View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0885_low_2 (Length: 610)

Name: NF0885_low_2
Description: NF0885
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0885_low_2
NF0885_low_2
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (1-425)||(22063022-22063446)
chr6 (58-253)||(19587133-19587326)
chr6 (132-253)||(17817964-17818083)
chr6 (132-253)||(18189215-18189334)
chr6 (132-253)||(18852468-18852587)
chr6 (448-514)||(22063667-22063733)
chr6 (65-253)||(23519332-23519519)
chr6 (119-226)||(29685006-29685112)
chr6 (453-514)||(25966153-25966214)
chr6 (453-513)||(23520340-23520400)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (1-425)||(6813141-6813565)
chr3 (1-297)||(12778015-12778320)
chr3 (1-253)||(15024150-15024406)
chr3 (137-250)||(13090459-13090570)
chr3 (137-250)||(13096157-13096268)
chr3 (132-253)||(20559489-20559608)
chr3 (132-253)||(20561797-20561916)
chr3 (132-253)||(20564105-20564224)
chr3 (137-248)||(9362607-9362716)
chr3 (444-514)||(3247242-3247312)
chr3 (448-514)||(6812853-6812919)
chr3 (368-425)||(3246965-3247022)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (1-425)||(15349355-15349779)
chr4 (1-425)||(14687283-14687721)
chr4 (132-425)||(11498262-11498558)
chr4 (132-425)||(18290303-18290596)
chr4 (132-253)||(45240506-45240626)
chr4 (298-426)||(11918923-11919051)
chr4 (137-250)||(10629200-10629311)
chr4 (1-143)||(42711286-42711434)
chr4 (444-514)||(14687936-14688006)
chr4 (448-514)||(15350000-15350066)
chr4 (124-254)||(11918337-11918466)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (1-425)||(27045146-27045570)
chr1 (137-425)||(21786096-21786387)
chr1 (444-514)||(21786607-21786677)
chr1 (448-514)||(27044876-27044942)
chr1 (89-253)||(22626632-22626795)
chr1 (119-171)||(16383944-16383996)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (1-425)||(20000576-20001001)
chr8 (132-253)||(21855420-21855539)
chr8 (444-514)||(20000290-20000360)
chr8 (137-250)||(17619191-17619302)
chr8 (138-253)||(25735463-25735576)
chr8 (444-514)||(45562735-45562805)
chr8 (444-514)||(8225-8294)
chr8 (132-253)||(20040717-20040836)
chr8 (207-253)||(22830344-22830390)
[»] chr7 (24 HSPs)
chr7 (1-425)||(16327278-16327707)
chr7 (9-223)||(540278-540492)
chr7 (189-424)||(14223330-14223570)
chr7 (132-425)||(12565271-12565567)
chr7 (220-425)||(541716-541921)
chr7 (2-278)||(9581317-9581604)
chr7 (2-278)||(9729169-9729456)
chr7 (132-425)||(5395419-5395714)
chr7 (58-249)||(8783663-8783853)
chr7 (1-253)||(4311174-4311430)
chr7 (1-166)||(14223161-14223332)
chr7 (132-253)||(10449747-10449866)
chr7 (444-514)||(13633625-13633695)
chr7 (444-514)||(13740305-13740375)
chr7 (132-253)||(13740866-13740985)
chr7 (448-514)||(542131-542197)
chr7 (444-514)||(14223772-14223842)
chr7 (460-514)||(16327872-16327926)
chr7 (460-514)||(4310615-4310669)
chr7 (182-253)||(23513515-23513586)
chr7 (368-413)||(16403515-16403560)
chr7 (124-240)||(4462353-4462468)
chr7 (333-425)||(4462512-4462604)
chr7 (463-514)||(12565002-12565053)
[»] scaffold0035 (2 HSPs)
scaffold0035 (1-425)||(52064-52498)
scaffold0035 (444-514)||(52698-52768)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (126-425)||(25361628-25361932)
chr2 (444-514)||(25361343-25361413)
chr2 (86-217)||(25339708-25339838)
chr2 (444-514)||(44998223-44998293)
chr2 (468-514)||(26922028-26922074)
chr2 (89-253)||(24500778-24500939)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (132-425)||(18487716-18488010)
chr5 (2-253)||(23712219-23712475)
chr5 (132-253)||(20446492-20446611)
chr5 (137-250)||(23602290-23602401)
chr5 (132-253)||(24218282-24218401)
chr5 (137-250)||(24938986-24939097)
chr5 (132-253)||(21282557-21282676)
chr5 (206-253)||(22946873-22946920)
[»] scaffold0090 (1 HSPs)
scaffold0090 (1-188)||(29271-29464)
[»] scaffold0566 (2 HSPs)
scaffold0566 (132-425)||(877-1173)
scaffold0566 (444-514)||(584-654)
[»] scaffold0222 (2 HSPs)
scaffold0222 (132-425)||(18097-18393)
scaffold0222 (444-514)||(17823-17893)
[»] scaffold0485 (1 HSPs)
scaffold0485 (9-217)||(11424-11637)
[»] scaffold0113 (1 HSPs)
scaffold0113 (133-250)||(38288-38403)
[»] scaffold0026 (1 HSPs)
scaffold0026 (132-253)||(16816-16935)
[»] scaffold0220 (1 HSPs)
scaffold0220 (132-245)||(11959-12070)
[»] scaffold0012 (2 HSPs)
scaffold0012 (132-253)||(8979-9098)
scaffold0012 (132-253)||(13088-13207)
[»] scaffold0402 (1 HSPs)
scaffold0402 (207-253)||(6328-6374)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 425
Target Start/End: Original strand, 22063022 - 22063446
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagtataaaagtttagataatagttctcatctatcctcttgatc 100  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22063022 tctccatgcatgttggtaattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagtataaaagtttagataatagttctcatctatcctcttgatc 22063121  T
Q  101 ccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22063122 ccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaa 22063221  T
Q  201 acaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatttctcataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22063222 acaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatttctcataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcct 22063321  T
Q  301 agtctatccatagcattattatcagtgtatctacaagcataaatagattgagggataatagctttagacctactcctttgcgtgtcatctttaaaattga 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  22063322 agtctatccatagcattattatcagtgtatctacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaatgga 22063421  T
Q  401 tgccatggttcttgactgttgcttt 425  Q
    ||||||||||||||  |||||||||    
T  22063422 tgccatggttcttggatgttgcttt 22063446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 58 - 253
Target Start/End: Original strand, 19587133 - 19587326
Alignment:
Q  58 agtataaaagtttagataatagttctcatctatcctcttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctacc 157  Q
    |||||| |||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||    
T  19587133 agtatataagtgtagataatagttcctctctatcctcttgatcccttgattcagactcaccccaaacttcctagcaataaaggtgatgattccacctacc 19587232  T
Q  158 attatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcat 253  Q
    | ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19587233 actatatcacccttatcatccgg-tttctttctatcaattgaaacaaga-aatcaagcaaataatagcaaattttaacatggtggttataaagcat 19587326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 17818083 - 17817964
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| |||| |||| |||| || |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  17818083 caatgaaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccagttt-ctttctagcaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgt 17817986  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  17817985 taacatggtggttataaagcat 17817964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Original strand, 18189215 - 18189334
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgt 231  Q
    |||| |||||||| ||||||  ||||| ||||| ||| |||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  18189215 caatgaaagtgatcattccacttaccactatatcacctttat-atccggttt-ctttctaccaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgt 18189312  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  18189313 taacatggtggttataaagcat 18189334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 18852587 - 18852468
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| ||||||||| |||| ||   |||||||| ||||||| || ||| |||||||||||||    
T  18852587 caatgaaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccggttt-ctttctagtgattgaaactagataataaatcaaataatagcaaatgt 18852490  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  18852489 taacatggtggttataaagcat 18852468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 448 - 514
Target Start/End: Original strand, 22063667 - 22063733
Alignment:
Q  448 gtgtggaatttagtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 514  Q
    |||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22063667 gtgtagaatttggtgtttgaatggatgattgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 22063733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 65 - 253
Target Start/End: Original strand, 23519332 - 23519519
Alignment:
Q  65 aagtttagataatagttctcatctatcctcttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatat 164  Q
    |||| ||||||||||||| | || ||||| |||| ||| |   ||||| |||| | ||||||| ||||||| || |||||||||||| |||||| |||||    
T  23519332 aagtctagataatagttcccctcaatcctattgacccccttgctcatattcactctaaacttcctagcaatgaaggtgatgattccacctaccactatat 23519431  T
Q  165 tacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcat 253  Q
     ||  |||||||| | ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||  ||||| | || ||| ||||||||||||    
