View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0855_high_6 (Length: 373)

Name: NF0855_high_6
Description: NF0855
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0855_high_6
NF0855_high_6
[»] scaffold0070 (1 HSPs)
scaffold0070 (4-363)||(16406-16765)
[»] chr8 (17 HSPs)
chr8 (4-364)||(24912446-24912806)
chr8 (4-363)||(25695699-25696058)
chr8 (1-363)||(25715532-25715894)
chr8 (10-363)||(25453321-25453674)
chr8 (10-363)||(25322995-25323348)
chr8 (4-363)||(25604976-25605335)
chr8 (4-363)||(25647351-25647710)
chr8 (4-363)||(25800617-25800976)
chr8 (1-363)||(25341319-25341681)
chr8 (10-363)||(25685986-25686342)
chr8 (10-363)||(25570225-25570578)
chr8 (10-344)||(24874825-24875159)
chr8 (1-256)||(25311445-25311700)
chr8 (4-363)||(25476000-25476359)
chr8 (4-363)||(23258543-23258890)
chr8 (4-363)||(22900172-22900531)
chr8 (305-363)||(25490536-25490594)
[»] scaffold0830 (1 HSPs)
scaffold0830 (57-363)||(3945-4251)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (4-363)||(10324192-10324545)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (144-363)||(5119225-5119444)
chr2 (144-363)||(5101666-5101885)
chr2 (139-363)||(5080089-5080313)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (147-363)||(16885950-16886166)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (144-363)||(14412400-14412619)


Alignment Details
Target: scaffold0070 (Bit Score: 307; Significance: 1e-173; HSPs: 1)
Name: scaffold0070
Description:

Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 4 - 363
Target Start/End: Original strand, 16406 - 16765
Alignment:
4 ttgtggaagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgc 103  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16406 ttgtgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaagtgggggatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgc 16505  T
104 agttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagatt 203  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
16506 cgttaaagtaattgatttgcaatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcgaaatttggtaaagatt 16605  T
204 atcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaa 303  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16606 atcagcagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaa 16705  T
304 gtttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatcttcatc 363  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
16706 gtttcttgcaaaggttaaatataatgatagaagttgcatctgcattggaatatcttcatc 16765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 17)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 4 - 364
Target Start/End: Original strand, 24912446 - 24912806
Alignment:
4 ttgtggaagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgc 103  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
24912446 ttgtgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaagggggggatttggctctgtttatcatgggaagcttcttgatggtgagatgattgc 24912545  T
104 agttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagatt 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
24912546 agttaaagtaattgatttgcaatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgtagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcgaaatctggtaaagatt 24912645  T
204 atcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaa 303  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
24912646 atcagcagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacaaatggttatattcaaataactattgtctaa 24912745  T
304 gtttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatcttcatct 364  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
24912746 gtttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatcttcatct 24912806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 4 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 25696058 - 25695699
Alignment:
4 ttgtggaagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgc 103  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25696058 ttgtgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaagggggggatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgc 25695959  T
104 agttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagatt 203  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
25695958 cgttaaagtaattgatttgcaatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcgaaatctggtaaagatt 25695859  T
204 atcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaa 303  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
25695858 atcagcagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacaaatggttatattcaaataactattgtctaa 25695759  T
304 gtttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatcttcatc 363  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
25695758 gtttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatctccatc 25695699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 290; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 1 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 25715894 - 25715532
Alignment:
1 aaattgtggaagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgat 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||    
25715894 aaattgtgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaagggggggatttggctctgtttatcaaggaaagcttcatgatggtgagatgat 25715795  T
101 tgcagttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaag 200  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25715794 tgcagtaaaagtaattgatttgcaatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaag 25715695  T
201 attatcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtc 300  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||    
25715694 attatcagaagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagaaaaatggttatattcaaataaatattgtc 25715595  T
301 taagtttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatcttcatc 363  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
25715594 taagtttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatctccatc 25715532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 10 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 25453674 - 25453321
Alignment:
10 aagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgcagttaa 109  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25453674 aagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaagggggggatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgcagttaa 25453575  T
110 agtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagattatcagt 209  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
25453574 agtaattgatttgcaatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgaagaatgcaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatctggtaaagattatcagc 25453475  T
210 agttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaagtttct 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
25453474 agttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtaatggaattcatgtcaaatggaagtgtagacaaatggttatattcaaataactattgtctcagtttct 25453375  T
310 tgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatcttcatc 363  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25453374 tgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatcttcatc 25453321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 285; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 10 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 25323348 - 25322995
