View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0867_low_11 (Length: 432)

Name: NF0867_low_11
Description: NF0867
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0867_low_11
NF0867_low_11
[»] chr4 (46 HSPs)
chr4 (83-428)||(27425826-27426171)
chr4 (219-416)||(27412690-27412887)
chr4 (219-417)||(27420433-27420631)
chr4 (219-407)||(27415656-27415845)
chr4 (220-417)||(27569967-27570164)
chr4 (251-400)||(27503964-27504113)
chr4 (251-400)||(27475528-27475677)
chr4 (246-417)||(27468271-27468442)
chr4 (225-401)||(27423263-27423439)
chr4 (220-428)||(27565869-27566077)
chr4 (246-417)||(27514916-27515087)
chr4 (262-400)||(27524566-27524704)
chr4 (251-398)||(27508896-27509043)
chr4 (246-406)||(27478827-27478987)
chr4 (219-422)||(27497239-27497442)
chr4 (254-400)||(27563298-27563444)
chr4 (246-417)||(27506723-27506894)
chr4 (306-398)||(27490004-27490096)
chr4 (301-406)||(27485942-27486047)
chr4 (263-400)||(27585730-27585867)
chr4 (293-400)||(27411447-27411554)
chr4 (293-419)||(27424505-27424631)
chr4 (322-416)||(27527187-27527281)
chr4 (302-407)||(27444794-27444899)
chr4 (302-407)||(27431148-27431253)
chr4 (293-400)||(27567297-27567404)
chr4 (302-400)||(27414304-27414402)
chr4 (302-400)||(27479943-27480041)
chr4 (302-407)||(27557524-27557629)
chr4 (303-407)||(27498450-27498554)
chr4 (83-167)||(27565730-27565814)
chr4 (264-400)||(27571665-27571801)
chr4 (292-398)||(17970343-17970449)
chr4 (302-400)||(27526112-27526210)
chr4 (302-380)||(27559240-27559318)
chr4 (302-407)||(27460513-27460618)
chr4 (303-407)||(27473927-27474031)
chr4 (304-416)||(27501343-27501455)
chr4 (302-417)||(27487008-27487123)
chr4 (302-400)||(27505702-27505800)
chr4 (303-400)||(27419072-27419169)
chr4 (302-407)||(27500338-27500443)
chr4 (304-417)||(27502809-27502922)
chr4 (302-350)||(27495628-27495676)
chr4 (302-400)||(27476729-27476827)
chr4 (302-354)||(27466909-27466961)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (251-417)||(1756706-1756872)
chr5 (223-412)||(1754718-1754906)
chr5 (304-417)||(1754243-1754356)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (223-417)||(55084811-55085005)
chr3 (292-417)||(50909985-50910110)
chr3 (301-417)||(38024874-38024990)
chr3 (301-417)||(38031326-38031442)
chr3 (292-411)||(48840702-48840820)
chr3 (298-417)||(38043928-38044047)
chr3 (302-395)||(50904792-50904885)
chr3 (301-398)||(50911868-50911965)
chr3 (223-398)||(38028687-38028862)
chr3 (223-398)||(38040002-38040177)
chr3 (301-397)||(38036792-38036888)
chr3 (223-398)||(38033696-38033875)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (301-417)||(21607295-21607411)
chr8 (223-398)||(21604675-21604850)
chr8 (292-377)||(21634608-21634693)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (292-398)||(3073613-3073719)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 46)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 83 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 27426171 - 27425826
Alignment:
Q  83 aaaaacgtagaagagctgcttgagtagttgaattcattctcattaaacaaaacatatttacaatttgccaatctaatggtcatttccttctcatctttta 182  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27426171 aaaaacgtaaaagagctgcttgagtagttgaattcattctcattaaacaaaacatatttacaatttgctaatctaatggtcatttccttctcatctttta 27426072  T
Q  183 gaatttgatgagataactagaatacnnnnnnntatttctactaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcata 282  Q
    |||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27426071 gaatttgatgagataactagaatacaaaaaaatatttctactaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcataggccattcaagcgagatgtcata 27425972  T
Q  283 tgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatg 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27425971 tgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatg 27425872  T
Q  383 gttggttcaagtatgatattgggattacataccgcctttgcttctc 428  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  27425871 gttggttcaagtatgatattgggatcacataccgcttttgtttctc 27425826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 219 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 27412887 - 27412690
Alignment:
Q  219 tctactaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgagg 318  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||    
T  27412887 tctactaaactatgtcagtttcttttggtgtcagattcatagcccattcgagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgagg 27412788  T
Q  319 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccg 416  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  27412787 ccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccg 27412690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 219 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 27420631 - 27420433
Alignment:
Q  219 tctactaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgagg 318  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||    
T  27420631 tctactaaactatgtcagactcttttggtctcagattcatagcccattgaagcaagaagttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgagg 27420532  T
Q  319 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||| |||||||||| |||||| ||||||||||||  ||||||| |||||||    
