-234)||(27005791-27005859)
chr3 (151-253)||(1657244-1657346)
chr3 (153-210)||(33714861-33714918)
chr3 (166-206)||(36811046-36811086)
[»] chr6 (27 HSPs)
chr6 (69-253)||(6432154-6432341)
chr6 (69-251)||(6402855-6403040)
chr6 (69-253)||(6394857-6395044)
chr6 (16-251)||(7119152-7119387)
chr6 (16-251)||(7131630-7131865)
chr6 (131-253)||(6409999-6410121)
chr6 (69-253)||(6415959-6416146)
chr6 (69-262)||(6426495-6426691)
chr6 (69-298)||(6585156-6585388)
chr6 (92-253)||(11936220-11936381)
chr6 (92-253)||(11948200-11948361)
chr6 (74-298)||(19632387-19632611)
chr6 (133-253)||(6423210-6423330)
chr6 (89-232)||(6589265-6589408)
chr6 (69-250)||(6594525-6594709)
chr6 (146-262)||(9411339-9411455)
chr6 (131-238)||(12102274-12102381)
chr6 (69-253)||(7994101-7994288)
chr6 (163-240)||(28935055-28935132)
chr6 (135-239)||(6596916-6597020)
chr6 (151-251)||(6603206-6603306)
chr6 (153-251)||(14802331-14802429)
chr6 (161-251)||(10579750-10579840)
chr6 (69-252)||(14820687-14820873)
chr6 (174-313)||(14818315-14818454)
chr6 (134-197)||(9410751-9410814)
chr6 (151-251)||(6586114-6586214)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (17-253)||(10614586-10614822)
chr7 (70-253)||(15092071-15092257)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (25-313)||(32267408-32267696)
chr5 (10-298)||(41889414-41889705)
chr5 (154-298)||(41901542-41901686)
chr5 (154-253)||(37937880-37937979)
chr5 (90-253)||(20478025-20478188)
chr5 (153-251)||(38267562-38267660)
chr5 (10-119)||(41901398-41901510)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (59-250)||(1037573-1037767)
chr2 (153-253)||(45245091-45245191)
chr2 (6-251)||(32785631-32785876)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (134-251)||(19468486-19468603)
chr1 (180-298)||(7554436-7554554)
chr1 (151-245)||(52082582-52082676)
chr1 (68-247)||(52092776-52092955)
chr1 (156-253)||(9586632-9586729)
chr1 (174-262)||(43634891-43634979)
chr1 (180-298)||(29718956-29719074)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (59-247)||(533-724)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (138-254)||(39176-39285)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (161-263)||(88822-88924)
[»] scaffold0807 (1 HSPs)
scaffold0807 (74-239)||(1388-1559)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 290; Significance: 1e-163; HSPs: 31)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 290; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 1 - 313
Target Start/End: Original strand, 1548277 - 1548590
Alignment:
Q  1 aaatattttcttcgattttccccgatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1548277 aaatattttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaa 1548376  T
Q  101 gattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctactt-ggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaag 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1548377 gattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctactttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaag 1548476  T
Q  200 tattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaac 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  1548477 tattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttgcacttgttacaaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaaa 1548576  T
Q  300 catatagaagaaaa 313  Q
    ||||||||||||||    
T  1548577 catatagaagaaaa 1548590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 51 - 263
Target Start/End: Original strand, 1552668 - 1552883
Alignment:
Q  51 tgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaa---aagtgaagctacttg 147  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||| |   ||| |||||||||||    
T  1552668 tgcactggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacatttgaacttagcccatagttttatagaagggaagctacttg 1552767  T
Q  148 gactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggct 247  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  1552768 gactgaactttgaaattcccaaactggaagtgttgaatttgtcacatacaaatattaatgatgaaacactcaatgtgatatcaaagaattgtcgtgggct 1552867  T
Q  248 tttgcacttgttacta 263  Q
    ||||||  ||||||||    
T  1552868 tttgcagctgttacta 1552883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 547161 - 546897
Alignment:
Q  1 aaatattttcttcgattttccccgatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttg 97  Q
    |||| ||| |||| || |||||| ||||||||||||||||||| | | ||||  ||  |||||| || ||  |||||||||| ||||||||   ||||||    
T  547161 aaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttg 547062  T
Q  98 taagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacataca 197  Q
    |||||| || || ||||||||| |   | |||||  |||||| ||| ||||| ||||||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||    
T  547061 taagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacgtaca 546962  T
Q  198 agtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttact 262  Q
    | | |  |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  546961 attgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttact 546897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 146 - 253
Target Start/End: Original strand, 1524485 - 1524592
Alignment:
Q  146 tggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtggg 245  Q
    |||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  1524485 tggaatgaactttgaagttcccaatttggaggtgttgaatttgtcacgtacaagtgttgatgatgaaacactctatatgatctcacagagttgtcgtggg 1524584  T
Q  246 cttttgca 253  Q
    ||||||||    
T  1524585 cttttgca 1524592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 151 - 262
Target Start/End: Original strand, 8187095 - 8187206
Alignment:
Q  151 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 250  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||  |||  || |||||||||||| ||||||||||    
T  8187095 tgaactttgaaatttccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgataaaacactttatgcaatttcaaagagttgttgtgggctttt 8187194  T
Q  251 gcacttgttact 262  Q
    ||| ||||||||    
T  8187195 gcagttgttact 8187206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 73 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 570524 - 570335
Alignment:
Q  73 gtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaact 172  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||   | | ||||||||| || | |||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  570524 gtatttgtcaagttttaagatgttgtaaacttaggcatttgaacttagctcactgctcaaaagtgaaactgcgtggattgaactttgaagttctcaaact 570425  T
Q  173 ggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttact 262  Q
     |||||||||||||||||| ||||| |  ||||| | |||  |||| || |||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  570424 cgaggtgttgaacttgtcatatacaggagttgataacgaagaactctatctgatttcaaagagttgtcgcgggcttttgcaactgttact 570335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 92 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 553633 - 553472
Alignment:
Q  92 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 191  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||| | ||  ||| || ||||||| ||| |  | |||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  553633 atgttgtaacattagacatttgaacttaacccgctgttcaagagtgaagttacgtacattgaactttaaagttctcaaactggaggtgttgaacttgtca 553534  T
Q  192 catacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 253  Q
      ||||||  ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||    
T  553533 tttacaagagttgatgatgaagcacttaatgtgatttcaaagagttgttctgggcttttgca 553472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 6 - 298
Target Start/End: Original strand, 3438422 - 3438716
Alignment:
Q  6 ttttcttcgattttccccgatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaaga 102  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| |||   | |||     |||||| ||||||||| ||  | ||||||||||   |||||||||||    
T  3438422 ttttcttctattttccccaatttgcagctgcttgatgtgagagaatgcgactacatatctgacgaaggtgttattcaagttttaaggagatgttgtaaga 3438521  T
Q  103 ttagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtat 202  Q
    ||||||| |||||||||||| || |||||  ||||||  |   || | ||||||||||  || | ||| ||||||| |||| |||||||||||||||  |    
T  3438522 ttagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgtgtgcaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtattgagcttgtcacatacaagagt 3438621  T
