View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0925_low_1 (Length: 1015)

Name: NF0925_low_1
Description: NF0925
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0925_low_1
NF0925_low_1
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (114-934)||(22062047-22062869)
chr1 (114-445)||(20126987-20127318)
chr1 (114-373)||(6473763-6474022)
chr1 (114-368)||(20190330-20190588)
chr1 (114-365)||(24156956-24157210)
chr1 (370-592)||(6473155-6473377)
chr1 (208-252)||(37260438-37260482)
chr1 (256-319)||(40554445-40554509)
chr1 (256-314)||(48463137-48463195)
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (114-809)||(18781305-18782002)
chr6 (112-405)||(30518187-30518480)
chr6 (129-405)||(20419557-20419833)
chr6 (114-405)||(18553296-18553586)
chr6 (129-405)||(20414824-20415100)
chr6 (277-592)||(20417683-20417998)
chr6 (114-340)||(20417455-20417682)
chr6 (183-384)||(6230608-6230808)
chr6 (375-592)||(2147982-2148199)
chr6 (208-252)||(21299398-21299442)
chr6 (256-316)||(2147847-2147908)
chr6 (208-249)||(12639527-12639568)
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (335-939)||(16345391-16345996)
chr3 (114-372)||(5553462-5553720)
chr3 (143-403)||(17236774-17237030)
chr3 (114-337)||(22271157-22271383)
chr3 (117-242)||(23433138-23433262)
chr3 (182-316)||(16019425-16019556)
chr3 (208-252)||(13179891-13179935)
chr3 (208-252)||(13184549-13184593)
chr3 (220-315)||(13956976-13957070)
chr3 (220-315)||(15381933-15382027)
chr3 (220-315)||(15387669-15387763)
chr3 (256-316)||(16347198-16347259)
chr3 (208-249)||(33757970-33758011)
chr3 (256-316)||(47418036-47418097)
chr3 (220-315)||(13962709-13962803)
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (114-541)||(34098541-34098967)
chr4 (114-592)||(17266600-17267083)
chr4 (113-370)||(15017545-15017802)
chr4 (114-370)||(15019186-15019442)
chr4 (114-365)||(39488053-39488304)
chr4 (114-368)||(9167179-9167433)
chr4 (114-411)||(17780664-17780969)
chr4 (220-389)||(23090830-23090998)
chr4 (113-197)||(20264940-20265024)
chr4 (272-338)||(19460135-19460201)
chr4 (256-322)||(19180483-19180550)
chr4 (211-252)||(11475673-11475714)
chr4 (256-316)||(19459912-19459973)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (114-541)||(33036-33465)
[»] scaffold0010 (2 HSPs)
scaffold0010 (114-445)||(136673-137004)
scaffold0010 (490-673)||(136383-136565)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (114-405)||(20730831-20731122)
chr8 (182-251)||(18446237-18446306)
chr8 (208-252)||(16417556-16417600)
chr8 (208-252)||(18774305-18774349)
chr8 (256-316)||(23015809-23015870)
[»] scaffold0076 (1 HSPs)
scaffold0076 (114-457)||(54676-55019)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (114-368)||(9595340-9595594)
chr7 (114-368)||(9646303-9646557)
chr7 (114-405)||(32706295-32706588)
chr7 (256-407)||(5247437-5247589)
chr7 (208-252)||(16157057-16157101)
chr7 (220-315)||(14575569-14575663)
chr7 (220-315)||(14578845-14578939)
chr7 (208-252)||(21368645-21368689)
[»] scaffold0017 (3 HSPs)
scaffold0017 (114-405)||(4497-4788)
scaffold0017 (520-673)||(93-247)
scaffold0017 (520-621)||(4893-4995)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (114-405)||(4568208-4568498)
chr5 (114-369)||(244345-244599)
chr5 (114-368)||(29950111-29950365)
chr5 (114-368)||(29951749-29952003)
chr5 (173-316)||(11126378-11126518)
chr5 (163-322)||(34597760-34597919)
chr5 (433-482)||(34596705-34596754)
[»] scaffold0075 (2 HSPs)
scaffold0075 (170-448)||(25720-25999)
scaffold0075 (508-673)||(26123-26286)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (114-405)||(6050127-6050419)
chr2 (688-934)||(23736003-23736249)
chr2 (129-370)||(15409791-15410031)
chr2 (113-405)||(33809331-33809626)
chr2 (110-232)||(23732346-23732468)
chr2 (520-672)||(15408956-15409106)
chr2 (256-319)||(44792884-44792948)
chr2 (208-252)||(44794775-44794819)
chr2 (256-316)||(24808197-24808258)
chr2 (474-510)||(15725140-15725176)
chr2 (256-295)||(31939075-31939114)
chr2 (375-480)||(1003138-1003243)
[»] scaffold0146 (3 HSPs)
scaffold0146 (114-403)||(6576-6863)
scaffold0146 (116-403)||(9471-9756)
scaffold0146 (116-403)||(17138-17423)
[»] scaffold0585 (1 HSPs)
scaffold0585 (112-404)||(774-1065)
[»] scaffold0096 (1 HSPs)
scaffold0096 (114-326)||(22519-22730)
[»] scaffold0254 (2 HSPs)
scaffold0254 (375-592)||(24445-24662)
scaffold0254 (256-316)||(24311-24372)
[»] scaffold0269 (1 HSPs)
scaffold0269 (298-368)||(1490-1560)
[»] scaffold0671 (1 HSPs)
scaffold0671 (208-252)||(2155-2199)
[»] scaffold0359 (1 HSPs)
scaffold0359 (208-252)||(8768-8812)
[»] scaffold0065 (1 HSPs)
scaffold0065 (208-252)||(33780-33824)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (208-252)||(288993-289037)
[»] scaffold0180 (1 HSPs)
scaffold0180 (256-316)||(10850-10911)
[»] scaffold0139 (1 HSPs)
scaffold0139 (256-316)||(6465-6526)
[»] scaffold0018 (1 HSPs)
scaffold0018 (256-316)||(141-202)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (256-316)||(374790-374851)
[»] scaffold0062 (1 HSPs)
scaffold0062 (474-510)||(73693-73729)
[»] scaffold0025 (1 HSPs)
scaffold0025 (256-316)||(55425-55486)
[»] scaffold0013 (1 HSPs)
scaffold0013 (256-316)||(241614-241675)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 643; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 643; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 114 - 934
Target Start/End: Original strand, 22062047 - 22062869
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaa-tgaagaactggaatggatagacaggga 212  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  22062047 tgatgagtgtcactgagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaaatgaagaaatggaatggatagacaggga 22062146  T
Q  213 cgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccaga 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22062147 cgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccaga 22062246  T
Q  313 accacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaaccttttctatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgt 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||     
T  22062247 accacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttcctttatttcataatgaaacttacaatttatagagctcttgc 22062346  T
Q  413 tgcaagtatctcaatggtcactaataaattaaaatacacctaatattattctaaagaaaagaaataaatgacatactagccttacaattattctaaaaat 512  Q
    |  ||  | ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  22062347 tctaatgaactcaaaggacactaataaattaaaatacacctaatattattctaaagaaaagaaataaatgacatactagcctttaaattattctaaaaat 22062446  T
Q  513 aaatcactaaaactattctttgagaattaacatgacttatttgttatgttcattttcaattgataaaaactgctccaaataaattccaaaaccgttgcaa 612  Q
    ||| |||||||| |||||||||  ||||| | ||| ||   | |||| ||||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22062447 aaaacactaaaattattctttggaaattagcgtgagttgcatattatcttcatttccaattgatgaaagctgctccaaacaaattccaaaaccgttgcaa 22062546  T
Q  613 gctgccacctttaagtgtagtaattactatcaagctgccacattt-aattctaaaaccgttatgaaccagcctcatttatcttcattggaattgacctga 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  22062547 gctgccacctttaagtgtagtaattactatcaagctgccacattttaattctaaaaccgttatgaaccagccccatttatcttcattgaaattgacctga 22062646  T
Q  712 atggttgtgacatttaaaaatcacgttttgtttggtctttggtgagctagtaccaggaatcaaaataattctctactttggaaacaataaaaaccaacga 811  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22062647 atgattgtgacatttaaaaatcacgttttatttggtctttggtgagctagtaccaggaatcaaaataattctctactttggaaacaataaaaaccaacga 22062746  T
Q  812 aattgtcccttgagcagcttgtgacttagtactccacttcatgtatcaaattatgcaatgatgaatcatagagatttaagccatgaatcttcaattagtt 911  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22062747 aattgtcccttgagcagcttgtgacttaatactccacttcatgtatcaaattatgcaatgatgaatcatagagatttaagccatgaatcttcaattagtt 22062846  T
Q  912 aataccaaagcagtgagaataat 934  Q
    |||| ||||||||||||||||||    