T  27420531 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaacttgactcagcaagccttgaaatgaaggttggctcaagtatgatacggggattaaataccgc 27420433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 219 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 27415845 - 27415656
Alignment:
Q  219 tctactaaactatgtcagtctgttttg-gtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgag 317  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  |||| ||||||||| ||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  27415845 tctactaaactatgtcagtctcttttttgtgttagattcatattccgttcaagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaatggtgag 27415746  T
Q  318 gccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggat 407  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27415745 gccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagtatgatatggggat 27415656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 220 - 417
Target Start/End: Original strand, 27569967 - 27570164
Alignment:
Q  220 ctactaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggc 319  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||  || |||| ||||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||    
T  27569967 ctactaaactatgtcagtctcttctggtgttagattcatatcccgttcatgcgagatgttatatgttgaaagatatcttcggtgcaaggaatggtgaggc 27570066  T
Q  320 cacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgc 417  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||| |||||| | ||||||||||  ||||| |||||||||    
T  27570067 cacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgc 27570164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 251 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 27504113 - 27503964
Alignment:
Q  251 agattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 350  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| || || ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27504113 agattcatagtccattcaagcaagaagttatgtgttggaagacatcttcggtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttc 27504014  T
Q  351 ctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 400  Q
    |||   ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27504013 ctcggcttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaagtatgata 27503964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 251 - 400
Target Start/End: Original strand, 27475528 - 27475677
Alignment:
Q  251 agattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 350  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| || |||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27475528 agattcatagcccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcggagcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 27475627  T
Q  351 ctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 400  Q
    |||   ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  27475628 ctcggcttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagtatgata 27475677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 246 - 417
Target Start/End: Original strand, 27468271 - 27468442
Alignment:
Q  246 gtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaac 345  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  |||  | |||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27468271 gtgtaagattcatagtccattcaaggaagaaattatatgttggaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaat 27468370  T
Q  346 tcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgc 417  Q
    ||||||||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||| |||| |||||    
T  27468371 tcttcctcggattgactcaacaagtcttgaaatgaaggttggtttaagtatgatacagggactacaaaccgc 27468442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 225 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 27423439 - 27423263
Alignment:
Q  225 aaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccaccc 324  Q
    |||||| || ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |||| || |||||||| || ||||| || |||||||||| |||||||||||||    
T  27423439 aaactacgttagtctattttggtgtttgattcatagtccattcaagtgagaagttatatgttggaaaacatcttccgtgcaaggaacggtgaggccaccc 27423340  T
Q  325 atgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatat 401  Q
    ||||||||||  || ||||||||||||||   ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27423339 atgggatgattgtaaccaaactcttcctcggcttgactcaacaattcttgaaatgaaggttggttcaagtatgatat 27423263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 220 - 428
Target Start/End: Original strand, 27565869 - 27566077
Alignment:
Q  220 ctactaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggc 319  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||||||| ||| || |||||||| || ||||| |||   ||||||||||||||||    
T  27565869 ctactaaactatgtcagtctaatttggtgttaggttcatagtccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcgccacaaggaatggtgaggc 27565968  T
Q  320 cacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgcct 419  Q
    ||||||| |||||||||||||||  ||||||||||| |||  |||  |||||||||||  |||||||||||| ||||||||| ||||| ||| | ||| |    
T  27565969 cacccattggatgatcatatccatgctcttcctcaacttgtatcagcaagtcttgaaacaatggttggttcaggtatgatatggggatcacaaatcgctt 27566068  T
