View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0880_low_2 (Length: 595)

Name: NF0880_low_2
Description: NF0880
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0880_low_2
NF0880_low_2
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (21-589)||(45164944-45165512)
chr4 (21-531)||(14024948-14025458)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (21-589)||(37214073-37214642)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (21-585)||(2406736-2407300)
chr1 (21-574)||(2792185-2792738)
chr1 (256-574)||(14473221-14473539)
chr1 (21-204)||(14473591-14473774)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (125-552)||(8533607-8534022)
chr3 (21-574)||(5379691-5380244)
chr3 (287-574)||(4101854-4102141)
chr3 (21-118)||(8533467-8533564)
chr3 (48-204)||(13719828-13719984)
chr3 (125-204)||(4101692-4101771)
[»] scaffold0015 (1 HSPs)
scaffold0015 (21-574)||(25873-26426)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (21-574)||(89663-90216)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (21-574)||(11714517-11715070)
chr7 (46-574)||(11710180-11710708)
chr7 (275-571)||(13165137-13165433)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (256-574)||(16774118-16774436)
chr6 (46-545)||(32706191-32706691)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 541; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 541; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 589
Target Start/End: Original strand, 45164944 - 45165512
Alignment:
21 acatcatcactgctggaggaataaaagttgacccaagcaagattgaagctatcaacagctggccaactccaaagtctgtccatgatataaggagttttca 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
45164944 acatcatcactgctggaggaataaaagttgacccaagcaagattgaagctatcaacagctggccaactccaaagtctgtccatgatataaggagttttca 45165043  T
121 cggcttagcttctttctacagaaggttcattaaaaactttagctcggttgccaccccacttatagaatgcatcaaaggagataaatttaggtggtccgaa 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
45165044 cggcttagcttctttctacagaaggttcattaaaaactttagctcgattgccaccccacttacagaatgcatcaaaggagataaatttaggtggtccgaa 45165143  T
221 gaagctgataagagctttaaggaacttaagaagcgtttgactgaggcacctgtgctagcccttcctaactttgaccaagtattcgaagttagttgtgatg 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
45165144 gaagctgataagagctttaaggaacttaagaagcgtttgactgaggcacccgtgctagcccttcctaactttgaccaagtattcgaagttagttgtgatg 45165243  T
321 cttcgaacactggaattggagctgttctcatccaagagggacatcctatagccttttttagtgagaaactcagcaatgggaagctcaggtactctacata 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
45165244 cttcgaacactggaattggagctgttctcatccaagagggacatcctatagccttttttagtgagaaactcagcaatgggaagctcaggtactctacata 45165343  T
421 cgataaggagttttatgcagttgttcgtgcccttcaacattggagccactacttgttgaataaggagtttgttctttactctgatcatgaagccctcaag 520  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
45165344 cgataaggagttttatgcagttgttcgtgcccttcagcattggagccactacttgttgaataaggagtttgttctttactctgatcatgaagccctcaag 45165443  T
521 cacttgaactctcaacaaaagatcaggcgtagacacgctgcgtggagtgagtttctgcaatcttaccct 589  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
45165444 cacttgaactctcaacaaaagatcagtagtagacacgctgcttggagtgagtttctgcaatcttaccct 45165512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 21 - 531
Target Start/End: Original strand, 14024948 - 14025458
Alignment:
21 acatcatcactgctggaggaataaaagttgacccaagcaagattgaagctatcaacagctggccaactccaaagtctgtccatgatataaggagttttca 120  Q
    |||| |||||||||| ||| ||  |||||||||| |||||| |||| |||||||| || ||||| | |||||||||  | |||||| | || ||||| ||    
14024948 acataatcactgctgaaggtattcaagttgaccccagcaaggttgaggctatcaatagttggcctattccaaagtcatttcatgatgtgagaagtttcca 14025047  T
121 cggcttagcttctttctacagaaggttcattaaaaactttagctcggttgccaccccacttatagaatgcatcaaaggagataaatttaggtggtccgaa 220  Q
     || |||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| ||||| || |||||||| ||    ||| ||||     
14025048 tggattagcttcattttatagaaggttcatcaagaactttagctctgttgctaccccgcttacagattgcataaagggagataagttccaatggaccgag 14025147  T
221 gaagctgataagagctttaaggaacttaagaagcgtttgactgaggcacctgtgctagcccttcctaactttgaccaagtattcgaagttagttgtgatg 320  Q
