View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0918_low_3 (Length: 707)

Name: NF0918_low_3
Description: NF0918
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0918_low_3
NF0918_low_3
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (32-707)||(14174887-14175562)
chr4 (32-707)||(28610316-28610990)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (32-707)||(12931617-12932292)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (30-546)||(24874193-24874710)
chr3 (553-698)||(24875544-24875688)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (212-698)||(38996099-38996587)
chr5 (76-144)||(38996015-38996083)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (32-136)||(15290614-15290718)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 640; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 640; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 707
Target Start/End: Complemental strand, 14175562 - 14174887
Alignment:
Q  32 ttttgtaaagcgttgaatacacggcgcctctagcaatcatcaacgatcctttggtaagtttccattttccatcaccaaagttgttttgaaatccggctaa 131  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14175562 ttttgtaaagcgtcgaatacacgacgcctctagcaatcatcaacgatcctttggtaagtttccattttccatcaccaaagttgttttgaaatccggctaa 14175463  T
Q  132 atcaagagcatggacagagattagatttagacgcaaatctggcacatgtctcacgtccttcagtgttagtgtaaaaccggtattggtttgaacacacaca 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14175462 atcaagagcatggacagagattagatttagacgcaaatctggcacatgtcgcacgtccttcagtgttagtgtaaaaccggtattggtttgaacacacaca 14175363  T
Q  232 tcaccaattccaacaatatctgcaatgctattattgcccatctttactttgccaaagtctcctactttatacatcgtaaagaattctttgttggaagtag 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  14175362 tcaccaattccaacaatatctgcaatgctattattgcccatctttactttgccaaagtctcctactttgtacattgtaaagaattctttattggaagtag 14175263  T
Q  332 catgataagaagctgctgagtcaatgacccattcaacacatgaatctgcaacatgacattcttcttcttcaactgaaagcaacaccacttccccatcaac 431  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14175262 cgtgataagaagctgctgagtcaatgacccattcaacacatgaatctgcaacatgacattcttcttcttcaacagaaagcaacaccacttccccatcaac 14175163  T
Q  432 tactggggttgtggtattttcatcttcgtctggtctttgattcctccggtccttcttttctttgttcttccaagatttgcaatttcttttgatgtgacct 531  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14175162 tactggggttgtggtattttcatcttcgtctggtctttgattcctccggtccttcttttctttgttcttccaagatttgcaatttcttttgatgtgacct 14175063  T
Q  532 tcttcgccgcagtgaaagcacttgaactttcttcgaggttgagattgtgatctgtctttggatttattggatctccccccgctcttgcttctgcctctgt 631  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14175062 tcttcgccgcagtgaaaacacttgaactttcttcgaggttgagattgtgatctgtctttggatttattggatctccccccgctcttgcttctgcctctgt 14174963  T
Q  632 tctccgtgacaagggcctgagagctacttgatcccatgtcttttcttcttgtttcttcattgaacatactatcttt 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14174962 tctccgtgacaagggcctgagagctacttgatcccatgtcttttcttcttgtttcttcattgaacatactatcttt 14174887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 628; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 707
Target Start/End: Original strand, 28610316 - 28610990
Alignment:
Q  32 ttttgtaaagcgttgaatacacggcgcctctagcaatcatcaacgatcctttggtaagtttccattttccatcaccaaagttgttttgaaatccggctaa 131  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28610316 ttttgtaaagcgtcgaatacacggcgcctctagcaatcatcaacgatcctttggtaagtttccattttccatcaccaaagttgttttgaaatccggctaa 28610415  T
Q  132 atcaagagcatggacagagattagatttagacgcaaatctggcacatgtctcacgtccttcagtgttagtgtaaaaccggtattggtttgaacacacaca 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28610416 atcaagagcatggacagagattagatttagacgcaaatctggcacatgtcgcacgtccttcagtgttagtgtaaaatcggtattggtttgaacacacaca 28610515  T
Q  232 tcaccaattccaacaatatctgcaatgctattattgcccatctttactttgccaaagtctcctactttatacatcgtaaagaattctttgttggaagtag 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28610516 tcaccaattccaacaatatctgcaatgctattattgcccatctttactttgccaaagtctcctactttgtacatcgtaaagaattctttattggaagtag 28610615  T
Q  332 catgataagaagctgctgagtcaatgacccattcaacacatgaatctgcaacatgacattcttcttcttcaactgaaagcaacaccacttccccatcaac 431  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  28610616 cgtgataagaagctgctgagtcaatgacccattaaacacatgaatctgcaagatgacattcttcttcttcaacagaaagcaacaccacttccccatcaac 28610715  T
