View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0913_low_87 (Length: 241)

Name: NF0913_low_87
Description: NF0913
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0913_low_87
NF0913_low_87
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (44-241)||(2547079-2547276)
chr3 (44-241)||(15538996-15539193)
chr3 (51-241)||(10725928-10726117)
chr3 (44-239)||(5347344-5347539)
chr3 (75-241)||(16218878-16219044)
chr3 (50-221)||(13440080-13440250)
chr3 (51-241)||(27052397-27052587)
chr3 (44-241)||(19631923-19632118)
chr3 (139-239)||(12696608-12696708)
chr3 (44-241)||(19614362-19614561)
chr3 (44-241)||(10934429-10934626)
chr3 (73-241)||(19659825-19659982)
chr3 (44-153)||(40354386-40354495)
chr3 (139-222)||(15045225-15045308)
chr3 (57-239)||(12252769-12252951)
chr3 (44-174)||(30098729-30098859)
chr3 (135-239)||(4813913-4814016)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (44-241)||(15711368-15711565)
chr4 (44-241)||(11776173-11776370)
chr4 (56-239)||(21981918-21982099)
chr4 (51-238)||(17959826-17960010)
chr4 (45-241)||(16571153-16571336)
chr4 (58-136)||(9566538-9566616)
chr4 (55-174)||(12334697-12334816)
chr4 (73-219)||(12344096-12344241)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (69-241)||(21654180-21654355)
chr2 (63-234)||(28774194-28774365)
chr2 (55-239)||(18995202-18995386)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (43-241)||(11774001-11774200)
chr7 (50-228)||(29731072-29731256)
chr7 (50-228)||(29741691-29741875)
chr7 (75-241)||(8323971-8324140)
chr7 (75-241)||(8327170-8327325)
chr7 (139-222)||(3170266-3170349)
chr7 (93-228)||(29741141-29741282)
chr7 (73-194)||(16094717-16094837)
chr7 (73-191)||(20148596-20148713)
chr7 (160-241)||(20910493-20910574)
chr7 (165-228)||(13761694-13761757)
chr7 (79-222)||(17161226-17161370)
chr7 (73-194)||(16196622-16196742)
chr7 (73-153)||(16175195-16175275)
chr7 (73-119)||(23099869-23099915)
chr7 (81-134)||(13765379-13765432)
[»] scaffold0530 (1 HSPs)
scaffold0530 (52-241)||(2939-3125)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (50-241)||(24194154-24194345)
chr5 (44-241)||(17364122-17364319)
chr5 (50-239)||(19316424-19316613)
chr5 (44-241)||(17169556-17169751)
chr5 (50-241)||(26727682-26727868)
chr5 (55-239)||(19268408-19268595)
chr5 (73-221)||(26867849-26867997)
chr5 (44-133)||(22468535-22468624)
chr5 (79-160)||(26132668-26132749)
chr5 (73-130)||(13456952-13457009)
chr5 (137-239)||(31479591-31479693)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (73-241)||(21719667-21719835)
chr1 (50-241)||(20407812-20408003)
chr1 (63-241)||(22615139-22615317)
chr1 (55-239)||(21423232-21423416)
chr1 (53-239)||(18621898-18622083)
chr1 (165-239)||(23475833-23475907)
chr1 (127-239)||(21978628-21978740)
chr1 (163-221)||(21402675-21402733)
[»] scaffold0190 (1 HSPs)
scaffold0190 (50-241)||(1669-1857)
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (86-241)||(14566539-14566691)
chr6 (50-239)||(19725361-19725544)
chr6 (73-234)||(19977284-19977450)
chr6 (73-225)||(23294256-23294408)
chr6 (55-239)||(10974862-10975046)
chr6 (59-239)||(19980203-19980383)
chr6 (44-173)||(14354252-14354381)
chr6 (44-132)||(23299610-23299698)
chr6 (44-222)||(12463667-12463845)
chr6 (44-198)||(12487697-12487848)
chr6 (73-153)||(23350242-23350322)
chr6 (139-239)||(5484777-5484877)
[»] scaffold0007 (3 HSPs)
scaffold0007 (103-241)||(204779-204920)
scaffold0007 (50-100)||(205918-205968)
scaffold0007 (50-100)||(210888-210938)
[»] scaffold0228 (3 HSPs)
scaffold0228 (55-241)||(7038-7224)
scaffold0228 (55-241)||(14620-14806)
scaffold0228 (55-241)||(24572-24758)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (73-194)||(21695075-21695197)
chr8 (50-239)||(18830650-18830835)
chr8 (50-222)||(25263232-25263404)
chr8 (139-222)||(24624919-24625002)
chr8 (139-239)||(18828536-18828636)
chr8 (44-104)||(17622412-17622472)
[»] scaffold0111 (1 HSPs)
scaffold0111 (73-194)||(30260-30380)
[»] scaffold1114 (1 HSPs)
scaffold1114 (45-233)||(1844-2032)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (50-241)||(154951-155141)
[»] scaffold0004 (1 HSPs)
scaffold0004 (139-241)||(371327-371429)
[»] scaffold0417 (1 HSPs)
scaffold0417 (73-221)||(3594-3742)
[»] scaffold0093 (1 HSPs)
scaffold0093 (73-194)||(51804-51924)
[»] scaffold0412 (1 HSPs)
scaffold0412 (55-222)||(3186-3344)
[»] scaffold0193 (1 HSPs)
scaffold0193 (139-241)||(18873-18975)
[»] scaffold0184 (2 HSPs)
scaffold0184 (170-241)||(10620-10691)
scaffold0184 (50-118)||(5360-5428)
[»] scaffold0205 (1 HSPs)
scaffold0205 (139-241)||(1065-1167)
[»] scaffold0305 (1 HSPs)
scaffold0305 (44-153)||(2476-2585)
[»] scaffold0964 (1 HSPs)
scaffold0964 (160-228)||(2231-2299)
[»] scaffold0039 (1 HSPs)
scaffold0039 (76-119)||(106050-106093)
[»] scaffold2087 (1 HSPs)
scaffold2087 (73-105)||(170-202)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 44 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 2547276 - 2547079
Alignment:
Q  44 catcatcatacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaa 143  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2547276 catcaacatacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcacaaattcacgatttacactcaaataaacaaaa 2547177  T
Q  144 atcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2547176 atcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 2547079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 44 - 241
Target Start/End: Original strand, 15538996 - 15539193
Alignment:
Q  44 catcatcatacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaa 143  Q
    ||||| ||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  15538996 catcaacatacaaacataatcaaacatttataaagtgaatttaaacatgtttcaacaataatcactcatcaattcatgatttacactcaaataagcaaaa 15539095  T
Q  144 atcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||| ||||||    
T  15539096 atcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatcaagtttaatcacataactcaacaatttcatgaagttgatcatatccacaaattcacatgaatt 15539193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 51 - 241
Target Start/End: Original strand, 10725928 - 10726117
Alignment:
Q  51 atacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatca 150  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||  |||||||||||    
T  10725928 atacaaacataa-caaacattcatgaagtgaattcaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcatgatttacactcaattaataaaaaatcatca 10726026  T
Q  151 aaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||| ||||| ||||||||||  ||||||| || ||||||    
T  10726027 aaacaacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagctcttaacataacaattttatgaaatttatcatacctacaaattaacatgaatt 10726117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 44 - 239
Target Start/End: Original strand, 5347344 - 5347539
Alignment:
Q  44 catcatcatacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaa 143  Q
    ||||| |||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| |||  ||||    
T  5347344 catcaacatacaaagataaacaaacattaatgaagtgaattcaaacatgtttcaacaacaatcaatcaccaattcatgattcacactcaactaataaaaa 5347443  T
Q  144 atcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaa 239  Q
    |||| |||||  ||| | |  |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  5347444 atcaacaaaacaactcatcgccaacaacaactatgaagtttaagctcttaacacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaatttcacatgaa 5347539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 75 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 16219044 - 16218878
Alignment:
Q  75 gaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaatcacttaacaacaacaacaac 174  Q
    |||||||||| ||||| || |||||||||||| || || |||  | ||||||||||||| ||| |||||||||||||||  ||||| |||||||| | ||    
T  16219044 gaagtgaattcaaacacgtctcaacaacaatctcttactaatctatgatttacactcaattaatcaaaaatcatcaaaacaacttatcaacaacagctac 16218945  T
Q  175 tatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16218944 tatgaagtttaagctcttaacacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaatt 16218878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 50 - 221
Target Start/End: Original strand, 13440080 - 13440250
Alignment:
Q  50 catacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatc 149  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || || |||| |||| |||||||| |||  ||||||||||    
T  13440080 catacaaacataaacaaacattcatgaagtgaattcaaacatgtttcaacaacaatcaaccaacatttcatgattcacactcaattaataaaaaatcatc 13440179  T
Q  150 aaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcac--ataacacaacaatttcatgaagtttatcata 221  Q
    ||||  |||   |||||||||||||| |||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13440180 aaaacaact---caacaacaacaactctgaagtttaagctcttataacacaacaatttcatgaagtttatcata 13440250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 51 - 241
Target Start/End: Original strand, 27052397 - 27052587
Alignment:
Q  51 atacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgattt-acactcaaataaacaaaaatcatc 149  Q
    |||||||  |||||||| ||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||| ||| ||||| ||| |    
T  27052397 atacaaatgtaaacaaacatttatgaagtgaattcaaagatgtttcaacaacaaacactcac-aattcatgattttacactcaattaatcaaaattcacc 27052495  T
Q  150 aaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    |||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  27052496 aaagcaactcaacaacaacaacaactatgaagtttaagctcttaacacagcaatttcatcaagtttatcatacccacaaattcacatgaatt 27052587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 44 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 19632118 - 19631923
Alignment:
Q  44 catcatcatacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaa 143  Q
    ||||| |||||||||||  | ||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| |||||    
T  19632118 catcaacatacaaacatgcataaacatttatgaagtgaatttaagcatgtttcaacaataatcactcatcaattcatgatttacactcaattaagcaaaa 19632019  T
Q  144 atcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    ||||||||||  |||||  ||||| ||||||  ||| |||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||    
T  19632018 atcatcaaaacaacttataaacaaaaacaac--tgaggtttaagcacataacacaatcaattcatgaagtttatcataccagcaaattcacatgaatt 19631923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 139 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 12696708 - 12696608
Alignment:
Q  139 caaaaatcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttga 238  Q
    |||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||    
T  12696708 caaaaatcatcaaagtaacttatcaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaatttcacatga 12696609  T
Q  239 a 239  Q
    |    
T  12696608 a 12696608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 44 - 241
