View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0905_low_44 (Length: 282)

Name: NF0905_low_44
Description: NF0905
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0905_low_44
NF0905_low_44
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (42-243)||(23450145-23450346)
chr8 (42-243)||(24495259-24495459)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (42-243)||(24431474-24431674)
chr2 (42-243)||(23844676-23844876)
chr2 (42-243)||(23210791-23210991)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (42-243)||(32410381-32410581)
[»] scaffold0149 (1 HSPs)
scaffold0149 (42-243)||(36716-36916)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (42-243)||(23844886-23845086)
chr4 (153-243)||(18544653-18544742)
[»] scaffold0436 (1 HSPs)
scaffold0436 (42-243)||(881-1081)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (50-243)||(12056879-12057070)
chr3 (174-240)||(13296217-13296282)
[»] scaffold0064 (1 HSPs)
scaffold0064 (42-238)||(12191-12386)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (78-243)||(16478173-16478335)
chr7 (174-240)||(42532-42597)
chr7 (42-85)||(16481238-16481281)
[»] scaffold0670 (1 HSPs)
scaffold0670 (161-227)||(5701-5766)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 182; Significance: 2e-98; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 42 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 23450346 - 23450145
Alignment:
Q  42 ataggtgggttaaatggacggataagatgaaggatgaagtatgtcactatgagtaaaagatgcaaagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagaat 141  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  23450346 ataggtgggttaaatggacggataagatgaaggatgaagtatgtcactaagagtaaaaaatgcaaagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagatt 23450247  T
Q  142 tagatatgacgtgaatataacaaaattaagagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaaataataatgagttgctaatgacgtaagatgatgat 241  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23450246 tagatatgacgtgaatatgacaaaattaagagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaaataatgatgagttgctaatgacgtaagatgatgat 23450147  T
Q  242 gt 243  Q
    ||    
T  23450146 gt 23450145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 42 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 24495459 - 24495259
Alignment:
Q  42 ataggtgggttaaatggacggataagatgaaggatgaagtatgtcactatgagtaaaagatgcaaagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagaat 141  Q
    |||||| |||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  24495459 ataggtaggtttaatgcatggataagatgaaggatgaagtatgtcactaggagtaaaagatgctgagaatgaaaatcaaactaatggtgggtgtaagatt 24495360  T
Q  142 tagatatgacgtgaatataacaaaattaagagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaaataataatgagttgctaatgacgtaagatgatgat 241  Q
    || |||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24495359 taaatatgatgtgaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgt-aaaataatgatgagttgctaatgatgtaagatgatgat 24495261  T
Q  242 gt 243  Q
    ||    
T  24495260 gt 24495259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 150; Significance: 2e-79; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 42 - 243
Target Start/End: Original strand, 24431474 - 24431674
Alignment:
Q  42 ataggtgggttaaatggacggataagatgaaggatgaagtatgtcactatgagtaaaagatgcaaagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagaat 141  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24431474 ataggtgggttaagtgaacggataagatgaaggatgaaatatgtcactaggagtaaaagatgtagagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagaat 24431573  T
Q  142 tagatatgacgtgaatataacaaaattaagagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaaataataatgagttgctaatgacgtaagatgatgat 241  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24431574 tagatatgatgtgaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgt-aaaataatgatgagttgctaatgacataagatgatgat 24431672  T
Q  242 gt 243  Q
    ||    
T  24431673 gt 24431674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 42 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 23844876 - 23844676
Alignment:
Q  42 ataggtgggttaaatggacggataagatgaaggatgaagtatgtcactatgagtaaaagatgcaaagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagaat 141  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  23844876 ataggtgggttaaatgaacgaataagatgaaggatgaagtgtgtcactaggagtaaaagatgtagagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagatt 23844777  T
Q  142 tagatatgacgtgaatataacaaaattaagagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaaataataatgagttgctaatgacgtaagatgatgat 241  Q
    ||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23844776 tagatatgatgtaaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgt-aaaataatgatgagttgctaatgacgtaagatgatgat 23844678  T
Q  242 gt 243  Q
    ||    
T  23844677 gt 23844676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 42 - 243
Target Start/End: Original strand, 23210791 - 23210991
Alignment:
Q  42 ataggtgggttaaatggacggataagatgaaggatgaagtatgtcactatgagtaaaagatgcaaagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagaat 141  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  23210791 ataggtgggttaaatgaacgaataagatgaaggatgaagtgtgtcacaaggagtaaaagaagaagagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagatt 23210890  T
Q  142 tagatatgacgtgaatataacaaaattaagagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaaataataatgagttgctaatgacgtaagatgatgat 241  Q
    ||||| ||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23210891 tagatgtgatgtgaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgt-aaaataatgatgagttgctaatgacgtaagatgatgat 23210989  T
Q  242 gt 243  Q
    ||    
T  23210990 gt 23210991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 146; Significance: 6e-77; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 42 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 32410581 - 32410381
Alignment:
Q  42 ataggtgggttaaatggacggataagatgaaggatgaagtatgtcactatgagtaaaagatgcaaagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagaat 141  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  32410581 ataggtgggttaaatgaacgaataagatgaaggatgaagtgtgccaccaggagtaaaagatgcagagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagatt 32410482  T
Q  142 tagatatgacgtgaatataacaaaattaagagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaaataataatgagttgctaatgacgtaagatgatgat 241  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  32410481 tagatatgatgtgaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgt-aaaataatgatgagttgctaatgacgtaagatgatgat 32410383  T
Q  242 gt 243  Q
    ||    
T  32410382 gt 32410381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0149 (Bit Score: 142; Significance: 1e-74; HSPs: 1)
Name: scaffold0149
Description:

