View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0908_low_1 (Length: 855)

Name: NF0908_low_1
Description: NF0908
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0908_low_1
NF0908_low_1
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (33-778)||(8454864-8455609)
chr3 (30-778)||(8589936-8590684)
chr3 (30-749)||(6947476-6948195)
chr3 (30-778)||(6736197-6736945)
chr3 (30-778)||(6553512-6554260)
chr3 (33-778)||(6479056-6479801)
chr3 (30-778)||(6519236-6519984)
chr3 (30-348)||(6448286-6448604)
chr3 (34-505)||(5298942-5299413)
chr3 (49-363)||(4388426-4388740)
chr3 (34-774)||(5250380-5251117)
chr3 (32-441)||(8568359-8568768)
chr3 (34-363)||(5268267-5268596)
chr3 (638-766)||(5281466-5281594)
chr3 (679-745)||(8479979-8480045)
chr3 (682-774)||(5299587-5299679)
chr3 (30-170)||(6591013-6591153)
chr3 (84-290)||(7750285-7750494)
chr3 (31-190)||(8471769-8471928)
chr3 (718-774)||(4388024-4388080)
chr3 (718-774)||(5268948-5269004)
chr3 (217-324)||(5281078-5281185)
[»] scaffold0425 (1 HSPs)
scaffold0425 (30-778)||(6551-7299)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (697-778)||(41068403-41068482)
chr4 (480-544)||(41068553-41068617)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (679-726)||(19936185-19936232)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (161-350)||(6572800-6572989)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 570; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 570; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 33 - 778
Target Start/End: Original strand, 8454864 - 8455609
Alignment:
Q  33 aagatccatggttaaagggaagaagtaacagctcccaacattctgcatccccgttccagatatcatctaaaacaagcaagtatttcttgcccattagtat 132  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  8454864 aagatccatggttaaagggaagtagtaacaactcccaacgttccgcatccccgttccagatatcgtctaaaacaagcaaatatttcttgcccattagcat 8454963  T
Q  133 gtgttggagtttatgttgtagtatatttaagtcttcaccatctgctgaagaattaaatgacttgtgaattgctttcgtgagtccaacaacatcaaaagat 232  Q
    || |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8454964 gtattggagttgatgttggagtagatttaagtcttcaccatctgctgaagaattaaacgacttgagaattgctttggtgagtccaacaacatcaaaagat 8455063  T
Q  233 tcaaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatccctcctaaac 332  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8455064 tctgaaacatagacccatgctttaagttcaaaatgctcctttatcttgttgtcattgtacacaagcttagcaagggtggttttacccatccctcctaaac 8455163  T
Q  333 cgactacgctgattattggaacatggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaactttattagtttttctttatcaacatctctaccatatatgctcga 432  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8455164 cgactatgctgattattggaacctggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaacttgattaatttttccttatcaacatctcgaccatatatgctcga 8455263  T
Q  433 ctcatccacgagagctgtagatgacaacctttgtgaaggtttccaactgactaagccttcattcctagcacaaggaccttctcccaatcccaactttttc 532  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  8455264 ctcatccacgagagctgtagatgacaacctttttgaaggtttccaactgactaagccttcattcctagcacaaggaccttctcccaatctcaactctttc 8455363  T
Q  533 ttttgctttgcaagaagttctagtttatccagttgttcattgagcctagattcaaatggatttctagttaaagctgaaaccatgcccaataaattggtgg 632  Q
     ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8455364 cttttctttgcaagaaattctagtttatccagttgttcattgagcctagattcaaatggatttctagataaagctgaaaccaagcccaataaattggtgg 8455463  T
Q  633 taagtggttcagattcagctttcagattatttagcattgcatcggtagaaatctcatctaatagttggtctgcttcataaacaacatgtttaagttcatc 732  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8455464 taagtggttcagattctgctttcaggttatttagcattgcatcagtagaaatctcatctaatagttggtctgcttcataaacaacatgtttaagatcatc 8455563  T
Q  733 aagccacttcttcacatatatgctttcgtactgctttatctctgct 778  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||    
T  8455564 aagccacttcttcacatatttgttttggtactgctttatctctgct 8455609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 561; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 778
Target Start/End: Original strand, 8589936 - 8590684
Alignment:
Q  30 cagaagatccatggttaaagggaagaagtaacagctcccaacattctgcatccccgttccagatatcatctaaaacaagcaagtatttcttgcccattag 129  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  8589936 cagaaaatccatggttaaagggaagtagtaactgctcccaacattctgcattcccgttccagatatcgtctaaaacaagcaagtatttcttgcctgttag 8590035  T
Q  130 tatgtgttggagtttatgttgtagtatatttaagtcttcaccatctgctgaagaattaaatgacttgtgaattgctttcgtgagtccaacaacatcaaaa 229  Q
    |||||| || | || |||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8590036 tatgtgctgcaattgatgttggagtagattcaagtcttcaccatctgctgaagaattaaatgaattgataattgctttggtgagtccaacaacatcaaaa 8590135  T
Q  230 gattcaaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatccctccta 329  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8590136 gattcagaaacatagacccatgctttaagctcaaaatgctcttctatcttgttgtcgttgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatccctccta 8590235  T
Q  330 aaccgactacgctgattattggaacatggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaactttattagtttttctttatcaacatctctaccatatatgct 429  Q
    ||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  8590236 aaccgactatgctgattattggaacgcggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaacttgattagttttttcttatcaacatctctaccatatatgct 8590335  T
Q  430 cgactcatccacgagagctgtagatgacaacctttgtgaaggtttccaactgactaagccttcattcctagcacaaggaccttctcccaatcccaacttt 529  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8590336 cgactcatccacaagagctgtagatgacaacctttttgaaggtttccaactgactaagccttcgttactagcacagggaccttctcccaatcccaacttt 8590435  T
Q  530 ttcttttgctttgcaagaagttctagtttatccagttgttcattgagcctagattcaaatggatttctagttaaagctgaaaccatgcccaataaattgg 629  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  8590436 ttcttttgctttgcaagaagttctagtttatccagttgttcattgagcctggtttcaaatggatttgtagttaaagctgaaaccaagcccaataaattgc 8590535  T
Q  630 tggtaagtggttcagattcagctttcagattatttagcattgcatcggtagaaatctcatctaatagttggtctgcttcataaacaacatgtttaagttc 729  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8590536 tgctaagtggttcagatttagctttcagcttatttagcattgcatcagtagaaatctcatctaatagttggtctgcttcataaacaacatgtttaagttc 8590635  T
Q  730 atcaagccacttcttcacatatatgctttcgtactgctttatctctgct 778  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||    
T  8590636 atcaagccacttcttcacatatttgcttcggtactgctttatctctgct 8590684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 520; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 749
Target Start/End: Original strand, 6947476 - 6948195
Alignment:
Q  30 cagaagatccatggttaaagggaagaagtaacagctcccaacattctgcatccccgttccagatatcatctaaaacaagcaagtatttcttgcccattag 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  6947476 cagaagatccatggttaaagggaagaagtaacagctcccaacattctgcatccccgttccagatatcatctaaaacaagcaagtatttctttcccattaa 6947575  T
Q  130 tatgtgttggagtttatgttgtagtatatttaagtcttcaccatctgctgaagaattaaatgacttgtgaattgctttcgtgagtccaacaacatcaaaa 229  Q
     ||||||||||||| |||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6947576 catgtgttggagttgatgttggagtagattcaagtcttcaccatctgctgaagaattaaatgacttgagaattgctttggtgagtccaacaacatcaaaa 6947675  T
Q  230 gattcaaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatccctccta 329  Q
    |||||  |||| |||||||||| |||||| |||||||| || | |||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6947676 gattctgaaacgtagacccatgttttaaggtcaaaatgctcctctatcttgttgtcattgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatccctccta 6947775  T
Q  330 aaccgactacgctgattattggaacatggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaactttattagtttttctttatcaacatctctaccatatatgct 429  Q
    |||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  || || |||||| ||||||||||||||||| |    
T  6947776 aacccactatgctgattattggaacctggttgccactgtcattgcctgcaagtaaaaacttgattaacttgtccttatcatcatctctaccatatatggt 6947875  T
Q  430 cgactcatccacgagagctgtagatgacaacctttgtgaaggtttccaactgactaagccttcattcctagcacaaggaccttctcccaatcccaacttt 529  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||| |    
T  6947876 tgactcatccatgagagctgtagatgacaatctttttgaaggtttccaactgactaagccttcattactagcgcaaggactttctcccaatcccaactct 6947975  T
Q  530 ttcttttgctttgcaagaagttctagtttatccagttgttcattgagcctagattcaaatggatttctagttaaagctgaaaccatgcccaataaattgg 629  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6947976 ttctttttctttgcaagaagttctagtttatcgagctgttcattgagcctacattcaaatggatttgtagttaaagctgaaaccaagcccaataaattgg 6948075  T
Q  630 tggtaagtggttcagattcagctttcagattatttagcattgcatcggtagaaatctcatctaatagttggtctgcttcataaacaacatgtttaagttc 729  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  6948076 tggtaagtggttcagattcagctttcagcttatttagcattgcatcagtagaaatctcatctaacagttggtctgcctcatagacaacatgtttaagttc 6948175  T
Q  730 atcaagccacttcttcacat 749  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  6948176 atcaagccacttcttcacat 6948195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 509; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 778
Target Start/End: Original strand, 6736197 - 6736945
Alignment:
Q  30 cagaagatccatggttaaagggaagaagtaacagctcccaacattctgcatccccgttccagatatcatctaaaacaagcaagtatttcttgcccattag 129  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||| ||||| ||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  6736197 cagaagatccatggttaaacggaagtagtagctgctcccaatattctacactcccattccagatatcatctaaaacaagcaagtatttctttcccattaa 6736296  T
Q  130 tatgtgttggagtttatgttgtagtatatttaagtcttcaccatctgctgaagaattaaatgacttgtgaattgctttcgtgagtccaacaacatcaaaa 229  Q
     ||||||||||||| |||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||| |||    
T  6736297 catgtgttggagttgatgttggagttgattcaagtcttcaccatctgctgaaggattaaatgacttgagaattgctttggtgagtccaaaaacatcgaaa 6736396  T
Q  230 gattcaaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatccctccta 329  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| |  ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6736397 gattctgaaacatagacccatgctttaagttcaaaatgcttctttatcttgttgtcgttgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatccctccta 6736496  T
Q  330 aaccgactacgctgattattggaacatggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaactttattagtttttctttatcaacatctctaccatatatgct 429  Q
    |||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  6736497 aacccactatgctaattattggaacctggttgccactgtcattgcctgtaagtaaaaacttgattagtttttccttatcatcatctctaccatatatgct 6736596  T
Q  430 cgactcatccacgagagctgtagatgacaacctttgtgaaggtttccaactgactaagccttcattcctagcacaaggaccttctcccaatcccaacttt 529  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| | |    
T  6736597 tgactcatccaggagagctgtagatgacaacctttttgaaggtttccaactgactaagccttcattactagcactaggaccttctcccaatctcaaatct 6736696  T
Q  530 ttcttttgctttgcaagaagttctagtttatccagttgttcattgagcctagattcaaatggatttctagttaaagctgaaaccatgcccaataaattgg 629  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6736697 ttcttttgctttgcaagaagttctagtttatcgagctgttcattgagcctacattcaaatggatttgtagttaaagctgaaaccaagcccaataaattgg 6736796  T
Q  630 tggtaagtggttcagattcagctttcagattatttagcattgcatcggtagaaatctcatctaatagttggtctgcttcataaacaacatgtttaagttc 729  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  6736797 tggtaagtggttcagattcagctttcaccttatttagcattgcatcagtagaaatctcatccaatagttggtctgcttcataaagaacatgtttaagttc 6736896  T
Q  730 atcaagccacttcttcacatatatgctttcgtactgctttatctctgct 778  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||    
T  6736897 atcaagccacttcttcacatatttgttttggtactgctttatctctgct 6736945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 778
Target Start/End: Complemental strand, 6554260 - 6553512
Alignment:
Q  30 cagaagatccatggttaaagggaagaagtaacagctcccaacattctgcatccccgttccagatatcatctaaaacaagcaagtatttcttgcccattag 129  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||| ||||| ||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  6554260 cagaagatccatggttaaacggaagtagtagctgctcccaatattctacactcccattccatatatcatctaaaacaagcaagtatttctttcccattag 6554161  T
Q  130 tatgtgttggagtttatgttgtagtatatttaagtcttcaccatctgctgaagaattaaatgacttgtgaattgctttcgtgagtccaacaacatcaaaa 229  Q
     |||| |||||||| |||||| |||  ||  |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||| |||    
T  6554160 catgtcttggagttgatgttggagttgatccaagtattcaccatctgctgaaggattaaatgacttgagaattgctttggtgagtccaaaaacatcgaaa 6554061  T
Q  230 gattcaaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatccctccta 329  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| |  ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6554060 gattctgaaacatagacccatgctttaagttcaaaatgcttctttatcttgttgtcgttgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatccctccta 6553961  T
Q  330 aaccgactacgctgattattggaacatggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaactttattagtttttctttatcaacatctctaccatatatgct 429  Q
    |||| |||| |||||||||||||||  |||||||||  ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  6553960 aacccactatgctgattattggaacccggttgccaccgtcattgccttcaagtaaaaacttgattaatttttccttatcaacatccctaccatatatgct 6553861  T
Q  430 cgactcatccacgagagctgtagatgacaacctttgtgaaggtttccaactgactaagccttcattcctagcacaaggaccttctcccaatcccaacttt 529  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| | |    
T  6553860 tgactcatccacgagagctgtagacgacaacctttttgaaggtttccaactgactaagccttcattactagcactaggaccttctcccaatctcaaatct 6553761  T
Q  530 ttcttttgctttgcaagaagttctagtttatccagttgttcattgagcctagattcaaatggatttctagttaaagctgaaaccatgcccaataaattgg 629  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |  |||||||||||||    
T  6553760 ttcttttgctttgcaagaagttctagtttatccagttgttcattgagcctacattcaaatggatttgtagttaaagctgaaacgaaacccaataaattgg 6553661  T
Q  630 tggtaagtggttcagattcagctttcagattatttagcattgcatcggtagaaatctcatctaatagttggtctgcttcataaacaacatgtttaagttc 729  Q
    |||||||||||||||||||||||||  | ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6553660 tggtaagtggttcagattcagctttttgcttatttatcattgcatcagtagaaatctcatctaatagttggtctgcctcataaacaacatgtttaagttc 6553561  T
Q  730 atcaagccacttcttcacatatatgctttcgtactgctttatctctgct 778  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||    
T  6553560 atcaagccacttcttcacatatttgttttggtactgctttatctctgct 6553512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 478; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 33 - 778
Target Start/End: Complemental strand, 6479801 - 6479056
Alignment:
Q  33 aagatccatggttaaagggaagaagtaacagctcccaacattctgcatccccgttccagatatcatctaaaacaagcaagtatttcttgcccattagtat 132  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| | ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||    
T  6479801 aagatccatggttaaatggaagtagtaactgctcccaatactctacattcccattccagatatcatctaaaacaagcaagtatttctttcccattaacat 6479702  T
Q  133 gtgttggagtttatgttgtagtatatttaagtcttcaccatctgctgaagaattaaatgacttgtgaattgctttcgtgagtccaacaacatcaaaagat 232  Q