Alignment:
10 aagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgcagttaa 109  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
25323348 aagcaactaatggattaaatgagagtaatttccttggaagggggggatttggctctgtttatcagggaaagcttcttgatggtgagatgattgcagttaa 25323249  T
110 agtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagattatcagt 209  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
25323248 agtaattgatttgcaatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgtagaatgcaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatctggtaaagattatcagt 25323149  T
210 agttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaagtttct 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
25323148 agttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgttgacaaatggttatattcaaataactattgtctaaatttct 25323049  T
310 tgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatcttcatc 363  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25323048 tacaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatcttcatc 25322995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 4 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 25605335 - 25604976
Alignment:
4 ttgtggaagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgc 103  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
25605335 ttgtgcaagcaacaaatggattcaatgagagtaatttccttggaaggggagcatttggatctgtttatcagggcaagcttcttgatggtgaaatgattgc 25605236  T
104 agttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagatt 203  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25605235 cgttaaagtaattgatttgcaatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagatt 25605136  T
204 atcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaa 303  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||    
25605135 atcagcagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagaaaaatggttatattcaaataactattgtctaa 25605036  T
304 gtttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatcttcatc 363  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25605035 atttcttacaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatcttcatc 25604976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 4 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 25647710 - 25647351
Alignment:
4 ttgtggaagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgc 103  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25647710 ttgtgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaaggggagcatttggatctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgc 25647611  T
104 agttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagatt 203  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
25647610 agttaaagtaattgatttacaatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgcagaatgtaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatctggtaaagatt 25647511  T
204 atcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaa 303  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
25647510 atcagaagttgatcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacaaatggttatattcaaataactattgtctaa 25647411  T
304 gtttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatcttcatc 363  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||    
25647410 atttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatcagaattggaatatctccatc 25647351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 4 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 25800976 - 25800617
Alignment:
4 ttgtggaagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgc 103  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
25800976 ttgtgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaagggggggatttggctctgtttatcaggggaagcttcctgatggtgagatgattgc 25800877  T
104 agttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagatt 203  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||    
25800876 agtcaaagtaattgatttgcaatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgtcatcgaaatttggtaaagatt 25800777  T
204 atcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaa 303  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
25800776 atcagcagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacaaatggttatattcaaataactattgtctaa 25800677  T
304 gtttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatcttcatc 363  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||    
25800676 atttcttacaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcagtagaatatctccatc 25800617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 1 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 25341681 - 25341319
Alignment:
1 aaattgtggaagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgat 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
25341681 aaattgtgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaagggggggatttggctctgtttatcagggcaagcttcttgatggtgagatgat 25341582  T
101 tgcagttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaag 200  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| |||    
25341581 tgccgttaaagtaattgatttgcaatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatatggttaag 25341482  T
201 attatcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtc 300  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||      
25341481 attatcagcagttgttcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacaattggttatattcaaataacaattgaa 25341382  T
301 taagtttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatcttcatc 363  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
25341381 taaatttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatctccatc 25341319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 10 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 25686342 - 25685986
Alignment:
10 aagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgcagttaa 109  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25686342 aagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaagggggggatttggctctgtttatcatgggaagcttcttgatggtgagatgattgcagttaa 25686243  T
110 agtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagattatcagt 209  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||    
25686242 agtaattgatttgcaatcagaggcaaaatcaatgagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcgaaatctagtaaagattatcggt 25686143  T
210 agttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaa---ataactattgtctaagtt 306  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||   ||||||||||||||| ||    
25686142 agttgctcaaatcttgattttaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacaaatggttatattcaaataataactattgtctaaatt 25686043  T
307 tcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatcttcatc 363  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25686042 tcttacaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatcttcatc 25685986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 10 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 25570578 - 25570225
Alignment:
10 aagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgcagttaa 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||| | || || |||||||        ||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||| |||||||| ||    
25570578 aagcaacaaatggattcaatgagagaaaattacttggaagggggagctttggctctgtgtatcaaggggagcttcctgatggtgagattattgcagtcaa 25570479  T
