View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0885_low_1 (Length: 807)

Name: NF0885_low_1
Description: NF0885
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0885_low_1
NF0885_low_1
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (1-493)||(22063022-22063514)
chr6 (58-253)||(19587133-19587326)
chr6 (132-253)||(17817964-17818083)
chr6 (132-253)||(18189215-18189334)
chr6 (132-253)||(18852468-18852587)
chr6 (65-213)||(23519332-23519479)
chr6 (119-217)||(29685015-29685112)
chr6 (681-711)||(22063703-22063733)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (1-493)||(6813073-6813565)
chr3 (1-297)||(12778015-12778320)
chr3 (1-253)||(15024150-15024406)
chr3 (368-467)||(3246965-3247064)
chr3 (137-250)||(13090459-13090570)
chr3 (137-250)||(13096157-13096268)
chr3 (132-253)||(20559489-20559608)
chr3 (132-253)||(20561797-20561916)
chr3 (132-253)||(20564105-20564224)
chr3 (137-248)||(9362607-9362716)
chr3 (681-711)||(6812853-6812883)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (1-493)||(15349355-15349847)
chr4 (1-490)||(14687283-14687786)
chr4 (132-490)||(11498262-11498628)
chr4 (132-490)||(18290233-18290596)
chr4 (298-464)||(11918923-11919089)
chr4 (132-253)||(45240506-45240626)
chr4 (1-143)||(42711286-42711434)
chr4 (137-250)||(10629200-10629311)
chr4 (681-711)||(15350036-15350066)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (1-493)||(27045078-27045570)
chr1 (137-467)||(21786096-21786429)
chr1 (89-253)||(22626632-22626795)
chr1 (681-711)||(27044876-27044906)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (1-493)||(20000508-20001001)
chr8 (132-253)||(21855420-21855539)
chr8 (137-250)||(17619191-17619302)
chr8 (138-253)||(25735463-25735576)
chr8 (132-253)||(20040717-20040836)
chr8 (681-711)||(20000290-20000320)
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (1-490)||(16327278-16327772)
chr7 (220-493)||(541716-541989)
chr7 (189-490)||(14223330-14223636)
chr7 (132-467)||(12565229-12565567)
chr7 (9-223)||(540278-540492)
chr7 (132-490)||(5395349-5395714)
chr7 (2-278)||(9581317-9581604)
chr7 (2-278)||(9729169-9729456)
chr7 (58-249)||(8783663-8783853)
chr7 (1-253)||(4311174-4311430)
chr7 (1-166)||(14223161-14223332)
chr7 (368-490)||(16403432-16403560)
chr7 (132-253)||(10449747-10449866)
chr7 (132-253)||(13740866-13740985)
chr7 (332-467)||(4462511-4462646)
chr7 (182-253)||(23513515-23513586)
chr7 (124-240)||(4462353-4462468)
chr7 (681-711)||(542167-542197)
chr7 (681-711)||(14223812-14223842)
chr7 (681-711)||(16327896-16327926)
[»] scaffold0035 (1 HSPs)
scaffold0035 (1-490)||(52064-52563)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (126-490)||(25361563-25361932)
chr2 (86-217)||(25339708-25339838)
chr2 (89-253)||(24500778-24500939)
chr2 (681-711)||(25361343-25361373)
chr2 (681-711)||(26922028-26922058)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (132-467)||(18487716-18488052)
chr5 (2-253)||(23712219-23712475)
chr5 (132-253)||(20446492-20446611)
chr5 (137-250)||(23602290-23602401)
chr5 (132-253)||(24218282-24218401)
chr5 (137-250)||(24938986-24939097)
chr5 (132-253)||(21282557-21282676)
[»] scaffold0566 (2 HSPs)
scaffold0566 (132-490)||(812-1173)
scaffold0566 (681-711)||(584-614)
[»] scaffold0222 (2 HSPs)
scaffold0222 (132-467)||(18055-18393)
scaffold0222 (681-711)||(17823-17853)
[»] scaffold0090 (1 HSPs)
scaffold0090 (1-188)||(29271-29464)
[»] scaffold0485 (1 HSPs)
scaffold0485 (9-217)||(11424-11637)
[»] scaffold0113 (1 HSPs)
scaffold0113 (133-250)||(38288-38403)
[»] scaffold0026 (1 HSPs)
scaffold0026 (132-253)||(16816-16935)
[»] scaffold0220 (1 HSPs)
scaffold0220 (132-245)||(11959-12070)
[»] scaffold0012 (2 HSPs)
scaffold0012 (132-253)||(8979-9098)
scaffold0012 (132-253)||(13088-13207)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 465; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 493
Target Start/End: Original strand, 22063022 - 22063514
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagtataaaagtttagataatagttctcatctatcctcttgatc 100  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22063022 tctccatgcatgttggtaattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagtataaaagtttagataatagttctcatctatcctcttgatc 22063121  T
Q  101 ccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22063122 ccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaa 22063221  T
Q  201 acaagataatcaagcaagtaatatcaaatgttaacatggtggttataaagcatttctcataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22063222 acaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatttctcataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcct 22063321  T
Q  301 agtctatccatagcattattatcagtgtatcgacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaatgga 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22063322 agtctatccatagcattattatcagtgtatctacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaatgga 22063421  T
Q  401 tgccatggttcttggatgttgctttctctttccttgcaccacttctagagctttcaatctccttgccgttttgatgccattgacctagttaac 493  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  22063422 tgccatggttcttggatgttgctttctctttctttgcaccacttctagagctttcaatctccttgccttttttatgccattgacctagttaac 22063514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 58 - 253
Target Start/End: Original strand, 19587133 - 19587326
Alignment:
Q  58 agtataaaagtttagataatagttctcatctatcctcttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctacc 157  Q
    |||||| |||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||    
T  19587133 agtatataagtgtagataatagttcctctctatcctcttgatcccttgattcagactcaccccaaacttcctagcaataaaggtgatgattccacctacc 19587232  T
Q  158 attatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgttaacatggtggttataaagcat 253  Q
    | ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19587233 actatatcacccttatcatccgg-tttctttctatcaattgaaacaaga-aatcaagcaaataatagcaaattttaacatggtggttataaagcat 19587326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 17818083 - 17817964
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| |||| |||| |||| || |||||||||||||||||| || ||| ||||| |||||||    
T  17818083 caatgaaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccagttt-ctttctagcaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgt 17817986  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  17817985 taacatggtggttataaagcat 17817964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Original strand, 18189215 - 18189334
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgt 231  Q
    |||| |||||||| ||||||  ||||| ||||| ||| |||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||| || ||| ||||| |||||||    
T  18189215 caatgaaagtgatcattccacttaccactatatcacctttat-atccggttt-ctttctaccaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgt 18189312  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  18189313 taacatggtggttataaagcat 18189334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 18852587 - 18852468
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| ||||||||| |||| ||   |||||||| ||||||| || ||| ||||| |||||||    
T  18852587 caatgaaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccggttt-ctttctagtgattgaaactagataataaatcaaataatagcaaatgt 18852490  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  18852489 taacatggtggttataaagcat 18852468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 65 - 213
Target Start/End: Original strand, 23519332 - 23519479
Alignment:
Q  65 aagtttagataatagttctcatctatcctcttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatat 164  Q
    |||| ||||||||||||| | || ||||| |||| ||| |   ||||| |||| | ||||||| ||||||| || |||||||||||| |||||| |||||    
T  23519332 aagtctagataatagttcccctcaatcctattgacccccttgctcatattcactctaaacttcctagcaatgaaggtgatgattccacctaccactatat 23519431  T
Q  165 tacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaa 213  Q
     ||  ||||||| | | |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23519432 cacttttatcat-ctgatttctttttagcaattgaaacaagataatcaa 23519479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 119 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 29685112 - 29685015
Alignment:
Q  119 ccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||| | ||  || |||||| | |||||||||| |||  ||||||||||||||||||||    
T  29685112 ccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccacccaccactatctcacttttctcatcc-gatttctttttagcaacagaaacaagataatcaagcaa 29685015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 681 - 711
Target Start/End: Original strand, 22063703 - 22063733
Alignment:
Q  681 tttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22063703 tttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 22063733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 465; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 6813565 - 6813073
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagtataaaagtttagataatagttctcatctatcctcttgatc 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6813565 tctccatgcatattggtaattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagtataaaagtttagataatagttctcatctatcctcttgatc 6813466  T
Q  101 ccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaa 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6813465 ccttgattcatactcacctcaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaa 6813366  T
Q  201 acaagataatcaagcaagtaatatcaaatgttaacatggtggttataaagcatttctcataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6813365 acaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatttctcataaatagctcatcattcctcatcattccctacctctttcct 6813266  T
Q  301 agtctatccatagcattattatcagtgtatcgacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaatgga 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6813265 agtctatccatagcattattatcagtgtatcgacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaatgga 6813166  T
Q  401 tgccatggttcttggatgttgctttctctttccttgcaccacttctagagctttcaatctccttgccgttttgatgccattgacctagttaac 493  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  6813165 tgccatggttcttggatgttgctttctctttctttgcaccacttctagagctttcaatctccttgccttttttatgccattgacctagttaac 6813073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Original strand, 12778015 - 12778320
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagt------ataaaagtttagataatagttctcatctatcctc 94  Q
    ||||||| ||||||| | ||||||||||| ||||||| || ||||||| |||||||||||      | | |||||| ||||||| || || |||||||||    
T  12778015 tctccattcatattgataattgtgagtagggtcatgggttctaaggaaggacaaagtagtgagagtaaataagtttggataataattttcctctatcctc 12778114  T
Q  95 ttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatca 194  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||  || |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12778115 ttgatcccttgattcacactcaccctaaacctcttagcaataaaagggatgatgtcacctaccattatatcacccttatcatccgg-tttctttttatca 12778213  T
Q  195 attgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgttaacatggtggttataaagcatttc-----tcataaatagctcatcattcctcatcagtccct 289  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||      ||||||||||||| |||||||||||| | |||    
T  12778214 attgaaacaagataatcaagcaaataatagcaaatgttaacatggtgggtataaagcatgtccgacaacataaatagctcaacattcctcatca-ttcct 12778312  T
Q  290 acctcttt 297  Q
    ||||||||    
T  12778313 acctcttt 12778320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 15024406 - 15024150
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagt------ataaaagtttagataatagttctcatctatcctc 94  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||| |||||||||||      ||| |||| ||||||||||| | | |||||||||    
T  15024406 tctccattcatattggtaattgtgagtagggtcatgggttctaaggaaggacaaagtagtgagagtatataagtatagataatagtacccctctatcctc 15024307  T
Q  95 ttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatca 194  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | |||||| | ||| | | ||||||||| | ||||||| || ||    
T  15024306 ttgatcccttgattcacactcaccccaaactttctagcaataaaagtgatgattctacctaccactgtatcatctttatcatccag-tttctttctagca 15024208  T
Q  195 attgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgttaacatggtggttataaagcat 253  Q
    |||||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15024207 attgaaacaagataat-aagcgaataatagcaaatgttaacagggtggttataaagcat 15024150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 368 - 467
Target Start/End: Original strand, 3246965 - 3247064
Alignment:
Q  368 acctactcctttgcttgtcatctttaaaatggatgccatggttcttggatgttgctttctctttccttgcaccacttctagagctttcaatctccttgcc 467  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||  ||| ||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  3246965 acctactcctttgcttgtcatctttaaaattgatgccttggttcttgattgtagctttctttttctttgcaccacttctagatctttcaatatccttgcc 3247064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 137 - 250
Target Start/End: Original strand, 13090459 - 13090570
Alignment:
Q  137 aaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgttaaca 236  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||||||||||    
T  13090459 aaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccggttt-ctttctagcaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgttaaca 13090556  T
Q  237 tggtggttataaag 250  Q
    ||||||||||||||    
T  13090557 tggtggttataaag 13090570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 137 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 13096268 - 13096157
Alignment:
Q  137 aaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgttaaca 236  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||||||||||    
T  13096268 aaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccggttt-ctttctagcaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgttaaca 13096171  T
Q  237 tggtggttataaag 250  Q
    ||||||||||||||    
T  13096170 tggtggttataaag 13096157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 20559608 - 20559489
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| |||| |||| |||| || ||||||||||| |||||| || ||| |||||  ||||||    
T  20559608 caatgaaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccagttt-ctttctagcaattgaaacaggataataaatcaaataatagtaaatgt 20559511  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  20559510 taacatggtggttataaagcat 20559489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 20561916 - 20561797
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| |||| |||| |||| || ||||||||||| |||||| || ||| |||||  ||||||    
T  20561916 caatgaaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccagttt-ctttctagcaattgaaacaggataataaatcaaataatagtaaatgt 20561819  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  20561818 taacatggtggttataaagcat 20561797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 20564224 - 20564105
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| |||| |||| |||| || ||||||||||| |||||| || ||| |||||  ||||||    
T  20564224 caatgaaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccagttt-ctttctagcaattgaaacaggataataaatcaaataatagtaaatgt 20564127  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  20564126 taacatggtggttataaagcat 20564105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 137 - 248
Target Start/End: Original strand, 9362607 - 9362716
Alignment:
Q  137 aaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgttaaca 236  Q
    |||||||||||| || |||||||||||| ||| |||| |||| |||| |||| || |||||||| ||||||||| || ||| ||||| ||||||||||||    
T  9362607 aaagtgatgattgcacctaccattatatcacctttat-atccagttt-ctttctagcaattgaaccaagataataaatcaaataatagcaaatgttaaca 9362704  T
Q  237 tggtggttataa 248  Q
    ||||||||||||    
T  9362705 tggtggttataa 9362716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 681 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 6812883 - 6812853
Alignment:
Q  681 tttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6812883 tttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 6812853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 461; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 461; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 493
Target Start/End: Original strand, 15349355 - 15349847
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagtataaaagtttagataatagttctcatctatcctcttgatc 100  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15349355 tctccattcatattggtaattgtgagtagggtcatgggttttaaggaatgacaaagtagtataaaagtttagataatagttctcatctatcctcttgatc 15349454  T
