View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0914_low_10 (Length: 556)

Name: NF0914_low_10
Description: NF0914
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0914_low_10
NF0914_low_10
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (24-208)||(33732569-33732760)
chr2 (27-208)||(44958116-44958305)
chr2 (24-208)||(16089822-16090012)
chr2 (24-205)||(3830900-3831086)
chr2 (24-187)||(14572995-14573166)
chr2 (24-208)||(37498862-37499056)
chr2 (24-208)||(36315561-36315753)
chr2 (24-208)||(6376238-6376424)
chr2 (24-209)||(37914235-37914427)
chr2 (24-149)||(24137151-24137287)
chr2 (470-518)||(1976846-1976894)
chr2 (448-516)||(43501156-43501224)
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (24-208)||(28093095-28093287)
chr4 (24-208)||(49243815-49244006)
chr4 (24-211)||(21390952-21391146)
chr4 (24-208)||(3672274-3672466)
chr4 (24-208)||(7217765-7217957)
chr4 (24-208)||(6112630-6112821)
chr4 (24-208)||(44275706-44275897)
chr4 (24-206)||(35544912-35545102)
chr4 (24-208)||(46192359-46192551)
chr4 (24-208)||(45829257-45829448)
chr4 (29-146)||(51038768-51038893)
chr4 (28-70)||(43245522-43245564)
chr4 (24-101)||(52191314-52191391)
chr4 (470-518)||(55927752-55927800)
[»] chr3 (21 HSPs)
chr3 (24-208)||(21559561-21559753)
chr3 (24-208)||(34749897-34750089)
chr3 (28-210)||(46111941-46112131)
chr3 (23-207)||(22894679-22894870)
chr3 (24-208)||(51339783-51339972)
chr3 (19-208)||(43999984-44000181)
chr3 (24-208)||(30735495-30735686)
chr3 (24-206)||(36749406-36749596)
chr3 (27-208)||(48200688-48200877)
chr3 (24-208)||(36370337-36370529)
chr3 (24-210)||(38231293-38231486)
chr3 (109-208)||(29472901-29473000)
chr3 (24-101)||(29460660-29460737)
chr3 (24-101)||(29471512-29471589)
chr3 (24-211)||(39072275-39072464)
chr3 (32-209)||(20856152-20856334)
chr3 (24-208)||(39467101-39467292)
chr3 (24-208)||(50966131-50966310)
chr3 (24-208)||(51069266-51069445)
chr3 (46-149)||(53638157-53638267)
chr3 (470-518)||(38332536-38332584)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (24-208)||(30432339-30432530)
chr8 (24-208)||(36189216-36189406)
chr8 (25-200)||(44081781-44081964)
chr8 (24-208)||(31318805-31318997)
chr8 (27-208)||(18184556-18184744)
chr8 (24-208)||(42162598-42162790)
chr8 (27-208)||(12665347-12665537)
chr8 (28-211)||(10203668-10203859)
chr8 (28-208)||(43186031-43186218)
chr8 (30-210)||(33726017-33726205)
chr8 (45-101)||(42668895-42668951)
chr8 (29-101)||(31561-31633)
chr8 (29-88)||(3690729-3690788)
chr8 (453-516)||(16972048-16972113)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (24-208)||(3986905-3987096)
chr6 (24-208)||(3118046-3118238)
chr6 (24-208)||(13697569-13697759)
chr6 (24-207)||(14022934-14023124)
chr6 (24-208)||(24208444-24208635)
chr6 (24-208)||(15345659-15345848)
chr6 (472-518)||(882743-882789)
[»] chr7 (26 HSPs)
chr7 (24-210)||(36346562-36346755)
chr7 (24-208)||(26972202-26972394)
chr7 (24-208)||(28307494-28307686)
chr7 (30-208)||(31148296-31148481)
chr7 (27-208)||(34828069-34828256)
chr7 (24-208)||(42220963-42221154)
chr7 (24-209)||(7699881-7700074)
chr7 (24-209)||(7700079-7700272)
chr7 (24-209)||(7700277-7700470)
chr7 (24-209)||(7700475-7700668)
chr7 (24-208)||(34108426-34108618)
chr7 (24-206)||(30887700-30887890)
chr7 (24-208)||(45782659-45782851)
chr7 (22-208)||(5811163-5811356)
chr7 (24-208)||(13108148-13108338)
chr7 (28-206)||(21807324-21807509)
chr7 (30-148)||(23980137-23980262)
chr7 (42-208)||(36957447-36957619)
chr7 (102-208)||(46475109-46475216)
chr7 (115-208)||(29953571-29953665)
chr7 (29-101)||(38321014-38321086)
chr7 (24-146)||(15020282-15020408)
chr7 (59-146)||(20086690-20086784)
chr7 (58-89)||(29953661-29953692)
chr7 (133-208)||(42950036-42950111)
chr7 (470-518)||(40561740-40561788)
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (24-210)||(39370927-39371121)
chr5 (24-208)||(40887941-40888133)
chr5 (24-210)||(2237276-2237470)
chr5 (24-208)||(13347128-13347320)
chr5 (24-209)||(1815618-1815807)
chr5 (35-208)||(14831555-14831736)
chr5 (24-188)||(9408058-9408230)
chr5 (24-205)||(27553376-27553564)
chr5 (61-208)||(31800595-31800749)
chr5 (22-101)||(33404550-33404629)
chr5 (102-208)||(42683684-42683791)
chr5 (24-207)||(4300544-4300734)
chr5 (24-149)||(17225319-17225449)
chr5 (24-208)||(19596067-19596258)
chr5 (28-148)||(19124532-19124657)
chr5 (33-143)||(41003915-41004031)
chr5 (27-101)||(12164254-12164328)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (22-208)||(34307137-34307331)
chr1 (24-206)||(39249864-39250054)
chr1 (28-208)||(2509028-2509216)
chr1 (24-208)||(46901734-46901926)
chr1 (24-211)||(19258669-19258863)
chr1 (24-208)||(28647353-28647544)
chr1 (29-101)||(10146971-10147043)
chr1 (473-516)||(1514401-1514444)
chr1 (470-504)||(27500340-27500374)
chr1 (28-101)||(29099821-29099893)
[»] scaffold0062 (1 HSPs)
scaffold0062 (28-211)||(6722-6913)
[»] scaffold0043 (1 HSPs)
scaffold0043 (28-208)||(87162-87350)
[»] scaffold0277 (1 HSPs)
scaffold0277 (51-89)||(5943-5981)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 122; Significance: 2e-62; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Original strand, 33732569 - 33732760
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  33732569 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 33732668  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  33732669 gtggtgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaatatatggggtgtacataagaggtgtatgaaaaagggtgtctacctatctttttcc 33732760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 27 - 208
Target Start/End: Original strand, 44958116 - 44958305
Alignment:
Q  27 ctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtg 119  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||       ||||||| |||| |||||    
T  44958116 ctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaaagggtg 44958215  T
Q  120 atgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| |||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  44958216 atgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatgagggtatacataagaggtgtatgaaaaaggatgtctacctatctttttcc 44958305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Original strand, 16089822 - 16090012
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||| ||||  |    
T  16089822 gagctcttatacatgaaccaccttaagtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagat-aaaaaag 16089920  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  16089921 gtggtgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatggggtgtacataagaggtgtatgaaaaaaggtgtctacctatctttttcc 16090012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 24 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 3831086 - 3830900
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||       ||||||||||||  |    
T  3831086 gagcacttatacatgaaccaccttaggtgacatacacccttttacacccacaca--tttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaagtg 3830989  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttt 205  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  3830988 gtgattatctgatgtaaaattactaatatacccctaacacatggggtgtacataagaggtgtatgaaaaagggtgtctacctatctttt 3830900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 24 - 187
Target Start/End: Original strand, 14572995 - 14573166
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||       |||||||| ||| ||    
T  14572995 gagctcttatacataaaccaccttaggtggcatccacccttttacatccacacacatttgtgacacgtagcaaaaacattgaaagaagagatggaaaagg 14573094  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaat 187  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||| |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  14573095 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatgggggtgtacataagaggtgtatgtaaaat 14573166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 37499056 - 37498862
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg- 115  Q
    ||||||||||| || ||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||       |||||||||||| |     
T  37499056 gagctcttatatatcaaccatcttaactggcatacatccttttacactcacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaaga 37498957  T
Q  116 -ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatgggg-tgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||| |||||||||| ||||||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  37498956 gggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatggggatgtacataagaggtgtataaaaaagggtgtctacctatctttttcc 37498862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Original strand, 36315561 - 36315753
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||       ||||||| ||||  |    
T  36315561 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaagag 36315660  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtat-gaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    ||||| || |||||| |||| | ||||||||||   | ||||| |||||||||||| |||||||  ||||| |||||||||||||||||||||    
T  36315661 gtgataatgtgatgtgaaatgattaaaatacccctgacacatgaggtgtacataagaggtgtatcaaaaaaggatgtctacctatctttttcc 36315753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 6376424 - 6376238
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaa--aacaaagagatgaaaatgggtgat 121  Q
    ||||| |||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |   ||  |||||||||||||||||||     
T  6376424 gagctgttatacataaaccaccataggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacatgtggccattgaaagaagagatgaaaatgggtgag 6376325  T
