View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0859_high_9 (Length: 455)

Name: NF0859_high_9
Description: NF0859
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0859_high_9
NF0859_high_9
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (16-422)||(3619062-3619468)
chr7 (28-219)||(29116256-29116447)
chr7 (28-219)||(29073148-29073339)
chr7 (28-219)||(29102111-29102302)
chr7 (16-217)||(3617388-3617589)
chr7 (16-217)||(29071309-29071510)
chr7 (16-217)||(29058081-29058282)
chr7 (28-219)||(28956876-28957067)
chr7 (16-219)||(29068845-29069048)
chr7 (31-140)||(29098390-29098499)
chr7 (16-224)||(29110786-29110994)
chr7 (16-216)||(29078043-29078243)
chr7 (39-217)||(29066831-29067009)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (28-219)||(11849829-11850020)
chr4 (16-217)||(11851662-11851863)
chr4 (16-219)||(11854376-11854579)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (16-121)||(24241097-24241202)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 387; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 422
Target Start/End: Original strand, 3619062 - 3619468
Alignment:
Q  16 attaccatcagcgcgaatggaagaagtgtggttgccacggttgttgatgagtgcgactctacgatgggatgtgataaagaacatgattaccaacctcctt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3619062 attaccatcagcgcgaatggaagaagtgtggttgccacggttgttgatgagtgcgactctacgatgggatgtgataaagaacatgattaccaacctcctt 3619161  T
Q  116 gtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttggatgttcctcatgatcaatggggtggattggatattacatggtctgatgcttg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3619162 gtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttggatgttcctcatgatcaatggggtggattggatattacatggtctgatgcttg 3619261  T
Q  216 atatcatatgttatggaaatactatttgtttcatgtaatatacttattgttttggtaagtttatttgtgtatcatcttctacgtatcatatatatttatc 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  3619262 atatcatatgttatggaaatactatttgtttcatgtaatatacttattgttttggtaagtttatttgtatatcatcttttatgtatcatatatatttatc 3619361  T
Q  316 agtaatgcatctaaaaacttaaatcacaagcaagcagacacggtgtttatatcaatctctgatacaaatattacataaacccttatacataaagaaaaac 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  3619362 agtaatgcatctaaaaacttaaatcacaagcaagcagacacggtgtttatatcaatctctgatacaaatattgcataaaccattatacataaagaaaaac 3619461  T
Q  416 aagcata 422  Q
    |||||||    
T  3619462 aagcata 3619468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Original strand, 29116256 - 29116447
Alignment:
Q  28 gcgaatggaagaagtgtggttgccacggttgttgatgagtgcgactctacgatgggatgtgataaagaacatgattaccaacctccttgtaacaacaaca 127  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||| || || |     ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  29116256 gcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattcgagagcaggatgcgataaagaacatgattatcaacctccttgtaacaacaaca 29116355  T
Q  128 tagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttggatgttcctcatgatcaatggggtggattggatattacatggtctgatgcttgatat 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  29116356 tagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatggtctgatgcttgatat 29116447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Original strand, 29073148 - 29073339
Alignment:
Q  28 gcgaatggaagaagtgtggttgccacggttgttgatgagtgcgactctacgatgggatgtgataaagaacatgattaccaacctccttgtaacaacaaca 127  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||| || || |     ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  29073148 gcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattcgagagcaggatgcgataaagaacatgattatcaacctccttgtaacaacaaca 29073247  T
Q  128 tagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttggatgttcctcatgatcaatggggtggattggatattacatggtctgatgcttgatat 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  29073248 tagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatggtccgatgcttgatat 29073339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Original strand, 29102111 - 29102302