    ||||||||||| |||||| |||  ||  |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  6479701 gtgttggagttgatgttggagttgatccaagtattcaccatctgctgaaggattaaatgacttgagaattgctttggtgagtccaacaacatcataagat 6479602  T
Q  233 tcaaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatccctcctaaac 332  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| |||||||| || | ||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6479601 tctgaaacatagacccatgctttaagttcaaaatgttcctctatcttgttgttgttgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatccctcctaaac 6479502  T
Q  333 cgactacgctgattattggaacatggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaactttattagtttttctttatcaacatctctaccatatatgctcga 432  Q
    | |||| ||||||||| ||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||||| || || |||| ||| || ||||||||||| ||||||||||| ||    
T  6479501 caactatgctgattatcggaacctgggttccactgtcattgcctgcaagtaaaaatttgataagttcttccttgtcaacatctctgccatatatgctgga 6479402  T
Q  433 ctcatccacgagagctgtagatgacaacctttgtgaaggtttccaactgactaagccttcattcctagcacaaggaccttctcccaatcccaactttttc 532  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||   | |    
T  6479401 ctcatccacgagagccgtagatgacaatctttttgaaggtttccaactgactaagccttcattactagcactgggaccttctgccaatcccaacacctac 6479302  T
Q  533 ttttgctttgcaagaagttctagtttatccagttgttcattgagcctagattcaaatggatttctagttaaagctgaaaccatgcccaataaattggtgg 632  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6479301 ttttgcattgcaagaaattctagtttatccagttgttcattgagcctagattcaaatggatttgtagttaaagctgaaaccacgcccaataaattggtgg 6479202  T
Q  633 taagtggttcagattcagctttcagattatttagcattgcatcggtagaaatctcatctaatagttggtctgcttcataaacaacatgtttaagttcatc 732  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  6479201 taagtggttcagattcagctttcagcttatttagcattgcatcagtagatatctcatctaatagttggtctgcttcataaacaacatgtttaagtttatc 6479102  T
Q  733 aagccacttcttcacatatatgctttcgtactgctttatctctgct 778  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  6479101 aagccacttcttcacatatatgatttggtactgctttatctctgct 6479056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 778
Target Start/End: Complemental strand, 6519984 - 6519236
Alignment:
Q  30 cagaagatccatggttaaagggaagaagtaacagctcccaacattctgcatccccgttccagatatcatctaaaacaagcaagtatttcttgcccattag 129  Q
    ||||||||||||||||||  ||||| ||||||   |||||  ||||| | | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  6519984 cagaagatccatggttaagcggaagtagtaacttatcccagtattctaccttcccattccagatatcatctaaaacaagcaagtatttctttgccattag 6519885  T
Q  130 tatgtgttggagtttatgttgtagtatatttaagtcttcaccatctgctgaagaattaaatgacttgtgaattgctttcgtgagtccaacaacatcaaaa 229  Q
     | ||||||||||| |||||| |||  ||  |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  6519884 caggtgttggagttgatgttggagttgatccaagtattcaccatctgctgaaggattaaatgacttgagaattgctttggtgagtccaacatcatcaaaa 6519785  T
Q  230 gattcaaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatccctccta 329  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| |  ||| || ||||||| ||||   || | | ||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  6519784 gattctgaaacatagacccatgctttaagttcaaaatgcttctttgtcatgttgtcattgtagacatgttgagcaagggtggttttacccattcctccta 6519685  T
Q  330 aaccgactacgctgattattggaacatggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaactttattagtttttctttatcaacatctctaccatatatgct 429  Q
    |||| |||| ||||||||||||||| ||||| |||||   |||| ||||||||||||  || | ||||||||| |||| ||||||||||||| ||| |||    
T  6519684 aacccactatgctgattattggaacctggttaccactggtattgtctgcaagtaaaagtttcactagtttttccttatgaacatctctaccacataagct 6519585  T
Q  430 cgactcatccacgagagctgtagatgacaacctttgtgaaggtttccaactgactaagccttcattcctagcacaaggaccttctcccaatcccaacttt 529  Q
     ||||||||||| |||| |||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  || ||||||||| | ||    
T  6519584 tgactcatccacaagagatgtagatgacaatcgttttgaaggtttccaactgactaagccttcattactagcacaaggaccaacttccaatcccagcctt 6519485  T
Q  530 ttcttttgctttgcaagaagttctagtttatccagttgttcattgagcctagattcaaatggatttctagttaaagctgaaaccatgcccaataaattgg 629  Q
    ||| |||| | |||||||  ||||||| | |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||| ||||||||||    
T  6519484 ttcgtttgttgtgcaagagattctagtgtctccagtagtttattgagcctagattcaaatggatttccagttaaagctgaaacccagccaaataaattgg 6519385  T
Q  630 tggtaagtggttcagattcagctttcagattatttagcattgcatcggtagaaatctcatctaatagttggtctgcttcataaacaacatgtttaagttc 729  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6519384 tggtaagtggttcagattcagctttcaacttatatatcattgcatcagtagaaatctcatctaatagttggtctgcttcataaacaacatgtttaagttc 6519285  T
Q  730 atcaagccacttcttcacatatatgctttcgtactgctttatctctgct 778  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||| | |||||||    
T  6519284 atcaagccacttcttcacatatttgttttggtactgcttcagctctgct 6519236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 30 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 6448604 - 6448286
Alignment:
Q  30 cagaagatccatggttaaagggaagaagtaacagctcccaacattctgcatccccgttccagatatcatctaaaacaagcaagtatttcttgcccattag 129  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||| | ||||||||| |||||||| |||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |   ||||    
T  6448604 cagaagatccatggttaaacggaagcagtacctgctcccaacgttctgcattcccgttccagatgtcgtctaaaacaagaaagtatttctttcttgttag 6448505  T
Q  130 tatgtgttggagtttatgttgtagtatatttaagtcttcaccatctgctgaagaattaaatgacttgtgaattgctttcgtgagtccaacaacatcaaaa 229  Q
    ||||||||| |||| |||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6448504 tatgtgttgcagttcatgttggagtagattcaagtcttcaccatctgctgaagaattaaatgactttaggattgctttggtgagtccaacaacatcaaaa 6448405  T
Q  230 gattcaaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatccctccta 329  Q
     ||||  ||||||||||||| | |||||| |||||||| || |||||| ||||||  |||| | ||||||||||||  ||||| || |||||||| || |    
T  6448404 tattctgaaacatagacccaagatttaagttcaaaatgctcctttatcatgttgtgattgtacacaagcttagcaaaagtggtcttacccatcccaccca 6448305  T
Q  330 aaccgactacgctgattat 348  Q
     ||| |||| |||||||||    
T  6448304 gacccactatgctgattat 6448286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 34 - 505
Target Start/End: Original strand, 5298942 - 5299413
Alignment:
Q  34 agatccatggttaaagggaagaagtaacagctcccaacattctgcatccccgttccagatatcatctaaaacaagcaagtatttcttgcccattagtatg 133  Q
    |||||||| |||||| ||||| |||||  ||||||||||||| |||   |||||||||| |||||| ||||||||||  |||||||| ||  ||||| |     
T  5298942 agatccattgttaaaaggaagtagtaagcgctcccaacattccgcactaccgttccagacatcatccaaaacaagcagatatttctttcctgttagtctc 5299041  T
Q  134 tgttggagtttatgttgtagtatatttaagtcttcaccatctgctgaagaattaaatgacttgtgaattgctttcgtgagtccaacaacatcaaaagatt 233  Q
    || || | || |||||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||||     ||||||||| || ||||||||||||| ||||| ||    
T  5299042 tgctgcaattgatgttggagtagattcaagtcttcaccatctgccgaagagtgaaatgaccgtaaaattgctttggtaagtccaacaacattaaaagttt 5299141  T
Q  234 caaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatccctcctaaacc 333  Q
    |  ||||||||||||| ||||| || ||||| || |  | |||| ||||||  |||| | |||| | ||||||||||||||| ||||| || |||| |||    
T  5299142 ccgaaacatagacccaggcttttagttcaaactgtttctgtatcatgttgttattgtacacaagttgagcaagggtggtttttcccattccacctagacc 5299241  T
Q  334 gactacgctgattattggaacatggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaactttattagtttttctttatcaacatctctaccatatatgctcgac 433  Q
     |||| |||||||||||| ||| ||| ||||  |||  || | | ||||||||| ||  ||| ||  ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||     
T  5299242 cactatgctgattattggtacacggtcgccagcatctatgtcggaaagtaaaaatttggttacttcctctttgtcaccatctctgccatatatgctcgat 5299341  T
Q  434 tcatccacgagagctgtagatgacaacctttgtgaaggtttccaactgactaagccttcattcctagcacaa 505  Q
    |||||||| | || ||||  || ||| |||| | ||| |||||||| ||||   |||||||| |||||||||    
T  5299342 tcatccaccaaagatgtacttggcaatctttttaaagctttccaaccgacttcaccttcattactagcacaa 5299413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 49 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 4388740 - 4388426
Alignment:
Q  49 gggaagaagtaacagctcccaacattctgcatccccgttccagatatcatctaaaacaagcaagtatttcttgcccattagtatgtgttggagtttatgt 148  Q
    |||||| |||||  ||||||||| |||  ||| ||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||| |||| || | || ||||    
T  4388740 gggaagtagtaagcgctcccaaccttcctcattcccattccagacatcatctaaaacaagcaaatatttcttaccagttagtttgtgctgcaattgatgt 4388641  T
Q  149 tgtagtatatttaagtcttcaccatctgctgaagaattaaatgacttgtgaattgctttcgtgagtccaacaacatcaaaagattcaaaaacatagaccc 248  Q
    || || | ||| || |||||| ||| || |||||| | ||||||| |  |||||||||| || ||||||||||||||||||| |||  |||| |||||||    
T  4388640 tggagcagattaaactcttcagcatgtgttgaagagtgaaatgacctcagaattgctttggtaagtccaacaacatcaaaagtttctgaaacgtagaccc 4388541  T
Q  249 atgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatccctcctaaaccgactacgctgattat 348  Q
    | |||||||| |||||||| ||||| ||| ||  ||| |||| | |||||| |||||| ||||| || ||||| || || | ||| |||| |||||||||    
T  4388540 aagctttaagttcaaaatgctctttcatcctgcggtcattgtacacaagctgagcaagagtggtcttacccattccaccgagacccactatgctgattat 4388441  T
Q  349 tggaacatggttgcc 363  Q
    ||| || ||||||||    
T  4388440 tggtacttggttgcc 4388426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 34 - 774
Target Start/End: Original strand, 5250380 - 5251117
Alignment:
Q  34 agatccatggttaaagggaagaagtaacagctcccaacattctgcatccccgttccagatatcatctaaaacaagcaagtatttcttgcccattagtatg 133  Q
    ||||||||||   |||||||| |||||  |||||||||||||  ||  ||| ||||||| |||||| |||||||| |  |||||||| ||  ||||| |     
T  5250380 agatccatggcataagggaagtagtaagcgctcccaacattccacactcccattccagacatcatccaaaacaagaagatatttcttacctgttagtctc 5250479  T
Q  134 tgttggagtttatgttgtagtatatttaagtcttcaccatctgctgaagaattaaatgacttgtgaattgctttcgtgagtccaacaacatcaaaagatt 233  Q
    ||  | |||| || ||| |||| ||| || |||||| |||||| |||||| | ||||||  |   ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  5250480 tgccgcagttgatattggagtagattgaactcttcagcatctgttgaagagtgaaatgagctcataattgctttggtgagtccaacaacatcaaaagttt 5250579  T
