View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0900_low_54 (Length: 281)

Name: NF0900_low_54
Description: NF0900
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0900_low_54
NF0900_low_54
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (42-242)||(24495259-24495459)
chr8 (42-242)||(23450145-23450346)
[»] scaffold0149 (1 HSPs)
scaffold0149 (42-242)||(36716-36916)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (42-242)||(23844676-23844876)
chr2 (61-242)||(24431493-24431674)
chr2 (42-242)||(23210791-23210991)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (42-242)||(32410381-32410581)
[»] scaffold0436 (1 HSPs)
scaffold0436 (61-242)||(900-1081)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (42-242)||(23844886-23845086)
chr4 (153-242)||(18544653-18544742)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (61-242)||(12056879-12057059)
chr3 (158-239)||(13296217-13296298)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (78-242)||(16478173-16478335)
chr7 (158-239)||(42516-42597)
[»] scaffold0064 (1 HSPs)
scaffold0064 (42-237)||(12191-12386)
[»] scaffold0670 (1 HSPs)
scaffold0670 (153-226)||(5701-5774)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 42 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 24495459 - 24495259
Alignment:
Q  42 ataggtaggtttaatgcatggataagatgaagaatgaagtatgtcactaggagtaaaagatgcagagaatgaaaatcaaactaattgtgggtgtaagatt 141  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24495459 ataggtaggtttaatgcatggataagatgaaggatgaagtatgtcactaggagtaaaagatgctgagaatgaaaatcaaactaatggtgggtgtaagatt 24495360  T
Q  142 taaatatgatgtgaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgatgtaagatgatgatg 241  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24495359 taaatatgatgtgaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgatgtaagatgatgatg 24495260  T
Q  242 t 242  Q
    |    
T  24495259 t 24495259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 42 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 23450346 - 23450145
Alignment:
Q  42 ataggtaggtttaatgcatggataagatgaagaatgaagtatgtcactaggagtaaaagatgcagagaatgaaaatcaaactaattgtgggtgtaagatt 141  Q
    |||||| |||| |||| | ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  23450346 ataggtgggttaaatggacggataagatgaaggatgaagtatgtcactaagagtaaaaaatgcaaagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagatt 23450247  T
Q  142 taaatatgatgtgaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgt-aaaataatgatgagttgctaatgatgtaagatgatgat 240  Q
    || |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23450246 tagatatgacgtgaatatgacaaaattaagagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaaataatgatgagttgctaatgacgtaagatgatgat 23450147  T
Q  241 gt 242  Q
    ||    
T  23450146 gt 23450145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0149 (Bit Score: 181; Significance: 7e-98; HSPs: 1)
Name: scaffold0149
Description:

Target: scaffold0149; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 7e-98
Query Start/End: Original strand, 42 - 242
Target Start/End: Original strand, 36716 - 36916
Alignment:
Q  42 ataggtaggtttaatgcatggataagatgaagaatgaagtatgtcactaggagtaaaagatgcagagaatgaaaatcaaactaattgtgggtgtaagatt 141  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  36716 ataggtaggtttaatgcatggataagatgaaggatgaagtatgtcactatgagtaaaatatgcagagaatgaaaatcaaactaatggtgggtgtaagatt 36815  T
Q  142 taaatatgatgtgaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgatgtaagatgatgatg 241  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36816 tagatatgatgtgaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgatgtaagatgatgatg 36915  T
Q  242 t 242  Q
    |    
T  36916 t 36916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 149; Significance: 9e-79; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 9e-79
Query Start/End: Original strand, 42 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 23844876 - 23844676
Alignment:
Q  42 ataggtaggtttaatgcatggataagatgaagaatgaagtatgtcactaggagtaaaagatgcagagaatgaaaatcaaactaattgtgggtgtaagatt 141  Q
    |||||| |||| |||| | | ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  23844876 ataggtgggttaaatgaacgaataagatgaaggatgaagtgtgtcactaggagtaaaagatgtagagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagatt 23844777  T
Q  142 taaatatgatgtgaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgatgtaagatgatgatg 241  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  23844776 tagatatgatgtaaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgacgtaagatgatgatg 23844677  T
Q  242 t 242  Q
    |    
T  23844676 t 23844676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 61 - 242
Target Start/End: Original strand, 24431493 - 24431674
Alignment:
Q  61 ggataagatgaagaatgaagtatgtcactaggagtaaaagatgcagagaatgaaaatcaaactaattgtgggtgtaagatttaaatatgatgtgaatatg 160  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  24431493 ggataagatgaaggatgaaatatgtcactaggagtaaaagatgtagagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagaattagatatgatgtgaatatg 24431592  T
Q  161 acaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgatgtaagatgatgatgt 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  24431593 acaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgacataagatgatgatgt 24431674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 42 - 242
Target Start/End: Original strand, 23210791 - 23210991
Alignment:
Q  42 ataggtaggtttaatgcatggataagatgaagaatgaagtatgtcactaggagtaaaagatgcagagaatgaaaatcaaactaattgtgggtgtaagatt 141  Q
    |||||| |||| |||| | | ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  23210791 ataggtgggttaaatgaacgaataagatgaaggatgaagtgtgtcacaaggagtaaaagaagaagagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagatt 23210890  T
Q  142 taaatatgatgtgaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgatgtaagatgatgatg 241  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  23210891 tagatgtgatgtgaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgacgtaagatgatgatg 23210990  T
Q  242 t 242  Q
    |    
T  23210991 t 23210991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 149; Significance: 9e-79; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 9e-79
Query Start/End: Original strand, 42 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 32410581 - 32410381
Alignment:
Q  42 ataggtaggtttaatgcatggataagatgaagaatgaagtatgtcactaggagtaaaagatgcagagaatgaaaatcaaactaattgtgggtgtaagatt 141  Q
    |||||| |||| |||| | | ||||||||||| ||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  32410581 ataggtgggttaaatgaacgaataagatgaaggatgaagtgtgccaccaggagtaaaagatgcagagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagatt 32410482  T
Q  142 taaatatgatgtgaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgatgtaagatgatgatg 241  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32410481 tagatatgatgtgaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgacgtaagatgatgatg 32410382  T
Q  242 t 242  Q
    |    
T  32410381 t 32410381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0436 (Bit Score: 146; Significance: 6e-77; HSPs: 1)
Name: scaffold0436
Description:

Target: scaffold0436; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 61 - 242
Target Start/End: Original strand, 900 - 1081
Alignment:
Q  61 ggataagatgaagaatgaagtatgtcactaggagtaaaagatgcagagaatgaaaatcaaactaattgtgggtgtaagatttaaatatgatgtgaatatg 160  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  900 ggataagatgaaggatgaagtgtgtcactaggagtaaaagacgcagagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagatttatatatgatgtgaatatg 999  T
Q  161 acaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgatgtaagatgatgatgt 242  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  1000 ccaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagtcgctaatgacgtaagatgatgatgt 1081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 141; Significance: 6e-74; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 42 - 242
Target Start/End: Original strand, 23844886 - 23845086
Alignment:
Q  42 ataggtaggtttaatgcatggataagatgaagaatgaagtatgtcactaggagtaaaagatgcagagaatgaaaatcaaactaattgtgggtgtaagatt 141  Q
    |||||| |||| |||| | ||||||||||||| ||||||| ||||| | ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  23844886 ataggtgggttaaatgaacggataagatgaaggatgaagtgtgtcagtgggagtaaaagatgtagagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagatt 23844985  T
Q  142 taaatatgatgtgaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgatgtaagatgatgatg 241  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  23844986 tagatatgatgtgaatatgacaaaattatgagttagacataggtagacgaatatatggtgtaaaataattatgagttgctaatgacgtaagatgatgatg 23845085  T
Q  242 t 242  Q
    |    
T  23845086 t 23845086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 153 - 242
Target Start/End: Original strand, 18544653 - 18544742
Alignment:
Q  153 tgaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgatgtaagatgatgatgt 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18544653 tgaatatgacaaaattatgagttagtcataagtagacaaatatatgatgtaaattaatgatgagttgctaatgacgtaagatgatgatgt 18544742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 134; Significance: 8e-70; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 61 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 12057059 - 12056879
Alignment:
Q  61 ggataagatgaagaatgaagtatgtcactaggagtaaaagatgcagagaatgaaaatcaaactaattgtgggtgtaagatttaaatatgatgtgaatatg 160  Q
    ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  12057059 ggatatgatgaaggatgaagtgtgtcactaggagtaaaagatgtagagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagatttagatat-atgtgaatatg 12056961  T
Q  161 acaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgatgtaagatgatgatgt 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  12056960 acaaaattatgagttagacataagtagacaaatatatggtgtaaaataatgatgaattgctaatgacgtaagatgatgatgt 12056879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 158 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 13296298 - 13296217
Alignment:
Q  158 atgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgatgtaagatgatga 239  Q
    ||||||| || |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  13296298 atgacaagatgatgacttagacttaagtagacgaatatatggtgtaagttgatgatgagttgctaatgacgtaagataatga 13296217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 126; Significance: 5e-65; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 78 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 16478335 - 16478173
Alignment:
Q  78 aagtatgtcactaggagtaaaagatgcagagaatgaaaatcaaactaattgtgggtgtaagatttaaatatgatgtgaatatgacaaaattatgagttag 177  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  |||||||||||    
T  16478335 aagtatgtcactaggagtaaaatatgcagagaatgaaaattgaactaatggtgggtgtaagatttagatatgatgttaatatgacaa--ttatgagttag 16478238  T
Q  178 acataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgatgtaagatgatgatgt 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  16478237 acataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgacgtaagatgatgatgt 16478173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 158 - 239
Target Start/End: Original strand, 42516 - 42597
Alignment:
Q  158 atgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgatgtaagatgatga 239  Q
    ||||||| || |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  42516 atgacaagatgatgacttagacttaagtagacgaatatatggtgtaaattaatgatgagttgctaatgacgtaagataatga 42597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0064 (Bit Score: 124; Significance: 8e-64; HSPs: 1)
Name: scaffold0064
Description:

Target: scaffold0064; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 42 - 237
Target Start/End: Original strand, 12191 - 12386
Alignment:
Q  42 ataggtaggtttaatgcatggataagatgaagaatgaagtatgtcactaggagtaaaagatgcagagaatgaaaatcaaactaattgtgggtgtaagatt 141  Q
    |||||| |||| |||| | ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||| ||||||| | ||||    
T  12191 ataggtgggttaaatgaacggataagatgaaggatgaagtgtgtcactaggagtaaaagatgtagagaatgaaaactaaactaatggtgggtgaacgatt 12290  T
Q  142 taaatatgatgtgaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatgatgtaagatgat 237  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  12291 tagatatgatgtgaatatgacaaaattatgagttagaaatgagtagacgaatatatggtataaaataatgatgagtttctaatgacgtaagatgat 12386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0670 (Bit Score: 62; Significance: 8e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0670
Description:

Target: scaffold0670; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 153 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 5774 - 5701
Alignment:
Q  153 tgaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaataatgatgagttgctaatga 226  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  5774 tgaacatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaattaatgaagagttgctaatga 5701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 529 times since January 2019
Visitors: 6696