View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0896_high_12 (Length: 358)

Name: NF0896_high_12
Description: NF0896
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0896_high_12
NF0896_high_12
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (1-346)||(36222285-36222635)
chr7 (25-355)||(11279401-11279736)
chr7 (33-346)||(46846320-46846639)
chr7 (24-346)||(23759608-23759936)
chr7 (25-346)||(33312913-33313239)
chr7 (25-342)||(294787-295106)
chr7 (152-335)||(23107917-23108106)
chr7 (25-346)||(6967066-6967393)
chr7 (25-346)||(17866353-17866680)
chr7 (223-346)||(17863298-17863421)
chr7 (117-346)||(24783327-24783560)
chr7 (25-346)||(3861907-3862225)
chr7 (223-346)||(36843141-36843264)
chr7 (147-346)||(23313382-23313587)
chr7 (223-308)||(9765758-9765843)
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (33-342)||(33575011-33575326)
chr5 (25-346)||(15532200-15532528)
chr5 (30-346)||(15542387-15542710)
chr5 (122-346)||(26712439-26712669)
chr5 (122-346)||(26982177-26982407)
chr5 (108-346)||(34405767-34406009)
chr5 (33-347)||(14616437-14616756)
chr5 (25-346)||(22159663-22159992)
chr5 (30-285)||(11988867-11989133)
chr5 (117-346)||(7650035-7650268)
chr5 (25-128)||(26711464-26711567)
chr5 (25-128)||(26981201-26981304)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (24-346)||(22626311-22626638)
chr3 (25-346)||(11138570-11138896)
chr3 (25-346)||(39563510-39563837)
chr3 (223-346)||(13979405-13979528)
chr3 (228-345)||(46731414-46731531)
chr3 (64-169)||(20536376-20536479)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (25-346)||(12171901-12172218)
chr4 (25-346)||(2541803-2542128)
chr4 (108-346)||(647288-647530)
chr4 (122-346)||(650574-650802)
chr4 (224-346)||(26062898-26063020)
chr4 (226-346)||(26060506-26060626)
chr4 (226-276)||(11649440-11649490)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (35-346)||(31626468-31626784)
chr2 (25-346)||(31528307-31528635)
chr2 (124-346)||(16294817-16295044)
chr2 (25-344)||(13709991-13710315)
chr2 (24-346)||(40017895-40018225)
chr2 (23-346)||(23673343-23673671)
chr2 (25-346)||(36326845-36327171)
chr2 (223-346)||(32575890-32576013)
chr2 (229-291)||(8427199-8427260)
[»] chr6 (19 HSPs)
chr6 (25-346)||(13017189-13017517)
chr6 (33-346)||(22221642-22221959)
chr6 (33-346)||(22247477-22247794)
chr6 (136-346)||(30978322-30978539)
chr6 (25-346)||(14790537-14790864)
chr6 (25-346)||(14795565-14795892)
chr6 (223-346)||(20527367-20527490)
chr6 (149-346)||(15534975-15535177)
chr6 (151-346)||(16883594-16883795)
chr6 (223-342)||(32704458-32704577)
chr6 (224-346)||(19664870-19664991)
chr6 (223-346)||(1838393-1838515)
chr6 (225-346)||(7769594-7769715)
chr6 (238-346)||(12980711-12980818)
chr6 (223-290)||(27649077-27649144)
chr6 (238-345)||(12983598-12983704)
chr6 (151-217)||(11183962-11184028)
chr6 (151-197)||(15540643-15540689)
chr6 (241-285)||(32427281-32427325)
[»] scaffold0440 (1 HSPs)
scaffold0440 (33-346)||(9781-10101)
[»] scaffold0264 (1 HSPs)
scaffold0264 (33-346)||(24193-24510)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (31-340)||(12575306-12575620)
chr8 (147-346)||(41778864-41779068)
chr8 (149-285)||(14418445-14418585)
chr8 (223-346)||(13096940-13097062)
chr8 (225-315)||(44008245-44008335)
chr8 (226-276)||(41836429-41836479)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (147-345)||(34066264-34066468)
chr1 (25-346)||(13493181-13493508)
chr1 (23-346)||(10764838-10765167)
chr1 (223-346)||(39546161-39546284)
chr1 (30-342)||(1936549-1936869)
chr1 (33-346)||(13495906-13496224)
chr1 (227-346)||(32506062-32506181)
chr1 (223-346)||(27282311-27282434)
chr1 (146-317)||(16190299-16190475)
chr1 (225-346)||(21153174-21153295)
chr1 (238-346)||(22456711-22456818)
chr1 (238-338)||(49147825-49147924)
chr1 (148-217)||(8435289-8435358)
chr1 (225-346)||(15297251-15297371)
chr1 (305-346)||(22453421-22453462)
chr1 (153-212)||(23990262-23990322)
[»] scaffold0063 (1 HSPs)
scaffold0063 (226-343)||(7199-7316)
[»] scaffold0352 (1 HSPs)
scaffold0352 (223-346)||(2807-2930)
[»] scaffold0500 (1 HSPs)
scaffold0500 (226-346)||(2610-2732)
[»] scaffold0567 (1 HSPs)
scaffold0567 (223-342)||(6014-6133)
[»] scaffold0363 (1 HSPs)
scaffold0363 (149-285)||(133-273)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Original strand, 36222285 - 36222635
Alignment:
Q  1 atattgcaatagaatatattcgtgtgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaattcgtttctacgaggattgtatttaaatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||    
T  36222285 atattgcaatagaatatattcgtgtgatggatatttggcaaatgaaccaaattcaattgaagtaataaaaattcgttaccacgaggattgtatttaattt 36222384  T
Q  101 ctacgtagcaattttattattaaaaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaaga 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36222385 ctacgtagcaatttcattattaaaaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttctaacataaactgattaaaaacaaaga 36222484  T
Q  201 aagattggtttttagaagattg-----agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgatta 295  Q
    ||||||||||||||||||||||     |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36222485 aagattggtttttagaagattgagagaagtatggttaagtccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaattttcactcctagttcaatcaatgatta 36222584  T
Q  296 tttaatttcacgacagattaacttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    |||| |||||| ||| ||||||||||||||| || | ||||||||||||||    
T  36222585 tttagtttcactacaaattaacttagtaattttacctaatctcttgaccta 36222635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 25 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 11279736 - 11279401
Alignment:
Q  25 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaa 124  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||| | ||||||| |||||| ||||||||| |||||||||    
T  11279736 tgatgaatatttggcaagtgaaccaaattcaatcgaagtaataaaaatttgtttccacaaggactatatttaatttctacttagcaatttcattattaaa 11279637  T
Q  125 aaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg-- 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||      
T  11279636 aaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacgaataaagattggtttttagaagattgag 11279537  T
Q  223 ---agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaactt 319  Q
       |||||||||||||| |||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11279536 agaagtatggttaagtccttcgaatctttcgaagttctcctctggtaatttgcactcctagttcaataaatgattatttagtttcacgacagattaactt 11279437  T
Q  320 agtaattctatccaatctcttgacctatgatactcc 355  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||    
T  11279436 agtaattctacccaatctcttgacctaggattctcc 11279401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 33 - 346
Target Start/End: Original strand, 46846320 - 46846639
Alignment:
Q  33 atttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaaaaggatgt 132  Q
    |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  46846320 atttggcaagtgaatcagattcaatcgaagtaataaaaatatgtttccacgaggactgtatttaatttctacttagcaatttcattattaaaaaggatgt 46846419  T
Q  133 ataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactga-ttaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg-----agta 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||  ||||||||| | ||||||||  |||||||||||||||||| ||||     ||||    
T  46846420 ataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgaattcttattataaactgactaaaaaacaataaaagattggtttttagaaaattgagagaagta 46846519  T
Q  227 tggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaatt 326  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||    
T  46846520 tggttaagtccttcgaatcctccgaagttcttctatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttagtttcacgacagattaacctaataatt 46846619  T
Q  327 ctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||| ||||||||||||||||    
T  46846620 ctacccaatctcttgaccta 46846639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 24 - 346
Target Start/End: Original strand, 23759608 - 23759936
Alignment:
Q  24 gtgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa-ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattatta 122  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| || ||| |||    
T  23759608 gtgatagatatttggcaagtgaaccaaattcaatcgaagtaataaaaagttcgtttctacgaggactgtatttaacttctacttagcaaattcatt-tta 23759706  T
Q  123 aaaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggttttt-agaagatt 221  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||| |||| ||     
T  23759707 aaaaggatgtataaa-tttatattggtgccctaggcagttgagttgatttagtaacataaactgattaaaaacaataaagaattggtttttaagaaaatc 23759805  T
Q  222 g-----agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcct-agttcaatcaatgattatttaatttcacgacagatta 315  Q
    |     |||||||||||||| |||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  23759806 gagagaagtatggttaagtccttcgaatcctccaaagctctcctatggtaatttgcactcctaaatacgatcaatgattatttagtttcacgacggatta 23759905  T
Q  316 acttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  23759906 acttagtaattctacccaatctcttgcccta 23759936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 25 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 33313239 - 33312913
Alignment:
Q  25 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaa 124  Q
    |||| ||||||||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||| ||||||||| |||||||||    
T  33313239 tgatagatatttgagaagtgaaacaaattcaatcgaagtaataaaaattcgtttctacgaggactgtatt-aacttctacttagcaatttcattattaaa 33313141  T
Q  125 aaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactg-attaaaaacaaagaaagattggtttttagaagat-tg 222  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||  || |||||| |||||||| || ||    
T  33313140 aaggatgtgtaaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaacggaattaaaaataataaaggattgg-ttttagaaaatctg 33313042  T
Q  223 ag-----tatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaac 317  Q
    ||      ||||||||||| |||||||| || |||| |||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||    
T  33313041 agagaaaaatggttaagtccttcgaatcctctgaagctctcctatggtaatttgctttcctaattcaatcaatgattatttagtttcacgacgaattaac 33312942  T
Q  318 ttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  33312941 ttagtaattctacccaatcttttgaccta 33312913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 25 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 295106 - 294787
Alignment:
Q  25 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa-ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaa 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || || || ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||    
T  295106 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatcgaagtaataaaaaatttgtgtccacgaggactgtatttaacttctacttagcaatttcattattaa 295007  T
Q  124 aaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattga 223  Q
    ||||||||||  |||||||||||| ||||| |||||||  ||||| ||||||||||||| ||| |||||| |||| || |||||||||| |||| |||||    
T  295006 aaaggatgtaataaatttatattgatgcccgaggcagt--agttg-ttttgtaacataagctggttaaaagcaaataaggattggtttt-agaaaattga 294911  T
Q  224 g-----tatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaact 318  Q
    |     |||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||  |||||||||||||     
T  294910 gagaagtatggttaagtctttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctaatgcaatcaatgattatctaattcaacgacagattaaca 294811  T
Q  319 tagtaattctatccaatctcttga 342  Q