Target Start/End: Original strand, 19614362 - 19614561
Alignment:
Q  44 catcatcatacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataa--acaa 141  Q
    ||||| |||||||||||  | ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||     |||||| |  |||  | ||    
T  19614362 catcaacatacaaacatgtataaacatttatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaataatcacttaccaattcattgaatacacttagttaagtaaaa 19614461  T
Q  142 aaatcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    ||||| ||| ||  ||||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  19614462 aaatcttcagaacaacttatcaacaacaacaacaatgaaatttaatcacataacatatcaatttcatgaagtttatcatatccacaaattcacatgaatt 19614561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 44 - 241
Target Start/End: Original strand, 10934429 - 10934626
Alignment:
Q  44 catcatcatacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaa 143  Q
    ||||| |||| ||| | ||||||| |||||||||||||||| ||| |  ||| | ||| | |||||||||| |||| ||||||||||||| ||| |||||    
T  10934429 catcaacataaaaatacaaacaaacattcatgaagtgaattcaaatacattttagcaatattcactcaccagttcatgatttacactcaattaatcaaaa 10934528  T
Q  144 atcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    ||| ||||||  ||  ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||| ||||| | |||||||||||   || |||||||| ||||||    
T  10934529 atcttcaaaacaacacaacaacaacaacaactatggagtttaagctcttaacacaacgatttcgttaagtttatcatttccataaattcacatgaatt 10934626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 73 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 19659982 - 19659825
Alignment:
Q  73 atgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaatcacttaacaacaacaaca 172  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||           ||||||||||    
T  19659982 atgaagtgaatttaagcatgtttcaacaataatcactcatcaattcatgatttacactcaattaagcaaaaatcatcaa-----------aacaacaaca 19659894  T
Q  173 actatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    ||||||| || ||||||||||| ||||  | |||  |||||||||||||| | ||||||||| ||||||    
T  19659893 actatgaggtctaagcacataagacaatcaattctagaagtttatcatacccgcaaattcacatgaatt 19659825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 44 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 40354495 - 40354386
Alignment:
Q  44 catcatcatacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaa 143  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||| | |||||||| |||||| |||||    
T  40354495 catcaacatataaacataaataaacattcaagaagtgaatttaaacatgttccaacataaatcactcatcaattcatggtttacacttaaataagcaaaa 40354396  T
Q  144 atcatcaaaa 153  Q
    ||||||||||    
T  40354395 atcatcaaaa 40354386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 139 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 15045308 - 15045225
Alignment:
Q  139 caaaaatcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatac 222  Q
    |||||||||||||||  | ||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15045308 caaaaatcatcaaaacaagttatcaacaacaacaaccatgagttttaagcacataacacatcaatttcatgaagtttatcatac 15045225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 57 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 12252951 - 12252769
Alignment:
Q  57 acataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaatca 156  Q
    ||||||||||  |||  |||| |||||| |||||| |||||||||||||||  |||||||||| || || ||||||||||   || ||||||  |||  |    
T  12252951 acataaacaatcattagtgaaatgaattcaaacatatttcaacaacaatcatacaccaattcatgaatttcactcaaatagtaaataatcatgtaaacaa 12252852  T
Q  157 cttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaa 239  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||   |||||||| |  || |||||||||||||||| || || ||||| ||||    
T  12252851 ctcaataacaacaacaactatgaagtttaagctactaacacaagatattgatgaagtttatcatacacagaatttcacatgaa 12252769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 44 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 30098859 - 30098729
Alignment:
Q  44 catcatcatacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaa 143  Q
    ||||| |||| |||||| |||||  ||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||  || || || ||||||||||  |||||    
T  30098859 catcaacatagaaacatcaacaatcattaatggagtgaattcaaacatgtttcaacaacaatcatataccaaaccatgaatttcactcaaatagtcaaaa 30098760  T
Q  144 atcatcaaaatcacttaacaacaacaacaac 174  Q
    ||||| ||||  | | |||||||||||||||    
T  30098759 atcattaaaacaagtcaacaacaacaacaac 30098729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 135 - 239
Target Start/End: Original strand, 4813913 - 4814016
Alignment:
Q  135 taaacaaaaatcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcac 234  Q
    ||||||||| | |||| ||  ||||||||||||||| | | ||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||    
T  4813913 taaacaaaagttatcacaacaacttaacaacaacaaaatc-atgagttttaagcacgtaacccaacaatttcatgaagtttatcatatccacaatttcac 4814011  T
Q  235 ttgaa 239  Q
     ||||    
T  4814012 atgaa 4814016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 44 - 241
Target Start/End: Original strand, 15711368 - 15711565
Alignment:
Q  44 catcatcatacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaa 143  Q
    ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| |||||    
T  15711368 catcaacacacaaacataaacaaacattcatgaagtgaattcaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcatgattcacactcaattaatcaaaa 15711467  T
Q  144 atcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    ||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||    
T  15711468 atcttcaaaacaacttaacaacaacaacaactatgaagtttaatctcttaacacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaatttacatgaatt 15711565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 44 - 241
Target Start/End: Original strand, 11776173 - 11776370
Alignment:
Q  44 catcatcatacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaa 143  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| |||||    
T  11776173 catcaacatacaaacataaacaaacattcatgaagtgattttaaacacatttcaacaacaatcactcaccaattcatgattcacactcaattaatcaaaa 11776272  T
Q  144 atcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    ||||| ||||  ||||| |||||||||||| |||||||||||||| |  || |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  11776273 atcattaaaacaacttatcaacaacaacaattatgaagtttaagctctgaagacaacaatttcatgaagtttatcacacccacaaattcacttgaatt 11776370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 56 - 239
Target Start/End: Original strand, 21981918 - 21982099
Alignment:
Q  56 aacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaatc 155  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | || ||||||| |||||| || ||||||| ||||| |||||||||      
T  21981918 aacataaacaaacattaatgaagtgaattcaaacatgtttcaacaacaatcccacatcaattcatgatttatacgcaaataatcaaaattcatcaaaaca 21982017  T
Q  156 acttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacat-aacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaa 239  Q
    |||   ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  21982018 act---caacaacaacaactatgaagtttaagctcttaaacacaacaatttcattaagtttatcatacccacaatttcacatgaa 21982099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 51 - 238
Target Start/End: Original strand, 17959826 - 17960010
Alignment:
Q  51 atacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatca 150  Q
    ||||||||||||| ||  |||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || |||||||||||||| ||||||||| ||    
T  17959826 atacaaacataaataagcatttgtgaagtgaatttaaacatgtttcaacaataatcactcatcaattcatgacttacactcaaataagcaaaaatcacca 17959925  T
Q  151 aaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttga 238  Q
    |||  ||||| ||||   ||||||| |||  ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||  | ||||||||||||    
T  17959926 aaacaacttatcaac---aacaactttgagttttaagcacataacataacaaattcatgaagtttattataccaataaattcacttga 17960010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 45 - 241
Target Start/End: Original strand, 16571153 - 16571336
Alignment:
Q  45 atcatcatacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaa-tcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaa 143  Q
    |||| |||| ||||||||||||| | |||||||||||||| |||||| | |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||| |||  ||||    
T  16571153 atcaacatagaaacataaacaaacactcatgaagtgaattcaaacatatctcaacaacatgtcactcaccaattcatgatttacactcaattaataaaaa 16571252  T
Q  144 atcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    ||||||||||              ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16571253 atcatcaaaa--------------caacaactatgaagtttaagctcttaacacaacaattttatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaatt 16571336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 58 - 136
Target Start/End: Original strand, 9566538 - 9566616
Alignment:
Q  58 cataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaata 136  Q
    |||||||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||| || |||||||||||||    
T  9566538 cataaacaatcattaatgaagtgaattcaaacatgtttcaacaacaatcatacaccaattcatgaattacactcaaata 9566616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 55 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 12334816 - 12334697
Alignment:
Q  55 aaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaat 154  Q
    |||||| || ||| ||| |||||||||||| | ||||||||||||| ||||||  |||||||||| || || ||||||||||   ||||||||| ||||     
T  12334816 aaacatgaataaacattaatgaagtgaattcagacatgtttcaacaccaatcatacaccaattcatgaatttcactcaaatagtgaaaaatcatgaaaac 12334717  T
Q  155 cacttaacaacaacaacaac 174  Q
     ||| |||||||||||||||    
T  12334716 aactcaacaacaacaacaac 12334697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 73 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 12344241 - 12344096
Alignment:
Q  73 atgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaatcacttaacaacaacaaca 172  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||  ||||||   ||||||||| || || |||| |||||  |||||||||| ||||  ||| ||||||||||| |    
T  12344241 atgaagtgaattcaaacgtgtttcaacgccaatcatagaccaattcatgaatttcactgaaatagtcaaaaatcatgaaaacaactcaacaacaacaata 12344142  T
Q  173 actatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatca 219  Q
    || |||||||| |||   ||||||| || | ||||||||||||||||    
T  12344141 ac-atgaagttaaagataataacaccaccaattcatgaagtttatca 12344096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 69 - 241
Target Start/End: Original strand, 21654180 - 21654355
Alignment:
Q  69 attcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaatcactt---aacaac 165  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||  ||||   ||||||    