Q  203 tgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaa 298  Q
    ||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||  ||  |||||||  | |||||| ||||||||||||    
T  3438622 tgatgat-aaatactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaattttgtaaaggtgtcacagtgaagggagtgaa 3438716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 59 - 250
Target Start/End: Original strand, 55908637 - 55908831
Alignment:
Q  59 catatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaac 155  Q
    |||||| || |||||||||||||||||| ||||   |||||||||| ||||||| ||||| |||||     ||| || |||||| |||||| || | |||    
T  55908637 catatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaac 55908736  T
Q  156 tttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 250  Q
    ||| || ||||  || | |||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||    
T  55908737 tttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggctttt 55908831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 151 - 253
Target Start/End: Original strand, 1513411 - 1513513
Alignment:
Q  151 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 250  Q
    ||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||| | || ||||||||| ||||||||||||||||    
T  1513411 tgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatttacaaatgttgatgatgaaacactctacgtaatctcaaagtgttgtcgtgggctttt 1513510  T
Q  251 gca 253  Q
    |||    
T  1513511 gca 1513513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 25 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 1600643 - 1600447
Alignment:
Q  25 atttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagc 121  Q
    |||||||||||||||||||||  | ||||| |  |||||| || |||||||||||| ||||||||||   || || ||| |||||||| |||||||||||    
T  1600643 atttgcaactgcttgatttgagcagttgcattaacatatctgaagaaggtatttgtcaagttttaaggagattttctaaaattagacatttgaacttagc 1600544  T
Q  122 tcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactc 218  Q
     |   ||| || | ||||||| |  ||| ||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||| |||||    
T  1600543 ccagtgttcaataatgaagctgcgaggaatgaactttgaagttcttaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaagggttgacgatgaagcactc 1600447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 151 - 253
Target Start/End: Original strand, 12121461 - 12121563
Alignment:
Q  151 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 250  Q
    ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||   || ||||||||| |||| |||||||||||    
T  12121461 tgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaaacactctccgtaatctcaaagtgttgccgtgggctttt 12121560  T
Q  251 gca 253  Q
    |||    
T  12121561 gca 12121563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 151 - 251
Target Start/End: Original strand, 8184034 - 8184134
Alignment:
Q  151 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 250  Q
    ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  | ||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  8184034 tgaactttgaagttccgaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgatatagcactctatgcaatctcaaagagttgttgtgggctttt 8184133  T
Q  251 g 251  Q
    |    
T  8184134 g 8184134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 134 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 532301 - 532186
Alignment:
Q  134 agtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaag 233  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||| || |||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||  ||  |||||| |||||||    
T  532301 agtgaatctacttggaatgaactttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaacattgatgatgaaaagctttatgtgacctcaaag 532202  T
Q  234 agttgtcgtgggcttt 249  Q
    | |||||||| |||||    
T  532201 aattgtcgtgagcttt 532186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 152 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 558592 - 558493
Alignment:
Q  152 gaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 251  Q
    |||||||||| || |||| || | ||||||||||||||||   |||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  558592 gaactttgaagttgccaacctaggggtgttgaacttgtcattaacatatattgatgatgaagcactccatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 558493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 151 - 232
Target Start/End: Original strand, 1519146 - 1519227
Alignment:
Q  151 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaa 232  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||| |||||||||||||    
T  1519146 tgaactttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagggttgatgaataagcactctatgtgatctcaaa 1519227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 70 - 313
Target Start/End: Original strand, 53761692 - 53761935
Alignment:
Q  70 aaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcc 166  Q
    ||||||||||| ||||||||||   ||||||||| ||||| || |||||||||||     ||| || |||||||||| ||||| ||||||||| | ||||    
T  53761692 aaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttagccgagtgttcaagagtgaagctaattggaatgaactttgtagttcc 53761791  T
Q  167 caaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaa 266  Q
    ||| || |||| |||||||||||||  ||| |   || | ||| ||||||||  ||||||||| |||| ||||||||||||||||||  | ||||| |||    
T  53761792 caagctagaggcgttgaacttgtcatttacgaaagttaacgataaaacactc--tgtgatctcgaagaattgtcgtgggcttttgca-atattactgaaa 53761888  T
Q  267 cgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaa 313  Q
    | |||| | ||| |||| || ||||||||||| ||| | ||||||||    
T  53761889 cattgtgataatgtcacggacaagggagtgaaacatgtggaagaaaa 53761935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 165 - 253
Target Start/End: Original strand, 1508021 - 1508109
Alignment:
Q  165 cccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 253  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||   ||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1508021 cccaaactagaagtgttgaacttgtcacataccaatgttgatgatgaaacactgtgtgtaatctcaaagtgttgtcgtgggcttttgca 1508109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 137 - 253
Target Start/End: Original strand, 1537757 - 1537873
Alignment:
Q  137 gaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagt 236  Q
    |||||| | |||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||||| | || ||||  |||||||   ||| ||||||||| ||    
T  1537757 gaagctgcatggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttaatgacaaaacactgtgtgtaatctcaaagtgt 1537856  T
Q  237 tgtcgtgggcttttgca 253  Q
    |||||||||||||||||    
T  1537857 tgtcgtgggcttttgca 1537873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 141 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 641020 - 640899
Alignment:
Q  141 ctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtc 240  Q
    ||||||||| |||| |||||| | || | | |||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||| |    
T  641020 ctacttggaatgaaatttgaactaccaatattggaggtgttgaacttgtcagatacaaacgttgatgatgaaacactctacgtgacctcaaagaattgcc 640921  T
Q  241 gtgggcttttgcacttgttact 262  Q
    |||| ||||||||  |||||||    
T  640920 gtggtcttttgcatctgttact 640899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 156 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 659799 - 659726
Alignment:
Q  156 tttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaa 231  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||  ||||||||||||    
T  659799 tttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagtgttaataatgaaacact--atgtgatctcaa 659726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 151 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 7307955 - 7307844
Alignment:
Q  151 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 250  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||    ||||||||||| ||||   | ||||||||||||||||| || |||||||    
T  7307955 tgaactttaaagttcccaaattggaggtattgaacttgtcatatacagaagttgatgatgaagcactacgtatgatctcaaagagttgttgtaggctttt 7307856  T
Q  251 gcacttgttact 262  Q
    |||| |||||||    
T  7307855 gcacctgttact 7307844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 134 - 260
Target Start/End: Original strand, 55505095 - 55505221
Alignment:
Q  134 agtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaag 233  Q