     ||||||| || ||||||||||||    
T  294810 aagtaattatacccaatctcttga 294787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 152 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 23108106 - 23107917
Alignment:
Q  152 cctaggcagttgagttgat-tttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagatt---gagta---tggttaagtcattcgaat 244  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||| |||| |||   ||| |   |||||||| | |||||||    
T  23108106 cctagacagttgagttgatgtttgtaacataaacgaattaaaaacaataaaagattggtttt-agaaaattagagagaaatgtggttaagaccttcgaat 23108008  T
Q  245 cttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattctatccaat 335  Q
    | ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||| |||||    
T  23108007 catccgaagctctcctatggtaatttgcactcctagttcaaacaatgattatttagtttcacaacagattaacttagtaactctacccaat 23107917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 25 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 6967393 - 6967066
Alignment:
Q  25 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa--ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattatta 122  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||  | ||| ||||| ||| ||  ||||| || |||||||  ||  |||| ||||||   |||||||  |||| |    
T  6967393 tgatagatatttggcaagtgtaccaaaagctatcgaagtagtaataaagttcgtatccacgaggaccgttgttaatttctactcggcaatttctttatca 6967294  T
Q  123 aaaaggatgtataaaatttatattggt-gccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagatt 221  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |   |||||||  |||| |||||||| |||| |||    
T  6967293 aaaaggatgtataaa-tttatattgattgccctaggcagttgagttg-ttttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaag-ttggttttcagaatatt 6967197  T
Q  222 g------agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagatta 315  Q
           |||||||||||| | |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||| |||| ||||||    
T  6967196 agagagaagtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaacgatagatta 6967097  T
Q  316 acttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||  |||||||||| |||||||||| |||||    
T  6967096 acaaagtaattctacccaatctcttaaccta 6967066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 25 - 346
Target Start/End: Original strand, 17866353 - 17866680
Alignment:
Q  25 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa--ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattatta 122  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||  | ||| ||||| ||| ||  ||||| || |||||||  ||  |||| ||||||   |||||||  |||| |    
T  17866353 tgatagatatttggcaagtgtaccaaaagctatcgaagtagtaataaagttcgtatccacgaggaccgttgttaatttctactcggcaatttctttatca 17866452  T
Q  123 aaaaggatgtataaaatttatattggt-gccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagatt 221  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||| || |||||||||||||||  |   |||||||  |||| |||||||| |||| |||    
T  17866453 aaaaggatgtataaa-tttatattgattgccctaggcagttgagctg-ttttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaag-ttggttttcagaatatt 17866549  T
Q  222 g------agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagatta 315  Q
           ||||||||| || | |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||| |||||||||||    
T  17866550 agagagaagtatggtttagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaacgacagatta 17866649  T
Q  316 acttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||  |||||||||| ||||||||||||||||    
T  17866650 acaaagtaattctacccaatctcttgaccta 17866680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 223 - 346
Target Start/End: Original strand, 17863298 - 17863421
Alignment:
Q  223 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagt 322  Q
    |||||||||||| | |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||| |||||||||||||  |||    
T  17863298 agtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagt 17863397  T
Q  323 aattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||||||| ||||||||||||||||    
T  17863398 aattctacccaatctcttgaccta 17863421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 117 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 24783560 - 24783327
Alignment:
Q  117 ttattaaaaaggatgtataaaatttatattggt-gccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttag 215  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||| | | || |||||||||||||| |||||||||||||||| |   |||||||  |||| |||||||| ||    
T  24783560 ttatcaaaaaggatgtataaa-tttatattgattgtccaaggcagttgagttg-ttttgtaacataaacttaaataaaacaataaaag-ttggttttaag 24783464  T
Q  216 aagattg------agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgac 309  Q
    || |||       |||||||||||| | || ||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| || ||| ||||     
T  24783463 aatattagagagaagtatggttaagacctttgaatcctccgaagttctcatatggtaattttcattcctaattcaatcaatgattatctagtttaacgag 24783364  T
Q  310 agattaacttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||||||||  ||||||| || ||||||||||||||||    
T  24783363 agattaacaaagtaattatacccaatctcttgaccta 24783327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 25 - 346
Target Start/End: Original strand, 3861907 - 3862225
Alignment:
Q  25 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaa-aattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaa 123  Q
    |||| ||||||||||||||| || | | |||||| |||||||||| |||| || || |||||||||||  |||| |||||| ||||||||| ||||||||    
T  3861907 tgatagatatttggcaagtgtactagagtcaatcgaagtaataaataatttgtatccacgaggattgttattaacttctacttagcaatttcattattaa 3862006  T
Q  124 aaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgatttt--gtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagatt 221  Q
    || |||||||| ||||| |   || |||||||||||||| | ||||||||  ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| || |||    
T  3862007 aa-ggatgtattaaattcaa--tgatgccctaggcagttcaattgattttttgtaacataaactgattaaaaacaataaaagattgg-ttttataaaatt 3862102  T
Q  222 ------gagtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagatta 315  Q
           |||||| ||||| | |||||||| | |||||||||| ||        |||||||||| |||||  ||||||||| || ||  |||||||||||    
T  3862103 agagagaagtatgattaagaccttcgaatccttcgaagttctccta--------tgcactcctaattcaagaaatgattatctagttcaacgacagatta 3862194  T
Q  316 acttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||  |||||||||| ||||||||||||||||    
T  3862195 acaaagtaattctacccaatctcttgaccta 3862225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 223 - 346
Target Start/End: Original strand, 36843141 - 36843264
Alignment:
Q  223 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagt 322  Q
    |||||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| || ||  |||||||||||||  | |    
T  36843141 agtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaattcgcactcctacttcaatcaatgattatctagttcaacgacagattaacaaatt 36843240  T
Q  323 aattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    || |||| ||||||||||||||||    
T  36843241 aactctacccaatctcttgaccta 36843264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 147 - 346
Target Start/End: Original strand, 23313382 - 23313587
Alignment:
Q  147 ggtgccctaggcagttgagttgatttt-gtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg------agtatggttaagtcatt 239  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||  ||||| ||||||| |||| |||       |||||||||||| | ||    
T  23313382 ggtgccctaggtagttgaattgatttttgtaacataaacgaattaaaaacaataaaagaatggtttt-agaaaattagagagaagtatggttaagacctt 23313480  T
Q  240 cgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattctatccaatctct 339  Q
     ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| ||  ||||| ||| ||||||   |||| |||| |||||||||    
T  23313481 tgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactactaattcaaacaatgattatctaggttcacaacatattaacactgtaactctacccaatctct 23313580  T
Q  340 tgaccta 346  Q
    || ||||    
T  23313581 tggccta 23313587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 223 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 9765843 - 9765758
Alignment:
Q  223 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacga 308  Q
    |||||||||||| | |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||||||    
T  9765843 agtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttcacga 9765758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 33 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 33575326 - 33575011
Alignment:
Q  33 atttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa-ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaaaaggatg 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  33575326 atttggcaagtgaaccaaattcaatcgaagtaataaaaaattcgttttcacgaggactgtatttaacttctatttagcaattttattattaaaaaggatg 33575227  T
Q  132 tataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg-----agta 226  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||| ||||     ||||    
T  33575226 tataaa-tttatattggtgccctaggcagttgagttgatttagtaacataaactgattaaaaacaataaagaattggtttttagaaaattgagagaagta 33575128  T
Q  227 tggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagtt-caatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaat 325  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  33575127 tggttaagtccttcgaatcctccgaagctctcctatggtaatttgcactcctaattacaatcaatgattatttagtttcacgacggattaacttagtaat 33575028  T
Q  326 tctatccaatctcttga 342  Q
    |||| ||||||||||||    
T  33575027 tctacccaatctcttga 33575011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 25 - 346
Target Start/End: Original strand, 15532200 - 15532528
Alignment:
Q  25 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa-ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaa 123  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||    
T  15532200 tgatagatatttggcatgtgaaccaaattcgatcgaagtaataaaaaattcgtttccacgaggactgtatttaacttctacttagcaatttcattattaa 15532299  T
Q  124 aaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggttttt-agaagattg 222  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||| |||| ||||    
T  15532300 aaaggatgtataaa-tttatattggtgccctaggcagttgagttgatttagtaacataaactgattaaaaacaataaagaattggtttttaagaaaattg 15532398  T
Q  223 -----agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcct-agttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaa 316  Q
         |||||||||||||| |||||||| ||  ||| |||| | ||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15532399 agagaagtatggttaagtccttcgaatcctctaaagctctcctgtggtaatttgcactcctaaatacgatcaatgattatttagtttcacgacagattaa 15532498  T
Q  317 cttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15532499 cttagtaattctacccaatctcttgaccta 15532528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 30 - 346
Target Start/End: Original strand, 15542387 - 15542710
Alignment:
Q  30 gatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa-ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaaaagg 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||| || |||||| |||||||||||||    
T  15542387 gatatttggcaagtgaaccaaattcgatcgaagtaataaaaaattcgtttccacgaggactgtatttaacttctacttaacaatttcattattaaaaagg 15542486  T
Q  129 atgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggttttt-agaagattg----- 222  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||| |||| ||||         
T  15542487 atgtataaa-tttatattggtgccctaggcagttgagttgatttagtaacataaactgattaaaaacaataaagaattggtttttaagaaaattgagaga 15542585  T