T  22062847 aatatcaaagcagtgagaataat 22062869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 114 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 20127318 - 20126987
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggac 213  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20127318 tgatgagtgccacggagccgtcggaagcaaattatgaatattgttggtgaaaatggtgaaaagactaaaac-tgaagaaatggaatggatagacagggac 20127220  T
Q  214 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 313  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  20127219 gccacactttctaatccaagaaagcgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 20127120  T
Q  314 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaaccttttct-atttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgt 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20127119 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataatattcaactttttttcatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgt 20127020  T
Q  413 tgcaagtatctcaatggtcactaataaattaaa 445  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  20127019 tgcaagtatctcaatggaccctaataaattaaa 20126987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 114 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 6474022 - 6473763
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggac 213  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6474022 tgatgagtgccacggagccgtcggaagcaaattatgattaatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaaatggaatggatagacagggac 6473923  T
Q  214 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  6473922 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgtcacaagaaatgtgatttcttgataagatcaaggatgattcaatccagaa 6473823  T
Q  314 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacctttt 373  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6473822 ccacaagagacaaggctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttttt 6473763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 114 - 368
Target Start/End: Original strand, 20190330 - 20190588
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaa-----atgaagaactggaatggatagaca 208  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||| |||||||||||||||    
T  20190330 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaacttatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaattaaaatgaagaaatggaatggatagaca 20190429  T
Q  209 gggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatc 308  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  || || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20190430 aggacgccacactttctaatccaagaaactgataagtctatggaagcgaggattgccacaagaac-ataatgtcttgataagatcaaggatggttcaatc 20190528  T
Q  309 cagaaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaac 368  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||    
T  20190529 cagaaccacaagagacaaagctctcaatacacataagtgtaaaattctacaaagttcaac 20190588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 114 - 365
Target Start/End: Original strand, 24156956 - 24157210
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaa-----aaaatgaagaactggaatggatagaca 208  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||| || ||||||||||  ||||||||| ||||||| |||| |     ||||||||||| |||||||||||||||    
T  24156956 tgatgagtgtcgcggagccgtcggaagc-aactatgaataattatggtggaaaaggtgaaatgactcaaaattaaaatgaagaaatggaatggatagaca 24157054  T
Q  209 gggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatc 308  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  24157055 gggacgccgcactttctaattcaagaaagtgataagtcaatggatgcgaggatcaccacaagaaa-atgatttcttgataagatcaaggatggttcgatc 24157153  T
Q  309 cagaaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattc 365  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24157154 cataaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattc 24157210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 370 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 6473377 - 6473155
Alignment:
Q  370 ttttctatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgttgcaa-gtatctcaatggtcactaataaattaaaatacacctaatattattctaaag 468  Q
    |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |  || ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  6473377 ttttttatttcataatgaaacttacaatttatagagctcttgctctaatgta-ctcaaaggacactaataaattaaaatacacctaatattagtctaaag 6473279  T
Q  469 aaaagaaataaatgacatactagccttacaattattctaaaaataaatcactaaaactattctttgagaattaacatgacttatttgttatgttcatttt 568  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||| | ||| ||   | |||| ||||||||    
T  6473278 aaaagaaataaatgacatactagccttacaattattctaaaaataaaacactaaaattattctttgaaaattagcgtgagttgcatattatcttcatttt 6473179  T
Q  569 caattgataaaaactgctccaaat 592  Q
    |||||||| ||| |||||| ||||    
T  6473178 caattgatgaaagctgctcaaaat 6473155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 37260482 - 37260438
Alignment:
Q  208 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 252  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  37260482 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 37260438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 256 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 40554509 - 40554445
Alignment:
Q  256 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggttggttcaatccagaaccacaa 319  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||    
T  40554509 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatgcatggttcaatccagaaccacaa 40554445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 256 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 48463195 - 48463137
Alignment:
Q  256 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaac 314  Q
    |||||||| |||||||||  || |||||||||||||||||   ||||||||||||||||    
T  48463195 gaggatcgtcacaagaaacgtggtttcttgataagatcaataatggttcaatccagaac 48463137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 634; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 634; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 114 - 809
Target Start/End: Complemental strand, 18782002 - 18781305
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaatta-tgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacaggga 212  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  18782002 tgatgagtgccacagagccgtcggaagcaaattaatgaatattgttggtggaaatggtgaaaagactaaaagatgaagaaatggaatggatagacaggga 18781903  T
Q  213 cgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccaga 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18781902 cgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccaga 18781803  T
Q  313 accacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacctttt-ctatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttg 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18781802 accacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataatattcaacttttttctatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttg 18781703  T
Q  412 ttgcaagtatctcaatggtcactaataaattaaaatacacctaatattattctaaagaaaagaaataaatgacatactagccttacaattattctaaaaa 511  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18781702 ttgcaagtatctcaatggacactaataaattaaaatacacctaatattattctaaagaaaagaaataaatgacatactagccttacaattattctaaaaa 18781603  T
Q  512 taaatcactaaaactattctttgagaattaacatgacttatttgttatgttcattttcaattgataaaaactgctccaaataaattccaaaaccgttgca 611  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18781602 taaatcactaaaattattctttgagaattaacgtgacttatttgttatcttcattttcaattgataaaaactgctccaaacaaattccaaaaccgttgca 18781503  T
Q  612 agctgccacctttaagtgtagtaattactatcaagctgccacatttaattctaaaaccgttatgaaccagcctcatttatcttcattggaattgacctga 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18781502 agctgccacctttaagtgtagtaattactatcaaactgccacatttaattctaaaaccgttatgaaccagcctcatttatcttcattggaattgacctga 18781403  T