T  23519432 cacttttatcatctgattt-ctttttagcaattgaaacaagataatcaatcaaatagtagagaatgtgaccagggtagttataaagcat 23519519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 119 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 29685112 - 29685006
Alignment:
Q  119 ccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaag 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||| | ||  || |||||| | |||||||||| |||  ||||||||||||||||||||     
T  29685112 ccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccacccaccactatctcacttttctcatcc-gatttctttttagcaacagaaacaagataatcaagcaaa 29685014  T
Q  219 taatagca 226  Q
    || |||||    
T  29685013 tagtagca 29685006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 453 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 25966214 - 25966153
Alignment:
Q  453 gaatttagtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 514  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||  ||||||||||||||||    
T  25966214 gaatttggtgtttggatggatgaaagttgattttgattgatggtttatgtttggaatgatga 25966153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 453 - 513
Target Start/End: Original strand, 23520340 - 23520400
Alignment:
Q  453 gaatttagtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatg 513  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||| | ||||  |||||||||||||||    
T  23520340 gaatttggggtttggatggatgaatgttggttttgatggttggtttatgtttggaatgatg 23520400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 6813565 - 6813141
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagtataaaagtttagataatagttctcatctatcctcttgatc 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6813565 tctccatgcatattggtaattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagtataaaagtttagataatagttctcatctatcctcttgatc 6813466  T
Q  101 ccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaa 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6813465 ccttgattcatactcacctcaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaa 6813366  T
Q  201 acaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatttctcataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6813365 acaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatttctcataaatagctcatcattcctcatcattccctacctctttcct 6813266  T
Q  301 agtctatccatagcattattatcagtgtatctacaagcataaatagattgagggataatagctttagacctactcctttgcgtgtcatctttaaaattga 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  6813265 agtctatccatagcattattatcagtgtatcgacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaatgga 6813166  T
Q  401 tgccatggttcttgactgttgcttt 425  Q
    ||||||||||||||  |||||||||    
T  6813165 tgccatggttcttggatgttgcttt 6813141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Original strand, 12778015 - 12778320
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagt------ataaaagtttagataatagttctcatctatcctc 94  Q
    ||||||| ||||||| | ||||||||||| ||||||| || ||||||| |||||||||||      | | |||||| ||||||| || || |||||||||    
T  12778015 tctccattcatattgataattgtgagtagggtcatgggttctaaggaaggacaaagtagtgagagtaaataagtttggataataattttcctctatcctc 12778114  T
Q  95 ttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatca 194  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||  || |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12778115 ttgatcccttgattcacactcaccctaaacctcttagcaataaaagggatgatgtcacctaccattatatcacccttatcatccgg-tttctttttatca 12778213  T
Q  195 attgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatttc-----tcataaatagctcatcattcctcatcagtccct 289  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||      ||||||||||||| |||||||||||| | |||    
T  12778214 attgaaacaagataatcaagcaaataatagcaaatgttaacatggtgggtataaagcatgtccgacaacataaatagctcaacattcctcatca-ttcct 12778312  T
Q  290 acctcttt 297  Q
    ||||||||    
T  12778313 acctcttt 12778320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 15024406 - 15024150
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagt------ataaaagtttagataatagttctcatctatcctc 94  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||| |||||||||||      ||| |||| ||||||||||| | | |||||||||    
T  15024406 tctccattcatattggtaattgtgagtagggtcatgggttctaaggaaggacaaagtagtgagagtatataagtatagataatagtacccctctatcctc 15024307  T
Q  95 ttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatca 194  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | |||||| | ||| | | ||||||||| | ||||||| || ||    
T  15024306 ttgatcccttgattcacactcaccccaaactttctagcaataaaagtgatgattctacctaccactgtatcatctttatcatccag-tttctttctagca 15024208  T
Q  195 attgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcat 253  Q
    |||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15024207 attgaaacaagataat-aagcgaataatagcaaatgttaacagggtggttataaagcat 15024150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 137 - 250
Target Start/End: Original strand, 13090459 - 13090570
Alignment:
Q  137 aaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaaca 236  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  13090459 aaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccggttt-ctttctagcaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgttaaca 13090556  T
Q  237 tggtggttataaag 250  Q
    ||||||||||||||    
T  13090557 tggtggttataaag 13090570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 137 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 13096268 - 13096157
Alignment:
Q  137 aaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaaca 236  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  13096268 aaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccggttt-ctttctagcaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgttaaca 13096171  T
Q  237 tggtggttataaag 250  Q
    ||||||||||||||    
T  13096170 tggtggttataaag 13096157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 20559608 - 20559489
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| |||| |||| |||| || ||||||||||| |||||| || ||| |||||| ||||||    
T  20559608 caatgaaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccagttt-ctttctagcaattgaaacaggataataaatcaaataatagtaaatgt 20559511  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  20559510 taacatggtggttataaagcat 20559489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 20561916 - 20561797
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| |||| |||| |||| || ||||||||||| |||||| || ||| |||||| ||||||    
T  20561916 caatgaaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccagttt-ctttctagcaattgaaacaggataataaatcaaataatagtaaatgt 20561819  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  20561818 taacatggtggttataaagcat 20561797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 20564224 - 20564105
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| |||| |||| |||| || ||||||||||| |||||| || ||| |||||| ||||||    
T  20564224 caatgaaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccagttt-ctttctagcaattgaaacaggataataaatcaaataatagtaaatgt 20564127  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  20564126 taacatggtggttataaagcat 20564105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 137 - 248
Target Start/End: Original strand, 9362607 - 9362716
Alignment:
Q  137 aaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaaca 236  Q
    |||||||||||| || |||||||||||| ||| |||| |||| |||| |||| || |||||||| ||||||||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  9362607 aaagtgatgattgcacctaccattatatcacctttat-atccagttt-ctttctagcaattgaaccaagataataaatcaaataatagcaaatgttaaca 9362704  T
Q  237 tggtggttataa 248  Q
    ||||||||||||    
T  9362705 tggtggttataa 9362716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 444 - 514
Target Start/End: Original strand, 3247242 - 3247312
Alignment:
Q  444 aatggtgtggaatttagtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 514  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  3247242 aatggtgtagaatttggtgtttggatggatgaatgttggttgtgattggtgtttaatgtttggaatgatga 3247312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 448 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 6812919 - 6812853
Alignment:
Q  448 gtgtggaatttagtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 514  Q
    |||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6812919 gtgtagaatttggtgtttgaatggatgattgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 6812853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 368 - 425
Target Start/End: Original strand, 3246965 - 3247022
Alignment:
Q  368 acctactcctttgcgtgtcatctttaaaattgatgccatggttcttgactgttgcttt 425  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||    
T  3246965 acctactcctttgcttgtcatctttaaaattgatgccttggttcttgattgtagcttt 3247022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 425