Q  234 caaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatccctcctaaacc 333  Q
    |  ||||||||||||| |||||||| |||||||| || |  ||| ||| |||||||| |||||||| |||||| ||||| || ||||| || || | |||    
T  5250580 ctgaaacatagacccaagctttaagttcaaaatgctcctgcatcctgtggtcgttgtacgcaagctgagcaagagtggtcttacccattccaccgagacc 5250679  T
Q  334 gactacgctgattattggaacatggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaactttattagtttttctttatcaacatctctaccatatatgctcgac 433  Q
     |||| |||||||||||| ||||| |||||||| |   || | |  |||||||| |  ||||  |  || || ||| ||||||||||||||||||||||     
T  5250680 cactatgctgattattggtacatgattgccactgtttatgtcagacagtaaaaaatcaattaactcctccttgtcaccatctctaccatatatgctcgat 5250779  T
Q  434 tcatccacgagagctgtagatgacaacctttgtgaaggtttccaactgactaagccttcattcctagcacaaggaccttctcccaatcccaactttttct 533  Q
    |||||||| | |||||||| ||  || || | | | ||||||||||| ||    |||||| | |||||| |||   | | |  |||||| | | | | ||    
T  5250780 tcatccaccaaagctgtagttggaaatctatctaagggtttccaactaacgccaccttcactactagcaaaagcctcatgtttcaatccgagcatatcct 5250879  T
Q  534 tttgctttgcaagaagttctagtttatccagttgttcattgagcctagattcaaatggatttctagttaaagctgaaaccatgcccaataaattggtggt 633  Q
    ||||||||||||||| |||||| || || ||   ||| || | ||||||||||||||||||   ||| |||| |||||  | | | ||||  ||| | ||    
T  5250880 tttgctttgcaagaaattctagcttctctagcaattctttaatcctagattcaaatggatt---agtgaaagatgaaaagaagtcgaataccttgctagt 5250976  T
Q  634 aagtggttcagattcagctttcagattatttagcattgcatcggtagaaatctcatctaatagttggtctgcttcataaacaacatgtttaagttcatca 733  Q
    |   |||| ||||||||||||||| || || ||   |||||| || | |||||||||||| || |||||  | |||||  ||  ||||||||| ||||||    
T  5250977 agaaggttgagattcagctttcagcttcttcagtggtgcatcagttgcaatctcatctaacagctggtcaacctcatatgcataatgtttaagatcatca 5251076  T
Q  734 agccacttcttcacatatatgctttcgtactgctttatctc 774  Q
    |||||||||||||| || ||||||| ||| ||||| |||||    
T  5251077 agccacttcttcacgtacatgctttggtattgcttcatctc 5251117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 32 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 8568768 - 8568359
Alignment:
Q  32 gaagatccatggttaaagggaagaagtaacagctcccaacattctgcatccccgttccagatatcatctaaaacaagcaagtatttcttgcccattagta 131  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||| |||||||| ||||  ||| ||| |||||||||||||||| |||||||||  | || |||||  ||| ||    
T  8568768 gaagatccatgattaaatggaagtagtaactgctcccaaaattcctcattcccattccagatatcatctagaacaagcaaaaactttttgcctgttaata 8568669  T
Q  132 tgtgttggagtttatgttgtagtatatttaagtcttcaccatctgctgaagaattaaatgacttgtgaattgctttcgtgagtccaacaacatcaaaaga 231  Q
    | ||||| |||| |  ||  |||  ||  ||||||||||| || | ||| |||| ||||||| || |||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  8568668 tctgttgtagttgacatttgagtggatccaagtcttcaccgtcagatgaggaatgaaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaaga 8568569  T
Q  232 ttcaaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatccctcctaaa 331  Q
    |||  |||||| |||||| |||||||| ||||| || |  | |||||||| ||| ||||   ||||   |||||||||||| || |||||||| |||| |    
T  8568568 ttctgaaacatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctatcttgtggtcattgtagacaagtcgagcaagggtggtcttacccatcccacctaga 8568469  T
Q  332 ccgactacgctgattattggaacatggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaactttattagtttttctttatcaacatctctaccatatatgctcg 431  Q
    || || |  || ||||     ||||||||||||| ||||||| ||  ||| ||| | || |||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||||  |    
T  8568468 cccacaatacttattacgctcacatggttgccaccatcattgtctaaaagcaaataattgattattttatttttatcatcatctctaccatatatgcaag 8568369  T
Q  432 actcatccac 441  Q
    | ||||||||    
T  8568368 attcatccac 8568359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 34 - 363
Target Start/End: Original strand, 5268267 - 5268596
Alignment:
Q  34 agatccatggttaaagggaagaagtaacagctcccaacattctgcatccccgttccagatatcatctaaaacaagcaagtatttcttgcccattagtatg 133  Q
    ||||||||||   |||||||| | |||  |||||||||||||| ||  ||| ||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||  |||||       
T  5268267 agatccatggaataagggaagtaataagcgctcccaacattcttcactcccattccagacatcatccaaaaaaagcaagtatttcttgcctgttagtccc 5268366  T
Q  134 tgttggagtttatgttgtagtatatttaagtcttcaccatctgctgaagaattaaatgacttgtgaattgctttcgtgagtccaacaacatcaaaagatt 233  Q
    || || |  | |||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||| | | ||||||| |  |||||||||| || ||||| | | ||||||||  ||    
T  5268367 tgctgcaactgatgttggagtaaattcaagtcttcaccatctgctgaaaagtcaaatgacctcagaattgctttagtaagtccgagaccatcaaaaattt 5268466  T
Q  234 caaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatccctcctaaacc 333  Q
    |  ||||||||||||| |||||| | | |||||  || || ||| | | ||| |||| | | || | |||||||||||| || ||||| || || | |||    
T  5268467 ccgaaacatagacccaggctttatgtttaaaattctccttgatcctttggtcattgtacacgagttgagcaagggtggtcttacccattccaccgagacc 5268566  T
Q  334 gactacgctgattattggaacatggttgcc 363  Q
     |||| |||||||||||| |||||||||||    