Q  420 ttgcttctc 428  Q
    ||| |||||    
T  27566069 ttgtttctc 27566077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 246 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 27515087 - 27514916
Alignment:
Q  246 gtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaac 345  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  |||  | ||||| || || ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27515087 gtgtaagattcatagtccattcaaggaagaaattatatgctggaagacatcttctgtacaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaat 27514988  T
Q  346 tcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgc 417  Q
    ||||||||  |||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||  |||| |||| |||||    
T  27514987 tcttcctcggattgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagtatgatacagggactacaaaccgc 27514916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 262 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 27524704 - 27524566
Alignment:
Q  262 ccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgac 361  Q
    ||||||||||  || || |||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||     
T  27524704 ccattcaagcatgaagttatatgttggaagacatcttcggtgcacggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgat 27524605  T
Q  362 tcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 400  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  27524604 tcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaaatatgata 27524566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 251 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 27509043 - 27508896
Alignment:
Q  251 agattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 350  Q
    |||||||||||||||| |||| ||| || |||||||| || ||||| |||| ||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  27509043 agattcatagtccattgaagcaagaagttatatgttggaacacatcttcggagcatggaatggtgaggccacccgttggatgatcatatccaaactcttc 27508944  T
Q  351 ctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatga 398  Q
    ||||   ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  27508943 ctcagcctgattcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaaatatga 27508896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 246 - 406
Target Start/End: Original strand, 27478827 - 27478987
Alignment:
Q  246 gtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaac 345  Q
    |||| ||| |||||| |||||||||| ||| || |||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27478827 gtgtaagaatcatagcccattcaagcaagaagttatatgttggaacacatcttcggagcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaat 27478926  T
Q  346 tcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattggga 406  Q
    ||||| ||   ||||   |  || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  27478927 tcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatattggga 27478987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 219 - 422
Target Start/End: Original strand, 27497239 - 27497442
Alignment:
Q  219 tctactaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgagg 318  Q
    |||||||||||| |||||||| |||    || | ||| |||| |||||||||||||| || ||  |||| || ||||  || ||||||||||||||||||    
T  27497239 tctactaaactacgtcagtctctttccacgtgaaatttatagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatggtgagg 27497338  T
Q  319 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgcc 418  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || | ||||||  |||||||||| |||||||| || ||||| ||| |||||     
T  27497339 ccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatattgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgct 27497438  T
Q  419 tttg 422  Q
    ||||    
T  27497439 tttg 27497442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 254 - 400
Target Start/End: Original strand, 27563298 - 27563444
Alignment:
Q  254 ttcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctc 353  Q
    |||||||  ||||||||||||| || |||||||||||  |||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  27563298 ttcatagctcattcaagcgagaagttatatgttgaaaggcatcttcagtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttc 27563397  T
Q  354 aaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 400  Q
       ||||||||  || ||||||||  ||| |||||||||||||||||    
T  27563398 ggcttgactcagcaaatcttgaaacaatgtttggttcaagtatgata 27563444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 246 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 27506894 - 27506723
Alignment:
Q  246 gtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaac 345  Q
    |||||||||| || |  ||||||||| ||| || || |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  27506894 gtgtcagatttatggctcattcaagcaagaagttatgtgttgaaagacatcttcagtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaat 27506795  T
Q  346 tcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgc 417  Q
    ||||| ||   ||||   |  || ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||    
T  27506794 tcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgc 27506723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 306 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 27490096 - 27490004