Alignment:
Q  28 gcgaatggaagaagtgtggttgccacggttgttgatgagtgcgactctacgatgggatgtgataaagaacatgattaccaacctccttgtaacaacaaca 127  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||  |||||||||||||| || || |     ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  29102111 gcgaacggaagaagcgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattcgagagcaggatgcgataaagaacatgattatcaacctccttgtaacaacaaca 29102210  T
Q  128 tagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttggatgttcctcatgatcaatggggtggattggatattacatggtctgatgcttgatat 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  29102211 tagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatggtctgatgcttgatat 29102302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 16 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 3617589 - 3617388
Alignment:
Q  16 attaccatcagcgcgaatggaagaagtgtggttgccacggttgttgatgagtgcgactctacgatgggatgtgataaagaacatgattaccaacctcctt 115  Q
    |||||||| || || ||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3617589 attaccataagtgccaatggaaaaagtgtagtggccacggtggttgatgagtgtgactctacaatgggatgtgatgaagaacatgattaccaacctcctt 3617490  T
Q  116 gtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttggatgttcctcatgatcaatggggtggattggatattacatggtctgatgcttg 215  Q
    ||   |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||    
T  3617489 gtccaaacaacattgttgatgcttctaaggctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcaagatcaatggggtggcctagatattacatggtcagatgcttg 3617390  T
Q  216 at 217  Q
    ||    
T  3617389 at 3617388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 29071510 - 29071309
Alignment:
Q  16 attaccatcagcgcgaatggaagaagtgtggttgccacggttgttgatgagtgcgactctacgatgggatgtgataaagaacatgattaccaacctcctt 115  Q
    |||||||| || || |||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  29071510 attaccataagtgccaatggaagaagtgtagtggccactgtggttgatgagtgtgactctacgatgggatgtgatgaagaacatgattaccaacctcctt 29071411  T
Q  116 gtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttggatgttcctcatgatcaatggggtggattggatattacatggtctgatgcttg 215  Q
    ||   |||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| ||||||||    
T  29071410 gtccaaacaacattgttgatgcttccaaggctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcaagatcaatggggtggccttgacattacatggtcagatgcttg 29071311  T
Q  216 at 217  Q
    ||    
T  29071310 at 29071309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 16 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 29058282 - 29058081
Alignment:
Q  16 attaccatcagcgcgaatggaagaagtgtggttgccacggttgttgatgagtgcgactctacgatgggatgtgataaagaacatgattaccaacctcctt 115  Q
    |||||||| || || ||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  29058282 attaccataagtgccaatggaaaaagtgtagtggccacggtggttgatgagtgtgactcaacaatgggatgtgatgaagaacatgattatcaacctcctt 29058183  T
Q  116 gtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttggatgttcctcatgatcaatggggtggattggatattacatggtctgatgcttg 215  Q
    |    |||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| ||||||||    
T  29058182 gcccaaacaacattgttgatgcttccaaggctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcaagatcaatggggtggccttgacattacatggtcagatgcttg 29058083  T
Q  216 at 217  Q
    ||    
T  29058082 at 29058081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Original strand, 28956876 - 28957067
Alignment:
Q  28 gcgaatggaagaagtgtggttgccacggttgttgatgagtgcgactctacgatgggatgtgataaagaacatgattaccaacctccttgtaacaacaaca 127  Q
    |||||||| | ||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| || | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||    
T  28956876 gcgaatgggaaaagtgtggtggccatggttgttgatgagtgtgactccacaaagggatgtgatgaagaacatgattaccaacctccttgtccaaacaaca 28956975  T
Q  128 tagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttggatgttcctcatgatcaatggggtggattggatattacatggtctgatgcttgatat 219  Q