Q  122 gatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||   || ||||| | |||||||  | ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  6376324 gatgtgatgtgaaattactaaaatacctctaacacatgagatgtacatgggaggtgtataaaaaaggatgtctacctatctttttcc 6376238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 24 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 37914427 - 37914235
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||       ||||||| |||| ||    
T  37914427 gagcttttatacataaaccaccttaggtggcatacacccttttacatccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaaggg 37914328  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtat-gaaaaatgatgtctacctatctttttcca 209  Q
    ||||| || |||||| |||| | |||||||||| |  ||||||||||||||||||| |||||||  ||||| | ||||||||||||||||||||    
T  37914327 gtgataatgtgatgtgaaatgattaaaataccctg-gtacatggggtgtacataagaggtgtatcaaaaaagggtgtctacctatctttttcca 37914235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 24 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 24137287 - 24137151
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttac----acccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaa 112  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| ||    |||||||||||||||||||| |||  |||||||       |||||||||||    
T  24137287 gagctgttatacataaaccaccttaggtggtatacaccctttgacacctacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagatgaaa 24137188  T
Q  113 atgggtgatgatatgatgtaaaattactaaaataccc 149  Q
    | || ||| ||| |||||| |||||||||||||||||    
T  24137187 agggatgaggatgtgatgtgaaattactaaaataccc 24137151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 470 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 1976894 - 1976846
Alignment:
Q  470 actcaaatttattgttcaactcatttttgcatgaaggtattcaaacata 518  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||| |||||| |||| ||||||||    
T  1976894 actcaaatttattgttgaactcacttttacatgaatgtatccaaacata 1976846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 448 - 516
Target Start/End: Original strand, 43501156 - 43501224
Alignment:
Q  448 tttgcttttagaattgattcttactcaaatttattgttcaactcatttttgcatgaaggtattcaaaca 516  Q
    |||| |||||||||||||||| || |||| ||||  ||||||||| |||| |||||| |||| ||||||    
T  43501156 tttgattttagaattgattctaacacaaaattataattcaactcagttttacatgaatgtatacaaaca 43501224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 115; Significance: 4e-58; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 28093287 - 28093095
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||        ||||||||||| ||    
T  28093287 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaaggagagatgaaaaagg 28093188  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28093187 gtgatgatatgatgtaaaaatactcaaatacccctaatacatgggggtgtacataagaagtgtatgaaaaaggatgtctacctatctttttcc 28093095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Original strand, 49243815 - 49244006
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||       ||||||| ||||       
T  49243815 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacatccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaaaaa 49243914  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  49243915 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaatacatggagtgtacataagaggtgtatgaaaaaggatgtctacatatctttttcc 49244006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 24 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 21391146 - 21390952
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |       ||||||||||||||     
T  21391146 gagctcttatacatgaaccaccttagatggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaatattgaaagaagagatgaaaatga 21391047  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttccata 211  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||||  ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  21391046 gtgaatatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatgaggtgtacataaaaggtgtatgaaaaagggtgtctacctatctttttccata 21390952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Original strand, 3672274 - 3672466
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  3672274 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacatccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 3672373  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||||  |||||||||||| | | |||||||||||||||||    
T  3672374 gtgatgatatgatgtataattactcaaatacccctaatacatgagggtgtacataagaagtgtatgaaaaagggtatctacctatctttttcc 3672466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Original strand, 7217765 - 7217957
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||| |||| ||    
T  7217765 gagctcttatacataaaccaccttaggtggcatacaccctttaacacctacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattaaaataagagataaaaaagg 7217864  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | ||| |||||||||||||||    
T  7217865 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacctataacacatgagggtgtacataagaggtgtatgaaaaagggtgtttacctatctttttcc 7217957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Original strand, 6112630 - 6112821
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  6112630 gagctcttatacatgaaccaccttagatggcatacaccattttacacccacacatatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 6112729  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||  ||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  6112730 atgatgatatgatgtaaaattactcaaatacccctaatacatggagtgtacataagaagtgtatgaaaaagagtgtctacctatctttttcc 6112821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Original strand, 44275706 - 44275897
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| |       ||||||| |||| ||    
T  44275706 gagctcttatacataaaccaccttaggtggcatataccattttacactcacacacatttgtgacacgtgccaaaaatattgaaagaagagattaaaaagg 44275805  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| ||||||||||||    
T  44275806 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatggggtgtacataagaggtgtatgaaaaagggtgtctatctatctttttcc 44275897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 24 - 206
Target Start/End: Original strand, 35544912 - 35545102
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||||       |||| || |||| ||    
T  35544912 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggtatacaccattttacatccacatacatttgtgatacgtggcaaaaacattgaaagaagatataaaaaggg 35545011  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaa-tacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatcttttt 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||  || |||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  35545012 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaaatacccctaacacatggagtgtacataagtggtgtatgaaaaagggtgtctacctatcttttt 35545102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Original strand, 46192359 - 46192551
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||       ||||||| |||| ||    
T  46192359 gagctcttatacatgaatcaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaaggg 46192458  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtat-gaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    ||||| || |||||| |||| | ||||||||||    ||||||||||||||||||| |||||||  ||||| | |||||||||||||||||||    
T  46192459 gtgataatgtgatgtgaaatgattaaaatacccctggtacatggggtgtacataagaggtgtatcaaaaaagggtgtctacctatctttttcc 46192551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 45829448 - 45829257
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||       ||||||| |||| ||    
T  45829448 gagctcttatacatgaaccactttaggtgacatacacctttttacacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaaggg 45829349  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtat-gaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    ||||| || |||||| |||| | ||||||||||     | |||||||||||||||  |||||||  ||||| | |||||||||||||||||||    
T  45829348 gtgataatgtgatgtgaaatgattaaaatacccctggcatatggggtgtacataa-aggtgtatcaaaaaagggtgtctacctatctttttcc 45829257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 29 - 146
Target Start/End: Original strand, 51038768 - 51038893
Alignment:
Q  29 cttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaa-tgggtga 120  Q
    |||||| ||| |||| |||||||||||||||  |||| ||||||||||||| |||||||| |||  |||||||       ||||||||||||  ||||||    
T  51038768 cttatatatggaccaccttaggtggcatacaaactttgacacccacacacaattgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagatgaaaagggggtga 51038867  T
Q  121 tgatatgatgtaaaattactaaaata 146  Q
    || | |||||| ||||||||||||||    
T  51038868 tggtgtgatgtgaaattactaaaata 51038893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 28 - 70
Target Start/End: Original strand, 43245522 - 43245564
Alignment:
Q  28 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacac 70  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  43245522 tcttatacatgaaccatcttagatgacatacacccttttacac 43245564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 52191391 - 52191314
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca 101  Q
    |||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||| | |||||||| |||  |||||||    
T  52191391 gagcccttatacatggaccaccttaggtggcatataccttttaacagccacacagaattgtgacatgtgacaaaaaca 52191314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 470 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 55927800 - 55927752