Alignment:
Q  306 aggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatga 398  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||| |||| || |||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  27490096 aggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcggcttgattcaacaaatcttgaaatgatggtttgtttaagtatga 27490004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 301 - 406
Target Start/End: Original strand, 27485942 - 27486047
Alignment:
Q  301 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||   ||||   |  || ||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  27485942 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 27486041  T
Q  401 ttggga 406  Q
    ||||||    
T  27486042 ttggga 27486047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 263 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 27585867 - 27585730
Alignment:
Q  263 cattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgact 362  Q
    ||||||||||| | || |||||||  ||  |||| || ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||   ||||||    
T  27585867 cattcaagcgataagttatatgtttgaaggcatcttctgtgcaaggaatggtgagacctcccattggatgatcatatccaaactcttcttcggcttgact 27585768  T
Q  363 caataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 400  Q
    ||  || ||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  27585767 catcaaatcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 27585730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 293 - 400
Target Start/End: Original strand, 27411447 - 27411554
Alignment:
Q  293 catcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaa 392  Q
    |||||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||   |||| | | ||| |||||||| ||||||||||||||    
T  27411447 catcctcgctgcaaggaattgtgagaccacccataggatgatcatatccaaattcttcttctgcttgatttagtaattcttgaaacgatggttggttcaa 27411546  T
Q  393 gtatgata 400  Q
    ||||||||    
T  27411547 gtatgata 27411554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 293 - 419
Target Start/End: Original strand, 27424505 - 27424631
Alignment:
Q  293 catcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaa 392  Q
    |||||||| |||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||| ||||| | |  || ||||||||||| |||||||||||    
T  27424505 catcctcgctgcacggaatggtaagaccacccattggatgatcatatccatattcttcttcagattgatttagcaattcttgaaatgaaggttggttcaa 27424604  T
Q  393 gtatgatattgggattacataccgcct 419  Q
    |||||||| ||| || ||| |||||||    
T  27424605 gtatgatactggaatcacaaaccgcct 27424631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 322 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 27527281 - 27527187
Alignment:
Q  322 cccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccg 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  || ||| |||| ||||||||||| |||| |||||||||||| ||| ||||    
T  27527281 cccatgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcagcaactctagaaacgatggttggtttaagtgtgatattgggatcacaaaccg 27527187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 302 - 407
Target Start/End: Original strand, 27444794 - 27444899
Alignment:
Q  302 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatat 401  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| || | ||||||   |||| ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  27444794 tgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatat 27444893  T
Q  402 tgggat 407  Q
    ||||||    
T  27444894 tgggat 27444899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 302 - 407
Target Start/End: Original strand, 27431148 - 27431253
Alignment:
Q  302 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatat 401  Q
    |||||||||| ||||| |||||  | ||||| ||||||||||| | ||||||   |||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27431148 tgcaaggaattgtgagaccaccggttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatat 27431247  T
Q  402 tgggat 407  Q
    ||||||    
T  27431248 tgggat 27431253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 293 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 27567404 - 27567297
Alignment:
Q  293 catcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaa 392  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||   |||| | | ||| |||||||| ||||||||||||||    
T  27567404 catcttcgctgcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcataaccaaattcttcttctgtttgatttagtaattcttgaaacgatggttggttcaa 27567305  T
Q  393 gtatgata 400  Q
    ||||||||    
T  27567304 gtatgata 27567297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 302 - 400
Target Start/End: Original strand, 27414304 - 27414402
Alignment:
Q  302 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 400  Q
    |||| ||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||| | | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27414304 tgcacggaattgtaagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaatgagggttggttcaagtatgata 27414402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 302 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 27480041 - 27479943
Alignment:
Q  302 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 400  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| | |||||||  |||  |||| || | ||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  27480041 tgcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaacttttggaatgatgtttggttcaagtatgata 27479943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 302 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 27557629 - 27557524
Alignment:
Q  302 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatat 401  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||| |||||| ||||| |||| | |||||||  |||| |||  || |||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  27557629 tgcatggaatagtgagaccacccattggatgaacatattcaaattgttcctcagcttgattcagcaattcttgaaatgatggttggtttaagtatgacat 27557530  T
Q  402 tgggat 407  Q
    ||||||    
T  27557529 tgggat 27557524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 303 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 27498554 - 27498450
Alignment:
Q  303 gcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatatt 402  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| | || | ||||||   |||  |||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||     
T  27498554 gcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcgaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttggaacgatggttggttcaagtatgatata 27498455  T
Q  403 gggat 407  Q
    |||||    
T  27498454 gggat 27498450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 83 - 167
Target Start/End: Original strand, 27565730 - 27565814
Alignment:
Q  83 aaaaacgtagaagagctgcttgagtagttgaattcattctcattaaacaaaacatatttacaatttgccaatctaatggtcattt 167  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||| || ||||||||||   || ||||||||  |||||||||||||||||    
T  27565730 aaaaacatagaagagctgcttgaatagtcgaattcattgtcgttaaacaaaattgatatacaatttatcaatctaatggtcattt 27565814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 264 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 27571801 - 27571665
Alignment:
Q  264 attcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactc 363  Q
    |||||||||||| || | || | | ||| ||||||||  ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||| |     
T  27571801 attcaagcgagaagtaagatttaggaattcatcctcgccgcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgattt 27571702  T
Q  364 aataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 400  Q
    | ||| |||||||| ||||| ||| |||| |||||||    
T  27571701 agtaattcttgaaacgatggctggctcaaatatgata 27571665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 292 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 17970449 - 17970343
Alignment:
Q  292 acatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttca 391  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||     ||||||  |||| ||||||||| | ||||||||    
T  17970449 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggttca 17970350  T
Q  392 agtatga 398  Q
    |||||||    
T  17970349 agtatga 17970343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 302 - 400
Target Start/End: Original strand, 27526112 - 27526210
Alignment:
Q  302 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 400  Q
    |||||||||| ||||| |||||| | |||||||||||| |||| | |||||||  ||| ||||| || ||||| ||||| | |||||||||||||||||    
T  27526112 tgcaaggaatagtgagaccacccgttggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaagtatgata 27526210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 302 - 380
Target Start/End: Original strand, 27559240 - 27559318
Alignment:
Q  302 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatga 380  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||| | |||||||||    
T  27559240 tgcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcatatccaaactcttcttctgattggcttaataactattgaaatga 27559318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 302 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 27460618 - 27460513
Alignment:
Q  302 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatat 401  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| | |||||||  ||| ||||  || ||||| ||||||  ||| ||||| ||||||||    
T  27460618 tgcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcaattcttggaatgatttttgcttcaaatatgatat 27460519  T
Q  402 tgggat 407  Q
     |||||    
T  27460518 agggat 27460513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 303 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 27474031 - 27473927
Alignment:
Q  303 gcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatatt 402  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| | |||||||  ||| ||||  || ||||| ||||||  ||| ||||| ||||||||     
T  27474031 gcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcaattcttggaatgatttttgcttcaaatatgatata 27473932  T
Q  403 gggat 407  Q
    |||||    
T  27473931 gggat 27473927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 304 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 27501455 - 27501343
Alignment:
Q  304 caaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattg 403  Q