     ||||  | ||||| ||| |  | || ||  | | |||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||||| || | |||||| |||||||| |    
14025148 caagcacaaaagagttttgaccacctaaaacaacttttgactgaaacaccagtgctagcccttcccaactttgaccaggtgtccgaagtaagttgtgacg 14025247  T
321 cttcgaacactggaattggagctgttctcatccaagagggacatcctatagccttttttagtgagaaactcagcaatgggaagctcaggtactctacata 420  Q
    |||| ||  | |||||||| || |||||    ||||| || |||||||||||||| |||||||| || |||| |||||| || || || ||||| |||||    
14025248 cttccaattcaggaattggtgcggttctatgtcaagaaggtcatcctatagccttctttagtgaaaagctcaacaatggtaaacttagatactcaacata 14025347  T
421 cgataaggagttttatgcagttgttcgtgcccttcaacattggagccactacttgttgaataaggagtttgttctttactctgatcatgaagccctcaag 520  Q
     ||||| || ||||||||  |||| || ||| | ||||||||||| || ||||||||||||||  | ||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
14025348 tgataaagaattttatgccattgtccgagccttgcaacattggagtcattacttgttgaataaataatttattctttattctgatcatgaagccctcaag 14025447  T
521 cacttgaactc 531  Q
    || ||||||||    
14025448 catttgaactc 14025458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 538; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 538; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 589
Target Start/End: Original strand, 37214073 - 37214642
Alignment:
21 acatcatcactgctggaggaataaaagttgacccaagcaagattgaagctatcaacagctggccaactccaaagtctgtccatgatataaggagttttca 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37214073 acatcatcactgctggaggaataaaagttgacccaagcaagattgaagctatcaacagctggccaactccaaagtctgtccatgatataaggagttttca 37214172  T
121 cggcttagcttctttctacagaaggttcattaaaaactttagctcggttgccaccccacttatagaatgcatcaaaggagataaatttaggtggtccgaa 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37214173 cggcttagcttctttctacagaaggttcattaaaaactttagctcggttgccaccccacttatagaatgcatcaaaggagataaatttaggtggtccgaa 37214272  T
221 gaagctgataagagctttaaggaacttaagaagcgtttgactgaggcacctgtgctagcccttcctaactttgaccaagtattcgaagttagttgtgatg 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37214273 gaagctgataagagctttaaggaacttaagaagcgtttgaccgaggcacccgtgctagcccttcctaactttgaccaagtattcgaagttagttgtgatg 37214372  T
321 cttcgaacactggaattggagctgttctcatccaagagggacatcctatagccttttttagtgagaaactcagcaatgggaagctcaggtactctacata 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37214373 cttcgaacactggaattggagctgttctcatccaagagggacatcctatagccttttttagtgagaaactcagcaatgggaagctcaggtactctacata 37214472  T
421 cgataaggagttttatgcagttgttcgtgcccttcaacattggagccactacttgttgaataaggagtttgttctttactctgatcatgaagccctcaag 520  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
37214473 cgataaggagttttatgcagttgttcgtgcccttcagcattggagccactacttgttgaataaggagtttgttctttactctgatcatgaagtcctcaag 37214572  T
521 cacttgaactctc-aacaaaagatcaggcgtagacacgctgcgtggagtgagtttctgcaatcttaccct 589  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
37214573 cacttgaactctcaaacaaaagatcagtcgtagacacgctgcttggagtgagtttctgcaatcttaccct 37214642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 449; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 449; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 585
Target Start/End: Complemental strand, 2407300 - 2406736
Alignment:
21 acatcatcactgctggaggaataaaagttgacccaagcaagattgaagctatcaacagctggccaactccaaagtctgtccatgatataaggagttttca 120  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
2407300 acatcatcactgctagaggaataaaagttgacccaagcaagattgaagctatcaacagctggccaactccaaagtctgtccatgacataaggagttttca 2407201  T
121 cggcttagcttctttctacagaaggttcattaaaaactttagctcggttgccaccccacttatagaatgcatcaaaggagataaatttaggtggtccgaa 220  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
2407200 cggcttagcttctttctacaaaaggttcattaaaaactttatctcagtttccaccccacttacagaatgcatcaaaggagataaatttaggtggtctgaa 2407101  T
221 gaagctgataagagctttaaggaacttaagaagcgtttgactgaggcacctgtgctagcccttcctaactttgaccaagtattcgaagttagttgtgatg 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
2407100 gaagctgataagagctttaaggaacttaagaagcgtttgactgaggcacccgtgctagcccttcctaactttgaccaagtattcgaagttagttgcgatg 2407001  T
