View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0883_low_4 (Length: 444)

Name: NF0883_low_4
Description: NF0883
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0883_low_4
NF0883_low_4
[»] scaffold0043 (1 HSPs)
scaffold0043 (26-352)||(13127-13449)
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (22-348)||(44018057-44018379)
chr7 (22-357)||(38430925-38431255)
chr7 (26-352)||(3541429-3541749)
chr7 (22-352)||(6963819-6964144)
chr7 (22-352)||(12803525-12803850)
chr7 (26-352)||(26152687-26153008)
chr7 (22-352)||(43548725-43549050)
chr7 (64-191)||(28578315-28578444)
chr7 (255-352)||(22083703-22083796)
chr7 (150-275)||(17601351-17601473)
chr7 (308-352)||(23467393-23467437)
chr7 (272-330)||(26182080-26182138)
chr7 (213-330)||(28578198-28578309)
chr7 (88-185)||(748458-748554)
chr7 (144-185)||(20100305-20100346)
chr7 (276-348)||(22232892-22232965)
chr7 (276-348)||(22253774-22253847)
chr7 (276-348)||(22257038-22257111)
[»] chr6 (24 HSPs)
chr6 (23-352)||(12746338-12746663)
chr6 (22-352)||(35027394-35027720)
chr6 (22-352)||(28894742-28895067)
chr6 (22-352)||(33679449-33679774)
chr6 (22-273)||(11296383-11296633)
chr6 (22-273)||(15579218-15579468)
chr6 (272-357)||(17696366-17696451)
chr6 (272-352)||(34502120-34502200)
chr6 (272-352)||(31123207-31123287)
chr6 (272-352)||(31262548-31262628)
chr6 (272-352)||(2331059-2331139)
chr6 (272-348)||(5618573-5618649)
chr6 (88-352)||(7560436-7560688)
chr6 (255-352)||(9314046-9314139)
chr6 (272-357)||(2330407-2330492)
chr6 (88-185)||(2330898-2330995)
chr6 (272-348)||(28117617-28117693)
chr6 (39-185)||(2330185-2330332)
chr6 (272-330)||(22920307-22920365)
chr6 (39-183)||(31122985-31123130)
chr6 (137-185)||(17696243-17696291)
chr6 (88-185)||(17231463-17231560)
chr6 (303-348)||(3827081-3827126)
chr6 (272-324)||(22464192-22464244)
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (21-352)||(4249916-4250243)
chr3 (22-348)||(28326974-28327297)
chr3 (22-348)||(28330299-28330622)
chr3 (90-348)||(3305449-3305703)
chr3 (133-352)||(27054514-27054728)
chr3 (272-352)||(9157766-9157846)
chr3 (150-352)||(19868642-19868840)
chr3 (272-352)||(9154593-9154673)
chr3 (272-352)||(18882991-18883071)
chr3 (272-352)||(20536838-20536917)
chr3 (274-352)||(42354672-42354750)
chr3 (272-353)||(44508586-44508667)
chr3 (88-176)||(20536999-20537087)
chr3 (150-222)||(25491863-25491936)
chr3 (166-262)||(11270736-11270832)
chr3 (284-352)||(18551458-18551526)
chr3 (16-119)||(18551202-18551305)
chr3 (281-348)||(10963194-10963261)
chr3 (281-348)||(10966703-10966770)
chr3 (272-330)||(23375010-23375068)
chr3 (272-330)||(29233868-29233926)
chr3 (276-348)||(10959682-10959754)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (22-348)||(33897857-33898179)
chr1 (22-348)||(23441549-23441871)
chr1 (19-352)||(34552945-34553278)
chr1 (22-357)||(18391925-18392255)
chr1 (22-273)||(50197252-50197502)
chr1 (22-352)||(6195372-6195675)
chr1 (149-352)||(3087986-3088189)
chr1 (88-185)||(17903202-17903299)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (22-348)||(40678037-40678360)
chr2 (22-352)||(38316308-38316634)
chr2 (22-160)||(9748056-9748194)
chr2 (22-119)||(30994216-30994313)
chr2 (272-352)||(1503694-1503774)
chr2 (272-352)||(4577630-4577710)
chr2 (272-352)||(1506898-1506978)
chr2 (272-352)||(38326147-38326227)
chr2 (272-352)||(38326532-38326612)
chr2 (281-352)||(30719563-30719632)
chr2 (86-185)||(18011554-18011652)
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (22-352)||(33920673-33920999)
chr5 (22-352)||(26337514-26337840)
chr5 (22-352)||(2500269-2500594)
chr5 (22-352)||(9690294-9690620)
chr5 (22-352)||(33321185-33321510)
chr5 (22-248)||(35432836-35433060)
chr5 (272-352)||(34653016-34653096)
chr5 (281-352)||(3194945-3195016)
chr5 (149-357)||(1810664-1810868)
chr5 (272-352)||(17944428-17944508)
chr5 (272-352)||(19685945-19686027)
chr5 (272-352)||(19689328-19689410)
chr5 (39-185)||(25184941-25185088)
chr5 (88-192)||(36330342-36330447)
chr5 (276-348)||(25185167-25185240)
chr5 (272-348)||(2453114-2453186)
chr5 (276-348)||(4732096-4732169)
chr5 (144-184)||(4732249-4732289)
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (22-352)||(56089575-56089901)
chr4 (22-352)||(13978666-13978991)
chr4 (22-352)||(19928436-19928761)
chr4 (22-352)||(26703752-26704077)
chr4 (22-352)||(15850705-15851030)
chr4 (274-352)||(11702848-11702926)
chr4 (272-352)||(10385728-10385808)
chr4 (137-350)||(23652935-23653136)
chr4 (284-352)||(33400593-33400661)
chr4 (272-331)||(11560591-11560650)
chr4 (299-352)||(10247625-10247678)
chr4 (140-176)||(11560470-11560506)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (22-352)||(5827558-5827884)
chr8 (22-352)||(9466661-9466985)
chr8 (22-352)||(13331621-13331946)
chr8 (22-352)||(39660218-39660547)
chr8 (272-352)||(30645251-30645331)
chr8 (271-352)||(31984766-31984847)
chr8 (272-348)||(31981126-31981202)
chr8 (276-352)||(27863815-27863892)
chr8 (187-275)||(14627143-14627231)
chr8 (276-348)||(14187782-14187855)
chr8 (144-185)||(22653923-22653964)
chr8 (276-348)||(22654043-22654116)
chr8 (276-348)||(20262338-20262409)
chr8 (276-348)||(21048968-21049039)
[»] scaffold0911 (1 HSPs)
scaffold0911 (19-352)||(4093-4420)
[»] scaffold0401 (1 HSPs)
scaffold0401 (22-352)||(3790-4116)
[»] scaffold0083 (2 HSPs)
scaffold0083 (22-352)||(28853-29179)
scaffold0083 (25-352)||(52653-52976)
[»] scaffold0273 (1 HSPs)
scaffold0273 (22-323)||(19975-20272)
[»] scaffold0637 (5 HSPs)
scaffold0637 (22-259)||(1791-2027)
scaffold0637 (22-149)||(981-1108)
scaffold0637 (28-149)||(1527-1648)
scaffold0637 (22-149)||(711-838)
scaffold0637 (22-149)||(1251-1378)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (272-357)||(7015-7100)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (271-352)||(227124-227205)
[»] scaffold0214 (3 HSPs)
scaffold0214 (272-352)||(13384-13464)
scaffold0214 (272-352)||(27400-27480)
scaffold0214 (272-352)||(19835-19913)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (88-181)||(468871-468965)


Alignment Details
Target: scaffold0043 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 1)
Name: scaffold0043
Description:

Target: scaffold0043; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 26 - 352
Target Start/End: Original strand, 13127 - 13449
Alignment:
26 ggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcattatt 125  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
13127 ggagacctaaacagagcatagacggcaccaggaagccgaagaacacgcattggatctcaccaaactcattgttggttctggtttatgtatgttcattatt 13226  T
126 ttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaag 225  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
13227 ttatatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaag 13326  T
226 aactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaac 325  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    |||||||| ||||||||||||  ||| |||||||| ||||||| ||||||||||    
13327 aactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcagaa----ttatttgtgttcattgctttttgtataattgtttgcatgactattaaccctaac 13422  T
326 ttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
13423 ttctttcaatcacataaattgatctta 13449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 22 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 44018379 - 44018057
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcat 121  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
44018379 ttttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagctaaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcac 44018280  T
122 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgt 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
44018279 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgt 44018180  T
222 taagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccc 321  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    ||  | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
44018179 taagaactctctttgacatcaatgaaaacctaatctttattcagaattattt----gtgcttaatgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccc 44018084  T
322 taacttctttcaatcacataaattgat 348  Q
    || ||||||||||||||||||||||||    
44018083 tagcttctttcaatcacataaattgat 44018057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 22 - 357
Target Start/End: Original strand, 38430925 - 38431255
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttc-a 120  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |  ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| || ||||||||||||| |    
38430925 ttttggagacctaaacatagcatagacaacaccaggaagctgaagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttttgatttatgtatgttcta 38431024  T
121 ttattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttg 220  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||    
38431025 ttattt-ctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatttgtgagc-atgtaatttg 38431122  T
221 ttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaacc 320  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||    ||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38431123 ttaagaactctctttgacatcaatgtaaacctagtctttattcagaattattt----gtgcttactgcttttcttatgattgtttgtatgactactaacc 38431218  T
321 ctaacttctttcaatcacataaattgatcttaaaaat 357  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
38431219 ctagcttctttcaatcacataaattgatcttagaaat 38431255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 26 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 3541749 - 3541429
Alignment:
26 ggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcattatt 125  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |  ||||||||||  ||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
3541749 ggagacctaaatagagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcagcaaacttatagttggttctggtttatgtatgttcactatt 3541650  T
126 ttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaag 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  |||    
3541649 ttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagtcatgagatgaatctttgtgatctgttgaccatgtaatttg--aag 3541552  T
226 aactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaac 325  Q
    |||| ||||| | ||||||||||||||| |||| ||| ||||    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| |    
3541551 aactctctttaacatcaatgaaaacctagtcttcattcagaa----ttatttgtgttcattgcttttcgtatgattgtttgaatgactattaaccctagc 3541456  T
326 ttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
3541455 ttctttcaatcacataaattgatctta 3541429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 22 - 352
Target Start/End: Original strand, 6963819 - 6964144
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttc-a 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    |||| |||||| ||||||| | | |||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
6963819 ttttggagacctaaacagagcatagacaacaccaggaagttgaagagcacgcagtggatctcagccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcta 6963918  T
121 ttattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttg 220  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
6963919 tta-tttctatgtattcgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg-agcatgtaatttg 6964016  T
221 ttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaacc 320  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    ||||| ||  | | || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
6964017 ttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcagaa----ttattggtgcttaatgtttttcttatgattgtttgtatgactactaacc 6964112  T
321 ctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
6964113 ctaccttctttcaatcacataaattgatctta 6964144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 22 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 12803850 - 12803525
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttc-a 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||| || |  ||||||| ||| ||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
12803850 ttttggagacctaaacagagcatagacagcaccagaaagctgaagaacatgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcta 12803751  T
121 ttattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttg 220  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||    
12803750 ttattt-ctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatttgtgagc-atgtaatttg 12803653  T
221 ttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaacc 320  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||    ||  | | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
12803652 ttaagaactctctttgacatcaatgtaaacctagtctttattcagaattattt----gtgcttaatgcttttcttatgattgtttatatgactactaacc 12803557  T