Q  101 ccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15349455 ccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaa 15349554  T
Q  201 acaagataatcaagcaagtaatatcaaatgttaacatggtggttataaagcatttctcataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15349555 acaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatttctcataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcct 15349654  T
Q  301 agtctatccatagcattattatcagtgtatcgacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaatgga 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15349655 agtctatccatagcattattatcagtgtatcgacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaatgga 15349754  T
Q  401 tgccatggttcttggatgttgctttctctttccttgcaccacttctagagctttcaatctccttgccgttttgatgccattgacctagttaac 493  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  15349755 tgccatggttcttggatgttgctttctctttctttgcaccacttctagagctttcaatctccttgccttttttatgccattgacctagttaac 15349847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 490
Target Start/End: Original strand, 14687283 - 14687786
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagt------ataaaagtttagataatagttctcatctatcctc 94  Q
    |||||||  |||||||| ||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||      ||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14687283 tctccatttatattggtaattgtgagtagggtcatgggttctaaggaatgacaaagtagtgagagtatataagtttagataatagttctcctctatcctc 14687382  T
Q  95 ttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatca 194  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14687383 ttgatcccttgattcacactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccacctaccattatattacccttatcatccggttttctttctatca 14687482  T
Q  195 attgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgttaacatggtggttataaagcatttct-----cataaatagctcatcattcctcatcagtccct 289  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||     |||||||||||||||| || |||||| |||||    
T  14687483 attgaaacaagataatcaagcaaataatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatgtctcataacataaatagctcatcagtcgtcatcattccct 14687582  T
Q  290 acc---tctttcctagtctatccatagcattattatcagtgtatcgacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtc 386  Q
    |||   |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  14687583 acctcttctttcctagtctatccatatcattattatcagtgtatctacaagcataaatagattgagagataaaagctttagacctactcttttgcttgtc 14687682  T
Q  387 atctttaaaatggatgccatggttcttggatgttgctttctctttccttgcaccacttctagagctttcaatctccttgccgttttgatgccattgacct 486  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14687683 atctttaaaattgatgccatggttcttgactgttgctttctttttctttgcaccacttctagagctttcaatctccttgcctttttgatgccattgacct 14687782  T
Q  487 agtt 490  Q
    ||||    
T  14687783 agtt 14687786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 5e-95
Query Start/End: Original strand, 132 - 490
Target Start/End: Original strand, 11498262 - 11498628
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||    
T  11498262 caatgaaagtgatgattccacctaccattatatcacccttatcatctagttt-ctttttagcaattgaaacaagataatcaagcaaataatagaaaatgt 11498360  T
Q  232 taacatggtggttataaagcatttctca-----taaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcctagtctatccatagcattattatcagt 326  Q
    ||| | | ||||||||||||||  | ||     |||| | ||||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  11498361 taataggatggttataaagcatagcccacgacataaacaactcatcaatcctcatcattcc-tacctctttcgtagtctatccatagcattattatcagg 11498459  T
Q  327 gtatcgacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaatggatgccatggttcttggatgttgctttc 426  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||  | ||||||||    
T  11498460 gtatctacaagcataaatagattgagagataagagctttatacttacttctttgcttgtcatttttaaaattgatgccatggttcttgactattgctttc 11498559  T
Q  427 tctttccttgcaccacttctagagctttcaatctccttgcc-----gttttgatgccattgacctagtt 490  Q
    | |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||    
T  11498560 tttttctttccaccacttctagagctttcaatctccttgcctttcatttttgatgccattgacctagtt 11498628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 132 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 18290596 - 18290233
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| ||||| |||  ||||||| ||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||     |||    
T  18290596 caatgaaagtgatgattccacctaccaatatatcacctgtatcatctggttt-ctttttagtaattgaaacaagataatcaagcaaataatagt---tgt 18290501  T
Q  232 taacatggtggttataaagcatt-tct----cataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcctagtctatccatagcattattatcagt 326  Q
    ||| | | ||||||||||||||  ||     |||||| ||||||||  ||||||||| ||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||     
T  18290500 taataggatggttataaagcatactccacaacataaacagctcatcgatcctcatcattcc-tacctctttcgtagtatatccatagcattattatcagg 18290402  T
Q  327 gtatcgacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaatggatgccatggttcttggatgttgctttc 426  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  18290401 gtatctacaagcataaatagattgagagataagagctttatacctactcctttgcttgtcatctttaaaattgatgccatggttcttgactgttgctttc 18290302  T
Q  427 tctttccttgcaccacttctagagctttcaatctccttgcc-----gttttgatgccattgacctagtt 490  Q
    | |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||    
T  18290301 tttttctttccaccatttctagagctttcaatctccttgcctttcatttttgatgccattgacctagtt 18290233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 298 - 464
Target Start/End: Original strand, 11918923 - 11919089
Alignment:
Q  298 cctagtctatccatagcattattatcagtgtatcgacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaat 397  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||| |||||  |  ||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  11918923 cctagtctatccatagcattaacatcagggtatctacaagcagaaataagtctagagataagagatttatacatactcctttgcttgtcatctttaaaat 11919022  T
Q  398 ggatgccatggttcttggatgttgctttctctttccttgcaccacttctagagctttcaatctcctt 464  Q
     ||||||||||||||||  ||||||||| | | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11919023 tgatgccatggttcttgactgttgctttatttctccctgcaccacttccagagctttcaatctcctt 11919089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Original strand, 45240506 - 45240626
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||    
T  45240506 caatgaaagtgatgattccacctaccattatatcacccttatcatccggttt-ctttctagcaattgaaacaagataataaagcaaataatagcaaatgt 45240604  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  45240605 taacatggtggttataaagcat 45240626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 143
Target Start/End: Original strand, 42711286 - 42711434
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagt------ataaaagtttagataatagttctcatctatcctc 94  Q
    ||||||| ||||||||| ||| ||||||  ||||||| || ||||||| |||||||||||      ||| |||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  42711286 tctccattcatattggtaattatgagtatggtcatgggttctaaggaaagacaaagtagtgagagtatataagtttggataataattttcatctatcctc 42711385  T
Q  95 ttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtga 143  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  42711386 ttgatcctttgattcacactcaccctaaacctcttagcaataaaagtga 42711434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 137 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 10629311 - 10629200
Alignment:
Q  137 aaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgttaaca 236  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||||||||||    
T  10629311 aaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccggttt-ctttctagcaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgttaaca 10629214  T
Q  237 tggtggttataaag 250  Q
    ||||||||||||||    
T  10629213 tggtggttataaag 10629200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 681 - 711
Target Start/End: Original strand, 15350036 - 15350066
Alignment:
Q  681 tttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15350036 tttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 15350066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 445; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 27045570 - 27045078