Target Start/End: Original strand, 15349355 - 15349779
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagtataaaagtttagataatagttctcatctatcctcttgatc 100  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15349355 tctccattcatattggtaattgtgagtagggtcatgggttttaaggaatgacaaagtagtataaaagtttagataatagttctcatctatcctcttgatc 15349454  T
Q  101 ccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15349455 ccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaa 15349554  T
Q  201 acaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatttctcataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15349555 acaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatttctcataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcct 15349654  T
Q  301 agtctatccatagcattattatcagtgtatctacaagcataaatagattgagggataatagctttagacctactcctttgcgtgtcatctttaaaattga 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  15349655 agtctatccatagcattattatcagtgtatcgacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaatgga 15349754  T
Q  401 tgccatggttcttgactgttgcttt 425  Q
    ||||||||||||||  |||||||||    
T  15349755 tgccatggttcttggatgttgcttt 15349779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 425
Target Start/End: Original strand, 14687283 - 14687721
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagt------ataaaagtttagataatagttctcatctatcctc 94  Q
    |||||||  |||||||| ||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||      ||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14687283 tctccatttatattggtaattgtgagtagggtcatgggttctaaggaatgacaaagtagtgagagtatataagtttagataatagttctcctctatcctc 14687382  T
Q  95 ttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatca 194  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14687383 ttgatcccttgattcacactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccacctaccattatattacccttatcatccggttttctttctatca 14687482  T
Q  195 attgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatttct-----cataaatagctcatcattcctcatcagtccct 289  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     |||||||||||||||| || |||||| |||||    
T  14687483 attgaaacaagataatcaagcaaataatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatgtctcataacataaatagctcatcagtcgtcatcattccct 14687582  T
Q  290 acc---tctttcctagtctatccatagcattattatcagtgtatctacaagcataaatagattgagggataatagctttagacctactcctttgcgtgtc 386  Q
    |||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  14687583 acctcttctttcctagtctatccatatcattattatcagtgtatctacaagcataaatagattgagagataaaagctttagacctactcttttgcttgtc 14687682  T
Q  387 atctttaaaattgatgccatggttcttgactgttgcttt 425  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14687683 atctttaaaattgatgccatggttcttgactgttgcttt 14687721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 132 - 425
Target Start/End: Original strand, 11498262 - 11498558
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  11498262 caatgaaagtgatgattccacctaccattatatcacccttatcatctagttt-ctttttagcaattgaaacaagataatcaagcaaataatagaaaatgt 11498360  T
Q  232 taacatggtggttataaagcatttctca-----taaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcctagtctatccatagcattattatcagt 326  Q
    ||| | | ||||||||||||||  | ||     |||| | ||||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  11498361 taataggatggttataaagcatagcccacgacataaacaactcatcaatcctcatcattcc-tacctctttcgtagtctatccatagcattattatcagg 11498459  T
Q  327 gtatctacaagcataaatagattgagggataatagctttagacctactcctttgcgtgtcatctttaaaattgatgccatggttcttgactgttgcttt 425  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || |||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11498460 gtatctacaagcataaatagattgagagataagagctttatacttacttctttgcttgtcatttttaaaattgatgccatggttcttgactattgcttt 11498558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 132 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 18290596 - 18290303
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| ||||| |||  ||||||| ||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||    |||    
T  18290596 caatgaaagtgatgattccacctaccaatatatcacctgtatcatctggttt-ctttttagtaattgaaacaagataatcaagcaaataatagt---tgt 18290501  T
Q  232 taacatggtggttataaagcatt-tct----cataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcctagtctatccatagcattattatcagt 326  Q
    ||| | | ||||||||||||||  ||     |||||| ||||||||  ||||||||| ||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||     
T  18290500 taataggatggttataaagcatactccacaacataaacagctcatcgatcctcatcattcc-tacctctttcgtagtatatccatagcattattatcagg 18290402  T
Q  327 gtatctacaagcataaatagattgagggataatagctttagacctactcctttgcgtgtcatctttaaaattgatgccatggttcttgactgttgcttt 425  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18290401 gtatctacaagcataaatagattgagagataagagctttatacctactcctttgcttgtcatctttaaaattgatgccatggttcttgactgttgcttt 18290303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Original strand, 45240506 - 45240626
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  45240506 caatgaaagtgatgattccacctaccattatatcacccttatcatccggttt-ctttctagcaattgaaacaagataataaagcaaataatagcaaatgt 45240604  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  45240605 taacatggtggttataaagcat 45240626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 298 - 426
Target Start/End: Original strand, 11918923 - 11919051
Alignment:
Q  298 cctagtctatccatagcattattatcagtgtatctacaagcataaatagattgagggataatagctttagacctactcctttgcgtgtcatctttaaaat 397  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||  |  || ||||| || |||| || ||||||||||| |||||||||||||||    
T  11918923 cctagtctatccatagcattaacatcagggtatctacaagcagaaataagtctagagataagagatttatacatactcctttgcttgtcatctttaaaat 11919022  T
Q  398 tgatgccatggttcttgactgttgcttta 426  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11919023 tgatgccatggttcttgactgttgcttta 11919051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 137 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 10629311 - 10629200
Alignment:
Q  137 aaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaaca 236  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  10629311 aaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccggttt-ctttctagcaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgttaaca 10629214  T
Q  237 tggtggttataaag 250  Q
    ||||||||||||||    
T  10629213 tggtggttataaag 10629200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 143
Target Start/End: Original strand, 42711286 - 42711434
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagt------ataaaagtttagataatagttctcatctatcctc 94  Q
    ||||||| ||||||||| ||| ||||||  ||||||| || ||||||| |||||||||||      ||| |||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  42711286 tctccattcatattggtaattatgagtatggtcatgggttctaaggaaagacaaagtagtgagagtatataagtttggataataattttcatctatcctc 42711385  T
Q  95 ttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtga 143  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  42711386 ttgatcctttgattcacactcaccctaaacctcttagcaataaaagtga 42711434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 444 - 514
Target Start/End: Original strand, 14687936 - 14688006
Alignment:
Q  444 aatggtgtggaatttagtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 514  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14687936 aatggtgtagaatttggtgtttggatggatgaatgttggttttaattggtggtaaatgtttggaatgatga 14688006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 448 - 514
Target Start/End: Original strand, 15350000 - 15350066
Alignment:
Q  448 gtgtggaatttagtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 514  Q
    |||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15350000 gtgtagaatttggtgtttgaatggatgattgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 15350066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 124 - 254
Target Start/End: Original strand, 11918337 - 11918466
Alignment:
Q  124 cttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaata 223  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||| |||||| ||| | ||  ||||||||| |||| ||| ||| |||   ||||||||||||||||||| || ||    
T  11918337 cttcctagcaataaaggtgatgataccacctaccactatgtcacttttatcatccagttt-cttgttagcaacataaacaagataatcaagcaaatagta 11918435  T
Q  224 gcaaatgttaacatggtggttataaagcatt 254  Q
    |||| |||| ||| || |||| || ||||||    
T  11918436 gcaagtgttcacagggcggttgtagagcatt 11918466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 369; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 27045570 - 27045146
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagtataaaagtttagataatagttctcatctatcctcttgatc 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27045570 tctccatgcatattggtaattgtgagtagggtcatgggttttaaggaatgacaaagtagtataaaagtttagataatagttctcatctatcctcttgatc 27045471  T