Q  223 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcct-agttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttag 321  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||  ||| |||| | ||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15542586 agtatggttaagtccttcgaatcctctaaagctctcctgtggtaatttgcactcctaaatacgatcaatgattatttagtttcacgacagattaacttag 15542685  T
Q  322 taattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    |||||||| ||||||||||||||||    
T  15542686 taattctacccaatctcttgaccta 15542710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 122 - 346
Target Start/End: Original strand, 26712439 - 26712669
Alignment:
Q  122 aaaaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactga-ttaaaaacaaagaaagattggtttttagaagat 220  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| |   ||||||||||||| |||| ||    
T  26712439 aaaaaggatgtgtaaaatttatattagtgccctagacagttgagttgattttgtaacataaacaaaattaaaaatagtaaaagattggtttt-agaaaat 26712537  T
Q  221 -tgagt-----atggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagatt 314  Q
     ||||      ||||||||||| |||||||| ||||| | |||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26712538 ctgagagaagaatggttaagtctttcgaatcctccgacgctctcctatgataatttgcactcctaattcaatcaatgattatttagtttcacgacagatt 26712637  T
Q  315 aacttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26712638 aacttagtaattctacccaatctcttgaccta 26712669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 122 - 346
Target Start/End: Original strand, 26982177 - 26982407
Alignment:
Q  122 aaaaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactga-ttaaaaacaaagaaagattggtttttagaagat 220  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| |   ||||||||||||| |||| ||    
T  26982177 aaaaaggatgtgtaaaatttatattagtgccctagacagttgagttgattttgtaacataaacaaaattaaaaatagtaaaagattggtttt-agaaaat 26982275  T
Q  221 -tgagt-----atggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagatt 314  Q
     ||||      ||||||||||| |||||||| ||||| | |||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26982276 ctgagagaagaatggttaagtctttcgaatcctccgacgctctcctatgataatttgcactcctaattcaatcaatgattatttagtttcacgacagatt 26982375  T
Q  315 aacttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26982376 aacttagtaattctacccaatctcttgaccta 26982407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 108 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 34406009 - 34405767
Alignment:
Q  108 gcaattttattattaaaaaggatgtataaaatttatattggt-gccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagatt 206  Q
    |||||||  |||| |||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| || ||||||||||||  |   |||||||  |||| ||    
T  34406009 gcaatttctttatcaaaaaggatgtataaa-tttatattgattgccctaggcagttgagttg-ttgtgtaacataaacgtaaataaaacaataaaag-tt 34405913  T
Q  207 ggtttttagaagattg------agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaa 300  Q
    |||||| |||| |||       |||||||||||| | ||| |||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||     
T  34405912 ggttttcagaatattagagagaagtatggttaagaccttcaaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctag 34405813  T
Q  301 tttcacgacagattaacttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||| |||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||    
T  34405812 tttaacgacagattaacaaagtaattctacccaatctcttgaccta 34405767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 33 - 347
Target Start/End: Original strand, 14616437 - 14616756
Alignment:
Q  33 atttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaa--aattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaaaaggat 130  Q
    |||||||||||||||||||  | ||| ||||||||||  ||||||| || |||||||  ||  |||| ||||||   |||||||  |||| |||||||||    
T  14616437 atttggcaagtgaaccaaaa-ctatcgaagtaataaataaattcgtatccacgaggaccgttgttaatttctactcggcaatttctttatcaaaaaggat 14616535  T
Q  131 gtataaaatttatattggtg-ccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg------a 223  Q
    |||| || ||||||||| |  ||||||| |||||||||| |||||||||||||||  |   |||||||  |||| ||| |||| |||| |||       |    
T  14616536 gtatgaa-tttatattgattaccctaggaagttgagttg-ttttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaag-ttgattttaagaatattagagagaa 14616632  T
Q  224 gtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagta 323  Q
    ||||||||||| | || ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || ||| |||||||||||||  ||||    
T  14616633 gtatggttaagacctttgaatcctccgaagttctcctatggtaattttcactcctaattcaatcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagta 14616732  T
Q  324 attctatccaatctcttgacctat 347  Q
    |||||| |||||||||||||||||    
T  14616733 attctacccaatctcttgacctat 14616756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 25 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 22159992 - 22159663
Alignment:
Q  25 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa-ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaa 123  Q
    |||| |||||||| |||||| ||||||||| ||| |||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||||| |||||| |||||||||  || | ||    
T  22159992 tgatagatatttgacaagtgtaccaaattcgatcgaagtaataaaaaatttgtttccacgaggactgtatttaacttctacttagcaatttctttgtcaa 22159893  T
Q  124 aaaggatgtata--aaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttg-taacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagat 220  Q
    ||||||||||||  ||||| | |  | |||||||||||||||  ||| ||||  |||  |||||  |   |||||||  ||| ||||||||| |||| ||    
T  22159892 aaaggatgtatattaaattcaaag-gttgccctaggcagttggattggtttttataaagtaaacgtaaataaaacaataaaa-attggttttaagaatat 22159795  T
Q  221 t---gag---tatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagatt 314  Q
    |   |||   |||||||||| | || ||||| |||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| || ||  |||| |||||    
T  22159794 tagagagaaatatggttaagacctttgaatcctccgaagttctcctatggtaaatcgcactcctagttcaatcaatgactatctagttcaacgatagatt 22159695  T
Q  315 aacttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    |||  ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  22159694 aacaaagtaactctacccaatctcttgaccta 22159663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 30 - 285
Target Start/End: Original strand, 11988867 - 11989133
Alignment:
Q  30 gatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaa-aattcgtttctacgaggattgtatttaaattcta--cgtagcaattttattattaaaaa 126  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||| |  ||  |||| |||||  | ||||||||| |||| ||| ||    
T  11988867 gatatttgacaagtgaatcaaattcaatcgaagtaataaataattcgtttccacgagaaccgttcttaacttctatacttagcaatttcattagtaataa 11988966  T
Q  127 ggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttga-ttttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagatt---- 221  Q
    ||| |||||  |  |  | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |  ||||||| | |||||||| |||        
T  11988967 ggacgtatattaaattcaatggtcccctaggcagttgagttgatttttgtaacataaacagattaaaaacgataaaagatt-gattttagaaaattagag 11989065  T
Q  222 --gagtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctc--atatggtaatttgcactcctagttcaa 285  Q
       |||| ||||||| | |||||||| ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  11989066 agaagtaaggttaagaccttcgaatcctccaaagttctcctatatggtaatttgcactcctagttcaa 11989133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 117 - 346
Target Start/End: Original strand, 7650035 - 7650268
Alignment:
Q  117 ttattaaaaaggatgtataaaatttatattggt-gccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttag 215  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |   |||||||  |||| ||| |||| ||    
T  7650035 ttatcaaaaaggatgtataaa-tttatattgattgccctaggcagttgagttg-ttttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaag-ttgcttttaag 7650131  T
Q  216 aagattg------agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgac 309  Q
    || |||       |||||||||||| |||| ||||| | |||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||| | ||     
T  7650132 aatattagagagaagtatggttaagacatttgaatcctacgaagttcttctatggtaatttgcactcctaattcaatcaatgattatctagtttaaagat 7650231  T
Q  310 agattaacttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||||||||   |||||||||  ||||||||| |||||    
T  7650232 agattaacaaggtaattctactcaatctctttaccta 7650268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 25 - 128
Target Start/End: Original strand, 26711464 - 26711567
Alignment:
Q  25 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaat-aaaaattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaa 123  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| |||| |||||| ||||||||| ||||| ||    
T  26711464 tgatagatatttggcaagtgaaccaaattcaattgaagtaataaaaaattcgtttccacgaggactgta-ttaacttctacttagcaatttcattatcaa 26711562  T
Q  124 aaagg 128  Q
    |||||    
T  26711563 aaagg 26711567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 25 - 128
Target Start/End: Original strand, 26981201 - 26981304
Alignment:
Q  25 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaat-aaaaattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaa 123  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| |||| |||||| ||||||||| ||||| ||    
T  26981201 tgatagatatttggcaagtgaaccaaattcaattgaagtaataaaaaattcgtttccacgaggactgta-ttaacttctacttagcaatttcattatcaa 26981299  T
Q  124 aaagg 128  Q
    |||||    
T  26981300 aaagg 26981304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 178; Significance: 6e-96; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 24 - 346
Target Start/End: Original strand, 22626311 - 22626638
Alignment:
Q  24 gtgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa-ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattatta 122  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| |||||||    
T  22626311 gtgatagatatttggcaagtgaaccaaattcgatcgaagtaataaaaagttcgtttccacgaggactgtatttaacttctacttagcaatttcattatta 22626410  T
Q  123 aaaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg 222  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||| | |  ||||||| ||||    
T  22626411 aaaaggatgtataaa-tttatattggtgccctaggcagttgagttgatttagtaacataaactgattaaaaac-aataaagaattggatttagaaaattg 22626508  T
Q  223 -----agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcct-agttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaa 316  Q
         |||||||||||||| |||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  22626509 agagaagtatggttaagtccttcgaatcctccaaagctctcctatggtaatttgcactcctaaatacgatcaatgattatttagtttcacgacggattaa 22626608  T
Q  317 cttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22626609 cttagtaattctatccaatctcttgaccta 22626638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 25 - 346
Target Start/End: Original strand, 11138570 - 11138896
Alignment:
Q  25 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa-ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaa 123  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||    
T  11138570 tgatagatatttggcaagtgaaccaaattcgatcgaagtaataaaaagttcgtttccacgaggactgtatttaacttctacttagcaatttcattattaa 11138669  T
Q  124 aaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg- 222  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || | ||| | |  || |||| ||||     
T  11138670 aaaggatgtataaa-tttatattggtgccctaggcagttgagttgatttagtaacataaactgattaaaaac-aatatagaattggattcagaaaattga 11138767  T