Q  712 atggttgtgacatttaaaaatcacgttttgtttggtctttggtgagctagtaccaggaatcaaaataattctctactttggaaacaataaaaaccaac 809  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18781402 atggttgtgacatttaaaaatcacgttttgtttggtctttggtgagctagtaccaggaatcaaaataattctctactttggaaacaataaaaaccaac 18781305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 235; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 112 - 405
Target Start/End: Original strand, 30518187 - 30518480
Alignment:
Q  112 attgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacaggg 211  Q
    ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||    
T  30518187 attgatgagtgccacgaagccgtcggaagcaaattatgaatattgttggtgaaaatggtgaaaagactaaaa-atgaagaaatgaaatggatagacaggg 30518285  T
Q  212 acgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccag 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30518286 acgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccag 30518385  T
Q  312 aaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacc-ttttctatttcatagagaaacttacaatttatagag 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30518386 aaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataatattcaacctttttttatttcatagagaaagttacaatttatagag 30518480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 129 - 405
Target Start/End: Original strand, 20419557 - 20419833
Alignment:
Q  129 agccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggacgccacactttctaat 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20419557 agccgtcggaagcaaattatgaatattgttggtggaaatggtgagaagactaaaagatgaagaaatggaatggatagacagggacgccacactttctaat 20419656  T
Q  229 ccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaaccacaagagacaaag 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  20419657 ccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaaccacaagagacaaga 20419756  T
Q  329 ctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaaccttttctatttcatagagaaacttacaatttatagag 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20419757 ctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaactccctttatttcatagagaaacttacaatttatagag 20419833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 230; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 114 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 18553586 - 18553296
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaa-tgaagaactggaatggatagacaggga 212  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||    
T  18553586 tgatgagtgtcatggagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgagaagactaaaaaaatgaagaaatggaattgatagacaggga 18553487  T
Q  213 cgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccaga 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18553486 cgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccaga 18553387  T
Q  313 accacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaaccttttctatttcatagagaaacttacaatttatagag 405  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| | |  ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18553386 accacaagagacaaggctctcaatacac--atgtgtaaaattctataaaattcaacttatcttatttcatagagaaagttacaatttatagag 18553296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 129 - 405
Target Start/End: Original strand, 20414824 - 20415100
Alignment:
Q  129 agccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggacgccacactttctaat 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20414824 agccgtcggaagcaaattatgaatattgttggtggaaatggtgagaagactaaaagatgaagaaattgaatggatagacagggacgccacactttctaat 20414923  T
Q  229 ccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaaccacaagagacaaag 328  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  20414924 ctaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaaccacaagagacaagg 20415023  T
Q  329 ctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaaccttttctatttcatagagaaacttacaatttatagag 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20415024 ctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaactccctttatttcatagagaaacttacaatttatagag 20415100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 277 - 592
Target Start/End: Original strand, 20417683 - 20417998
Alignment:
Q  277 gatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaaccttttcta 376  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20417683 gatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaaccacaagagacaaggctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaactttttcta 20417782  T
Q  377 tttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgttgcaagtatctcaatggtcactaataaattaaaatacacctaatattattctaaagaaaagaaa 476  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |  ||  | ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20417783 tttcataatgaaacttacaatttatagagctcttgctctaatgaactcaaaggacactaataaattaaaatacacctaatattattctaaagaaaagaaa 20417882  T
Q  477 taaatgacatactagccttacaattattctaaaaataaatcactaaaactattctttgagaattaacatgacttatttgttatgttcattttcaattgat 576  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||| | ||| ||   | |||| ||||||| ||||||||    
T  20417883 taaatgacatactagccttacaattattctaaaaataaaacactaaaattattctttgaaaattagcgtgagttgcatattattttcatttccaattgat 20417982  T
Q  577 aaaaactgctccaaat 592  Q
     ||| |||||| ||||    
T  20417983 gaaagctgctcaaaat 20417998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 114 - 340
Target Start/End: Original strand, 20417455 - 20417682
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaa-aatgaagaactggaatggatagacaggga 212  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  20417455 tgatgagtgccacggagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgagaagactaaaaaaatgaagaaatggaattgatagacaggga 20417554  T
Q  213 cgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccaga 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20417555 cgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccaga 20417654  T
Q  313 accacaagagacaaagctctcaatacac 340  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||    
T  20417655 accacaagagacaaggctctcaatacac 20417682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 183 - 384
Target Start/End: Original strand, 6230608 - 6230808
Alignment:
Q  183 aaatgaagaactggaatggatagacagggacgccacactttctaatccaagaaag--tgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatt 280  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||  |  ||| ||||  ||||||| ||||  ||||||| | |||||||  | |||||||| ||||||| |||||    
T  6230608 aaatgaagaaatggaatggatagacaggcgccacactcttttcaatccaaaaaagaatgataagccgatggatg--aagatcgccataagaaatgtgatt 6230705  T
Q  281 tcttgataagatcaaggttggttcaatccagaaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaaccttttctatttc 380  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  6230706 tcttgataagatcaaggatggttcaatccagaaccacaagagtcaaaactctcaatacacatatgtgtaaaattctacaaaattcaa-cttttttatttc 6230804  T
Q  381 atag 384  Q
    ||||    
T  6230805 atag 6230808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 375 - 592
Target Start/End: Original strand, 2147982 - 2148199
Alignment:
Q  375 tatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgttgcaagtatctcaatggtcactaataaattaaaatacacctaatattattctaaagaaaaga 474  Q
    |||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||| |  ||  | ||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2147982 tatttcataatgaaacttacaattcatagagctcttgctctaatgaactcaaaggacactaataaattaaaatacacctagtattattctaaagaaaaga 2148081  T
Q  475 aataaatgacatactagccttacaattattctaaaaataaatcactaaaactattctttgagaattaacatgacttatttgttatgttcattttcaattg 574  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||| ||||| | ||| ||   | |||| ||||||| ||||||    