Q  101 ccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27045470 ccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatctggttttctttttatcaattgaa 27045371  T
Q  201 acaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatttctcataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcct 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27045370 acaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatgatggttataaagcatttctcataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcct 27045271  T
Q  301 agtctatccatagcattattatcagtgtatctacaagcataaatagattgagggataatagctttagacctactcctttgcgtgtcatctttaaaattga 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  27045270 agtctatccatagcattattatcagtgtatcgacaaacataaatagattgagatataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaatgga 27045171  T
Q  401 tgccatggttcttgactgttgcttt 425  Q
    ||||||||||||||  |||||||||    
T  27045170 tgccatggttcttggatgttgcttt 27045146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 137 - 425
Target Start/End: Original strand, 21786096 - 21786387
Alignment:
Q  137 aaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaaca 236  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  21786096 aaagtgatgattccacctaccattatatcacccttatcatctagttt-ctttttagcaattgaaacaagataatcaagcaaataatagcaaatgttaata 21786194  T
Q  237 tggtggttataaagcatttctca-----taaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcctagtctatccatagcattattatcagtgtatc 331  Q
     | ||||||||||||||  | ||     |||| |||| |||  ||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21786195 agatggttataaagcatagcccacaacataaacagcttatcgatcctcattattcc-tacctctttcctagtctatccataacattattatcagtgtatc 21786293  T
Q  332 tacaagcataaatagattgagggataatagctttagacctactcctttgcgtgtcatctttaaaattgatgccatggttcttgactgttgcttt 425  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21786294 tacaagcataaatagattgagagataagagctttatacctactcctttgcttgtcatctttaaaattgatgccatggttcttgactgttgcttt 21786387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 444 - 514
Target Start/End: Original strand, 21786607 - 21786677
Alignment:
Q  444 aatggtgtggaatttagtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 514  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21786607 aatggtgtagaatttggtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtagtaaatgtttggaatgatga 21786677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 448 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 27044942 - 27044876
Alignment:
Q  448 gtgtggaatttagtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 514  Q
    |||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27044942 gtgtagaatttggtgtttgaatggatgattgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 27044876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 89 - 253
Target Start/End: Original strand, 22626632 - 22626795
Alignment:
Q  89 atcctcttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttcttt 188  Q
    ||||| || |||||||  |||||| | ||| |||| ||| || |||| ||||||||||||||| |||||| || || ||| | || ||||||||| ||||    
T  22626632 atcctatttatccctttgttcatatttacctcaaatttcctaacaatgaaagtgatgattccacctaccactacatcaccttcat-atccggttt-cttt 22626729  T
Q  189 ttatcaattgaaacaagataatcaa-gcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcat 253  Q
     || |||||||||||||||||| || |||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  22626730 atagcaattgaaacaagataataaaagcaaataatagcaaattttaccatggtggttataaagcat 22626795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 119 - 171
Target Start/End: Original strand, 16383944 - 16383996
Alignment:
Q  119 ccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattaccctt 171  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| | ||||||    
T  16383944 ccaaacttcctagcaataaaagtgatgataccacctaccactatctcaccctt 16383996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 319; Significance: 1e-180; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 1 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 20001001 - 20000576
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagt------ataaaagtttagataatagttctcatctatcctc 94  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20001001 tctccattcatattggtaattgtgagtagggtcatgggttttaaggaatgacaaagtagtgagagtataaaagtttagataatagttctcatctatcctc 20000902  T
Q  95 ttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatca 194  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20000901 ttgatcccttgattcacactcaccccaaactt---agcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttctatca 20000805  T
Q  195 attgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatttctcataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctc 294  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  20000804 attaaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacgtggtggttataaagcatgtctcataaatagctcatc--tcctcatcagtccctacctc 20000707  T
Q  295 tttcctagtctatccatagcattattatcagtgtatctacaagcataaatagattgagggataatagctttagacctactcctttgcgtgtcatctttaa 394  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20000706 tttcctagtctatccatatcattattatcagtgtatcgacaagcataaataaattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaa 20000607  T
Q  395 aattgatgccatggttcttgactgttgcttt 425  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  20000606 aattgatgccatggttcttgaatgttgcttt 20000576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Original strand, 21855420 - 21855539
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  21855420 caatgaaagtgatgattccacctaccattatatcacctttat-atccggttt-ctttttagcaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgt 21855517  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  21855518 taacatggtggttataaagcat 21855539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 444 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 20000360 - 20000290
Alignment:
Q  444 aatggtgtggaatttagtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 514  Q
    |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20000360 aatggtgtagaatttggtgtttgaatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 20000290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 137 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 17619302 - 17619191
Alignment:
Q  137 aaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaaca 236  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| ||||||||| |||| || || ||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  17619302 aaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccggttt-ctttctagcatttgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgttaaca 17619205  T
Q  237 tggtggttataaag 250  Q
    ||||||||||||||    
T  17619204 tggtggttataaag 17619191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 138 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 25735576 - 25735463
Alignment:
Q  138 aagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacat 237  Q
    |||||||||||||  |||||| ||||| ||| |||||||||||||| ||||  | |||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||     
T  25735576 aagtgatgattccccctaccactatatcacctttatcatccggttt-ctttcgagcaattgaaacaagataat-aagcgaataatagcaaatgttaacag 25735479  T
Q  238 ggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||    
T  25735478 ggtggttataaagcat 25735463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 444 - 514
Target Start/End: Original strand, 45562735 - 45562805
Alignment:
Q  444 aatggtgtggaatttagtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 514  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  45562735 aatggtgtagaatttggtgtttggatggatgaaagttggttttgattggtggttaatgtttggaatgatga 45562805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 444 - 514
Target Start/End: Original strand, 8225 - 8294
Alignment:
Q  444 aatggtgtggaatttagtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 514  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8225 aatggtgtagaatttggtgtttggatggatgaaagttg-ttttgattggtggttaatgtttggaatgatga 8294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Original strand, 20040717 - 20040836
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgt 231  Q
    |||| |||| |||||||||| |||||| ||||| ||| |||| |||| |||| |||| || ||||||||||| || ||| ||  || |||||||||||||    
T  20040717 caatgaaagggatgattccacctaccactatatcacctttat-atccagttt-ctttctagcaattgaaacaggaaaataaataaaataatagcaaatgt 20040814  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  20040815 taacatggtggttataaagcat 20040836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 207 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 22830390 - 22830344