Q  223 ----agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcct-agttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaac 317  Q
        |||||||||||||| |||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  11138768 gagaagtatggttaagtccttcgaatcctccaaagctctcctatggtaatttgcactcctaaatacgatcaatgattatttagtttcacgacggattaac 11138867  T
Q  318 ttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11138868 ttagtaattctatccaatctcttgaccta 11138896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 25 - 346
Target Start/End: Original strand, 39563510 - 39563837
Alignment:
Q  25 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa-ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaa 123  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| || |||||| ||||||||| ||||| ||    
T  39563510 tgatagatatttggcaagtgaaccaaattcaatcaaagtaataaaaaattcgtttccacgaggactgtatt-aacttctacttagcaatttcattataaa 39563608  T
Q  124 aaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaac-tgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagat-t 221  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| |   ||||||||| |||||||| || |    
T  39563609 aaaggatgtgtaaaatttatattagtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaacaaaattaaaaatagtaaaagattgg-ttttagaaaatct 39563707  T
Q  222 g-----agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaa 316  Q
    |     || ||||||||||| |||||||| ||||| | |||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  39563708 gagagaagaatggttaagtccttcgaatcctccgacgctctcctatgataatttgcactcctaattcaatcaatggttatttagtttcacgacagattaa 39563807  T
Q  317 cttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39563808 cttagtaattctacccaatctcttgaccta 39563837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 223 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 13979528 - 13979405
Alignment:
Q  223 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagt 322  Q
    |||||||||||| | || ||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  13979528 agtatggttaagacctttgaatcctccgaagctctcctatggtaatttgcactccaagttcaaacaatgattatttagtttcatgacagattaacttagt 13979429  T
Q  323 aattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    || ||||||||||| |||||||||    
T  13979428 aactctatccaatcccttgaccta 13979405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 228 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 46731531 - 46731414
Alignment:
Q  228 ggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattc 327  Q
    ||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||  |||||| ||||||  ||||| ||    
T  46731531 ggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcatatggtaatttgcactcctaattcaatcaatgattatctagttcaacgacatattaacaaagtaactc 46731432  T
Q  328 tatccaatctcttgacct 345  Q
    || |||||||||||||||    
T  46731431 tacccaatctcttgacct 46731414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 64 - 169
Target Start/End: Original strand, 20536376 - 20536479
Alignment:
Q  64 aataaaaattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaaaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttg 163  Q
    |||||||  |||| || ||||||| ||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||   |  |||||||||||||||||    
T  20536376 aataaaagatcgtatccacgaggactgtatttaacttctacttagaaatttcattattaaaaaggatgtagtaaatt--caagggtgccctaggcagttg 20536473  T
Q  164 agttga 169  Q
     |||||    
T  20536474 ggttga 20536479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 25 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 12172218 - 12171901
Alignment:
Q  25 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaat--tcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattatta 122  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||   ||||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| |||||||    
T  12172218 tgatagatatttggcaagtgaaccaaattcgatcgaagtaataaaaaagatcgtttccacgaggactgtatttaacttctacttagcaatttcattatta 12172119  T
Q  123 aaaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaaga-ttggtttttagaagatt 221  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||         
T  12172118 aaaaggatgtataaa-tttatattggtgccctaggcagttgagttgatttagtaacataaactgattaaaaac-aataaagatttggtttctaga----- 12172026  T
Q  222 gagtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcct-agttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaactta 320  Q
     |||||||||||||| || ||||||||||||| || | ||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  12172025 -agtatggttaagtccttggaatcttccgaagctcgcctatggtaatttgcactcctaaatacaatcaatgattatttagtttcacgacggattaactta 12171927  T
Q  321 gtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||    
T  12171926 gtaattctacccaatctcttgaccta 12171901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 25 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 2542128 - 2541803
Alignment:
Q  25 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaa-aattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaa 123  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||| ||||||| || ||||||| ||||||||| ||||||  |||||||| ||||||||    
T  2542128 tgatagatatttggcaagtgtaccaaagtcaatcgaagtaataaataattcgtatccacgaggactgtatttaacttctactgagcaatttcattattaa 2542029  T
Q  124 aaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgatt-ttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg 222  Q
    ||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||  ||| || ||||||| ||| |||     
T  2542028 aaaggatgtattaaattcaa--tggtgccctaggcagttgagtttattcttgtaacataaacggattaaaaacaataaaatataggttttttgaaaatta 2541931  T
Q  223 a----gtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaact 318  Q
    |    ||||||||||| | |||||||| || ||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| || ||  |||||||||||||     
T  2541930 aagaggtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcttatggtaatttgtactcctatttcaagcaatgattatctagttaaacgacagattaaca 2541831  T
Q  319 tagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||    
T  2541830 aagtaattttatccaatctcttgaccta 2541803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 108 - 346
Target Start/End: Original strand, 647288 - 647530
Alignment:
Q  108 gcaattttattattaaaaaggatgtataaaatttatattggt-gccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagatt 206  Q
    |||||||  |||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| |||||||| |||||||||||||||  |   |||||||  |||| ||    
T  647288 gcaatttctttatcaaaaaggatgtataaa-tttatattgattgccctaggcatttgagttg-ttttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaag-tt 647384  T
Q  207 ggtttttagaagattg------agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaa 300  Q
    |||||| |||| |||       ||||||||||||   |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||     
T  647385 ggttttcagaatattagagagaagtatggttaagatcttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctag 647484  T
Q  301 tttcacgacagattaacttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||| |||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||    
T  647485 tttaacgacagattaacaaagtaattctacccaatctcttgaccta 647530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 122 - 346
Target Start/End: Original strand, 650574 - 650802
Alignment:
Q  122 aaaaaggatgtataaaatttatattggt-gccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagat 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| |||||||| |||||||||||||||  |   |||||||  |||| |||||||| | || ||    
T  650574 aaaaaggatgtataaa-tttatattgattgccctaggcatttgagttg-ttttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaag-ttggttttcataatat 650670  T
Q  221 tg------agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagatt 314  Q
    |       |||||||||||| | |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||| ||||||||||    
T  650671 tagagagaagtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaacgacagatt 650770  T
Q  315 aacttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    |||  |||||||||| ||||||||||||||||    
T  650771 aacaaagtaattctacccaatctcttgaccta 650802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 224 - 346
Target Start/End: Original strand, 26062898 - 26063020
Alignment:
Q  224 gtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagta 323  Q
    ||||||||||| | || ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||  |||||||||||||  ||||    
T  26062898 gtatggttaagacctttgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaatcaatgattatctagttcaacgacagattaacaaagta 26062997  T
Q  324 attctatccaatctcttgaccta 346  Q
    | |||| ||||||||||||||||    
T  26062998 actctacccaatctcttgaccta 26063020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 226 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 26060626 - 26060506
Alignment:
Q  226 atggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaat 325  Q
    ||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||  ||| ||| ||||||||  |||||     
T  26060626 atggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagcttcccgatagattaacaaagtaac 26060527  T
Q  326 tctatccaatctcttgaccta 346  Q
    |||| ||||||||||||||||    
T  26060526 tctacccaatctcttgaccta 26060506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 226 - 276
Target Start/End: Original strand, 11649440 - 11649490
Alignment:
Q  226 atggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactc 276  Q
    ||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11649440 atggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactc 11649490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 171; Significance: 9e-92; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 9e-92
Query Start/End: Original strand, 35 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 31626784 - 31626468
Alignment:
Q  35 ttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaaaaggatgtat 134  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||| |||||| || |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  31626784 ttggtaagtgaaccaaattcaatcgaagtaataaaaattcgtttcaatgaggactgtatt-aacttctacttagcaatttcattattaaaaaggatgtgt 31626686  T
Q  135 aaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactg-attaaaaacaaagaaagattggtttttagaagat-tg-----agtat 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| ||  || |||||| |||||||| || ||     || ||    
T  31626685 aaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaaaggaattaaaaataataaaggattgg-ttttagaaaatctgagagaagaat 31626587  T
Q  228 ggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattc 327  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31626586 ggttaagtcattcgaatcctccgaagctctcctatggtaatttgcactcctaattcaatcaattattatttagtttcacgacagattaacttagtaattc 31626487  T
Q  328 tatccaatctcttgaccta 346  Q
    || ||||||||||||||||    
T  31626486 tacccaatctcttgaccta 31626468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 25 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 31528635 - 31528307
Alignment:
Q  25 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa-ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaa 123  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||    
T  31528635 tgatagatatttggcaagtgaaccaaattcgatcgaagtaataaaaaatttgtttccacgaggactgtatttaacttctacttagcaatttcattattaa 31528536  T
Q  124 aaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggttttt-agaagattg 222  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||| |||| ||||    