    |||||||| ||||| |||||| | |||||||| ||| |||| | ||||||   |||  |||| |||||||||||  |||||||||| |||||||||||||    
T  27501455 caaggaatagtgagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattg 27501356  T
Q  404 ggattacataccg 416  Q
    |||| ||| ||||    
T  27501355 ggatcacaaaccg 27501343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 302 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 27487123 - 27487008
Alignment:
Q  302 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatat 401  Q
    |||||||||| || || |||||||| |||||||||||| |||| | ||| |||  |||  |||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||     
T  27487123 tgcaaggaatagtaagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcttcagcttggttcaacaattcttgaaacgatggttggtttaagtatgataa 27487024  T
Q  402 tgggattacataccgc 417  Q
     ||||| ||| |||||    
T  27487023 agggatcacaaaccgc 27487008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 302 - 400
Target Start/End: Original strand, 27505702 - 27505800
Alignment:
Q  302 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 400  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||| |||| | |||||||  |||  |||| || ||||| ||||| | |||||||||||||||||    
T  27505702 tgcaaggaatagtgagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaattcttggaatgaggtttggttcaagtatgata 27505800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 303 - 400
Target Start/End: Original strand, 27419072 - 27419169
Alignment:
Q  303 gcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 400  Q
    ||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||| | | ||| |||||||| ||||| ||| |||| |||||||    
T  27419072 gcaaggaattgtaagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaacgatggctggctcaaatatgata 27419169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 302 - 407
Target Start/End: Original strand, 27500338 - 27500443
Alignment:
Q  302 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatat 401  Q
    |||||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||| |||| ||| ||| |||| ||||  || ||||| |||||   |||||| |||||||||||    
T  27500338 tgcaaggaatagtgatgccacccattggatggtcatatccgaactgttcttcagattggctcagcaattcttggaatgaactttggtttaagtatgatat 27500437  T
Q  402 tgggat 407  Q
     |||||    
T  27500438 agggat 27500443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 304 - 417
Target Start/End: Original strand, 27502809 - 27502922
Alignment:
Q  304 caaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattg 403  Q
    |||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||  ||| ||||  |||||||||||||| | ||| ||||| ||||| ||||    
T  27502809 caaggaatagtaagaccacccattggatggtcatatccaaattcttccacagcttggctcagcaagtcttgaaatgaagtttgattcaaatatgacattg 27502908  T
Q  404 ggattacataccgc 417  Q
    | || ||| |||||    
T  27502909 gaatcacaaaccgc 27502922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #44
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 302 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 27495676 - 27495628
Alignment:
Q  302 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 350  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||| | |||||||||||||    
T  27495676 tgcaaggaatggtgagaccacccattggatgattaaatccaaactcttc 27495628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #45
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 302 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 27476827 - 27476729
Alignment:
Q  302 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 400  Q
    |||||||||| || || |||||||| |||||||||||| |||| | |||||||  ||| ||||  |  ||||| ||||| | |||||||||||||||||    
T  27476827 tgcaaggaatagttagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcagttcttggaatgaggtttggttcaagtatgata 27476729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #46
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 302 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 27466961 - 27466909
Alignment:
Q  302 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctca 354  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||| | |||||||    
T  27466961 tgcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctca 27466909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 251 - 417
Target Start/End: Original strand, 1756706 - 1756872
Alignment:
Q  251 agattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 350  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| || |||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  1756706 agattcatagcccattcaagcaagaggtaatatgttggaaggcatcttcggtgcaaggaatggtgaggccacccatggggtgatcatatccaaattcttc 1756805  T
Q  351 ctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgc 417  Q
     |||  ||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  1756806 ttcagcttgactcaacaagtattgaaacgatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccgc 1756872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 223 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 1754906 - 1754718
Alignment:
Q  223 ctaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccac 322  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| | | | ||| |||| ||||| |||| ||| || |||| ||  || ||||| || |||||| |||||||||||||||    