Alignment:
Q  470 actcaaatttattgttcaactcatttttgcatgaaggtattcaaacata 518  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||| |||||| |||| ||||||||    
T  55927800 actcaaatttattgttcaagtcacttttacatgaatgtatccaaacata 55927752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 115; Significance: 4e-58; HSPs: 21)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Original strand, 21559561 - 21559753
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |       |||||||||||| ||    
T  21559561 gagctcttatacataaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaatattgaaagaagagatgaaaaagg 21559660  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||  || |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  21559661 gtaatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatgggggtgtacataagaggtgtatgaaaaatggtgtctatctatctttttcc 21559753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 9e-56
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 34750089 - 34749897
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  34750089 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacatatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 34749990  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  34749989 gtgatgatatgatgtaaaattactcaaatacccctaatacataggggtgtacataagaagtgtatgaaaaaggatgtctggctatctttttcc 34749897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 28 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 46112131 - 46111941
Alignment:
Q  28 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtga 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||       |||||||||||| ||||||    
T  46112131 tcttatacatgaaccatcttaggtgacatacaccattttacatccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagggtga 46112032  T
Q  121 tgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatgggg-tgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttccat 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||| ||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  46112031 tgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaatacatggggatgtatataaaaggtgtatgaaaaatggtgtctacctatctttttccat 46111941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 23 - 207
Target Start/End: Original strand, 22894679 - 22894870
Alignment:
Q  23 ggagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 115  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| |    
T  22894679 ggagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaag 22894778  T
Q  116 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttc 207  Q
    | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||||  ||||||| |||| | |||||| |||||||||||    
T  22894779 gatgatgatatgatgtataattactcaaatacccctaatacatgagggtgtacataagaagtgtatg-aaaagggtgtctatctatctttttc 22894870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 51339972 - 51339783
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  51339972 gagctcttatacataaaccaccttaggtggcatacatccttttacacccacaca--tttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 51339875  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||  ||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  51339874 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacctctaacacatgatgtgtacataagaggtgtatgaaaaagggtgtctacctatctttttcc 51339783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 19 - 208
Target Start/End: Original strand, 43999984 - 44000181
Alignment:
Q  19 gaatggagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaa 111  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||||||    
T  43999984 gaatagagctcttatacatgaaccaccttaggtgtcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaa 44000083  T
Q  112 aatgggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||| ||| ||||||||   ||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  44000084 aaagggtgatgatatgatgtaaaattactcaaatacctctaatacatgagggcgtacataaaaagtgtatgaaaaagagtgtctacctatctttttcc 44000181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 30735686 - 30735495
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||       |||| || |||| ||    
T  30735686 gagctcttatatatgaaccaccttagatggcatacacccttttacacccacacacatctgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagatataaaaa-gg 30735588  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaa-tacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||  || |||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  30735587 gtgatgatatgatgttaaattactaaaaatacccctaacacatggagtgtacataagtggtgtatgaaaaagggtgtctacctatctttttcc 30735495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 206
Target Start/End: Original strand, 36749406 - 36749596
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  36749406 gagctcttatacatgaaccaccttagatgtcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 36749505  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatcttttt 206  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||| ||||||||||||   ||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  36749506 gtgatgatatgatgtaaaattactcaaatacctctaatacatgagggtgtacataaaaagtgtatgaaaaagagtgtctacctatcttttt 36749596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 27 - 208
Target Start/End: Original strand, 48200688 - 48200877
Alignment:
Q  27 ctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtg 119  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||| |       |||||||||||| || ||    
T  48200688 ctcttattcatgaatcatcttaggtggcatacacctttttacatccacatatatttgtgacacgtggcaaaaatattgaaagaagagatgaaaaaggatg 48200787  T
Q  120 atgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  48200788 atgatatgatgtaaaattactcaaatacccataatacatgggggtgtacataaaaagtgtatgaaaaaggatgtctacctatctttttcc 48200877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 36370529 - 36370337
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||       |||||||||||| ||    
T  36370529 gagctcttatacatgaaccaccttaggtgtcatacacctttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 36370430  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| ||||||| ||||   ||||||||||||   | |||||||||||||||||    
T  36370429 gtgatgatatgatgtaaaattactcaaatacccctaatacatgagggtgtatataaaaagtgtatgaaaaagagtatctacctatctttttcc 36370337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 24 - 210
Target Start/End: Original strand, 38231293 - 38231486
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||       |||| |||||||| |    
T  38231293 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagatatgaaaat-g 38231391  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtat-gaaaaatgatgtctacctatctttttccat 210  Q
    || || || | |||| |||| |||||| |||||   | |||||||||||||||||| |||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38231392 gtaataatgtaatgtgaaatgactaaactacccctgacacatggggtgtacataagaggtgtatcaaaaaaggatgtctacctatctttttccat 38231486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 109 - 208
Target Start/End: Original strand, 29472901 - 29473000
Alignment:
Q  109 gaaaatgggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29472901 gaaaagggatgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatggggtgtgcataagtggtgtatgaaaaaggatgtctacctatctttttcc 29473000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 24 - 101
Target Start/End: Original strand, 29460660 - 29460737
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca 101  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||    
T  29460660 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacttttgtgacatgtggcaaaaaca 29460737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 24 - 101
Target Start/End: Original strand, 29471512 - 29471589
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca 101  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||    
T  29471512 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacttttgtgacatgtggcaaaaaca 29471589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 24 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 39072464 - 39072275
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    ||||| ||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| | |||||       |||||||||||||||    
T  39072464 gagctattatacatgaatcaccttagatgacatacacccttttacacccacatacatttgtgacatgtggcataaacattaaaagaagagatgaaaatgg 39072365  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttccata 211  Q
    |||||||| |||||     ||||||||||||||   | ||||||||||||||| |  | ||||| |||||   ||||||||||||||||||||||    
T  39072364 gtgatgatgtgatg-----ttactaaaatacccttgacacatggggtgtacatcaaagatgtataaaaaagtgtgtctacctatctttttccata 39072275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 32 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 20856334 - 20856152
Alignment:
Q  32 atacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaac----aaagagat-gaaaatgggtgatgatat 126  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||    ||| ||||  |||| || ||||||| |    
T  20856334 atacatgaaccactttaggtggcatacacccttttacacccatacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaaaagatataaaaaggatgatgatgt 20856235  T
Q  127 gatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatga-aaaatgatgtctacctatctttttcca 209  Q
    ||| |||||||||| ||||||||   | ||||||||||||||| || ||||||| | |||| ||||| |  |||||||||||||    
