View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0867_low_4 (Length: 519)

Name: NF0867_low_4
Description: NF0867
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0867_low_4
NF0867_low_4
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (1-500)||(26264-26766)
chr8 (23-500)||(15564764-15565253)
chr8 (23-500)||(20832170-20832653)
chr8 (26-500)||(12502537-12503031)
chr8 (23-500)||(25630622-25631113)
chr8 (378-500)||(25094374-25094496)
chr8 (23-185)||(44308560-44308733)
chr8 (447-500)||(20831956-20832009)
chr8 (447-500)||(44308350-44308403)
chr8 (447-500)||(26062-26115)
chr8 (451-500)||(9879060-9879109)
chr8 (447-500)||(15565414-15565467)
chr8 (447-500)||(25630418-25630471)
chr8 (447-500)||(6869220-6869273)
chr8 (447-500)||(12502330-12502383)
chr8 (447-492)||(15730744-15730789)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (1-500)||(9708113-9708622)
chr2 (23-500)||(15830094-15830581)
chr2 (113-500)||(36207514-36207903)
chr2 (336-416)||(4646813-4646893)
chr2 (447-500)||(9708771-9708824)
chr2 (447-500)||(3106868-3106921)
chr2 (447-500)||(15830742-15830795)
chr2 (23-86)||(36207418-36207481)
chr2 (447-500)||(36207213-36207268)
[»] chr3 (29 HSPs)
chr3 (23-500)||(54627268-54627754)
chr3 (23-500)||(35235299-35235785)
chr3 (24-500)||(32750928-32751414)
chr3 (23-500)||(40065731-40066218)
chr3 (23-500)||(24782319-24782803)
chr3 (23-500)||(20819678-20820167)
chr3 (23-490)||(54602378-54602854)
chr3 (333-500)||(35234491-35234658)
chr3 (23-244)||(35234197-35234427)
chr3 (336-416)||(40009555-40009635)
chr3 (447-500)||(54627914-54627967)
chr3 (23-86)||(1092469-1092532)
chr3 (447-500)||(24782973-24783026)
chr3 (447-500)||(54603015-54603068)
chr3 (446-500)||(50672415-50672469)
chr3 (447-500)||(20819464-20819517)
chr3 (447-500)||(32751576-32751629)
chr3 (447-500)||(40066379-40066432)
chr3 (446-500)||(35233983-35234037)
chr3 (447-500)||(20411016-20411069)
chr3 (455-500)||(46650974-46651019)
chr3 (447-500)||(54492959-54493012)
chr3 (447-500)||(1092256-1092308)
chr3 (447-500)||(35235085-35235138)
chr3 (447-500)||(55482161-55482214)
chr3 (99-152)||(1092556-1092610)
chr3 (23-57)||(54493174-54493208)
chr3 (451-492)||(31584937-31584978)
chr3 (447-492)||(40791604-40791649)
[»] chr1 (29 HSPs)
chr1 (23-500)||(16834607-16835094)
chr1 (23-500)||(44431642-44432130)
chr1 (23-500)||(21246693-21247176)
chr1 (114-500)||(19075867-19076245)
chr1 (114-500)||(19123757-19124135)
chr1 (23-500)||(46294683-46295154)
chr1 (1-316)||(1799129-1799443)
chr1 (103-461)||(25377281-25377639)
chr1 (388-500)||(1799008-1799120)
chr1 (23-155)||(39365296-39365428)
chr1 (398-500)||(23703265-23703367)
chr1 (427-500)||(23703616-23703689)
chr1 (447-500)||(16835255-16835308)
chr1 (447-500)||(39365082-39365135)
chr1 (447-500)||(42774961-42775014)
chr1 (447-500)||(44431428-44431481)
chr1 (449-500)||(1799594-1799645)
chr1 (447-500)||(25376973-25377026)
chr1 (447-500)||(46295315-46295368)
chr1 (447-500)||(16798049-16798102)
chr1 (447-500)||(21247337-21247390)
chr1 (447-500)||(29487528-29487581)
chr1 (451-500)||(27234654-27234703)
chr1 (464-500)||(11202031-11202067)
chr1 (23-86)||(25377187-25377249)
chr1 (463-500)||(40315400-40315437)
chr1 (447-485)||(45141727-45141765)
chr1 (447-492)||(18806874-18806919)
chr1 (447-500)||(48731419-48731472)
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (27-500)||(14103061-14103543)
chr7 (27-500)||(14413078-14413560)
chr7 (23-500)||(26831987-26832478)
chr7 (23-483)||(36897848-36898319)
chr7 (333-500)||(15753006-15753173)
chr7 (103-245)||(15752769-15752913)
chr7 (426-483)||(36898331-36898388)
chr7 (447-500)||(26928317-26928370)
chr7 (23-86)||(15752674-15752737)
chr7 (447-500)||(36897636-36897689)
chr7 (447-497)||(15752467-15752517)
chr7 (446-500)||(44950521-44950574)
chr7 (447-500)||(14103708-14103761)
chr7 (447-500)||(14413725-14413778)
chr7 (455-500)||(26831774-26831818)
chr7 (447-492)||(29417936-29417981)
chr7 (447-492)||(17774540-17774585)
chr7 (447-492)||(42260930-42260975)
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (23-500)||(5574421-5574906)
chr5 (23-500)||(17647529-17648015)
chr5 (203-500)||(26359382-26359678)
chr5 (155-500)||(6914366-6914709)
chr5 (26-161)||(6914937-6915087)
chr5 (447-500)||(24087299-24087352)
chr5 (447-500)||(6915241-6915294)
chr5 (447-500)||(17648176-17648229)
chr5 (455-500)||(26359676-26359721)
chr5 (447-498)||(5574210-5574260)
chr5 (447-492)||(19293041-19293086)
chr5 (447-492)||(5577186-5577231)
[»] chr4 (21 HSPs)
chr4 (23-500)||(56443584-56444070)
chr4 (98-500)||(1614381-1614783)
chr4 (23-245)||(55082892-55083114)
chr4 (103-500)||(42259522-42259904)
chr4 (103-436)||(48083495-48083827)
chr4 (273-482)||(55083124-55083333)
chr4 (23-209)||(6336501-6336699)
chr4 (447-500)||(6336860-6336913)
chr4 (447-500)||(56443370-56443423)
chr4 (23-82)||(48083402-48083459)
chr4 (447-500)||(1613690-1613743)
chr4 (447-500)||(48083186-48083239)
chr4 (447-500)||(55082678-55082731)
chr4 (449-500)||(36112038-36112089)
chr4 (447-500)||(42260105-42260158)
chr4 (445-500)||(12800460-12800515)
chr4 (447-492)||(39334217-39334262)
chr4 (52-86)||(1614324-1614358)
chr4 (23-57)||(12800641-12800675)
chr4 (447-492)||(17215184-17215229)
chr4 (23-59)||(1613904-1613940)
[»] scaffold0340 (2 HSPs)
scaffold0340 (23-500)||(1761-2240)
scaffold0340 (447-500)||(1548-1601)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (23-495)||(11099179-11099663)
chr6 (213-500)||(28537768-28538053)
chr6 (333-500)||(1563138-1563305)
chr6 (103-245)||(1563398-1563542)
chr6 (23-86)||(1563574-1563637)
chr6 (447-500)||(11099783-11099836)
chr6 (447-500)||(28538083-28538136)
chr6 (447-497)||(1563794-1563844)
chr6 (447-492)||(23075138-23075183)
[»] scaffold0113 (2 HSPs)
scaffold0113 (23-225)||(12819-13039)
scaffold0113 (409-500)||(12718-12809)
[»] scaffold0132 (1 HSPs)
scaffold0132 (447-500)||(42268-42321)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 500
Target Start/End: Original strand, 26264 - 26766
Alignment:
Q  1 aagaattatcaagatgtcaaaggatgtcaaagtatatggctttgctattgct-aattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaatttc 99  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||    
T  26264 aagaattaccaagatgtcaaaggatgtcaaagtatatggctttgctattgcttaattttaaccacaccaaaaatcttcacttcctttataatgaaatttc 26363  T
Q  100 aatacacttctctcactttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttagg 199  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26364 aacacacttctctcactttcaagaaaaaatatataaacttgttacttctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttctcccgttagg 26463  T
Q  200 attcaaaggaaaggtaataatattatattatgtatatttcattatg--nnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctcta 297  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||          ||||||||       |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26464 attcaaaggaaaaataataatattatattatgtatatttcgttatgttttttttttaagagaataaaaaaacatgatagccaccatccttttgatctcta 26563  T
Q  298 atggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaaca 397  Q
    ||||||||||||||||||||            || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26564 atggggttaaggacaacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaaca 26663  T
Q  398 ttattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagt 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26664 ttattgtagggtttaccaaatattgtcaatttattctacaatactgtcaatatatggttgtatatcatcaaaacttagctaatatgctccacaattcagt 26763  T
Q  498 gat 500  Q
    |||    
T  26764 gat 26766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 23 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 15565253 - 15564764
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaa-----------tttcaatacacttctc 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| || ||  |           | |||| |||||||||    
T  15565253 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttacacgtcctttatattgtgaccggtgcacactatcaacacacttctc 15565154  T
Q  112 tcactttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaaa 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||     
T  15565153 tcactttcaagaaaaaatatataaatttgttacttctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatgatcttcttcccccattagaattcaaaggaat 15565054  T
Q  212 ggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaaggac 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||       ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15565053 ggtaataatattatattatgtatatttcattatgttttttt-aagagaataaaaaaacatgataaccaccatccttttgatctctaatggggttaaggac 15564955  T
Q  312 aacttgnnnnnnnnnnnn--cagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggt 409  Q
    ||||||              || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  15564954 aacttgaagagaaaaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgaattttgaacattattgttgggt 15564855  T
Q  410 ttaccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15564854 ttatcaaatactgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcatcaaaacttagctaatatgttccacaattcagtgat 15564764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 23 - 500
Target Start/End: Original strand, 20832170 - 20832653
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatg----------aaatttc-aatacacttctc 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||          | ||  | || |||||| ||    
T  20832170 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccac--caaaaatttccacttcctttatactgtgaccggtgcacatcaccaacacacttatc 20832267  T
Q  112 tcactttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaaa 211  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  20832268 tcactttcaagaaaaaatacataaacttgtgacttctctcacttaataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccctgttaggattcaaaggaat 20832367  T
Q  212 ggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaaggac 311  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||       |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  20832368 gttaataatattatattatgtatatttcattatgttttttt-aagagaataaaaaaacatgatagccaccatccttttgatctctaatgggattaaggac 20832466  T
Q  312 aacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggttt 411  Q
    ||||||            || ||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20832467 aacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaacactt--atgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggttt 20832564  T
Q  412 accaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20832565 accaaatactgccaatttgttctacaatgctgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccataattcagtgat 20832653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 26 - 500
Target Start/End: Original strand, 12502537 - 12503031
Alignment:
Q  26 gtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaa-----------ttt----caatacacttct 110  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |           | |    ||| ||||||||    
T  12502537 gtcaaaatatatcgctttgctattgctcattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttatattgtgagcactgcacactctacaccaacacacttct 12502636  T
Q  111 ctcactttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaa 210  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| | |||||||||||| ||    
T  12502637 ctcactttcaagaaaaaatacatatacttgttacttctctcactttataaaagatcttgaaggaaacatggtattcttcccctgataggattcaaagaaa 12502736  T
Q  211 aggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnn------catgatagccaccatcattttgatctctaatggggt 304  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| ||||        ||||||||             |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12502737 tggtaataatattatattatgtatatttcactatgttttatt-aagagaataaaaaaaaaaaaacatgatagccaccatccttttgatctctaatggggt 12502835  T
Q  305 taaggacaacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgt 404  Q
     ||||||||||||            || ||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12502836 gaaggacaacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatgtttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgt 12502935  T
Q  405 agggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12502936 agggtttaccaaatattgtcaatttgttttaccatactgccaatatattgttgtataccgacaaaacttagctaatatgctccacaattcactgat 12503031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 23 - 500