T  5268567 cactatgctgattattggtacatggttgcc 5268596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 638 - 766
Target Start/End: Original strand, 5281466 - 5281594
Alignment:
Q  638 ggttcagattcagctttcagattatttagcattgcatcggtagaaatctcatctaatagttggtctgcttcataaacaacatgtttaagttcatcaagcc 737  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||| ||   ||| || |||| ||||||||| || | ||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||    
T  5281466 ggttcagattcatctttcagcttattcagttgtgcgtcagtagcaatctcatcgaaaatttggtctgcctcatatacagcatgtttaagatcatcaagcc 5281565  T
Q  738 acttcttcacatatatgctttcgtactgc 766  Q
    ||||||| |||||| |||||| |||||||    
T  5281566 acttctttacatatgtgcttttgtactgc 5281594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 679 - 745
Target Start/End: Complemental strand, 8480045 - 8479979
Alignment:
Q  679 agaaatctcatctaatagttggtctgcttcataaacaacatgtttaagttcatcaagccacttcttc 745  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  8480045 agaaatctcatgtaatagttggtttgcttcataaacaacatgtttaagttcatcaagtcaattcttc 8479979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 682 - 774
Target Start/End: Original strand, 5299587 - 5299679
Alignment:
Q  682 aatctcatctaatagttggtctgcttcataaacaacatgtttaagttcatcaagccacttcttcacatatatgctttcgtactgctttatctc 774  Q
    ||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||  ||||| ||| |||||| ||||    
T  5299587 aatctcatccaaaagttgatctgcttcatacacaacatgtttaagatcaccaagccacttcttcacgtatgagctttggtattgctttgtctc 5299679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 30 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 6591153 - 6591013
Alignment:
Q  30 cagaagatccatggttaaagggaagaagtaacagctcccaacattctgcatccccgttccagatatcatctaaaacaagcaagtatttcttgcccattag 129  Q
    |||||||||||||| |||| ||||| |||| || |||||||||||| || |  ||| | |||||||  ||||||||||||||||||||||||||  |||     
T  6591153 cagaagatccatggctaaacggaagtagtagcatctcccaacattccgcttttccgctacagatattgtctaaaacaagcaagtatttcttgccagttac 6591054  T
Q  130 tatgtgttggagtttatgttgtagtatatttaagtcttcac 170  Q
    ||| ||||| | || | |||| ||||| | |||||||||||    
T  6591053 tatctgttgtaattgacgttggagtatttctaagtcttcac 6591013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 84 - 290
Target Start/End: Original strand, 7750285 - 7750494
Alignment:
Q  84 cgttccagatatcatctaaaacaagcaagtatttcttgcccattagtatgtgttggagtttatgttgtagtatatttaagtcttcaccatctg---ctga 180  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||   |||| | ||||| | || | |||| ||||| |  | |||||||| ||  |   ||||    
T  7750285 cgttccagatattgtctaaaacaagcaagtacttcttgccagctagtctctgttgcaattgacgttggagtatttccatgtcttcactatacgtttctga 7750384  T
Q  181 agaattaaatgacttgtgaattgctttcgtgagtccaacaacatcaaaagattcaaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttg 280  Q
    ||||| ||||  | || |||||||||  |||||   ||||| ||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||| || || | |||||||    
T  7750385 agaatgaaattccctgagaattgcttgggtgagatgaacaagatcaaaagattctgaaacatagacccaagctttaagttcaaattgctcatgtatcttg 7750484  T
Q  281 ttgtcgttgt 290  Q
    | ||||||||    
T  7750485 tggtcgttgt 7750494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 31 - 190
Target Start/End: Original strand, 8471769 - 8471928
Alignment:
Q  31 agaagatccatggttaaagggaagaagtaacagctcccaacattctgcatccccgttccagatatcatctaaaacaagcaagtatttcttgcccattagt 130  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||| |||  ||| |   ||||||| |||||| | |||||| |  || ||||||||||||| |    
T  8471769 agaagatccatggttaaagggaagtagtaacttctcccaactttcctcattcagtttccagacatcatccacaacaagtagatagttcttgcccattaat 8471868  T
Q  131 atgtgttggagtttatgttgtagtatatttaagtcttcaccatctgctgaagaattaaat 190  Q
    || | ||| ||||   |||| |||||||  |||||||||| || ||| ||||||| ||||    
T  8471869 atttcttgcagttgccgttggagtatatccaagtcttcactatttgcagaagaatcaaat 8471928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 718 - 774
Target Start/End: Complemental strand, 4388080 - 4388024
Alignment:
Q  718 atgtttaagttcatcaagccacttcttcacatatatgctttcgtactgctttatctc 774  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||| ||||||||| |||||    
T  4388080 atgtttaagatcatcaagccacttcttcacggacatgctttggtactgcttcatctc 4388024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 718 - 774
Target Start/End: Original strand, 5268948 - 5269004
Alignment:
Q  718 atgtttaagttcatcaagccacttcttcacatatatgctttcgtactgctttatctc 774  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| | ||||||| |||||    
T  5268948 atgtttaagatcatcaagccacttcttcacgtacatgctttggaactgcttcatctc 5269004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 217 - 324
Target Start/End: Original strand, 5281078 - 5281185
Alignment:
Q  217 aacaacatcaaaagattcaaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttc 316  Q
    |||| |||||||| ||||  ||||||||||||| |||||| | |||||||| ||||| ||  | | |||||| | | |||||| |||||||||||| ||     
T  5281078 aacagcatcaaaaaattctgaaacatagacccaagctttatgttcaaaatgctctttaattctatcgtcgttatacacaagctcagcaagggtggtctta 5281177  T
