View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0867_high_25 (Length: 268)

Name: NF0867_high_25
Description: NF0867
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0867_high_25
NF0867_high_25
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (13-242)||(4681923-4682152)
chr8 (28-242)||(4737274-4737488)
chr8 (28-242)||(4996924-4997138)
chr8 (14-241)||(4704011-4704238)
chr8 (40-242)||(4716046-4716251)
chr8 (28-242)||(4775939-4776157)
chr8 (35-242)||(4900482-4900689)
chr8 (28-242)||(4912881-4913093)
chr8 (13-242)||(4689501-4689729)
chr8 (68-242)||(4889458-4889632)
chr8 (28-242)||(10447863-10448071)
chr8 (28-242)||(21438821-21439038)
chr8 (13-242)||(4746053-4746281)
chr8 (65-234)||(4923567-4923736)
chr8 (28-235)||(4726725-4726931)
chr8 (26-236)||(4874658-4874870)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 166; Significance: 6e-89; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 13 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 4682152 - 4681923
Alignment:
Q  13 aatatatataacattagaggataattgaagtttttgaatttatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgtta 112  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4682152 aatatatataacattagaggatacttgaagtttttgaatttatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgtta 4682053  T
Q  113 ttgccatcaatactacaggttagaccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgt 212  Q
    |||||||||| ||| ||| |||| |||||||||||||| || || || |||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| || ||||||||||    
T  4682052 ttgccatcaagactgcagtttaggccttcccacatatagtttactggaccacatggatctccctgccaatttctagccaccccataggccttcttgatgt 4681953  T
Q  213 ttgtgatagtatcaactagtatttcgtatt 242  Q
    || | |||||||||||||||||||||||||    
T  4681952 ttctcatagtatcaactagtatttcgtatt 4681923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 28 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 4737488 - 4737274
Alignment:
Q  28 agaggataattgaagtttttgaatttatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgttattgccatcaatacta 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  4737488 agaggataattgaagtttttgaatttatgcatatggtttatttaaggaattataaacttacaaagatgtgattcttggaatgttattgccatcactacta 4737389  T
Q  128 caggttagaccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtttgtgatagtatcaa 227  Q
    ||| |||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4737388 cagtttaggccttcccacatgtaattcacaggggcacatggatctccttgccaatttcttgccacaccataagcattcttgatgtttgtcatagtatcaa 4737289  T
Q  228 ctagtatttcgtatt 242  Q
    || |||||| |||||    
T  4737288 ctggtatttagtatt 4737274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 28 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 4997138 - 4996924
Alignment:
Q  28 agaggataattgaagtttttgaatttatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgttattgccatcaatacta 127  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  4997138 agaggataattcaagtttttgaatttatgcatatggtttatttaaggaattataaacctacaaagatgtgattcttgggatgttattgccatcaagactg 4997039  T
Q  128 caggttagaccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtttgtgatagtatcaa 227  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  4997038 cagtttaggccttcccacatataattcacaggggcacatggatctccttgccaatttctagccaccccataagtgttcttgatgtttatgatagtatcaa 4996939  T
Q  228 ctagtatttcgtatt 242  Q
    ||||||||| |||||    
T  4996938 ctagtatttagtatt 4996924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 14 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 4704238 - 4704011
Alignment:
Q  14 atatatataacattagaggataattgaagtttttgaatttatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgttat 113  Q
    |||||| |||||| | | ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4704238 atatatttaacatcaaatgataattgaagttcttgaatttatggatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgctat 4704139  T
Q  114 tgccatcaatactacaggttagaccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtt 213  Q
    || |||||||| ||||| |||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  |||||||| ||    
T  4704138 tggcatcaatagtacagtttacgccttcccacatgtaattcacagggacacatggatctccttgccaatttctagacaccccataagtgttcttgatatt 4704039  T
Q  214 tgtgatagtatcaactagtatttcgtat 241  Q
      ||||||||||||||||||||||||||    
T  4704038 catgatagtatcaactagtatttcgtat 4704011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 40 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 4716251 - 4716046
Alignment:
Q  40 aagtttttgaatttatgcatatgatttattta---agggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgttattgccatcaatactacaggttaga 136  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||  ||||     
T  4716251 aagtttttgaagttatgcatatggtttatttattaagggattgtaaacttacagagatgtgattcttgggatgctatagccatcaatactacaatttagg 4716152  T
Q  137 ccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtttgtgatagtatcaactagtattt 236  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4716151 ccttcccacatataattcacaggaccacatggatctccttgccaatttctagtcaccccataagtattcttgatgtttgtgatagtatcaactagtattt 4716052  T