T  20856234 gatataaaattact-aaatacccctgacacatggggtgtacatgagaggtgtataacaaaaagatgtttgtctatctttttcca 20856152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 39467292 - 39467101
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    ||||| |||| ||| ||||| | ||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||  ||||| |       |||||||||||| ||    
T  39467292 gagctgttatccataaaccaccatagatgacatacacccttttacacccacacatatttgtgacatgtgccaaaaatattgaaagaagagatgaaaaggg 39467193  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    |||| ||| |||| | |||||||||||||| ||| || ||||| |||||||||  | ||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||    
T  39467192 gtgaggatgtgatatgaaattactaaaatatccataacacatgaggtgtacatgggaggtgtataaaaaagggtgtgtacctatctttttcc 39467101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Original strand, 50966131 - 50966310
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |  |||||||||||||||||  ||||| |       |||||||||||| |     
T  50966131 gagctcttatacatgaac-atcttaggtggcatacacccttttacatctattcacatttgtgacacgtgacaaaaatattgaaagaagagatgaaaaag- 50966228  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatgggg-tgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
      |||||||| |||||||||||||||         ||||  ||||| |||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  50966229 --gatgatataatgtaaaattactaa---------aatatttggggatgtacataagaggtgtatgaaaaagaatgtctacctatctttttcc 50966310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Original strand, 51069266 - 51069445
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |  |||||||||||||||||  ||||| |       |||||||||||| |     
T  51069266 gagctcttatacatgaac-atcttaggtggcatacacccttttacatctattcacatttgtgacacgtgacaaaaatattgaaagaagagatgaaaaag- 51069363  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatgggg-tgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
      |||||||| |||||||||||||||         ||||  ||||| |||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  51069364 --gatgatataatgtaaaattactaa---------aatatttggggatgtacataagaggtgtatgaaaaagaatgtctacctatctttttcc 51069445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 46 - 149
Target Start/End: Original strand, 53638157 - 53638267
Alignment:
Q  46 ttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtgatgatatgatgtaaaatta 138  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| ||||||||||||       ||||||||| |  |||||||||| ||||||||||||     
T  53638157 ttaggtggcatacaccctttaacacccacacacaatcgtgacatgtggtaaaaacatggaaagaagagatgagagggggtgatgatgtgatgtaaaattg 53638256  T
Q  139 ctaaaataccc 149  Q
    |||||||||||    
T  53638257 ctaaaataccc 53638267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 470 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 38332584 - 38332536
Alignment:
Q  470 actcaaatttattgttcaactcatttttgcatgaaggtattcaaacata 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||| ||||||||    
T  38332584 actcaaatttattgttcaactcatttatccatgaatgtatacaaacata 38332536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Original strand, 30432339 - 30432530
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  30432339 gagctcttatacatgaaccaccttagatggcatacacccttttatacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaggg 30432438  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||| ||||||||||||| | |||||| | ||||||||||    
T  30432439 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccataatatatgggatgtacataagaggtgtatgaaaaagggtgtctatcaatctttttcc 30432530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Original strand, 36189216 - 36189406
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |       |||||||||||| |     
T  36189216 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacatacatttgtgacacgtggcaaaaatattgaaagaagagatgaaaagga 36189315  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||  || | || ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  36189316 gtgatgatatgatataaaattattaaaatacccctaacatat-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaagggtgtctacctatctttttcc 36189406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 25 - 200
Target Start/End: Original strand, 44081781 - 44081964
Alignment:
Q  25 agctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatggg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||       |||||||||||| |||    
T  44081781 agctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtaacacgtggaaaaaacattgaaagaagagatgaaaaaggg 44081880  T
Q  118 tgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctat 200  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| | |||||||||||    
T  44081881 tgatgatataatgtaaaattactcaaatacccctaatacatgggggtgtacataagaagtgtatgaaaaagggtgtctacctat 44081964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Original strand, 31318805 - 31318997
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| | | ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  31318805 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatataactttttacatccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 31318904  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31318905 gtgatgatatgatgtaaaattactcaaatactcctaatacatgggggtgtatataagaagtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 31318997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 27 - 208
Target Start/End: Original strand, 18184556 - 18184744
Alignment:
Q  27 ctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtg 119  Q
    |||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||       |||||||||||| |||||    
T  18184556 ctcttatatatgaaccaccttaagtgacatacacccttttacatccacacatatttgtgacacgtggtgaaaacattgaatgaagagatgaaaaggggtg 18184655  T
Q  120 atgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18184656 atgatatgatataaaattactaaaatacccctaacacatgaggtgtacataaaaggtgtatgaaaaaggatgtctacctatctttttcc 18184744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Original strand, 42162598 - 42162790
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||       |||||||||||| ||    
T  42162598 gagctcttatacatgaaccaccttaggtgtcatacacccttttacacccaaacacatttgtgacacgtgacaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 42162697  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| |||||||||||||   ||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  42162698 gtgatgatatgatgtaaaattactcaaatacccctaatacatgggggtgtacataaaaagtgtatgaaaaagagtgtctacctatctttttcc 42162790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 27 - 208
Target Start/End: Original strand, 12665347 - 12665537
Alignment:
Q  27 ctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaat-gggt 118  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| |||||||       ||||||| ||||  ||||    
T  12665347 ctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacactcacacacatttgtaacatgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaaaagggt 12665446  T
Q  119 gatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| |||| |||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  12665447 gatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatgagggtatacataagaggtgtacgaaaaaggatgtctacctatctttttcc 12665537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 28 - 211
Target Start/End: Original strand, 10203668 - 10203859
Alignment:
Q  28 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtga 120  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| |       |||||||||||| |||||     
T  10203668 tcttatacatgaaccaccttaggtgacatacatccttttacatccacacacatttgtgacacgtgacaaaaatattgaaagaagagatgaaaaagggtgg 10203767  T
Q  121 tgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttccata 211  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||  |||||||| ||||||||||||| | ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  10203768 tgatatgatataaaattactaaaatatccctaatacatgagggtgtacataagagatgtatgaaaaagggtgtctacctatctttttccata 10203859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 28 - 208
Target Start/End: Original strand, 43186031 - 43186218
Alignment:
Q  28 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtga 120  Q
    |||||||||| |||||  |||||||||||| || ||||||||||  ||||||||||||| | |||| |||||||       || |||||||||  |||||    
T  43186031 tcttatacatcaaccactttaggtggcatatactcttttacacctgcacacatttgtgatatgtggcaaaaacattgaaagaaaagatgaaaaaaggtga 43186130  T
Q  121 tgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    ||||||||| |||||||||| |||| |||  ||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43186131 tgatatgatataaaattactcaaatgcccctaatacatagggtgtacataagaagtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 43186218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 30 - 210
Target Start/End: Original strand, 33726017 - 33726205
Alignment:
Q  30 ttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaa-tgggtgat 121  Q
    |||||||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||       |||||||||||| ||| |||     
T  33726017 ttatacataaaccactttaggtggcatacacctttttacacccacaaacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaagtggatgac 33726116  T
Q  122 gatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttccat 210  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||  || |||||  ||||||||  | ||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  33726117 gatgtgatgtgaaattactaaaatacccctaacacatgaagtgtacatgggaggtgtataaaaaagggtgtctacctatctttttccat 33726205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 45 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 42668951 - 42668895