    |||||| ||| ||||| ||||||||  | | ||| |||| |||||||||||||||||| ||||||   |||| |||| ||||||  |||||| |||||||    
T  55505095 agtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccaactagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaag 55505194  T
Q  234 agttgtcgtgggcttttgcacttgtta 260  Q
    | ||||||||| |||||||| ||||||    
T  55505195 aattgtcgtggacttttgcatttgtta 55505221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 92 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 644984 - 644885
Alignment:
Q  92 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 191  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||  ||| || | |||||||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  644984 atgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacttacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttagacttgtca 644885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 174 - 220
Target Start/End: Original strand, 12116602 - 12116648
Alignment:
Q  174 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaa 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  12116602 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtgttgatgatgaatcactcaa 12116648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 202 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 566233 - 566182
Alignment:
Q  202 ttgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 253  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  566233 ttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagtactgtcgtgggcttttgca 566182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 151 - 298
Target Start/End: Original strand, 1489365 - 1489512
Alignment:
Q  151 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 250  Q
    ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||||| | || |  | ||||||||   ||| ||||||| | |||| |||||||||||    
T  1489365 tgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttaacaacgaaacactgtgtgtaatctcaatgtgttgccgtgggctttt 1489464  T
Q  251 gcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaa 298  Q
    |||  | |||||  || | |||   ||| |||||||||||||||||||    
T  1489465 gcaactcttactggaagggtgttttaatgtcacagagaagggagtgaa 1489512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 69 - 191
Target Start/End: Original strand, 21834297 - 21834422
Alignment:
Q  69 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 165  Q
    ||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||  || ||||||||| |  || |||  ||||||||||||| | |  | ||||||| | |||    
T  21834297 gaaggtatttgcgaagttttaaggaaatgttgtaagattaagcatttgaacttatcaggttgttataaagtgaagctacatagtatcaactttgtagttc 21834396  T
Q  166 ccaaactggaggtgttgaacttgtca 191  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||    
T  21834397 ccaagctggaggtgttggacttgtca 21834422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 151 - 253
Target Start/End: Original strand, 7225887 - 7225989
Alignment:
Q  151 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 250  Q
    ||||||||||| ||| | || ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  ||  |||   |||||| |||||||||||| |||| |||||    
T  7225887 tgaactttgaagttctcgaattggaggtcttgaacttgtcacatacaagagttgatgacaaaggacttcgtgtgatatcaaagagttgttgtggactttt 7225986  T
Q  251 gca 253  Q
    |||    
T  7225987 gca 7225989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 151 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 1545868 - 1545802
Alignment:
Q  151 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacact 217  Q
    |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    ||||||  ||||||||||||||||    
T  1545868 tgaactttaaagttcctaaactggaggtgttgaacttgttgtttacaagagttgatgatgaaacact 1545802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 18 - 121
Target Start/End: Original strand, 8186959 - 8187065
Alignment:
Q  18 ttccccgatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagtttt---aagatgttgtaagattagacagttga 114  Q
    |||||| |||||||  |||||||||||| | |||||  || |||||| || |||||||||||| |||||||    ||||||||| |||||||  | ||||    
T  8186959 ttccccaatttgcagttgcttgatttgagtcattgctatgacatatctgaagaaggtatttgtcaagttttgaagagatgttgtgagattagggatttga 8187058  T
Q  115 acttagc 121  Q
    |||||||    
T  8187059 acttagc 8187065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 106; Significance: 5e-53; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 253
Target Start/End: Original strand, 18315124 - 18315379
Alignment:
Q  1 aaatattttcttcgattttccccgatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgta- 99  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   | |||  |  |||| | || |||||||||||| |||||||| || |||||      
T  18315124 aaatattttcttccattttccccaatttgcagttgcttgatttgagctactgcgataacatacctgaagaaggtatttgtcaagttttacgaagttgttc 18315223  T
Q  100 --agattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacataca 197  Q
      ||||||||||||||||||||||||||  || || | ||||||||| |||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18315224 tgagattagacagttgaacttagctcgtgattcaagaatgaagctacgtggaatgaactttaaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacataca 18315323  T
Q  198 agtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 253  Q
    |   ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18315324 aaagttgatgatgaagcactctatgtgatctcaaagagttgtcgtaggcttttgca 18315379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 32151546 - 32151294
Alignment:
Q  1 aaatattttcttcgattttccccgatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaa 100  Q
    |||| ||| |||| ||||||||  |||||||||||||||||||||    ||||  |  |||||| || ||||| |||||| ||||||||||||| | | |    
T  32151546 aaatgtttgcttccattttccctaatttgcaactgcttgatttgaggtgttgccataacatatctgaagaaggaatttgtcaagttttaagatgctctga 32151447  T
Q  101 gattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagt 200  Q
    |||||| || ||||| ||  |  |  ||||| | |||||||| | |||| ||||||| ||| || |||| ||||||||||| |||||||||  ||||||     
T  32151446 gattaggcatttgaatttcaccggctgtttacatgtgaagctgcgtggaatgaacttcgaagtttccaatctggaggtgttaaacttgtcatgtacaagg 32151347  T
Q  201 attgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 253  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  32151346 tttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgtagtgggcttttgca 32151294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 151 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 27922603 - 27922452
Alignment:
Q  151 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 250  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27922603 tgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgggctttt 27922504  T
Q  251 gcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaaccat 302  Q
    | | |||| |||  ||  ||||||  || ||||| |||||||||||||||||    
T  27922503 gaaattgtcacttgaaaattgtaatgatttcacaaagaagggagtgaaccat 27922452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 25 - 253
Target Start/End: Original strand, 34936038 - 34936269
Alignment:
Q  25 atttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagc 121  Q
    ||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||  |  ||||||||| | | ||||||||   ||||||| | |||||||| ||| |||| ||    
T  34936038 atttgcatctgcttgatttgagcgattgcagtggcatatctaatcaaggtatttatcatgttttaaggagatgttgtgacattagacatttgtacttggc 34936137  T
Q  122 tcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaat 221  Q
       | ||| ||||||||| || |   || ||| ||||||  |||| ||||| ||||||||| |||||||| |||||||  |||||||| |||||||| ||    
T  34936138 cgattgttcaaaagtgaaccttcacagaatgatctttgatgttccaaaactagaggtgttggacttgtcatatacaagagttgatgataaaacactctat 34936237  T
Q  222 gtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 253  Q
    |  ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  34936238 gccatcgcaaagagttgtcgtgggcttttgca 34936269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 92 - 253
Target Start/End: Original strand, 28246240 - 28246399
Alignment:
Q  92 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 191  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||| ||| || | ||||||||| |  | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28246240 atgttgtaacattagacatttgaatttaactcgttgttcaagactgaagctacatacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtca 28246339  T