321 ctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
12803556 ctagcttctttcaatcacataaattgatctta 12803525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 183; E-Value: 8e-99
Query Start/End: Original strand, 26 - 352
Target Start/End: Original strand, 26152687 - 26153008
Alignment:
26 ggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttc-attat 124  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||||  || ||||||||||||| |||||    
26152687 ggagacctaaacaaagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggtattgatttatgtatgttctattat 26152786  T
125 tttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaa 224  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
26152787 ttt-tatgtatttaattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgt-aagcatgtaatttgttaa 26152884  T
225 gaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaa 324  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |    || ||||||||  | |  |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||    
26152885 gaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattca----taattatttgtgcttaacgctttttttatgattctttttatgactactaaccctaa 26152980  T
325 cttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
26152981 cttctttcaatcacataaattgatctta 26153008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 183; E-Value: 8e-99
Query Start/End: Original strand, 22 - 352
Target Start/End: Original strand, 43548725 - 43549050
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttc-a 120  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |  ||||||||||  ||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||| |||||| |    
43548725 ttttggagacctaaacatagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacgcgatggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgcatgttcta 43548824  T
121 ttattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttg 220  Q
    ||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
43548825 tta-tttctgtgtatttcattgtttagttatgagtagctaaactcttatattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg-agcatgtaatttg 43548922  T
221 ttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaacc 320  Q
     |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| | ||    ||||||||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
43548923 ataagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcaaaa----ttatttgtgcttaatgcttttcttatgattgtttgtatgactactaacc 43549018  T
321 ctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
43549019 ctagcttctttcaatcacataaattgaactta 43549050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 64 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 28578444 - 28578315
Alignment:
64 aagaacacgcattggatctaac-caaactcatagttggttctggtttatgtatgttcattattttctatgtatttgattgt-ttagttatgagtagctaa 161  Q
    ||||||| ||| ||||||| || | ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||   || |||||  || ||||| ||||||||||||||||||    
28578444 aagaacatgcagtggatctcacaccaactcattgttggttctgatttatgtatgttcatttaattttatgttgttaattgtcttagttatgagtagctaa 28578345  T
162 actcttagattgattaagccatgagatgaa 191  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||    
28578344 acttttagattgattgagccatgagatgaa 28578315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 255 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 22083796 - 22083703
Alignment:
255 tctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||||| |||||||||||    | ||||||||||||  |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
22083796 tctttattcagaattattta----tgttcattgctttttatatgattgtttgcatgactattaaccctaacttcttgcaatcacataaattgatctta 22083703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 150 - 275
Target Start/End: Original strand, 17601351 - 17601473
Alignment:
150 atgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatct-ttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagaactttctttgatatcaatgaaa 248  Q
    ||||||||||||  | || |||||||| ||||||||||||||||| |||| || ||||||| |||||| |||||  ||||| | ||||||||||   |||    
17601351 atgagtagctaatttgtttgattgattgagccatgagatgaatctattgtaatatgtgaacaatgtaacttgtt-tgaactctttttgatatca---aaa 17601446  T
249 acctaatctttattgagaattatttat 275  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||    
17601447 acctagtctttatttagaattatttat 17601473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 308 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 23467437 - 23467393
Alignment:
308 atgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
23467437 atgactattaaccctaacttcttacaatcacataaattgatctta 23467393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 272 - 330
Target Start/End: Original strand, 26182080 - 26182138
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctt 330  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||||    
26182080 ttatttgtgttcattgcttttcatataattgcttgtatgactattaaccctagcttctt 26182138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 213 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 28578309 - 28578198
Alignment:
213 gtaatttgttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgac 312  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| ||||| |||||| | ||    || ||||| || | |||||||| ||| ||||  ||||||||    
28578309 gtaatttgttaagtactctctttgatatcagtgaaaatctaatttttattcaaaa----ttgtttgtatttaatgcttttcatataattg--tgtatgac 28578216  T
313 tactaaccctaacttctt 330  Q
    ||||| ||||||||||||    
28578215 tactagccctaacttctt 28578198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 88 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 748554 - 748458
Alignment:
88 aactcatagttggttctggtttatgtatgttcattattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 185  Q
    |||||||||||||| | | |||||||||||||| | || | ||||  | | |||| ||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||||    
748554 aactcatagttggtccggatttatgtatgttcactcttgtttatgcttataattg-ttagttatgagtagctaaattcttagtctgattgagccatga 748458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 144 - 185
Target Start/End: Original strand, 20100305 - 20100346
Alignment:
144 ttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 185  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
20100305 ttagctatgagtagctaaactcttagtttgattgagccatga 20100346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 276 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 22232965 - 22232892
Alignment:
276 ttgttttcattgcttttcttatgattgttt-gtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgat 348  Q
    |||| ||||||||||||  ||| ||||||| ||||||||| |||||||| |||||| |||| |||| |||||||    
22232965 ttgtgttcattgctttttatataattgttttgtatgactattaaccctagcttcttgcaattacatgaattgat 22232892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 276 - 348
Target Start/End: Original strand, 22253774 - 22253847
Alignment:
276 ttgttttcattgcttttcttatgattgttt-gtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgat 348  Q
    |||| ||||||||||||  ||| ||||||| ||||||||| |||||||| |||||| |||| |||| |||||||    
22253774 ttgtgttcattgctttttatataattgttttgtatgactattaaccctagcttcttgcaattacatgaattgat 22253847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 276 - 348
Target Start/End: Original strand, 22257038 - 22257111
Alignment:
276 ttgttttcattgcttttcttatgattg-tttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgat 348  Q
    |||| ||||||||||||  ||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||| |||| |||| |||||||    
22257038 ttgtgttcattgctttttatataattgctttgtatgactattaaccctagcttcttgcaattacatgaattgat 22257111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 24)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 23 - 352
Target Start/End: Original strand, 12746338 - 12746663
Alignment:
23 tttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcatt 122  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
12746338 tttggagacctaaatagagcatagacgacaccaggaagccgaagaacacgcattggatttcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcact 12746437  T
123 attttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgtt 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
12746438 attttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttaaattgattaagccatgagatggatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgtt 12746537  T
223 aagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccct 322  Q
    || |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||    
12746538 aataactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcagaa----ttatttgtgttcattgcttttcgtatgattgtttgcatgactattaaccct 12746633  T
323 aacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||    
12746634 agcttctttcaatcacataaattgatctta 12746663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 22 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 35027720 - 35027394
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcat 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  ||||||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||      
35027720 ttttggagacctaaacagagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacgcagtggatctcacccatctcatagttggttctggtttatgtatgttcgc 35027621  T
122 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgt 221  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
35027620 tattttctatgtgtttgattgtttagttatgagtagctaagctcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgt 35027521  T
222 taagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccc 321  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    ||  | | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
35027520 taagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcagaattattt----gtgcttaatgcttttcttatgattgtttatatgactactaaccc 35027425  T
322 taacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||    
35027424 tagcttctttcaatcacataaattgatctta 35027394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 22 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 28895067 - 28894742
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttc-a 120  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |  ||||||||||  ||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
28895067 ttttggagacctaaacatagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcta 28894968  T
121 ttattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttg 220  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
28894967 ttattt-ctatgtatttaattgtttagttatgtgtatctaaactcttagattgattaagccataagatgaatctttgtgatctgtgagc-atgtaatttg 28894870  T
221 ttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaacc 320  Q
    ||||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||||||| ||||||||||    ||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28894869 ttaagaactctctttgacatcaataaaaacctagtctttattcagaattattt----gtgcttaatgcttttcttatgattgtttgtatgactactaacc 28894774  T
321 ctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
28894773 ctaacttctttcaatcacataaattgatctta 28894742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 22 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 33679774 - 33679449
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttc-a 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    ||||||||| | ||||||| ||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||  |    
33679774 ttttagagacctaaacagagcatagacaacaccaggaagttgaagaacacgtaatggatctcacccaactaatagttggttctgatttatgtatgttata 33679675  T
121 ttattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttg 220  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||  ||||||||||    
33679674 ttattt-ctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtaatatgt-aagtatgtaatttg 33679577  T
221 ttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaacc 320  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||    
33679576 ttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttatttagaa----ttatttgtgttcattgcttttcgtatgattgtttgcatgactattaacc 33679481  T
321 ctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
33679480 ctaacttctttcaatcacataaatttatctta 33679449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 22 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 11296633 - 11296383
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttc-a 120  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |  |||||||| |  ||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
11296633 ttttggagacctaaatagagcatagacaacaccaggaagctgaagaacacactgtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcta 11296534  T
121 ttattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttg 220  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
