View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF0859_high_34 (Length: 270)
Name: NF0859_high_34
Description: NF0859
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF0859_high_34 |
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| [»] scaffold0208 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 29 - 259
Target Start/End: Original strand, 6199409 - 6199637
Alignment:
| Q |
29 |
attaaagtgattagctaatggatacatatactgtatattcatgttatgatcataatcgataaataatataaagtgtgttattgtttgaacttgattatat |
128 |
Q |
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|
| T |
6199409 |
attaaagtgtttagctaatggatacatatactgtatattcatgttatgatcataatcgataaataatatagagtgtgttattgtttgaacttgattatat |
6199508 |
T |
|
| Q |
129 |
tgtagataatatgcattacatgaagtcctattatagtatataaatatatgctttatgtagatggctgatcataactaattactttaagaataatgtgttt |
228 |
Q |
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| T |
6199509 |
tgtagataatatgccttacatgaattcctattatag--tataaatatatgctttatgtagatggctgatcataactaactactttgagaataatgtgttt |
6199606 |
T |
|
| Q |
229 |
caatcttataaatacgaatgttgcatcctat |
259 |
Q |
| |
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|||||||||||||| |||||||||||||||| |
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| T |
6199607 |
caatcttataaatatgaatgttgcatcctat |
6199637 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 29 - 203
Target Start/End: Original strand, 9067121 - 9067297
Alignment:
| Q |
29 |
attaaagtgattagctaatggatacat----atactgtatattcatgttatgatcataatcgataaataatataaagtgtgttattgtttgaacttgatt |
124 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
9067121 |
attaaagtgattagctaatggatacatgcatatactgtatattcatgttatgatcataatcgataaataatataaagtgtgttattgtttgaacttgatt |
9067220 |
T |
|
| Q |
125 |
atattgtagataatatgcattacatgaagtcctattatagtatataaatatatgctttatgtagatggctgatcataac |
203 |
Q |
| |
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|||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9067221 |
atattgtacataatatgccttacatgaattcctattatag--tataaatatatgctttatgtagatggctgatcataac |
9067297 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 146; Significance: 6e-77; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 29 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 17535857 - 17535621
Alignment:
| Q |
29 |
attaaagtgattagctaatggatacatatactgtata-------ttcatgttatgatcataatcgataaataatataaagtgtgttattgtttgaacttg |
121 |
Q |
| |
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|
| T |
17535857 |
attaaagtgattagctaatggatacatatactgtatactcaatattcatgttatgatcataatcgataaataatataaagtgttttattgtttgaacttg |
17535758 |
T |
|
| Q |
122 |
attatattgtagataatatgcattacatgaagtcctattatagtatataaatatatgctttatgtagatggctgatcataactaattactttaagaataa |
221 |
Q |
| |
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|||| | |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| |
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| T |
17535757 |
attacaatgtagataatatgccttacatgaattcctattatag--tataaatatatgctttatgtagatggctggtcataactaattactttgataataa |
17535660 |
T |
|
| Q |
222 |
tgtgtttcaatcttataaatacgaatgttgcatcctatg |
260 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||| || | || ||| |||||||| |
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| T |
17535659 |
tgtgtttcattcttataattatgtatattgaatcctatg |
17535621 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 29 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 26907819 - 26907598
Alignment:
| Q |
29 |
attaaagtgattagctaatggatacatatactgtatattcatgttatgatcataatcgataaataatataaagtgtgttattgtttgaacttgattatat |
128 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| | |
|
|
| T |
26907819 |
attaaagtgattagctaatggatacgtatattgtatattcatgttatgatcataatcgataaataatataaag--------tgtttgaatttgattacaa |
26907728 |
T |
|
| Q |
129 |
tgtagataatatgcattacatgaagtcctattatagtatataaatatatgctttatgtagatggctgatcataactaattactttaagaataatgtgttt |
228 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||| | ||||||| ||||||||| | ||||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||| |
|
|
| T |
26907727 |
tgaagataatatgcctaacatgaattcctattat--tgtataaatggatgctttatctaggtggttgatcataactaattactttgataataatgtgttt |
26907630 |
T |
|
| Q |
229 |
caatcttataaatacgaatgttgcatcctatg |
260 |
Q |
| |
|
||||||| ||| || | || |||||||||||| |
|
|
| T |
26907629 |
caatcttgtaattatgtatattgcatcctatg |
26907598 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0208 (Bit Score: 143; Significance: 3e-75; HSPs: 1)
Name: scaffold0208
Description:
Target: scaffold0208; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 29 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 884 - 661
Alignment:
| Q |
29 |
attaaagtgattagctaatggatacatatactgtatattcatgttatgatcataatcgataaataatataaagtgtgttattgtttgaacttgattatat |
128 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
884 |
attaaagtgattagctaatggatacatatattgtatattcatgttatgatcataatcgataaataatat--agtgttttattgtttgaacttgattacag |
787 |
T |
|
| Q |
129 |
tgtagataatatgcattacatgaagtcctattatagtatataaatatatgctttatgtagatggctgatcataactaattactttaagaataatgtgttt |
228 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |
|
|
| T |
786 |
tgta-ataatatgccttacatgaattcctattat--tgtataaatgtatgctttatgtagatggctgatcataactaattactttgataataatgtgttt |
690 |
T |
|
| Q |
229 |
caatcttataaatacgaatgttgcatcct |
257 |
Q |
| |
|
||||||||||| || | || ||||||||| |
|
|
| T |
689 |
caatcttataattatgtatattgcatcct |
661 |
T |
|
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