View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0904-INSERTION-17 (Length: 1255)

Name: NF0904-INSERTION-17
Description: NF0904
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0904-INSERTION-17
NF0904-INSERTION-17
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (8-1209)||(25197537-25198746)
chr3 (156-764)||(25209851-25210470)
chr3 (1215-1245)||(25198781-25198811)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 1058; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 1058; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1209
Target Start/End: Original strand, 25197537 - 25198746
Alignment:
Q  8 ttctatacacctctttcatgacagataaaaactcacaagaaaaacac--acatacttgtttcctaattatttagggtctaataaagatcataaaaatttc 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25197537 ttctatacacctctttcatgacagataaaaactcacaagaaaaacacacacatacttgtttcctaattaattagggtctaataaagatcacaaaaatttc 25197636  T
Q  106 atacacaatctctcaagtctcaaccaagaaaaatgtatcattatatagcaaaagaaaatttattaacatggctaactaaatcagaaccttcctatttcct 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25197637 atacacaatctctcaagtctcaaccaagaaaaatgtatcattatatagcaaaagaaaatttataaacatggctaactaaatcagaaccttcctatttcct 25197736  T
Q  206 catttccaaccattctaacgactatgttgttgggtcttacctactaaaattccttttatcttttaccacataacatgacaaactaattccctcttctttt 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25197737 catttccaaccattctaacgactatgttgttgggtcttacctactaaaattccttttatcttttaccacataacatgacaaactaattccctcttctttt 25197836  T
Q  306 cactcccttcattgtatataacacaatcaccatgcaaatgaaaataaaagagaaataaatgagttgcacaagctactttgagaaaactagcatgtcatgg 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25197837 cactcccttcattgtatataacacaatcaccatgcaaatgaaaatataagagaaataaataagttgcacaagctactttgagaaaactagcatgtcatgg 25197936  T
Q  406 aaaaagagcattaagaagagagcagaaagaaacttgcatgggaaatgctgcataacaaggataccttggaggtttgaatttttccctattgagtttctga 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25197937 aaaaagagcattaagaagagagcagaaagaaacttgcatgggaaatgctgcataacaaggataccttggaggtttgaatttttccctattgagtttctga 25198036  T
Q  506 agagtgttgcagaaagagttacaaaagctatgtgcttgtcatctgtgagaagatcttcaaaccgagtatcgccttcttccatgggaagatcaaagactat 605  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25198037 agggtgttggagaaagagttacaaaagctatgtgcttgtcatctgtgagaagatcttcaaaccgagtatcgccttcttccatgggaagatcaaagactat 25198136  T
Q  606 aggtgtctctgttgattattttagggcagctgctgttgaggattgcattgagctcttccacatccaatcttccttttctagatcaaattctttaaccatt 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25198137 aggtgtctctgttgattattttagggcagctgctgttgaggattgcattgagctcttccacatccaatcttccttttctagatcaaattctttaaccatt 25198236  T
Q  706 ctgcctcgagaagagtttacgcgtttttctttaagaaagtttgattaatagaatctgaaacatcaaccattcatgtgtgcttgctaagatatatcaaggt 805  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  25198237 ccgcctcgagaagagtttacgcgtttttcttttagaaagtttgattaatagaatctgaaacatcaaccattcatgcgtgcttgctaagatatatcaaggt 25198336  T
Q  806 ctatcctattgaaagtggttagaattactgaataacaatggtgtaacactaaaaaggttacttttccattaatgtgtcatatatgtgtgctatgtaaata 905  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25198337 ctatcctattgaaagtggtaagaattactgaataacaatggtgtaacactaaaaaggttacttttccattaatgtgtcatatatgtgtgctatgtaaata 25198436  T
Q  906 tgaagtgtgnnnnnnncaataaggatttcttgacaagcatcaagtttgaatgtttttaagctgaccattttgctagagaatgtatccgagttcaactagt 1005  Q
    |||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |    
T  25198437 tgaagtgtgtttttttcaataaggatttcttgacaagcatcaagtttgaatgtttttaagctgaccattttgctagagaatgtatccgagtccaaataat 25198536  T