11296533 ttattt-ctatgtatttggttgtttagttatgagtagctaaactcttaaattgattaagccatgtgatgaatctttgtgatctgtg-agcatgtaatttg 11296436  T
221 ttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattattt 273  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| | ||||||||    
11296435 ttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctattctttattcaaaattattt 11296383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 22 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 15579468 - 15579218
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcat 121  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| | ||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||     
15579468 ttttggagacctaaatagagcatagacggcaccaggaaaccgcagaacacgcagtagatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcac 15579369  T
122 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgt 221  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||||    ||||||||||    
15579368 tattttctatgtatttgattgttttgttatgagtagctaaactcttagattaattaagctatgagataaatctttgcgatctgtgatgg-tgtaatttgt 15579270  T
222 taagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattattt 273  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||| ||||||||||||| | ||||||||    
15579269 taagaactctctttaacatcaatgaaaccctaatctttattcataattattt 15579218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 272 - 357
Target Start/End: Original strand, 17696366 - 17696451
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatcttaaaaat 357  Q
    |||||||| ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
17696366 ttatttgtgttcatcgcttttcatatgactgtttgtatgactattaaccctaacttcttgcaatcacataaattgatcttagaaat 17696451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 272 - 352
Target Start/End: Original strand, 34502120 - 34502200
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
34502120 ttatttgtgttcattgcttttcatatgattgtttgcatgactattaaccctagcttcttacaatcacataaattgatctta 34502200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 272 - 352
Target Start/End: Original strand, 31123207 - 31123287
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||  | |||||||||||    
31123207 ttatttgttttcattgcttttattatgattgtttgcatgactattaaccctagcttctttcaatcatgttaattgatctta 31123287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 272 - 352
Target Start/End: Original strand, 31262548 - 31262628
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||| || |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
31262548 ttatttgtgttcattgcttttcatatgattgtttgcatgattattaactctaacttcttgcaatcacataaattgatctta 31262628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 272 - 352
Target Start/End: Original strand, 2331059 - 2331139
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| | | |||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
2331059 ttatttgtgttcattgcttttcatatgattgtttgcatgactattgatcctagcttctttcaataacataaattgatctta 2331139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 272 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 5618649 - 5618573
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgat 348  Q
    |||||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
5618649 ttatttgtgtttattgcttttcatatgattgtttgcatgactattaaccctagcttcttgcaatcacataaattgat 5618573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 88 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 7560688 - 7560436
Alignment:
88 aactcatagttggttctggtttatgtatgttcattattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgaga 187  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||| | | || |  |||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| | ||||  ||    
7560688 aactcatagttggttcggatttatgtatgtttactcttgtaaatgtttatgattgtttagttatgagtagctaatctcttaggttgattgaaccat--ga 7560591  T
188 tgaatct-ttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcatt 286  Q
    |||| || ||||||| |||||| || |||    ||| | |||| |||||  ||||||| |  |   | |||||||| |||||||||||    | |||| |    
7560590 tgaacctattgtgatatgtgaatca-gta----gttga-aactctctttattatcaat-attattcagtctttattcagaattattta----tgttcagt 7560502  T
287 gcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    | |||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||| || |||||||||||    
7560501 gtttttcttatgattgtttgtatgacaattaaccctagcttctttcaatcatattaattgatctta 7560436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 255 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 9314139 - 9314046
Alignment:
255 tctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||||| |||||||||||    | ||||||||||||  |||||||||||| ||||||| |||||||| ||| || |||||||||||||||||||||    
9314139 tctttattcagaattattta----tgttcattgctttttatatgattgtttgcatgactattaaccctagcttattgcaatcacataaattgatctta 9314046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 272 - 357
Target Start/End: Original strand, 2330407 - 2330492
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatcttaaaaat 357  Q
    |||||||| ||||||| ||||| ||||||| |||| ||||||| |||| |||  |||||||||| |||||||||||||||| ||||    
2330407 ttatttgtgttcattgtttttcatatgattatttgcatgactattaactctagattctttcaataacataaattgatcttagaaat 2330492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 88 - 185
Target Start/End: Original strand, 2330898 - 2330995
Alignment:
88 aactcatagttggttctggtttatgtatgttcattattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 185  Q
    ||||||||||| |||| | |||||||||||| | | || | ||||  | |||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
2330898 aactcatagttagttcggatttatgtatgtttactcttgtttatgcttatgatcgttttgatatgagtagctaaactcttagattgattgagccatga 2330995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 272 - 348
Target Start/End: Original strand, 28117617 - 28117693
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgat 348  Q
    |||||| | ||||||||||||  |||||||||||  |||| || |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
28117617 ttatttatgttcattgctttttatatgattgttttcatgattattaaccctagcttcttgcaatcacataaattgat 28117693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 39 - 185
Target Start/End: Original strand, 2330185 - 2330332
Alignment:
39 gagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaac-caaactcatagttggttctggtttatgtatgttcattattttctatgtattt 137  Q
    ||||||||| |||||||||| || |||||||| ||  || |||| |  | ||||||||||||||||   |||||||||||| | | || | ||||  | |    
2330185 gagcatagaagacaccaggagactaaagaacaagccatgaatctcataccaactcatagttggttcgaatttatgtatgtttactcttgtttatgcttat 2330284  T
138 gattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 185  Q
    ||| |||| | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
2330285 gatcgttttgatatgagtatctaaactcttagattgattgagccatga 2330332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 272 - 330
Target Start/End: Original strand, 22920307 - 22920365
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctt 330  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||||    
22920307 ttatttgtgttcattgcttttcatataattgcttgtatgactattaaccctagcttctt 22920365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 39 - 183
Target Start/End: Original strand, 31122985 - 31123130
Alignment:
39 gagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaac-caaactcatagttggttctggtttatgtatgttcattattttctatgtattt 137  Q
    ||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||  || |||| |  | |||||||||||||| | | ||||||||||||   | || | ||||  | |    
31122985 gagcatagaagacaccaggagaccgaagaacaagccctgaatctcataccaactcatagttggtccggatttatgtatgttttctcttgtttatgcttat 31123084  T
138 gattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccat 183  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||    
31123085 gattgtttagttatcagtagttaaactcttagtttgattgagccat 31123130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 137 - 185
Target Start/End: Original strand, 17696243 - 17696291
Alignment:
137 tgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 185  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||    
17696243 tgattgtttagctatgagtagctaagctcttagtttgattgagccatga 17696291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 88 - 185
Target Start/End: Original strand, 17231463 - 17231560
Alignment:
88 aactcatagttggttctgg-tttatgtatgttcattattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 185  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||| | || | ||||| | | |||||  ||  |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
17231463 aactcatagttggt-ctggatttatgtatgttcactcttatttatgtttataattgtgaagccatgagtagctaaactcttagtttgattgagccatga 17231560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 303 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 3827126 - 3827081
Alignment:
303 tttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgat 348  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||| |||||||    
3827126 tttgtatgactattaaccctaacttcttgcaattacatgaattgat 3827081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 272 - 324
Target Start/End: Original strand, 22464192 - 22464244
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaa 324  Q
    |||||| | ||||||||||||  |||||||||||| ||||||| |||||||||    
22464192 ttatttatgttcattgctttttatatgattgtttgcatgactattaaccctaa 22464244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 21 - 352
Target Start/End: Original strand, 4249916 - 4250243
Alignment:
21 tttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttca 120  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
4249916 tttttggagacctaaacatagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgctca 4250015  T
121 ttattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttg 220  Q
     ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4250016 ctattttctatgcatttgattgtgtagttatgagtagctaaactcttagattgattaagtcatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttg 4250115  T
221 ttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaacc 320  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||    
4250116 ttaagtactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcagaa----ttatttgtgttcattgcttttcgtatgattgtttgcatgactattaacc 4250211  T
321 ctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
4250212 ctaacttctttcaatcacataaattgatctta 4250243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 22 - 348
Target Start/End: Original strand, 28326974 - 28327297
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaa-gaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttca 120  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28326974 ttttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagctaaaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttca 28327073  T
121 ttattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttg 220  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28327074 ctattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttg 28327173  T
221 ttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaacc 320  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    ||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28327174 ttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcagaattattt----gtgcttaatgcttttcttatgattgtttgtatgactactaacc 28327269  T
321 ctaacttctttcaatcacataaattgat 348  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||    
28327270 ctagcttctttcaatcacataaattgat 28327297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 22 - 348
Target Start/End: Original strand, 28330299 - 28330622
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaa-gaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttca 120  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28330299 ttttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagctaaaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttca 28330398  T
121 ttattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttg 220  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28330399 ctattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttg 28330498  T
221 ttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaacc 320  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    ||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28330499 ttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcagaattattt----gtgcttaatgcttttcttatgattgtttgtatgactactaacc 28330594  T
321 ctaacttctttcaatcacataaattgat 348  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||    
28330595 ctagcttctttcaatcacataaattgat 28330622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 90 - 348
Target Start/End: Original strand, 3305449 - 3305703