Target Start/End: Original strand, 25630622 - 25631113
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaa-----------ttt----caatacact 107  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||  |           | |    ||| | |||    
T  25630622 gatgtcaaaatatatggctttgttattgctaattttaaccacaccataaatttccacttcctttatattgtgagcactgcacactgtacaccaacatact 25630721  T
Q  108 tctctcactttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaag 207  Q
    || |||| ||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| |||| |||    
T  25630722 tcgctcagtttcaagaaaaaatacataaatttgttacttctctcactttataaaagatcttgaaggaattgtggtcttcttcccccattagaattccaag 25630821  T
Q  208 gaaaggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaa 307  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||       ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||    
T  25630822 gaatggtaataatattatattatgtatatttcattatgttttttc-aagagaataaaaaaacatgatagccaacatccttttgatctctaatggggtgaa 25630920  T
Q  308 ggacaacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagg 407  Q
    ||| ||||||            || ||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  25630921 ggagaacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatgtttttatctttgttttgtaaatattcttgagtttttaacattaatgtagg 25631020  T
Q  408 gtttaccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  25631021 gtttaccaaatactgccaatttattctaccatactgtcaatatatgcttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctctagaattcagtgat 25631113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 378 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 25094496 - 25094374
Alignment:
Q  378 atattcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagct 477  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  25094496 atattcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgtgaatttgttatacaatattgtcaatatatagttgtatatcgtcaaaacttagtt 25094397  T
Q  478 aatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  25094396 aatatgctccacaattcagtgat 25094374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 23 - 185
Target Start/End: Original strand, 44308560 - 44308733
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaatt-----------tcaatacacttctc 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| || ||  |             |||| |||||||||    
T  44308560 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccatttcatttatattgtgagcggtgcacaccatcaacacacttctc 44308659  T
Q  112 tcactttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtctt 185  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44308660 tcactttcaagaaaaaatacataaacttgttacttctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtctt 44308733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 20832009 - 20831956
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20832009 atatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 20831956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 44308403 - 44308350
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44308403 atatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 44308350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 26115 - 26062
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26115 atatatggttgtgtaccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 26062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 451 - 500
Target Start/End: Original strand, 9879060 - 9879109
Alignment:
Q  451 atggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9879060 atggttgtatatcgtcaaaatttagctaatatgctccacaattcagtgat 9879109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Original strand, 15565414 - 15565467
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15565414 atatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctctacaattcagtgat 15565467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 25630471 - 25630418
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  25630471 atatatggttgtataccgtcaaaacttagttaatatgctccacaattcaatgat 25630418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 6869273 - 6869220
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6869273 atatatgattgtataccgtcaaaatttagctaacatgctccacaattcagtgat 6869220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 12502383 - 12502330
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||||||||||||||||||  || |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12502383 atatatggttgtatatcgtagaagcttagctaatatgctctacaattcagtgat 12502330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 447 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 15730789 - 15730744
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaat 492  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  15730789 atatatgattgtataccgtcaaaacttagctaatatgcttcacaat 15730744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 323; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 9708622 - 9708113
Alignment:
Q  1 aagaattatcaagatgtcaaaggatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaatt--- 97  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||  |         
T  9708622 aagaattaccaagatgtcaaaggatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaattttcacttcctttatattgtgagcggt 9708523  T
Q  98 --------tcaatacacttctctcactttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttc 189  Q
            |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9708522 gcacaccatcaacacacttctctcactttcaagaaaaaatacataaacttgttacttctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttc 9708423  T
Q  190 ccccgttaggattcaaaggaaaggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcatttt 289  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||       |||||||||||||||| ||||    
T  9708422 ccccgttaggattcaaaggaatggtaataatattatattatgtatatttcattatgttttttt-aagagaataaaaaaacatgatagccaccatcctttt 9708324  T
Q  290 gatctctaatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagt 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||            || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9708323 gatctctaatggggttaaggacaacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagt 9708224  T
Q  390 tttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccac 489  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9708223 tttgaacattattgtagggtttaccaaatattgtcaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccac 9708124  T
Q  490 aattcagtgat 500  Q
    |||||||||||    
T  9708123 aattcagtgat 9708113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 23 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 15830581 - 15830094
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaatt-----------tcaatacacttctc 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| || ||  |             |||| |||||||||    
T  15830581 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaaatttcacttcctttatattgtgagcggtgcacaccatcaacacacttctc 15830482  T
Q  112 tcactttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaaa 211  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15830481 tcactttcaagaaaaaatacataaacttgttacttctatcactttataaagaatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaat 15830382  T
Q  212 ggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaaggac 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||       ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15830381 ggtaataatattatattatgtatatttcattatgttttttt-aagagaataaaaaaacatgatagccatcatccttttgatctctaatggggttaaggac 15830283  T
Q  312 aacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggttt 411  Q
    ||||||            || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15830282 aacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgaattttgaacattattgtagggttt 15830183  T
Q  412 accaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15830182 accaaatactgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttatatatcgtcaaaacttagctattatgctccacaattcagtgat 15830094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 113 - 500
Target Start/End: Original strand, 36207514 - 36207903
Alignment:
Q  113 cactttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccc-cgttaggattcaaaggaaa 211  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||| |||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||     
T  36207514 cactatcaagaaaaaatacataaacttcttacctctctcactttataaaagatcttgaaggaatcatggtcttcttccccgcgttatgattcaaaggaat 36207613  T
Q  212 ggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnn--catgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaagg 309  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||        ||||||||         |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||     
T  36207614 ggtaataatattatattatctatatttcattatgttttttt-aagagaataaaaaaaaacatgatagccaccatccttttgatctctaatggggtgaaga 36207712  T
Q  310 acaacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggt 409  Q
    ||||||||            || ||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36207713 acaacttgaaaatgaaaaaacaacatccgatgttggaacaaagaaatgcttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggt 36207812  T
Q  410 ttaccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    || ||||||| ||| |||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  36207813 ttgccaaatactgcgaatttgttctaccatactgccaatatatgattgtataccgtcaaaacttagctaatattgtccacaattcagtgat 36207903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 336 - 416
Target Start/End: Original strand, 4646813 - 4646893
Alignment:
Q  336 ctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaa 416  Q
    |||| ||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4646813 ctaacgttggaataaagaaatgcgtttatgtttgttttgtaaatatttttgagttttaaacattattgtagggtttaccaa 4646893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Original strand, 9708771 - 9708824
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9708771 atatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 9708824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Original strand, 3106868 - 3106921
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3106868 atatatggttgtatatcgttaaaacttaactaatatgctccacaattcagtgat 3106921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Original strand, 15830742 - 15830795
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15830742 atatatggttgtataccatcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 15830795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 23 - 86
Target Start/End: Original strand, 36207418 - 36207481
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttccttt 86  Q
    ||||||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  36207418 gatgtcaacatatatgcctttgttattgctaattttaaccacaccaaaaatttcaacttccttt 36207481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 36207268 - 36207213
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatat--cgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  36207268 atatatggttgtatataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattaagtgat 36207213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 29)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 23 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 54627754 - 54627268
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaatt-----------tcaatacacttctc 111  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||  |             |||| |||||||||    
T  54627754 gatgtcaaagtatattgctttgctattgctaattttaaccacacaaaaaatttccacttcctttatattgtgagcggtgcacaccatcaacacacttctc 54627655  T
Q  112 tcactttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaaa 211  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  54627654 tcactttcaagaaaaaatacataaacttgttacttctctcactttataaagaatcttgaaggaatcatgatcttcttcccccgttaggattcaaaggaat 54627555  T
Q  212 ggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaaggac 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  54627554 ggtaataatattatattatgtatatttcattatgtttttt--aagagaataaaaaaatatgatagccaccatccttttgatctctaatggggttaaggac 54627457  T