Q  317 cccatccc 324  Q
    ||||||||    
T  5281178 cccatccc 5281185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0425 (Bit Score: 505; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0425
Description:

Target: scaffold0425; HSP #1
Raw Score: 505; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 778
Target Start/End: Complemental strand, 7299 - 6551
Alignment:
Q  30 cagaagatccatggttaaagggaagaagtaacagctcccaacattctgcatccccgttccagatatcatctaaaacaagcaagtatttcttgcccattag 129  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||| ||||| ||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  7299 cagaagatccatggttaaacggaagtagtagctgctcccaatattctacactcccattccatatatcatctaaaacaagcaagtatttctttcccattaa 7200  T
Q  130 tatgtgttggagtttatgttgtagtatatttaagtcttcaccatctgctgaagaattaaatgacttgtgaattgctttcgtgagtccaacaacatcaaaa 229  Q
     ||||||||||||| |||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||| |||    
T  7199 catgtgttggagttgatgttggagttgattcaagtcttcaccatctgctgaaggattaaatgacttgagaattgctttggtgagtccaaaaacatcgaaa 7100  T
Q  230 gattcaaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatccctccta 329  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7099 gattctgaaacatagacccatgctttaagttcaaaatgcttctttatcttgttgtctttgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatccctccta 7000  T
Q  330 aaccgactacgctgattattggaacatggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaactttattagtttttctttatcaacatctctaccatatatgct 429  Q
    |||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  6999 aacccactatgctgattattggaacctggttgccactgtcattgccttcaagtaaaaacttgattattttttccttatcaacatccctaccatatatgct 6900  T
Q  430 cgactcatccacgagagctgtagatgacaacctttgtgaaggtttccaactgactaagccttcattcctagcacaaggaccttctcccaatcccaacttt 529  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| | |    
T  6899 tgactcatccacgagagctgtagatgacaacctttttgaaggtttccaactgactaagccttcattactagcactaggaccttctcccaatctcaaatct 6800  T
Q  530 ttcttttgctttgcaagaagttctagtttatccagttgttcattgagcctagattcaaatggatttctagttaaagctgaaaccatgcccaataaattgg 629  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  6799 ttcttttgctttgcaagaagttctagtttatccagttgttcattgagcctacattcaaatggatttgtagttaaagctgaaaccaaacccaataaattgg 6700  T
Q  630 tggtaagtggttcagattcagctttcagattatttagcattgcatcggtagaaatctcatctaatagttggtctgcttcataaacaacatgtttaagttc 729  Q
    |||||||||||||||||||||||||  | ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6699 tggtaagtggttcagattcagctttttgcttatttatcattgcatcagtagaaatctcatctaatagttggtctgcctcataaacaacatgtttaagttc 6600  T
Q  730 atcaagccacttcttcacatatatgctttcgtactgctttatctctgct 778  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||    
T  6599 atcaagccacttcttcacatatttgttttggtactgctttatctctgct 6551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 51; Significance: 9e-20; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 697 - 778
Target Start/End: Complemental strand, 41068482 - 41068403
Alignment:
Q  697 ttggtctgcttcataaacaacatgtttaagttcatcaagccacttcttcacatatatgctttcgtactgctttatctctgct 778  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | || |||||||    
T  41068482 ttggtctgcttca--aacaacatgtttaagttcatcaagccaattcttcacatatatgctttggtactgttatagctctgct 41068403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 480 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 41068617 - 41068553
Alignment:
Q  480 tgactaagccttcattcctagcacaaggaccttctcccaatcccaactttttcttttgctttgca 544  Q
    |||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41068617 tgactaagccttcattactagcgttaggaccttctcccaatcccaactctttcttttgctttgca 41068553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 679 - 726
Target Start/End: Original strand, 19936185 - 19936232
Alignment:
Q  679 agaaatctcatctaatagttggtctgcttcataaacaacatgtttaag 726  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19936185 agaaatctcatgtaatagttggtttgcttcataaacaacatgtttaag 19936232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000005; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 161 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 6572989 - 6572800
Alignment:
Q  161 aagtcttcaccatctgctgaagaattaaatgacttgtgaattgctttcgtgagtccaacaacatcaaaagattcaaaaacatagacccatgctttaagat 260  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||  |||||| |  |||||| ||| |||||||||||| ||||||| ||||   | |||| |||||| |||||||| |    
T  6572989 aagtcttcaccgtctgcaaaagaatggaatgacctaagaattgttttggtgagtccaacagcatcaaatgattttgagacatggacccaagctttaaggt 6572890  T
Q  261 caaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatccctcctaaaccgactacgctgattattg 350  Q
    |||| || |  |  ||| | | ||| ||||   |||||| |||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||    
T  6572889 caaactgtttctccatcctctggtcattgtagacaagctgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgattattg 6572800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 111 times since January 2019
Visitors: 6695