Alignment:
90 ctcatagttggttctggtttatgtatgttcattattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatg 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
3305449 ctcatagttggttctggtttatgtatgttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaactcttagattgattaagccatgagatg 3305548  T
190 aatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgct 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    ||  | | ||||    
3305549 aatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcagaattattt----gtgcttaatgct 3305644  T
290 tttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgat 348  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
3305645 tttcttatgattgtttgtatgactactaaccctagcttctttcaatcacataaattgat 3305703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 133 - 352
Target Start/End: Original strand, 27054514 - 27054728
Alignment:
133 tatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagaactttc 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| ||    
27054514 tatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgagc-atgtaatttattaagaactctc 27054612  T
233 tttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttc 332  Q
    ||||| ||||||||||||||| || ||||| ||||||||||    ||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27054613 tttgacatcaatgaaaacctagtcattattcagaattattt----gtgcttaatgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttc 27054708  T
333 aatcacataaattgatctta 352  Q
    ||||||||||||||||||||    
27054709 aatcacataaattgatctta 27054728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 272 - 352
Target Start/End: Original strand, 9157766 - 9157846
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
9157766 ttatttgtgttcattgcttttcatatgattgtttgcatgactagtaaccctaacttcttgcaatcacataaattgatctta 9157846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 150 - 352
Target Start/End: Original strand, 19868642 - 19868840
Alignment:
150 atgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatct-ttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagaactttctttgatatcaatgaaa 248  Q
    |||||||||||| ||| |||||| ||  || |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| | |||| || || || |||||| ||    
19868642 atgagtagctaagctcctagattaatcgagtcatgagatgaatctattgtgatctatgaaccatgtaatttgttta-aactctccttaat-tcaatggaa 19868739  T
249 acctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattg-tttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattga 347  Q
     |||| |||||||| ||||    |||||||| ||  ||||||||| |||||||| |||| ||||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||    
19868740 tcctagtctttattcagaa----ttatttgtgtttgttgcttttcatatgattgctttgcatgactattaaccctagcttcttccaattacataaattga 19868835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 272 - 352
Target Start/End: Original strand, 9154593 - 9154673
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
9154593 ttatttgtattcattgcttttcatatgattgtttgcatgactagtaatcctaacttcttgcaatcacataaattgatctta 9154673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 272 - 352
Target Start/End: Original strand, 18882991 - 18883071
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
18882991 ttatttgtgttcattgcttttcatatgattgtttgcatgactattaaccctagcttcttacaatcacataaattgatctta 18883071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 272 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 20536917 - 20536838
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| || |||||||||||    
20536917 ttatttgtgttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactattaaccctaacttc-ttcaatcatattaattgatctta 20536838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 274 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 42354750 - 42354672
Alignment:
274 atttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
42354750 atttgtgttcattgcttttcatatgattgtttgcatgactattaaccctagcttcttgcaatcacataaattgatctta 42354672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 272 - 353
Target Start/End: Original strand, 44508586 - 44508667
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatcttaa 353  Q
    |||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
44508586 ttatttgtgttcattgtttttcatatgattgtttgcatgactattaaccctagcttcttgcaatcacataaattgatcttaa 44508667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 88 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 20537087 - 20536999
Alignment:
88 aactcatagttggttctggtttatgtatgttcattattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgatt 176  Q
    |||||||||||||| | | |||||||||||| | | || ||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
20537087 aactcatagttggtccagatttatgtatgtttactcttgtctatgtttataattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgatt 20536999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 150 - 222
Target Start/End: Original strand, 25491863 - 25491936
Alignment:
150 atgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatct-ttgtgatctgtgaaccatgtaatttgtt 222  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
25491863 atgagtagctaagctcttagattaatcgagccatgagatgaatctattgtgatctatgaaccatgtaatttgtt 25491936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 166 - 262
Target Start/End: Original strand, 11270736 - 11270832
Alignment:
166 ttagattgattaagccatgagatgaatcttt-gtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttatt 262  Q
    ||||||||||| |||||||| |||| ||||| || |||| ||  | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
11270736 ttagattgattgagccatgaaatgagtcttttgtaatctatgggc-atgtaatttattaagtactttctttgatatcaatgaaaacctattctttatt 11270832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 284 - 352
Target Start/End: Original strand, 18551458 - 18551526
Alignment:
284 attgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||   || |||||||||||    
18551458 attgattttcttatgattgtttgtatggctactaaccctagcttctttcaattgtattaattgatctta 18551526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 119
Target Start/End: Original strand, 18551202 - 18551305
Alignment:
16 ggcgatttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtat 115  Q
    ||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| || |  ||||||||||| ||||| | ||| ||||||||| || |||   |||||||||    
18551202 ggcgattttcggagagttaaacagagcatagacgacaccagaaagctgaagaacacgcagtggatatcacccaactcatagctgtttcaaatttatgtat 18551301  T
116 gttc 119  Q
    ||||    
18551302 gttc 18551305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 281 - 348
Target Start/End: Original strand, 10963194 - 10963261
Alignment:
281 ttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgat 348  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||| | |||| |||| |||||||    
10963194 ttcattgcttttcatataattgtttgtatgactattaaccctagcttcgtgcaattacatgaattgat 10963261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 281 - 348
Target Start/End: Original strand, 10966703 - 10966770
Alignment:
281 ttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgat 348  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||| | |||| |||| |||||||    
10966703 ttcattgcttttcatataattgtttgtatgactattaaccctagcttcgtgcaattacatgaattgat 10966770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 272 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 23375068 - 23375010
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctt 330  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| |||| | ||||||||| |||||||| ||||||    
23375068 ttatttgtgttcattgcttttcatataattgctcgtatgactattaaccctagcttctt 23375010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 272 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 29233926 - 29233868
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctt 330  Q
    |||||||| ||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||||    
29233926 ttatttgtgttcattgtttttcatataattgcttgtatgactattaaccctagcttctt 29233868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 276 - 348
Target Start/End: Original strand, 10959682 - 10959754
Alignment:
276 ttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgat 348  Q
    |||| ||||||||||||| ||| |||| |||||||||||  ||||||| |||| | |||| |||| |||||||    
10959682 ttgtgttcattgcttttcatataattgcttgtatgactatcaaccctagcttcgtgcaattacatgaattgat 10959754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 238; Significance: 1e-131; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 22 - 348
Target Start/End: Original strand, 33897857 - 33898179
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcat 121  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
33897857 ttttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagctaaagaacacgcattggatctcaccaagctcatagttggttctggtttatgtatgttcac 33897956  T
122 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgt 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33897957 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgt 33898056  T
222 taagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccc 321  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    ||  | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33898057 taagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcagaattattt----gtgcttaatgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccc 33898152  T
322 taacttctttcaatcacataaattgat 348  Q
    || ||||||||||||||||||||||||    
33898153 tagcttctttcaatcacataaattgat 33898179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 22 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 23441871 - 23441549
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcat 121  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
23441871 ttttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagctaaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcac 23441772  T
122 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgt 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
23441771 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaactcttagattgattaagccatgatatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgt 23441672  T
222 taagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccc 321  Q
    |||||||| | |||||  |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    ||  | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
23441671 taagaactctttttgacttcaatgaaaacctagtctttattcagaattattt----gtgcttaatgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccc 23441576  T
322 taacttctttcaatcacataaattgat 348  Q
    || ||||||||||||||||||||||||    
23441575 tagcttctttcaatcacataaattgat 23441549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 19 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 34553278 - 34552945
Alignment:
19 gatttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttg-----gttctggtttatgt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||     ||||||||||||||    
34553278 gatttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttgagttggttctggtttatgt 34553179  T
114 atgttcattattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatg 213  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||    
34553178 atgttcactattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagttaaactcttagattgattaagcaatgagatgaatctttgtgatctgtg-agcatg 34553080  T
214 taatttgttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgact 313  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    ||||||||  | | || |||| ||||||||||||||||||||    
34553079 taatttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcagaa----ttatttgtgcttaatgttttttttatgattgtttgtatgact 34552984  T
314 actaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
34552983 actaaccctagtttctttcaatcacataaattgatctta 34552945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 22 - 357
Target Start/End: Original strand, 18391925 - 18392255
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttc-a 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||  ||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  |    
18391925 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttata 18392024  T
121 ttattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttg 220  Q
    |||||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
18392025 ttattt-ctatgtatttgatgttttagttatgagaagctaaactcttaaattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtg-agcatgtaatttg 18392122  T
221 ttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaacc 320  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    ||||||||  | | || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
18392123 ttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcagaa----ttatttgtgcttaatggttttcttatgattgtttgtatgactactaacc 18392218  T