110 agtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagattatcagt 209  Q
    |||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
25570478 agtatttgatttacaatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatctggtaaagattatcagt 25570379  T
210 agttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaagtttct 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25570378 agttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacaaatggttatattcaaataactattgtctaagtttct 25570279  T
310 tgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatcttcatc 363  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
25570278 tgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattgaaatatcttcatc 25570225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 10 - 344
Target Start/End: Original strand, 24874825 - 24875159
Alignment:
10 aagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgcagttaa 109  Q
    ||||||| ||||||||||||||| | || || |||||||        ||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||| |||||||| ||    
24874825 aagcaacaaatggattcaatgagagaaaattacttggaagggggagctttggctctgtgtatcaaggggagcttcctgatggtgagattattgcagtcaa 24874924  T
110 agtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagattatcagt 209  Q
    |||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
24874925 agtatttgatttacaatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcaatgagaaatctacgtcatcgaaatctggtaaagattatcagt 24875024  T
210 agttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaagtttct 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
24875025 agttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaagtttct 24875124  T
310 tgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatct 344  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
24875125 tgcaaaggttaaatataatgatagatgctgcatct 24875159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 25311700 - 25311445
Alignment:
1 aaattgtggaagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgat 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
25311700 aaattgtgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaagggggggatttggctctgtttatcagggcaagcttcttgatggtgagatgat 25311601  T
101 tgcagttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaag 200  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||    
25311600 tgccgttaaagtaattgatttgcaatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatctggttaag 25311501  T
201 attatcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtc 256  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25311500 attatcagcagttgttcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtc 25311445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 4 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 25476359 - 25476000
Alignment:
4 ttgtggaagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgc 103  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||         ||||||||||| |||| |||||| || |   ||| ||||||||||||    
25476359 ttgtgcaagcaactaatggattcaatgagtgtaatttacttggacgggggggctttggctctgtatatcgggggaatctccgcaatgatgagatgattgc 25476260  T
104 agttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagatt 203  Q
     |||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| || ||||||    
25476259 ggttaaagtaattgatttgcagtcagaggcaaaagcaaagagctttgatgtagaatgcaatgcaacgagaaatctacgacatcgaaatcttgttaagatt 25476160  T
204 atcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaa 303  Q
    ||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||| |||||| | |||| | |    
25476159 atttgtagttgttcaaatctcgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtggacaaatggttatatttaaataattgttgtttga 25476060  T
304 gtttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatcttcatc 363  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
25476059 gtttcttgcaaaggttgaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatctccatc 25476000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 4 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 23258890 - 23258543
Alignment:
4 ttgtggaagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgc 103  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||        ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
23258890 ttgtgcaagcaacaaatggattcaatgagagcaatttacttggaacggggggctttggctctgtgtatcaagggaagcttcctgatggtgagatgattgc 23258791  T
104 agttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagatt 203  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||            |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||    
23258790 agttaaagtatttgatttgcaaaca------------aagagctttgatgcagaatgcaatgcaatgagaaatctacggcatcgaaatctggttaagatt 23258703  T
204 atcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaa 303  Q
    ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| ||||| ||||  |||    
23258702 atcagcagttgttccaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtggacaaatggttatattcagataaccattgcttaa 23258603  T
304 gtttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatcttcatc 363  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
23258602 atttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatctccatc 23258543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 4 - 363
Target Start/End: Original strand, 22900172 - 22900531
Alignment:
4 ttgtggaagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgc 103  Q
    ||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||       |||||| ||||| ||| |||||||||||    ||||||||||  ||||    
22900172 ttgtgcaagcaacaaatggatttaatgagagtaatttgcttggaaggggaggatttgggtctgtgtatgaggggaagctttcaaatggtgagatatttgc 22900271  T
104 agttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagatt 203  Q
     |||||||| ||||||||| | || |||  ||||| |  ||||||||||  ||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||    
22900272 ggttaaagtgattgatttgaactcggaggaaaaattacggagctttgatcgagaatgcaatgcattgagaaatctacggcatcgaaatctggttaagatt 22900371  T
204 atcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaa 303  Q
    ||||| ||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| | |||| |||    
22900372 atcagcagttgttcaaatattgatttcaaagcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtggacaaatggttatattcaaataattgttgtttaa 22900471  T
304 gtttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatcttcatc 363  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
22900472 atttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatatgcattggaatatctccatc 22900531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 305 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 25490594 - 25490536
Alignment:
305 tttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatcttcatc 363  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25490594 tttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatcttcatc 25490536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0830 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 1)
Name: scaffold0830
Description:

Target: scaffold0830; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 57 - 363
Target Start/End: Original strand, 3945 - 4251
Alignment:
57 tttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgcagttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcag 156  Q
    ||||| ||||| ||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| ||    