Target: scaffold0149; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 42 - 243
Target Start/End: Original strand, 36716 - 36916
Alignment:
Q  42 ataggtgggttaaatggacggataagatgaaggatgaagtatgtcactatgagtaaaagatgcaaagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagaat 141  Q
    |||||| |||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  36716 ataggtaggtttaatgcatggataagatgaaggatgaagtatgtcactatgagtaaaatatgcagagaatgaaaatcaaactaatggtgggtgtaagatt 36815  T
Q  142 tagatatgacgtgaatataacaaaattaagagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaaataataatgagttgctaatgacgtaagatgatgat 241  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36816 tagatatgatgtgaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgt-aaaataatgatgagttgctaatgatgtaagatgatgat 36914  T
Q  242 gt 243  Q
    ||    
T  36915 gt 36916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 142; Significance: 1e-74; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 42 - 243
Target Start/End: Original strand, 23844886 - 23845086
Alignment:
Q  42 ataggtgggttaaatggacggataagatgaaggatgaagtatgtcactatgagtaaaagatgcaaagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagaat 141  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  23844886 ataggtgggttaaatgaacggataagatgaaggatgaagtgtgtcagtgggagtaaaagatgtagagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagatt 23844985  T
Q  142 tagatatgacgtgaatataacaaaattaagagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaaataataatgagttgctaatgacgtaagatgatgat 241  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23844986 tagatatgatgtgaatatgacaaaattatgagttagacataggtagacgaatatatggtgt-aaaataattatgagttgctaatgacgtaagatgatgat 23845084  T
Q  242 gt 243  Q
    ||    
T  23845085 gt 23845086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 153 - 243
Target Start/End: Original strand, 18544653 - 18544742
Alignment:
Q  153 tgaatataacaaaattaagagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaaataataatgagttgctaatgacgtaagatgatgatgt 243  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18544653 tgaatatgacaaaattatgagttagtcataagtagacaaatatatgatgt-aaattaatgatgagttgctaatgacgtaagatgatgatgt 18544742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0436 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 1)
Name: scaffold0436
Description:

Target: scaffold0436; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 42 - 243
Target Start/End: Original strand, 881 - 1081
Alignment:
Q  42 ataggtgggttaaatggacggataagatgaaggatgaagtatgtcactatgagtaaaagatgcaaagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagaat 141  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  881 ataggtgggttaaaagaacggataagatgaaggatgaagtgtgtcactaggagtaaaagacgcagagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagatt 980  T
Q  142 tagatatgacgtgaatataacaaaattaagagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaaataataatgagttgctaatgacgtaagatgatgat 241  Q
    || |||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  981 tatatatgatgtgaatatgccaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgt-aaaataatgatgagtcgctaatgacgtaagatgatgat 1079  T
Q  242 gt 243  Q
    ||    
T  1080 gt 1081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 126; Significance: 5e-65; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 50 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 12057070 - 12056879
Alignment:
Q  50 gttaaatggacggataagatgaaggatgaagtatgtcactatgagtaaaagatgcaaagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagaattagatatg 149  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  12057070 gttaaatgaacggatatgatgaaggatgaagtgtgtcactaggagtaaaagatgtagagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagatttagatat- 12056972  T
Q  150 acgtgaatataacaaaattaagagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaaataataatgagttgctaatgacgtaagatgatgatgt 243  Q
    | |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  12056971 atgtgaatatgacaaaattatgagttagacataagtagacaaatatatggtgt-aaaataatgatgaattgctaatgacgtaagatgatgatgt 12056879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 174 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 13296282 - 13296217
Alignment:
Q  174 ttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaaataataatgagttgctaatgacgtaagatgatga 240  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||   | || ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13296282 ttagacttaagtagacgaatatatggtgtaagt-tgatgatgagttgctaatgacgtaagataatga 13296217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0064 (Bit Score: 121; Significance: 5e-62; HSPs: 1)
Name: scaffold0064
Description:

Target: scaffold0064; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 42 - 238
Target Start/End: Original strand, 12191 - 12386
Alignment:
Q  42 ataggtgggttaaatggacggataagatgaaggatgaagtatgtcactatgagtaaaagatgcaaagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagaat 141  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||| | || |    
T  12191 ataggtgggttaaatgaacggataagatgaaggatgaagtgtgtcactaggagtaaaagatgtagagaatgaaaactaaactaatggtgggtgaacgatt 12290  T
Q  142 tagatatgacgtgaatataacaaaattaagagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaaataataatgagttgctaatgacgtaagatgat 238  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  12291 tagatatgatgtgaatatgacaaaattatgagttagaaatgagtagacgaatatatggtat-aaaataatgatgagtttctaatgacgtaagatgat 12386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 78 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 16478335 - 16478173
Alignment:
Q  78 aagtatgtcactatgagtaaaagatgcaaagaatgaaaattaaactaatggtgggtgtaagaattagatatgacgtgaatataacaaaattaagagttag 177  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||| ||  ||||| |||||||    
T  16478335 aagtatgtcactaggagtaaaatatgcagagaatgaaaattgaactaatggtgggtgtaagatttagatatgatgttaatatgac--aattatgagttag 16478238  T
Q  178 acataagtagacgaatatatggtgtaaaaataataatgagttgctaatgacgtaagatgatgatgt 243  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16478237 acataagtagacgaatatatggtgt-aaaataatgatgagttgctaatgacgtaagatgatgatgt 16478173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 174 - 240
Target Start/End: Original strand, 42532 - 42597
Alignment:
Q  174 ttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaaataataatgagttgctaatgacgtaagatgatga 240  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42532 ttagacttaagtagacgaatatatggtgt-aaattaatgatgagttgctaatgacgtaagataatga 42597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 42 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 16481281 - 16481238
Alignment:
Q  42 ataggtgggttaaatggacggataagatgaaggatgaagtatgt 85  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16481281 ataggtgggttaaatgaacggataagatgaaggatgaagtatgt 16481238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0670 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0670
Description:

Target: scaffold0670; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 161 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 5766 - 5701
Alignment:
Q  161 acaaaattaagagttagacataagtagacgaatatatggtgtaaaaataataatgagttgctaatga 227  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| | |||||||||||||    
T  5766 acaaaattatgagttagacataagtagacgaatatatggtgt-aaattaatgaagagttgctaatga 5701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 2 times since January 2019
Visitors: 6700