T  2148082 aataaatgacatactaaccttacaattattctaaaattaaaacattaaaattattctttgaaaattagcgtgaattgcatattattttcatttccaattg 2148181  T
Q  575 ataaaaactgctccaaat 592  Q
    || ||| |||||| ||||    
T  2148182 atgaaagctgctcaaaat 2148199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 252
Target Start/End: Original strand, 21299398 - 21299442
Alignment:
Q  208 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 252  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  21299398 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 21299442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 256 - 316
Target Start/End: Original strand, 2147847 - 2147908
Alignment:
Q  256 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggttggttcaatccagaacca 316  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||    
T  2147847 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatgcatggttcaatccagaacca 2147908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 208 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 12639568 - 12639527
Alignment:
Q  208 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctat 249  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  12639568 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctat 12639527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 540; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 540; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 335 - 939
Target Start/End: Original strand, 16345391 - 16345996
Alignment:
Q  335 atacacatatgtgtaaaattctataaaattcaaccttttct--atttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgttgcaagtatctcaatggtca 432  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  16345391 atacacatatgtgtaaaattctataaaattcaactttttttttatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgttgcaagtatctcaatggacc 16345490  T
Q  433 ctaataaattaaaatacacctaatattattctaaagaaaagaaataaatgacatactagccttacaattattctaaaaataaatcactaaaactattctt 532  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  16345491 ctaataaattaaaatacacctaatattattctaaagaaaagaaataaatgacatactaaccttacaattattctaaaaataaaacactaaaattattctt 16345590  T
Q  533 tgagaattaacatgacttatttgttatgttcattttcaattgataaaaactgctccaaataaattccaaaaccgttgcaagctgccacctttaagtgtag 632  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16345591 tgagaattaacgtgacttatttgttatcttcattttcaattgataaaaactgctccaaacaaattccaaaaccgttgcaagctgccacctttaagtgtag 16345690  T
Q  633 taattactatcaagctgccacatttaattctaaaaccgttatgaaccagcctcatttatcttcattggaattgacctgaatggttgtgacatttaaaaat 732  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16345691 taattactatcaagctgccacatttaattctaaaaccgttatgaaccagcctcatttatcttcattggaattgacctgaatggttgtgacatttaaaaat 16345790  T
Q  733 cacgttttgtttggtctttggtgagctagtaccaggaatcaaaataattctctactttggaaacaataaaaaccaacgaaattgtcccttgagcagcttg 832  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16345791 cacgttttgtttggtctttggtgagctagtaccaggaatcaaaataattctctactttggaaacaataaaaaccaac-aaattgtcccttgagcagcttg 16345889  T
Q  833 tgacttagtactccacttcatgtatcaaattatgcaatgatgaatcatagagatttaagccatgaatcttcaattagttaataccaaagcagtgagaata 932  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16345890 tgacttagtactccacttgatgtatcaaattatgcaatgatgaatcatagagatttaagccatgaatcttcaattagttaataccaaagcagtgagaata 16345989  T
Q  933 atctagc 939  Q
    || ||||    
T  16345990 atatagc 16345996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 114 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 5553720 - 5553462
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggac 213  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5553720 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaagaaatggaatggatagacagggac 5553621  T
Q  214 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  5553620 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgtatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaatgatggttcaatccagaa 5553521  T
Q  314 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaaccttt 372  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5553520 ccacaagagataaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaaccttt 5553462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 143 - 403
Target Start/End: Original strand, 17236774 - 17237030
Alignment:
Q  143 aattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaa--aatgaagaactggaatggatagacagggacgccacactttctaatccaagaaagtga 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  17236774 aattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaaaatgaagaaatggaatggacagacagggatgccacactttttaatccaagaaagtga 17236873  T
Q  241 taagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaaccacaagagacaaagctctcaatacac 340  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||       |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  17236874 taagtttatcgatgcgaggatcgccacaagaaatgtgattttttgataaga------atggttcaaaccagaaccacaagagacaaaactctcgatacac 17236967  T
Q  341 atatgtgtaaaattctataaaattcaaccttttctatttcatagagaaacttacaatttatag 403  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||| | || ||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  17236968 ataagtgtaaaattctacaaaattcaacttgttttatttcataaagaaacttacaatatatag 17237030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 114 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 22271383 - 22271157
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaa-ttatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagact-aaaaaatgaagaactggaatggatagacaggg 211  Q
    ||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||| ||||| | |||||| ||| ||| |||||||| |||||||| |||| | ||||||||| ||   |    
T  22271383 tgatgagtgtcgcggagcc-tcggaagcaaaattaggaatatttttggtgtaaaaggtaaaaagactgaaaaaatgtagaaatagaatggataaactcag 22271285  T
Q  212 acgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgag--gatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatcc 309  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  22271284 acgccacactttctaatcccagaaagtgataagtctatggatgcgagatgatcgccacaagaaatgtgatttcttgataagatcaatgatggttcaatcc 22271185  T
Q  310 agaaccacaagagacaaagctctcaata 337  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||    
T  22271184 agaaccacaagagacaaaactctcaata 22271157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 117 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 23433262 - 23433138
Alignment:
Q  117 tgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggacgcc 216  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  23433262 tgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattctgaataatgttggtgaaaatggtgaaaagacta-aaaatgaagaaatggaatggatagacatggacgcc 23433164  T
Q  217 acactttctaatccaagaaagtgata 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  23433163 acactttctaatccaagaaagtgata 23433138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 182 - 316
Target Start/End: Original strand, 16019425 - 16019556
Alignment:
Q  182 aaaatgaagaactggaatggatagacagggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgattt 281  Q
    |||||| |||| ||||||||| ||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    ||||||| ||||||||||   |  ||    
T  16019425 aaaatggagaaatggaatggaaagaaagggacactacactttctaatccaagaaagtgataagtctctgggattgaggatcaccacaagaaa---ggatt 16019521  T
Q  282 cttgataagatcaaggttggttcaatccagaacca 316  Q
    ||||||| ||||||  |||||  ||||||||||||    
T  16019522 cttgatatgatcaaaattggtcaaatccagaacca 16019556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 252
Target Start/End: Original strand, 13179891 - 13179935
Alignment:
Q  208 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 252  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  13179891 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 13179935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 252