321 cttcgaacactggaattggagctgttctcatccaagagggacatcctatagccttttttagtgagaaactcagcaatgggaagctcaggtactctacata 420  Q
     | ||||||||| ||||||||||||||| | |||  ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
2407000 atccgaacactgaaattggagctgttctgagccacaagggacatcatatagcctttttcagtgagaaactcaacaatgggaagctcaggtactctacata 2406901  T
421 cgataaggagttttatgcagttgttcgtgcccttcaacattggagccactacttgttgaataaggagtttgttctttactctgatcatgaagccctcaag 520  Q
     || ||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2406900 tgacaagcagttttatgcagttgttcgtgctcttcagcattggagccactacttgttgaataaggagtttgttctttactctgatcatgaagccctcaag 2406801  T
521 cacttgaactctcaacaaaagatcaggcgtagacacgctgcgtggagtgagtttctgcaatctta 585  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
2406800 cacttgaactctcaacaaaagatcagtcgcagacaagctgcttggagtgagtttctgcaatctta 2406736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 21 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 2792738 - 2792185
Alignment:
21 acatcatcactgctggaggaataaaagttgacccaagcaagattgaagctatcaacagctggccaactccaaagtctgtccatgatataaggagttttca 120  Q
    |||| |||||||||| ||| ||   ||||||||| |||||| |||| |||||||| || ||||| | |||||||||  | |||||| | || |||||  |    
2792738 acataatcactgctgaaggtattcgagttgaccccagcaaggttgaggctatcaatagttggcctattccaaagtcaattcatgatgtgagaagtttcta 2792639  T
121 cggcttagcttctttctacagaaggttcattaaaaactttagctcggttgccaccccacttatagaatgcatcaaaggagataaatttaggtggtccgaa 220  Q
     || |||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||| |||||  |||| |||| ||| ||||| || |||||||| ||    ||| ||||     
2792638 tggattagcttcattttatagaaggttcatcaagaactttagctctgttgctgccccgcttacagattgcataaagggagataagttccaatggaccgag 2792539  T
221 gaagctgataagagctttaaggaacttaagaagcgtttgactgaggcacctgtgctagcccttcctaactttgaccaagtattcgaagttagttgtgatg 320  Q
     ||||  | ||||| ||| |  | || ||  | | |||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| |    
2792538 caagcacaaaagagttttgaccacctaaaacaacttttgactgaaacaccagtgctagcccttcccaactttgaccaggtgttcgaagtaagttgtgacg 2792439  T
321 cttcgaacactggaattggagctgttctcatccaagagggacatcctatagccttttttagtgagaaactcagcaatgggaagctcaggtactctacata 420  Q
    |||| ||  | |||||||| || |||||    ||||| || |||||||||||||| |||||||| || |||| |||||| || || || ||||| |||||    
2792438 cttccaattcaggaattggtgcggttctatgtcaagaaggtcatcctatagccttctttagtgaaaagctcaacaatggtaaacttagatactcaacata 2792339  T
421 cgataaggagttttatgcagttgttcgtgcccttcaacattggagccactacttgttgaataaggagtttgttctttactctgatcatgaagccctcaag 520  Q
     ||||| || ||||||||  |||| || ||| | ||||||||||| || |||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
2792338 tgataaagaattttatgccattgtccgagccttgcaacattggagtcattacttgttgaataaagaatttattctttattctgatcatgaagccctcaag 2792239  T
521 cacttgaactctcaacaaaagatcaggcgtagacacgctgcgtggagtgagttt 574  Q
    || ||||| ||||||||||||||||  || || || || || ||||||||||||    
2792238 catttgaattctcaacaaaagatcaatcgcaggcatgccgcttggagtgagttt 2792185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 256 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 14473539 - 14473221
Alignment:
256 tttgactgaggcacctgtgctagcccttcctaactttgaccaagtattcgaagttagttgtgatgcttcgaacactggaattggagctgttctcatccaa 355  Q
    |||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||  | |||||||| || |||||    |||    
14473539 tttgactgaaacaccagtgctagcccttcccaactttgaccaggtgttcgaagtaagttgtgacgcttccaattcaggaattggtgcggttctatgtcaa 14473440  T
356 gagggacatcctatagccttttttagtgagaaactcagcaatgggaagctcaggtactctacatacgataaggagttttatgcagttgttcgtgcccttc 455  Q
    || || |||||||||||||| |||||||| || |||| |||||| || || || ||||| ||||| ||||| || ||||||||  |||| || ||| | |    
14473439 gaaggtcatcctatagccttctttagtgaaaagctcaacaatggtaaacttagatactcaacatatgataaagaattttatgccattgtccgagccttgc 14473340  T
456 aacattggagccactacttgttgaataaggagtttgttctttactctgatcatgaagccctcaagcacttgaactctcaacaaaagatcaggcgtagaca 555  Q
    |||||||||| || |||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  || || ||    