Alignment:
Q  207 taatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||||    
T  22830390 taatcaagcaagtaaaagcaagtgttaacagggtggttattaagcat 22830344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 24)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 1 - 425
Target Start/End: Original strand, 16327278 - 16327707
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagta------taaaagtttagataatagttctcatctatcctc 94  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||| ||||||||||||      || ||||||||||||||||| || |||||||||    
T  16327278 tctccattcatattggtaattgtgagtagggtcatgggttataaggaaggacaaagtagtaagagtatataagtttagataatagttttcctctatcctc 16327377  T
Q  95 ttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatca 194  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16327378 ttgatcccttgattcacactcaccctaaacctcttagcaataaaagtgatgattccacctgccattatgtcacccttatcatccggttt-ctttttatca 16327476  T
Q  195 attgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatttctcataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctc 294  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16327477 attgaaacaagataatcaagcaaataatagcaaatgtttacatggtggttataaagcatgtctcataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctc 16327576  T
Q  295 tttcctagtctatccatagcattattatcagtgtatctacaagcataaatagattgagggataatagctttagacctactcctttgcgtgtcatctttaa 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16327577 tttcctagtctatccatagcattattatcagtgtatcgacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaa 16327676  T
Q  395 aattgatgccatggttcttgactgttgcttt 425  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  16327677 aattgatgccatggttcttcaatgttgcttt 16327707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 9 - 223
Target Start/End: Original strand, 540278 - 540492
Alignment:
Q  9 catattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagtataaaagtttagataatagttctcatctatcctcttgatcccttgatt 108  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  540278 catattggtaattgtgagtagggtcatgggttttaaggaatgacaaagtagtataaaagtttagataatagttctcatctatcctcttgatcccttgatt 540377  T
Q  109 catactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagata 208  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  540378 cacactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatccaccattatattacccttatcatccgattttctttctatcaattgaaacaagata 540477  T
Q  209 atcaagcaagtaata 223  Q
    |||||||||||||||    
T  540478 atcaagcaagtaata 540492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 189 - 424
Target Start/End: Original strand, 14223330 - 14223570
Alignment:
Q  189 ttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatttctcata-----aatagctcatcattcctcatca 283  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     |||||||||||| |||||||||    
T  14223330 ttatcaaatgaaacaagataatcaagcaaataatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatgtctcataacataaatagctcatcagtcctcatca 14223429  T
Q  284 gtccctacctctttcctagtctatccatagcattattatcagtgtatctacaagcataaatagattgagggataatagctttagacctactcctttgcgt 383  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| |    
T  14223430 ttccctacctctttcctagtctatccatagcattattatcagtgtatctacaagcataaatagattgagagataagaactttagacctactcctttgctt 14223529  T
Q  384 gtcatctttaaaattgatgccatggttcttgactgttgctt 424  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14223530 gtcatctttaaaattgatgccatggttcttgactattgctt 14223570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 163; E-Value: 9e-87
Query Start/End: Original strand, 132 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 12565567 - 12565271
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  12565567 caatgaaagtgatgattccacctaccattatatcacccttatcatctagttt-ctttttagcaattgaaacaagataatcaagcaaataatagcaaattt 12565469  T
Q  232 taacatggtggttataaagcatttctca-----taaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcctagtctatccatagcattattatcagt 326  Q
    ||| | | ||||||||||||||  | ||     |||| ||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  12565468 taataggatggttataaagcatagcccacaacataaacagctcatcaatcctcatcattcc-tacctctttcctagtttatccataacattattatcagt 12565370  T
Q  327 gtatctacaagcataaatagattgagggataatagctttagacctactcctttgcgtgtcatctttaaaattgatgccatggttcttgactgttgcttt 425  Q
    | |||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12565369 gcatctacaagcataaatagattgagagttaagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaattgatgtcatggttcttgactgttgcttt 12565271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 4e-86
Query Start/End: Original strand, 220 - 425
Target Start/End: Original strand, 541716 - 541921
Alignment:
Q  220 aatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatttctcataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcctagtctatccatagcattat 319  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  541716 aataacaaatgttaacatggtggttataaagcatgtctcataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcctagtctatccatagcattat 541815  T
Q  320 tatcagtgtatctacaagcataaatagattgagggataatagctttagacctactcctttgcgtgtcatctttaaaattgatgccatggttcttgactgt 419  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||| ||  |||    
T  541816 tatcagtgtatcgacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgtttgtcatctttaaaatggatgccatggttcgtggatgt 541915  T
Q  420 tgcttt 425  Q
    ||||||    
T  541916 tgcttt 541921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 2 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 9581604 - 9581317
Alignment:
Q  2 ctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagt------ataaaagtttagataatagttctcatctatcctct 95  Q
    |||||| ||||||| | ||||||||||  ||||||| || ||||||| |||||||||||      ||| |||||| ||||||| || |||||||||||||    
T  9581604 ctccattcatattgataattgtgagtatggtcatgggttctaaggaaagacaaagtagtgagagtatataagtttggataataattttcatctatcctct 9581505  T
Q  96 tgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaa 195  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  9581504 tgatcccttgattcacactcaccctaaacctcttagcaataaaagtgatgattccacctaccattatatcacccttatcatccgg-tttctttttattaa 9581406  T
Q  196 ttgaaacaagataatcaagc-aagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatttc-----tcataaatagctcatcattcct 278  Q
    |||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||      |||||||||||||||||||||    
T  9581405 ttgaaacaagataatcaagcaaaaaaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatgtccgacaacataaatagctcatcattcct 9581317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 2 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 9729456 - 9729169
Alignment:
Q  2 ctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagt------ataaaagtttagataatagttctcatctatcctct 95  Q
    |||||| ||||||| | ||||||||||  ||||||| || ||||||| |||||||||||      ||| |||||| ||||||| || |||||||||||||    
T  9729456 ctccattcatattgataattgtgagtatggtcatgggttctaaggaaagacaaagtagtgagagtatataagtttggataataattttcatctatcctct 9729357  T
Q  96 tgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaa 195  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  9729356 tgatcccttgattcacactcaccctaaacctcttagcaataaaagtgatgattccacctaccattatatcacccttatcatccgg-tttctttttattaa 9729258  T
Q  196 ttgaaacaagataatcaagc-aagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatttc-----tcataaatagctcatcattcct 278  Q
    |||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||      |||||||||||||||||||||    
T  9729257 ttgaaacaagataatcaagcaaaaaaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatgtccgacaacataaatagctcatcattcct 9729169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 132 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 5395714 - 5395419
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  5395714 caatgaaagtgatgattccacctaccattatatcactcttatcatctggttt-ctttttagtaattgaaacaagataatcaagcaaataatagcatatgt 5395616  T
Q  232 taacatggtggttataaagcatt-tct----cataaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcctagtctatccatagcattattatcagt 326  Q
    ||| | | |||||||||||||   ||     |||||| ||||||||  |||| |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  5395615 taataggatggttataaagcaaagtccacaacataaacagctcatcgatccttatcattcc-tacctctttcatagtctatccatagcattattatcagg 5395517  T
Q  327 gtatctacaagcataaatagattgagggataatagctttagacctactcctttgcgtgtcatctttaaaattgatgccatggttcttgactgttgcttt 425  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5395516 gtatctacaagcataaatagattgagtgataagagctttatacctactcctttgcttgtcat-ttgaaaattgatgccatggttcttgactattgcttt 5395419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 128; E-Value: 7e-66
Query Start/End: Original strand, 58 - 249
Target Start/End: Original strand, 8783663 - 8783853
Alignment:
Q  58 agtataaaagtttagataatagttctcatctatcctcttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctacc 157  Q
    |||||| |||| ||||||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||    
T  8783663 agtatataagtctagataatagttcccctctatccccttgatccattgattcacactcaccccaaacttcctagcaataaaggtgatgattccagctacc 8783762  T
Q  158 attatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaa 249  Q
    ||||||| ||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8783763 attatatcacccttatcatcc-gatttctttttagcaattgaaacaagataatcaagcaaataatagcaaatgttaacatggtggttataaa 8783853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 4311430 - 4311174
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagt------ataaaagtttagataatagttctcatctatcctc 94  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||| || |||| || |||||||||||      ||| |||| ||||||||||||| | |||||||||    
T  4311430 tctccattcatattggtaattgtgagtagggccatgggttctaagaaaggacaaagtagtgagagtatataagtctagataatagttcccctctatcctc 4311331  T
Q  95 ttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatca 194  Q
    |||||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||    
T  4311330 ttgatctcttgattcacactc-ccccaaacttcctagaaataaaggtgatgattccacctaccactatatcacccttatcatccggttta-tttttagca 4311233  T
Q  195 attgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4311232 attgaaataagataatcaagcaaataataacaaatgttaacatggtggttataaagcat 4311174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 166
Target Start/End: Original strand, 14223161 - 14223332
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagt------ataaaagtttagataatagttctcatctatcctc 94  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||      ||| |||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  14223161 tctccattcatattggtaattgtgagtagggtcatgggctttaaggaatgacaaagtagtgagagtatataagtttagataatagttctcctctttcctc 14223260  T
Q  95 ttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatatta 166  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14223261 ttgatcccttgattcacactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccacctaccattatatta 14223332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Original strand, 10449747 - 10449866
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||  | | | |||||||||| |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  10449747 caatgaaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat--ttctggtttctttttagcaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgt 10449844  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  10449845 taacatggtggttataaagcat 10449866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 444 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 13633695 - 13633625
Alignment:
Q  444 aatggtgtggaatttagtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 514  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13633695 aatggtgtagaatttggtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggttaatgtttggaatgatga 13633625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 444 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 13740375 - 13740305
Alignment:
Q  444 aatggtgtggaatttagtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 514  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13740375 aatggtgtagaatttggtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggttaatgtttggaatgatga 13740305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 13740985 - 13740866
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||| | || || ||| |||| || |||||| |||| || |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  13740985 caatgaaagtgatgattccacctacgactacatcacctttat-atacggttt-ctttctagcaattgaaacaagataataaagcaaataatagcaaatgt 13740888  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  13740887 taacatggtggttataaagcat 13740866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 448 - 514
Target Start/End: Original strand, 542131 - 542197
Alignment:
Q  448 gtgtggaatttagtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 514  Q
    |||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  542131 gtgtagaatttggtgtttgaatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 542197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 444 - 514
Target Start/End: Original strand, 14223772 - 14223842
Alignment:
Q  444 aatggtgtggaatttagtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 514  Q
    |||||||| |||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14223772 aatggtgtagaatttggtgtttaaatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 14223842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 460 - 514
Target Start/End: Original strand, 16327872 - 16327926
Alignment:
Q  460 gtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 514  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16327872 gtgtttgaatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 16327926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 460 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 4310669 - 4310615
Alignment:
Q  460 gtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  4310669 gtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtttatgtttggaatgatga 4310615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 182 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 23513586 - 23513515
Alignment:
Q  182 tttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcat 253  Q
    |||||| ||| ||||||||| | |||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23513586 tttcttcttagcaattgaaaaaggataataaatcaaataatagcaaatgttaacatggtggttataaagcat 23513515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 368 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 16403560 - 16403515
Alignment:
Q  368 acctactcctttgcgtgtcatctttaaaattgatgccatggttctt 413  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16403560 acctactcctttgcttgtcatctttaaaattgatgccatggttctt 16403515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 124 - 240
Target Start/End: Original strand, 4462353 - 4462468
Alignment:
Q  124 cttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaata 223  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||| |||||| ||| | ||  |||||||||| ||| ||| ||| |||   ||||||||||||||||||| |||||    
T  4462353 cttcctagcaataaaggtgatgataccacctaccactatgtcacttttatcatccgattt-cttgttagcaacaaaaacaagataatcaagcaaataata 4462451  T
Q  224 gcaaatgttaacatggt 240  Q
    |||| |||| |||||||    
T  4462452 gcaagtgttcacatggt 4462468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 333 - 425
Target Start/End: Original strand, 4462512 - 4462604
Alignment:
Q  333 acaagcataaatagattgagggataatagctttagacctactcctttgcgtgtcatctttaaaattgatgccatggttcttgactgttgcttt 425  Q
    ||||||| |||||| |  || ||||| || |||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||    
T  4462512 acaagcagaaatagttctagagataagagatttatacctattcttttgcttgtcatctttaaaattgatgccatggtttcggactgttgcttt 4462604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 463 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 12565053 - 12565002
Alignment:
Q  463 tttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 514  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||  ||||||||||||||||    
T  12565053 tttggatggatgaatcttggtttttattggtggttgatgtttggaatgatga 12565002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0035 (Bit Score: 265; Significance: 1e-147; HSPs: 2)
Name: scaffold0035
Description:

Target: scaffold0035; HSP #1
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 425
Target Start/End: Original strand, 52064 - 52498
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagta------taaaagtttagataatagttctcatctatcctc 94  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||| ||||||||||||      || ||||||||||||||||| || |||||||||    
T  52064 tctccattcatattggtaattgtgagtagggtcatgggttataaggaaggacaaagtagtaagagtatataagtttagataatagttttcctctatcctc 52163  T
Q  95 ttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatca 194  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  52164 ttgatcccttgattcacactcaccctaaacctcttagcaataaaagtgatgattccacctaccattatatcacccttataatctggttt-ctttttatca 52262  T
Q  195 attgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatttctcata-----aatagctcatcattcctcatcagtccct 289  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     |||||||||||| ||||||||| |||||    
T  52263 attgaaacaagaaaatcaagcaaataatagcaaatgttaacatggtggttataaagcatgtctcataacataaatagctcatcagtcctcatcattccct 52362  T
Q  290 acctctttcctagtctatccatagcattattatcagtgtatctacaagcataaatagattgagggataatagctttagacctactcctttgcgtgtcatc 389  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||  |||||||    
T  52363 acctatttcatagtctatccatagcattattatcagtgtatctacaagcataaatagattgagagataagatctttagacctactcctttgtttgtcatc 52462  T