T  1754906 ctaaactatgtcactctcttttg-tatgaaatttatagcccatttaagctagaagttatattttcgaagacatcttctgtgcaaagaatggtgaggccac 1754808  T
Q  323 ccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacat 412  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||  |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  1754807 ccattggatgatcatatccaaactcttccgcagcttgactcaacaaggattgaaacgatggttgattcaagtatgatattgggatcacat 1754718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 304 - 417
Target Start/End: Original strand, 1754243 - 1754356
Alignment:
Q  304 caaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattg 403  Q
    |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||||| ||||||| |||   | |  || | ||||||||| | |||||||||||||||||  |    
T  1754243 caaggaatagtgagaccacccatcggatgatcatattcaaactgttcctcagatttgtttagcaatttttgaaatgacgattggttcaagtatgatacgg 1754342  T
Q  404 ggattacataccgc 417  Q
    |||| ||| |||||    
T  1754343 ggatcacaaaccgc 1754356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 63; Significance: 3e-27; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 223 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 55085005 - 55084811
Alignment:
Q  223 ctaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccac 322  Q
    |||| |||||||| ||| |||  |||| ||||| ||||| |||| |||||||| || |||||    || ||||| || ||||||||||| ||||||||||    
T  55085005 ctaatctatgtcaatctctttcagtgtaagatttatagttcattgaagcgagaagtaatatgaaagaaaacatcttctgtgcaaggaattgtgaggccac 55084906  T
Q  323 ccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgc 417  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||||||     ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||| |||||    
T  55084905 ccattggatgatcgtatccaaattcttcctccgcccgactcaacaagtcttgaaatgatggttggttcaagtaagacatagggatcacaaaccgc 55084811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 292 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 50910110 - 50909985
Alignment:
Q  292 acatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttca 391  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | |||| |||| |||| ||||||||| | ||||||||    
T  50910110 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaattcttcctccacttgattcaacaagttttgaaatgaagcttggttca 50910011  T
Q  392 agtatgatattgggattacataccgc 417  Q
    ||||||| || ||||| ||| |||||    
T  50910010 agtatgacatggggataacaaaccgc 50909985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 301 - 417
Target Start/End: Original strand, 38024874 - 38024990
Alignment:
Q  301 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 400  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |    
T  38024874 gtgcaaggaatcgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagcttggttcaagtatgaca 38024973  T
Q  401 ttgggattacataccgc 417  Q
    | ||||| ||| |||||    
T  38024974 tggggataacaaaccgc 38024990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 301 - 417
Target Start/End: Original strand, 38031326 - 38031442
Alignment:
Q  301 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 400  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |    
T  38031326 gtgcaaggaatcgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagcttggttcaagtatgaca 38031425  T
Q  401 ttgggattacataccgc 417  Q
    | ||||| ||| |||||    
T  38031426 tggggataacaaaccgc 38031442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 292 - 411
Target Start/End: Original strand, 48840702 - 48840820
Alignment:
Q  292 acatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttca 391  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| | || |||||| |||||||||||||| | ||||||||    
T  48840702 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaattctttctccactt-actcaacaagtcttgaaatgaggcttggttca 48840800  T
Q  392 agtatgatattgggattaca 411  Q
    ||||||  || |||||||||    
T  48840801 agtatggcatggggattaca 48840820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 298 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 38044047 - 38043928
Alignment:
Q  298 tcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatg 397  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||  ||||||||||| || | ||| ||||||||||    
T  38044047 tcggtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcagcaagtcttgaaacgaagtttgattcaagtatg 38043948  T
Q  398 atattgggattacataccgc 417  Q
    | || ||||| ||| |||||    
T  38043947 acatagggatcacaaaccgc 38043928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 302 - 395
Target Start/End: Original strand, 50904792 - 50904885
Alignment:
Q  302 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagta 395  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||   | ||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||    
T  50904792 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccgaattcatcctctgctcgactcaacaagtcttgaaatgaagtttggttcaagta 50904885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 301 - 398
Target Start/End: Original strand, 50911868 - 50911965
Alignment:
Q  301 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatga 398  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||   ||||||||| |||| ||||||||| | |||||||||||||||    