T  21654180 attcatgaagtgaattcaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcatgatttacactcaattaatcaaaaatcatcaaaacaacttaacaacaac 21654279  T
Q  166 aacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21654280 aacaacaaccatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaatt 21654355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 63 - 234
Target Start/End: Original strand, 28774194 - 28774365
Alignment:
Q  63 acaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaatcacttaac 162  Q
    ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||| ||  |||||||||||||||  ||| |||    
T  28774194 acaaacatccatgaagtgaattcaaacatgtttcaacaacaatcacacatcaattcatgatttacactcaactagtcaaaaatcatcaaaacaactcaac 28774293  T
Q  163 aacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcac 234  Q
    || ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  28774294 aataacaacaactatgaagtttaagctcttaacacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaatttcac 28774365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 55 - 239
Target Start/End: Original strand, 18995202 - 18995386
Alignment:
Q  55 aaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaat 154  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||| || || |||| |||||  | |||||||||||||     
T  18995202 aaacataaacaaacattaatgaagtgaattcaaacatgtttcaacaacaatcatacaccaattcatgaatttcacttaaatagtcgaaaatcatcaaaac 18995301  T
Q  155 cacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaa 239  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  18995302 aactcaacaacaacaacaactatgaagtttaagctattaacacaataaattcatgaagtttatcatacccacaatttcacatgaa 18995386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 128; Significance: 3e-66; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 43 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 11774200 - 11774001
Alignment:
Q  43 acatcatcatacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaaca-a 141  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||  | |    
T  11774200 acatcaacatacaaacataaacaaatattcatgaagtgagttcaaacatatttcaacaacaatcactcaccaattcatgattttcactcaatcaataaga 11774101  T
Q  142 aaatcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  11774100 aaatcatcaaaacaacttatcaacaacaacaactatgaagtttaagcgcataacacaacaatttcatgaagtttatcatatccacaaattcacttgaatt 11774001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 50 - 228
Target Start/End: Original strand, 29731072 - 29731256
Alignment:
Q  50 catacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaat---tcacgatttacactcaaataaacaaaaatc 146  Q
    |||||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||   ||| ||||||||||||||||| ||||| ||    
T  29731072 catacaaacataaacaaacatttaagaagtgaattcaaacatgtttcaacaacaatcacacaccaattcatcatgatttacactcaaataatcaaaattc 29731171  T
Q  147 atcaaaatcacttaacaacaacaacaac---tatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaa 228  Q
    |||||||  ||| |||||||||||||||   |||||||||||||| | |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29731172 atcaaaacaactcaacaacaacaacaacaattatgaagtttaagctcttaacatgacaatttcatgaagtttatcatactcacaa 29731256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 50 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 29741875 - 29741691
Alignment:
Q  50 catacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaat---tcacgatttacactcaaataaacaaaaatc 146  Q
    |||||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||   ||| ||||||||||||||||| ||||| ||    
T  29741875 catacaaacataaacaaacatttaagaagtgaattcaaacatgtttcaacaacaatcacacaccaattcatcatgatttacactcaaataatcaaaattc 29741776  T
Q  147 atcaaaatcacttaacaacaacaac---aactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaa 228  Q
    |||||||  ||| ||||||||||||   || |||||||||||||| | ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29741775 atcaaaacaactcaacaacaacaacaataattatgaagtttaagctcttaagatgacaatttcatgaagtttatcatactcacaa 29741691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 75 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 8324140 - 8323971
Alignment:
Q  75 gaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaatcactta---acaacaacaac 171  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||  ||||||||||| | |||   |||||||||||||  |||||   |||||||||||    
T  8324140 gaagtgaattcaaacatgtttcaacaacaatcactcattgattcgtgatttacactctattaatacaaaatcatcaaaacaacttattaacaacaacaac 8324041  T
Q  172 aactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||    
T  8324040 aactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcctgaagtttatcttacccacaaattcacatgaatt 8323971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 75 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 8327325 - 8327170
Alignment:
Q  75 gaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaatcacttaacaacaacaacaac 174  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | ||||  ||||||||||| | |||  ||||||||||||||           ||||||||||    
T  8327325 gaagtgaattcaaacatgtttcaacaataatcactcatcgattcgtgatttacactctattaataaaaaatcatcaaaa-----------caacaacaac 8327237  T
Q  175 tatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||    
T  8327236 tatgaagtttaagaacataacataacaatttcctgaagtttaccgtacccacaaattcacatgaatt 8327170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 139 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 3170349 - 3170266
Alignment:
Q  139 caaaaatcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatac 222  Q
    |||||||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3170349 caaaaatcctcaaaacaacttatcaacaacaacaactatgagttttaagcacataacacatcaatttcatgaagtttatcatac 3170266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 93 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 29741282 - 29741141
Alignment:
Q  93 tttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaatcacttaacaacaac------aacaactatgaagtttaa 186  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||  | | |||||||||      ||||| ||||||||||||    
T  29741282 tttcaacaacaatcacacaccaattcatgatttacactcaaataatcaaaattcatcaaaacaattcaacaacaacaacagcaacaattatgaagtttaa 29741183  T
Q  187 gcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaa 228  Q
    || | |||||  ||||||||||| ||| ||||| ||||||||    
T  29741182 gctcttaacatgacaatttcatgcagtgtatcacactcacaa 29741141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 73 - 194
Target Start/End: Original strand, 16094717 - 16094837
Alignment:
Q  73 atgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaatcacttaacaacaacaaca 172  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |  ||||||||| ||||||| | |||||||| || ||| | |||||||||||||  ||||| || ||||||||    
T  16094717 atgaagtgaatttgaacatgtttcaatagtaatcactcatcaattcatggtttacacttaattaagcgaaaatcatcaaaacaacttatcaccaacaaca 16094816  T
Q  173 actatgaagtttaagcacataa 194  Q
    |||||||| |||||||||||||    
T  16094817 actatgaa-tttaagcacataa 16094837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 73 - 191
Target Start/End: Original strand, 20148596 - 20148713
Alignment:
Q  73 atgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaatcacttaacaacaacaaca 172  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||||||| | |||||||| || ||| ||||||||| ||||   ||||| || ||||||||    
T  20148596 atgaagtgaatttaaacatgttccaacaataatcactcgtcaattcatggtttacacttaattaagcaaaaatcaccaaagcaacttatcaccaacaaca 20148695  T
Q  173 actatgaagtttaagcaca 191  Q
    |||||||| ||||||||||    
T  20148696 actatgaa-tttaagcaca 20148713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 160 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 20910574 - 20910493
Alignment:
Q  160 aacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    |||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||    
T  20910574 aacaacaataacaactatgagttttaagcacataacatatcaatttcatgaagtttatcatacccataaattcacatgaatt 20910493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 165 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 13761757 - 13761694
Alignment:
Q  165 caacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaa 228  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||    
T  13761757 caacaacaactatgaagtttaagctcttaacacaaccatttcatgaaatttatcatacccacaa 13761694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 79 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 17161370 - 17161226
Alignment:
Q  79 tgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaa-atcacttaacaacaacaacaactat 177  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||   || ||||| || ||| ||||||||| |||| |  ||||| || | |||||||||||    
T  17161370 tgaatttaaacatgttccaacaataatcactcatcaattcatcgttcacacttaattaagcaaaaatcaccaaacacaacttatcaccgacaacaactat 17161271  T
Q  178 gaagtttaagcacat-aacacaacaatttcatgaagtttatcatac 222  Q
    ||| ||||||||||| |||| | ||||| ||||||||||| |||||    
T  17161270 gaa-tttaagcacataaacatatcaattccatgaagtttaacatac 17161226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 73 - 194
Target Start/End: Original strand, 16196622 - 16196742
Alignment:
Q  73 atgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaatcacttaacaacaacaaca 172  Q
    |||||||||||||||| ||||| | |||| ||| ||||| ||||||| | ||||||||  | ||| |||||||||||||||  ||||| || |||||| |    
T  16196622 atgaagtgaatttaaatatgttcctacaataattactcatcaattcatggtttacacttgattaagcaaaaatcatcaaaacaacttatcaccaacaata 16196721  T
Q  173 actatgaagtttaagcacataa 194  Q
    |||| | | |||||||||||||    
T  16196722 actacgga-tttaagcacataa 16196742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 73 - 153
Target Start/End: Original strand, 16175195 - 16175275
Alignment:
Q  73 atgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaa 153  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| | ||||||||  | ||| ||||||| |||||||    
T  16175195 atgaagtgaaattaaacatgttccaacaataatcactcatcaattcatggtttacacttgattaagcaaaaatgatcaaaa 16175275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 73 - 119
Target Start/End: Original strand, 23099869 - 23099915
Alignment:
Q  73 atgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattca 119  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | |||||||    
T  23099869 atgaagtgaatttgaacatgtttcaacaataatcacttatcaattca 23099915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 81 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 13765432 - 13765379
Alignment:
Q  81 aatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaa 134  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||| ||||    
T  13765432 aattcaaacatgtttcaacaacaatcacactccaattcatgatttccacccaaa 13765379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0530 (Bit Score: 124; Significance: 7e-64; HSPs: 1)
Name: scaffold0530
Description:

Target: scaffold0530; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 52 - 241
Target Start/End: Original strand, 2939 - 3125
Alignment:
Q  52 tacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaa 151  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| |||||||  | |||||||||| ||    
T  2939 tacaaacataaacaaacattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaaccactcacaaattcatgatttaaactcaaactagcaaaaatcataaa 3038  T
Q  152 aatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    ||||||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  3039 aatcactt---aacagcaacaactatgaagtttaagcacataatacaacaatttcatgaagtttattatactcataaattcacttgaatt 3125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 120; Significance: 2e-61; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 50 - 241
Target Start/End: Original strand, 24194154 - 24194345
Alignment:
Q  50 catacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatc 149  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| |||  ||||||||||    
T  24194154 catacaaacataaacaaacatccatgaagtgaattcaaacatgtttcaacaacaatcactcacaaattcatgattcacactcaattaataaaaaatcatc 24194253  T
Q  150 aaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    ||||  || || ||||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24194254 aaaacgacatatcaacaacaacaactatgaagtttaaactcttaatacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacttgaatt 24194345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 44 - 241
Target Start/End: Original strand, 17364122 - 17364319
Alignment:
Q  44 catcatcatacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaa 143  Q
    ||||| ||| |||||||||| ||| ||| || |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||  |  |||||| |  |||||||||    
T  17364122 catcaacatgcaaacataaataaacatttattaagtgaatttaagcatgtttcaacaataatcactcaccaattcattaaatacacttagttaaacaaaa 17364221  T
Q  144 atcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | || |||||||| ||||||    
T  17364222 atcatcaaaacaacttatcaacaacaacaactatgaattttaagcacataacatatcaatttcatgaagtttatcatgcccataaattcacatgaatt 17364319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 50 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 19316613 - 19316424
Alignment:
Q  50 catacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatc 149  Q
    |||| ||||||||||||| |||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||   ||||||||||    
T  19316613 catataaacataaacaaacattcataatgtgaattcaaacatctttcaacaacaattaatcaccaattcatgatttatactcaaatagttaaaaatcatc 19316514  T
Q  150 aaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaa 239  Q
    ||||| ||| |||||||| ||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||    
T  19316513 aaaataactcaacaacaaaaacaattatgaagtttaagctcttaacacaacaatttcatgaagtttatcatacccaaaatttcacatgaa 19316424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 44 - 241
Target Start/End: Original strand, 17169556 - 17169751
Alignment:
Q  44 catcatcatacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaa 143  Q
    ||||| ||||||||||||||| || ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||| |||||    
T  17169556 catcaacatacaaacataaaccaacatttatgaagtgaattcaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcatgatttacact--attaatcaaaa 17169653  T
Q  144 atcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    ||| || |||  ||||| ||| |||||| | |||||||||||||  | ||||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||||||||||    
T  17169654 atcttctaaacaacttatcaaaaacaactaatatgaagtttaagatcttaacacaacaattacatgaagtttatcgtacacataaattcacttgaatt 17169751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 50 - 241
Target Start/End: Original strand, 26727682 - 26727868
Alignment:
Q  50 catacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatc 149  Q
    ||||||||||||   ||| ||| || ||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| |||||||||||    
T  26727682 catacaaacatatgtaaacatttattaagtgaattcaaa--tgtttcaacaacaatcactcaccaattcatgatttacactctagtaagcaaaaatcatc 26727779  T
Q  150 aaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    | ||  ||||   | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  26727780 ataacaactt---atcaacaacaactatgaagtttaaacacataacacaacaatttcatgaagtttatcatatccacaaattcacatgaatt 26727868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 55 - 239
Target Start/End: Original strand, 19268408 - 19268595
Alignment:
Q  55 aaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaat 154  Q
    ||||||||| | | ||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  || ||||||| || || ||||||||||  |||||||||| ||||     
T  19268408 aaacataaatagacattaatgaagtgaattcaaacacgtttcaacaacaatcatacatcaattcatgaatttcactcaaatagtcaaaaatcatgaaaac 19268507  T
Q  155 cact---taacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaa 239  Q
     |||    ||||||||||||||||||||||||||||    |||||| |||| |||||||  |||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  19268508 aactcaacaacaacaacaacaactatgaagtttaagatattaacaccacaaattcatgacatttatcatacccacaatttcacatgaa 19268595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 73 - 221
Target Start/End: Original strand, 26867849 - 26867997
Alignment:
Q  73 atgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaatcacttaacaacaacaaca 172  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||| ||||||| | |||||||| || ||| |||||| ||||||||  ||||| ||  |||||||    
T  26867849 atgaagtgaatttaaacttgttccaacaataatcactcatcaattcatggtttacacttaattaagcaaaaaacatcaaaacaacttatcacaaacaaca 26867948  T
Q  173 actatgaagtttaagcacat-aacacaacaatttcatgaagtttatcata 221  Q
    ||||||||  |||||||||| |||| | ||||| ||||||||||| ||||    
T  26867949 actatgaa-attaagcacataaacatatcaattccatgaagtttaacata 26867997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 44 - 133
Target Start/End: Original strand, 22468535 - 22468624
Alignment:
Q  44 catcatcatacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaa 133  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| | |||| ||||||||||||| || ||| ||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  22468535 catcaacatacaaacataaacaaacatttatgaaataaattcaaacatgtttcaagaataatgactgaccaattcatgattcacactcaa 22468624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 79 - 160
Target Start/End: Original strand, 26132668 - 26132749
Alignment:
Q  79 tgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaatcactta 160  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| || | | |||| |||| |||||| |||||    
T  26132668 tgaatttagacatgtttcaacaataatcactcaccaattcatgatttacacttaattgagcaaacatcaccaaaataactta 26132749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 73 - 130
Target Start/End: Original strand, 13456952 - 13457009
Alignment:
Q  73 atgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacact 130  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||| | | ||||||||    
T  13456952 atgaagtgaatttaaacatgttccaacaataatcactcatcaattgatggtttacact 13457009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 137 - 239
Target Start/End: Original strand, 31479591 - 31479693
Alignment:
Q  137 aacaaaaatcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcactt 236  Q
    ||||||||||| || ||  |||||  || ||||||||| ||||  |||||||||||||  |  ||||||||||||||||||||||| || || ||||| |    
T  31479591 aacaaaaatcaccataacaacttattaataacaacaaccatgagttttaagcacataattcgtcaatttcatgaagtttatcatacccataatttcacat 31479690  T
Q  237 gaa 239  Q
    |||    
T  31479691 gaa 31479693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 105; Significance: 1e-52; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 73 - 241
Target Start/End: Original strand, 21719667 - 21719835
Alignment:
Q  73 atgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaatcacttaacaacaacaaca 172  Q
    |||||||| ||| || | ||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||||  ||||| |||||||||||    
T  21719667 atgaagtgcattcaatcgtgtttcaacaacaattactcaccatttcatgatttacactcaattaatcaaaaatcaccaaaacaacttatcaacaacaaca 21719766  T
Q  173 actatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||    
T  21719767 actatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatacctacaaattcacatgaatt 21719835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 50 - 241
Target Start/End: Original strand, 20407812 - 20408003
Alignment:
Q  50 catacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatc 149  Q
    |||||| ||||||| ||| ||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||| ||| |||||||||||    
T  20407812 catacacacataaataaaaatttatgaagtgaattcaaacatatttcaacaacaatcactcaccaattcataatttacattcaattaatcaaaaatcatc 20407911  T
Q  150 aaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    |||| |||||| ||| |||||||||| |||||||||||| | |||  |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20407912 aaaaccacttatcaagaacaacaactttgaagtttaagctcttaaatcaacaatttcgtgaagattatcatacccacaaattcacttgaatt 20408003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 63 - 241
Target Start/End: Original strand, 22615139 - 22615317
Alignment:
Q  63 acaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaatcacttaac 162  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| || || |||| ||||  |||||      
T  22615139 acaaacattcatgaagtgaattcaaacatgtttcaacaacaatcactcgccaattcatgatttacactcaattaatcataagtcattaaaacaacttata 22615238  T
Q  163 aacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||  ||||  |||||||||||    
T  22615239 aacaataacaactatgaagtttaagcacaaaacactgcaatttcatgaagtttatcataccaacaatatcacttgaatt 22615317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 55 - 239
Target Start/End: Original strand, 21423232 - 21423416
Alignment:
Q  55 aaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaat 154  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||   |||||||||| || || ||||||||||  |||||||||| ||||     
T  21423232 aaacataaacaaacattaatgaagtgaattcaaacatgtttcaccaacaatcttacaccaattcatgaatttcactcaaatagtcaaaaatcatgaaaac 21423331  T
Q  155 cacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaa 239  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||||| |     ||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  21423332 aactcaacaacaacaacaactatgaagtttaggttatcaacacaacaatctcataaagtttatcatacccacaatttcacatgaa 21423416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 53 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 18622083 - 18621898
Alignment:
Q  53 acaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaa 152  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |||||| || | |||||||||||||||||   ||||| ||| | |||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  18622083 acaaccataaacaaatattaatgaaatgaattcaa-cttgtttcaacaacaatcataaaccaaatcatggtttacattcaaataatcaaaaatcatcaaa 18621985  T
Q  153 atcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaa 239  Q
    |  ||| |||| ||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||| ||||||| ||||||| || || ||||| ||||    
T  18621984 acaactcaacaccaacaacaactatgaggtttaagctattaacacaacaatttcttgaagttcatcatacccataatttcacatgaa 18621898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 165 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 23475907 - 23475833
Alignment:
Q  165 caacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaa 239  Q
    ||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  23475907 caacaacaactatgaagtttaggctcttaacacaacaatttcatgaattttatcatacccacaatttcacatgaa 23475833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 127 - 239
Target Start/End: Original strand, 21978628 - 21978740
Alignment:
Q  127 cactcaaataaacaaaaatcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcac 226  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||||  ||| ||||||| |||||| |||||||||||||    ||||||||||  ||||||||||||||||||| |||    
T  21978628 cactcaaatagtcaaaaatcatgaaaactactaaacaacagcaacaattatgaagtttaagatattaacacaacatattcatgaagtttatcatacccac 21978727  T
Q  227 aaattcacttgaa 239  Q
    || ||||| ||||    
T  21978728 aatttcacatgaa 21978740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 163 - 221
Target Start/End: Original strand, 21402675 - 21402733
Alignment:
Q  163 aacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcata 221  Q
    |||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21402675 aacaacaacaaccatgagttttaagcacataacacatcaatttcatgaagtttatcata 21402733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0190 (Bit Score: 98; Significance: 2e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0190
Description:

Target: scaffold0190; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 50 - 241
Target Start/End: Original strand, 1669 - 1857
Alignment:
Q  50 catacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatc 149  Q
    |||||||||| | ||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  | |||||||||| |||  ||||||||||    
T  1669 catacaaacacatacaaacatttatgaagtgaatttaaacaagtttcaacaacaatcactcacaaattcataacttacactcaattaataaaaaatcatc 1768  T
Q  150 aaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    ||||| ||||   |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||    
T  1769 aaaataactt---aacaacaaaaactatgaagtttaagctcttaacacaacaatttcatgaagtttatcatacccacatgttcacatgaatt 1857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 98; Significance: 2e-48; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 86 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 14566691 - 14566539
Alignment:
Q  86 aaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagttta 185  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| ||||| || ||||||| ||||||||||||||||   |||||||||||    
T  14566691 aaacatgtttcatcaacaatcactcatcaattcatgatttacactcaattaatcaaaagtcttcaaaataacttaacaacaacaac---tatgaagttta 14566595  T
Q  186 agcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  14566594 agctcataacacaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcacatgaatt 14566539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 50 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 19725544 - 19725361
Alignment:
Q  50 catacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatc 149  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||  |||||||||||    
T  19725544 catacaaacataaacaaacattaatgaagtgaattcaaacatgtttcaacaacaatcaatcaccaattcatgatttacagtcaaatagtcaaaaatcatc 19725445  T
Q  150 aaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaa 239  Q
    ||||| ||| ||||||||   ||||||| |||||||||| |||    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  19725444 aaaataactcaacaacaa---caactataaagtttaagctcat---gcaacaatttcatgaaatttatcatactcacaatttcacatgaa 19725361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 73 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 19977450 - 19977284
Alignment:
Q  73 atgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaatcac----ttaacaacaac 168  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||| ||| |||| | |||||| |||||  ||    | |||||||||    
T  19977450 atgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatgactcaccaattcatgacttacacccaattaaatacaaatcaccaaaacaacattatcaacaacaac 19977351  T
Q  169 aacaactatgaagtttaagcacataacac-aacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcac 234  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19977350 aacaactatgaagttgaagcatataacacaaacaatttcatgaagtttatcatacccacaaattcac 19977284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 73 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 23294408 - 23294256
Alignment:
Q  73 atgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaatcacttaacaacaacaaca 172  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| | |||||||  ||||| |||||||||| | |||||||||||||  ||||| || ||||||||    
T  23294408 atgaagtgaatttaaacatattttaacaataatcacttatcaattcataatttagactcaaataagctaaaatcatcaaaacaacttatcagcaacaaca 23294309  T
Q  173 actatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactca 225  Q
    |||||||| |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  23294308 actatgaattttatgcacataacataacaaattcatgaagtttaacatactca 23294256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 55 - 239
Target Start/End: Original strand, 10974862 - 10975046
Alignment:
Q  55 aaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaat 154  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||| |||||||||| |||||  || ||||||| || || |||||||||||  ||||||||| ||||     
T  10974862 aaacataaacaaacattaatgaagtgaattcaaacaagtttcaacaagaatcatacatcaattcatgaatttcactcaaataataaaaaatcattaaaac 10974961  T
Q  155 cacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaa 239  Q
     ||| ||||||||||| ||||||||| |||||||    ||||||||||| |||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||    
T  10974962 aactcaacaacaacaaaaactatgaaatttaagctaccaacacaacaatctcatgaagtttatcatacccgcaatttcacatgaa 10975046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 59 - 239
Target Start/End: Original strand, 19980203 - 19980383
Alignment:
Q  59 ataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaatcact 158  Q
    ||||||||| ||| |||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| ||| ||||||   ||||||  | |    
T  19980203 ataaacaaacattaatgatgtgaattcaaacatatttcaacaacaatcaatcaccaattcatgattcacactcaattaatcaaaaaaattcaaaacaagt 19980302  T
Q  159 taacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaa 239  Q
     ||| ||||||||||| |||  |||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||    
T  19980303 caacgacaacaacaaccatggtgtttgagctcttaacacaacaatttcatgaagtttatcatacccacgatttcacatgaa 19980383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 44 - 173
Target Start/End: Original strand, 14354252 - 14354381
Alignment:
Q  44 catcatcatacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaa 143  Q
    ||||| || ||||||||| | ||| ||| || ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||  |||||| ||||||||||||| ||| |||||    
T  14354252 catcaacagacaaacatatataaacatttataaagtgaattcaaacatgtttcaacaagaatcactcattaattcatgatttacactcaattaatcaaaa 14354351  T
Q  144 atcatcaaaatcacttaacaacaacaacaa 173  Q
    ||||||||||  ||||| ||||||||||||    
T  14354352 atcatcaaaacaacttatcaacaacaacaa 14354381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 44 - 132
Target Start/End: Original strand, 23299610 - 23299698
Alignment:
Q  44 catcatcatacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactca 132  Q
    ||||| |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  23299610 catcaacatacaaacataaataaacatttatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaataatcactcatcaattcatgatttacactca 23299698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 44 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 12463845 - 12463667
Alignment:
Q  44 catcatcatacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaa 143  Q
    ||||| |||||||||||  | ||  ||| |||||||| ||||||||||||| ||| || ||||| ||| ||||||| | |||||||| |||| | |||||    
T  12463845 catcaacatacaaacatgtaaaataatttatgaagtgcatttaaacatgttccaagaataatcattcatcaattcatggtttacacttaaatgagcaaaa 12463746  T
Q  144 atcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatac 222  Q
    |||| |||||  ||||| ||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||| | ||||| | ||||||||| |||||    
T  12463745 atcaccaaaacaacttatcactaacaacaactatgaattttaagcccataacatatcaattccttgaagtttaacatac 12463667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 44 - 198
Target Start/End: Original strand, 12487697 - 12487848
Alignment:
Q  44 catcatcatacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaa 143  Q
    ||||| |||||||||||  | ||| ||| ||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||   || ||||| |||||| |||||    
T  12487697 catcaacatacaaacatgtataaacatttatgtagtgaatttaaacatatttcaacaataatcactcatcaattcatagttcacacttaaataagcaaaa 12487796  T
Q  144 atcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacaca 198  Q
    ||||||||||   | |   | || ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12487797 atcatcaaaacagcct---atcaccaacaactatgaattttaagcacataacaca 12487848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 73 - 153
Target Start/End: Original strand, 23350242 - 23350322
Alignment:
Q  73 atgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaa 153  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| || |||| | |  |||||  ||||| |||||||||||||||    
T  23350242 atgaagtgaatttgaacatgtttcaacaataatcactcatcatttcatgttacacacttgaataagcaaaaatcatcaaaa 23350322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 139 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 5484877 - 5484777
Alignment:
Q  139 caaaaatcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttga 238  Q
    |||||||||| || |  ||| ||||| ||||| ||||||||||||| | |   ||| ||||||| | |||| |||||||||||| ||||||||||| |||    
T  5484877 caaaaatcatgaatacaactcaacaataacaataactatgaagtttgaactattaatacaacaaatccatgtagtttatcatacccacaaattcacatga 5484778  T
Q  239 a 239  Q
    |    
T  5484777 a 5484777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 76; Significance: 3e-35; HSPs: 3)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 103 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 204920 - 204779
Alignment:
Q  103 aatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaa---tcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaa 199  Q
    ||||||||| ||||| | |||||||||||| |||| |||||||||| ||||   |||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||    
T  204920 aatcactcatcaatttatgatttacactcatataagcaaaaatcataaaaaaaatcacttaacaacaacaacaattatgaagtttaaacatataacacaa 204821  T
Q  200 caatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    ||||||||||||||||||||  | |||||||||||| |||||    
T  204820 caatttcatgaagtttatcaagcccacaaattcactcgaatt 204779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 50 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 205968 - 205918
Alignment:
Q  50 catacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaaca 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  205968 catacaaacataaacaaaaattcatgaagtgaatttaaacatgttttaaca 205918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 50 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 210938 - 210888
Alignment:
Q  50 catacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaaca 100  Q
    |||||||| ||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  210938 catacaaatataaacaaaaattgatgaagtgattttaaacatgttttaaca 210888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0228 (Bit Score: 75; Significance: 1e-34; HSPs: 3)
Name: scaffold0228
Description:

Target: scaffold0228; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 55 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 7224 - 7038
Alignment:
Q  55 aaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaat 154  Q
    |||||||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| |||||  || || |||||| |||  |||||||||| ||||     
T  7224 aaacataaaccaacattaatgaagtgaattcaaacatgtttcaacaacaatcatacactaattcgtgaatttcactcagatagtcaaaaatcattaaaac 7125  T
Q  155 cacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
     ||| || ||||||||||||||||||||||||||   |||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||    
T  7124 aactcaataacaacaacaactatgaagtttaagctattaacaccacaaattcatgaagtttatcatacccacattttcacatgaatt 7038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0228; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 55 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 14806 - 14620
Alignment:
Q  55 aaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaat 154  Q
    |||||||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| |||||  || || |||||| |||  |||||||||| ||||     
T  14806 aaacataaaccaacattaatgaagtgaattcaaacatgtttcaacaacaatcatacactaattcgtgaatttcactcagatagtcaaaaatcattaaaac 14707  T
Q  155 cacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
     ||| || ||||||||||||||||||||||||||   |||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||    
T  14706 aactcaataacaacaacaactatgaagtttaagctattaacaccacaaattcatgaagtttatcatacccacattttcacatgaatt 14620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0228; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 55 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 24758 - 24572
Alignment:
Q  55 aaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaat 154  Q
    |||||||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| |||||  || || |||||| |||  |||||||||| ||||     
T  24758 aaacataaaccaacattaatgaagtgaattcaaacatgtttcaacaacaatcatacactaattcgtgaatttcactcagatagtcaaaaatcattaaaac 24659  T
Q  155 cacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
     ||| || ||||||||||||||||||||||||||   |||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||    
T  24658 aactcaataacaacaacaactatgaagtttaagctattaacaccacaaattcatgaagtttatcatacccacattttcacatgaatt 24572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 75; Significance: 1e-34; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 73 - 194
Target Start/End: Original strand, 21695075 - 21695197
Alignment:
Q  73 atgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaatc-acttaacaacaacaac 171  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | |||||||||| ||||||  |||||||||||||| | ||||| |||||||| |    
T  21695075 atgaagtgaatttaaacatgtttcaacaataatcactcatcaattgatgatttacacttaaataagtaaaaatcatcaaaaacaacttatcaacaacatc 21695174  T
Q  172 aactatgaagtttaagcacataa 194  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  21695175 aactatgaagtttaagcacataa 21695197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 50 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 18830835 - 18830650
Alignment:
Q  50 catacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatc 149  Q
    |||| ||||||||||||| ||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||||| ||||| || |||||||   ||||||||||    
T  18830835 catataaacataaacaaacatctatgaagtgaattcaaacatgtttcaacaacaatcatacatcaattcatgattt-cagtcaaatagtaaaaaatcatc 18830737  T
Q  150 aaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaa 239  Q
    ||||  |||   ||||||||| |||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||| |||| || || ||||| ||||    
T  18830736 aaaacaact---caacaacaataactatgaagtttaagctattaacacaacattttcatgaagtttattatacccataatttcacatgaa 18830650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 50 - 222
Target Start/End: Original strand, 25263232 - 25263404
Alignment:
Q  50 catacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatc 149  Q
    |||||||||||| | ||  ||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| || || | | |||||||| || ||| ||||||||| |    
T  25263232 catacaaacatatataatcatttatgaagtgaatttaaacatgttccaacaataatcactcatcatttaagggtttacacttaattaagcaaaaatcacc 25263331  T
Q  150 aaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcaca-taacacaacaatttcatgaagtttatcatac 222  Q
    ||||  ||||| || ||| |||||||||||| |||||||||| ||||| | ||||| || |||||||| |||||    
T  25263332 aaaacaacttatcaccaataacaactatgaa-tttaagcacattaacatatcaattccaagaagtttaacatac 25263404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 139 - 222
Target Start/End: Original strand, 24624919 - 24625002
Alignment:
Q  139 caaaaatcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatac 222  Q
    |||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||    
T  24624919 caaaaatcatcaaaacaacttatcaacaacaacaaccatgaattttaagcacataatacatcaattttatgaagtttatcatac 24625002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 139 - 239
Target Start/End: Original strand, 18828536 - 18828636
Alignment:
Q  139 caaaaatcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttga 238  Q
    ||||||||| |||||   |||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||  || |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||    
T  18828536 caaaaatcaccaaaacatcttatcaacaacaacaaccatgaggtttaagtacataatccatcaatttcatgaaatttatcatacccacaatttcacatga 18828635  T
Q  239 a 239  Q
    |    
T  18828636 a 18828636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 44 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 17622472 - 17622412
Alignment:
Q  44 catcatcatacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaa 104  Q
    ||||| ||||||||||| |||||  ||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  17622472 catcaacatacaaacatcaacaatcattaatggagtgaattcaaacatgtttcaacaacaa 17622412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0111 (Bit Score: 74; Significance: 5e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0111
Description:

Target: scaffold0111; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 73 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 30380 - 30260
Alignment:
Q  73 atgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaatcacttaacaacaacaaca 172  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||  ||||| || ||||||||    
T  30380 atgaagtgaatttaaacatgttccgacaacaatcactcatcaattcatgatttacacttaaataagcaaaaatcatcaaaacaacttatcaccaacaaca 30281  T
Q  173 actatgaagtttaagcacataa 194  Q
    |||||||| |||||||||||||    
T  30280 actatgaa-tttaagcacataa 30260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1114 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold1114
Description:

Target: scaffold1114; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 45 - 233
Target Start/End: Original strand, 1844 - 2032
Alignment:
Q  45 atcatcatacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaa 144  Q
    |||| |||||||||||  | ||| ||| |||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||   |||||| | ||  |||| |||||| ||||||    
T  1844 atcaacatacaaacatgtataaacatttatgaagtgaatttaaacacgttttaacaataaccactctttaattcatggttcgcacttaaataagcaaaaa 1943  T
Q  145 tcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattca 233  Q
    |||||||||  ||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1944 tcatcaaaacaacttatcaacaacaacaaccatgaaatctaagcacataacatattaatttcatgaagtttatcatacccacaaattca 2032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 64; Significance: 4e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 50 - 241
Target Start/End: Original strand, 154951 - 155141
Alignment:
Q  50 catacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatc 149  Q
    |||||||||||  | ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||| | || |||||  ||| | |||||||||||    
T  154951 catacaaacatgtataaacatttatgaagtgaatttaaacatgtttcaaccataatcactcatcaattcatggttcacacttgaatgagcaaaaatcatc 155050  T
Q  150 aaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    ||||  ||||| |||||||||||| | || | |||||| |||||||  | ||||||||||||||||| ||||| || ||||| || ||||||    
T  155051 aaaacaacttatcaacaacaacaattgtgga-tttaaggacataacttatcaatttcatgaagtttaacatacccataaattgacatgaatt 155141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 139 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 371429 - 371327
Alignment:
Q  139 caaaaatcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttga 238  Q
    |||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||    
T  371429 caaaaatcatcaaaacaacttatcaacaacaataaccatgagttttaagcacataacacatcaatttcatgaagtttatcatacccttaaattcacatga 371330  T
Q  239 att 241  Q
    |||    
T  371329 att 371327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0417 (Bit Score: 54; Significance: 4e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0417
Description:

Target: scaffold0417; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 73 - 221
Target Start/End: Original strand, 3594 - 3742
Alignment:
Q  73 atgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaatcacttaacaacaacaaca 172  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||||| |  ||||||| || | ||||||||||| |||||  ||||| || ||||||||    
T  3594 atgaagtgaatttgaacatgttccaacaataatcactcatcaattcatggattacacttaattgaacaaaaatcaccaaaacaacttatcaccaacaaca 3693  T
Q  173 actatgaagtttaagcacat-aacacaacaatttcatgaagtttatcata 221  Q
    |||||||| || || || || |||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  3694 actatgaacttgaa-catataaacacatcaatttcatgaagtttaacata 3742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0093 (Bit Score: 50; Significance: 9e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0093
Description:

Target: scaffold0093; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 73 - 194
Target Start/End: Original strand, 51804 - 51924
Alignment:
Q  73 atgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaatcacttaacaacaacaaca 172  Q
    |||||||||| |||||| |||| |||||| ||||||||| ||||||| | |||||||| || ||| |||||||||||||||  ||||| ||  |||||||    
T  51804 atgaagtgaaattaaacttgttccaacaataatcactcatcaattcatggtttacacttaattaagcaaaaatcatcaaaacaacttatcacaaacaaca 51903  T
Q  173 actatgaagtttaagcacataa 194  Q
    ||||||||  ||||||||||||    
T  51904 actatgaa-attaagcacataa 51924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0412 (Bit Score: 48; Significance: 1e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0412
Description:

Target: scaffold0412; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 55 - 222
Target Start/End: Original strand, 3186 - 3344
Alignment:
Q  55 aaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaaatcatcaaaat 154  Q
    ||||||||| ||| ||| |||||||||||| ||| |||||||||||| |||||  || ||||||| || || ||||||||||  |||||||||| ||||     
T  3186 aaacataaataaacattaatgaagtgaattcaaatatgtttcaacaagaatcatacatcaattcatgaatttcactcaaatagtcaaaaatcatgaaaac 3285  T
Q  155 cacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatac 222  Q
     ||||         |||||||||||||||||||    ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3286 aactt---------aacaactatgaagtttaagatattaacacaacaaattcatgaagtttatcatac 3344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0193 (Bit Score: 47; Significance: 6e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0193
Description:

Target: scaffold0193; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 139 - 241
Target Start/End: Original strand, 18873 - 18975
Alignment:
Q  139 caaaaatcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttga 238  Q
    ||||||||||||||   ||||| ||||||||||||| ||||  ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||| |  |||||||| |||    
T  18873 caaaaatcatcaaaccaacttatcaacaacaacaaccatgagttttaagcccataatacaacaattttatgaagtttatcatacccttaaattcacctga 18972  T
Q  239 att 241  Q
    |||    
T  18973 att 18975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0184 (Bit Score: 44; Significance: 4e-16; HSPs: 2)
Name: scaffold0184
Description:

Target: scaffold0184; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 170 - 241
Target Start/End: Original strand, 10620 - 10691
Alignment:
Q  170 acaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttgaatt 241  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||  |||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||    
T  10620 acaactatgaaatttaagaacataacatcacaatttcatgaagattatcatacccataaattcacttgaatt 10691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0184; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 50 - 118
Target Start/End: Original strand, 5360 - 5428
Alignment:
Q  50 catacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattc 118  Q
    |||| ||| ||||| ||| ||| |||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||| ||||||    
T  5360 catataaatataaataaacatttatgaagtgaatttaaatatgtgtcaacaataatcactcatcaattc 5428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0205 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0205
Description:

Target: scaffold0205; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 139 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 1167 - 1065
Alignment:
Q  139 caaaaatcatcaaaatcacttaacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaaattcacttga 238  Q
    |||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||  |||||||| || |||||| ||| || |||||||| |||    
T  1167 caaaaatcattaaaacaacttatcaacaacaacaaccatgatttttaagcacataacacattaatttcataaattttatcgtacccataaattcacatga 1068  T
Q  239 att 241  Q
    |||    
T  1067 att 1065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0305 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0305
Description:

Target: scaffold0305; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 44 - 153
Target Start/End: Original strand, 2476 - 2585
Alignment:
Q  44 catcatcatacaaacataaacaaatattcatgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattcacgatttacactcaaataaacaaaa 143  Q
    ||||| |||| ||||||||| | | ||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||  || ||||||| || || ||||||||||  |||||    
T  2476 catcaacatataaacataaatagacattaatgaagtgaattcaaacatgtttcaacaccaatcatacaacaattcatgaatttcactcaaatagtcaaaa 2575  T
Q  144 atcatcaaaa 153  Q
    ||||| ||||    
T  2576 atcatgaaaa 2585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0964 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0964
Description:

Target: scaffold0964; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 160 - 228
Target Start/End: Original strand, 2231 - 2299
Alignment:
Q  160 aacaacaacaacaactatgaagtttaagcacataacacaacaatttcatgaagtttatcatactcacaa 228  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||| |||| |||||| |||||| ||||||||||||| || |||||    
T  2231 aacaacaacaacatctatgagttttaaccacacaacacatcaattttatgaagtttatcacacccacaa 2299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0039 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0039
Description:

Target: scaffold0039; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 76 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 106093 - 106050
Alignment:
Q  76 aagtgaatttaaacatgtttcaacaacaatcactcaccaattca 119  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  106093 aagtgaatttagacatgtttgaacaacaatcactcacaaattca 106050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold2087 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: scaffold2087
Description:

Target: scaffold2087; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 73 - 105
Target Start/End: Original strand, 170 - 202
Alignment:
Q  73 atgaagtgaatttaaacatgtttcaacaacaat 105  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  170 atgaagtgaattcaaacatgtttcaacaacaat 202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 831 times since January 2019
Visitors: 6705