Q  390 tttaaaattgatgccatggttcttgactgttgcttt 425  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  52463 tttaaaattgatgccatggttcttcactattgcttt 52498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0035; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 444 - 514
Target Start/End: Original strand, 52698 - 52768
Alignment:
Q  444 aatggtgtggaatttagtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 514  Q
    |||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  52698 aatggtttagaatttggtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatggttggaatgatga 52768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 126 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 25361932 - 25361628
Alignment:
Q  126 tcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagc 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  25361932 tcttagcaataaaagtgatgattccaccaaccattatattacccttatcatccggttttctttctatcaaatgaaacaagataatcaagcaaataatagc 25361833  T
Q  226 aaatgttaacatggtggttataaagcatttctcataa-----atagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcctagtctatccatagcattatt 320  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||     ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25361832 aaattttaacatggtggttataaagcatgtctcataacataaatagctcatcagtcctcatcattccctacctctttcctagtctatccatagcattatt 25361733  T
Q  321 atcagtgtatctacaagcataaatagattgagggataatagctttagacctactcctttgcgtgtcatctttaaaattgatgccatggttcttgactgtt 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  25361732 atcagtgtatctacaagcataaatagattgagagataagaactttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaattgatgccatggttcttgactatt 25361633  T
Q  421 gcttt 425  Q
    |||||    
T  25361632 gcttt 25361628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 444 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 25361413 - 25361343
Alignment:
Q  444 aatggtgtggaatttagtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 514  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25361413 aatggtgtagaatttggtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 25361343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 86 - 217
Target Start/End: Original strand, 25339708 - 25339838
Alignment:
Q  86 tctatcctcttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttc 185  Q
    |||||||| |||||||||| | ||| ||| || ||||||||| ||||||| || |||||||| ||| ||||||| |||| ||| |||||||| ||||| |    
T  25339708 tctatcctattgatccctttactcacacttactccaaacttcctagcaatgaaggtgatgataccacctaccatcatatcacctttatcatctggttt-c 25339806  T
Q  186 tttttatcaattgaaacaagataatcaagcaa 217  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  25339807 tttttagcaattgaagcaagataatcaagcaa 25339838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 444 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 44998293 - 44998223
Alignment:
Q  444 aatggtgtggaatttagtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 514  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  44998293 aatggtgtagaatttggtgtttggatggatgaaagttggttttgattggtggttaatgtttgaaatgatga 44998223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 468 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 26922074 - 26922028
Alignment:
Q  468 atggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26922074 atggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 26922028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 89 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 24500939 - 24500778
Alignment:
Q  89 atcctcttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttcttt 188  Q
    ||||| ||||||||||  |||||| | ||| |||| ||  || |||| ||||||||||||||| ||| || || || ||| |||| ||||||||| ||||    
T  24500939 atcctattgatccctttgttcatatttacctcaaattttctaacaatgaaagtgatgattccacctaacactacatcaccgttat-atccggttt-cttt 24500842  T
Q  189 ttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcat 253  Q
     || |||| ||||||||||||| |||| | |||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  24500841 ctagcaatagaaacaagataat-aagcgaataatagcaaatgttaatagggtggttataaagcat 24500778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 159; Significance: 2e-84; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 132 - 425
Target Start/End: Original strand, 18487716 - 18488010
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgt 231  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18487716 caatgaaagtgatgattccatctaccattatatcacccttatcatctagttt-ctttttagcaattgaaacaagataatcaagcaaataatagcaaatgt 18487814  T
Q  232 taacatggtggttataaagcatttctca-----taaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcctagtctatccatagcattattatcagt 326  Q
    ||| | | ||||||||||||||  | ||     |||| ||||||||  ||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  18487815 taataggatggttataaagcatagcccacaacataaacagctcatcgatcctcatcattcc-tacatctttc-tagtctatccataacattattatcagt 18487912  T
Q  327 gtatctacaagcataaatagattgagggataatagctttagacctactcctttgcgtgtcatctttaaaattgatgccatggttcttgactgttgcttt 425  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  18487913 g-atctacaagcataaatagattgagagataagagctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaattgatgccatggttcttgattgttgcttt 18488010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 2 - 253
Target Start/End: Original strand, 23712219 - 23712475
Alignment:
Q  2 ctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagt------ataaaagtttagataatagttctcatctatcctct 95  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||| || ||||||| |||||||||||      ||| |||||| ||||||| || |||||||||||||    
T  23712219 ctccattcatattggtaattgtgagtatggtcatgggttctaaggaaagacaaagtagtgagagtatataagtttggataataattttcatctatcctct 23712318  T
Q  96 tgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaa 195  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  23712319 tgatcccttgattcacactcaccctaaacctcttagcaacaaaagtgatgattccacctaccattatatcacccttatcatccgg-tttctttttattaa 23712417  T
Q  196 ttgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23712418 ttgaaacaagataatcaagcaaaaaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcat 23712475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Original strand, 20446492 - 20446611
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  20446492 caatgaaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccggttt-ctttctagcaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgt 20446589  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  20446590 taacatggtggttataaagcat 20446611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 137 - 250
Target Start/End: Original strand, 23602290 - 23602401
Alignment:
Q  137 aaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaaca 236  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  23602290 aaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccggttt-ctttctagcaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgttaaca 23602387  T
Q  237 tggtggttataaag 250  Q
    ||||||||||||||    
T  23602388 tggtggttataaag 23602401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 24218401 - 24218282
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| ||||||||| |||| ||   |||||||||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  24218401 caatgaaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccggttt-ctttctaatgattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgt 24218304  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  24218303 taacatggtggttataaagcat 24218282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 137 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 24939097 - 24938986
Alignment:
Q  137 aaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgttaaca 236  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| | | |||| |||||| ||| ||| || |||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  24939097 aaagtgatgattccacctaccactatatcatctttat-atccgggttt-tttctagcaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgttaaca 24939000  T
Q  237 tggtggttataaag 250  Q
    ||||||||||||||    
T  24938999 tggtggttataaag 24938986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Original strand, 21282557 - 21282676
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgt 231  Q
    |||| ||| |||||||||||  ||||| ||||| ||| |||| ||| ||||| |||| || |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  21282557 caatgaaaatgatgattccacttaccactatatcacctttat-atctggttt-ctttctaccaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgt 21282654  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    |||||||| |||||||||||||    
T  21282655 taacatgggggttataaagcat 21282676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 206 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 22946920 - 22946873