Target Start/End: Original strand, 13184549 - 13184593
Alignment:
Q  208 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 252  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  13184549 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 13184593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 220 - 315
Target Start/End: Original strand, 13956976 - 13957070
Alignment:
Q  220 ctttctaatccaagaaag--tgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaacc 315  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||  |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||    
T  13956976 ctttctaatccaagagagaatgataagcctatggatg--aggatcaccacaagaaa-aggatttcttgataagatcagttttggtccaatccagaacc 13957070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 220 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 15382027 - 15381933
Alignment:
Q  220 ctttctaatccaagaaag--tgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaacc 315  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||  |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||    
T  15382027 ctttctaatccaagagagaatgataagcctatggatg--aggatcaccacaagaaa-aggatttcttgataagatcagttttggtccaatccagaacc 15381933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 220 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 15387763 - 15387669
Alignment:
Q  220 ctttctaatccaagaaag--tgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaacc 315  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||  |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||    
T  15387763 ctttctaatccaagagagaatgataagcctatggatg--aggatcaccacaagaaa-aggatttcttgataagatcagttttggtccaatccagaacc 15387669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 256 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 16347259 - 16347198
Alignment:
Q  256 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggttggttcaatccagaacca 316  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||    
T  16347259 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatgcatggttcaatccagaacca 16347198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 208 - 249
Target Start/End: Original strand, 33757970 - 33758011
Alignment:
Q  208 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctat 249  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  33757970 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctat 33758011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 256 - 316
Target Start/End: Original strand, 47418036 - 47418097
Alignment:
Q  256 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggttggttcaatccagaacca 316  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||    
T  47418036 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatgcatggttcaatccagaacca 47418097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 220 - 315
Target Start/End: Original strand, 13962709 - 13962803
Alignment:
Q  220 ctttctaatccaagaaag--tgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaacc 315  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||  |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||   ||| | ||||||||||||    
T  13962709 ctttctaatccaagagagaatgataagcctatggatg--aggatcaccacaagaaa-aggatttcttgataagatcagttttgatccaatccagaacc 13962803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 308; Significance: 1e-173; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 114 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 34098967 - 34098541
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggac 213  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  34098967 tgatgagtgtcactgagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaatgactaaaaaatgaagaaatgaaatggatagacagggac 34098868  T
Q  214 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 313  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  34098867 gccacactttctaatccaataaagtgataagtctatagatgcgaggatcgccacaagaaa-ataatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 34098769  T
Q  314 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaaccttttctatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgtt 413  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || | |||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |    
T  34098768 ccacaagagacaaagttctcaatacacataagtgtaaaattctataaaattcaactttctttatttcataatgaaacttacaatttatagagctcttgct 34098669  T
Q  414 gcaagtatctcaatggtcactaataaattaaaatacacctaatattattctaaagaaaagaaataaatgacatactagccttacaattattctaaaaata 513  Q
      ||  | ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34098668 ctaatgaactcaaaggacactaataaattaaaatacacctaatattgttctaaagaaaagaaataaatgacatactagccttacaattattctaaaaata 34098569  T
Q  514 aatcactaaaactattctttgagaatta 541  Q
    || |||||||| |||||||||| |||||    
T  34098568 aaacactaaaattattctttgaaaatta 34098541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 114 - 592
Target Start/End: Original strand, 17266600 - 17267083
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaa-tgaagaactggaatggatagacaggga 212  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  17266600 tgatgagtgccacggagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaaatgaagaaatggaatggatagacaggga 17266699  T
Q  213 cgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaa-tatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccag 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17266700 cgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcaccacaagaaaatctgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccag 17266799  T
Q  312 aaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacct---tttctatttcatagagaaacttacaatttatagagcac 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |   ||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| |    
T  17266800 aaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctacaaaattcaacttctctttttatttcataatgaaacttacaatttatagagctc 17266899  T
Q  409 ttgttgcaagtatctcaatggtcactaataaattaaaatacacctaatattattctaaagaaaagaaataaatgacatactagccttacaattattctaa 508  Q
    ||| |  ||  | ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  17266900 ttgctctaatgaactcaaaggacactaataaattaaaatacacctaatattattctaaagaaaagaaataaatgacatactagcctttaaattattctaa 17266999  T
Q  509 aaataaatcactaaaactattctttgagaattaacatgacttatttgttatgttcattttcaattgataaaaactgctccaaat 592  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||| ||||| | ||| ||   | |||| ||||||| |||||||| ||| |||||| ||||    
T  17267000 aaataaaacactaaaattattctttgaaaattagcgtgaattgcatattatcttcatttccaattgatgaaagctgctcaaaat 17267083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 113 - 370
Target Start/End: Original strand, 15017545 - 15017802
Alignment:
Q  113 ttgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacaggga 212  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  15017545 ttgatgagtgccacggagccgtcggaagcaaattatgaatattgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaaggaatggaatggatagacaggga 15017644  T
Q  213 cgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccaga 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15017645 cgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccataagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccaga 15017744  T
Q  313 accacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacct 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  15017745 accacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataatattcaacct 15017802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 114 - 370
Target Start/End: Original strand, 15019186 - 15019442
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggac 213  Q
    |||||||||  || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15019186 tgatgagtgctacggagccgtcggaagcaaattatgaatattgttggtggaaatggtgagaagactaaaagatgaagaaatggaatggatagacagggac 15019285  T