Alignment:
Q  45 cttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca 101  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  42668951 cttaggtggcatacacactttgacacccacacacaattgtgacacgtggcaaaaaca 42668895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 29 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 31633 - 31561
Alignment:
Q  29 cttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca 101  Q
    |||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| ||| |||||||| |||| |||||||    
T  31633 cttatatatgtaccatcttaggtagcatacacactttgacacccacatacaattgtgacatgtggcaaaaaca 31561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 29 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 3690788 - 3690729
Alignment:
Q  29 cttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgaca 88  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| | | ||||||||| ||||||||    
T  3690788 cttatacatgaatcatcttaggtgacatacatcctttgatatccacacacacttgtgaca 3690729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 453 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 16972113 - 16972048
Alignment:
Q  453 ttttagaattgattctta--ctcaaatttattgttcaactcatttttgcatgaaggtattcaaaca 516  Q
    |||||||||||||| |||  | |||||||||||||||| ||| |||| |||||| |||||||||||    
T  16972113 ttttagaattgatttttaaacacaaatttattgttcaaatcacttttacatgaatgtattcaaaca 16972048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 3987096 - 3986905
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  3987096 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaggg 3986997  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
     |||| |||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| |||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3986996 atgataatatgatgtaaaattactcaaatacccttaatacatggggtatacataataaatgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 3986905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 3118238 - 3118046
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||       || |||| |||| ||    
T  3118238 gagctcttatatatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacactcacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaatagataaaaaagg 3118139  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggg-gtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3118138 gtggtgacatgatgtaaaattactaaaatacccctaatacatgggagtgtacataagagatgtatgaaaaaggatgtctacctatctttttcc 3118046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Original strand, 13697569 - 13697759
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||       |||||||||||| ||    
T  13697569 gagctcttatacataaaccatcttagatgacatgcacccttttacacc-atacacatttgtgatacgtggtaaaaacattgaaagaagagatgaaaacgg 13697667  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |   || |||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13697668 gtgatgatatgatataaaattactaaaatatctctaacacatggggtgtacataagtaatgtatgaaaaatgatctctacctatctttttcc 13697759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 24 - 207
Target Start/End: Original strand, 14022934 - 14023124
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||       ||||||||| || ||    
T  14022934 gagctattatacataaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagatgacaaggg 14023033  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttc 207  Q
    |||| ||| |||||| |||||||||||||||||  || ||||| |||||||||  | ||||||| ||||| | ||||||||||||||||||    
T  14023034 gtgacgatgtgatgtgaaattactaaaatacccctaacacatgaggtgtacatgggaggtgtataaaaaagggtgtctacctatctttttc 14023124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Original strand, 24208444 - 24208635
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    ||||| |||||||| ||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  24208444 gagctgttatacataaaccatcataggtggtatacactattttacacccacacacatttgtgatatgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 24208543  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    |||| ||| |||||| |||||||||||||||||  || ||||| |||||| || || ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  24208544 gtgaggatgtgatgtgaaattactaaaatacccctaacacatgaggtgtaaatgagaggtgtataaaaaaggatgtctacctatctttttcc 24208635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 15345848 - 15345659
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| || |||||||||||| |||  |||||||||||||| |||||||       || |||||||||  |    
T  15345848 gagctcttatacatcaaccaccttaggtggcatatactcttttacacccataca--tttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaaaagatgaaaaaag 15345751  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    ||||||||||||| | |||||||| |||| |||  ||||||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  15345750 gtgatgatatgatatcaaattactcaaatgcccctaatacatagggtgtacataagaagtgtatgaaaaaagatgtctacctatttttttcc 15345659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 472 - 518
Target Start/End: Original strand, 882743 - 882789
Alignment:
Q  472 tcaaatttattgttcaactcatttttgcatgaaggtattcaaacata 518  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| ||||||||    
T  882743 tcaaatttattgtttaactcacttttgcatgaatgtatccaaacata 882789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 113; Significance: 6e-57; HSPs: 26)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 24 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 36346755 - 36346562
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  36346755 gagctcttatacataaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccagacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 36346656  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttccat 210  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  36346655 -tgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatgagggtgtacataagaggtgtatgaaaaagggtgtctacctatctttttccat 36346562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 9e-56
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 26972394 - 26972202
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaacaa-------agagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||        ||||||||||| ||    
T  26972394 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttatgacacgtggcaaaaacattgaaaggagagatgaaaaagg 26972295  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  26972294 gtgatgatatgatgtaaaattactcaaatacccctaatacatgggggtgtacataagaagtgtatgaaaaagggtgtctacctatctttttcc 26972202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 9e-56
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 28307686 - 28307494
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  28307686 gagctcttatacataaactaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgcgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 28307587  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  || | || |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28307586 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccttaacatatgggggtgtacataagaggtgtatgaaaaaagatgtctacctatctttttcc 28307494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 30 - 208
Target Start/End: Original strand, 31148296 - 31148481
Alignment:
Q  30 ttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtgatg 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||       |||||||||||||||||||||    
T  31148296 ttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacatggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaatgggtgatg 31148395  T
Q  123 atatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |  || | |||||||||  ||||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  31148396 atatgatgtaaaattactaaaataagcctaacatatggggtgtgtataagaggtgtatgaaaaagagtgtctacctatctttttcc 31148481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 27 - 208
Target Start/End: Original strand, 34828069 - 34828256
Alignment:
Q  27 ctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtg 119  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||||||||  | ||    
T  34828069 ctcttatacatgaaccaccttgggtg-catacatccttttacatccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaagtgatg 34828167  T
Q  120 atgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  || | ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34828168 atgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacatatggggtgtgcataagtggtgtatgaaaaaggatgtctacctatctttttcc 34828256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 42221154 - 42220963
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       |||| || |||| ||    
T  42221154 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacttttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagatataaaaaggg 42221055  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattact-aaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||  || |||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  42221054 gtgatgatatgatgttaaattactaaaaatacccctaacacatggagtgtacataagtggtgtatgaaaaa-ggtgtctacctatctttttcc 42220963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 24 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 7700074 - 7699881
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||| |||| ||    