14473339 aacattggagtcattacttgttgaataaagaatttattctttattctgatcatgaagccctcaagcatttgaattctcaacaaaagatcaatcgcaggca 14473240  T
556 cgctgcgtggagtgagttt 574  Q
     || || ||||||||||||    
14473239 tgccgcttggagtgagttt 14473221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 21 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 14473774 - 14473591
Alignment:
21 acatcatcactgctggaggaataaaagttgacccaagcaagattgaagctatcaacagctggccaactccaaagtctgtccatgatataaggagttttca 120  Q
    |||| |||||||||| ||| ||   ||||||||| |||||| |||| || ||||| || ||||| | ||| |||||  | |||||  |||| | ||||||    
14473774 acataatcactgctgaaggtattcgagttgaccccagcaaggttgaggccatcaatagttggcctattcccaagtcaattcatgacgtaagaaattttca 14473675  T
121 cggcttagcttctttctacagaaggttcattaaaaactttagctcggttgccaccccacttatagaatgcatcaaaggagataa 204  Q
     || |||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||| |||||  |||| |||| ||| ||||| || ||||||||    
14473674 tggattagcttcattttatagaaggttcatcaagaactttagctctgttgctgccccgcttacagattgcataaagggagataa 14473591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 125 - 552
Target Start/End: Original strand, 8533607 - 8534022
Alignment:
125 ttagcttctttctacagaaggttcattaaaaactttagctcggttgccaccccacttatagaatgcatcaaaggagataaatttaggtggtccgaagaag 224  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| | ||||||||||| |||| ||| | || ||||| |||||||    
8533607 ttagcttctttctacaaaaggttcattaaaaactttagctcgattgccgcccctcttacataatgcatcaaaagagagaaaatcagatggtcagaagaag 8533706  T
225 ctgataagagctttaaggaacttaagaagcgtttgactgaggcacctgtgctagcccttcctaactttgaccaagtattcgaagttagttgtgatgcttc 324  Q
    |  |||||| |||| ||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
8533707 ccaataagaactttgaggaactaaagaagcgtttgacggaggc-cccgtgctagcccttcctaactttgaccaagtatttgaagttagtggtgatgcttc 8533805  T
325 gaacactggaattggagctgttctcatccaagagggacatcctatagccttttttagtgagaaactcagcaatgggaagctcaggtactctacatacgat 424  Q
     |||| ||||||| ||||| ||||||   ||||||||||           |||| | ||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||| | ||     
8533806 aaacaatggaattagagctattctcaggtaagagggaca-----------ttttcattgagaaactcaacaatggaaagctcaagtactctacacatgaa 8533894  T
425 aaggagttttatgcagttgttcgtgcccttcaacattggagccactacttgttgaataaggagtttgttctttactctgatcatgaagccctcaagcact 524  Q
    ||||| ||||| |   |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
8533895 aaggatttttacgtttttgttcgtgctcttcatcattggagccactacttgtcgaataaggtgtttgttctttactctgatcatgaatccctcaagcact 8533994  T
525 tgaactctcaacaaaagatcaggcgtag 552  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||    
8533995 tgaaccctcaacaaaagatcagtcgtag 8534022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 21 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 5380244 - 5379691
Alignment:
21 acatcatcactgctggaggaataaaagttgacccaagcaagattgaagctatcaacagctggccaactccaaagtctgtccatgatataaggagttttca 120  Q
    |||| |||||||||| ||| ||   ||||||||| |||||| |||| |||||||| || ||||| | |||||||||  | |||||| | || ||||| ||    
5380244 acataatcactgctgaaggtattcgagttgaccccagcaaggttgaggctatcaatagttggcctattccaaagtcaattcatgatgtgagaagtttcca 5380145  T
121 cggcttagcttctttctacagaaggttcattaaaaactttagctcggttgccaccccacttatagaatgcatcaaaggagataaatttaggtggtccgaa 220  Q
     || |||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||| |||||  ||||||||| ||| ||||| ||||| ||||| ||    ||| ||||     
5380144 tggattagcttcattttatagaaggttcatcaagaactttagctctgttgctgccccacttacagattgcataaaaggggataagttccaatggaccgag 5380045  T
221 gaagctgataagagctttaaggaacttaagaagcgtttgactgaggcacctgtgctagcccttcctaactttgaccaagtattcgaagttagttgtgatg 320  Q
     ||||  | ||||| ||| |  | || ||  | | |||||| ||  |||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| |    
5380044 caagcataaaagagttttgaccacctcaaacaacttttgaccgaaacaccagtgctagcccttcccaactttgaccaggtgttcgaagtaagttgtgacg 5379945  T
321 cttcgaacactggaattggagctgttctcatccaagagggacatcctatagccttttttagtgagaaactcagcaatgggaagctcaggtactctacata 420  Q
    |||| ||  | |||||||| || |||||    ||||| || |||||||||||||| |||||||| || |||| |||||| || || || ||||| |||||    