Q  312 aacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggttt 411  Q
    ||||||            || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  54627456 aacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagtttttaacattattgtagggttt 54627357  T
Q  412 accaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54627356 actaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 54627268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 23 - 500
Target Start/End: Original strand, 35235299 - 35235785
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatg----------aaatttcaatacacttctct 112  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||          | |  |||| ||||||||||    
T  35235299 gatgtcaaattatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttatattgtgagcggtgcacacctcaacacacttctct 35235398  T
Q  113 cactttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaaag 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  35235399 cactttcaagaaaaaatatataaacttgttacttctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaatgaatg 35235498  T
Q  213 gtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaaggaca 312  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||        ||||||||       |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  35235499 gtaataaaattatattatgtatatttcattatgttttttt-aagagaataaaaaaacatgatagccaccatctttttgatctctaatggggttcaggaca 35235597  T
Q  313 acttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggttta 412  Q
    |||||            || ||||| | ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35235598 acttgaaaaagaaaaaacaacatctgaagttggaagaaagaaatacttttaagtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtata 35235697  T
Q  413 ccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35235698 ccaaatactgccaatttgttctataatactgtcaagatatgattgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 35235785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 24 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 32751414 - 32750928
Alignment:
Q  24 atgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaatt-----------tcaatacacttctct 112  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |             |||| ||||||||||    
T  32751414 atgtcaaaatatatggttttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttatattgtgagcggtgcacaccatcaacacacttctct 32751315  T
Q  113 cactttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaaag 212  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |    
T  32751314 cactttcaagaaaaaatacataaacttattacttctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttccccatttaggattcaaaggaatg 32751215  T
Q  213 gtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaaggaca 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||        ||||||||       |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  32751214 gtaataatattatattatgtatatttcattttgttttttt-aagagaataaaaaaacatgatagccaccatccttttgatctctaatggggttaaggaca 32751116  T
Q  313 acttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggttta 412  Q
    ||||             || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  32751115 acttaaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattgttgagttttgaacattattgtagggttta 32751016  T
Q  413 ccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  32751015 ccaaatactgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctctacaattcagtgat 32750928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 23 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 40066218 - 40065731
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaatt-----------tcaatacacttctc 111  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |             |||| |||||||||    
T  40066218 gatgtcaaagtatatgactttgatattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttatattgtgagcggtgcacaccatcaacacacttctc 40066119  T
Q  112 tcactttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaaa 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  40066118 tcactttcaagaaaaaatatataaacttgttacttctctcactttataaaggatcttgaaggaaccatggtcttcttcccccgttaggattcaaagaaat 40066019  T
Q  212 ggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnn-catgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaagga 310  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||           ||||||||        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  40066018 ggtaataaaattatattatgtatatttcattt--ctttttttaagagaataaaaaaaacatgatagccaccatctttttgatctctaatggggttaagga 40065921  T
Q  311 caacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtt 410  Q
    |||||||            || ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40065920 caacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaacaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtt 40065821  T
Q  411 taccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  40065820 taccaaatactgccaatttattctacaatacggtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgttccacaattcaatgat 40065731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 23 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 24782803 - 24782319
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaatt-----------tcaatacacttctc 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |             |||| |||||||||    
T  24782803 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttatattgtgagcggtgcacaccatcaacacacttctc 24782704  T
Q  112 tcactttcaagaaaaaa-tatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaa 210  Q
    || |||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  24782703 tcgctttcaagaaaaaaatacataaacttgttacttctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccc-gttaggattcaaaagaa 24782605  T
Q  211 aggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaagga 310  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||||||        || |||||        |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24782604 tggtaataatattatattatgtaaatttcattatgtttttttaaa-agaataaaaaaatatgatagccaccatcattttgatctctaatggcgttaagga 24782506  T
Q  311 caacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtt 410  Q
    |||||||             | || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24782505 caacttgaaaaagaaaa---aacaactgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaagattcttgagttttgaacattattgtagggtt 24782409  T
Q  411 taccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24782408 taccaaatactgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctcaacaattcagtgat 24782319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 23 - 500
Target Start/End: Original strand, 20819678 - 20820167
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaatt-----------tcaatacacttctc 111  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||  |             |||| |||||||||    
T  20819678 gatgtcaaagtatatggccttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttc-acttcctttatattgtgagcggtgcacaccatcaacacacttctc 20819776  T
Q  112 tcactttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaaa 211  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  20819777 tcactttcaagaaaaaatacataaacttgttacttctctcactttataaagaatcttgaatgagttatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaat 20819876  T
Q  212 ggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnn--aagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaagg 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||| |       ||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||     
T  20819877 ggtaataatattatattatgtatatttcattatgttttttttttaagagagtaaaaaaacatgatagccatcatccttttgatctctaacggggttaaga 20819976  T
Q  310 acaacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggt 409  Q
    ||||||||            || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20819977 acaacttgaaaaagggaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaacacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggt 20820076  T
Q  410 ttaccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20820077 ttaccaaatactgtcaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgacaaaacttagctaatatgttccacaattcagtgat 20820167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 23 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 54602854 - 54602378
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaatt---------------tcaatacact 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || ||  |                 |||| |||||    
T  54602854 gatgtcaaagtatatgactttgctattgctaattttaaccacaccaaaaattttcatttcctttatattgtgagcggtgcatgcacaccatcaacacact 54602755  T
Q  108 tctctcactttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaag 207  Q
    | | |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  54602754 tatgtcactttcaagaaaaaatatataaacctgttacttctttcactttataaaggatcttgaaggaaccatggtcttcttcccccgtaaggattcaaag 54602655  T
Q  208 gaaaggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaa 307  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||       |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  54602654 aaatggtaataatattatattatgtatatttcattatgttttttt-aagagaataaaaaaacatgatagccaccatccttttgatctctaatggggttaa 54602556  T
Q  308 ggacaacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagg 407  Q
    | ||||||||            || |||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  54602555 gaacaacttgaaaaagaaaaaacaacat-----gttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatatttttgagatttgaacattattgtagg 54602461  T
Q  408 gtttaccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccaca 490  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54602460 atttaccaaatactgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccaca 54602378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 333 - 500
Target Start/End: Original strand, 35234491 - 35234658
Alignment:
Q  333 catctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgtt 432  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  35234491 catctgatgttggaacaaagaaatgcttttgtgtttgttttgtaaatactcttgagttttgaacattattgtagggtttacaaaatactgccaatttgtt 35234590  T
Q  433 ctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    | || ||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  35234591 cgaccataatgccaatatatgattgtataccgtcaaaacttagctaatatgttgcacaattcagtgat 35234658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 23 - 244
Target Start/End: Original strand, 35234197 - 35234427
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaa-----------ttt----caatacact 107  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||  |           | |    ||| |||||    
T  35234197 gatgtcaaaatatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccactccctttatattgtgagcactacacactctacaccaacacact 35234296  T
Q  108 tctctcactttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaag 207  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||     
T  35234297 tctctcactttcaagaaaaaatacataaacttgttacttctctcactttataaaagatcttgaaggaatcatggtct------cccgttaggattcaaat 35234390  T
Q  208 gaaaggtaataatattatattatgtatatttcattat 244  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  35234391 gaatggtaataatattatattatgtatagttcattat 35234427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 336 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 40009635 - 40009555
Alignment:
Q  336 ctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaa 416  Q
    |||||||||||| ||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  40009635 ctaatgttggaataaataaatgcatttatgtttgttttgtaaatattcttgagttgtgaacattattgtaggatttaccaa 40009555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Original strand, 54627914 - 54627967
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54627914 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 54627967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 23 - 86
Target Start/End: Original strand, 1092469 - 1092532
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttccttt 86  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1092469 gatgtcacaatatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaattttcacttccttt 1092532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Original strand, 24782973 - 24783026