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagtataaaagtttagataatagttctcatctatcctcttgatc 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27045570 tctccatgcatattggtaattgtgagtagggtcatgggttttaaggaatgacaaagtagtataaaagtttagataatagttctcatctatcctcttgatc 27045471  T
Q  101 ccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27045470 ccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatctggttttctttttatcaattgaa 27045371  T
Q  201 acaagataatcaagcaagtaatatcaaatgttaacatggtggttataaagcatttctcataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27045370 acaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatgatggttataaagcatttctcataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcct 27045271  T
Q  301 agtctatccatagcattattatcagtgtatcgacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaatgga 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27045270 agtctatccatagcattattatcagtgtatcgacaaacataaatagattgagatataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaatgga 27045171  T
Q  401 tgccatggttcttggatgttgctttctctttccttgcaccacttctagagctttcaatctccttgccgttttgatgccattgacctagttaac 493  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||    
T  27045170 tgccatggttcttggatgttgctttctctttctttgcaccacttctagagctttcaatctccttgccttttttatgccgttgacctagttaac 27045078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 137 - 467
Target Start/End: Original strand, 21786096 - 21786429
Alignment:
Q  137 aaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgttaaca 236  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |    
T  21786096 aaagtgatgattccacctaccattatatcacccttatcatctagttt-ctttttagcaattgaaacaagataatcaagcaaataatagcaaatgttaata 21786194  T
Q  237 tggtggttataaagcatttctca-----taaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcctagtctatccatagcattattatcagtgtatc 331  Q
     | ||||||||||||||  | ||     |||| |||| |||  ||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21786195 agatggttataaagcatagcccacaacataaacagcttatcgatcctcattattcc-tacctctttcctagtctatccataacattattatcagtgtatc 21786293  T
Q  332 gacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaatggatgccatggttcttggatgttgctttctcttt 431  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||     
T  21786294 tacaagcataaatagattgagagataagagctttatacctactcctttgcttgtcatctttaaaattgatgccatggttcttgactgttgctttctttta 21786393  T
Q  432 ccttgcaccacttctagagctttcaatctccttgcc 467  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21786394 ctttgcaccacttctagagctttcaatctccttgcc 21786429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 89 - 253
Target Start/End: Original strand, 22626632 - 22626795
Alignment:
Q  89 atcctcttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttcttt 188  Q
    ||||| || |||||||  |||||| | ||| |||| ||| || |||| ||||||||||||||| |||||| || || ||| | || ||||||||| ||||    
T  22626632 atcctatttatccctttgttcatatttacctcaaatttcctaacaatgaaagtgatgattccacctaccactacatcaccttcat-atccggttt-cttt 22626729  T
Q  189 ttatcaattgaaacaagataatcaa-gcaagtaatatcaaatgttaacatggtggttataaagcat 253  Q
     || |||||||||||||||||| || |||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  22626730 atagcaattgaaacaagataataaaagcaaataatagcaaattttaccatggtggttataaagcat 22626795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 681 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 27044906 - 27044876
Alignment:
Q  681 tttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27044906 tttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 27044876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 383; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 20001001 - 20000508
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagt------ataaaagtttagataatagttctcatctatcctc 94  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20001001 tctccattcatattggtaattgtgagtagggtcatgggttttaaggaatgacaaagtagtgagagtataaaagtttagataatagttctcatctatcctc 20000902  T
Q  95 ttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatca 194  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20000901 ttgatcccttgattcacactcaccccaaactt---agcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttctatca 20000805  T
Q  195 attgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgttaacatggtggttataaagcatttctcataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctc 294  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  20000804 attaaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacgtggtggttataaagcatgtctcataaatagctcatc--tcctcatcagtccctacctc 20000707  T
Q  295 tttcctagtctatccatagcattattatcagtgtatcgacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaa 394  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20000706 tttcctagtctatccatatcattattatcagtgtatcgacaagcataaataaattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaa 20000607  T
Q  395 aatggatgccatggttcttggatgttgctttctctttccttgcaccacttctagagctttcaatctccttgccgttttgatgccattgacctagttaac 493  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  20000606 aattgatgccatggttcttgaatgttgctttctctttctttgcaccacttctagagctttcaatctccttgcctttttgatgccattgacctagctaac 20000508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Original strand, 21855420 - 21855539
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||| ||||| |||||||    
T  21855420 caatgaaagtgatgattccacctaccattatatcacctttat-atccggttt-ctttttagcaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgt 21855517  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  21855518 taacatggtggttataaagcat 21855539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 137 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 17619302 - 17619191
Alignment:
Q  137 aaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgttaaca 236  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| ||||||||| |||| || || ||||||||||||||| || ||| ||||| ||||||||||||    
T  17619302 aaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccggttt-ctttctagcatttgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgttaaca 17619205  T
Q  237 tggtggttataaag 250  Q
    ||||||||||||||    
T  17619204 tggtggttataaag 17619191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 138 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 25735576 - 25735463
Alignment:
Q  138 aagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgttaacat 237  Q
    |||||||||||||  |||||| ||||| ||| |||||||||||||| ||||  | |||||||||||||||||| |||| | ||||| ||||||||||||     
T  25735576 aagtgatgattccccctaccactatatcacctttatcatccggttt-ctttcgagcaattgaaacaagataat-aagcgaataatagcaaatgttaacag 25735479  T
Q  238 ggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||    
T  25735478 ggtggttataaagcat 25735463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Original strand, 20040717 - 20040836
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgt 231  Q
    |||| |||| |||||||||| |||||| ||||| ||| |||| |||| |||| |||| || ||||||||||| || ||| ||  || ||||| |||||||    
T  20040717 caatgaaagggatgattccacctaccactatatcacctttat-atccagttt-ctttctagcaattgaaacaggaaaataaataaaataatagcaaatgt 20040814  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  20040815 taacatggtggttataaagcat 20040836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 681 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 20000320 - 20000290
Alignment:
Q  681 tttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20000320 tttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 20000290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 361; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 490
Target Start/End: Original strand, 16327278 - 16327772
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagta------taaaagtttagataatagttctcatctatcctc 94  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||| ||||||||||||      || ||||||||||||||||| || |||||||||    
T  16327278 tctccattcatattggtaattgtgagtagggtcatgggttataaggaaggacaaagtagtaagagtatataagtttagataatagttttcctctatcctc 16327377  T
Q  95 ttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatca 194  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16327378 ttgatcccttgattcacactcaccctaaacctcttagcaataaaagtgatgattccacctgccattatgtcacccttatcatccggttt-ctttttatca 16327476  T
