View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0861_low_3 (Length: 332)

Name: NF0861_low_3
Description: NF0861
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0861_low_3
NF0861_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-238)||(20329470-20329707)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (1-238)||(5423195-5423432)
chr4 (2-235)||(5345879-5346112)
chr4 (17-238)||(5413049-5413270)
chr4 (9-238)||(5379294-5379523)
chr4 (17-238)||(5393600-5393821)
chr4 (9-238)||(5354949-5355178)
chr4 (22-238)||(5467519-5467735)
chr4 (9-224)||(5357077-5357292)
chr4 (10-238)||(5502815-5503043)
chr4 (2-99)||(5363562-5363659)
chr4 (164-238)||(5363464-5363538)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 218; Significance: 1e-120; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 20329707 - 20329470
Alignment:
Q  1 ccatcgtcgcaattggtggtcagtggaggtccacataacccttcattccctttgaaggaatctgcatcaaatgattgaatttgagtacccaaaggaattc 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20329707 ccatcatcgcaattggtggtcagtggaggtccacataacccttcattccctttgaaggagtctacatcaaatgattgaatttgagtacccaaaggaattc 20329608  T
Q  101 gacccacgaggtgattgaacgagaggttcatgtatgctaggaaagatagacttgaaagcccttgaggaatctctccattcaaggagttgtttgacaagtc 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20329607 gccccacgaggtgattgaacgagaggttcatatatgctaggaaagatagacttgaaagcccttgaggaatctctccattcaaggagttgtttgacaagtc 20329508  T
Q  201 catagactcaagatgctttaaattctccactgatgatg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20329507 catagactcaagatgctttaaattctccactgatgatg 20329470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 218; Significance: 1e-120; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 5423195 - 5423432
Alignment:
Q  1 ccatcgtcgcaattggtggtcagtggaggtccacataacccttcattccctttgaaggaatctgcatcaaatgattgaatttgagtacccaaaggaattc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5423195 ccatcgtcgcaattggtggtcagtggaggtccacataacccttcattccctttgaaggagtctacatcaaatgattgaatttgagtacccaaaggaattc 5423294  T
Q  101 gacccacgaggtgattgaacgagaggttcatgtatgctaggaaagatagacttgaaagcccttgaggaatctctccattcaaggagttgtttgacaagtc 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5423295 gccccacgaggtgattgaacgagaggttcatatatgctaggaaagatagacttgaaagcccttgaggaatctctccattcaaggagttgtttgacaagtc 5423394  T
Q  201 catagactcaagatgctttaaattctccactgatgatg 238  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5423395 catacactcaagatgctttaaattctccactgatgatg 5423432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 2 - 235
Target Start/End: Original strand, 5345879 - 5346112
Alignment:
Q  2 catcgtcgcaattggtggtcagtggaggtccacataacccttcattccctttgaaggaatctgcatcaaatgattgaatttgagtacccaaaggaattcg 101  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5345879 catcgtcgcaattggtgctcagtagaggtccacataacccttcatttcctttgaaggaatctacatcaaatgtttgaatttgagtacccaaaggaattcg 5345978  T
Q  102 acccacgaggtgattgaacgagaggttcatgtatgctaggaaagatagacttgaaagcccttgaggaatctctccattcaaggagttgtttgacaagtcc 201  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5345979 acccactaggtgattgaacgagaggttcatatatgctaggaaagatagacttgaaagctcttgagggatctctccattcaaggagttgtttgacaagtcc 5346078  T
Q  202 atagactcaagatgctttaaattctccactgatg 235  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5346079 atacactcaagattctttaaattctccactgatg 5346112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 17 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 5413270 - 5413049
Alignment:
Q  17 tggtcagtggaggtccacataacccttcattccctttgaaggaatctgcatcaaatgattgaatttgagtacccaaaggaattcgacccacgaggtgatt 116  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||   ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||    