Q  1006 gtacgtctagattgacggtgaatttgaccaaattatagactaccgtgattttgaagctcctaacattatttatctttttaccaaaatcacattagtccat 1105  Q
    ||| || | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25198537 gtatgtttggattgacggtgaatttgaccaaattatggactaccgtgattttgaagctcctaacattatttatctttttaccaaaatcacattagtccat 25198636  T
Q  1106 gtgattatgcttaactcactttcaatttaaacataactt--aaatgtaattcaatattagacacatct----tttgaaaaattataagcaaaacatttca 1199  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |       |||||||||||||||||||||||||    
T  25198637 gtgattatgcctaactcactttcaatttaaacataacttaaaaatgtaattcaatattagacacatatgaaaagagaaaaattataagcaaaacatttca 25198736  T
Q  1200 gtgcatctaa 1209  Q
    ||||||||||    
T  25198737 gtgcatctaa 25198746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 156 - 764
Target Start/End: Original strand, 25209851 - 25210470
Alignment:
Q  156 aaagaaaatttattaacatggctaactaaatcagaaccttcct-at-ttcctcatttccaaccattctaacgactatgttgttgggtcttacctactaaa 253  Q
    ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||  |||| || |||| ||||||||||||||| ||| ||| |  |||||||||| |||||||| |    
T  25209851 aaagaaaatttattaacttttctaactaaatcagaacaatcctcatattccccatttccaaccattccaacaactgttatgttgggtctcacctactaca 25209950  T
Q  254 attccttttatcttttaccacataacatgacaaactaattccctcttcttttcactcccttcattgtatataacacaatcaccatgcaaa--tgaaaata 351  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||||   |||| || ||  ||| | ||||| |||| ||||||| || ||||| |||||||  ||||||||    
T  25209951 attccttttaccttttagcacataacatgacaaaaggattctctattgcttttagtccctccattttatataatactatcactatgcaaaaatgaaaata 25210050  T
Q  352 aaagagaaata-aatgagttgcacaagctactt---tgagaaaactagcatgtcatggaaaaagagcattaagaagagagcagaa---agaaacttgcat 444  Q
    ||   |||| | ||||| | |||||| ||||||   ||||||||| |||||| ||||||||||||  || | ||||||| |||||   ||||| ||||||    
T  25210051 aacatgaaacacaatgaatagcacaaactacttgtttgagaaaacaagcatgccatggaaaaagaatataaggaagagatcagaagctagaaatttgcat 25210150  T
Q  445 gggaa---atgctgcataacaaggataccttggaggtttgaatttttccctattgagtttctgaagagtgttgcagaaagagttacaaaagctatgtgct 541  Q
    || ||    |||||||||| |||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  25210151 ggaaagtgctgctgcataataaggataccttggaagtcagaattttcccctattgagtttctgaagggtgttgcagaaaaagttaaaaaagccatgtgct 25210250  T
Q  542 tgtcatctgtgagaagatcttcaaaccgagtatcgccttcttccatgggaagatcaaagactataggtgtctctgttgattattttagggcagctgctgt 641  Q
    |||| |||||||||||||| || |||||||| |   | |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  25210251 tgtcgtctgtgagaagatcctcgaaccgagttt---catcttccatgggaagatcaagtactataggtgtctctgttgattattttagagcagctgctgt 25210347  T
Q  642 tgaggattgcattgagctcttccacatccaatcttccttttctagatcaaattctttaaccattctgcctcgagaagagtttacgcgtttttctttaaga 741  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||| || |||||||||||||    
T  25210348 tgaggattgcattgagttcttccacatccaatcttccttttctagatcaaattctttaaccattactcctcgagacgagtttatgcatttttctttaaga 25210447  T
Q  742 aagtttgattaatagaatctgaa 764  Q
    ||| |||||| ||||||||||||    
T  25210448 aagcttgattcatagaatctgaa 25210470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 1215 - 1245
Target Start/End: Original strand, 25198781 - 25198811
Alignment:
Q  1215 actttattttattgaagttccaaagtataat 1245  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25198781 actttattttattgaagttccaaagtataat 25198811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 57 times since January 2019
Visitors: 6695