Q  432 tactggggttgtggtattttcatcttcgtctggtctttgattcctccggtccttcttttctttgttcttccaagatttgcaatttcttttgatgtgacct 531  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28610716 tactggggttgtggtattttcatcttcgtctggtctttgattcctccggtccttcttttctttgttcttccaagatttgcaatttcttttgatgtgacct 28610815  T
Q  532 tcttcgccgcagtgaaagcacttgaactttcttcgaggttgagattgtgatctgtctttggatttattggatctccccccgctcttgcttctgcctctgt 631  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28610816 tcttcgccgcagtgaaaacacttgaactttcttcgaggttgagattgtgatctgtc-ttggatttattggatctccccccgctcttgcttctgcctctgt 28610914  T
Q  632 tctccgtgacaagggcctgagagctacttgatcccatgtcttttcttcttgtttcttcattgaacatactatcttt 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28610915 tctccgtgacaagggcctgagagctacttgatcccatgtcttttcttcttgtttcttcattgaacatactatcttt 28610990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 616; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 616; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 707
Target Start/End: Complemental strand, 12932292 - 12931617
Alignment:
Q  32 ttttgtaaagcgttgaatacacggcgcctctagcaatcatcaacgatcctttggtaagtttccattttccatcaccaaagttgttttgaaatccggctaa 131  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12932292 ttttgtaaagcgtcgaatacacgacgcctctagcaatcatcaacgatcctttggtaagtttccattttccatcaccaaagttgttttgaaatccggctaa 12932193  T
Q  132 atcaagagcatggacagagattagatttagacgcaaatctggcacatgtctcacgtccttcagtgttagtgtaaaaccggtattggtttgaacacacaca 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12932192 atcaagagcatggacagagattagatttagacgcaaatctggcacatgtcgcacgttcttcagtgttagtgtaaaaccggtattggtttgaacacacaca 12932093  T
Q  232 tcaccaattccaacaatatctgcaatgctattattgcccatctttactttgccaaagtctcctactttatacatcgtaaagaattctttgttggaagtag 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12932092 tcaccaattccaacaatatctgcaatgctattattgcccatctttactttgccaaagtctcctactttgtacatcgtaaagaattctttattggaagtag 12931993  T
Q  332 catgataagaagctgctgagtcaatgacccattcaacacatgaatctgcaacatgacattcttcttcttcaactgaaagcaacaccacttccccatcaac 431  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  12931992 cgtgataagaagctgctgagtcaatgacccattcaacacatgaatctgcaacatgacattcttcttcttcaacagaaaacaacaccacttccccatcaac 12931893  T
Q  432 tactggggttgtggtattttcatcttcgtctggtctttgattcctccggtccttcttttctttgttcttccaagatttgcaatttcttttgatgtgacct 531  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12931892 tactggggttgtggtattttcatcttcgtctggtctttgattcctccggtctttcttttctttgttcttccaagatttgcaatttcttttgatgtgacct 12931793  T
Q  532 tcttcgccgcagtgaaagcacttgaactttcttcgaggttgagattgtgatctgtctttggatttattggatctccccccgctcttgcttctgcctctgt 631  Q
    ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12931792 tcttcgttgcagtgaaaacacttgaactttcttcgaggttgagattgtgatctgtctttggatttattggatctccccccgctcttgcttctgcctctgt 12931693  T
Q  632 tctccgtgacaagggcctgagagctacttgatcccatgtcttttcttcttgtttcttcattgaacatactatcttt 707  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12931692 tctccgtgacaagggcatgagagctacttgatcccatgtattttcttcttgtttcttcattgaacatactatcttt 12931617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 230; Significance: 1e-126; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 30 - 546
Target Start/End: Original strand, 24874193 - 24874710
Alignment:
Q  30 atttttgtaaagcgttgaatacacggcgcctctagcaatcatcaacgatcctttggtaagtttccattttccatcaccaaagttgttttgaaatccggct 129  Q
    ||||||||||||| | | ||||||  || |||||| || |||||| | |||||||||| || || | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  24874193 atttttgtaaagcctcggatacacatcgtctctagtaaccatcaatgctcctttggtaggtatc-actttccatcaccaaagttgttttgaagtccagct 24874291  T
Q  130 aaatcaagagcatggacagagattagatttagacgcaaatctggcacatgtctcacgtccttcagtgttagtgtaaaaccggtattggtttgaacacaca 229  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  24874292 aaa-caagagcatggacggagattatatttagacgcaaatctagcacatgtcgcacgtcctttagtgttggtgttaaaccgatattggtttgaacacaca 24874390  T
Q  230 catcaccaattccaacaatatctgcaatgctattattgcccatctttactttgccaa---agtctcctactttatacatcgtaaagaattctttgttgga 326  Q
    |||||  |||||||||||||||| ||||  |||| ||| | ||||| ||||||||||   ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||    
T  24874391 catcattaattccaacaatatctacaatattattgttgtctatcttgactttgccaacaaagtctcctactttgtacatcacaaagaattctttgttgga 24874490  T
Q  327 agtagcatgataagaagctgctgagtcaatgacccattcaacacatgaatctgcaacatgacattcttcttcttcaactgaaagcaacaccacttcccca 426  Q