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24782973 atatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 24783026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Original strand, 54603015 - 54603068
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54603015 atatatggttgtatatcgttaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 54603068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 446 - 500
Target Start/End: Original strand, 50672415 - 50672469
Alignment:
Q  446 aatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  50672415 aatatatggttgtacatcgtcaaaacttagttaatatgctccacaattcagtgat 50672469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 20819517 - 20819464
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20819517 atatatggttgtataccatcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 20819464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Original strand, 32751576 - 32751629
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32751576 atatatggttgtataccgtcaaaacatagctaatatgctccacaattcagtgat 32751629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Original strand, 40066379 - 40066432
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40066379 atatatggttctataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 40066432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 446 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 35234037 - 35233983
Alignment:
Q  446 aatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35234037 aatatatggttgtataccgtaaaaacttagctaatatcctccacaattcagtgat 35233983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Original strand, 20411016 - 20411069
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  20411016 atatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctttacaattcagtgat 20411069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 455 - 500
Target Start/End: Original strand, 46650974 - 46651019
Alignment:
Q  455 ttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46650974 ttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 46651019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 54493012 - 54492959
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  54493012 atatatggttgtataccgtcaaaacttaactaatatgctccacaattcaatgat 54492959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 1092308 - 1092256
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1092308 atatatgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgat 1092256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 35235138 - 35235085
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||||||||| |||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  35235138 atatatggttatataccatcaaaacatagctaatatgctccacaattcagtgat 35235085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Original strand, 55482161 - 55482214
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  55482161 atatatagttgtataccatcaaaacttagctaatatgctccacaattcggtgat 55482214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 99 - 152
Target Start/End: Original strand, 1092556 - 1092610
Alignment:
Q  99 caatacacttctctcactttcaag-aaaaaatatataaacttgttaattctctca 152  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||    
T  1092556 caacacacttctctcactttcaagaaaaaaatacataaacttgttacttcactca 1092610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 57
Target Start/End: Original strand, 54493174 - 54493208
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattt 57  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  54493174 gatgtcaaaatatatggctttgctattgctaattt 54493208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 451 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 31584978 - 31584937
Alignment:
Q  451 atggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaat 492  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  31584978 atggttgtataccgacaaaacttagctaatatgcttcacaat 31584937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 447 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 40791649 - 40791604
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaat 492  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||| ||||||    
T  40791649 atatatggttgtataccgacaaaacttagttaatatgcttcacaat 40791604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 29)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 23 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 16835094 - 16834607
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaatt-----------tcaatacacttctc 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||  |             |||| |||||||||    
T  16835094 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttctacttcctttatattgtgagcggtgcacaccatcaacacacttctc 16834995  T
Q  112 tcactttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaaa 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  16834994 tcactttcaagaaaaaatatataaacttgtcacttctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggttttcttcccccgttaggattcaaaggaat 16834895  T
Q  212 ggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaaggac 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||       ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  16834894 ggtaataatattatattatgtatatttcattatgttttttt-aagagaataaaaaaacattatagccaccatccttttgatctctaatggggttaaggac 16834796  T
Q  312 aacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggttt 411  Q
    ||||||            || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16834795 aacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatatttttgagttttgaacattattgtagggttt 16834696  T
Q  412 accaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16834695 accaaatagtgcctatttgttcaacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagttaatatgctccacaattcagtgat 16834607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 23 - 500
Target Start/End: Original strand, 44431642 - 44432130
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaatt-----------tcaatacacttctc 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| || ||  |             |||| |||||||||    
T  44431642 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaaatttcacttcctttatattgtgagcggtgcacaccatcaacacacttctc 44431741  T
Q  112 tcactttcaagaaaaaa-tatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaa 210  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44431742 tcactttcaagaaaaaaatacataaacttgttacttctctcactttataaaggatcttgaaagaatcatggtcttcttcccccgttacgattcaaaggaa 44431841  T
Q  211 aggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaagga 310  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||       |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44431842 tggtaataatattatattatgtatatttcattat-atttttttaagagaataaaaaaacatgatagccaccatccttttgatctctaatggggttaagga 44431940  T
Q  311 caacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtt 410  Q
    |||||||             | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||    
T  44431941 caacttgaaaaagaaaaaataacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgaattttgaatattattgtaggatt 44432040  T
Q  411 taccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44432041 taccaaatactgccaatttgttctacaatactatcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 44432130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 23 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 21247176 - 21246693
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatga-----------aatttcaatacacttctc 111  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||            ||   ||| |||||||||    
T  21247176 gatgtcaaaatatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttatattgtgagcggtgcacaacaccaacacacttctc 21247077  T
Q  112 tcactttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttctt-cccccgttaggattcaaaggaa 210  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  21247076 tcactttcaagaaaaaatacataaaattgttacttctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttctttcccccgttaggattcaaagcaa 21246977  T
Q  211 aggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnn-catgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaagg 309  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| |         ||||||||        |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||     
T  21246976 tggtaataatattatattatgtatatttcatttt--tttttttaagagaataaaaaaaacatgatagccaccatctttttgatctctaatggggtgaaga 21246879  T
Q  310 acaacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggt 409  Q
    ||||||||             | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  21246878 acaacttgaaaaagaaaa---aacatctgatgttggaacaaagaaatacttt-atgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtaaggt 21246783  T
Q  410 ttaccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||||||||| | | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  21246782 ttaccaaatactac-aatttgttctaccatactgccaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcattgat 21246693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 114 - 500
Target Start/End: Original strand, 19075867 - 19076245
Alignment:
Q  114 actttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaaagg 213  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||| ||    
T  19075867 actttcaagaaaaaatacataaacttgttacttctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttc-------gttaggattcaaaggaatgg 19075959  T
Q  214 taataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaaggacaa 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||        | ||||||       |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||    
T  19075960 taataatattatattatgtatatttcattatgttttttt-atgagaataaaaaaacatgatagccaccatccttttgatctctaatgtggttaatgacaa 19076058  T
Q  314 cttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtttac 413  Q
    ||||            || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19076059 cttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtttac 19076158  T
Q  414 caaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
     ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19076159 taaatcctgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgttccacaattcagtgat 19076245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 114 - 500
Target Start/End: Original strand, 19123757 - 19124135
Alignment:
Q  114 actttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaaagg 213  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||| ||    
T  19123757 actttcaagaaaaaatacataaacttgttacttctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttc-------gttaggattcaaaggaatgg 19123849  T
Q  214 taataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaaggacaa 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||        | ||||||       |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||    
T  19123850 taataatattatattatgtatatttcattatgttttttt-atgagaataaaaaaacatgatagccaccatccttttgatctctaatgtggttaatgacaa 19123948  T
Q  314 cttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtttac 413  Q
    ||||            || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19123949 cttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtttac 19124048  T
Q  414 caaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
     ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19124049 taaatcctgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgttccacaattcagtgat 19124135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 23 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 46295154 - 46294683
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaatt-----------tcaatacacttctc 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |             |||| |||||||||    
T  46295154 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttatattgtgagcggtgcacaccgtcaacacacttctc 46295055  T
Q  112 tcactttcaagaaaaaa-tatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaa 210  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||     
T  46295054 tcactttcaagaaaaaaatacataaacttgttacttctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttctt-ccccgttaagattcaaaggag 46294956  T