Q  195 attgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgttaacatggtggttataaagcatttctcataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctc 294  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16327477 attgaaacaagataatcaagcaaataatagcaaatgtttacatggtggttataaagcatgtctcataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctc 16327576  T
Q  295 tttcctagtctatccatagcattattatcagtgtatcgacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaa 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16327577 tttcctagtctatccatagcattattatcagtgtatcgacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaa 16327676  T
Q  395 aatggatgccatggttcttggatgttgctttctctttccttgcaccacttctagagctttcaatctccttgccgttttgatgccattgacctagtt 490  Q
    ||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  16327677 aattgatgccatggttcttcaatgttgctttctctttctttgcaccacttctagagctttcaatctccttgccttttttatgccattgacctagtt 16327772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 220 - 493
Target Start/End: Original strand, 541716 - 541989
Alignment:
Q  220 aatatcaaatgttaacatggtggttataaagcatttctcataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcctagtctatccatagcattat 319  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  541716 aataacaaatgttaacatggtggttataaagcatgtctcataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcctagtctatccatagcattat 541815  T
Q  320 tatcagtgtatcgacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaatggatgccatggttcttggatgt 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  541816 tatcagtgtatcgacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgtttgtcatctttaaaatggatgccatggttcgtggatgt 541915  T
Q  420 tgctttctctttccttgcaccacttctagagctttcaatctccttgccgttttgatgccattgacctagttaac 493  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  541916 tgctttctctttctttgcaccacttatagagctttcaatctccttgcctttttgatgtcattgacctagttaac 541989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 189 - 490
Target Start/End: Original strand, 14223330 - 14223636
Alignment:
Q  189 ttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgttaacatggtggttataaagcatttctcata-----aatagctcatcattcctcatca 283  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     |||||||||||| |||||||||    
T  14223330 ttatcaaatgaaacaagataatcaagcaaataatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatgtctcataacataaatagctcatcagtcctcatca 14223429  T
Q  284 gtccctacctctttcctagtctatccatagcattattatcagtgtatcgacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgctt 383  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14223430 ttccctacctctttcctagtctatccatagcattattatcagtgtatctacaagcataaatagattgagagataagaactttagacctactcctttgctt 14223529  T
Q  384 gtcatctttaaaatggatgccatggttcttggatgttgctttctctttccttgcaccacttctagagctttcaatctccttgccgttttgatgccattga 483  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||  | |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  14223530 gtcatctttaaaattgatgccatggttcttgactattgcttgctttttcgttgcaccacttctagagctttcaatctccttacctttttgatgccattga 14223629  T
Q  484 cctagtt 490  Q
    |||||||    
T  14223630 cctagtt 14223636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 132 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 12565567 - 12565229
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |    
T  12565567 caatgaaagtgatgattccacctaccattatatcacccttatcatctagttt-ctttttagcaattgaaacaagataatcaagcaaataatagcaaattt 12565469  T
Q  232 taacatggtggttataaagcatttctca-----taaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcctagtctatccatagcattattatcagt 326  Q
    ||| | | ||||||||||||||  | ||     |||| ||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  12565468 taataggatggttataaagcatagcccacaacataaacagctcatcaatcctcatcattcc-tacctctttcctagtttatccataacattattatcagt 12565370  T
Q  327 gtatcgacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaatggatgccatggttcttggatgttgctttc 426  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||  ||||||||||    
T  12565369 gcatctacaagcataaatagattgagagttaagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaattgatgtcatggttcttgactgttgctttc 12565270  T
Q  427 tctttccttgcaccacttctagagctttcaatctccttgcc 467  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12565269 tttttctttgcaccacttctagagctttcaatctccttgcc 12565229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 9 - 223
Target Start/End: Original strand, 540278 - 540492
Alignment:
Q  9 catattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagtataaaagtttagataatagttctcatctatcctcttgatcccttgatt 108  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  540278 catattggtaattgtgagtagggtcatgggttttaaggaatgacaaagtagtataaaagtttagataatagttctcatctatcctcttgatcccttgatt 540377  T
Q  109 catactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagata 208  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  540378 cacactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatccaccattatattacccttatcatccgattttctttctatcaattgaaacaagata 540477  T
Q  209 atcaagcaagtaata 223  Q
    |||||||||||||||    
T  540478 atcaagcaagtaata 540492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 132 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 5395714 - 5395349
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||    
T  5395714 caatgaaagtgatgattccacctaccattatatcactcttatcatctggttt-ctttttagtaattgaaacaagataatcaagcaaataatagcatatgt 5395616  T
Q  232 taacatggtggttataaagcatt-tct----cataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcctagtctatccatagcattattatcagt 326  Q
    ||| | | |||||||||||||   ||     |||||| ||||||||  |||| |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  5395615 taataggatggttataaagcaaagtccacaacataaacagctcatcgatccttatcattcc-tacctctttcatagtctatccatagcattattatcagg 5395517  T
Q  327 gtatcgacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaatggatgccatggttcttggatgttgctttc 426  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||  | ||||||||    
T  5395516 gtatctacaagcataaatagattgagtgataagagctttatacctactcctttgcttgtcat-ttgaaaattgatgccatggttcttgactattgctttc 5395418  T
Q  427 tctttccttgcaccacttctagagctttcaatctccttgcc-----gttttgatgccattgacctagtt 490  Q
    | |||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||      ||||||||||||||||||||||    
T  5395417 tttttctttccaccacttctagagcttccaatctccttgcctttcatttttgatgccattgacctagtt 5395349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 9581604 - 9581317
Alignment:
Q  2 ctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagt------ataaaagtttagataatagttctcatctatcctct 95  Q
    |||||| ||||||| | ||||||||||  ||||||| || ||||||| |||||||||||      ||| |||||| ||||||| || |||||||||||||    
T  9581604 ctccattcatattgataattgtgagtatggtcatgggttctaaggaaagacaaagtagtgagagtatataagtttggataataattttcatctatcctct 9581505  T
Q  96 tgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaa 195  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  9581504 tgatcccttgattcacactcaccctaaacctcttagcaataaaagtgatgattccacctaccattatatcacccttatcatccgg-tttctttttattaa 9581406  T
Q  196 ttgaaacaagataatcaagc-aagtaatatcaaatgttaacatggtggttataaagcatttc-----tcataaatagctcatcattcct 278  Q
    |||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||      |||||||||||||||||||||    
T  9581405 ttgaaacaagataatcaagcaaaaaaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatgtccgacaacataaatagctcatcattcct 9581317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 9729456 - 9729169
Alignment:
Q  2 ctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagt------ataaaagtttagataatagttctcatctatcctct 95  Q
    |||||| ||||||| | ||||||||||  ||||||| || ||||||| |||||||||||      ||| |||||| ||||||| || |||||||||||||    
T  9729456 ctccattcatattgataattgtgagtatggtcatgggttctaaggaaagacaaagtagtgagagtatataagtttggataataattttcatctatcctct 9729357  T
Q  96 tgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaa 195  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  9729356 tgatcccttgattcacactcaccctaaacctcttagcaataaaagtgatgattccacctaccattatatcacccttatcatccgg-tttctttttattaa 9729258  T
Q  196 ttgaaacaagataatcaagc-aagtaatatcaaatgttaacatggtggttataaagcatttc-----tcataaatagctcatcattcct 278  Q
    |||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||      |||||||||||||||||||||    