T  31528535 aaaggatgtataaa-tttatattggtgccctaggcagttgagttgatttagtaacataaactgattaaaaacaataaagaattggtttttaagaaaattg 31528437  T
Q  223 -----agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcct-agttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaa 316  Q
         |||||||||||||| |||||||| ||  ||| |||| | ||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31528436 agagaagtatggttaagtccttcgaatcctctaaagctctcctgtggtaatttgcactcctaaatacgatcaatgattatttagtttcacgacagattaa 31528337  T
Q  317 cttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31528336 cttagtaattctacccaatctcttgaccta 31528307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 8e-83
Query Start/End: Original strand, 124 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 16295044 - 16294817
Alignment:
Q  124 aaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattga 223  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| |||| |||||    
T  16295044 aaaggatgtataaaatttatattgatgccctaggcagttgagttgattttgtatcataaaccgattaaaaacaaataaagattagttttcagaaaattga 16294945  T
Q  224 g-----tatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaact 318  Q
    |     |||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16294944 gagaagtatggttaagtccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctagtttaatcaatgattatttagtttcacgacagattaact 16294845  T
Q  319 tagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  16294844 tagtaattctacccaatctcttgaccta 16294817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 25 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 13710315 - 13709991
Alignment:
Q  25 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaa 124  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||    
T  13710315 tgatagatatttggcaagtgaaccaaattcaatcgaagtaataaaaattcgtttttacgagaactgtatttaacttctacttagcaatttcattattaaa 13710216  T
Q  125 aaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagatt--- 221  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||  ||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| |||||||| |||       
T  13710215 aaggatgtataaaatttatattgatgcctgaggaagttgagttga-gttgtaacataaacggattaaaaacaataaaagattgg-ttttagaaaatttga 13710118  T
Q  222 ---gagtatggttaagtcattcgaatcttccg-aagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaac 317  Q
        |||||||||||| | ||| |||| || | ||| |||| |||| ||||||||||||||| || |  |||||||||| || ||  || ||||||||||    
T  13710117 gagaagtatggttaagaccttcaaatcatctgaaagctctcctatgataatttgcactcctaatttaggcaatgattatctagttcaacaacagattaac 13710018  T
Q  318 ttagtaattctatccaatctcttgacc 344  Q
      |||||||||| || |||||||||||    
T  13710017 aaagtaattctacccgatctcttgacc 13709991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 24 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 40018225 - 40017895
Alignment:
Q  24 gtgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa-ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattatta 122  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||  || |||| || |||||| ||| || | |||||||| ||||||    
T  40018225 gtgatgaatatttggcaagtgaaccaaattcaatcgaagtaataaaaaatttgttttcacaaggagtgcatttaacttcgacttggcaatttttttatta 40018126  T
Q  123 aaaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||  | ||| ||||||    || ||||    
T  40018125 aaaaggatgtataaaatttatattgatgccctaggcagttgagttga-tttgtaacataaacggattaaaaacaataagagactggtttaagaaaaattg 40018027  T
Q  223 -----agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattattt---aatttcacgacagatt 314  Q
         |||||||||||| | |||||||| ||||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||   | ||| ||||||||||    
T  40018026 agagaagtatggttaagaccttcgaatcctccgaaactctcctatggtaatttgcactcctaattcaaccaatgattatttataagttttacgacagatt 40017927  T
Q  315 aacttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    |||| |||| ||||  ||||||  ||||||||    
T  40017926 aactcagtacttctccccaatcctttgaccta 40017895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 23 - 346
Target Start/End: Original strand, 23673343 - 23673671
Alignment:
Q  23 tgtgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaa--aattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattat 120  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||  | ||| ||||||||||  ||||||| || |||||||  ||  |||| ||||||  | ||||||  ||||    
T  23673343 tgtgatagagatttggcaagtgaaccaaaa-ctatcgaagtaataaataaattcgtatccacgaggaccgttgttaatttctactcaacaatttctttat 23673441  T
Q  121 taaaaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgat-tttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaaga 219  Q
     ||||||||||||| ||||| |   |  |||||||||||||||  |||   ||||||| |||||| ||||||||||||  |||| |||||||| |||| |    
T  23673442 caaaaaggatgtattaaattcaaggt--tgccctaggcagttggattggcatttgtaaaataaacggattaaaaacaataaaagtttggtttt-agaaaa 23673538  T
Q  220 tt-----ga-gtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagat 313  Q
    ||     || ||||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||| |||||| ||    
T  23673539 ttagagagatgtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaatcaatgattatctagtttaacgacaaat 23673638  T
Q  314 taacttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||||  |||||||||| ||||||||||||||||    
T  23673639 taacaaagtaattctacccaatctcttgaccta 23673671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 25 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 36327171 - 36326845
Alignment:
Q  25 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaa--aattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattatta 122  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||  | ||| ||||||||||  ||||||| || |||||||  ||  |||| ||||||   |||||||  |||| |    
T  36327171 tgatagatatttggcaagtgaaccaaaa-ctatcgaagtaataaataaattcgtatccacgaggaccgttgttaacttctactctgcaatttctttatca 36327073  T
Q  123 aaaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgat-tttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagatt 221  Q
    |||| ||||||| ||||| | | |  ||||||||| ||||   ||| | ||||||| |||||| ||||||||||||  |||| |||||||| |||| |||    
T  36327072 aaaaagatgtattaaattcaaagt--tgccctaggaagttagattggtatttgtaaaataaacggattaaaaacaataaaagtttggtttt-agaaaatt 36326976  T
Q  222 -----ga-gtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagatta 315  Q
         || ||||||||||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| |||| ||||||    
T  36326975 agagagatgtatggttaagacctttgaatcctccgaagttctcatatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctaatttaacgatagatta 36326876  T
Q  316 acttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||  |||||||||| ||||||||||||||||    
T  36326875 acaaagtaattctacccaatctcttgaccta 36326845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 223 - 346
Target Start/End: Original strand, 32575890 - 32576013
Alignment:
Q  223 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagt 322  Q
    |||||||||||| | |||||||| ||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  32575890 agtatggttaagaccttcgaatcctccgaagctctcctatgataatttgcactcctagttcaaaaaatgattatttagtttcacgacagattaacttagt 32575989  T
Q  323 aattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    || |||| | |||| |||||||||    
T  32575990 aactctaccaaatcccttgaccta 32576013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 229 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 8427260 - 8427199
Alignment:
Q  229 gttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatg 291  Q
    |||||| |||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  8427260 gttaagacattcgaatcatccgatgttcttatttggtaatttgcacccct-gttcaatcaatg 8427199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 170; Significance: 4e-91; HSPs: 19)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 25 - 346
Target Start/End: Original strand, 13017189 - 13017517
Alignment:
Q  25 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa-ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaa 123  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||||| | ||||||| |||||| ||||||||| ||||||||    
T  13017189 tgatagatatttggcaagtgaaccaaattcgatcgaagtaataaaaagttcgtttccacgaggactatatttaacttctacttagcaatttcattattaa 13017288  T
Q  124 aaaggatgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggttttt-agaagattg 222  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||| |||| ||||    
T  13017289 aaaggatgtataaa-tttatattggtgccctaggcagttgagttgatttagtaacataaactgattaaaaacaataaagaattggtttttcagaaaattg 13017387  T
Q  223 -----agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcct-agttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaa 316  Q
         |||||||||||||| |||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||| | |   ||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  13017388 agagaagtatggttaagtccttcgaatcctccaaagctctcctatggtaatttgcactcctaaatatgatcaatgattatttagtttcacgacggattaa 13017487  T
Q  317 cttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13017488 cttagtaattctacccaatctcttgaccta 13017517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 33 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 22221959 - 22221642
Alignment:
Q  33 atttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataa-aaattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaaaaggatg 131  Q
    |||||||||||| ||||||  | ||| ||||| ||| ||||||||||| ||||||| | ||||||  ||||||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  22221959 atttggcaagtgtaccaaaagctatcgaagtagtaataaattcgtttccacgaggactatatttagcttctactaagcaatttcattattaaaaaggatg 22221860  T
Q  132 tataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg-----agta 226  Q
    ||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||| |||||||||||  ||  |||||||||||||| ||||     || |    
T  22221859 tat-aaattattattggtgccctaggcagttgagttgatttagta--ataaactaattaaaaacaataaagaattggtttttagaaaattgagagaagca 22221763  T
Q  227 tggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcct-agttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaat 325  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||    
T  22221762 tggttaagtccttcgaatcctccgaagctctcctatggtaatttgcactcttaaatacaatcaatgattatttagtatcacgacggattaacttagtaat 22221663  T
Q  326 tctatccaatctcttgaccta 346  Q
    |||| ||||||||||||||||    
T  22221662 tctacccaatctcttgaccta 22221642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 33 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 22247794 - 22247477
Alignment:
Q  33 atttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataa-aaattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaaaaggatg 131  Q
    |||||||||||| ||||||  | ||| ||||| ||| ||||||||||| ||||||| | ||||||  ||||||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  22247794 atttggcaagtgtaccaaaagctatcgaagtagtaataaattcgtttccacgaggactatatttagcttctactaagcaatttcattattaaaaaggatg 22247695  T
Q  132 tataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg-----agta 226  Q
    ||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||| |||||||||||  ||  |||||||||||||| ||||     || |    
T  22247694 tat-aaattattattggtgccctaggcagttgagttgatttagta--ataaactaattaaaaacaataaagaattggtttttagaaaattgagagaagca 22247598  T
Q  227 tggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcct-agttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaat 325  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||    