    ||| ||||||||||||| ||| ||||||| |||||||  ||||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||  ||||||||| || |||||||    
T  24874491 agtggcatgataagaagatgcagagtcaacgacccatataacacatgaatctacaatacgacattcttctttttcaacaaaaagcaacatcatttcccca 24874590  T
Q  427 tcaactactggggttgtggtattttcatcttcgtctggtctttgattcctccggtccttcttttctttgttcttccaagatttgcaatttcttttgatgt 526  Q
    ||| |||||  ||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||   ||||||||||||||| |||||||   ||| ||||||||||| ||||    
T  24874591 tcacctactaaggttgtggtattttcatcttcgtatggcatttgattcctcttatccttcttttctttgctcttccattgttttcaatttctttttatgt 24874690  T
Q  527 gaccttcttcgccgcagtga 546  Q
    ||||||||| ||||||||||    
T  24874691 gaccttctttgccgcagtga 24874710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 553 - 698
Target Start/End: Original strand, 24875544 - 24875688
Alignment:
Q  553 ttgaactttcttcgaggttgagattgtgatctgtctttggatttattggatctccccccgctcttgcttctgcctctgttctccgtgacaagggcctgag 652  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||  | |||||| |||||||||||||| |||||||||  ||  ||||    
T  24875544 ttgaacttttttcgaggttgagactgtaatctgtctttggatttattggatcaccatcagctcttacttctgcctctgttttccgtgacattggtttgag 24875643  T
Q  653 agctacttgatcccatgtcttttcttcttgtttcttcattgaacat 698  Q
    ||||||||||||| |||| |||| ||||| ||||||||| ||||||    
T  24875644 agctacttgatcctatgt-ttttattcttatttcttcatcgaacat 24875688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 181; Significance: 2e-97; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 212 - 698
Target Start/End: Original strand, 38996099 - 38996587
Alignment:
Q  212 tattggtttgaacacacacatcaccaattccaacaatatctgcaatgctattattgcccatctttactttgccaaagtctcctactttatacatcgtaaa 311  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||||| ||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||    
T  38996099 tattggtttaaacacacacatcaccaattccaacaatatttgtaatgctactatttcccatatttactttgtcaaagtctcctgctttgtacatcgtaaa 38996198  T
Q  312 gaattc-tttgttggaagtagcatgataagaagctgctgagtcaatgacccattcaacacatgaatctgcaacatgacattcttcttcttcaactgaaag 410  Q
    |||||| ||||||||||||  |||||| ||||| || ||||||||| | |||||||||| ||||| |||||| ||| |||||||||||||||||  ||||    
T  38996199 gaattcttttgttggaagtgacatgattagaagatgttgagtcaattatccattcaacaaatgaaactgcaatatggcattcttcttcttcaacataaag 38996298  T
Q  411 caacaccacttccccatcaactact-ggggttgtggtattttcatcttcgtctggtctttgattcctccggtccttcttttctttgttcttccaagattt 509  Q
    |||| |||||||||||| || |  | ||||||||||||||||||||||| |  ||| |||| |||||   |||||| |||| ||| ||||||||||||||    
T  38996299 caacgccacttccccattaagtgttgggggttgtggtattttcatcttccttaggtatttggttcctattgtccttattttattttttcttccaagattt 38996398  T
Q  510 gcaatttcttttgatgtgaccttcttcgccgcagtgaaagcacttgaactttcttcgaggttgagattgtgatctgtctttggatttattggatctcccc 609  Q
     |||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||  | ||||||| ||||||   || |||||||||||||||| | |     
T  38996399 acaatttctttggatgtgatcttctccgccgcagtgataacacttgaacattctttaaagttgagactgtgataaatcattggatttattggatcactct 38996498  T
Q  610 ccgctcttgcttctgcctctgttctccgtgacaagggcctgagagctacttgatcccatgtcttttcttcttgtttcttcattgaacat 698  Q
    | |||||| ||| | ||||| || ||| | | |||||| | ||||  ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||| |||||    
T  38996499 ctgctcttacttatacctctattttccattagaagggctttagagacacttgatcctatgtcttctcttcttgcttcttcattaaacat 38996587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 76 - 144
Target Start/End: Original strand, 38996015 - 38996083
Alignment:
Q  76 gatcctttggtaagtttccattttccatcaccaaagttgttttgaaatccggctaaatcaagagcatgg 144  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  38996015 gatcctttgataagtttccattttccatcaccaaaattgttttgaaatttagctaaatcaagagcatgg 38996083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 89; Significance: 2e-42; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 32 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 15290718 - 15290614
Alignment:
Q  32 ttttgtaaagcgttgaatacacggcgcctctagcaatcatcaacgatcctttggtaagtttccattttccatcaccaaagttgttttgaaatccggctaa 131  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15290718 ttttgtaaagtgtcgaatacacggcgcctctagtaaccatcaacgatcctttggtaagtttccattttccatcaccaaagttgttttgaaatccggctaa 15290619  T
Q  132 atcaa 136  Q
    |||||    
T  15290618 atcaa 15290614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 632 times since January 2019
Visitors: 6696