Q  214 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  15019286 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 15019385  T
Q  314 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacct 370  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  15019386 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataatattcaacct 15019442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 114 - 365
Target Start/End: Original strand, 39488053 - 39488304
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggac 213  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  39488053 tgatgagtgccacggagccgtcggaagcaaattatgaatattgttggtggaattggtgaaaatactaaaaaatgaagaaatggaatggatagacagggac 39488152  T
Q  214 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  39488153 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatgattcaatccagaa 39488252  T
Q  314 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattc 365  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39488253 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattc 39488304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 114 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 9167433 - 9167179
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggac 213  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  9167433 tgatgagtgtcacgaagccgtcggaagtaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaagaaatgaaattgatagacagggac 9167334  T
Q  214 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9167333 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 9167234  T
Q  314 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaac 368  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9167233 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaac 9167179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 114 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 17780969 - 17780664
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagact---aaaaaatgaagaactggaatggatagacagg 210  Q
    ||||||||||| |||| |||||  |||| ||||| ||||| | ||| |||||| |||||||||| |   ||||||||| ||| || | ||||  ||||||    
T  17780969 tgatgagtgtcgcagaaccgtcataagcgaattaggaatatttttgatggaaaaggtgaaaagattttaaaaaaatgatgaaatgaactgga--gacagg 17780872  T
Q  211 gacgccacacttt--ctaatccaagaaag--tgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttc-- 304  Q
    | |||| ||||||  ||||||||||||||  ||||||| |  |  |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | | ||||      
T  17780871 ggcgccgcactttttctaatccaagaaagattgataagccggtacatgcaaggatcgccacaagaaatgtgatttcttgataaaatcaaagatagttcga 17780772  T
Q  305 --aatccagaaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaaccttttctatttcatagagaaacttacaatttata 402  Q
      |||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |  |  ||||||| |||||||||||||| ||||    
T  17780771 tcaatccataaccacaagaga-agagctctcaatacacatatgtgtaaaattgtataaaattcaacttccttcatttcattgagaaacttacaatatata 17780673  T
Q  403 gagcacttg 411  Q
    |||| ||||    
T  17780672 gagctcttg 17780664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 220 - 389
Target Start/End: Original strand, 23090830 - 23090998
Alignment:
Q  220 ctttctaatccaagaaag--tgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaaccac 317  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||| | ||||||   | ||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||||| || ||||||| | |||| |    
T  23090830 ctttctaatccaagaaagaatgataagccgatggata--aagatcgccacaagaaa-agaatttattgataagatcaaggatgattcaatctaaaaccgc 23090926  T
Q  318 aagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaaccttttctatttcatagagaaa 389  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | || |||||||||||||||    
T  23090927 aagagacaaagctatcaatacacatatgtataaaattctataaaatttaacttattttatttcatagagaaa 23090998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 113 - 197
Target Start/End: Original strand, 20264940 - 20265024
Alignment:
Q  113 ttgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactgga 197  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||    
T  20264940 ttgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattatgaataatgtttgtggaaatggtgaaaagattaaaaaaagaagaaatgga 20265024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 272 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 19460201 - 19460135
Alignment:
Q  272 aatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaaccacaagagacaaagctctcaatac 338  Q
    |||||||||||||||||||||||||  | ||||||| || ||||||||| |||||| |||| |||||    
T  19460201 aatatgatttcttgataagatcaagaatagttcaattcataaccacaagggacaaaactcttaatac 19460135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 256 - 322
Target Start/End: Original strand, 19180483 - 19180550
Alignment:
Q  256 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatc-aaggttggttcaatccagaaccacaagag 322  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||| ||  ||||| ||||||||||||| |||||    
T  19180483 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaaaatttggtccaatccagaaccaaaagag 19180550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 211 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 11475714 - 11475673
Alignment:
Q  211 gacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 252  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||    
T  11475714 gacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtccatgga 11475673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 256 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 19459973 - 19459912
Alignment:
Q  256 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatc-aaggttggttcaatccagaacca 316  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||| ||| ||||||||||  |||||||    
T  19459973 gaggatcgccacaagaaacatgctttctttataagatcaaagtttggttcaatttagaacca 19459912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 297; Significance: 1e-166; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 114 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 33465 - 33036
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggac 213  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  33465 tgatgagtgtcacggagccgtcggaaacaaattatgaattttgttggtagaaatggtgaaaagactagaaaatgaagaaatggaattgatagacagggac 33366  T
Q  214 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 313  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  33365 gccacactttctaatccaagaaattgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaa-ataatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 33267  T
Q  314 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacct---tttctatttcatagagaaacttacaatttatagagcactt 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |   ||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| |||    
T  33266 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctacaaaattcaacttctctttttatttcataatgaaacttacaatttatagagctctt 33167  T
Q  411 gttgcaagtatctcaatggtcactaataaattaaaatacacctaatattattctaaagaaaagaaataaatgacatactagccttacaattattctaaaa 510  Q
    | |  ||  | ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33166 gctctaatgaactcaaaggacactaataaattaaaatacacctaatattattctaaagaaaagaaataaatgacatactagccttacaattattctaaaa 33067  T
Q  511 ataaatcactaaaactattctttgagaatta 541  Q
    ||||| |||||||| |||||||||| |||||    
T  33066 ataaaacactaaaattattctttgaaaatta 33036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010 (Bit Score: 257; Significance: 1e-142; HSPs: 2)
Name: scaffold0010
Description:

Target: scaffold0010; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 114 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 137004 - 136673
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggac 213  Q
