View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0874_low_2 (Length: 685)

Name: NF0874_low_2
Description: NF0874
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0874_low_2
NF0874_low_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (97-594)||(47981468-47981965)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (97-538)||(35117867-35118314)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (620-672)||(39731887-39731939)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 458; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 458; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 97 - 594
Target Start/End: Original strand, 47981468 - 47981965
Alignment:
Q  97 tatactatatagcatcacttcaacacttgttcttctttcttgtcgttctatgtggacaaacccctgaagagttcaacgtacatagctgcaatattttttg 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  47981468 tatactatatagcatcacttcaacacttgttcttctttcttgtcgttctatgtggacaaacccccgaagagttcaacttacatagctgcaatattttttg 47981567  T
Q  197 tggcttgagtaatgggttcaatgttaataatactaatagctatggaaatgcatggttggatcctcaattagcagctgagaaagcagtgagtgagattggc 296  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  47981568 tggcttgagtaatgggttcaatgttaataatactaatagctatggaaatgcatggttggatcctcaattagcagctgagaaagcagtgagtgagattggt 47981667  T
Q  297 caaggatacaatttatgcaatgatataagattttcggcttgcaggtcaaggttgatccatattgacaatagtagttcaaacacaagggaccttgtttttc 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47981668 caaggatacaatttatgcaatgatataagattttcggcttgcaagccaaggttgatccatattgacaatagtagttcaaacacaagggaccttgtttttc 47981767  T
Q  397 cttctggtgttgttgtccctaatgttcccttatctattaagtctgataaaggtgactgtaccaggtttcgatccaatgtcctcacttttaatcaggtcat 496  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  47981768 cttctggtgttgttgtccctaatgttcccttatctattaagtctgataaaggtgactgtaccaggtttcgatccgatgtcctcacttttaatcaggtcat 47981867  T
Q  497 tgcaatcacaaccttacttctgcttcaatttcttatgattatctgtgtaacattgccagttcagattgaagacttttccaacgaccaattatattcaa 594  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  47981868 tgcaatcacaaccttacttctgcttcaatttcttatgattatctgtgtaacattgccacttcagattgaagacgtgtccaatgaccaattatattcaa 47981965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 97 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 35118314 - 35117867
Alignment:
Q  97 tatactatatagcatcacttcaacacttgttcttctttcttgtcgttctatgtggacaaacccctgaagagttcaacgtacatagctgcaatattttttg 196  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  35118314 tatactatatatcaccacttcaatacttgttcttctttcttatcattctatgtggacaaacccctcaagagttcaacttacatagctgcaatatttgttg 35118215  T
Q  197 tggcttgagta----atgggtt-caatgttaataatactaatagctatggaaatgcatggttggatcctcaattagcagctgagaaagcagtgagtgaga 291  Q
    ||| |||||||    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  35118214 tggattgagtagtaaatgggtttcaatgttaataatactaatagctatggaaatgcagggttggatcctcaattagcagctgagaaagctgtgagtgtga 35118115  T
Q  292 ttggccaaggatacaatttatgcaatgatataagattttcggcttgcaggtcaaggttgatccatattgacaatagtagttcaaacacaagggaccttgt 391  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35118114 ttggtcaaggatacaatttatgcaatgatataagattctctgcttgcaagtcaaggttgatccatattgacaatagtagttcaaacacaagggaccttgt 35118015  T
Q  392 ttttccttctggtgttgttgtccctaatgttcccttatctattaagtctgataaaggtgactgtaccaggtttcgatccaatgtcctcacttttaatcag 491  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  35118014 ttttccttctggtgttgttgtccctaatgttcccttatctattaagtctgataaaggtgattgtaccaggtttcgatccgatgtcctcacttttattcag 35117915  T
Q  492 gtcattgcaatcacaaccttacttctgcttca-atttcttatgattat 538  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  35117914 gtcattgcaatcacaaccttacttctgcttcatttttcttatgattat 35117867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 53; Significance: 5e-21; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 620 - 672
Target Start/End: Original strand, 39731887 - 39731939
Alignment:
Q  620 ttgggaatgtatatgtatgtttgttttcaaaactgtaattgcattttgggtct 672  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39731887 ttgggaatgtatatgtatgtttgttttcaaaactgtaattgcattttgggtct 39731939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University