5379944 cttccaattcaggaattggtgcggttctatgtcaagaaggtcatcctatagccttctttagtgaaaagctcaacaatggtaaacttagatactcaacata 5379845  T
421 cgataaggagttttatgcagttgttcgtgcccttcaacattggagccactacttgttgaataaggagtttgttctttactctgatcatgaagccctcaag 520  Q
     ||||| || ||||||||  |||| || ||| | ||||||||||| || |||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
5379844 tgataaagaattttatgccattgtccgagccttgcaacattggagtcattacttgttgaataaagaatttattctttattctgatcatgaagccctcaag 5379745  T
521 cacttgaactctcaacaaaagatcaggcgtagacacgctgcgtggagtgagttt 574  Q
    || ||||| ||||||||||||||||  || ||||| || || ||||||||||||    
5379744 catttgaattctcaacaaaagatcaatcgcagacatgccgcctggagtgagttt 5379691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 287 - 574
Target Start/End: Original strand, 4101854 - 4102141
Alignment:
287 aactttgaccaagtattcgaagttagttgtgatgcttcgaacactggaattggagctgttctcatccaagagggacatcctatagccttttttagtgaga 386  Q
    ||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||| ||  | |||||||| || |||||    ||||| || |||||||||||||| |||||||| |    
4101854 aactttgaccaggtgttcgaagtaagctgtgacgcttctaattcaggaattggcgcggttctatgtcaagaaggtcatcctatagccttctttagtgaaa 4101953  T
387 aactcagcaatgggaagctcaggtactctacatacgataaggagttttatgcagttgttcgtgcccttcaacattggagccactacttgttgaataagga 486  Q
    | |||| |||||| || || || ||||| ||||| ||||| || ||||||||  |||| || ||| |  |||||||||| || |||||||||||||| ||    
4101954 agctcaacaatggtaaacttagatactcaacatatgataaagatttttatgccattgtccgagccttgtaacattggagtcattacttgttgaataaaga 4102053  T
487 gtttgttctttactctgatcatgaagccctcaagcacttgaactctcaacaaaagatcaggcgtagacacgctgcgtggagtgagttt 574  Q
     ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||| || ||||| ||||||||||||    
4102054 atttattctttattctgatcatgaagccctcaagcatttgaattctcaacaaaagatcaatcgtaggcatgctgcttggagtgagttt 4102141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 21 - 118
Target Start/End: Original strand, 8533467 - 8533564
Alignment:
21 acatcatcactgctggaggaataaaagttgacccaagcaagattgaagctatcaacagctggccaactccaaagtctgtccatgatataaggagtttt 118  Q
    |||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
8533467 acatcatcactgttgaaggcataaaagttgacccaagcaagattgaagctatcaacaattggtcaactccaaagtatgttcatgatataaggagtttt 8533564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 48 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 13719984 - 13719828
Alignment:
48 ttgacccaagcaagattgaagctatcaacagctggccaactccaaagtctgtccatgatataaggagttttcacggcttagcttctttctacagaaggtt 147  Q
    ||||||| |||||| |||| |||||||| || ||||| | ||| |||||  | |||||| | || | |||| | || |||||||| || || ||||||||    
13719984 ttgaccctagcaaggttgaggctatcaatagttggcctattcctaagtcaattcatgatgttagaattttttatggattagcttcattttatagaaggtt 13719885  T
148 cattaaaaactttagctcggttgccaccccacttatagaatgcatcaaaggagataa 204  Q
    ||| || ||||||||||| |||||  |||| |||| ||| ||||| || ||||||||    
13719884 catcaagaactttagctctgttgctgccccgcttacagattgcataaagggagataa 13719828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 125 - 204
Target Start/End: Original strand, 4101692 - 4101771
Alignment:
125 ttagcttctttctacagaaggttcattaaaaactttagctcggttgccaccccacttatagaatgcatcaaaggagataa 204  Q
    |||||||| || || ||||||||||| || |||||||| || |||||  ||||||||| ||| ||||| |||||||||||    
4101692 ttagcttcattttatagaaggttcatcaagaactttagttctgttgctgccccacttacagattgcataaaaggagataa 4101771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 118; Significance: 6e-60; HSPs: 1)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 21 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 26426 - 25873
Alignment:
21 acatcatcactgctggaggaataaaagttgacccaagcaagattgaagctatcaacagctggccaactccaaagtctgtccatgatataaggagttttca 120  Q
    |||| |||||||||| ||| ||   ||||||||| |||||| |||| |||||||| || ||||| | |||||||||  | |||||| | || ||||| ||    
26426 acataatcactgctgaaggtattcgagttgaccccagcaaggttgaggctatcaatagttggcctattccaaagtcaattcatgatgtgagaagtttcca 26327  T
121 cggcttagcttctttctacagaaggttcattaaaaactttagctcggttgccaccccacttatagaatgcatcaaaggagataaatttaggtggtccgaa 220  Q
     || |||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||| |||||  |||| |||| ||| ||||| || |||||||| ||    ||| ||||     