Alignment:
Q  206 ataatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcat 253  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||||||    
T  22946920 ataatcaagcaagtaatagcaagtgttcacagggtggttattaagcat 22946873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 155; Significance: 6e-82; HSPs: 1)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 6e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 29464 - 29271
Alignment:
Q  1 tctccatgcatattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagt------ataaaagtttagataatagttctcatctatcctc 94  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29464 tctccattcatattggtaattgtgagtagggtcatgggttttaaggaatgacaaagtagtgagagtataaaagtttagataatagttctcatctatcctc 29365  T
Q  95 ttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttcttt 188  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29364 ttgatcccttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttcttt 29271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0566 (Bit Score: 151; Significance: 1e-79; HSPs: 2)
Name: scaffold0566
Description:

Target: scaffold0566; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 132 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 1173 - 877
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  1173 caatgaaagtgatgattccacctaccattatatcacccttatcatctagttt-ctttttagcaattgaaacaagataatcaagcaaataatagaaaatgt 1075  T
Q  232 taacatggtggttataaagcatttctcataa-----atagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcctagtctatccatagcattattatcagt 326  Q
    ||| | | ||||||||||||||  | |||||     | ||||||||  ||||||||| ||  |||||||||  |||| |||||||||||||||||||||     
T  1074 taataggatggttataaagcatagcccataacataaacagctcatcgatcctcatcattct-tacctcttttgtagtatatccatagcattattatcagg 976  T
Q  327 gtatctacaagcataaatagattgagggataatagctttagacctactcctttgcgtgtcatctttaaaattgatgccatggttcttgactgttgcttt 425  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  975 gtatctacaagcataaatagattgagagataagatctttagacctactcctttgcttgtcatctttaaaattgatgtcatggttcttgactgttgcttt 877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0566; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 444 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 654 - 584
Alignment:
Q  444 aatggtgtggaatttagtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 514  Q
    ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  654 aatggtgtaaaatttggtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0222 (Bit Score: 147; Significance: 3e-77; HSPs: 2)
Name: scaffold0222
Description:

Target: scaffold0222; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 132 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 18393 - 18097
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18393 caatgaaagtgatgattccacctaccattatataacccttatcatctagttt-ctttttagcaattgaaacaagataatcaagcaaataatagcaaatgt 18295  T
Q  232 taacatggtggttataaagcatttctca-----taaatagctcatcattcctcatcagtccctacctctttcctagtctatccatagcattattatcagt 326  Q
    ||| | | ||||||||||||||  | ||     |||| ||||||||  ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  18294 taataggatggttataaagcatagcccacaacataaacagctcatcgatcctcatcattcc-tacctctttcctagtctatccatagcattatcatcagg 18196  T
Q  327 gtatctacaagcataaatagattgagggataatagctttagacctactcctttgcgtgtcatctttaaaattgatgccatggttcttgactgttgcttt 425  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  18195 gtatctacaagcataaatagatttagagataagagatttatacatactcctttgcttgtcatatttaaaattgatgtcatggttcttgattgttgcttt 18097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0222; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 444 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 17893 - 17823
Alignment:
Q  444 aatggtgtggaatttagtgtttggatggatgaatgttggttttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 514  Q
    ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17893 aatggtgtacaatttggtgtttggatggatgaatgttgattttgattggtggtaaatgtttggaatgatga 17823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0485 (Bit Score: 108; Significance: 6e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold0485
Description:

Target: scaffold0485; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 9 - 217
Target Start/End: Original strand, 11424 - 11637
Alignment:
Q  9 catattggttattgtgagtagagtcatggtttttaaggaatgacaaagtagt------ataaaagtttagataatagttctcatctatcctcttgatccc 102  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||||||| || ||||||| |||||||||||      ||| |||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  11424 catattggtaattgtgagtatggtcatgggttctaaggaaggacaaagtagtgagattatataagtctagataatagttcccctctatcctcttgatccc 11523  T
Q  103 ttgattcatactcaccccaaacttcttagcaataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaac 202  Q
    |||||||| |||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  11524 ttgattcacactcaccccaaactttctagcaataaaggtgatgattccacctaccattacatcactcttatcatccgg-tttctttttagcaattgaaac 11622  T
Q  203 aagataatcaagcaa 217  Q
    |||||||||||||||    
T  11623 aagataatcaagcaa 11637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0113 (Bit Score: 62; Significance: 2e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0113
Description:

Target: scaffold0113; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 133 - 250
Target Start/End: Original strand, 38288 - 38403
Alignment:
Q  133 aataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgtt 232  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||| | | |||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||    
T  38288 aataaaagtgatgattccacctaccactatatcatctttat-atccggttt-ctttctagcaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgtt 38385  T
Q  233 aacatggtggttataaag 250  Q
    ||||||||||||||||||    
T  38386 aacatggtggttataaag 38403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0026 (Bit Score: 62; Significance: 2e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0026
Description:

Target: scaffold0026; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 16935 - 16816
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgt 231  Q
    |||| |||||||||||||||  ||||| ||||| ||| |||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  16935 caatgaaagtgatgattccacttaccactatatcacctttat-atccggttt-ctttctaccaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgt 16838  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  16837 taacatggtggttataaagcat 16816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0220
Description:

Target: scaffold0220; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 132 - 245
Target Start/End: Original strand, 11959 - 12070
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgt 231  Q
    |||| |||||||||||||||  ||||| ||||| ||| |||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  11959 caatgaaagtgatgattccacttaccactatatcacctttat-atccggttt-ctttctagcaattgaaacaagataataaatcaaataatagcaaatgt 12056  T
Q  232 taacatggtggtta 245  Q
    || |||||||||||    
T  12057 taccatggtggtta 12070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 2)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Original strand, 8979 - 9098
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| ||||| ||| |||| || | |||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||    
T  8979 caatgaaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccgattt-ctttctagcgattgaaacaagataataaatcaaataatagcgaatgt 9076  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  9077 taacatggtgtttataaagcat 9098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Original strand, 13088 - 13207
Alignment:
Q  132 caataaaagtgatgattccatctaccattatattacccttatcatccggttttctttttatcaattgaaacaagataatcaagcaagtaatagcaaatgt 231  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| ||||| ||| |||| || | |||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||    
T  13088 caatgaaagtgatgattccacctaccactatatcacctttat-atccgattt-ctttctagcgattgaaacaagataataaatcaaataatagcgaatgt 13185  T
Q  232 taacatggtggttataaagcat 253  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  13186 taacatggtgtttataaagcat 13207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0402 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0402
Description:

Target: scaffold0402; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 207 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 6374 - 6328
Alignment:
Q  207 taatcaagcaagtaatagcaaatgttaacatggtggttataaagcat 253  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  6374 taatcaagcaagtaaaagcaaatgttaacggggtggttattaagcat 6328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1098 times since January 2019
Visitors: 6709