T  7700074 gagctcttatacataaaccaccttagatggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaaagg 7699975  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcca 209  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||  |||||| ||||| ||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||    
T  7699974 atgatgatatgatataaaattactaaaatacccataacacatgaaggtgtatataagaggtgtatgaaaaagggtgtttacctatctttttcca 7699881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 24 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 7700272 - 7700079
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||| |||| ||    
T  7700272 gagctcttatacataaaccaccttagatggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaaagg 7700173  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcca 209  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||  |||||| ||||| ||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||    
T  7700172 atgatgatatgatataaaattactaaaatacccataacacatgaaggtgtatataagaggtgtatgaaaaagggtgtttacctatctttttcca 7700079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 24 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 7700470 - 7700277
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||| |||| ||    
T  7700470 gagctcttatacataaaccaccttagatggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaaagg 7700371  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcca 209  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||  |||||| ||||| ||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||    
T  7700370 atgatgatatgatataaaattactaaaatacccataacacatgaaggtgtatataagaggtgtatgaaaaagggtgtttacctatctttttcca 7700277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 24 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 7700668 - 7700475
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||| |||| ||    
T  7700668 gagctcttatacataaaccaccttagatggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaaagg 7700569  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcca 209  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||  |||||| ||||| ||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||    
T  7700568 atgatgatatgatataaaattactaaaatacccataacacatgaaggtgtatataagaggtgtatgaaaaagggtgtttacctatctttttcca 7700475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Original strand, 34108426 - 34108618
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||  |||||||       |||||||||||| ||    
T  34108426 gagctcttatacatgaaccaccttaggtgacatacacccttttacacccacacatatttgtgacatatgacaaaaacattgaatgaagagatgaaaaagg 34108525  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggg-gtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||||||  |||||||||||| | ||| |||||||||||||||    
T  34108526 gtgatgatatgatgtaaaattactcaaatacccctaatacatgggagtgtacataagaagtgtatgaaaaagggtgtttacctatctttttcc 34108618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 206
Target Start/End: Original strand, 30887700 - 30887890
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||       |||||||||||| ||    
T  30887700 gagctcttatacatgaacaatcttaggtggcatacacacttttacacccacatacatttgtgacacgtagcaaaaacattgaatgaagagatgaaaaagg 30887799  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtc-tacctatcttttt 206  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||| |||||  |||||||||||| | |||| ||| |||||||||    
T  30887800 gtgatgatatgatgtaaaattacttaaatacctctaatacatggggtgtatataagaagtgtatgaaaaagggtgtcttacgtatcttttt 30887890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 45782851 - 45782659
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||| |||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||       |||||||||||| ||    
T  45782851 gagctcttatacatcaaccactttaggtggcatacatcattttacacccacacacatttgtgacacgtgacaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 45782752  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggg-gtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||| ||||||||||   |||||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  45782751 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatgggagtgtacataaaaagtgtataaaaaagggtgtctacctatctttttcc 45782659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 22 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 5811356 - 5811163
Alignment:
Q  22 tggagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaat 114  Q
    ||||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||       ||||||||||||     
T  5811356 tggagctattatacataaaccaccataggtggcatacatcctttttcacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaag 5811257  T
Q  115 gggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    |||||| ||| |||||| |||||||||||||||||  || ||||| |||||||||  | ||||||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  5811256 gggtgaggatgtgatgtgaaattactaaaatacccctaacacatgaggtgtacatgggaggtgtataaaaaagggtgtctacctatctttttcc 5811163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Original strand, 13108148 - 13108338
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaac-------aaagagatgaaaatgg 116  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||        |||||||| ||| ||    
T  13108148 gagctgttatacataaaccaccttaggcggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacgttgaaagaagagatg-aaaggg 13108246  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    |||| ||| |||||| |||||||||||||||||  || ||||| ||||||||| |  ||||||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  13108247 gtgaggatgtgatgtgaaattactaaaatacccctaacacatgaggtgtacatgaaaggtgtataaaaaagggtgtctacctatctttttcc 13108338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 28 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 21807509 - 21807324
Alignment:
Q  28 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtga 120  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| | |||| ||||| |       ||||||||||||||| |||    
T  21807509 tcttatacatgaaccaccttagatggcatacaccattttacacccacacaaatttgtgatatgtggcaaaaatattgaaagaagagatgaaaatggatga 21807410  T
Q  121 tgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatcttttt 206  Q
    |||| | |||| |||||||||||||||||  || || ||||||||| || ||  |||||| ||||| | |||| ||||||||||||    
T  21807409 tgatgttatgtgaaattactaaaatacccctaacacgtggggtgtatatgagaagtgtataaaaaaggttgtcaacctatcttttt 21807324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 30 - 148
Target Start/End: Original strand, 23980137 - 23980262
Alignment:
Q  30 ttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtgatg 122  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||       |||||||||||| |||||| |    
T  23980137 ttatacataaaccaccataggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaggggtgagg 23980236  T
Q  123 atatgatgtaaaattactaaaatacc 148  Q
    || |||||| ||||||||||||||||    
T  23980237 atgtgatgtgaaattactaaaatacc 23980262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 42 - 208
Target Start/End: Original strand, 36957447 - 36957619
Alignment:
Q  42 catcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtgatgatatgatgtaaa 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||  ||||| |       ||||||||||||||| |||| || | |||||||    
T  36957447 catcttaggtggcatacacccttttacatccatacatatttgtgacacgtgacaaaaatattgtaagaagagatgaaaatggatgataatgtaatgtaaa 36957546  T
Q  135 attactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    |||||||||||||||  || |||| ||||||| || |  ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||    
T  36957547 attactaaaatacccccaacacat-gggtgtatatgaaaggtgtataaaaaattgtgtctacctatctttttcc 36957619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 102 - 208
Target Start/End: Original strand, 46475109 - 46475216
Alignment:
Q  102 aagagatgaaaatgggtgatgatatgatgtaaaattactaaaata-cccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctat 200  Q
    |||||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||||||||| |||| || ||||| | ||||||| || ||||||| ||||| | |||||||||||    
T  46475109 aagagatgaaaaggggtgacgatgtgatgtgaaattactaaaataccccataacacatgagatgtacatgagaggtgtataaaaaagggtgtctacctat 46475208  T
Q  201 ctttttcc 208  Q
    ||||||||    
T  46475209 ctttttcc 46475216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 115 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 29953665 - 29953571
Alignment:
Q  115 gggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatgg-ggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||||  || ||||||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  29953665 gggtgatgatatgatgtaaaattactcaaatatccctaatacatggaagtctacataagaagtgtatgaaaaagggtgtctacctatctttttcc 29953571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 29 - 101
Target Start/End: Original strand, 38321014 - 38321086
Alignment:
Q  29 cttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca 101  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| ||| |||||||| |||| |||||||    
T  38321014 cttatacattaaccatcttaggtggcatacacattttaacacccacatacaattgtgacatgtggcaaaaaca 38321086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 24 - 146
Target Start/End: Original strand, 15020282 - 15020408
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    ||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||  ||| |||||||       |||||| | ||| ||    
T  15020282 gagctgttatacataaaccaccataggtggcatacaaccttttacacc--cacacatttgtgacatatggcaaaaacattgaaagaagagacg-aaaggg 15020378  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaata 146  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  15020379 gtgaagatatgatgtgaaattactaaaata 15020408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 59 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 20086784 - 20086690