Q  192 catacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 253  Q
      ||||||  ||||  || || ||||| ||  |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  28246340 tttacaagagttga--ataaatcactctattggatctcaaagagttgtagcgggcttttgca 28246399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 151 - 258
Target Start/End: Original strand, 17636405 - 17636512
Alignment:
Q  151 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 250  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |  |||| |||||| || |  ||||||||||||||||||||| | | |||||    
T  17636405 tgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcacaaacaggagttgacgatgaagcattgtatgtgatctcaaagagttgtcttagactttt 17636504  T
Q  251 gcacttgt 258  Q
    ||| ||||    
T  17636505 gcaattgt 17636512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 146 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 21235658 - 21235542
Alignment:
Q  146 tggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtggg 245  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  ||||| | |||  |||| || |||| |||||||| |||||  ||    
T  21235658 tggagtgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaggagttgataacgaagaactctatttgatttcaaagagctgtcgcagg 21235559  T
Q  246 cttttgcacttgttact 262  Q
    ||||||||  |||||||    
T  21235558 cttttgcaactgttact 21235542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 151 - 298
Target Start/End: Original strand, 17628018 - 17628165
Alignment:
Q  151 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 250  Q
    |||||||| || || | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||| || |||||  |||||||||||||| ||||  |||||| ||    
T  17628018 tgaactttaaactttctaaattggaggtgttgaacttgtcacatactagagttgatgataaagcactccgtgtgatctcaaagaattgttttgggctctt 17628117  T
Q  251 gcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaa 298  Q
    | |  | |||||| ||  |||||||  | ||||||| |||||||||||    
T  17628118 gaaactattactagaattttgtaaaggtgtcacagacaagggagtgaa 17628165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 211 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 44736570 - 44736530
Alignment:
Q  211 aaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 251  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  44736570 aaacactcattgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttg 44736530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 68 - 298
Target Start/End: Original strand, 51113699 - 51113932
Alignment:
Q  68 cgaaggtatttgtgaagttttaa---gatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaatt 164  Q
    ||||||||||||| |||||||||   |||||||||| ||||| || ||||| ||||||    ||| |||| |||||||||||||| |||||||||||  |    
T  51113699 cgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagct 51113798  T
Q  165 cccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaa 264  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| ||||||   ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||| |    
T  51113799 cccaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactga 51113898  T
Q  265 aacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaa 298  Q
    ||  |||| |  || |||||||||||||||||||    
T  51113899 aaaattgttaccatgtcacagagaagggagtgaa 51113932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 70 - 298
Target Start/End: Original strand, 13470652 - 13470883
Alignment:
Q  70 aaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcc 166  Q
    ||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||| || |||||||||||   | ||  ||||||||||||||||||| |||||||||   ||||    
T  13470652 aaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcc 13470751  T
Q  167 caaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaa 266  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||   || ||||| |||||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||  | |||||  ||    
T  13470752 caatctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactattacttgaa 13470851  T
Q  267 cgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaa 298  Q
    | |||| | ||| |||||||  ||||||||||    
T  13470852 ctttgtcataatgtcacagaagagggagtgaa 13470883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 90 - 258
Target Start/End: Original strand, 51120836 - 51121004
Alignment:
Q  90 agatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgt 189  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||  |  || ||| || |||||| || | |||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  51120836 agatgttgtaacattagacacttgaacttcaccggttgttcaagagtgaaactgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgt 51120935  T
Q  190 cacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgt 258  Q
    | ||||||||  |||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  51120936 cgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgt 51121004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 134 - 298
Target Start/End: Original strand, 51764427 - 51764591
Alignment:
Q  134 agtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaag 233  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| | |||| || |||||||||||  ||||||||  |||||   |||||||| |||||||| ||| ||||||||||    
T  51764427 agtgaagctacttggaatgaactttgcagttccgaagctggaggtgttagacttgtcatttacaaaagttgatgataaaacactctatgcgatctcaaag 51764526  T
Q  234 agttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaa 298  Q
    | |||| | |||||||||||  | |||||  ||| |||| | ||| |||  ||||||||||||||    
T  51764527 aattgttgcgggcttttgcaactattactggaacattgtgataatgtcaaggagaagggagtgaa 51764591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 166 - 234
Target Start/End: Original strand, 27005791 - 27005859
Alignment:
Q  166 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaaga 234  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||  |||| ||||||||||    
T  27005791 ccaaactggaggtcttgaacttgtcacatacaagaattgataatacaacactttatgtaatctcaaaga 27005859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 151 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 1657346 - 1657244
Alignment:
Q  151 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 250  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||  ||||  ||  | ||||| ||  |||||||||||||||  | ||||||||    
T  1657346 tgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttgacaatatatcactctattggatctcaaagagttgcagcgggctttt 1657247  T
Q  251 gca 253  Q
    |||    
T  1657246 gca 1657244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 153 - 210
Target Start/End: Original strand, 33714861 - 33714918
Alignment:
Q  153 aactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatg 210  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |  |||| ||||||||||    
T  33714861 aactttgaagtttccaaactggaggtgctgaacttgtcaaactcaagaattgatgatg 33714918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 166 - 206
Target Start/End: Original strand, 36811046 - 36811086
Alignment:
Q  166 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgat 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||    
T  36811046 ccaaactggaggtgttgaacttgtcccattcaagaattgat 36811086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 27)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 69 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 6432341 - 6432154
Alignment:
Q  69 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 165  Q
    |||||||||||| ||||||||||   |||||||||  ||| ||| |||||||||||   | || ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||    
T  6432341 gaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttc 6432242  T
Q  166 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 253  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||  ||||||||| ||||| |||| |||||||| ||||    
T  6432241 ccaagctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaacactttatgtgatcttaaagaattgttgtgggcttctgca 6432154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 69 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 6403040 - 6402855
Alignment:
Q  69 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 165  Q
    |||||||||||| ||||||||||   ||||||||| ||||| || ||||||||| || |  ||| || |||||||||||||||| | ||||||| | |||    