T  9729257 ttgaaacaagataatcaagcaaaaaaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatgtccgacaacataaatagctcatcattcct 9729169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 58 - 249
Target Start/End: Original strand, 8783663 - 8783853
Alignment:
Q  58 agtataaaagtttagataatagttctcatctatcctcttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctacc 157  Q
    |||||| |||| ||||||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||    
T  8783663 agtatataagtctagataatagttcccctctatccccttgatccattgattcacactcaccccaaacttcctagcaataaaggtgatgattccagctacc 8783762  T
Q  158 attatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgttaacatggtggttataaa 249  Q
    ||||||| ||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8783763 attatatcacccttatcatcc-gatttctttttagcaattgaaacaagataatcaagcaaataatagcaaatgttaacatggtggttataaa 8783853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 4311430 - 4311174
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagt------ataaaagtttagataatagttctcatctatcctc 94  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||| || |||| || |||||||||||      ||| |||| ||||||||||||| | |||||||||    
T  4311430 tctccattcatattggtaattgtgagtagggccatgggttctaagaaaggacaaagtagtgagagtatataagtctagataatagttcccctctatcctc 4311331  T
Q  95 ttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatca 194  Q
    |||||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||    
T  4311330 ttgatctcttgattcacactc-ccccaaacttcctagaaataaaggtgatgattccacctaccactatatcacccttatcatccggttta-tttttagca 4311233  T
Q  195 attgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgttaacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4311232 attgaaataagataatcaagcaaataataacaaatgttaacatggtggttataaagcat 4311174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 166
Target Start/End: Original strand, 14223161 - 14223332
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagt------ataaaagtttagataatagttctcatctatcctc 94  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||      ||| |||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  14223161 tctccattcatattggtaattgtgagtagggtcatgggctttaaggaatgacaaagtagtgagagtatataagtttagataatagttctcctctttcctc 14223260  T
Q  95 ttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatatta 166  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14223261 ttgatcccttgattcacactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccacctaccattatatta 14223332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 368 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 16403560 - 16403432
Alignment:
Q  368 acctactcctttgcttgtcatctttaaaatggatgccatggttcttggatgttgctttctctttccttgcaccacttctagagc-tttcaatctccttg- 465  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||     
T  16403560 acctactcctttgcttgtcatctttaaaattgatgccatggttcttcgttgttgctttctttttccctgcactacttctaaagcttttcaatctccttga 16403461  T
Q  466 ----ccgttttgatgccattgacctagtt 490  Q
        || ||||||||||||||||||||||    
T  16403460 ctttcctttttgatgccattgacctagtt 16403432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Original strand, 10449747 - 10449866
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||  | | | |||||||||| |||||||||||||||||| || ||| ||||| |||||||    
T  10449747 caatgaaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat--ttctggtttctttttagcaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgt 10449844  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  10449845 taacatggtggttataaagcat 10449866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 13740985 - 13740866
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||| | || || ||| |||| || |||||| |||| || |||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||    
T  13740985 caatgaaagtgatgattccacctacgactacatcacctttat-atacggttt-ctttctagcaattgaaacaagataataaagcaaataatagcaaatgt 13740888  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  13740887 taacatggtggttataaagcat 13740866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 332 - 467
Target Start/End: Original strand, 4462511 - 4462646
Alignment:
Q  332 gacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaatggatgccatggttcttgga-tgttgctttctctt 430  Q
    |||||||| |||||| |  ||||||||||| |||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||| |||||||||||       
T  4462511 gacaagcagaaatagttctagagataagagatttatacctattcttttgcttgtcatctttaaaattgatgccatggtt-tcggactgttgctttcttcc 4462609  T
Q  431 tccttgcaccacttctagagctttcaatctccttgcc 467  Q
    ||| |||||||||||  ||| ||||||||||||||||    
T  4462610 tccctgcaccacttcctgaggtttcaatctccttgcc 4462646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 182 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 23513586 - 23513515
Alignment:
Q  182 tttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgttaacatggtggttataaagcat 253  Q
    |||||| ||| ||||||||| | |||||| || ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23513586 tttcttcttagcaattgaaaaaggataataaatcaaataatagcaaatgttaacatggtggttataaagcat 23513515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 124 - 240
Target Start/End: Original strand, 4462353 - 4462468
Alignment:
Q  124 cttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaata 223  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||| |||||| ||| | ||  |||||||||| ||| ||| ||| |||   ||||||||||||||||||| |||||    
T  4462353 cttcctagcaataaaggtgatgataccacctaccactatgtcacttttatcatccgattt-cttgttagcaacaaaaacaagataatcaagcaaataata 4462451  T
Q  224 tcaaatgttaacatggt 240  Q
     ||| |||| |||||||    
T  4462452 gcaagtgttcacatggt 4462468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 681 - 711
Target Start/End: Original strand, 542167 - 542197
Alignment:
Q  681 tttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  542167 tttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 542197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 681 - 711
Target Start/End: Original strand, 14223812 - 14223842
Alignment:
Q  681 tttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14223812 tttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 14223842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 681 - 711
Target Start/End: Original strand, 16327896 - 16327926
Alignment:
Q  681 tttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16327896 tttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 16327926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0035 (Bit Score: 302; Significance: 1e-169; HSPs: 1)
Name: scaffold0035
Description:

Target: scaffold0035; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 1 - 490
Target Start/End: Original strand, 52064 - 52563
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagta------taaaagtttagataatagttctcatctatcctc 94  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||| ||||||||||||      || ||||||||||||||||| || |||||||||    
T  52064 tctccattcatattggtaattgtgagtagggtcatgggttataaggaaggacaaagtagtaagagtatataagtttagataatagttttcctctatcctc 52163  T
Q  95 ttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatca 194  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  52164 ttgatcccttgattcacactcaccctaaacctcttagcaataaaagtgatgattccacctaccattatatcacccttataatctggttt-ctttttatca 52262  T
Q  195 attgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgttaacatggtggttataaagcatttctcata-----aatagctcatcattcctcatcagtccct 289  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     |||||||||||| ||||||||| |||||    
T  52263 attgaaacaagaaaatcaagcaaataatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatgtctcataacataaatagctcatcagtcctcatcattccct 52362  T
Q  290 acctctttcctagtctatccatagcattattatcagtgtatcgacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatc 389  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  52363 acctatttcatagtctatccatagcattattatcagtgtatctacaagcataaatagattgagagataagatctttagacctactcctttgtttgtcatc 52462  T
Q  390 tttaaaatggatgccatggttcttggatgttgctttctctttccttgcaccacttctagagctttcaatctccttgccgttttgatgccattgacctagt 489  Q
    |||||||| |||||||||||||||   | ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||    