    | |||||||| || || ||||||||| |||| || | ||| ||||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| ||||||||||||    
T  28956976 ttgttgatgcttccaaggctgtgtgggaagctttaggtgtgcctcaagatcaatggggtggccttgacattacatggtcagatgcttgatat 28957067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 16 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 29069048 - 29068845
Alignment:
Q  16 attaccatcagcgcgaatggaagaagtgtggttgccacggttgttgatgagtgcgactctacgatgggatgtgataaagaacatgattaccaacctcctt 115  Q
    |||||||| || |||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |  | |||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  29069048 attaccataagtgcgaatggaaaaagtgtggtggccatggttgttgatgagtgtgactccagaaagggatgtgatgaacaacatgattaccaacctcctt 29068949  T
Q  116 gtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttggatgttcctcatgatcaatggggtggattggatattacatggtctgatgcttg 215  Q
    ||   || ||||| |||||||| || || |||||||||||||| ||  |||| ||| | || |||||||||||  | || ||||||||||| ||||||||    
T  29068948 gtccaaataacattgttgatgcttccaaggctgtgtggaaagctttaaatgtgcctaaagagcaatggggtggccttgacattacatggtcagatgcttg 29068849  T
Q  216 atat 219  Q
    ||||    
T  29068848 atat 29068845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 31 - 140
Target Start/End: Original strand, 29098390 - 29098499
Alignment:
Q  31 aatggaagaagtgtggttgccacggttgttgatgagtgcgactctacgatgggatgtgataaagaacatgattaccaacctccttgtaacaacaacatag 130  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||| || |||||| | |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  29098390 aatggaagaagtgtggtggccatggtagtcgatgagcgtgactctacaatgagatgtgataaagatcatgattaccaacctccttgtcgcaacaacatag 29098489  T
Q  131 ttgatgcctc 140  Q
    ||||||||||    
T  29098490 ttgatgcctc 29098499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 16 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 29110994 - 29110786
Alignment:
Q  16 attaccatcagcgcgaatggaagaagtgtggttgccacggttgttgatgagtgcgactctacgatgggatgtgataaagaacatgattaccaacctcctt 115  Q
    ||||| ||||| || |||||||||| ||| || |||| ||||||||| |||||||| ||||  | |||||||||| || | ||||| |||||||| || |    
T  29110994 attacaatcagtgctaatggaagaaatgtcgtggccatggttgttgacgagtgcgattctagaaagggatgtgatgaacagcatgactaccaaccaccgt 29110895  T
Q  116 gtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttggatgttcctcatgatcaatggggtggattggatattacatggtctgatgcttg 215  Q
    ||   |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| || | ||| ||| | || |||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||    
T  29110894 gtccaaacaacattgttgatgcttccaaagctgtgtggaaagctttaggtgtgcctaaagaacaatggggtggtcttgatattacatggtcagatgcttg 29110795  T
Q  216 atatcatat 224  Q
    |||| ||||    
T  29110794 atattatat 29110786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 16 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 29078243 - 29078043
Alignment:
Q  16 attaccatcagcgcgaatggaagaagtgtggttgccacggttgttgatgagtgcgactctacgatgggatgtgataaagaacatgattaccaacctcctt 115  Q
    ||||| ||||| || |||||||||| ||| || |||| |||||| || |||||||| ||||  | |||||||||| || | ||||| |||||||| ||||    
T  29078243 attacaatcagtgctaatggaagaaatgtcgtggccatggttgtcgacgagtgcgattctagaaagggatgtgatgaacagcatgactaccaaccacctt 29078144  T
Q  116 gtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttggatgttcctcatgatcaatggggtggattggatattacatggtctgatgcttg 215  Q
    |||  |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| || | ||| ||| | || |||||||||||  | || ||||||||||| ||||||||    
T  29078143 gtacaaacaacattgttgatgcttccaaagctgtgtggaaagctttaggtgtgcctaaagaacaatggggtggccttgacattacatggtcagatgcttg 29078044  T
Q  216 a 216  Q
    |    
T  29078043 a 29078043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 39 - 217
Target Start/End: Original strand, 29066831 - 29067009
Alignment:
Q  39 aagtgtggttgccacggttgttgatgagtgcgactctacgatgggatgtgataaagaacatgattaccaacctccttgtaacaacaacatagttgatgcc 138  Q