Q  211 aggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaagga 310  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||||||||        ||||||||       |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  46294955 tggtaataaaattatattatgtatatttcattatgttttttttaagagaataaaaaaacatgatagccaccatccttttgatctctaatggggttaagga 46294856  T
Q  311 caacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtt 410  Q
    |||||||            || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||      
T  46294855 caacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtagatattcttgagttttgaacattattgtaggg-- 46294758  T
Q  411 taccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
                   |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46294757 ---------------atttgttctacaatactgtcaatatatgattatatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 46294683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 1799443 - 1799129
Alignment:
Q  1 aagaattatcaagatgtcaaaggatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaatttca 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1799443 aagaattaccaagatgtcaaaggatgtcaaagtatatggctttcctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttataatgaaatttca 1799344  T
Q  101 atacacttctctcactttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttagga 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  1799343 acacacttctctcactttcaagaaaaaatatataaacttgttacttctctcactttataaaggatcttgaagaaatcatggtcttctt-ccccgttagga 1799245  T
Q  201 ttcaaaggaaaggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaat-nnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaat 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||        ||||||||        |||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  1799244 ttcaaaggaaaggtaataatattatattatgtatattttattatg-tttttttaagagaataaaaaaaacatggtagccaccatccttgtgatctctaat 1799146  T
Q  300 ggggttaaggacaactt 316  Q
    |||||||||||||||||    
T  1799145 ggggttaaggacaactt 1799129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 103 - 461
Target Start/End: Original strand, 25377281 - 25377639
Alignment:
Q  103 acacttctctcactttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggatt 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25377281 acacttctctcactttcaagaaaaaatacataagcttgttgcttctctcactttataaaagatcttgaaggaatcatggtcttcttccctcgttaggatt 25377380  T
Q  203 caaaggaaaggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatggg 302  Q
    |||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||         ||||||||        ||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  25377381 caaaagaattgtaataatattatattatgtagatttcattatattttttttaagagaataaaaaaatatgatagccaccatccttttgatctctaatgag 25377480  T
Q  303 gttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattatt 402  Q
    ||||| |||||||||            || ||||| |||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25377481 gttaatgacaacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaagtgcttttatgtttattttgtaaatattcttgagttttgaatattatt 25377580  T
Q  403 gtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtata 461  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||| |||||| |||||| ||||||||| |||||||    
T  25377581 gtagggtttatcaaatattgtcaatttattctaccatactgccaatatatgattgtata 25377639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 388 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 1799120 - 1799008
Alignment:
Q  388 gttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctcc 487  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1799120 gttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctcc 1799021  T
Q  488 acaattcagtgat 500  Q
    |||||||||||||    
T  1799020 acaattcagtgat 1799008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 23 - 155
Target Start/End: Original strand, 39365296 - 39365428
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaatttcaatacacttctctcactttcaag 122  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  39365296 gatgtcatagtatatggctttgctattactaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttataatgaaatttcaacacacttctctcactttcaag 39365395  T
Q  123 aaaaaatatataaacttgttaattctctcactt 155  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  39365396 aaaaaatatataaacttcttacttctctcactt 39365428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 398 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 23703367 - 23703265
Alignment:
Q  398 ttattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagt 497  Q
    ||||||||| |||||  ||||| ||||||||| || ||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  23703367 ttattgtagagtttattaaatactgccaatttattttaccatattgccaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctacacaattcagt 23703268  T
Q  498 gat 500  Q
    |||    
T  23703267 gat 23703265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 427 - 500
Target Start/End: Original strand, 23703616 - 23703689
Alignment:
Q  427 tttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23703616 tttgttctaccatactaccaatatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 23703689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Original strand, 16835255 - 16835308
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16835255 atatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 16835308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 39365135 - 39365082
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39365135 atatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 39365082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 42775014 - 42774961
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42775014 atatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 42774961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 44431481 - 44431428
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44431481 atatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 44431428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 449 - 500
Target Start/End: Original strand, 1799594 - 1799645
Alignment:
Q  449 atatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1799594 atatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 1799645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 25377026 - 25376973
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25377026 atatatggttgtatagcgtcaaaacttagctaatatgctccacaatttagtgat 25376973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Original strand, 46295315 - 46295368
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  46295315 atatatcgttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctctacaattcagtgat 46295368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Original strand, 16798049 - 16798102
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  16798049 atatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatactccacaattcggtgat 16798102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Original strand, 21247337 - 21247390
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21247337 atatatggttgtatacaatcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 21247390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 29487581 - 29487528
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  29487581 atatatggttgtataccgtcaaaacttagctaacatgctccacaattaagtgat 29487528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 451 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 27234703 - 27234654
Alignment:
Q  451 atggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  27234703 atggttgtataccgtcaaaacttagttaatatgttccacaattcagtgat 27234654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 464 - 500
Target Start/End: Original strand, 11202031 - 11202067
Alignment:
Q  464 gtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11202031 gtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 11202067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 86
Target Start/End: Original strand, 25377187 - 25377249
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttccttt 86  Q
    ||||||||| ||||||  ||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25377187 gatgtcaaaatatatgatttt-ctattgttaattttaaccacaccaataatttccacttccttt 25377249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 463 - 500
Target Start/End: Original strand, 40315400 - 40315437
Alignment:
Q  463 cgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  40315400 cgtcaaaacttagctaatatgctccacaattaagtgat 40315437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 447 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 45141765 - 45141727
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgct 485  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  45141765 atatatggttgtataccgacaaaacttagctaatatgct 45141727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 447 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 18806919 - 18806874
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaat 492  Q
    ||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  18806919 atataaggttgtataccgacaaaacttagctaatatgcttcacaat 18806874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #29
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Original strand, 48731419 - 48731472
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||||||||| |||   ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  48731419 atatatggttatatgctgtcaaaactaagctaatatgctccacaattcaatgat 48731472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 27 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 14103543 - 14103061
Alignment:
Q  27 tcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaatt-----------tcaatacacttctctcac 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |             |||| |||||||||||||    
T  14103543 tcaaaatatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttatattgtgagcggtgcacaccatcaacacacttctctcac 14103444  T
Q  116 tttcaagaaaaaa-tatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaaaggt 214  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  14103443 tttcaagaaaaaaatacataaacttgttccttctctcactttataaaggatcttgaaagaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaatgat 14103344  T
Q  215 aataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaaggacaac 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14103343 aataatattatattatgtatatttcattatgttttt---aagagaataaaaaaacatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaaggacaac 14103247  T
Q  315 ttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtttacc 414  Q
    |||            || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  14103246 ttgcaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtttaca 14103147  T
Q  415 aaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14103146 aaatactgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 14103061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 27 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 14413560 - 14413078
Alignment:
Q  27 tcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaatt-----------tcaatacacttctctcac 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |             |||| |||||||||||||    
T  14413560 tcaaaatatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttatattgtgagcggtgcacaccatcaacacacttctctcac 14413461  T
Q  116 tttcaagaaaaaa-tatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaaaggt 214  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  14413460 tttcaagaaaaaaatacataaacttgttccttctctcactttataaaggatcttgaaagaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaatgat 14413361  T
Q  215 aataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaaggacaac 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14413360 aataatattatattatgtatatttcattatgttttt---aagagaataaaaaaacatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaaggacaac 14413264  T
Q  315 ttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtttacc 414  Q
    |||            || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  14413263 ttgcaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtttaca 14413164  T