321 ctaacttctttcaatcacataaattgatcttaaaaat 357  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
18392219 ctagcttctttcaatcacataaattgatcttagaaat 18392255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 22 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 50197502 - 50197252
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttc-a 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||||| ||| | |||||||||||||||| ||||||||||||| |    
50197502 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagctaaagaacacgcggtggatctcacccagctcatagttggttctgatttatgtatgttcta 50197403  T
121 ttattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttg 220  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||    
50197402 ttattt-ctatgtatttaattgtttagttatgagtaactaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatcagtg-agcatgtaatttg 50197305  T
221 ttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattattt 273  Q
    |||||||||  |||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||    
50197304 ttaagaactccctttgacatcaatgaaaacctagtctttatacagaattattt 50197252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 22 - 352
Target Start/End: Original strand, 6195372 - 6195675
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttc-a 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |  |||||||||   ||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
6195372 ttttggagacctaaacagagcatagacggcaccaagaagctgaagaacacgtggtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcta 6195471  T
121 ttattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttg 220  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||                      ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
6195472 tta-tttctatgtatttgattgtttagttatgagtag----------------------ccatgagatgaatctttgtgatctgtg-agcatgtaatttg 6195547  T
221 ttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaacc 320  Q
    ||| ||||  ||||||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||    ||||||||  | |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
6195548 ttacgaacgctctttgacatcgatgaaaacctagtctttattcagaa----ttatttgtgcttaacgcttttcttatgattgtttgtatgactactaacc 6195643  T
321 ctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||||    
6195644 ctggcttctttcaatcacataaattgatctta 6195675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 149 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 3088189 - 3087986
Alignment:
149 tatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagaactttctttgatatcaatgaaa 248  Q
    ||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||| | |||||||||||||||||||| | ||||| |||||| |||    
3088189 tatgagtagttaagcttttagattgattaagccatgagatgaat-tttgtaatgtgtg-agcatgtaatttgttaagaactctatttgacatcaataaaa 3088092  T
249 acctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttctta------tgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataa 342  Q
    ||| | |||||||| |    || |||| |||  | | |||||||||||      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||    
3088091 acccagtctttattca----taattatctgtgcttaatgcttttcttatgattgtgattgtttgtatgactaataaccctaacttctttcaaccatataa 3087996  T
343 attgatctta 352  Q
    ||||||||||    
3087995 attgatctta 3087986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 88 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 17903299 - 17903202
Alignment:
88 aactcatagttggttctggtttatgtatgttcattattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 185  Q
    |||||||||||||| | | |||||||||||||| | || | ||||  | | |||||| ||  |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
17903299 aactcatagttggtccggatttatgtatgttcactcttatttatgcttataattgttaagccatgagtagctaaactcttagtttgattgagccatga 17903202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 22 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 40678360 - 40678037
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaa-gaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttca 120  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
40678360 ttttggagacaaaaacagagcatagaagacaccaggaagctaaaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttca 40678261  T
121 ttattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttg 220  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
40678260 ctattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctgaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttg 40678161  T
221 ttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaacc 320  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    ||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
40678160 ttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcagaattattt----gtgcttaatgcttttcttatgattgtttgtatgactactaacc 40678065  T
321 ctaacttctttcaatcacataaattgat 348  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||    
40678064 ctagcttctttcaatcacataaattgat 40678037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 22 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 38316634 - 38316308
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttc-a 120  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |  ||||||| ||| || |||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||| |    
38316634 ttttggagacctaaactgagcatagacaacaccaggaagctgaagaacatgcagtgcatctcacccaactcattgttggttctgatttatgtatgttcta 38316535  T
121 ttattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttaga-ttgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaattt 219  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||| ||    
38316534 ttattt-ctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactattagatttgattaagccatgagatgaatctttgtgatatgtg-agcatgtaaatt 38316437  T
220 gttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaac 319  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    ||||||||  | | || |||||||||||||||||||||||||||||||    
38316436 gttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcagaa----ttatttgtgcttaatgtttttcttatgattgtttgtatgactactaac 38316341  T
320 cctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||    
38316340 cgtagcttctttcaatcacataaattgatctta 38316308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 22 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 9748194 - 9748056
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcat 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||| |||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
9748194 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagttgaagaacacgcgttggatctcaccaaactcctagttgattctggtttatgtatgttcat 9748095  T
122 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagcta 160  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
9748094 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagcta 9748056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 22 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 30994313 - 30994216
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttc 119  Q
    ||||||||||||||||  |||||| ||| ||||||||| | |||||||||||  ||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
30994313 ttttggagacctaaacttagcataaacggcaccaggaagctaaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttc 30994216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 272 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 1503774 - 1503694
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
1503774 ttatttgtgttcattgcttttcatatgattgcttgcatgactattaaccctagcttcttgcaatcacataaattgatctta 1503694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 272 - 352
Target Start/End: Original strand, 4577630 - 4577710
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
4577630 ttatttgtgttcattgcttttcatataattgtttgcatgactattaaccctatcttcttacaatcacataaattgatctta 4577710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 272 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 1506978 - 1506898
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
1506978 ttatttgtgttcattgtttttcatatgattgcttgcatgactattaaccctagcttcttgcaatcacataaattgatctta 1506898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 272 - 352
Target Start/End: Original strand, 38326147 - 38326227
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||||| |||||| |||||  |||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
38326147 ttatttgtgttcattacttttgatatgattgtttgcatgactattaaccctagcttcttgcaatcacataaattgatctta 38326227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 272 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 38326612 - 38326532
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||||| |||||| |||||  |||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
38326612 ttatttgtgttcattacttttgatatgattgtttgcatgactattaaccctagcttcttgcaatcacataaattgatctta 38326532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 281 - 352
Target Start/End: Original strand, 30719563 - 30719632
Alignment:
281 ttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    ||||||||||||  |||||||  ||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
30719563 ttcattgctttttatatgatt--ttgcatgactattaaccctaacttcttgcaatcacataaattgatctta 30719632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 86 - 185
Target Start/End: Original strand, 18011554 - 18011652
Alignment:
86 caaactcatagttggttctggtttatgtatgttcattattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 185  Q
    |||||||||||||||| | | |||||||||||||| | || | ||||  | | |||||| || ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
18011554 caaactcatagttggtccggatttatgtatgttcactcttatttatgcttataattgtt-agctatgagtagctaaactcttagtttgattgagccatga 18011652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 22 - 352
Target Start/End: Original strand, 33920673 - 33920999
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcat 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  |||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33920673 ttttggagacctaaacagagcatagacgtcaccaggaagctgaagaacacgtggtggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcat 33920772  T
122 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgt 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33920773 tattttctatgtatttgattgtttagttattagtagctaaactcttagatcgattaagtcatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgt 33920872  T
222 taagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccc 321  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||    
33920873 taagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcagaa----ttatttgtgttcattgcttttcgtatgattgtttgcatgactattaaccc 33920968  T
322 taacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||    
33920969 tagcttctttcaatcacataaattgatctta 33920999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 22 - 352
Target Start/End: Original strand, 26337514 - 26337840
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcat 121  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || || |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
26337514 ttttggagacctaaatagagcatagacgacaccaggaagccgaataacacgcattcgatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcac 26337613  T
122 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgt 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||| |||||||||||||||    
26337614 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagacgagtctttgtgatttgtcaaccatgtaatttgt 26337713  T
222 taagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccc 321  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    |||||||| || |||||||||| ||||||||| || ||||||| ||||||    
26337714 taagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcagaa----ttatttgtgtttattgcttttcgtatgattgtatgaatgactattaaccc 26337809  T
322 taacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||    
26337810 tagtttctttcaatcacataaattgatctta 26337840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 22 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 2500594 - 2500269
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttc-a 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| || ||||||||||||| |    
2500594 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttgtgatttatgtatgttcta 2500495  T
121 ttattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttg 220  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| ||||    
2500494 ttattt-ctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatttttgtgatctgtg-agcatgtagtttg 2500397  T