3945 tttggttctgtgtatgaggggaagcttcctaatggtgagatgattgcagttaaagtaattgatttgcaatctgaggcaaaatcaaagagttttgatgtag 4044  T
157 aatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagattatcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtc 256  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4045 aatgcaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatctggttaagattatcagcagttgttcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtc 4144  T
257 aaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaagtttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatat 356  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
4145 aaatggaagtgtagacaaatggttatattcaaataaataatgtataaatttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatcagcattggaatat 4244  T
357 cttcatc 363  Q
    || ||||    
4245 ctacatc 4251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 4 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 10324545 - 10324192
Alignment:
4 ttgtggaagcaactaatggattcaatgagggtaatttccttggaannnnnnnatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgc 103  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| || |||||||        ||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||    
10324545 ttgtggaagcaacaaatggtttcaatgagagtaaattacttggaagggggagctttggctctgtgtatcaggggatgcttcctgacggtgagatgattgc 10324446  T
104 agttaaagtaattgatttgcaatcagagacaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagatt 203  Q
    ||| |||||||||||||      ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
10324445 agtcaaagtaattgatt------cagaggcaaaatcaacaagctttgatgcagaatgcaatgtaatgagaaatctacgacatcgaaatctggttaagatt 10324352  T
204 atcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaa 303  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||  |||    
10324351 atcagtagttgttcaaatcatgatttcaaagcattggtgctggagttcatgtcaaatggaagtgtggacgattggttatattcagataactattgcttaa 10324252  T
304 gtttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatcttcatc 363  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
10324251 atttcttgcataggttaaatataatgatagatgttgcatctgcattggaatatctccatc 10324192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 88; Significance: 3e-42; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 144 - 363
Target Start/End: Original strand, 5119225 - 5119444
Alignment:
144 agctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagattatcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtga 243  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| | || || |||||| | ||||| ||  | ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||  | ||||    
5119225 agctttgatgcagaatgcaatgcaatgcgcaaccttcgacatagaaatctagttcaaattatgagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtga 5119324  T
244 tggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaagtttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatc 343  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||| ||  ||||||||| | |   ||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||    
5119325 tggagtttatgtcaaatggaagtgtggaaagatggttatactctgataactattttttggatttcttgcaaaggttgaacataatgatagatgtggcatc 5119424  T
344 tgcattggaatatcttcatc 363  Q
    ||||||||| ||||||||||    
5119425 tgcattggagtatcttcatc 5119444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 144 - 363
Target Start/End: Original strand, 5101666 - 5101885
Alignment:
144 agctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagattatcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtga 243  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| | || || |||||| | ||||| ||  | ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||  | ||||    
5101666 agctttgatgcagaatgcaatgcaatgcgcaaccttcgacatagaaatctagttcaaattatgagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtga 5101765  T
244 tggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaagtttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatc 343  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||| ||  ||||||||| | |   ||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||    
5101766 tggagtttatgtcaaatggaagtgtggaaagatggttatactctgataactattttttggatttcttgcaaaggttgaacataatgatagatgtggcatc 5101865  T
344 tgcattggaatatcttcatc 363  Q
     |||||||| ||||| ||||    
5101866 agcattggagtatctccatc 5101885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 139 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 5080313 - 5080089
Alignment:
139 caaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagattatcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcatt 238  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||| ||| | ||||| || ||||| ||||| ||  |||| ||||  ||||| |||||| || ||||||  || ||    
5080313 caaaaagctttaatgcagaatgcaatgctatgcgcaatcttcggcatcgaaatcttgttgagatcatcaccagttgttcaaatgttaatttcaggtcttt 5080214  T
239 ggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaagtttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgtt 338  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||  | || |  ||||||||  |  ||||||||| | || ||||||||||||| || | |||||||||||||||     
5080213 ggtaatggagttaatgtcaaatggaagcttggaaaaatggttatacactgataactattttttaggtttcttgcaaagattgactataatgatagatgtg 5080114  T
339 gcatctgcattggaatatcttcatc 363  Q
    |||||||||||||| ||||||||||    
5080113 gcatctgcattggagtatcttcatc 5080089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 147 - 363
Target Start/End: Original strand, 16885950 - 16886166
Alignment:
147 tttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagattatcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatgg 246  Q
    ||||| |||||||||||||| ||| | | ||| |||||||| ||||| ||  || |||| |  ||||| ||||||   |||||||| |||||||||||||    
16885950 tttgacgcagaatgcaatgcaatgcgcattcttcgacatcgaaatcttgttgaggttattacaagttgttcaaataaagatttcaagtcattggtgatgg 16886049  T
247 agttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaagtttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatctgc 346  Q
    |||| ||||||||||||||||| || |  |||||||| ||  ||||||||||| ||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
16886050 agtttatgtcaaatggaagtgttgaaaaatggttatactcggataactattgtttagatttcttgcaaaggttgaatataatgatagatgttgcatctgc 16886149  T
347 attggaatatcttcatc 363  Q
    |||||| ||||| ||||    
16886150 attggagtatctccatc 16886166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 144 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 14412619 - 14412400
Alignment:
144 agctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagattatcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtga 243  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| | || || || ||| | ||||| ||  | |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  | ||||    
14412619 agctttgatgcagaatgcaatgcaatgcgcaacctccggcatagaaatctcgtccaaattatcagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtga 14412520  T
244 tggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaagtttcttgcaaaggttaaatataatgatagatgttgcatc 343  Q
    ||||||| |||||||| |||||| | || |  |||||||| || |||||| ||| | |   ||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||    
14412519 tggagtttatgtcaaacggaagtttggaaaaatggttatactctaataacaattttttggatttcttgcaaaggttgaacataatgatagatgtggcatc 14412420  T
344 tgcattggaatatcttcatc 363  Q
    ||||||||| ||||| ||||    
14412419 tgcattggagtatctccatc 14412400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 2391 times since January 2019
Visitors: 6162