Q  415 aaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
     |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14413163 gaatactgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 14413078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 23 - 500
Target Start/End: Original strand, 26831987 - 26832478
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaattt-----------caatacacttctc 111  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |              ||| |||||||||    
T  26831987 gatgtcacagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttatattgtgagcggtgcacaccaccaacacacttctc 26832086  T
Q  112 tcactttcaagaaaaaa-tatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaa 210  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26832087 tcactttcaagaaaaaaatacataaacttgttacttctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaa 26832186  T
Q  211 aggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnn-aagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaagg 309  Q
      |||||||| |||||||||||||||||||||||          ||||||||       |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26832187 ttgtaataattttatattatgtatatttcattatatttttttttaagagaataaaaaaacatgatagccaccatccttttgatctctaatggggttaagg 26832286  T
Q  310 acaacttgnnnnnnnnnnnn-cagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtaggg 408  Q
    |||||||              || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26832287 acaacttaaaaaagaaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaaaattattgtaggg 26832386  T
Q  409 tttaccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26832387 tttatcaaatactgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacatagctaatatgctccgcaattcagtgat 26832478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 23 - 483
Target Start/End: Original strand, 36897848 - 36898319
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaatt-----------tcaatacacttctc 111  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||  |             |||| |||||||||    
T  36897848 gatgtcaaagtatatgactttgctattgcaaattttaaccacaccaaaaattttcacttcctttatattgtgagcggtgcacaccatcaacacacttctc 36897947  T
Q  112 tcactttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaaa 211  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||     
T  36897948 tcactttcaagaaaaaatacataaacttgttacttctctcgctttataaaggatcttgaaggaattatg-tcttcttcacccgttaggattcaaaggaat 36898046  T
Q  212 ggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaaggac 311  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||       |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||     
T  36898047 gttgataatattatattatgtatatttcattatgttttttttaagagaataaaaaaacatgatagccacaatccctttgatctctaatggggttaaggat 36898146  T
Q  312 aacttgnnnnnnnnnnnn-cagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtt 410  Q
    ||||||             || ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36898147 aacttgaaaaagaaaaaaacaacatttgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgttaatattcttgagttttgaacattattgtagggtt 36898246  T
Q  411 taccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatg 483  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36898247 taccaaatactgccaatttcttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatg 36898319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 333 - 500
Target Start/End: Original strand, 15753006 - 15753173
Alignment:
Q  333 catctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgtt 432  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||    
T  15753006 catctgatgttggaacaaagaaatgcttttatgtttgttttgtaactattcttgagttttgaacattattgtagggtttacaaaatactgtcaatttgtt 15753105  T
Q  433 ctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||| |||||  ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15753106 ctaccatacttccaatatatggttgtataccgttaaaacttggctaatatgctccacaattcagtgat 15753173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 103 - 245
Target Start/End: Original strand, 15752769 - 15752913
Alignment:
Q  103 acacttctctcactttcaagaaaaaatata--taaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttagga 200  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||  ||||||||||| |||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15752769 acacttctctcattttcaagaaaaaaaatacataaacttgttacttctctgattttataaaagatcttgaaggaatcatggtctttttcccccgttagga 15752868  T
Q  201 ttcaaaggaaaggtaataatattatattatgtatatttcattatg 245  Q
    || ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15752869 ttgaaaggagtggtaataatattatattatttatatttcattatg 15752913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 426 - 483
Target Start/End: Original strand, 36898331 - 36898388
Alignment:
Q  426 atttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatg 483  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36898331 atttcttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatg 36898388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 26928370 - 26928317
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26928370 atatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 26928317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 23 - 86
Target Start/End: Original strand, 15752674 - 15752737
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttccttt 86  Q
    |||||| || |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15752674 gatgtcgaaatatatggctttgttattgctaatcttaaccacaccaaaaatttccacttccttt 15752737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 36897689 - 36897636
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36897689 atatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctctacaattcagtgat 36897636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 447 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 15752517 - 15752467
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagt 497  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15752517 atatatggttgtataccgtcaaaacttatctaatatgctccacaattcagt 15752467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 446 - 500
Target Start/End: Original strand, 44950521 - 44950574
Alignment:
Q  446 aatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  44950521 aatatatggttgtataccgtcaaa-cttagctaatatgctccacaattcaatgat 44950574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Original strand, 14103708 - 14103761
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  14103708 atatatggttgtataccatcaaaacttagctaatatgctccacatttcaatgat 14103761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Original strand, 14413725 - 14413778
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  14413725 atatatggttgtataccatcaaaacttagctaatatgctccacatttcaatgat 14413778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 455 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 26831818 - 26831774
Alignment:
Q  455 ttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26831818 ttgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtgat 26831774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 447 - 492
Target Start/End: Original strand, 29417936 - 29417981
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaat 492  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  29417936 atatatggttgtataccgacaaaacttagctaatatgcttcacaat 29417981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 447 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 17774585 - 17774540
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaat 492  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | ||||||    
T  17774585 atatatggttgtataccgacaaaacttagctaatatgattcacaat 17774540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 447 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 42260975 - 42260930
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaat 492  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | ||||||    
T  42260975 atatatggttgtataccgtcaaaatttagctaatatgtttcacaat 42260930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 23 - 500
Target Start/End: Original strand, 5574421 - 5574906
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaattt-----------caatacacttctc 111  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |              ||| |||||||||    
T  5574421 gatgtcacagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttatattgtgagcggtgcacaccaccaacacacttctc 5574520  T
Q  112 tcactttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaaa 211  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||     
T  5574521 tcactttcaagaaaaaatacataaacttgttacttctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatgctcttcttcccc-gttaggattcaaaagaat 5574619  T
Q  212 ggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaaggac 311  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||       |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  5574620 ggtaagaatattatattatgtatatttcattatgttttttt-aagagaataaaaaaacatgatagccaccatccttttgatctctaatgggattaaggac 5574718  T
Q  312 aacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggttt 411  Q
    |||||             || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5574719 aacttaaaaaagaaaaaacaacatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggttt 5574818  T
Q  412 accaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5574819 accaaata-tgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 5574906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 23 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 17648015 - 17647529
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaatt-----------tcaatacacttctc 111  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||  |             |||| |||||||||    
T  17648015 gatgtcagagtatatggccttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttc-acttcctttatattgtgagcggtgcacaccatcaacacacttctc 17647917  T
Q  112 tcactttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaaa 211  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||     
T  17647916 tcactttcaagaaaaaatacataaacttgttacttctctcactttataaagaatcttgaaggaatcatggtcttcttctcccgttaggattcaaagaaat 17647817  T
Q  212 ggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaaggac 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||       ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  17647816 ggtaataatattatattatgtatatttcattatgttttttt-aagagaataaaaaaacatgatagccatcatccttttgatctctaatggggttaaggac 17647718  T
Q  312 aacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggttt 411  Q
    ||||||            || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  17647717 aacttgaaaaggaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttataaatatttttgagttttgaacattattgtagggttt 17647618  T
Q  412 accaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17647617 accaaatactgcctatttcttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 17647529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 8e-90
Query Start/End: Original strand, 203 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 26359678 - 26359382
Alignment:
Q  203 caaaggaaaggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatggg 302  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||       |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26359678 caaaggaatggtaataatattatattatgtatatttcattatgttttttt-aagagaataaaaaaacatgatagccaccatccttttgatctctaatggg 26359580  T
Q  303 gttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattatt 402  Q
    |||||||||||||||            || ||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26359579 gttaaggacaacttgaaaaagaaaaaacaacatttgatgttgaaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaatattatt 26359480  T
Q  403 gtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  26359479 gtagggtttaccaaatactgcaaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagttaatatactccacaattcagtgat 26359382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 155 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 6914709 - 6914366
Alignment:
Q  155 ttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccc-cgttaggattcaaaggaaaggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnn 253  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||             
T  6914709 ttataaaatatcttgaaggaatcatggtcttcttccccacgttaggattcaaagaaatgataataatattatattatgtatatttcattat--ttttttt 6914612  T
Q  254 aagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaaga 353  Q
    ||||||||       |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||            || ||| | |||||||||||||||    
T  6914611 aagagaataaaaaaacatgatagccaccatcgttttgatctctaatggggtgaaagacaacttgaaaaagaaaaaacaacatatgatgttggaacaaaga 6914512  T
Q  354 aatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatg 453  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| ||||||||     
T  6914511 aatgcttttatgtttgttttgtaaatattcgtgagttttgaacattattgtaaggtttaccaaatactgccaacttgttctaccatactgccaatatata 6914412  T
Q  454 gttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  6914411 gttgta-atcgtcaaaacttagctaatatgctctacaattgagtgat 6914366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 26 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 6915087 - 6914937
Alignment:
Q  26 gtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatga-----------aattt----caatacacttct 110  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||           | | |    ||| ||||||||    
T  6915087 gtcaaaatatatggctttgttattgctaattttaaccacaccaaaaattcccacttcctttatattgagagcactgcacactctacaccaacacacttct 6914988  T
Q  111 ctcactttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaa 161  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6914987 ctcacttttaagaaaaaatacataaacttgttacttctctcactttataaa 6914937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Original strand, 24087299 - 24087352
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24087299 atatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgcttcacaattcagtgat 24087352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Original strand, 6915241 - 6915294
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  6915241 atatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctctacaattaagtgat 6915294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Original strand, 17648176 - 17648229
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17648176 atatatggttgtataccatcaaaacttagctaatatgctccacaatttagtgat 17648229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 455 - 500
Target Start/End: Original strand, 26359676 - 26359721
Alignment:
Q  455 ttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26359676 ttgtataccgtcaaaacttagctaatatgttccacaattcagtgat 26359721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 447 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 5574260 - 5574210
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtg 498  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5574260 atatatgattgtataccgtcaaaacttagctaa-atgctccacaattcagtg 5574210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 447 - 492
Target Start/End: Original strand, 19293041 - 19293086
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaat 492  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  19293041 atatatggttgtataccgacaaaacttagctaatatgcttcacaat 19293086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 447 - 492
Target Start/End: Original strand, 5577186 - 5577231
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaat 492  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||| ||||||    
T  5577186 atatatggttgtataccgacaaaacttagttaatatgcttcacaat 5577231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 21)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 23 - 500
Target Start/End: Original strand, 56443584 - 56444070
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatga-----------aatttcaatacacttctc 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||            |   |||| |||||||||    
T  56443584 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacatcaaaaatttccacttcctttatattgtgggcggtgcacaccatcaacacacttctc 56443683  T
Q  112 tcactttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaaa 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  56443684 tcactttcaagaaaaaatatataaacttgttacttctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccc-gttaggattcaaaggaat 56443782  T
Q  212 ggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaaggac 311  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||        ||||||||       ||||||| |||||||| |||| |||||||| ||||||||||||    
T  56443783 ggtaataaaattatattatgtatatttcattatgttttttt-aagagaataaaaaaacatgataaccaccatcttttttatctctaacggggttaaggac 56443881  T
Q  312 aacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggttt 411  Q
    | ||||            || ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56443882 agcttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaaaaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggttt 56443981  T
Q  412 accaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56443982 accaaatactgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 56444070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 98 - 500
Target Start/End: Original strand, 1614381 - 1614783
Alignment:
Q  98 tcaatacacttctctcactttcaagaaaaaa-tatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgtt 196  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1614381 tcaacacacttctctcactttcaagaaaaaaatacataaacttgttacttctctcactttataaagaatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgtt 1614480  T
Q  197 aggattcaaaggaaaggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctct 296  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||        ||||||||       |||||||||||||||| |||||||||||    
T  1614481 aggattcaaaggaatggtaataatattatattatatatatttcattatgttttttt-aagagaataaaaaaacatgatagccaccatccttttgatctct 1614579  T
Q  297 aatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaac 396  Q
    |||||||||||||||||||||            || ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1614580 aatggggttaaggacaacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaattacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaac 1614679  T
Q  397 attattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcag 496  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1614680 attattgtagggtttaccaaatactgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttatatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcag 1614779  T
Q  497 tgat 500  Q
    ||||    
T  1614780 tgat 1614783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 23 - 245
Target Start/End: Original strand, 55082892 - 55083114
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaatttcaatacacttctctcactttcaag 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  55082892 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttataatgaaatttcaacacaattctctcactttcaag 55082991  T
Q  123 aaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaaaggtaataatat 222  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55082992 aaaaaatatataaacttgttacttctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaaaggtaataatat 55083091  T
Q  223 tatattatgtatatttcattatg 245  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  55083092 tatattatgtatatttcattatg 55083114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 103 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 42259904 - 42259522
Alignment:
Q  103 acacttctctcactttcaagaaaaaa-tatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggat 201  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  42259904 acacttctctcactttgaagaaaaaaatacataaacttgttacttctctcactttataaaagatcctgaaggaatcatagtcttcttcccca-ttaggat 42259806  T
Q  202 tcaaaggaaaggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatgg 301  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||               | ||||||       ||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  42259805 tcaaaggaatggtaataatattatattatgttttttt---------------atgagaataaaaaaacatgataaccaccatccttttgatctctaatgg 42259721  T
Q  302 ggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattat 401  Q
    |||  |||||||||||            || ||||| |||||| |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  42259720 ggtggaggacaacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttgaaacaaaaaaatgtttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattag 42259621  T
Q  402 tgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42259620 tgttgggtttaccaaatattgccaatttgttctactatactgcaaatatatgattgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 42259522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 103 - 436
Target Start/End: Original strand, 48083495 - 48083827
Alignment:
Q  103 acacttctctcactttcaagaaaaaatatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttctt-cccccgttaggat 201  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  48083495 acacttctc-caccttcaagaaaaaatacataaacttgttacttctctcactttataaaagatcttgaaggaatcatggtcttcttccccccgttaggat 48083593  T
Q  202 tcaaaggaaaggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatgg 301  Q
    | |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||       |||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  48083594 tgaaaggaatagtaataatattatattatgtatatttcattatg-tttttttaagagaataaaaaaacatgatagccaccaaccttttgatctctaatgg 48083692  T
Q  302 ggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattat 401  Q
    | | ||||||||||||            || ||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48083693 gatgaaggacaacttgaaaaagaaaaggcaacatctaatgttggaacaaagaaatgtttttatatttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattat 48083792  T
Q  402 tgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctac 436  Q
     |||||||||| |||||| || |||||||||||||    
T  48083793 cgtagggtttatcaaatactgtcaatttgttctac 48083827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 273 - 482
Target Start/End: Original strand, 55083124 - 55083333
Alignment:
Q  273 atagccaccatcattttgatctctaatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttt 372  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||            || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55083124 atagccaccatccttttgatctctaatggggttaaagacaacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttt 55083223  T
Q  373 tgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaact 472  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55083224 tgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgctaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaact 55083323  T
Q  473 tagctaatat 482  Q
    ||||||||||    
T  55083324 tagctaatat 55083333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 23 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 6336699 - 6336501
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgta--atga---------aatttcaatacacttctc 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  ||||         |   |||| |||||||||    
T  6336699 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacactaaaaatttccacttcctttatattatgagtggtgcacaccatcaacacacttctc 6336600  T
Q  112 tcactttcaagaaaaaa-tatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaagga 209  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  6336599 tcactttcaagaaaaaaatacataaacttgttacttctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatgatcttctttccccgttaggattcatagga 6336501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Original strand, 6336860 - 6336913
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6336860 atatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 6336913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 56443423 - 56443370
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56443423 atatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 56443370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 23 - 82
Target Start/End: Original strand, 48083402 - 48083459
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttc 82  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48083402 gatgtcaaaatatatggctttgct--tgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttc 48083459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 1613743 - 1613690