221 ttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaacc 320  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||     |||||||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2500396 ttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctaatctttattcagaa----atatttgtgcttaatgcttttcttatgattgtttgtatgactactaacc 2500301  T
321 ctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
2500300 ctaacttctttcaatcacataaattgatctta 2500269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 22 - 352
Target Start/End: Original strand, 9690294 - 9690620
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcat 121  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| || |||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |     
9690294 ttttggagacctaaacatagcatagacgatactaggaagccgaagagcacgcattggatctcacaaaactcatagttggttctggtttatgtatgtttac 9690393  T
122 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgt 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
9690394 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactattagattgattgagccatgagatgaatctttgtgatttgtgaaccatataatttgt 9690493  T
222 taagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccc 321  Q
    || ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |    || |||||||| ||||||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||    
9690494 tacgaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattca----taattatttgtgttcattgcttttcgtacgattgtttgcatgactattaaccc 9690589  T
322 taacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||||    
9690590 tagcttatttcaatcacataaattgatctta 9690620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 22 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 33321510 - 33321185
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttc-a 120  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |  ||||||||||  ||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
33321510 ttttggagacctaaacatagcatagacagcaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagttggttctgatttatgtatgttcta 33321411  T
121 ttattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttg 220  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
33321410 ttattt-ctatgtatttaattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagtcatgagatgaatctttgtgatctgtg-agcatgtaatttg 33321313  T
221 ttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaacc 320  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||| | | |||||| | ||    ||||||||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33321312 ttaagaactctctttgacatcaatgaaaaccgagtatttattcaaaa----ttatttgtgcttaatgcttttcttatgattgtttgtatgactactaacc 33321217  T
321 ctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
33321216 ctaacttctttcaatcacataaattgatctta 33321185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 22 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 35433060 - 35432836
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcat 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || |||| |||  | | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||     
35433060 ttttggagacctaaacagagcatagacggcaccagaaagcctaagagcacatagtagatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatg-ccac 35432962  T
122 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgt 221  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
35432961 ta-tttctatgtatttgattgtttagttatgagtaaataaactcttagattgattaagccatgggatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttat 35432863  T
222 taagaactttctttgatatcaatgaaa 248  Q
        |||| ||||||||||||||||||    
35432862 ctgaaactctctttgatatcaatgaaa 35432836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 272 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 34653096 - 34653016
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
34653096 ttatttgtgttcattgcttttcatatgattgtttgcatgactattaaccctaacttcttgcaatcacataaattgatctta 34653016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 281 - 352
Target Start/End: Original strand, 3194945 - 3195016
Alignment:
281 ttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
3194945 ttcattgcttttcatatgattgtttgcatgactattaaccctaacttcttgcaatcacataaattgatctta 3195016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 149 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 1810868 - 1810664
Alignment:
149 tatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatct-ttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagaactttctttgatatcaatgaa 247  Q
    ||||||||| ||| ||| |||||| ||  || |||||||||||||| || |||||| |||| |||| ||||||||  ||| | ||||| || |||||| |    
1810868 tatgagtagttaagctcctagattaatcgagtcatgagatgaatctattatgatctatgaatcatgaaatttgttt-gaagtctctttaat-tcaatgga 1810771  T
248 aacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgttt-gtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattg 346  Q
      |||| |||||||||||||||||||    || ||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||    
1810770 ttcctagtctttattgagaattattt----gtgttcattgtttttcatatgattgttttgcatgactattaaccctaacttcttacaattacataaattg 1810675  T
347 atcttaaaaat 357  Q
    |||||| ||||    
1810674 atcttagaaat 1810664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 272 - 352
Target Start/End: Original strand, 17944428 - 17944508
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||| | ||||||||||||  |||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
17944428 ttatttatgttcattgctttttatatgattgtttgcatgactattaaccctagcttcttgcaatcacataaattgatctta 17944508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 272 - 352
Target Start/End: Original strand, 19685945 - 19686027
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttat--gattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||  ||||||||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
19685945 ttatttgtgttcattgcttttcatatatgattgtttgcatgactattaaccctagcttcttacaatcacataaattgatctta 19686027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 272 - 352
Target Start/End: Original strand, 19689328 - 19689410
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttat--gattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||  ||||||||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
19689328 ttatttgtgttcattgcttttcatatatgattgtttgcatgactattaaccctagcttcttacaatcacataaattgatctta 19689410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 39 - 185
Target Start/End: Original strand, 25184941 - 25185088
Alignment:
39 gagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaac-caaactcatagttggttctggtttatgtatgttcattattttctatgtattt 137  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||  || |||| |  | |||||||||||||| | | |||||||||||| | | || | ||||  | |    
25184941 gagcatagaagacaccaggagaccaaagaacaagccctgaatctcataccaactcatagttggtccggatttatgtatgtttactcttgtttatgcttat 25185040  T
138 gattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 185  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||    
25185041 gattgtttagttatgagtggttaaactcttagtttgattgagccatga 25185088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 88 - 192
Target Start/End: Original strand, 36330342 - 36330447
Alignment:
88 aactcatagttggttctggtttatgtatgttc-attattttctatgtatttgattg-tttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 185  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||  || |||| ||| ||||||||||||| | || ||||||| | ||||| ||||    
36330342 aactcatagttggttctgatttatgtatgttctatta-tttctatgttattaattgttttggttatgagtagcttagcttttagattcactaagcaatga 36330440  T
186 gatgaat 192  Q
    |||||||    
36330441 gatgaat 36330447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 276 - 348
Target Start/End: Original strand, 25185167 - 25185240
Alignment:
276 ttgttttcattgcttttcttatgattgtttg-tatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgat 348  Q
    |||| ||||||||||||  |||||||||||  |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
25185167 ttgtgttcattgctttttatatgattgttttatatgactaataaccctagcttcttgcaatcacataaattgat 25185240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 272 - 348
Target Start/End: Original strand, 2453114 - 2453186
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgat 348  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||     ||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
2453114 ttatttgtattcattgcttttcatatgattgc----atgactattaaccctaacttcttgcaaccacataaattgat 2453186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 276 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 4732169 - 4732096
Alignment:
276 ttgttttcattgcttttcttatgattg-tttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgat 348  Q
    |||| ||||||||||||  ||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||| |||| |||| |||||||    
4732169 ttgtgttcattgctttttatataattgctttgtatgactattaaccctagcttcttgcaattacatgaattgat 4732096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 144 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 4732289 - 4732249
Alignment:
144 ttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatg 184  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
4732289 ttagctatgagtagctaaactcttagtttgattgagccatg 4732249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 22 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 56089901 - 56089575
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcat 121  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
56089901 ttttagagacctaaacagagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcgc 56089802  T
122 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgt 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
56089801 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgaaatgaatctttgtgatctgtgaatcatgtaatttgt 56089702  T
222 taagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccc 321  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||    
56089701 taagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcagaa----ttatttgtgttcattgcttttcgtatgattgtttgcatgactattaaccc 56089606  T
322 taacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||    
56089605 tagcttctttcaatcacataaattgatctta 56089575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 22 - 352
Target Start/End: Original strand, 13978666 - 13978991
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcat 121  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |  |||||||| |  ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||      
13978666 ttttggagacctaaatagagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacacggtggatctcacccaactcatagttggttctggtttatgtatgttcgc 13978765  T
122 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgt 221  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
13978766 tattttctatgtatt-gattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaaaccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgt 13978864  T
222 taagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccc 321  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    ||  | | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
13978865 taagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcagaattattt----gtgcttaatgcttttcttctgattgtttgtatgactactaaccc 13978960  T
322 taacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||    
13978961 tagcttctttcaatcacataaattgatctta 13978991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 22 - 352
Target Start/End: Original strand, 19928436 - 19928761
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcat 121  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |  |||||||| |  ||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||      
19928436 ttttggagaccaaaacagagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacacggtggatctcacacaactcatagttggttctggtttatgtatgttcgc 19928535  T
122 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgt 221  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
19928536 tattttctatgtatt-gattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagtaatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgt 19928634  T
222 taagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccc 321  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    ||  | | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
19928635 taagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcagaattattt----gtgcttaatgcttttcttctgattgtttgtatgactactaaccc 19928730  T
322 taacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||    
19928731 tagcttctttcaatcacataaattgatctta 19928761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 22 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 26704077 - 26703752
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcat 121  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||     