T  6403040 gaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttaactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttgcagttc 6402941  T
Q  166 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 251  Q
    || |||| || ||||||||||||||| |||| |   ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  6402940 cccaactagaagtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgtagtgggcttttg 6402855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 69 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 6395044 - 6394857
Alignment:
Q  69 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 165  Q
    |||||||||||| |||||||||    |||||||||| ||| ||| ||||||||||||    ||| ||||||||| |||| |||| ||||||||| | |||    
T  6395044 gaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 6394945  T
Q  166 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 253  Q
    || | ||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||   |||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  6394944 ccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttctgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttgca 6394857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 16 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 7119387 - 7119152
Alignment:
Q  16 ttttccccgatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagtt 112  Q
    |||||||| |||| ||||| |||||||||| || ||||| |  |||||| ||   |||||||||| ||||||||||   ||||| |||||||| ||| ||    
T  7119387 ttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatctga---aggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacattt 7119291  T
Q  113 gaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaa 212  Q
    ||||||||| |   ||| || |||||||||||||||| |||||||||   ||| | | ||||||||||||||||||||| |||| |   |||||||||||    
T  7119290 gaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcaccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaa 7119191  T
Q  213 acactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 251  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||| | |||||||||    
T  7119190 acactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttg 7119152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 16 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 7131865 - 7131630
Alignment:
Q  16 ttttccccgatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagtt 112  Q
    |||||||| |||| ||||| |||||||||| || ||||| |  |||||| ||   |||||||||| ||||||||||   ||||| |||||||| ||| ||    
T  7131865 ttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatctga---aggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacattt 7131769  T
Q  113 gaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaa 212  Q
    ||||||||| |   ||| || |||||||||||||||| |||||||||   ||| | | ||||||||||||||||||||| |||| |   |||||||||||    
T  7131768 gaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcgccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaa 7131669  T
Q  213 acactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 251  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||| | |||||||||    
T  7131668 acactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttg 7131630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 131 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 6410121 - 6409999
Alignment:
Q  131 aaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctca 230  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||||| ||  |||||||||||    
T  6410121 aaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaactagtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttatgtgatctca 6410022  T
Q  231 aagagttgtcgtgggcttttgca 253  Q
    |||| |||| || ||||||||||    
T  6410021 aagaattgttgtcggcttttgca 6409999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 69 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 6416146 - 6415959
Alignment:
Q  69 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 165  Q
    |||||||||||| |||||||||    ||||||||||||| | || |||||||||||   | ||  |||||||||||||| |||| || |||||| | |||    
T  6416146 gaaggtatttgtcaagttttaaagatatgttgtaagattgggcatttgaacttagccttttgtaaaaaagtgaagctacatggaatggactttgtagttc 6416047  T
Q  166 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 253  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||   || ||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||| | |||||||||||    
T  6416046 ccaacctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaactctctatgtgatctcaaagaattgtagcgggcttttgca 6415959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 69 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 6426691 - 6426495
Alignment:
Q  69 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 165  Q
    |||||||||||||||||||||||   |||||||||| ||| ||| ||||||||||||    ||| ||| ||||| |||| |||| ||||||||| | |||    
T  6426691 gaaggtatttgtgaagttttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaacgtgaaactacatggaatgaactttgcagttc 6426592  T
Q  166 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttact 262  Q
    || | |||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||  |  ||| ||||||||||| |||| || || ||||||| || |||||    
T  6426591 ccgagctggaggtgttgaatttgtcaaacacaagcattgatgatgaaactttttatgcgatctcaaagaattgttgtcggattttgcaattattact 6426495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 69 - 298
Target Start/End: Original strand, 6585156 - 6585388
Alignment:
Q  69 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 165  Q
    |||||||||||| | ||||||||   ||||| ||| ||||| || ||||||||  || |  ||| || |||||||||||||||| | ||||||  | ||     
T  6585156 gaaggtatttgtcatgttttaaggagatgttttaatattaggcatttgaactttactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttttagtta 6585255  T
Q  166 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaa 265  Q
    || |  ||||||| |||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  || ||||||| |  | ||||| ||    
T  6585256 cccagttggaggtattgaacttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttctgcgcttttggaactattactgaa 6585355  T
Q  266 acgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaa 298  Q
    | ||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  6585356 aggttgtgaaaatgtcacagagaagggactgaa 6585388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 92 - 253
Target Start/End: Original strand, 11936220 - 11936381
Alignment:
Q  92 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 191  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||  ||| || | ||||||||| |  | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11936220 atgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtca 11936319  T
Q  192 catacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 253  Q
      ||||||  |||| ||| || ||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11936320 tttacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggcttttgca 11936381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 92 - 253
Target Start/End: Original strand, 11948200 - 11948361
Alignment:
Q  92 atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtca 191  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||  ||| || | ||||||||| |  | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11948200 atgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtca 11948299  T
Q  192 catacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 253  Q
      ||||||  |||| ||| || ||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11948300 tttacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggcttttgca 11948361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 74 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 19632611 - 19632387
Alignment:
Q  74 tatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactg 173  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |  || ||||||||| ||||  ||| || ||| || ||||||||| | ||||||  | ||||||| ||     
T  19632611 tatttgtcaagttttaagatgttgtaagataacgcatttgaacttaactcgatgttcaatagttaacctacttggaataaactttctagttcccaagcta 19632512  T
Q  174 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgta 273  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||   ||||||||||   |||   |||||||||||||| |||| |||||||||||||  | ||||| |||  ||||     