T  50911868 gtgcaaggaattgttaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaacaagttttgaaatgaagcttggttcaagtatga 50911965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 223 - 398
Target Start/End: Original strand, 38028687 - 38028862
Alignment:
Q  223 ctaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccac 322  Q
    |||| ||||||||||||  ||| |||| ||||| |||| ||||| ||| |||| || |||||    || || || || ||||||||||| |||||||| |    
T  38028687 ctaatctatgtcagtctcctttagtgtaagatttatagcccattgaagtgagaagtaatatgcaagaaaacgtcttctgtgcaaggaattgtgaggccgc 38028786  T
Q  323 ccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatga 398  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||||||   ||||||||| | || ||||||||| | |||||||||||||||    
T  38028787 ccattggatggtcatatccaaattcttcctcggcttgactcaacaggttttgaaatgaagcttggttcaagtatga 38028862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 223 - 398
Target Start/End: Original strand, 38040002 - 38040177
Alignment:
Q  223 ctaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccac 322  Q
    |||| ||||||||||||  ||| |||| ||||| |||| ||||| ||| |||| || |||||    || || || || ||||||||||| |||||||| |    
T  38040002 ctaatctatgtcagtctcctttagtgtaagatttatagcccattgaagtgagaagtaatatgcaagaaaacgtcttctgtgcaaggaattgtgaggccgc 38040101  T
Q  323 ccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatga 398  Q
    |||| ||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||| | || ||||||||| | |||||||||||||||    
T  38040102 ccattggatggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaacaggttttgaaatgaagcttggttcaagtatga 38040177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 301 - 397
Target Start/End: Original strand, 38036792 - 38036888
Alignment:
Q  301 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatg 397  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||| || | ||||||||| | ||||||||||||||    
T  38036792 gtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaacaaattttgaaatgaagcttggttcaagtatg 38036888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 223 - 398
Target Start/End: Original strand, 38033696 - 38033875
Alignment:
Q  223 ctaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccac 322  Q
    |||| ||||||||||||  ||| |||| ||||| |||| ||||| |||||||| || |||||    || ||||| || ||||| ||||| |||| ||| |    
T  38033696 ctaatctatgtcagtctcctttagtgtaagatttatagcccattgaagcgagaagtaatatgcaagaaaacatcttctgtgcagggaattgtgatgccgc 38033795  T
Q  323 ccatg----ggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatga 398  Q
    ||||     ||||| ||||||||||| ||||||||   ||||||||| |||| ||||||||| | |||||||||||||||    
T  38033796 ccattaattggatggtcatatccaaattcttcctcggcttgactcaacaagttttgaaatgaagcttggttcaagtatga 38033875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 49; Significance: 7e-19; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 301 - 417
Target Start/End: Original strand, 21607295 - 21607411
Alignment:
Q  301 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 400  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||| |||||| || | | ||||||||||||| |    
T  21607295 gtgcaaggaaccgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagctcggttcaagtatgaca 21607394  T
Q  401 ttgggattacataccgc 417  Q
    | ||||| ||| |||||    
T  21607395 tggggataacaaaccgc 21607411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 223 - 398
Target Start/End: Original strand, 21604675 - 21604850
Alignment:
Q  223 ctaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccac 322  Q
    |||| ||||||||||||  ||| |||| ||||| |||| ||||| ||| |||| || |||||    || || || || ||||||||||| |||||||| |    
T  21604675 ctaatctatgtcagtctcctttagtgtaagatttatagcccattgaagtgagaagtaatatgcaagaaaacgtcttctgtgcaaggaattgtgaggccgc 21604774  T
Q  323 ccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatga 398  Q
    |||| ||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||| | || ||||||||| | |||||||||||||||    
T  21604775 ccattggatggtcatatcctaattcttcctcgtcttgactcaacatgttttgaaatgaagcttggttcaagtatga 21604850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 292 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 21634693 - 21634608
Alignment:
Q  292 acatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaa 377  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||   ||||||||  |||||||||||    
T  21634693 acatcttcggtgcaaggaattgtgaagccgcccattcgatgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcagcaagtcttgaaa 21634608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000006; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 292 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 3073719 - 3073613
Alignment:
Q  292 acatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttca 391  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||     ||||||  |||| ||||||||| | ||||||||    
T  3073719 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggttca 3073620  T
Q  392 agtatga 398  Q
    |||||||    
T  3073619 agtatga 3073613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 2595 times since January 2019
Visitors: 6164