Q  237 cgtatt 242  Q
     |||||    
T  4716051 tgtatt 4716046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 28 - 242
Target Start/End: Original strand, 4775939 - 4776157
Alignment:
Q  28 agaggataattgaagtttttgaa-tttatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgttattgccatcaata-- 124  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| |||||  |      
T  4775939 agaggataattaaagtttttgaaatttatgcatatggttaatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggggattattgtcatcatcagt 4776038  T
Q  125 -ctacaggttagaccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtttgtgatagta 223  Q
     |||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  4776039 gctacagtttaggccttcccacatataattcacaggggcacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtttgtgatatta 4776138  T
Q  224 tcaactagtatttcgtatt 242  Q
    ||||||||||||| |||||    
T  4776139 tcaactagtattttgtatt 4776157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 35 - 242
Target Start/End: Original strand, 4900482 - 4900689
Alignment:
Q  35 aattgaagtttttgaatttatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgttattgccatcaatactacaggtta 134  Q
    |||||||||||||||| |||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||| |||    
T  4900482 aattgaagtttttgaagttatgcatacagtttatttaaggaattgtaaacttacaaagatgtgattcttggaatgctatagccatcaatactacagttta 4900581  T
Q  135 gaccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtttgtgatagtatcaactagtat 234  Q
    |  ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  4900582 ggacttcccacatatatttcacaggaccacatggatctccttgccaatttctagccaccccataagcatccttgatgtttgtgatagtatcaactagcat 4900681  T
Q  235 ttcgtatt 242  Q
    || |||||    
T  4900682 ttggtatt 4900689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 28 - 242
Target Start/End: Original strand, 4912881 - 4913093
Alignment:
Q  28 agaggataattgaagtttttgaatttatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgttattgccatcaatacta 127  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||    
T  4912881 agaggataattgaagttcttgaatttatg--tatggtttatttaaggaatggtaaacttacaaagatgtgattcttggaatgctatagccatcaatacta 4912978  T
Q  128 caggttagaccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtttgtgatagtatcaa 227  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||| || ||    
T  4912979 cagtttaggccttcccacatataattcacaggaccacatggatctccttgccaatttctagccaccacataagcatccttgatgtttgtgatagcattaa 4913078  T
Q  228 ctagtatttcgtatt 242  Q
    ||| ||||| |||||    
T  4913079 ctattatttggtatt 4913093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 13 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 4689729 - 4689501
Alignment:
Q  13 aatatatataacattagaggataattgaagtttttgaatttatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgtta 112  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||   |||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  4689729 aatatatataacattagaggtta-ttgaagtttttgaatttat---tatggtttattgaagtgattgtaaacttacaaagatgtgattcttggggggtta 4689634  T
Q  113 ttgccatca---atactacaggttagaccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttga 209  Q
    ||| |||||   ||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| |    
T  4689633 ttggcatcatcaatactacaatttaggccttcccacatataattcacaggaccacatggatctccttgccaatttctagccactccataggccttcttaa 4689534  T
Q  210 tgtttgtgatagtatcaactagtatttcgtatt 242  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  4689533 tgtttgtaatagtatcaactagtatttggtatt 4689501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 68 - 242
Target Start/End: Original strand, 4889458 - 4889632
Alignment:
Q  68 tttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgttattgccatcaatactacaggttagaccttcccacatataattcacagggccacatg 167  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||  |||||||||||| ||||||    
T  4889458 tttaaggaattgtatacttacaaagatatgattcttgggatgttattgccatcaatactgcagtttaggccttcccacacgtaattcacaggggcacatg 4889557  T
Q  168 gatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtttgtgatagtatcaactagtatttcgtatt 242  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4889558 gatctccttcccaatttctagtcagcccataagcattcttgatgtttgtgatagtatcaactagtatttcgtatt 4889632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 28 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 10448071 - 10447863
Alignment:
Q  28 agaggataattgaagtttttgaatttatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgttattgccatcaatacta 127  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||| ||||      |||||| |||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  10448071 agaggacaattaaagtttttgaatttatgtatat------tttaagtgattctaaacttacaaagatgtgattctttgaatgttattgccatcaatacta 10447978  T
Q  128 caggttagaccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtttgtgatagtatcaa 227  Q