T  5413270 tggtcagtggaggtccacacaatccttcattccctgcaaaggaatctacatcaaatgtttgaatttgagtacccaaaggaattcgtccaactaggtgatt 5413171  T
Q  117 gaacgagaggttcatgtatgctaggaaagatagacttgaaagcccttgaggaatctctccattcaaggagttgtttgacaagtccatagactcaagatgc 216  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5413170 gaacgagagattcatatatgctaggaaagatagacttgaaagcccttgaggaatctctccattcaaggagttgtttgacaagtccatagactcaagatgc 5413071  T
Q  217 tttaaattctccactgatgatg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  5413070 tttaaattctccactgatgatg 5413049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 9 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 5379523 - 5379294
Alignment:
Q  9 gcaattggtggtcagtggaggtccacataacccttcattccctttgaaggaatctgcatcaaatgattgaatttgagtacccaaaggaattcgacccacg 108  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  5379523 gcaattgttggtcagtggaggtccgcataacccttcattccctttgaaggaatctgcatcaaatgattgaatttgagtgcccaaaggaattcgacccacc 5379424  T
Q  109 aggtgattgaacgagaggttcatgtatgctaggaaagatagacttgaaagcccttgaggaatctctccattcaaggagttgtttgacaagtccatagact 208  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| ||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| |||||| |||    
T  5379423 aggtgattgaacgagaggttcatatattcaaggaaatatatacttgaaagctcttgagggatctcaccattcaaagaattgtttgacaaatccatacact 5379324  T
Q  209 caagatgctttaaattctccactgatgatg 238  Q
    |||||| ||| |||||| ||||||||||||    
T  5379323 caagattcttcaaattccccactgatgatg 5379294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 17 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 5393821 - 5393600
Alignment:
Q  17 tggtcagtggaggtccacataacccttcattccctttgaaggaatctgcatcaaatgattgaatttgagtacccaaaggaattcgacccacgaggtgatt 116  Q
    |||||||||||||||| || || |||||||||||||  ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||    
T  5393821 tggtcagtggaggtccgcacaatccttcattcccttcaaaggaatctacatcaaatgtttgaatttgagtacccaaaggaattcgtccaactaggtgatt 5393722  T
Q  117 gaacgagaggttcatgtatgctaggaaagatagacttgaaagcccttgaggaatctctccattcaaggagttgtttgacaagtccatagactcaagatgc 216  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |    
T  5393721 gaacgagagattcatatatgctaggaaagatagacttgaaagctcttgaggaatctctccattcaaggagttgtttgaaatgtccatagactcaagattc 5393622  T
Q  217 tttaaattctccactgatgatg 238  Q
    || |||||| ||||| ||||||    
T  5393621 ttcaaattccccactaatgatg 5393600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 9 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 5355178 - 5354949
Alignment:
Q  9 gcaattggtggtcagtggaggtccacataacccttcattccctttgaaggaatctgcatcaaatgattgaatttgagtacccaaaggaattcgacccacg 108  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||     
T  5355178 gcaattgttggtcaatggaggtccacataacctttcgttccctttgaaggaatctgtatcaaatgattgtatttgagtacccaacggaattcgtcccaca 5355079  T
Q  109 aggtgattgaacgagaggttcatgtatgctaggaaagatagacttgaaagcccttgaggaatctctccattcaaggagttgtttgacaagtccatagact 208  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| ||| |||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||| |    
T  5355078 aggtgattgaacgagaggttcatatattcaaggaaatatatacttgaaagctcttgaggaatctttccatttaaggagttgtttgacaagtccaaagatt 5354979  T
Q  209 caagatgctttaaattctccactgatgatg 238  Q
    |||||| ||| |||||| |||| |||||||    
T  5354978 caagattcttcaaattccccaccgatgatg 5354949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 22 - 238
Target Start/End: Original strand, 5467519 - 5467735
Alignment:
Q  22 agtggaggtccacataacccttcattccctttgaaggaatctgcatcaaatgattgaatttgagtacccaaaggaattcgacccacgaggtgattgaacg 121  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||| |||| |    
T  5467519 agtggagatccacataaccctttattcccttcaaaggaatctatatcaaatgattgaatttgagttcccaaaggaattcgcccaaccaggtgactgaatg 5467618  T
Q  122 agaggttcatgtatgctaggaaagatagacttgaaagcccttgaggaatctctccattcaaggagttgtttgacaagtccatagactcaagatgctttaa 221  Q
    | || ||||| ||| | ||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||    
T  5467619 atagattcatatattcaaggaaacttatacttgaaagcccttgaggaatctctccattcaaggagttgtttgacaagtccatagattcaagattcttcaa 5467718  T
Q  222 attctccactgatgatg 238  Q
    |||| ||||||||||||    
T  5467719 attccccactgatgatg 5467735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 9 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 5357292 - 5357077
Alignment:
Q  9 gcaattggtggtcagtggaggtccacataacccttcattccctttgaaggaatctgcatcaaatgattgaatttgagtacccaaaggaattcgacccacg 108  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||  || |||||||||||||| | ||| | ||||||||| || |||||||| |||||     
T  5357292 gcaattgctggtcagtggaggtccacataatccttcattcccttcaaaagaatctgcatcaaaggtttggacttgagtacctaatggaattcgccccact 5357193  T
Q  109 aggtgattgaacgagaggttcatgtatgctaggaaagatagacttgaaagcccttgaggaatctctccattcaaggagttgtttgacaagtccatagact 208  Q
    ||||||||||||||||| || |  ||| | |   |||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| | |||||||| ||||| |||||||    
T  5357192 aggtgattgaacgagagatttagatatcccatataagataaactagaaagctcttgaggaatctctccattgaagaaattgtttgaaaagtctatagact 5357093  T
Q  209 caagatgctttaaatt 224  Q
    |||||| ||| |||||    
T  5357092 caagattcttcaaatt 5357077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 10 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 5503043 - 5502815
Alignment:
Q  10 caattggtggtcagtggaggtccacataacccttcattccctttgaaggaatctgcatcaaatgattgaatttgagtacccaaaggaattcgacccacga 109  Q
    |||||| ||||||  ||||| ||||| ||||||||||| ||||  || |||||||||||||| | ||| |||||||| || || |||||||| ||||| |    
T  5503043 caattgttggtcatgggaggaccacacaacccttcatttccttcaaaagaatctgcatcaaaggtttggatttgagtgcctaatggaattcgccccacta 5502944  T
Q  110 ggtgattgaacgagaggttcatgtatgctaggaaagatagacttgaaagcccttgaggaatctctccattcaaggagttgtttgacaagtccatagactc 209  Q
    |||| ||||||||||| ||||  ||  | | |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| || ||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  5502943 ggtggttgaacgagagattcagataccccatgaaagataaacttgaaagctcttgaggaatctctcctttgaagaaattgtttgaaaagtccatagactc 5502844  T
Q  210 aagatgctttaaattctccactgatgatg 238  Q
     |||| ||| |||||| |||| |||||||    
T  5502843 gagattcttcaaattccccacagatgatg 5502815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 2 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 5363659 - 5363562
Alignment:
Q  2 catcgtcgcaattggtggtcagtggaggtccacataacccttcattccctttgaaggaatctgcatcaaatgattgaatttgagtacccaaaggaatt 99  Q
    |||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  5363659 catcgttgcaatcgttggtcagtggaggtccacataacccttcatttcctttgaaggaatctacatcaaattattgaatttgagtgcccaaaggaatt 5363562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 164 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 5363538 - 5363464
Alignment:
Q  164 gaggaatctctccattcaaggagttgtttgacaagtccatagactcaagatgctttaaattctccactgatgatg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| ||| || |||| |||||||    
T  5363538 gaggaatctctccattcaaggagttatttgacaaatccatagactcaagattcttcaaagtccccacagatgatg 5363464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 652 times since January 2019
Visitors: 6130