T  22247597 tggttaagtccttcgaatcctccgaagctctcctatggtaatttgcactcttaaatacaatcaatgattatttagtatcacgacggattaacttagtaat 22247498  T
Q  326 tctatccaatctcttgaccta 346  Q
    |||| ||||||||||||||||    
T  22247497 tctacccaatctcttgaccta 22247477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 136 - 346
Target Start/End: Original strand, 30978322 - 30978539
Alignment:
Q  136 aaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggttttta-gaagattgag-----tatgg 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||| ||| ||||||     |||||    
T  30978322 aaatttatattggtgccctaggcagttgagttgatttagtaacataaactgattaaaaacaataaagaattggtttttaagaaaattgagagaagtatgg 30978421  T
Q  230 ttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagtt-caatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattct 328  Q
    ||||||| |||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||  | | ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30978422 ttaagtccttcgaatcctccaaagctctcctatggtaatttgcactcctaaatacgatcaatgattatttagtttcacgacggattaacttagtaattct 30978521  T
Q  329 atccaatctcttgaccta 346  Q
    | ||||||||||||||||    
T  30978522 acccaatctcttgaccta 30978539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 25 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 14790864 - 14790537
Alignment:
Q  25 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa--ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattatta 122  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||  | ||| ||||| ||| ||  ||||| || |||||||  ||  |||| ||||||   |||||||  |||| |    
T  14790864 tgatagatatttggcaagtgtaccaaaagctatcgaagtagtaataaagttcgtatccacgaggaccgttgttaatttctactcggcaatttctttatca 14790765  T
Q  123 aaaaggatgtataaaatttatattggt-gccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagatt 221  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |   |||||||  |||| |||||||| |||| |||    
T  14790764 aaaaggatgtataaa-tttatattgattgccctaggcagttgagttg-ttttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaag-ttggttttcagaatatt 14790668  T
Q  222 g------agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagatta 315  Q
           |||||||||||| | |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||| |||||||||||    
T  14790667 agagagaagtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaacgacagatta 14790568  T
Q  316 acttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||  |||||||||| ||||||||||||||||    
T  14790567 acaaagtaattctacccaatctcttgaccta 14790537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 25 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 14795892 - 14795565
Alignment:
Q  25 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa--ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattatta 122  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||  | ||| ||||| ||| ||  |||||  |||||||||  ||  |||| ||||||   |||||||  |||| |    
T  14795892 tgatagatatttggcaagtgtaccaaaagctatcgaagtagtaataaagttcgtacctacgaggaccgttgttaatttctactcggcaatttctttatca 14795793  T
Q  123 aaaaggatgtataaaatttatattggt-gccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagatt 221  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |   |||||||  |||| |||||||| |||| |||    
T  14795792 aaaaggatgtataaa-tttatattgattgccctaggcagttgagttg-ttttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaag-ttggttttcagaatatt 14795696  T
Q  222 g------agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagatta 315  Q
           |||||||||||| | |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||| |||||||||||    
T  14795695 agagagaagtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaacgacagatta 14795596  T
Q  316 acttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||  |||||||||| ||||||||||||||||    
T  14795595 acaaagtaattctacccaatctcttgaccta 14795565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 223 - 346
Target Start/End: Original strand, 20527367 - 20527490
Alignment:
Q  223 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagt 322  Q
    |||||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  | |    
T  20527367 agtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaatcaatgattatctaacttcacgacagattaacaaatt 20527466  T
Q  323 aattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    || | || ||||||||||||||||    
T  20527467 aactttacccaatctcttgaccta 20527490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 149 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 15535177 - 15534975
Alignment:
Q  149 tgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattga------gtatggttaagtcattcga 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||||||||||||  |||| |||||||| | || ||| |      ||||||||||| | ||| |    
T  15535177 tgccctaggcagttgagttgattttgtaaaacaaatagattaaaaacaataaaagtttggtttt-acaaaattaaagtgatgtatggttaagaccttcaa 15535079  T
Q  243 atcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattctatccaatctcttga 342  Q
    ||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||  |||||||||||||  ||||| |||| ||||||||||||    
T  15535078 atcctccgaagttttcctatggtaatttgcattcctaattcaatcaatgattatctagttcaacgacagattaacaaagtaactctaaccaatctcttga 15534979  T
Q  343 ccta 346  Q
    ||||    
T  15534978 ccta 15534975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 151 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 16883795 - 16883594
Alignment:
Q  151 ccctaggcagttgagttgatttt-gtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg------agtatggttaagtcattcgaa 243  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||| |||| |||       |||||||||||| ||||||||    
T  16883795 ccctaggcagttgaattgatttttgtaacataaacgaattaaaaacaataaaagattggtttt-agaaaattagagagaagtatggttaagacattcgaa 16883697  T
Q  244 tcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattctatccaatctcttgac 343  Q
    || | |||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| ||  ||||||| ||||||||  | |||  ||| |||||||||||||    
T  16883696 tccttcgaagttctcctatggtaatttgcactactaattcaaacaatgattatctatgttcacgaaagattaacacaataaccctacccaatctcttgac 16883597  T
Q  344 cta 346  Q
    |||    
T  16883596 cta 16883594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 223 - 342
Target Start/End: Original strand, 32704458 - 32704577
Alignment:
Q  223 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagt 322  Q
    |||||||||||| | |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||| |||||||||||||  |||    
T  32704458 agtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaacgacagattaacagagt 32704557  T
Q  323 aattctatccaatctcttga 342  Q
    ||||||| ||||||||||||    
T  32704558 aattctacccaatctcttga 32704577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 224 - 346
Target Start/End: Original strand, 19664870 - 19664991
Alignment:
Q  224 gtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagta 323  Q
    ||||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | | ||||||||||||||||  ||||    
T  19664870 gtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaatcaatgattatct-agttcacgacagattaacaaagta 19664968  T
Q  324 attctatccaatctcttgaccta 346  Q
    | |||| ||||| ||||||||||    
T  19664969 actctacccaatatcttgaccta 19664991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 223 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 1838515 - 1838393
Alignment:
Q  223 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagt 322  Q
    |||||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||||||  |||    
T  1838515 agtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatg-taattcgcactcctagttcaatcaacgattatttagttcaacgacagattaacaaagt 1838417  T
Q  323 aattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    || |||| ||||||||||||||||    
T  1838416 aactctacccaatctcttgaccta 1838393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 225 - 346
Target Start/End: Original strand, 7769594 - 7769715
Alignment:
Q  225 tatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaa 324  Q
    |||||||||| | |||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||| |  | ||||||||||| | ||||| ||| |||||| ||||||  |||||    
T  7769594 tatggttaagaccttcgaatcctccgatgctcttatatggtaatttgcaccctcaattcaatcaatgttcatttagtttaacgacatattaacaaagtaa 7769693  T
Q  325 ttctatccaatctcttgaccta 346  Q
    |||||  |||||| ||||||||    
T  7769694 ttctactcaatcttttgaccta 7769715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 238 - 346
Target Start/End: Original strand, 12980711 - 12980818
Alignment:
Q  238 ttcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattctatccaatct 337  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||  |||||| || |||| ||||||||||| |  | || ||| |||||||||||||  |||||||||| |||||||    
T  12980711 ttcgaatcctccgaagttctcctatgaaaatttgtaccccta-ttcaatcaatgttcgtctagtttaacgacagattaacaaagtaattctacccaatct 12980809  T
Q  338 cttgaccta 346  Q
    |||||||||    
T  12980810 cttgaccta 12980818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 223 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 27649144 - 27649077
Alignment:
Q  223 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaat 290  Q
    |||||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  27649144 agtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcacttctaattcaagcaat 27649077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 238 - 345
Target Start/End: Original strand, 12983598 - 12983704
Alignment:
Q  238 ttcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattctatccaatct 337  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||  ||| || || |||| ||||||||||| |  | || ||| |||||||||||||  |||||||||| |||||||    
T  12983598 ttcgaatcctccgaagttctcctatgaaaatctgtaccccta-ttcaatcaatgttcgtctagtttaacgacagattaacaaagtaattctacccaatct 12983696  T
Q  338 cttgacct 345  Q
    ||||||||    
T  12983697 cttgacct 12983704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 151 - 217
Target Start/End: Original strand, 11183962 - 11184028
Alignment:
Q  151 ccctaggcagttgagttga-ttttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaa 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | |||||||||  |||| |||||||||||||    
T  11183962 ccctaggcagttgagttgatttttgtaacataaacgtaataaaaacaataaaag-ttggtttttagaa 11184028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 151 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 15540689 - 15540643
Alignment:
Q  151 ccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaa 197  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||  ||||||||||||    
T  15540689 ccctaggcagttgagttgattttctaaaataaagggattaaaaacaa 15540643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 241 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 32427325 - 32427281
Alignment:
Q  241 gaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaa 285  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  32427325 gaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaa 32427281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440 (Bit Score: 163; Significance: 5e-87; HSPs: 1)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 33 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 10101 - 9781
Alignment:
Q  33 atttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaa--attcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaaaaggat 130  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||  |||||||||  |  ||| ||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  10101 atttggcaagtgaatcaaattcgatcgaagtaataaaagaattcgtttcctcagggactgtatttaacttctacttagcaatttcattattaaaaaggat 10002  T