26704077 ttttagagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccgcagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctaatttatgtatgttcac 26703978  T
122 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgt 221  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||    
26703977 tattttctatgtatttgattgtttggttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgatgg-tgtaatttgt 26703879  T
222 taagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccc 321  Q
    |||||||| ||||| | ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    ||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
26703878 taagaactctctttaacatcaatgaaaacctagtctttattcagaattattt----gtgcttaatgcttttcttatgattgtttgtatgactactaactc 26703783  T
322 taacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||||||    
26703782 tagcttctttcaatcatataaattgatctta 26703752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 22 - 352
Target Start/End: Original strand, 15850705 - 15851030
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttc-a 120  Q
    |||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| |  ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| |    
15850705 ttttggagacctcaatagagcatagacaacaccaggaagctgaagaacacgcagtggatctcacccaactcatagttggttctgatatatgtatgttcta 15850804  T
121 ttattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttg 220  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
15850805 tta-tttctatgtatttgattgtttagttataagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaa-catgtaatttg 15850902  T
221 ttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaacc 320  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| | ||    ||||||||  | | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
15850903 ttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcaaaa----ttatttgtgcttaatgcttttcttatgattgtttgtatgactaataacc 15850998  T
321 ctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
15850999 ctaacttctttcaatcacataaatttatctta 15851030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 274 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 11702926 - 11702848
Alignment:
274 atttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
11702926 atttgtgttcattgcttttcatatgattgtttgcatgactattaaccctagcttcttgcaatcacataaattgatctta 11702848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 272 - 352
Target Start/End: Original strand, 10385728 - 10385808
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
10385728 ttatttgtgttcattgcttttcatatgattgcttgcatgactattaaccctagcttcttgcaatcacataaattgatctta 10385808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 137 - 350
Target Start/End: Original strand, 23652935 - 23653136
Alignment:
137 tgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatct-ttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagaactttcttt 235  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||  |||| || |||| || ||||||||| ||| ||      ||||| |||||    
23652935 tgattgtttagttatgagtatctaaactcttagtttgattgagccatga--tgaacctattgtaatatgtgaaccaagtagtt------gaactctcttt 23653026  T
236 gatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaat 335  Q
      ||||||||  |  | |||||||||| ||||||||||    || |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||    
23653027 attatcaatgttattc-aatctttattcagaattattt----gtgttcattgcttttattatgattgtttgcatgactattaaacctaacttctttcaat 23653121  T
336 cacataaattgatct 350  Q
    ||  | |||||||||    
23653122 catgttaattgatct 23653136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 284 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 33400661 - 33400593
Alignment:
284 attgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||||||| ||||||||||||  |||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
33400661 attgcttttcatatgattgtttgcttgactattaaccctagcttcttgcaatcacataaattgatctta 33400593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 272 - 331
Target Start/End: Original strand, 11560591 - 11560650
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttcttt 331  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
11560591 ttatttgtgttcattgcttttattatgattgtttgcatgactattaaccctaacttcttt 11560650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 299 - 352
Target Start/End: Original strand, 10247625 - 10247678
Alignment:
299 attgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
10247625 attgtttgcatgactattaaccctaacttcttacaatcacataaattgatctta 10247678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 140 - 176
Target Start/End: Original strand, 11560470 - 11560506
Alignment:
140 ttgtttagttatgagtagctaaactcttagattgatt 176  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
11560470 ttgtttagttatgagtagctaaactcttggtttgatt 11560506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 22 - 352
Target Start/End: Original strand, 5827558 - 5827884
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcat 121  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
5827558 ttttgaagacctaaatagagcatagacgacactaggaagccgaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttttggtttatgtatgttcac 5827657  T
122 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgt 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
5827658 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtggctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtagtttgt 5827757  T
222 taagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccc 321  Q
    |||||| | ||||| | ||||| ||||||||| |||||||| ||||    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||    
5827758 taagaattctcttttacatcaaagaaaacctagtctttattcagaa----ttatttgtgttcattgcttttcttatgattgtttgcttgactattaaccc 5827853  T
322 taacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    || ||||||||||||||||||||| ||||||    
5827854 tagcttctttcaatcacataaattaatctta 5827884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 22 - 352
Target Start/End: Original strand, 9466661 - 9466985
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcat 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |  |||||||| || ||||||| ||| |||||||||||| ||||| |||||||||||| ||    
9466661 ttttggagacctaaacagagcatagacggcaacaggaagctgaagaacacacagtggatctcacccaactcatagttgcttctgatttatgtatgtt-at 9466759  T
122 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgt 221  Q
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||    
9466760 attattctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttaaattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctttg-agcatgtaatttgt 9466858  T
222 taagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccc 321  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||| | | |||||||| |    || ||||||||  | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
9466859 taagaactctctttgacatcaatgaaaaaccagtctttattca----taattatttgtgcttaatgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccc 9466954  T
322 taacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
9466955 taacttctttcaatcacataaattgatctta 9466985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 8e-99
Query Start/End: Original strand, 22 - 352
Target Start/End: Original strand, 13331621 - 13331946
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttc-a 120  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||||  ||||||| ||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||| |    
13331621 ttttggagacctaaacaaagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcacccaactcatagctggttctgatttacgtatgttcta 13331720  T
121 ttattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttg 220  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||    
13331721 tta-tttatatgtatttgattgtttagttatgcgtagctaaactcttggattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgcg-agcatgtaatttg 13331818  T
221 ttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaacc 320  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |    || ||||||||  | | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
13331819 ttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattca----taattatttgtgcttaatgcttttcttatgattgttcgtatgactactaacc 13331914  T
321 ctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
13331915 ctagcttctttcaatcacataaattgatctta 13331946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 22 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 39660547 - 39660218
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttat----gtatgt 117  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| || |||||| |  |||||| |||  ||||||| ||| ||||||||||  |||||| |||||    ||||||    
39660547 ttttggagacctaaacagagcaaagacggcatcaggaagctgaagaacgcgcggtggatctcacccaactcatagtacgttctgatttatatatgtatgt 39660448  T
118 tc-attattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaa 216  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||| ||| | ||||||    
39660447 tctattattt-ctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagtcacgagatgaatctttatgatctatgagc-atgtaa 39660350  T
217 tttgttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactact 316  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    ||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||    
39660349 tttgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcagaattattt----gtgcttaatgcttttcttatgattgtttgtatgactact 39660254  T
317 aaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39660253 aaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 39660218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 272 - 352
Target Start/End: Original strand, 30645251 - 30645331
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
30645251 ttatttgtgttcattgcttttgatatgattgtttgcatgactattaaccctaacttcttacaatcacataaattgatctta 30645331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 271 - 352
Target Start/End: Original strand, 31984766 - 31984847
Alignment:
271 tttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| ||||| || |||||| |||||||||||||||||||||    
31984766 tttatttgtattcattgcttttcatatgattggttgcatgactattaaccatagcttcttacaatcacataaattgatctta 31984847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 272 - 348
Target Start/End: Original strand, 31981126 - 31981202
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgat 348  Q
    |||||||| ||||||| ||||| |||||||||||  ||||||| ||||| || |||||| |||||||||||||||||    
31981126 ttatttgtgttcattgattttcatatgattgtttcaatgactattaaccatagcttcttacaatcacataaattgat 31981202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 276 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 27863892 - 27863815
Alignment:
276 ttgttttcattgcttttcttatgattgttt-gtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||| ||||||||||||  ||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||| |||| |||| |||||||||||    
27863892 ttgtgttcattgctttttatatgattgttttgtatgactattaaccctagcttcttgcaattacatgaattgatctta 27863815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 187 - 275
Target Start/End: Original strand, 14627143 - 14627231
Alignment:
187 atgaatct-ttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttat 275  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||  |||||  ||||||||||| || ||||||| || ||||| | ||||||||||    
14627143 atgaatctattgtaatctgtgaaccatgtaatttgtt-tgaactccctttgatatcattggaaacctagtcattattcataattatttat 14627231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 276 - 348
Target Start/End: Original strand, 14187782 - 14187855
Alignment:
276 ttgttttcattgcttttcttatgattg-tttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgat 348  Q
    |||| ||||||||||||  ||| |||| ||||||||||||  |||||||||||||| |||| |||| |||||||    
14187782 ttgtgttcattgctttttatataattgctttgtatgactataaaccctaacttcttgcaattacatgaattgat 14187855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 144 - 185
Target Start/End: Original strand, 22653923 - 22653964
Alignment:
144 ttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatga 185  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
22653923 ttagctatgagtagctaaactcttagtttgattgagccatga 22653964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 276 - 348
Target Start/End: Original strand, 22654043 - 22654116
Alignment:
276 ttgttttcattgcttttcttatgattg-tttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgat 348  Q
    |||| ||||||||||||  ||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||| |||| |||| |||||||    
22654043 ttgtgttcattgctttttatattattgctttgtatgactattaaccctagcttcttgcaattacatgaattgat 22654116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 276 - 348
Target Start/End: Original strand, 20262338 - 20262409
Alignment:
276 ttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgat 348  Q