Alignment:
Q  59 acccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtgatgatatgatgtaaaattactaaaata 146  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||  ||| |||||||       ||||||| |||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  20086784 acccttttacacccacatacatttgagacatctggcaaaaacattaaaagaagagataaaaaggggtgatgatgtgatgtgaaattactaaaata 20086690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 58 - 89
Target Start/End: Original strand, 29953661 - 29953692
Alignment:
Q  58 cacccttttacacccacacacatttgtgacac 89  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29953661 cacccttttacacccacacacatttgtgacac 29953692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 133 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 42950111 - 42950036
Alignment:
Q  133 aaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    |||||||||||||||||   | |||||||||||||||    ||||||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  42950111 aaattactaaaatacccctgaaacatggggtgtacatgctaggtgtataaaaaagggtgtctacctatctttttcc 42950036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 470 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 40561788 - 40561740
Alignment:
Q  470 actcaaatttattgttcaactcatttttgcatgaaggtattcaaacata 518  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||| |||||| |||| ||||||||    
T  40561788 actcaaatatattgttcaactcacttttacatgaatgtatccaaacata 40561740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 113; Significance: 6e-57; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 24 - 210
Target Start/End: Original strand, 39370927 - 39371121
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||       |||||||||||| ||    
T  39370927 gagctcttatacatgaaccaccttagatggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtgccaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 39371026  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttccat 210  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  39371027 gtgatgatatgatgtaaaattactcaaatacccctaatacatgggggtgtacataagaagtgtatgaaaaagggtgtctacctatctttttccat 39371121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 40888133 - 40887941
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  40888133 gagctcttatacataaaccaccttaggtggcatacactcttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 40888034  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||   |||| || |||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  40888033 gtggtgatatgatgtaaaattactaaaatacctctaatagatgggggtgtacataagaggtgtatgaaaaagggtgtctacctatctttttcc 40887941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 24 - 210
Target Start/End: Original strand, 2237276 - 2237470
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  2237276 gagcttttatacatgaaccaccttaggtgacatacacccttttacacccacacatatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 2237375  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttccat 210  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||| | ||||||||||||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  2237376 gtgatgatatgatgtaaaattactcaaatacccctaatacttgggggtgtacataagaagtgtatgaaaaagggtgtctacctatctttttccat 2237470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Original strand, 13347128 - 13347320
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       || ||||||||| |     
T  13347128 gagcttttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaatagatgaaaaaga 13347227  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  13347228 gtgatgatatgatgtataattactcaaatacccctaatacatgagggtgtacataagaagtgtatgaaaaagggtgtctacctatctttttcc 13347320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 24 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 1815807 - 1815618
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  1815807 gagctcttatacatgaaccatcttaggtgacatacacccttttacatccacacatatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaggg 1815708  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcca 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||||||   |  | ||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  1815707 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatagggtgtacat---ttctttatgaaaaaaggtgtctacctatctttttcca 1815618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 35 - 208
Target Start/End: Original strand, 14831555 - 14831736
Alignment:
Q  35 catgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtgatgatatg 127  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||       |||||||||||| |||||||||||||    
T  14831555 catgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgatacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagggtgatgatatg 14831654  T
Q  128 atgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    ||||||||||| | ||||||||  ||||| | ||||||||||||||  |||||||||||| | ||| |||||||||||||||    
T  14831655 atgtaaaattattcaaatacccctaatacgtaggggtgtacataagaagtgtatgaaaaagggtgtttacctatctttttcc 14831736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 24 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 9408230 - 9408058
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  9408230 gagctcttatacatgaaccacctcaggtgacatacgcccttttacactcacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 9408131  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatg 188  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| || ||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  9408130 gtgatgatatgatgtaaaattactcaaatacccctaatatatgggggtgtacataagaagtgtatgaaaaatg 9408058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 24 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 27553564 - 27553376
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       |||||| |||||  |    
T  27553564 gagctcttatacatgaaccattttaggtggcatataccattttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagaagaaaaatg 27553465  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttt 205  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||| |  || |||| ||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| |||| ||||    
T  27553464 gtgattatctgatgtaaaattactaaaatactcctaacacatagggtgtacataagaggtgtatgaaaaagggtgtctatctatttttt 27553376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 61 - 208
Target Start/End: Original strand, 31800595 - 31800749
Alignment:
Q  61 ccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaa 153  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |       || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  31800595 ccttttacacccacacacatttatgacacgtggcaaaaatattgaaagaaaagatgaaaaggggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaa 31800694  T
Q  154 tacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
     | |||||||||||| ||| ||||||||||||| | ||||| |||||||||||||    
T  31800695 catatggggtgtacacaagaggtgtatgaaaaagggtgtctgcctatctttttcc 31800749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 22 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 33404629 - 33404550
Alignment:
Q  22 tggagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33404629 tggagctcttatacatgaaccaccttaggtgccatacacacttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaaca 33404550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 102 - 208
Target Start/End: Original strand, 42683684 - 42683791
Alignment:
Q  102 aagagatgaaaatgggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatgggg-tgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctat 200  Q
    |||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||    
T  42683684 aagagatgaaaaaggatggtgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaatatatgggggtgtacataagaggtgtatgaaaaaggatgtctatctat 42683783  T
Q  201 ctttttcc 208  Q
    ||||||||    
T  42683784 ctttttcc 42683791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 24 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 4300734 - 4300544
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||||||||||| ||||||||||  ||| |||||||       ||||||| ||||  |    
T  4300734 gagctcttatacatgaaccattttaggtgacatatatccttttacacccacacatatttgtgacatatggcaaaaacattgaaataagagataaaaaatg 4300635  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttc 207  Q
    ||| |||| |||||| |||||| ||||||| ||  || ||||| ||||||||| || | ||||| ||||| |||||||| | |||||||||    
T  4300634 gtggtgatgtgatgtgaaattattaaaatatccctaacacatgaggtgtacatgagagatgtataaaaaaggatgtctatcaatctttttc 4300544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 24 - 149
Target Start/End: Original strand, 17225319 - 17225449
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||       ||||||||||||  |    
T  17225319 gagctcttatacatgaaccactttaggtggcatactc--ttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagatgaaaagag 17225416  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaataccc 149  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  17225417 gtgatgatgtgatgtgaaattactaaaataccc 17225449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 19596258 - 19596067
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| |||| |||||||       ||||| |||||||      