Q  131 gtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg-----agt 225  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||| ||||     |||    
T  10001 gtataaa-tttatattggtcccctaggcagttgagttgatttagtaacataaactgattaaaaacaataaataattggtttttagaaaattgagagaagt 9903  T
Q  226 atggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcct-agttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaa 324  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||| |||| ||||| ||||||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  9902 atggttaagtccttcgaatcctccgaagctctcctatggcaatttgcactcctaaatacaatcaatgattatttagtttcacgacggattaacttagtaa 9803  T
Q  325 ttctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||||| ||||||||||||||||    
T  9802 ttctacccaatctcttgaccta 9781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0264 (Bit Score: 130; Significance: 3e-67; HSPs: 1)
Name: scaffold0264
Description:

Target: scaffold0264; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 33 - 346
Target Start/End: Original strand, 24193 - 24510
Alignment:
Q  33 atttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataa-aaattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaaaaggatg 131  Q
    |||||||||||| ||||||  | ||| ||||| ||| ||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||  | |||||| ||||||||||||||||    
T  24193 atttggcaagtgtaccaaaagctatcgaagtagtaataaatttgtttccacgaggactgtatttaacttctactcaacaatttcattattaaaaaggatg 24292  T
Q  132 tataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg-----agta 226  Q
    ||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||| ||||     || |    
T  24293 tat-aaattattattggtgccctaggcagttgagttgatttagta--ataaactgattaaaaacaataaagaattggtttttagaaaattgagagaagca 24389  T
Q  227 tggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcct-agttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaat 325  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| | | |||| |||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||    
T  24390 tggttaagtccttcgaatcctccgaagctctcctatggtaatttgcactcctaaatacaataaatgattatttagtatcacgacggattaacttagtaat 24489  T
Q  326 tctatccaatctcttgaccta 346  Q
    |||| ||||||||||||||||    
T  24490 tctacccaatctcttgaccta 24510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 108; Significance: 4e-54; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 31 - 340
Target Start/End: Original strand, 12575306 - 12575620
Alignment:
Q  31 atatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaa-aattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaaaagga 129  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||||| |||  |||| ||||||  | ||| || ||||||||||||||    
T  12575306 atatttggcaagtgtaccaaattcaatcgaagtaataaataattcgtatccacgaggactgttgttaacttctactcaacaagttcattattaaaaagga 12575405  T
Q  130 tgtataaaatttatattggtgccctaggcagttgagttga-ttttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagatt------g 222  Q
    ||||| |||||   | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| |||||||| |||           
T  12575406 tgtattaaatt--caatggtgccctaggcagttgagttgatttttgtaacataaattgattaaaaacaataaaagattgg-ttttagaaaattagagaga 12575502  T
Q  223 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagt 322  Q
    |||||||||||| |  | ||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || || ||| |||||||||||||  |||    
T  12575503 agtatggttaagaccattgaatcctccgaagttttcttatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgataatctagtttaacgacagattaacaaagt 12575602  T
Q  323 aattctatccaatctctt 340  Q
    ||||||| | ||||||||    
T  12575603 aattctacctaatctctt 12575620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 147 - 346
Target Start/End: Original strand, 41778864 - 41779068
Alignment:
Q  147 ggtgccctaggcagttgagttgatttt-gtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattga------gtatggttaagtcatt 239  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||  |||||||| |||  |||||||| |      ||||||||||| | ||    
T  41778864 ggtgccctaggcagttgaattgatttttgtaacataaacgaattaaaaacaataaaagattgattt--agaagattaaagagaagtatggttaagacctt 41778961  T
Q  240 cgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattctatccaatctct 339  Q
    | ||||||||||||||||| |||| |||||||||||  || ||||| |||||||||| ||  ||||||||||||||||  | ||| |||| |||||||||    
T  41778962 caaatcttccgaagttctcctatgctaatttgcactagtaattcaaacaatgattatctaggttcacgacagattaacacaataactctacccaatctct 41779061  T
Q  340 tgaccta 346  Q
    |||||||    
T  41779062 tgaccta 41779068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 149 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 14418585 - 14418445
Alignment:
Q  149 tgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg------agtatggttaagtcattcga 242  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  |||||||||||  |||| |||||||| |||| |||       |||||||||||| |||||||    
T  14418585 tgccctaggcagttgagttggtttt-taacataaacaaattaaaaacaataaaag-ttggttttaagaatattagagagaagtatggttaagacattcga 14418488  T
Q  243 atcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaa 285  Q
    ||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||||    
T  14418487 atcctccgaatttctcctatgataatttgcactcctaattcaa 14418445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 223 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 13097062 - 13096940
Alignment:
Q  223 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagt 322  Q
    |||||||||||| | |||||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||| || || |||||||||| || ||  | || ||||||||  |||    
T  13097062 agtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttatcctatg-taatttgcactcctaatttaagcaatgattatctagttcaatgaaagattaacaaagt 13096964  T
Q  323 aattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||    
T  13096963 aattctacccaatctcttggccta 13096940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 225 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 44008335 - 44008245
Alignment:
Q  225 tatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagatta 315  Q
    |||||||| | | |||||||| ||||||| || | | ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  44008335 tatggttatgaccttcgaatcctccgaagctcgcctttggtaatctgcactcctagttcaaacaatgattatttagtttcacgatagatta 44008245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 226 - 276
Target Start/End: Original strand, 41836429 - 41836479
Alignment:
Q  226 atggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactc 276  Q
    ||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  41836429 atggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactc 41836479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 147 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 34066468 - 34066264
Alignment:
Q  147 ggtgccctaggcagttgagttgatttt-gtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg------agtatggttaagtcatt 239  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||| |||| |||       |||||||||||| | ||    
T  34066468 ggtgccctaggcagttgaattgatttttgtaacataaacgaattaaaaacaataaaagattggtttt-agaaaattagagagaagtatggttaagacctt 34066370  T
Q  240 cgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattctatccaatctct 339  Q
    |||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||| |||| ||||||||  |||||||||| |||||||||    
T  34066369 cgaatcctccgaagttctcctatgataatttgcactcctaattcaatcaatgattatctagtttaacgatagattaacaaagtaattctacccaatctct 34066270  T
Q  340 tgacct 345  Q
    ||||||    
T  34066269 tgacct 34066264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 25 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 13493508 - 13493181
Alignment:
Q  25 tgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa--ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattatta 122  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||  | ||| ||||| ||| ||  ||||| || |||||||  ||  |||| ||||||   |||||||  |||| |    
T  13493508 tgatagatatttggcaagtgtaccaaaagctatcgaagtagtaataaagttcgtatccacgaggaccgttgttaatttctactcggcaatttctttatca 13493409  T
Q  123 aaaaggatgtataaaatttatattggt-gccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagatt 221  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |   |||||||  |||| |||||||| |||| |||    
T  13493408 aaaaggatgtataaa-tttatattgattgccctaggcagttgagttg-ttttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaag-ttggttttcagaatatt 13493312  T
Q  222 g------agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagatta 315  Q
           |||||||||||| | |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||| |||||||||||    
T  13493311 agagagaagtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaacgacagatta 13493212  T
Q  316 acttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||  |||||||||| ||||||||||||||||    
T  13493211 acaaagtaattctacccaatctcttgaccta 13493181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 23 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 10765167 - 10764838
Alignment:
Q  23 tgtgatggatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaaaa--ttcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattat 120  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||  | ||| ||||| ||| ||  ||||| || |||||||  ||  |||| ||||||   |||||||  ||||    
T  10765167 tgtgatagatatttggcaagtgtaccaaaagctatcgaagtagtaataaagttcgtatccacgaggaccgttgttaatttctactcggcaatttctttat 10765068  T
Q  121 taaaaaggatgtataaaatttatattggt-gccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaaga 219  Q
     |||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |   |||||||  |||| |||||||| |||| |    
T  10765067 caaaaaggatgtataaa-tttatattgattgccctaggcagttgagttg-ttttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaag-ttggttttcagaata 10764971  T
Q  220 ttg------agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagat 313  Q
    ||       |||||||||||| | |||||||| || ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| || ||| |||||||||    
T  10764970 ttagagagaagtatggttaagaccttcgaatcctctgaagttctcctatggtaacttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaacgacagat 10764871  T
Q  314 taacttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||||  |||||||||| ||||||||||||||||    
T  10764870 taacaaagtaattctacccaatctcttgaccta 10764838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 223 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 39546284 - 39546161
Alignment:
Q  223 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagt 322  Q
    |||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || |||||||||||||||||  |||    
T  39546284 agtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcatatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttcacgacagattaacaaagt 39546185  T
Q  323 aattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    || |||| ||||||||||||||||    
T  39546184 aactctacccaatctcttgaccta 39546161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 30 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 1936869 - 1936549
Alignment:
Q  30 gatatttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaa-aattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaaaagg 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| |||| || | ||   |  |||| |||||| | ||||||| |||| ||| || |    