    |||| ||||||||||| | ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||  ||| |||| |||||||    
20262338 ttgtgttcattgcttt-catataattgcttgtatgactattaaccctaacttcttgaaattacatgaattgat 20262409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 276 - 348
Target Start/End: Original strand, 21048968 - 21049039
Alignment:
276 ttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgat 348  Q
    |||| ||||||||||| | ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||  ||| |||| |||||||    
21048968 ttgtgttcattgcttt-catataattgcttgtatgactattaaccctaacttcttgaaattacatgaattgat 21049039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0911 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 1)
Name: scaffold0911
Description:

Target: scaffold0911; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 19 - 352
Target Start/End: Original strand, 4093 - 4420
Alignment:
19 gatttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgtt 118  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| | |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
4093 gatttttggagacctaaacaaagcatagacggcaccaagaagctaaagaacacgcagtggatctcgccaaactcatagttggttctggtttatgcatgtt 4192  T
119 cattattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatt 218  Q
    |  || ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4193 cgctaatttctatgtatttgattgtttagttatgagacgctaaactcttagatagattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatt 4292  T
219 tgttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaa 318  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||      | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4293 tgttaagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcagaattatt------tgtgctttgcttttcttatgattgtttgtatgactactaa 4386  T
319 ccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
4387 ccctagcttctttcaatcacataaattgatctta 4420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0401 (Bit Score: 218; Significance: 1e-119; HSPs: 1)
Name: scaffold0401
Description:

Target: scaffold0401; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 22 - 352
Target Start/End: Original strand, 3790 - 4116
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcat 121  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
3790 ttttggagacctaaatagagtgtagacgacgccaggaagccgaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgtttac 3889  T
122 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgt 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
3890 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattaattaagccatgagaagaatctttgtgatatgtaaaccatgtaatttgt 3989  T
222 taagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccc 321  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    |||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||    
3990 taagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcagaa----ttatttgtgttcattggttttcgtatgattggttgcatgactattaaccc 4085  T
322 taacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||    
4086 tagcttctttcaatcacataaattgatctta 4116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 218; Significance: 1e-119; HSPs: 2)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 22 - 352
Target Start/End: Original strand, 28853 - 29179
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcat 121  Q
    |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
28853 ttttggggacctaattagagcatagacgacaccaggaagtcgaagaacacgcattggatctcaccaaactcatagttggttatggtttatgtatgttcac 28952  T
122 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgt 221  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28953 tattttctatgtatttgattatttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgt 29052  T
222 taagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccc 321  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    || ||||  | ||||| |||||||| ||| ||||||| ||| ||    
29053 taagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcagaattattt----gtgttcaaagattttcatatgattgattgcatgactattaaacc 29148  T
322 taacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||    
29149 tagcttctttcaatcacataaattgatctta 29179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 25 - 352
Target Start/End: Original strand, 52653 - 52976
Alignment:
25 tggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcattat 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||    
52653 tggagacctaaacagagcatagacggcaccaggaagctgaagaacacgcggtggatctcaccaaactcatagttggttcaggtttatgtatgttcgctat 52752  T
125 tttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaa 224  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
52753 tttctatttatttgattatttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagacatgagatgtatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgttaa 52852  T
225 gaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaa 324  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    || ||||  ||||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||     
52853 gaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcagaattattt----gtgttcaaagcttttcgtatgattgtttgcatgactattaatcctag 52948  T
325 cttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
52949 cttctttcaatcacataaattgatctta 52976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0273 (Bit Score: 213; Significance: 1e-116; HSPs: 1)
Name: scaffold0273
Description:

Target: scaffold0273; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 22 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 20272 - 19975
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttcat 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||| ||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||      
20272 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaagctgaagaacatgcagtggatctcacccaactcatagttggttctggtttatgtatgttcga 20173  T
122 tattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgt 221  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
20172 tattttctatgtatttgattttttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttgt 20073  T
222 taagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatctttattgagaattatttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccc 321  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    ||  | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
20072 taagaactctctttgacatcaatgaaaacctagtctttattcagaattattt----gtgcttaatgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccc 19977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0637 (Bit Score: 135; Significance: 3e-70; HSPs: 5)
Name: scaffold0637
Description:

Target: scaffold0637; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 22 - 259
Target Start/End: Original strand, 1791 - 2027
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttc-a 120  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| | |||||||||||| ||||| | ||| |||||||| |||||| || |||| |||||||| |    
1791 ttttggagacctaaacagagcagagacgataccaggaagctaaagaacacgcaatggatttcacccaactcataattggttttgatttaagtatgttcta 1890  T
121 ttattttctatgtatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagccatgagatgaatctttgtgatctgtgaaccatgtaatttg 220  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||    
1891 tta-tttctatgcatttgattgtttagttatgagtagctaaactcttagattgatgaagccatgagatgaatctttatgatctgtg-agcatgtaatttg 1988  T
221 ttaagaactttctttgatatcaatgaaaacctaatcttt 259  Q
    ||||||||| ||||||| || |||||||||||| |||||    
1989 ttaagaactctctttgacataaatgaaaacctattcttt 2027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0637; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 22 - 149
Target Start/End: Original strand, 981 - 1108
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttc-a 120  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  ||||||||||| ||||| | ||| |||| |||||||||| || ||||||||||||| |    
981 ttttggagacctaaacagagcatggacgacactaggaagctgaagaacacgcaatggatttcacccaacttatagttggttttgatttatgtatgttcta 1080  T
121 ttattttctatgtatttgattgtttagtt 149  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||    
1081 ttatttt-tatgcatttgattgtttagtt 1108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0637; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 28 - 149
Target Start/End: Original strand, 1527 - 1648
Alignment:
28 agacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttc-attattt 126  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||| | ||| |||| |||||||||| || ||| ||||||||| |||| ||    
1527 agacctaaaccgagcatagacgacaccaggaagctgaagaacacgcaatggatttcacccaacttatagttggttttgatttgtgtatgttctatta-tt 1625  T
127 tctatgtatttgattgtttagtt 149  Q
    |||||| ||||||||||||||||    
1626 tctatgcatttgattgtttagtt 1648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0637; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 22 - 149
Target Start/End: Original strand, 711 - 838
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttc-a 120  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |  ||||||||||| ||||| | ||| |||||| |||||||| || ||||||||||||| |    
711 ttttggagacctaaagagagcataaacgacaccaggaggctgaagaacacgcaatggatttcacccaactcaaagttggttttgatttatgtatgttcta 810  T
121 ttattttctatgtatttgattgtttagtt 149  Q
    ||| |||| ||| ||||||||||||||||    
811 tta-tttccatgcatttgattgtttagtt 838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0637; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 22 - 149
Target Start/End: Original strand, 1251 - 1378
Alignment:
22 ttttggagacctaaacagagcatagacgacaccaggaaaccaaagaacacgcattggatctaaccaaactcatagttggttctggtttatgtatgttc-a 120  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |  ||||| ||||| | ||| | ||| ||||| ||||||||| || ||||||||||||| |    
1251 ttttggagacctaaatagagcatagacgacactaggaagctgaagaatacgcaatagatttcacccaactcgtagttggttttgatttatgtatgttcta 1350  T
121 ttattttctatgtatttgattgtttagtt 149  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||    
1351 tta-tttctatgcatttgattgtttagtt 1378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 272 - 357
Target Start/End: Original strand, 7015 - 7100
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatcttaaaaat 357  Q
    |||||| | ||||||||||||  |||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
7015 ttatttatgttcattgctttttatatgattgtttgcatgactattaaccctagcttcttgcaatcacataaattgatcttagaaat 7100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 271 - 352
Target Start/End: Original strand, 227124 - 227205
Alignment:
271 tttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| ||||| || |||||| |||||||||||||||||||||    
227124 tttatttgtattcattgcttttcatatgattggttgcatgactattaaccatagcttcttacaatcacataaattgatctta 227205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0214 (Bit Score: 49; Significance: 7e-19; HSPs: 3)
Name: scaffold0214
Description:

Target: scaffold0214; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 272 - 352
Target Start/End: Original strand, 13384 - 13464
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||||| || | |||||||| ||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
13384 ttatttgtgttaactgcttttcatatgattttttgcatgactattaaccctaacttcttacaatcacataaattgatctta 13464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0214; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 272 - 352
Target Start/End: Original strand, 27400 - 27480
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||||| || | |||||||| ||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
27400 ttatttgtgttaactgcttttcatatgattttttgcatgactattaaccctaacttcttacaatcacataaattgatctta 27480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0214; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 272 - 352
Target Start/End: Original strand, 19835 - 19913
Alignment:
272 ttatttgttttcattgcttttcttatgattgtttgtatgactactaaccctaacttctttcaatcacataaattgatctta 352  Q
    |||||||| |||||  |||||| ||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
19835 ttatttgtgttcat--cttttcatattattgtttgcatgactattaaccctaacttcttacaatcacataaattgatctta 19913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 88 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 468965 - 468871
Alignment:
88 aactcatagttggttctggtttatgtatgttc-attattttctatgtatttgattgt-ttagttatgagtagctaaactcttagattgattaagcc 181  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||  ||||||  ||||||  || ||||| ||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||    
468965 aactcatagttggtcctgatttatgtatgttttattattc-ctatgttgttaattgtcttagttaagagtagctaagcttttagattgattaagcc 468871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 789 times since January 2019
Visitors: 6705