T  19596258 gagctgttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacatccacgcacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagaggtgaaaat-a 19596160  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtat-gaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    ||||| || | |||| |||| |||||| |||||   | |||||||||||||||||| ||| | |  ||||| |||||||||||||||||||||    
T  19596159 gtgataatgtaatgtgaaatgactaaactacccctgacacatggggtgtacataagaggtatttcaaaaaaggatgtctacctatctttttcc 19596067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 28 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 19124657 - 19124532
Alignment:
Q  28 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca------aagagatgaaaatgggtgat 121  Q
    ||||||||||| || ||||||| ||||||||||  ||| ||||||||||||| |||||||  |||| |||||||      |||||||||||    |||||    
T  19124657 tcttatacatggactatcttagatggcatacaca-tttgacacccacacacaattgtgacgtgtggcaaaaacattaaagaagagatgaaagaatgtgat 19124559  T
Q  122 gatatgatgtaaaattactaaaatacc 148  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  19124558 gatatgatgtaaaattactaaaatacc 19124532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 33 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 41004031 - 41003915
Alignment:
Q  33 tacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaa------acaaagagatgaaaatgggtgatgatat 126  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||| ||||      | ||||| || |||| || ||||||| |    
T  41004031 tacatgaaccactttaggtggcatacacccttttacactcatacacatttatgacatgtggcaaaaatattgaaaaagatataaaaagggatgatgatgt 41003932  T
Q  127 gatgtaaaattactaaa 143  Q
    |||||||||||||||||    
T  41003931 gatgtaaaattactaaa 41003915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 101
Target Start/End: Original strand, 12164254 - 12164328
Alignment:
Q  27 ctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| | || |||||||| ||||| || |||| |||||||    
T  12164254 ctcttatacatgaaccatcttaggtggcacacattctttaatactcacacacagttgtggcatgtggcaaaaaca 12164328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 113; Significance: 6e-57; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 22 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 34307331 - 34307137
Alignment:
Q  22 tggagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaat 114  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||       |||| |||||||     
T  34307331 tggagctcttatacataaaccaccttaggtggcatacacccttttacatccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagatatgaaaaa 34307232  T
Q  115 gggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggg-gtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  34307231 gggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatgggagtgtacataagaggtgtatgaaaaaaggtgtctacctatctttttcc 34307137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 24 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 39250054 - 39249864
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  39250054 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccatacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 39249955  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatcttttt 206  Q
     || |||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  39249954 atggtgatataatgtaaaattactaaaatacccctaatacatgggggtgtacataagaggtgtatgaaaaaaggtgtctacctatcttttt 39249864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 28 - 208
Target Start/End: Original strand, 2509028 - 2509216
Alignment:
Q  28 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtga 120  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| |||||     
T  2509028 tcttatacatgaaccaccttaggtgacatacatccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagggtgg 2509127  T
Q  121 tgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  2509128 tgatatgatgtaaaattactaaaatatccctaatacatgagggtgtacataagaggtgtatgaaaaaaagtgtctacctatctttttcc 2509216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 46901926 - 46901734
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  46901926 gagctcttatacatgaaccaccttaggtgacatacaccattttacaccaacacatatttgtgacacgtggcaaaaacattaaaagaagagatgaaaaagg 46901827  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatgg-ggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |   |||||||| ||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  46901826 gtgatgatatgatgtaaaattactcaaatactcctgatacatggcggtgtacataagaaatgtatgaaaaaggatgtctacctatctttttcc 46901734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 24 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 19258863 - 19258669
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaac-------aaagagatgaaaatgg 116  Q
    ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||| |||| ||||||       ||||||||||||| ||    
T  19258863 gagctattatacataaaccatctaaggtggcatacacctttttacacccacatatatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaaaaagagatgaaaaggg 19258764  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttccata 211  Q
    ||| |||| |||||| |||||| |||||||  |  || ||||||||||||||| || | ||||| ||||| | ||||||||||||||||| ||||    
T  19258763 gtggtgatgtgatgtgaaattattaaaatattcctaacacatggggtgtacatgagagatgtataaaaaagggtgtctacctatcttttttcata 19258669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 24 - 208
Target Start/End: Original strand, 28647353 - 28647544
Alignment:
Q  24 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 116  Q
    ||||| |||||||||||||| || |||| ||||||| | ||||||||||||||| |||||||| |  ||| |||||||       || ||||||||| ||    
T  28647353 gagctattatacatgaaccacctaaggttgcatacatctttttacacccacacatatttgtgatatttggcaaaaacattgaaagaatagatgaaaaggg 28647452  T
Q  117 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    ||| |||| |||||| |||||| |||||||  |  || ||||||| ||||||| || | ||||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  28647453 gtggtgatgtgatgtgaaattattaaaatattcctaacacatgggatgtacatgagagatgtataaaaaagggtgtctacctatctttttcc 28647544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 29 - 101
Target Start/End: Original strand, 10146971 - 10147043
Alignment:
Q  29 cttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca 101  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||| |||| |||||||    
T  10146971 cttatacatggaccaccttaggtggcatacaccctttgacccccacacacaattgtgacatgtggcaaaaaca 10147043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 473 - 516
Target Start/End: Original strand, 1514401 - 1514444
Alignment:
Q  473 caaatttattgttcaactcatttttgcatgaaggtattcaaaca 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||    
T  1514401 caaatttattgttcaactcatttttacatgaatgtatccaaaca 1514444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 470 - 504
Target Start/End: Original strand, 27500340 - 27500374
Alignment:
Q  470 actcaaatttattgttcaactcatttttgcatgaa 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27500340 actcaaatttattgttcaactcatttttacatgaa 27500374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 28 - 101
Target Start/End: Original strand, 29099821 - 29099893
Alignment:
Q  28 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca 101  Q
    |||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||| ||  |||||||||||||||||| |||  |||||||    
T  29099821 tcttatacataaaccaccttagatggcatacactcttt-acgtccacacacatttgtgacatgtgacaaaaaca 29099893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0062 (Bit Score: 110; Significance: 4e-55; HSPs: 1)
Name: scaffold0062
Description:

Target: scaffold0062; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 28 - 211
Target Start/End: Original strand, 6722 - 6913
Alignment:
Q  28 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtga 120  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| ||||||    
T  6722 tcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagggtga 6821  T
Q  121 tgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttccata 211  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||| |||||||||||||  |||||||||||| | | ||||||||||||||||||||    
T  6822 tgatatgatgtaaaattacttaaatatccctaatacatgagggtgtacataagaagtgtatgaaaaaaggtatctacctatctttttccata 6913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0043 (Bit Score: 85; Significance: 3e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0043
Description:

Target: scaffold0043; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 28 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 87350 - 87162
Alignment:
Q  28 tcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtga 120  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||||||||   ||||    
T  87350 tcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttgtaca-ccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaatagtga 87252  T
Q  121 tg--atatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 208  Q
    ||  |||| || |||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||  ||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  87251 tgatatataatataaaattactaaaatacccctaacacatggggtgtacataaaaggtgtatgaaaaaaggtgtctacctatctttttcc 87162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 51 - 89
Target Start/End: Original strand, 5943 - 5981
Alignment:
Q  51 tggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacac 89  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5943 tggcatacacccttttacacccacgcacatttgtgacac 5981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 360 times since January 2019
Visitors: 6696