26326 tggattagcttcattttatagaaggttcatcaagaactttagctctgttgctgccccgcttacagattgcataaagggagataagttccaatggaccgag 26227  T
221 gaagctgataagagctttaaggaacttaagaagcgtttgactgaggcacctgtgctagcccttcctaactttgaccaagtattcgaagttagttgtgatg 320  Q
     ||||  | ||||| ||| |  | || ||  | | |||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| |    
26226 caagcacaaaagagttttgaccacctaaaacaacttttgactgaaacaccagtgctagcccttcccaactttgaccaggtgttcgaagtaagttgtgacg 26127  T
321 cttcgaacactggaattggagctgttctcatccaagagggacatcctatagccttttttagtgagaaactcagcaatgggaagctcaggtactctacata 420  Q
    |||| ||  | |||||||| || |||||    ||||| || |||||||||||||| |||||||| || |||| |||||| || || || ||||| |||||    
26126 cttccaattcaggaattggtgcggttctatgtcaagaaggtcatcctatagccttctttagtgaaaagctcaacaatggtaaacttagatactcaacata 26027  T
421 cgataaggagttttatgcagttgttcgtgcccttcaacattggagccactacttgttgaataaggagtttgttctttactctgatcatgaagccctcaag 520  Q
     ||||| || ||||||||  |||| || ||| | ||||||||||| || |||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
26026 tgataaagaattttatgccattgtccgagccttgcaacattggagtcattacttgttgaataaagaatttattctttattctgatcatgaagccctcaag 25927  T
521 cacttgaactctcaacaaaagatcaggcgtagacacgctgcgtggagtgagttt 574  Q
    || ||||| ||||||||||||||||  || || || || || ||||||||||||    
25926 catttgaattctcaacaaaagatcaatcgcaggcatgccgcttggagtgagttt 25873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 118; Significance: 6e-60; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 21 - 574
Target Start/End: Original strand, 89663 - 90216
Alignment:
21 acatcatcactgctggaggaataaaagttgacccaagcaagattgaagctatcaacagctggccaactccaaagtctgtccatgatataaggagttttca 120  Q
    |||| |||||||||| ||| ||   ||||||||| |||||| |||| |||||||| || ||||| | |||||||||  | |||||| | || ||||| ||    
89663 acataatcactgctgaaggtattcgagttgaccccagcaaggttgaggctatcaatagttggcctattccaaagtcaattcatgatgtgagaagtttcca 89762  T
121 cggcttagcttctttctacagaaggttcattaaaaactttagctcggttgccaccccacttatagaatgcatcaaaggagataaatttaggtggtccgaa 220  Q
     || |||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||| |||||  |||| |||| ||| ||||| || |||||||| ||    ||| ||||     
89763 tggattagcttcattttatagaaggttcatcaagaactttagctctgttgctgccccgcttacagattgcataaagggagataagttccaatggaccgag 89862  T
221 gaagctgataagagctttaaggaacttaagaagcgtttgactgaggcacctgtgctagcccttcctaactttgaccaagtattcgaagttagttgtgatg 320  Q
     ||||  | ||||| ||| |  | || ||  | | |||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| |    
89863 caagcacaaaagagttttgaccacctaaaacaacttttgactgaaacaccagtgctagcccttcccaactttgaccaggtgttcgaagtaagttgtgacg 89962  T
321 cttcgaacactggaattggagctgttctcatccaagagggacatcctatagccttttttagtgagaaactcagcaatgggaagctcaggtactctacata 420  Q
    |||| ||  | |||||||| || |||||    ||||| || |||||||||||||| |||||||| || |||| |||||| || || || ||||| |||||    
89963 cttccaattcaggaattggtgcggttctatgtcaagaaggtcatcctatagccttctttagtgaaaagctcaacaatggtaaacttagatactcaacata 90062  T
421 cgataaggagttttatgcagttgttcgtgcccttcaacattggagccactacttgttgaataaggagtttgttctttactctgatcatgaagccctcaag 520  Q
     ||||| || ||||||||  |||| || ||| | ||||||||||| || |||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
90063 tgataaagaattttatgccattgtccgagccttgcaacattggagtcattacttgttgaataaagaatttattctttattctgatcatgaagccctcaag 90162  T
521 cacttgaactctcaacaaaagatcaggcgtagacacgctgcgtggagtgagttt 574  Q
    || ||||| ||||||||||||||||  || || || || || ||||||||||||    
90163 catttgaattctcaacaaaagatcaatcgcaggcatgccgcttggagtgagttt 90216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 114; Significance: 2e-57; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 21 - 574
Target Start/End: Original strand, 11714517 - 11715070
Alignment:
21 acatcatcactgctggaggaataaaagttgacccaagcaagattgaagctatcaacagctggccaactccaaagtctgtccatgatataaggagttttca 120  Q
    |||| |||||||||| ||| ||   ||||||||| |||||| |||| |||||||| || ||||| | |||||||||  | |||||| | || ||||| ||    
11714517 acataatcactgctgaaggtattcgagttgaccccagcaaggttgaggctatcaatagttggcctattccaaagtcaattcatgatgtgagaagtttcca 11714616  T