T  19632511 gaggtgttggacttgtcgtatacaaaggttgatgatgagcaactttttgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactcttactgaaaaattgtg 19632412  T
Q  274 aaaatatcacagagaagggagtgaa 298  Q
      |||||||||||||||||||||||    
T  19632411 ctaatatcacagagaagggagtgaa 19632387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 133 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 6423330 - 6423210
Alignment:
Q  133 aagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaa 232  Q
    |||||||||||| || | |||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  ||   ||| |||||||| ||| |||||||||    
T  6423330 aagtgaagctacgtgcaatgaacttttaagttcccaagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagagttagcgataaaacactctatgcgatctcaaa 6423231  T
Q  233 gagttgtcgtgggcttttgca 253  Q
    ||||||| ||||| |||||||    
T  6423230 gagttgttgtgggattttgca 6423210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 89 - 232
Target Start/End: Original strand, 6589265 - 6589408
Alignment:
Q  89 aagatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttg 188  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||     ||   |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||    
T  6589265 aagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgctggaggtgttgaacttg 6589364  T
Q  189 tcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaa 232  Q
    ||| |||||| | || ||||| |||||||  || ||||||||||    
T  6589365 tcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaa 6589408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 69 - 250
Target Start/End: Original strand, 6594525 - 6594709
Alignment:
Q  69 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 165  Q
    |||||||||||| ||||||||||   ||||| |||||||| ||| ||| ||||| |  |  ||| || ||||||||||| |||| | ||||||  | |||    
T  6594525 gaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttataagattacacatttgtacttatccgggtgttcaagagtgaagctacatggaataaactttttagttc 6594624  T
Q  166 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 250  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||    |||||||||| |||||   |||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  6594625 ccaaactggaggtgttgtacttgtcaaatacagaggttgatgatgagacactacgtgtgatctcaaagaattgttgtgggctttt 6594709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 146 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 9411455 - 9411339
Alignment:
Q  146 tggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtggg 245  Q
    |||| ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || ||   ||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||||     
T  9411455 tggattgaactttgaggttcccaagctggaggtgttgaacttgtcatatacaggtgttttcgatgaaatactctatgagatctcaaagaattgtcgtgga 9411356  T
Q  246 cttttgcacttgttact 262  Q
    ||||||||  |||||||    
T  9411355 cttttgcaactgttact 9411339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 131 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 12102381 - 12102274
Alignment:
Q  131 aaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctca 230  Q
    ||||||||| || | |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| | |||  |||| || |||| |||    
T  12102381 aaaagtgaaactgcatggattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacatgagttgataacgaagaactctatctgatttca 12102282  T
Q  231 aagagttg 238  Q
    ||||||||    
T  12102281 aagagttg 12102274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 69 - 253
Target Start/End: Original strand, 7994101 - 7994288
Alignment:
Q  69 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 165  Q
    |||||||||||| | ||||||||   |||||||||||| || || |||||| ||||   | ||  || |||||||||||| ||| ||||||||| | |||    
T  7994101 gaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttc 7994200  T
Q  166 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 253  Q
    | || || |||||||||||| ||||| |||||||  || |||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||    
T  7994201 cgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatgacgaaacactatatgtgatctcaaagaattgttctggacttttgca 7994288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 163 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 28935132 - 28935055
Alignment:
Q  163 ttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtc 240  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| |||||| |||||| |||||||||||||    
T  28935132 ttccccaactcgaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgacgatgaagcactcagtgtgatttcaaagagttgtc 28935055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 135 - 239
Target Start/End: Original strand, 6596916 - 6597020
Alignment:
Q  135 gtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaaga 234  Q
    ||||||| ||||| | | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||| | |  ||||||||||    
T  6596916 gtgaagcgacttgaaataaactttgaaattccccagctggaggtgttgaacttgtcaagtacaaatgttgatgatgaaacactctacgctatctcaaaga 6597015  T
Q  235 gttgt 239  Q
     ||||    
T  6597016 attgt 6597020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 151 - 251
Target Start/End: Original strand, 6603206 - 6603306
Alignment:
Q  151 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 250  Q
    ||||||||| | ||||||| ||  |||||||| ||||| || ||||| || |||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  6603206 tgaactttgtacttcccaagctacaggtgttggacttggcagatacaggtgttgatgatgaaacagtctatgcgatctcaaagagttgtcctgggctttt 6603305  T
Q  251 g 251  Q
    |    
T  6603306 g 6603306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 153 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 14802429 - 14802331
Alignment:
Q  153 aactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 251  Q
    ||||||||| |||||||  |||| |||||||| |||||| ||||||   ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||| |||| ||||||    
T  14802429 aactttgaagttcccaagatggaagtgttgaatttgtcaaatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatttcaaagaattgttgtggtcttttg 14802331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 161 - 251
Target Start/End: Original strand, 10579750 - 10579840
Alignment:
Q  161 aattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 251  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||| |||||||| ||  ||||||||||| |||| || ||||||||    
T  10579750 aattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgataaaacactctattcgatctcaaagaattgttgtcggcttttg 10579840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 69 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 14820873 - 14820687
Alignment:
Q  69 gaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattc 165  Q
    |||||||||||| ||| ||||||   |||||||||| ||| ||| ||||||||||    | ||| |  |||||| |||| |||| | ||||||| | |||    
T  14820873 gaaggtatttgtcaaggtttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagaattttgttcaggagtgaaactacatggaattaactttgcagttc 14820774  T
Q  166 ccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgc 252  Q
    ||||  | |||||||||||||| ||| ||||||   ||||| ||||||||||  || ||||||| |||| |||| ||||||||||||    
T  14820773 ccaagttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttgtgggcttttgc 14820687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 174 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 14818454 - 14818315
Alignment:
Q  174 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgta 273  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||   ||||| ||||||||||  || ||||||| |||| ||||  |||||||||||  || |||||  ||  |||||    
T  14818454 gaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttctgggcttttgcgattattacttgaaaattgta 14818355  T
Q  274 aaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaa 313  Q
    | ||| ||||||||||||| ||||| ||| ||| ||||||    
T  14818354 ataatgtcacagagaagggtgtgaaacatgtagtagaaaa 14818315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 134 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 9410814 - 9410751
Alignment:
Q  134 agtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacataca 197  Q
    ||||||| || ||||| |||||||||||  ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||    
T  9410814 agtgaagttaattggattgaactttgaagctcccaagttggaggtgttgaatttgtcacataca 9410751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 151 - 251
Target Start/End: Original strand, 6586114 - 6586214