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1613743 atatatggttgtataccatcaaaacttagctaatatgctccacaatttagtgat 1613690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 48083239 - 48083186
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  48083239 atatatggttgtataccgtcaaaatttagctaacatgctccacaattcagtgat 48083186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 55082731 - 55082678
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  55082731 atatattgttgtataccgtcaaaatttagctaatatgctccacaattcagtgat 55082678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 449 - 500
Target Start/End: Original strand, 36112038 - 36112089
Alignment:
Q  449 atatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  36112038 atatggttgtataccgtcaaaatttagctaatatgttccacaattcagtgat 36112089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Original strand, 42260105 - 42260158
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||    
T  42260105 atatatggttgtataccgtcaaaacttagccaatatgctacacaattaagtgat 42260158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 445 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 12800515 - 12800460
Alignment:
Q  445 caatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  12800515 caatacatgattgtataccgtcaaaacatagctaatatgctctacaattcagtgat 12800460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 447 - 492
Target Start/End: Original strand, 39334217 - 39334262
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaat 492  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  39334217 atatatggttgtataccgacaaaacttagctaatatgcttcacaat 39334262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 52 - 86
Target Start/End: Original strand, 1614324 - 1614358
Alignment:
Q  52 taattttaaccacaccaaaaatttccacttccttt 86  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1614324 taattttaaccacaccaaaaatttccactttcttt 1614358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 57
Target Start/End: Original strand, 12800641 - 12800675
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattt 57  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  12800641 gatgtcaaaatatatggctttgctattgctaattt 12800675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 447 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 17215229 - 17215184
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaat 492  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  17215229 atatatggttgaataccgtcaaaacttaactaatatgcttcacaat 17215184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 23 - 59
Target Start/End: Original strand, 1613904 - 1613940
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaatttta 59  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  1613904 gatgtcaaagtatatggctttgttattgttaatttta 1613940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0340 (Bit Score: 270; Significance: 1e-150; HSPs: 2)
Name: scaffold0340
Description:

Target: scaffold0340; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 23 - 500
Target Start/End: Original strand, 1761 - 2240
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaatt--tcaatacacttctctcactttca 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||  |    |  | || ||| |||||||||||    
T  1761 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaattttcacttcctttatattgtgagcggtgcacaccctt-tctcactttca 1859  T
Q  121 agaaaaaatata--taaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaaaggtaata 218  Q
    |||||||| |||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  1860 agaaaaaaaatacataaacttgttacttctctcactttataaaggatcttgaaagaatcattgtctttttctcccgttaggattcaaaggaatggtaata 1959  T
Q  219 atattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaaggacaacttgn 318  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||        ||||||||       |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  1960 atattatatgatgtatatttcattatgttttttt-aagagaataaaaaaacatgatagccaccatccttttgatctctaatggggttaaggacaacttga 2058  T
Q  319 nnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaat 418  Q
               || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2059 aaaagaaaaagcaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaat 2158  T
Q  419 attgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2159 actgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcatcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 2240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0340; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 1601 - 1548
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1601 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcaatgat 1548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 266; Significance: 1e-148; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 23 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 11099663 - 11099179
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaatt-----------tcaatacacttctc 111  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||  |             |||| |||||||||    
T  11099663 gatgtcaaagtatatggcttcgctattgctaattttaaccacacaaaaaatttccacttcctttatattgtgagcggtgcacacaatcaacacacttctc 11099564  T
Q  112 tcactttcaagaaaaaa-tatataaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttaggattcaaaggaa 210  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11099563 tcactttcaagaaaaaaatatataaacttgttacttctctcactttataaaggattttgaaggaatcatggtcttcttcccctgttaggattcaaaggaa 11099464  T
Q  211 aggtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaagga 310  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11099463 tgataataatattatattatgtatatttcattatgttttttttaagagaataaaaaaatatgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaagga 11099364  T
Q  311 caacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtt 410  Q
    |||||||            || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11099363 caacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgaaaatatttttgagttttgaacattattgtagggtt 11099264  T
Q  411 taccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattca 495  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  11099263 taccaaatactgccaatttgttcaacaataccgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatttgctccacaattca 11099179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 213 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 28538053 - 28537768
Alignment:
Q  213 gtaataatattatattatgtatatttcattatgnnnnnnnnaagagaatnnnnnnn-catgatagccaccatcattttgatctctaatggggttaaggac 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||        |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  28538053 gtaataatattatattatgtatatttcattatgttttttttaagagaataaaaaaaacatgatagccaccatccttttgatctctgatggggttaaggac 28537954  T
Q  312 aacttgnnnnnnnnnnnncagcatctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggttt 411  Q
    ||||||             | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  28537953 aacttgaaaaagaaaa---aacatctgatgttggaacaaagaaatatttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtaggattt 28537857  T
Q  412 accaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    | |||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28537856 atcaaatactgctaatttattctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccaaaattcagtgat 28537768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 333 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 1563305 - 1563138
Alignment:
Q  333 catctaatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgtt 432  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||    
T  1563305 catctgatgttggaacaaagaaatgcttttatgtttgttttgtaactattcttgagttttgaacattattgtagggtttacaaaatactgtcaatttgtt 1563206  T
Q  433 ctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    |||| |||||  ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1563205 ctaccatacttccaatatatggttgtataccgttaaaacttggctaatatgctccacaattcagtgat 1563138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 103 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 1563542 - 1563398
Alignment:
Q  103 acacttctctcactttcaagaaaaaatata--taaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttcccccgttagga 200  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||  ||||||||||| |||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1563542 acacttctctcattttcaagaaaaaaaatacataaacttgttacttctctgattttataaaagatcttgaaggaatcatggtctttttcccccgttagga 1563443  T
Q  201 ttcaaaggaaaggtaataatattatattatgtatatttcattatg 245  Q
    || ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1563442 ttgaaaggagtggtaataatattatattatttatatttcattatg 1563398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 23 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 1563637 - 1563574
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttccttt 86  Q
    |||||| || |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1563637 gatgtcgaaatatatggctttgttattgctaatcttaaccacaccaaaaatttccacttccttt 1563574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Original strand, 11099783 - 11099836
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11099783 atatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaatttagtgat 11099836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Original strand, 28538083 - 28538136
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28538083 atatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaatttagtgat 28538136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 447 - 497
Target Start/End: Original strand, 1563794 - 1563844
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagt 497  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1563794 atatatggttgtataccgtcaaaacttatctaatatgctccacaattcagt 1563844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 447 - 492
Target Start/End: Original strand, 23075138 - 23075183
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaat 492  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  23075138 atatatggttgtataccgacaaaacttagctaatatgcttcacaat 23075183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0113 (Bit Score: 87; Significance: 2e-41; HSPs: 2)
Name: scaffold0113
Description:

Target: scaffold0113; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 23 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 13039 - 12819
Alignment:
Q  23 gatgtcaaagtatatggctttgctattgctaattttaaccacaccaaaaatttccacttcctttgtaatgaaa-----------ttt----caatacact 107  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||  |           | |    ||| |||||    
T  13039 gatgtcaaaatatatggctttgttattgctaattttaaccacacaaaaaatttccacttcctttatattgtgagcactgcacactctacaccaacacact 12940  T
Q  108 tctctcactttcaagaaaaaatata--taaacttgttaattctctcactttataaaggatcttgaaggaatcatggtcttcttc-ccccgttaggattca 204  Q
    ||||||||||||||||||||| | |  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  12939 tctctcactttcaagaaaaaaaaaacataaacttgttagttctctcactttataaaagatcttgaaggaatcatggtcttcttccccccgttaagattca 12840  T
Q  205 aaggaaaggtaataatattat 225  Q
    |||||| ||||||||||||||    
T  12839 aaggaatggtaataatattat 12819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0113; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 409 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 12809 - 12718
Alignment:
Q  409 tttaccaaatattgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12809 tttaccaaatactgccaatttgttctaccatactgccaatatatggttgtataccctcaaaacttagctaatatgctctacaattcagtgat 12718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0132 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0132
Description:

Target: scaffold0132; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 447 - 500
Target Start/End: Original strand, 42268 - 42321
Alignment:
Q  447 atatatggttgtatatcgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 500  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42268 atatatggttgtataccgtcaaaacttagctaatatgctccacaattcagtgat 42321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 718 times since January 2019
Visitors: 6130