121 cggcttagcttctttctacagaaggttcattaaaaactttagctcggttgccaccccacttatagaatgcatcaaaggagataaatttaggtggtccgaa 220  Q
     || |||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||| |||||  |||| |||| ||| ||||| || |||||||| ||    ||| ||||     
11714617 tggattagcttcattttatagaaggttcatcaagaactttagctctgttgctgccccgcttacagattgcataaagggagataagttccaatggaccgag 11714716  T
221 gaagctgataagagctttaaggaacttaagaagcgtttgactgaggcacctgtgctagcccttcctaactttgaccaagtattcgaagttagttgtgatg 320  Q
     ||||  | ||||| ||| |  | || ||  | | |||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| |    
11714717 caagcacaaaagagttttgaccacctaaaacaacttttgactgaaacaccagtgctagcccttcccaactttgaccaggtgttcgaagtaagttgtgacg 11714816  T
321 cttcgaacactggaattggagctgttctcatccaagagggacatcctatagccttttttagtgagaaactcagcaatgggaagctcaggtactctacata 420  Q
    |||| ||  | |||||||| || |||||    ||||| || |||||||||||||| |||||||| || |||| |||||| || || || ||||| |||||    
11714817 cttccaattcaggaattggtgcggttctatgtcaagaaggtcatcctatagccttctttagtgaaaagctcaacaatggtaaacttagatactcaacata 11714916  T
421 cgataaggagttttatgcagttgttcgtgcccttcaacattggagccactacttgttgaataaggagtttgttctttactctgatcatgaagccctcaag 520  Q
     ||||| || ||||||||  |||| || ||| | ||||||||||| || |||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||     
11714917 tgataaagaattttatgccattgtccgagccttgcaacattggagtcattacttgttgaataaagaatttattctttattctgatcatgaagccctcaat 11715016  T
521 cacttgaactctcaacaaaagatcaggcgtagacacgctgcgtggagtgagttt 574  Q
    || ||||| ||||||||||||||||  || || || || || ||||||||||||    
11715017 catttgaattctcaacaaaagatcaatcgcaggcatgccgcttggagtgagttt 11715070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 46 - 574
Target Start/End: Original strand, 11710180 - 11710708
Alignment:
46 agttgacccaagcaagattgaagctatcaacagctggccaactccaaagtctgtccatgatataaggagttttcacggcttagcttctttctacagaagg 145  Q
    ||||||||| |||||| |||| |||||||| || ||||| | |||||||||  | |||||| | || ||||| || || |||||||| || || ||||||    
11710180 agttgaccccagcaaggttgaggctatcaataggtggcctattccaaagtcaattcatgatgtgagaagtttccatggattagcttcattttatagaagg 11710279  T
146 ttcattaaaaactttagctcggttgccaccccacttatagaatgcatcaaaggagataaatttaggtggtccgaagaagctgataagagctttaaggaac 245  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||  |||| |||| ||| ||||| || |||||||| ||    ||| ||||  || |  | ||||| ||| |  | |    
11710280 ttcatcaagaactttagctctgttgctgccccgcttacagattgcataaagggagataagttccaatggaccgagcaatcacaaaagagttttgaccacc 11710379  T
246 ttaagaagcgtttgactgaggcacctgtgctagcccttcctaactttgaccaagtattcgaagttagttgtgatgcttcgaacactggaattggagctgt 345  Q
    | ||  | | |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||  | |||||||| || ||    
11710380 taaaacaacttttgactgaaacacctgtgctagcccttcccaactttgaccaggtgttcgaagtaagttgtgacgcttccaattcaggaattggtgcggt 11710479  T
346 tctcatccaagagggacatcctatagccttttttagtgagaaactcagcaatgggaagctcaggtactctacatacgataaggagttttatgcagttgtt 445  Q
    |||    ||||| || |||||||||||||| |||||||| || |||| |||||| || || || || || ||||| ||||| || ||||||||  ||||     
11710480 tctatgtcaagaaggtcatcctatagccttctttagtgaaaagctcaacaatggtaaacttagatattcaacatatgataaagaattttatgccattgtc 11710579  T
446 cgtgcccttcaacattggagccactacttgttgaataaggagtttgttctttactctgatcatgaagccctcaagcacttgaactctcaacaaaagatca 545  Q
    || ||| | ||||||||||| || |||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||    
11710580 cgagccttgcaacattggagtcattacttgttgaataaagaatttattctttattctgatcatgaagcccttaaacatttgaattctcaacaaaagatca 11710679  T
546 ggcgtagacacgctgcgtggagtgagttt 574  Q
      || || || || || ||||||||||||    
11710680 atcgcaggcatgccgcttggagtgagttt 11710708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 275 - 571
Target Start/End: Original strand, 13165137 - 13165433
Alignment:
275 ctagcccttcctaactttgaccaagtattcgaagttagttgtgatgcttcgaacactggaattggagctgttctcatccaagagggacatcctatagcct 374  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| || |||||||| |||||||| |||||  |    |||||||| || |||||    ||||| || ||||||||| |||    