T  1936869 gatatttggcaagtgaaccaaattcaatcgaagtaatgaataattcatttccacaatgaccattgttaacttctacttggcaatttcattagtaataacg 1936770  T
Q  129 atgtataaaatttatattggt-gccctaggcagttgagttgatt-ttgtaacataaactga-ttaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg--- 222  Q
    |||||| ||||| | || ||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||    |||  |||||||| |||| |||        
T  1936769 atgtattaaattca-atgggttgacctaggcagttgagttgattgttgtatcataaactgaattaaaaacggtaaaattttggtttt-agaaaattagag 1936672  T
Q  223 ---agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaactt 319  Q
       |||||||||||| | |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||      
T  1936671 agaagtatggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatctagcttcacgaaagattaacaa 1936572  T
Q  320 agtaattctatccaatctcttga 342  Q
    ||||| |||| | ||||||||||    
T  1936571 agtaactctaccaaatctcttga 1936549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 33 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 13496224 - 13495906
Alignment:
Q  33 atttggcaagtgaaccaaattcaatccaagtaataaa--aattcgtttctacgaggattgtatttaaattctacgtagcaattttattattaaaaaggat 130  Q
    ||||| |||||||||||||  | ||| ||||||||||  ||||||| || |||||||  ||  |||| ||||||   |||||||  |||| |||||||||    
T  13496224 atttgacaagtgaaccaaaa-ctatcgaagtaataaataaattcgtatccacgaggaccgttgttaatttctactcggcaatttctttatcaaaaaggat 13496126  T
Q  131 gtataaaatttatattggt-gccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg------a 223  Q
    ||||||| ||||||||| | | ||||||||||||| ||| |||||||||||||||  |   |||||||  |||| ||| |||| |||| |||       |    
T  13496125 gtataaa-tttatattgattgtcctaggcagttgaattg-ttttgtaacataaacgtaaataaaacaataaaag-ttgattttaagaatattagagagaa 13496029  T
Q  224 gtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagta 323  Q
    ||||||||||| | || ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||| ||||||||||||   ||||    
T  13496028 gtatggttaagacctttgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaatcaatgattatctactttaacgacagattaagaaagta 13495929  T
Q  324 attctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||| |||||||||||||||||||    
T  13495928 attatatccaatctcttgaccta 13495906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 227 - 346
Target Start/End: Original strand, 32506062 - 32506181
Alignment:
Q  227 tggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaatt 326  Q
    |||||||| | |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||| |||||||||||||  |||||||    
T  32506062 tggttaagaccttcgaatcctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagtttaacgacagattaacaaagtaatt 32506161  T
Q  327 ctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||| ||||||||||||||||    
T  32506162 ctacccaatctcttgaccta 32506181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 223 - 346
Target Start/End: Original strand, 27282311 - 27282434
Alignment:
Q  223 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagt 322  Q
    |||||||||||| | |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||  ||||| |||||||  |||    
T  27282311 agtatggttaagactttcgaattctccgaagttctcctatggtaatttgcactcctaattcaagcaatgattatctagttcaacgaccgattaacaaagt 27282410  T
Q  323 aattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||||||| ||||||||||||||||    
T  27282411 aattctacccaatctcttgaccta 27282434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 146 - 317
Target Start/End: Original strand, 16190299 - 16190475
Alignment:
Q  146 tggtgccctaggcagttgagttgat-tttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattga------gtatggttaagtcat 238  Q
    |||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||| |||| ||| |      ||||||||||| | |    
T  16190299 tggtgccctaggaaattgagttgatgtttgtaacataaacgaattaaaaacaat-aaagattggtttt-agaaaattaaagagaagtatggttaagacct 16190396  T
Q  239 tcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaac 317  Q
    ||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||| || ||||| |||||||||| || ||| |||||| ||||||    
T  16190397 tcgaatcctccgaagttctcctatgataatttgcactcttaattcaagcaatgattatctagtttaacgacaaattaac 16190475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 225 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 21153295 - 21153174
Alignment:
Q  225 tatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaa 324  Q
    |||||||||| | |||||||| ||||| | ||| | |||||||||||||| || | ||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||||  |||||    
T  21153295 tatggttaagaccttcgaatcctccgatgctcttaaatggtaatttgcacccccaattcaatcaatgttcatttagtttaacgacagattaacacagtaa 21153196  T
Q  325 ttctatccaatctcttgaccta 346  Q
    |||||  |||||||||||||||    
T  21153195 ttctactcaatctcttgaccta 21153174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 238 - 346
Target Start/End: Original strand, 22456711 - 22456818
Alignment:
Q  238 ttcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattctatccaatct 337  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| |||||| || |||| ||||||||||| |  | || ||| |||||||| ||||  |||||||||| |||||||    
T  22456711 ttcgaatcctccgaagttctcctatggaaatttgtaccccta-ttcaatcaatgttcgtctagtttaacgacagactaacaaagtaattctacccaatct 22456809  T
Q  338 cttgaccta 346  Q
    |||||||||    
T  22456810 cttgaccta 22456818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 238 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 49147924 - 49147825
Alignment:
Q  238 ttcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaattctatccaatct 337  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| |||||| || |||| ||||||||||| |  | || ||| |||||||||||||  |||||||||| |||||||    
T  49147924 ttcgaatcctccgaagttctcctatggaaatttgtaccccta-ttcaatcaatgttcgtctagtttaacgacagattaacaaagtaattctacccaatct 49147826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 148 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 8435358 - 8435289
Alignment:
Q  148 gtgccctaggcagttgagttga-ttttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaa 217  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | |||||||||  |||| |||||||||||||    
T  8435358 gtgccctaggcagttgagttgatttttgtaacataaacataataaaaacaataaaag-ttggtttttagaa 8435289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 225 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 15297371 - 15297251
Alignment:
Q  225 tatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaa 324  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||||| |||||   | |||||||||||| || | ||||||||||  | || || ||| |||||||||||||  |||||    
T  15297371 tatgattaagaccttcgaatcctccgatgttcttccacggtaatttgcaccccaa-ttcaatcaatattcatctagtttaacgacagattaacaaagtaa 15297273  T
Q  325 ttctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||||| ||||||||||||||||    
T  15297272 ttctacccaatctcttgaccta 15297251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 305 - 346
Target Start/End: Original strand, 22453421 - 22453462
Alignment:
Q  305 acgacagattaacttagtaattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    |||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||    
T  22453421 acgacagattaacaaagtaattctacccaatctcttgaccta 22453462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 153 - 212
Target Start/End: Original strand, 23990262 - 23990322
Alignment:
Q  153 ctaggcagttgagttgatttt-gtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttt 212  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||  |||||| ||||||    
T  23990262 ctaggcagttgagttaatttttgtaacatatacggattaaaaacaataaaagataggtttt 23990322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0063 (Bit Score: 74; Significance: 7e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0063
Description:

Target: scaffold0063; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 226 - 343
Target Start/End: Original strand, 7199 - 7316
Alignment:
Q  226 atggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagtaat 325  Q
    ||||||||||| |||||||| || ||   |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7199 atggttaagtccttcgaatcctctgatactctcctatggtaatttgtactcctaattcaatcaatgattatttagtttcacgacagattaacttagtaat 7298  T
Q  326 tctatccaatctcttgac 343  Q
    ||||| ||||||||||||    
T  7299 tctattcaatctcttgac 7316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0352 (Bit Score: 68; Significance: 3e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0352
Description:

Target: scaffold0352; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 223 - 346
Target Start/End: Original strand, 2807 - 2930
Alignment:
Q  223 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagt 322  Q
    ||||| |||||| | || ||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||  ||||    
T  2807 agtatcgttaagacctttgaatcctccgaagctctcctatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatatagtttcacgaaagattaaggtagt 2906  T
Q  323 aattctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||||||| | ||||||||||||||    
T  2907 aattctaccaaatctcttgaccta 2930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0500 (Bit Score: 64; Significance: 6e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0500
Description:

Target: scaffold0500; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 226 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 2732 - 2610
Alignment:
Q  226 atggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagta-- 323  Q
    ||||||||||| |||||||| || ||   |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||      
T  2732 atggttaagtccttcgaatcctctgatactctcctatggtaacttgcactcctaattcaatcaatgattatttagtttcacgacagattaacttagtaat 2633  T
Q  324 attctatccaatctcttgaccta 346  Q
    ||||||  |||||||||||||||    
T  2632 attctactcaatctcttgaccta 2610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0567 (Bit Score: 56; Significance: 4e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0567
Description:

Target: scaffold0567; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 223 - 342
Target Start/End: Original strand, 6014 - 6133
Alignment:
Q  223 agtatggttaagtcattcgaatcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaatcaatgattatttaatttcacgacagattaacttagt 322  Q
    |||||||||||| | |||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| ||  ||||||||||||||||  | |    
T  6014 agtatggttaagaccttcgaatcctccgaggttctcctatggtaatttgcactactaattcaaacaatgattatctaggttcacgacagattaacacaat 6113  T
Q  323 aattctatccaatctcttga 342  Q
    || |||| ||||||||||||    
T  6114 aactctacccaatctcttga 6133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0363 (Bit Score: 48; Significance: 2e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0363
Description:

Target: scaffold0363; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 149 - 285
Target Start/End: Original strand, 133 - 273
Alignment:
Q  149 tgccctaggcagttgagttgattttgtaacataaactgattaaaaacaaagaaagattggtttttagaagattg------agtatggttaagtcattcga 242  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  |||||||||||  |||| |||||||| |||| |||       |||||||||||| |||||||    
T  133 tgccctaggcagttgagttggtttt-taacataaacaaattaaaaacaataaaag-ttggttttaagaatattagagagaagtatggttaagacattcga 230  T
Q  243 atcttccgaagttctcatatggtaatttgcactcctagttcaa 285  Q
    ||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||||    
T  231 atcctccgaatttctcctatgataatttgcactcctaattcaa 273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 548 times since January 2019
Visitors: 6717