Alignment:
Q  151 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 250  Q
    ||||||||| | ||||||| || ||||||||| | |||||| | |||  | || ||||||||||||||  || ||||||||||| ||||| | |||||||    
T  6586114 tgaactttgtacttcccaagctagaggtgttggatttgtcaaaaacagatgttcatgatgaaacactctgtgcgatctcaaagatttgtcctaggctttt 6586213  T
Q  251 g 251  Q
    |    
T  6586214 g 6586214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 68; Significance: 2e-30; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 17 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 10614822 - 10614586
Alignment:
Q  17 tttccccgatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttg 113  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||| |  | |||   | |||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||| || |||    
T  10614822 tttccccaatttgcaactgcttgatttgaatcgttgcaatctcttat---atgaaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttg 10614726  T
Q  114 aacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaa 213  Q
    ||||||||   | ||  ||||||||||||||||||| ||||| |||   ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |   || ||||| |||    
T  10614725 aacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaacgttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatacgaaggttaatgataaaa 10614626  T
Q  214 cactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 253  Q
    ||||| |||||||||| ||||  ||| |||||||||||||    
T  10614625 cactctatgtgatctcgaagaactgtagtgggcttttgca 10614586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 70 - 253
Target Start/End: Original strand, 15092071 - 15092257
Alignment:
Q  70 aaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcc 166  Q
    ||||||||| | ||||||||||   ||||| |||| ||| ||| ||||||||| || |  ||||||  ||||| |||| |||| ||||||||| | ||||    
T  15092071 aaggtatttctcaagttttaaggaaatgttataagcttaaacatttgaacttaactggatgtttaagtgtgaaactacatggaatgaactttgcagttcc 15092170  T
Q  167 caaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 253  Q
    | | |||||||||||||| |||||| | ||||   || ||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  15092171 cgagctggaggtgttgaatttgtcagaaacaaaggttaatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgca 15092257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 68; Significance: 2e-30; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 25 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 32267696 - 32267408
Alignment:
Q  25 atttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagc 121  Q
    ||||||| |||||||||||||  |||||  || ||||||| || ||||||||   | || |||||||   ||||||||| |||||||| ||||||||| |    
T  32267696 atttgcagctgcttgatttgagcaattgttgtcgcatatctgaagaaggtatcgttcaatttttaaggatatgttgtaacattagacatttgaacttatc 32267597  T
Q  122 tcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaat 221  Q
     |   ||| || |||||| |||   | | ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||   ||||||||||| ||||  ||    
T  32267596 ccagtgttcaacagtgaaacta---gaaatgaactttgaagttcccaaattggaggtattgaacttgtcacaaacaatagttgatgatgaagcactttat 32267500  T
Q  222 gtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaaccatatagaagaaaa 313  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| ||| |||  ||||||  |||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||    
T  32267499 atgatctcaaagagttgttgtgggcttttgaaattgtcacttaaaaattgtaatgatatcacaaagaagggagtgaagcatgtagtagaaaa 32267408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 10 - 298
Target Start/End: Original strand, 41889414 - 41889705
Alignment:
Q  10 cttcgattttccccgatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattag 106  Q
    |||| ||||||||  ||||||| || ||||||||||  |||||  || ||||||  || |||||||||  | ||||||||||   ||||||||| |||||    
T  41889414 cttccattttccctaatttgcagctacttgatttgagcaattgttgtcgcatatttgatgaaggtattactcaagttttaaggatatgttgtaacattag 41889513  T
Q  107 acagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgat 206  Q
    | | ||||||||| |  |  ||| || |||||||||||||| | |||||||| || |||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||   |||||    
T  41889514 atatttgaacttatccggatgttcaatagtgaagctacttgaaatgaactttaaagttcccaaattggaggtgttgaacttatcatatacaaaagttgat 41889613  T
Q  207 gatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaa 298  Q
    |||||||||||  ||  |||||||||||||||| | ||||||| | | |||||||| |||  |||| |  || ||||| |||||||||||||    
T  41889614 gatgaaacactttataagatctcaaagagttgttgcgggctttcgaaattgttacttaaaaattgttatgatgtcacaaagaagggagtgaa 41889705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 154 - 298
Target Start/End: Original strand, 41901542 - 41901686
Alignment:
Q  154 actttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 253  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||| |||| |||||| |    
T  41901542 actttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtggacttttgaa 41901641  T
Q  254 cttgttactaaaacgttgtaaaaatatcacagagaagggagtgaa 298  Q
     |||| |||  ||  ||||||  || ||||| |||||||||||||    
T  41901642 attgtcacttcaagattgtaatgatgtcacaaagaagggagtgaa 41901686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 154 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 37937979 - 37937880
Alignment:
Q  154 actttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 253  Q
    |||||||| ||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||  |||||||||||||||||    
T  37937979 actttgaagttcccaaccttgaggtgttggacttgacacatacaagaattgatgatcaaacactctatgtaatctcaaagatgtgtcgtgggcttttgca 37937880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 90 - 253
Target Start/End: Original strand, 20478025 - 20478188
Alignment:
Q  90 agatgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgt 189  Q
    |||||||||||| | || || |||||||||||| |  ||  || || ||||||||||||| | ||| ||| ||||||| | |||||||||||||||||||    
T  20478025 agatgttgtaagttaaggcatttgaacttagctggatgtcgaagagcgaagctacttggaataaacgttgtaattccccagctggaggtgttgaacttgt 20478124  T
Q  190 cacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 253  Q
    || |||||| | ||||||| |||||| |   ||||||||||| || |||| |||||||||||||    
T  20478125 catatacaaatgttgatgacgaaacattatctgtgatctcaaggaattgttgtgggcttttgca 20478188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 153 - 251
Target Start/End: Original strand, 38267562 - 38267660
Alignment:
Q  153 aactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 251  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||||| |||||| |||| ||||||||||  || ||||||||||||    
T  38267562 aactttgaagttcccaaccttgaggtgttggacttgacacatacaagagttgatgatgacacactctatgtaatctcaaagacgtgccgtgggcttttg 38267660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 10 - 119
Target Start/End: Original strand, 41901398 - 41901510
Alignment:
Q  10 cttcgattttccccgatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattag 106  Q
    |||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||  |||||  || ||||||  || |||||||||  | ||||||||||    |||||||| |||||    
T  41901398 cttccattttccccaatttgcagctgcttgatttgagcaattgttgtcgcatatttgaagaaggtattgttcaagttttaaggatgtgttgtaacattag 41901497  T
Q  107 acagttgaactta 119  Q
    ||| |||||||||    
T  41901498 acatttgaactta 41901510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 62; Significance: 9e-27; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 59 - 250
Target Start/End: Original strand, 1037573 - 1037767
Alignment:
Q  59 catatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagc-tcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaa 154  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||| ||||| ||||| |  || || || |||||| |||||| || | ||    
T  1037573 catatctgaagaaggtatttgtgaagttttaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctacta-ttcaagagtgaaactacttagaataaa 1037671  T
Q  155 ctttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggctttt 250  Q
    |||| || ||||  || | |||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||    
T  1037672 ctttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggctttt 1037767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 153 - 253
Target Start/End: Original strand, 45245091 - 45245191
Alignment:
Q  153 aactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgc 252  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||| | ||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45245091 aactttgaagttccaaaacttgaggtgttgaatttgtcagagacaatggttgatgatgaaacactccatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgc 45245190  T
Q  253 a 253  Q
    |    
T  45245191 a 45245191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 6 - 251
Target Start/End: Original strand, 32785631 - 32785876
Alignment:
Q  6 ttttcttcgattttccccgatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaagatta 105  Q
    |||||||| |||||  || |||||||||| ||||||||||   |||||  |  |||||| || |||||||||||| || |||||||||||| ||||||||    
T  32785631 ttttcttctattttttccaatttgcaactacttgatttgagctattgctataacatatctgaagaaggtatttgtcaatttttaagatgttctaagatta 32785730  T
Q  106 gacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattga 205  Q
    |||| ||||| || |  |    || || | |  |||  | | || |||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32785731 gacatttgaatttggaccacttttcaagaatcgagcaccgtcgaatgaactttaaagctcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagaattga 32785830  T
Q  206 tgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttg 251  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||||  |||| || ||||||||||    
T  32785831 tgatgaagcactttatgtgatctcaataagttttcatgggcttttg 32785876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 54; Significance: 6e-22; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 134 - 251
Target Start/End: Original strand, 19468486 - 19468603
Alignment:
Q  134 agtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaag 233  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| | ||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||   ||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  19468486 agtgaatctacttggagtgaactttgtagttcccaagctggaggtgttgaagttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactttatgtgatctcaaag 19468585  T
Q  234 agttgtcgtgggcttttg 251  Q
    |  ||| |||| ||||||    
T  19468586 aactgttgtggacttttg 19468603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 180 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 7554554 - 7554436
Alignment:
Q  180 ttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaata 279  Q
    |||||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||| ||||| ||  ||||||| ||| | ||| | |||     
T  7554554 ttgaacttatcatatacaagtgttgatgatgaagcactctatatgatctcaaagagttgtggtggacttttacaactgttactgaaaggatgtgataatg 7554455  T
Q  280 tcacagagaagggagtgaa 298  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  7554454 tcacagaaaagggagtgaa 7554436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 151 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 52082676 - 52082582
Alignment:
Q  151 tgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtggg 245  Q
    |||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||| | ||||  ||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||    
T  52082676 tgaactttcaagtttccaaattggaggtgttgaacttgtcaaagacaaaaattgatgatgaaacattgtatgtgatctcaaagagttgttgtggg 52082582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 68 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 52092955 - 52092776
Alignment:
Q  68 cgaaggtatttgtgaagttttaagatgttgtaagattagacagttgaactt-agctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcc 166  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||| || || | ||  || | |||| ||||||  | |||||||| || || |    
T  52092955 cgaaggtattgttgaagttttaagatgttgtaaaattactcatttgaacttgagatcttggtc-aacattgaatctactttcaatgaactttcaagtttc 52092857  T
Q  167 caaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggct 247  Q
    |||| ||||||||||||||||| || | ||||  ||||||||||| ||| |  |||||||||||||||||| | |||||||    
T  52092856 caaattggaggtgttgaacttggcaaagacaaaaattgatgatgacacattgtatgtgatctcaaagagtttttgtgggct 52092776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 156 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 9586729 - 9586632
Alignment:
Q  156 tttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgca 253  Q
    |||||| | ||||| || |||||||||||||||||| |||||  | || |||||||||||||  |||||| ||||| || ||||||||| ||||||||    
T  9586729 tttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacagatgttaatgatgaaacactttatgtgacctcaatgaattgtcgtggacttttgca 9586632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 174 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 43634979 - 43634891
Alignment:
Q  174 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttact 262  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||   |||| |||| ||||||  |||||| |||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||    
T  43634979 gaggcgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgtggacttttgaatttgttact 43634891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 180 - 298
Target Start/End: Original strand, 29718956 - 29719074
Alignment:
Q  180 ttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgttactaaaacgttgtaaaaata 279  Q
    |||||||||||| |||| |   |||||||| || ||||| || | || |||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||  || ||||||  |||     
T  29718956 ttgaacttgtcatataccaacgttgatgataaatcactccatatcatatcaacgagttgttgtggccttttgcaattgttactggaaagttgtatgaatg 29719055  T
Q  280 tcacagagaagggagtgaa 298  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  29719056 tcacagagaatggagtgaa 29719074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 59 - 247
Target Start/End: Original strand, 533 - 724
Alignment:
Q  59 catatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaac 155  Q
    |||||| || |||||||||||||||||| ||||   ||||||||||  |||||| ||||| |||||     ||| || |||||| |||||| || | |||    
T  533 catatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggctagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaac 632  T
Q  156 tttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggct 247  Q
    ||| || ||||  || | |||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||||| |||| |||| |||||||    
T  633 tttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacaagtgtcgatgatgaaacactctatatgatctcgaagaattgttgtgggct 724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 138 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 39285 - 39176
Alignment:
Q  138 aagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagtt 237  Q
    |||||||||||| |||||||||||||       || ||||||||||||||| ||  |||||   || |||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  39285 aagctacttggattgaactttgaaat-------ctcgaggtgttgaacttgacatttacaaaggttaatgatgaaacactttatgtgatctcaaagagtt 39193  T
Q  238 gtcgtgggcttttgcac 254  Q
    || ||||||||||||||    
T  39192 gtagtgggcttttgcac 39176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 161 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 88924 - 88822
Alignment:
Q  161 aattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcacttgtta 260  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||   ||||  || || |||||| ||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| |    
T  88924 aattcacaaactggaggtattgaacttgtcaagaacaatcatagacgatgaagcactccatgtgatctcaaagaggtgtcatgggcttttgcaattgtaa 88825  T
Q  261 cta 263  Q
    |||    
T  88824 cta 88822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0807 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0807
Description:

Target: scaffold0807; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 74 - 239
Target Start/End: Original strand, 1388 - 1559
Alignment:
Q  74 tatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctacttggactgaactttgaaattcccaaa 170  Q
    ||||||| ||||||||||   ||||| |||||||||||| |||||||||||  |  ||| |   ||| | ||| ||| | ||||||||| | |||| ||     
T  1388 tatttgtcaagttttaaggagatgttataagattagacatttgaacttagcctggtgttcatctgtggacctatttgaaatgaactttgtagttcctaag 1487  T
Q  171 ctggaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgat---gatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgt 239  Q
    || ||||||||| |||||||| |||||| | |||||   |||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  1488 ctagaggtgttggacttgtcaaatacaaatgttgatgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgt 1559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 2199 times since January 2019
Visitors: 6159