13165137 ctagcccttcccaaccttgaccaggtgttcgaagtaagttgtgacgcttcccattaaggaattggtgcggttctatgtcaagaaggtcatcctatatcct 13165236  T
375 tttttagtgagaaactcagcaatgggaagctcaggtactctacatacgataaggagttttatgcagttgttcgtgcccttcaacattggagccactactt 474  Q
    | |||||||| || |||| |||||| || || || ||||| ||||| |||||  | ||||||||  |||| || | | | ||||||||||| || ||| |    
13165237 tctttagtgaaaagctcaacaatggtaaacttagatactcaacatatgataaaaaattttatgccattgtccgaggcttgcaacattggagtcattacat 13165336  T
475 gttgaataaggagtttgttctttactctgatcatgaagccctcaagcacttgaactctcaacaaaagatcaggcgtagacacgctgcgtggagtgag 571  Q
    ||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  || ||||| || || |||||||||    
13165337 gttgaataaagaatttattctttattctgatcatgaagccctcaagcatttgaattctcaacaaaagatcaatcgcagacatgccgcttggagtgag 13165433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 256 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 16774436 - 16774118
Alignment:
256 tttgactgaggcacctgtgctagcccttcctaactttgaccaagtattcgaagttagttgtgatgcttcgaacactggaattggagctgttctcatccaa 355  Q
    |||||||||  |||| |||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||  | |||||||| || |||||    |||    
16774436 tttgactgaaacaccagtgctaacccttcccaactttgaccaggtgttcgaagtaagttgtgacgcttccaattcaggaattggtgcggttctatgtcaa 16774337  T
356 gagggacatcctatagccttttttagtgagaaactcagcaatgggaagctcaggtactctacatacgataaggagttttatgcagttgttcgtgcccttc 455  Q
    || || |||||||||||||| |||||||| || |||| |||||| || || || ||||| ||||| ||||| || ||||||||  |||| || ||| | |    
16774336 gaaggtcatcctatagccttctttagtgaaaagctcaacaatggtaaacttagatactcaacatatgataaagaattttatgccattgtccgagccttgc 16774237  T
456 aacattggagccactacttgttgaataaggagtttgttctttactctgatcatgaagccctcaagcacttgaactctcaacaaaagatcaggcgtagaca 555  Q
    |||||||||| || |||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  || || ||    
16774236 aacattggagtcattacttgttgaataaagaatttattctttattctgatcatgaggccctcaagcatttgaattctcaacaaaagatcaatcgcaggca 16774137  T
556 cgctgcgtggagtgagttt 574  Q
     || || ||||||||||||    
16774136 tgccgcttggagtgagttt 16774118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 46 - 545
Target Start/End: Original strand, 32706191 - 32706691
Alignment:
46 agttgacccaagcaagattgaagctatcaacagctggccaactccaaagtctgtccatgatataaggagttttcacggcttagcttctttctacagaagg 145  Q
    ||||||||| | |||| |||| |||||||| || ||||| | |||||||||  | |||||| | || ||||| || || |||||||| || || ||||||    
32706191 agttgaccccaacaaggttgaggctatcaatagttggcctattccaaagtcaattcatgatgtgagaagtttccatggattagcttcattttatagaagg 32706290  T
146 ttcattaaaaactttagctcggttgccaccccacttatagaatgcatcaaaggagataaatttaggtggtccgaagaagctgataagagctttaaggaac 245  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||  |||| |||| ||| ||||| || |||||||| ||    |||  |||  ||||  | ||||| ||| |  | |    
32706291 ttcatcaagaactttagctctgttgctgccccgcttacagattgcataaagggagataagttacaatggatcgagcaagcacaaaagagttttgaccacc 32706390  T
246 ttaagaagcgtttgactgaggcacctgtgctagcccttcctaactttgaccaagtattcgaagttagttgtgatgcttcgaacactggaattggagctgt 345  Q
    | ||  | | ||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||  | |||||||| || ||    
32706391 taaaacaacttttaactgaaacaccagtgctagcccttcctaactttgaccaggtgttcgaagtaagttgtgacgcttccaattcaggaattggtgcggt 32706490  T
346 tctcatccaagagggacatcctatagccttttttagtgagaaactcagcaatgggaagctcaggtactctacatacgataaggagttttatgcagttgtt 445  Q
    | |    ||||| || ||||||||| |||| |||||||| || |||| |||||| || || || ||||  | ||| ||||| || ||||||||  ||||     
32706491 tttatgtcaagaaggtcatcctatatccttctttagtgaaaagctcaacaatggtaaacttagatacttaatatatgataaagaattttatgccattgtc 32706590  T
446 cgtgcccttcaacattggagccactacttgttgaataaggagtttg-ttctttactctgatcatgaagccctcaagcacttgaactctcaacaaaagatc 544  Q
    || ||| | ||||||||||| || |||||||||||||| || |||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
32706591 cgagccttgcaacattggagtcattacttgttgaataaagaattttattctttattctgatcatgaagccctcaagcatttgaattctcaacaaaagatc 32706690  T
545 a 545  Q
    |    
32706691 a 32706691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 921 times since January 2019
Visitors: 6707