    ||| |||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| | ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10447977 cagtttaggccttcccacatatacttcactggaccacatggatctccattccaatttctagccatcccataagcattcttgatgtttgtgatagtatcaa 10447878  T
Q  228 ctagtatttcgtatt 242  Q
    ||||||||| |||||    
T  10447877 ctagtatttggtatt 10447863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 28 - 242
Target Start/End: Original strand, 21438821 - 21439038
Alignment:
Q  28 agaggataattgaagtttttgaatt---tatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgttattgccatcaata 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||   | |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||     
T  21438821 agaggataattgaagtttttgaattatatttgcatatggtttatttaaggaatagtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgctatatccatcaatg 21438920  T
Q  125 ctacaggttagaccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtttgtgatagtat 224  Q
    |||||  |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||| ||||| ||||||||||| ||    
T  21438921 ctacaatttaggccttcccacatataattcccaggaccacatggatctccttgccaatttctagccaccttataagcatccttgacgtttgtgatagcat 21439020  T
Q  225 caactagtatttcgtatt 242  Q
    |||||||||||| |||||    
T  21439021 caactagtatttggtatt 21439038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 13 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 4746281 - 4746053
Alignment:
Q  13 aatatatataacattagaggataattgaagttttt-gaatttatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgtt 111  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| || |    ||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||  |||    
T  4746281 aatatatataacattagaggtta-ttgaagttttttgaatttatgcatatggttga----aggaattataaacttacaaatatgtgattcttggggggtt 4746187  T
Q  112 attgcca---tcaatactacaggttagaccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttg 208  Q
    ||| |||   |||||||| ||| |||| | |||| ||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |  || |||||||||||||||    
T  4746186 atttccaccatcaatactgcagtttaggcattcctacatatactgcacaggaccacatggatctccttgccaatttctcgcaaccccataagcattcttg 4746087  T
Q  209 atgtttgtgatagtatcaactagtatttcgtatt 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4746086 atgtttgtgatagtatcaactagtatttcgtatt 4746053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 65 - 234
Target Start/End: Original strand, 4923567 - 4923736
Alignment:
Q  65 ttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgttattgccatcaatactacaggttagaccttcccacatataattcacagggccac 164  Q
    ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||  || ||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||||    
T  4923567 ttattcaagggatagtagacttacaaagatgtgattcttggggggttatatccatcaacgctgcagtttaggccttcccatatatacttcacagggccac 4923666  T
Q  165 atggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtttgtgatagtatcaactagtat 234  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4923667 atggatctccttgccaatttttagccaccccataagtcttcttgatgtttgtgatagtatcaactagtat 4923736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 28 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 4726931 - 4726725
Alignment:
Q  28 agaggataattgaagtttttgaatttatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgttattgcca---tcaata 124  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||    ||  || |||||||||||| || ||||||||  |  |||||| |||   ||||||    
T  4726931 agaggataattaaagttttggaatttatgcatatggtttat----ggttttataaacttacaaatatatgattcttttggggttatttccaccatcaata 4726836  T
Q  125 ctacaggttagaccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtttgtgatagtat 224  Q
    || ||| |||  |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4726835 ctgcagtttaagccttcccacatatatttcacgggaccacatggatctccctgccaattcctagtcaccccataagcattcttgatgtttgtcatagtat 4726736  T
Q  225 caactagtatt 235  Q
    ||||| |||||    
T  4726735 caacttgtatt 4726725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 26 - 236
Target Start/End: Original strand, 4874658 - 4874870
Alignment:
Q  26 ttagaggataattgaagtttttgaatttatgcatatgatttatttaagggattgtaaacttacaaagatgtgattcttgggatgttattgccatca---a 122  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||| | ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||  |  | |   || |   |    
T  4874658 ttagaggataattgaggttgttgaatttatgaa-atggtttatttcagggattgtaaacttacaaagataggattcttgggccgccaatcagataatgca 4874756  T
Q  123 tactacaggttagaccttcccacatataattcacagggccacatggatctccttgccaatttctagtcactccataagcattcttgatgtttgtgatagt 222  Q
    |||||||| |||| ||||||||||| ||     |||||  ||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4874757 tactacagtttaggccttcccacatgtatgcttcagggtaacatggatctccttgccaatttctttccaccccataagcattcttgatgtttgtgatagt 4874856  T
Q  223 atcaactagtattt 236  Q
    ||||||||||||||    
T  4874857 atcaactagtattt 4874870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1775 times since January 2019
Visitors: 6150