View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0912_low_2 (Length: 772)

Name: NF0912_low_2
Description: NF0912
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0912_low_2
NF0912_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (29-761)||(20519616-20520346)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 678; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 678; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 761
Target Start/End: Original strand, 20519616 - 20520346
Alignment:
Q  29 attttgtttgaggttgggacttgggagtgtacatgtaattgtttaatttgtctaggctaagttacttcacaattgagatagttcggataagtgttttctt 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20519616 attttgtttgaggttgggacttgggagtgtacatgtaattgtttaatttgtctaggctaagttacttcacaattgagatagttcggataagtgttttctt 20519715  T
Q  129 taagtacttatataagagaaaacatgaaatcagcttaataaccatgccaccatgagtattttaacaactagcttatatacttataagtttaatgtaggtt 228  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20519716 taagtacttatataagagaaaacatgaaatcagcttaataaccatgtcaccatgagtattttaactactagcttatatacttataagtttaatgtaggtt 20519815  T
Q  229 ctctgataagttagaaacagaataacagagaatctataggtaggtaggtaatgttaaccaaggttttcaatcactatagcgattgcagtggtgttgcagt 328  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20519816 ctctaataagttagaaacagaataacagagaatctataggtaggtaggtaatgttaaccaaggttttcaatcactatagcaattgcagtggtgttgcagt 20519915  T
Q  329 ccttgatgttgtagagaatcgtggttaagtatagcttatgcggtctcaattgcactgtgactgtggttttcatgtaccggccctgcttttaacagttagt 428  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20519916 cgttgatgttgtagagaatcgtggttaagtatagcttatgcggtctcaattgcactgtgactgtggttttcatgtaccggccctgcttttaacagttagt 20520015  T
Q  429 actgttagtctcggtatttaggactgaaaaggtagatgaaaggaaatttagggaggctgaggagagaacccgtctctttctctcaaatacttgtaaatga 528  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20520016 agtgttagtctcggtatttaggactgacaaggtagatgaaaggaaatttagggaggcggaggagagaacccgtctctttctctcaaatacttgtaaatga 20520115  T
Q  529 gggagtgataaaattctcattatatcattctagatttcttgttctttgatgcttatcatgtagccttcttaactctttcctactagtaattaggaactaa 628  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20520116 gggagcgataaaattctcattatatcattctagatttcttgttctttgatgcttatcatgtagccttcttaactctttgctactagtaattaggaactaa 20520215  T
Q  629 tcacaacagtgtttgaaggattaatcgagttgatcaatggaaacaaaatttgctagaagattaaacactttttcacttgaaaagtgctagaagattatcc 728  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  20520216 tcaca--agtgtttgaaggattaatcgagttgatcaatggaaacaaaatttgctagaagattaaacactttttcacttgaaaagtgctagaagattatca 20520313  T
Q  729 aaagataaagcttctgttattgtttctgttcat 761  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20520314 aaagataaagcttctgttattgtttctgttcat 20520346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University