    |||||||||||| | ||| |||||||| || |||||  | | ||| ||||||  ||||||||| || |||||||| |||  ||| ||||| ||||||||     
T  29066831 aagtgtggttgcaatggtagttgatgaatgtgactcatcaaaggggtgtgatgcagaacatgagtatcaacctccatgtgccaataacattgttgatgct 29066930  T
Q  139 tctaaagctgtgtggaaagccttggatgttcctcatgatcaatggggtggattggatattacatggtctgatgcttgat 217  Q
    || |  ||||||||||||||||| | ||| ||     ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29066931 tcaatggctgtgtggaaagccttaggtgtcccaaggaatcaatggggtgggttggatattacatggtctgatgcttgat 29067009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 28 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 11850020 - 11849829
Alignment:
Q  28 gcgaatggaagaagtgtggttgccacggttgttgatgagtgcgactctacgatgggatgtgataaagaacatgattaccaacctccttgtaacaacaaca 127  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||| || || |     ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11850020 gcgaacggaagaagtgtggtggccaaagttgttgatgagtgtgattcgagagcaggatgcgataaagaacatgattatcaacctccttgtaacaacaaca 11849921  T
Q  128 tagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttggatgttcctcatgatcaatggggtggattggatattacatggtctgatgcttgatat 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11849920 tagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcatgatcaatggggtggattggacattacatggtctgatgcttgatat 11849829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 16 - 217
Target Start/End: Original strand, 11851662 - 11851863
Alignment:
Q  16 attaccatcagcgcgaatggaagaagtgtggttgccacggttgttgatgagtgcgactctacgatgggatgtgataaagaacatgattaccaacctcctt 115  Q
    |||||||| || || ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11851662 attaccataagtgccaatggaagaagtgtggtggccactgtggttgatgagtgtgactctacgatgggatgtgatgaagaacatgattaccaacctcctt 11851761  T
Q  116 gtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttggatgttcctcatgatcaatggggtggattggatattacatggtctgatgcttg 215  Q
    ||   |||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| ||||||||    
T  11851762 gtccaaacaacattgttgatgcttccaaggctgtgtggaaagccttgggtgtgcctcaagatcaatggggtggccttgacattacatggtcagatgcttg 11851861  T
Q  216 at 217  Q
    ||    
T  11851862 at 11851863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 16 - 219
Target Start/End: Original strand, 11854376 - 11854579
Alignment:
Q  16 attaccatcagcgcgaatggaagaagtgtggttgccacggttgttgatgagtgcgactctacgatgggatgtgataaagaacatgattaccaacctcctt 115  Q
    |||||||| || |||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |  | |||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  11854376 attaccataagtgcgaatggaaaaagtgtggtggccatggttgttgatgagtgtgactccagaaagggatgtgatgaacaacatgattaccaacctcctt 11854475  T
Q  116 gtaacaacaacatagttgatgcctctaaagctgtgtggaaagccttggatgttcctcatgatcaatggggtggattggatattacatggtctgatgcttg 215  Q
    ||   || ||||| |||||||| || || |||||||||||||| ||  |||| ||| | || |||||||||||  | || ||||||||||| ||||||||    
T  11854476 gtccaaataacattgttgatgcttccaaggctgtgtggaaagctttaaatgtgcctaaagagcaatggggtggccttgacattacatggtcagatgcttg 11854575  T
Q  216 atat 219  Q
    ||||    
T  11854576 atat 11854579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 58; Significance: 3e-24; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 16 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 24241202 - 24241097
Alignment:
Q  16 attaccatcagcgcgaatggaagaagtgtggttgccacggttgttgatgagtgcgactctacgatgggatgtgataaagaacatgattaccaacctcctt 115  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| | ||||||||||||| ||||  || |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||    
T  24241202 attaccatcagcgccaatggtagaagtgtggtggccatgtttgttgatgagtgtgacttcacaatgggatgtgatgaagagcatgattaccagcctcctt 24241103  T
Q  116 gtaaca 121  Q
    ||||||    
T  24241102 gtaaca 24241097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 2665 times since January 2019
Visitors: 6164