T  52463 tttaaaattgatgccatggttcttcactattgctttctttttctttgcaccacttctagagctttcaatatccttacctttttgatgccattgacctagt 52562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 270; Significance: 1e-150; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 126 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 25361932 - 25361563
Alignment:
Q  126 tcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatc 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  25361932 tcttagcaataaaagtgatgattccaccaaccattatattacccttatcatccggttttctttctatcaaatgaaacaagataatcaagcaaataatagc 25361833  T
Q  226 aaatgttaacatggtggttataaagcatttctcataa-----atagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcctagtctatccatagcattatt 320  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||     ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25361832 aaattttaacatggtggttataaagcatgtctcataacataaatagctcatcagtcctcatcattccctacctctttcctagtctatccatagcattatt 25361733  T
Q  321 atcagtgtatcgacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaatggatgccatggttcttggatgtt 420  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | ||    
T  25361732 atcagtgtatctacaagcataaatagattgagagataagaactttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaattgatgccatggttcttgactatt 25361633  T
Q  421 gctttctctttccttgcaccacttctagagctttcaatctccttgccgttttgatgccattgacctagtt 490  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  25361632 gctttctttttcgttgcaccacttctagagctttcaatctccttacctttttgatgccattgacctagtt 25361563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 86 - 217
Target Start/End: Original strand, 25339708 - 25339838
Alignment:
Q  86 tctatcctcttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttc 185  Q
    |||||||| |||||||||| | ||| ||| || ||||||||| ||||||| || |||||||| ||| ||||||| |||| ||| |||||||| ||||| |    
T  25339708 tctatcctattgatccctttactcacacttactccaaacttcctagcaatgaaggtgatgataccacctaccatcatatcacctttatcatctggttt-c 25339806  T
Q  186 tttttatcaattgaaacaagataatcaagcaa 217  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  25339807 tttttagcaattgaagcaagataatcaagcaa 25339838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 89 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 24500939 - 24500778
Alignment:
Q  89 atcctcttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttcttt 188  Q
    ||||| ||||||||||  |||||| | ||| |||| ||  || |||| ||||||||||||||| ||| || || || ||| |||| ||||||||| ||||    
T  24500939 atcctattgatccctttgttcatatttacctcaaattttctaacaatgaaagtgatgattccacctaacactacatcaccgttat-atccggttt-cttt 24500842  T
Q  189 ttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgttaacatggtggttataaagcat 253  Q
     || |||| ||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||| | ||||||||||||||||    
T  24500841 ctagcaatagaaacaagataat-aagcgaataatagcaaatgttaatagggtggttataaagcat 24500778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 681 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 25361373 - 25361343
Alignment:
Q  681 tttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25361373 tttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 25361343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 681 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 26922058 - 26922028
Alignment:
Q  681 tttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26922058 tttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 26922028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 132 - 467
Target Start/End: Original strand, 18487716 - 18488052
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgt 231  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  18487716 caatgaaagtgatgattccatctaccattatatcacccttatcatctagttt-ctttttagcaattgaaacaagataatcaagcaaataatagcaaatgt 18487814  T
Q  232 taacatggtggttataaagcatttctca-----taaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcctagtctatccatagcattattatcagt 326  Q
    ||| | | ||||||||||||||  | ||     |||| ||||||||  ||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  18487815 taataggatggttataaagcatagcccacaacataaacagctcatcgatcctcatcattcc-tacatctttc-tagtctatccataacattattatcagt 18487912  T
Q  327 gtatcgacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaatggatgccatggttcttggatgttgctttc 426  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  18487913 g-atctacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaattgatgccatggttcttgattgttgctttc 18488011  T
Q  427 tctttccttgcaccacttctagagctttcaatctccttgcc 467  Q
    | |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18488012 tttttctttgcactacttctagagctttcaatctccttgcc 18488052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 2 - 253
Target Start/End: Original strand, 23712219 - 23712475
Alignment:
Q  2 ctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagt------ataaaagtttagataatagttctcatctatcctct 95  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||| || ||||||| |||||||||||      ||| |||||| ||||||| || |||||||||||||    
T  23712219 ctccattcatattggtaattgtgagtatggtcatgggttctaaggaaagacaaagtagtgagagtatataagtttggataataattttcatctatcctct 23712318  T
Q  96 tgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaa 195  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  23712319 tgatcccttgattcacactcaccctaaacctcttagcaacaaaagtgatgattccacctaccattatatcacccttatcatccgg-tttctttttattaa 23712417  T
Q  196 ttgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgttaacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23712418 ttgaaacaagataatcaagcaaaaaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcat 23712475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Original strand, 20446492 - 20446611
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||| || ||| ||||| |||||||    
T  20446492 caatgaaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccggttt-ctttctagcaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgt 20446589  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  20446590 taacatggtggttataaagcat 20446611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 137 - 250
Target Start/End: Original strand, 23602290 - 23602401
Alignment:
Q  137 aaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgttaaca 236  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||||||||||    
T  23602290 aaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccggttt-ctttctagcaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgttaaca 23602387  T
Q  237 tggtggttataaag 250  Q
    ||||||||||||||    
T  23602388 tggtggttataaag 23602401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 24218401 - 24218282
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| ||||||||| |||| ||   |||||||||||||||| || ||| ||||| |||||||    
T  24218401 caatgaaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccggttt-ctttctaatgattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgt 24218304  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  24218303 taacatggtggttataaagcat 24218282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 137 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 24939097 - 24938986
Alignment:
Q  137 aaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgttaaca 236  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| | | |||| |||||| ||| ||| || |||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||||||||||    
T  24939097 aaagtgatgattccacctaccactatatcatctttat-atccgggttt-tttctagcaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgttaaca 24939000  T
Q  237 tggtggttataaag 250  Q
    ||||||||||||||    
T  24938999 tggtggttataaag 24938986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Original strand, 21282557 - 21282676
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgt 231  Q
    |||| ||| |||||||||||  ||||| ||||| ||| |||| ||| ||||| |||| || |||||||||||||||||| || ||| ||||| |||||||    
T  21282557 caatgaaaatgatgattccacttaccactatatcacctttat-atctggttt-ctttctaccaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgt 21282654  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    |||||||| |||||||||||||    
T  21282655 taacatgggggttataaagcat 21282676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0566 (Bit Score: 180; Significance: 9e-97; HSPs: 2)
Name: scaffold0566
Description:

Target: scaffold0566; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 9e-97
Query Start/End: Original strand, 132 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 1173 - 812
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||    
T  1173 caatgaaagtgatgattccacctaccattatatcacccttatcatctagttt-ctttttagcaattgaaacaagataatcaagcaaataatagaaaatgt 1075  T
Q  232 taacatggtggttataaagcatttctcataa-----atagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcctagtctatccatagcattattatcagt 326  Q
    ||| | | ||||||||||||||  | |||||     | ||||||||  ||||||||| ||  |||||||||  |||| |||||||||||||||||||||     
T  1074 taataggatggttataaagcatagcccataacataaacagctcatcgatcctcatcattct-tacctcttttgtagtatatccatagcattattatcagg 976  T
Q  327 gtatcgacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaatggatgccatggttcttggatgttgctttc 426  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||  ||||||||||    
T  975 gtatctacaagcataaatagattgagagataagatctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaattgatgtcatggttcttgactgttgctttc 876  T
Q  427 tctttccttgcaccacttctagagctttcaatctccttgccgttttgatgccattgacctagtt 490  Q
    | |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| |||||||| ||||||||    
T  875 tttttctttgcaccacttctagacctttcaatctccttgtcttttttatgccattcacctagtt 812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0566; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 681 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 614 - 584
Alignment:
Q  681 tttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  614 tttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0222 (Bit Score: 173; Significance: 1e-92; HSPs: 2)
Name: scaffold0222
Description:

Target: scaffold0222; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 132 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 18393 - 18055
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  18393 caatgaaagtgatgattccacctaccattatataacccttatcatctagttt-ctttttagcaattgaaacaagataatcaagcaaataatagcaaatgt 18295  T
Q  232 taacatggtggttataaagcatttctca-----taaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcctagtctatccatagcattattatcagt 326  Q
    ||| | | ||||||||||||||  | ||     |||| ||||||||  ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  18294 taataggatggttataaagcatagcccacaacataaacagctcatcgatcctcatcattcc-tacctctttcctagtctatccatagcattatcatcagg 18196  T
Q  327 gtatcgacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaatggatgccatggttcttggatgttgctttc 426  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||  ||||||||||    
T  18195 gtatctacaagcataaatagatttagagataagagatttatacatactcctttgcttgtcatatttaaaattgatgtcatggttcttgattgttgctttc 18096  T
Q  427 tctttccttgcaccacttctagagctttcaatctccttgcc 467  Q
    | |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18095 tttttctttgcaccacttctaaagctttcaatctccttgcc 18055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0222; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 681 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 17853 - 17823
Alignment:
Q  681 tttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17853 tttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 17823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 155; Significance: 7e-82; HSPs: 1)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 7e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 29464 - 29271
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagt------ataaaagtttagataatagttctcatctatcctc 94  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29464 tctccattcatattggtaattgtgagtagggtcatgggttttaaggaatgacaaagtagtgagagtataaaagtttagataatagttctcatctatcctc 29365  T
Q  95 ttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttcttt 188  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29364 ttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttcttt 29271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0485 (Bit Score: 108; Significance: 8e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold0485
Description:

Target: scaffold0485; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 9 - 217
Target Start/End: Original strand, 11424 - 11637
Alignment:
Q  9 catattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagt------ataaaagtttagataatagttctcatctatcctcttgatccc 102  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||||||| || ||||||| |||||||||||      ||| |||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  11424 catattggtaattgtgagtatggtcatgggttctaaggaaggacaaagtagtgagattatataagtctagataatagttcccctctatcctcttgatccc 11523  T
Q  103 ttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaac 202  Q
    |||||||| |||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  11524 ttgattcacactcaccccaaactttctagcaataaaggtgatgattccacctaccattacatcactcttatcatccgg-tttctttttagcaattgaaac 11622  T
Q  203 aagataatcaagcaa 217  Q
    |||||||||||||||    
T  11623 aagataatcaagcaa 11637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0113 (Bit Score: 58; Significance: 6e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0113
Description:

Target: scaffold0113; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 133 - 250
Target Start/End: Original strand, 38288 - 38403
Alignment:
Q  133 aataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgtt 232  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||| | | |||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||||||    
T  38288 aataaaagtgatgattccacctaccactatatcatctttat-atccggttt-ctttctagcaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgtt 38385  T
Q  233 aacatggtggttataaag 250  Q
    ||||||||||||||||||    
T  38386 aacatggtggttataaag 38403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0026 (Bit Score: 58; Significance: 6e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0026
Description:

Target: scaffold0026; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 16935 - 16816
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgt 231  Q
    |||| |||||||||||||||  ||||| ||||| ||| |||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||| || ||| ||||| |||||||    
T  16935 caatgaaagtgatgattccacttaccactatatcacctttat-atccggttt-ctttctaccaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgt 16838  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  16837 taacatggtggttataaagcat 16816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220 (Bit Score: 46; Significance: 8e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0220
Description:

Target: scaffold0220; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 132 - 245
Target Start/End: Original strand, 11959 - 12070
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgt 231  Q
    |||| |||||||||||||||  ||||| ||||| ||| |||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||| || ||| ||||| |||||||    
T  11959 caatgaaagtgatgattccacttaccactatatcacctttat-atccggttt-ctttctagcaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgt 12056  T
Q  232 taacatggtggtta 245  Q
    || |||||||||||    
T  12057 taccatggtggtta 12070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 46; Significance: 8e-17; HSPs: 2)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Original strand, 8979 - 9098
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| ||||| ||| |||| || | |||||||||||||||| || ||| ||||| | |||||    
T  8979 caatgaaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccgattt-ctttctagcgattgaaacaagataataaatcaaataatagcgaatgt 9076  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  9077 taacatggtgtttataaagcat 9098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Original strand, 13088 - 13207
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatatcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| ||||| ||| |||| || | |||||||||||||||| || ||| ||||| | |||||    
T  13088 caatgaaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccgattt-ctttctagcgattgaaacaagataataaatcaaataatagcgaatgt 13185  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  13186 taacatggtgtttataaagcat 13207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 214 times since January 2019
Visitors: 6702