    ||||||||| |||  |||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||    
T  137004 tgatgagtgccacgaagccgtcggaaggaaattaagaataatgttgatggaaatggtgaaaagactaaaaa-tgaagaaatggattggatagacagggac 136906  T
Q  214 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  136905 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggtttaatccagaa 136806  T
Q  314 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaac-cttttctatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgt 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  136805 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataatattcaacttttttttatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgt 136706  T
Q  413 tgcaagtatctcaatggtcactaataaattaaa 445  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  136705 tgcaagtatctcaatggaccctaataaattaaa 136673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 490 - 673
Target Start/End: Complemental strand, 136565 - 136383
Alignment:
Q  490 agccttacaattattc-taaaaataaatcactaaaactattctttgagaattaacatgacttatttgttatgttcattttcaattgataaaaactgctcc 588  Q
    |||||||||||||||  | |||||||| || ||||| | ||||||| || ||||| |||||   ||||||| |||||||||||||||||||| |||  ||    
T  136565 agccttacaattattaattaaaataaagcaataaaattgttctttgggatttaacgtgactagcttgttatcttcattttcaattgataaaagctggccc 136466  T
Q  589 aaataaattccaaaaccgttgcaagctgccacctttaagtgtagtaattactatcaagctgccacattt-aattctaaaaccgtta 673  Q
    ||| || |||   ||| | ||||||||||| ||||||| |   |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||    
T  136465 aaacaacttctgtaactgctgcaagctgcctcctttaaat---gtaattactatcaagctgcctcctttcaattctaaaaccgtta 136383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 114 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 20731122 - 20730831
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggac 213  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||| | ||||||||||||||||||    
T  20731122 tgatgagtgccacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatggtgaaaagactaaagattgaagaaattgaatggatagacagggac 20731023  T
Q  214 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20731022 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 20730923  T
Q  314 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaaccttttctatttcatagagaaacttacaatttatagag 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  20730922 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacctatcttatttcatagagaaagttacaatttatagag 20730831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 182 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 18446306 - 18446237
Alignment:
Q  182 aaaatgaagaactggaatggatagacagggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgg 251  Q
    |||||| |||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18446306 aaaatggagaaatggaatggaaagaaagggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgg 18446237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 252
Target Start/End: Original strand, 16417556 - 16417600
Alignment:
Q  208 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 252  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  16417556 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 16417600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 252
Target Start/End: Original strand, 18774305 - 18774349
Alignment:
Q  208 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 252  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  18774305 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 18774349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 256 - 316
Target Start/End: Original strand, 23015809 - 23015870
Alignment:
Q  256 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggttggttcaatccagaacca 316  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||    
T  23015809 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatgcatggttcaatccagaacca 23015870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0076 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 1)
Name: scaffold0076
Description:

Target: scaffold0076; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 114 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 55019 - 54676
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggac 213  Q
    |||||| || ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  55019 tgatgaatgccacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatgatgaaaagactaaaagatgaagaaatggaatggatatatagggac 54920  T
Q  214 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54919 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgagtatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 54820  T
Q  314 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaaccttttctatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgtt 413  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |    
T  54819 ccacaagagacaaggctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttcctttatttcataatgaaacttacaatttatagagctcttgct 54720  T
Q  414 gcaagtatctcaatggtcactaataaattaaaatacacctaata 457  Q
      ||  | ||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  54719 ctaatgaactcaaaggacactaataaattaaaatacacctaata 54676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 114 - 368
Target Start/End: Original strand, 9595340 - 9595594
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggac 213  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  9595340 tgatgagtgccacggagccgtcggaagcaaattatgaatattgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaaatgaaatggatagacagggac 9595439  T
Q  214 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9595440 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 9595539  T
Q  314 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaac 368  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9595540 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaac 9595594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 114 - 368
Target Start/End: Original strand, 9646303 - 9646557
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggac 213  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  9646303 tgatgagtgccacggagccgtcggaagcaaattatgaatattgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaaatgaaatggatagacagggac 9646402  T
Q  214 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9646403 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 9646502  T
Q  314 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaac 368  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9646503 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaac 9646557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 114 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 32706588 - 32706295
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagacta-aaaaatgaagaactggaatggatagacaggga 212  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| || ||| |||||| |||||    
T  32706588 tgatgagtgccacggagccgtcggaagcaaattaagaataatgttggtggaaatggtgaaaaaactagaaaaatgaagaaatgaaatagatagagaggga 32706489  T
Q  213 cgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccaga 312  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32706488 caccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatagatgcgaggattgccacaagaaatgtgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccaga 32706389  T
Q  313 accacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacct-tttctatttcatagagaaacttacaatttatagag 405  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  32706388 accacaagagacaaagctcttaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttctttttatttcatagagaaagttacaatttatagag 32706295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 256 - 407
Target Start/End: Original strand, 5247437 - 5247589
Alignment:
Q  256 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattc 355  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  5247437 gaggatctccacaaaaaatatgatttcttgataagatcaaggatgattcaatccagaaccataagagacaaagctctcaacactcatacgtgtaaaattc 5247536  T
Q  356 tataaaattcaaccttttctatttc-atagagaaacttacaatttatagagca 407  Q
    || | |||||||| | || ||||||  |||  |||||||||||||||||||||    
T  5247537 tacacaattcaacttgttttatttctttaggaaaacttacaatttatagagca 5247589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 16157101 - 16157057
Alignment:
Q  208 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 252  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  16157101 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 16157057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 220 - 315
Target Start/End: Original strand, 14575569 - 14575663
Alignment:
Q  220 ctttctaatccaagaaag--tgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaacc 315  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||  |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||    
T  14575569 ctttctaatccaagagagaatgataagcctatggatg--aggatcaccacaagaaa-aggatttcttgataagatcagttttggtccaatccagaacc 14575663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 220 - 315
Target Start/End: Original strand, 14578845 - 14578939
Alignment:
Q  220 ctttctaatccaagaaag--tgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaacc 315  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||  |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||    
T  14578845 ctttctaatccaagagagaatgataagcctatggatg--aggatcaccacaagaaa-aggatttcttgataagatcagttttggtccaatccagaacc 14578939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 208 - 252
Target Start/End: Original strand, 21368645 - 21368689
Alignment:
Q  208 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 252  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  21368645 agggatgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 21368689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 228; Significance: 1e-125; HSPs: 3)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 114 - 405
Target Start/End: Original strand, 4497 - 4788
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggac 213  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||     
T  4497 tgatgagtatcacggagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatgatgaaaagactaaaaaatgtagaaatggaatggatagacagggat 4596  T
Q  214 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4597 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcaaggatcgccgcaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 4696  T
Q  314 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaaccttttctatttcatagagaaacttacaatttatagag 405  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |  ||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  4697 ccacaagagacaaggctctcaatacacatatgtgtaaaattctataatattcaacttatcttatttcatagaaaaagttacaatttatagag 4788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 520 - 673
Target Start/End: Original strand, 93 - 247
Alignment:
Q  520 taaaactattctttgagaattaacatgacttat-ttgttatgttcattttcaattgataaaaactgctccaaataaattccaaaaccgttgcaagctgcc 618  Q
    ||||| |||||||||| |||| || ||||||   ||||| | ||| ||| ||||||||| || |||||||| | |||||||||||| | |||||||||||    
T  93 taaaattattctttgataattcacgtgactttgcttgttttcttcttttccaattgatagaatctgctccatacaaattccaaaactgctgcaagctgcc 192  T
Q  619 acctttaagtgtagtaattactatcaagctgccaca---tttaattctaaaaccgtta 673  Q
    ||| |||| |   | |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  193 accattaaat---gcaattactatcaagctgccacaccttttaattctaaaaccgtta 247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 520 - 621
Target Start/End: Original strand, 4893 - 4995
Alignment:
Q  520 taaaactattctttgagaattaacatgacttat-ttgttatgttcattttcaattgataaaaactgctccaaataaattccaaaaccgttgcaagctgcc 618  Q
    ||||| |||||||||| |||| || ||||||   ||||||| ||| ||| ||||||||| || |||||||| | |||||||||||||| |||||||||||    
T  4893 taaaattattctttgataattcacgtgactttgcttgttatcttcttttccaattgatagaatctgctccatacaaattccaaaaccgctgcaagctgcc 4992  T
Q  619 acc 621  Q
    |||    
T  4993 acc 4995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 228; Significance: 1e-125; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 114 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 4568498 - 4568208
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggac 213  Q
    ||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  4568498 tgatgagtaccactgagccgtcggaagcaaattatgaatattgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaaatg-aatggatagacagggac 4568400  T
Q  214 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 313  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  4568399 gccacactttctaatccaaaaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgattttttgataagatcaagaatggttcaatccagaa 4568300  T
Q  314 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaaccttttctatttcatagagaaacttacaatttatagag 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4568299 ccacaagagacaaagctctcaatacacataagtataaaattctataaaattcaactttttttatttcatagagaaagttacaatttatagag 4568208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 114 - 369
Target Start/End: Original strand, 244345 - 244599
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggac 213  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  244345 tgatgagtgccacggagccgtcggaagcaaattatgaatattgttggtgaaaatggtgaaaagactaaaa-atgaagaaatggaatggatagacagggac 244443  T
Q  214 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  244444 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 244543  T
Q  314 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacc 369  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  244544 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacc 244599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 114 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 29950365 - 29950111
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggac 213  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  29950365 tgatgaatgtcacggagccgtcggaagtgaattatgaatattgttggtggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaagaaatgtaatggatagacagggac 29950266  T
Q  214 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29950265 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 29950166  T
Q  314 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaac 368  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29950165 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataatattcaac 29950111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 215; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 114 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 29952003 - 29951749
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggac 213  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  29952003 tgatgaatgtcacggagccgtcggaagtgaattatgaatattgttggtggaaatgatgaaaagactaaaaaatgaagaaatgtaatggatagacagggac 29951904  T
Q  214 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29951903 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcaccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 29951804  T
Q  314 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaac 368  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29951803 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataatattcaac 29951749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 173 - 316
Target Start/End: Original strand, 11126378 - 11126518
Alignment:
Q  173 aaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaa 272  Q
    ||||||| ||||||  |||| ||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    ||||||| |||||||||    
T  11126378 aaagactcaaaaattgagaaatggaatggaaatacagggatgccacactttctaatccaagaaagtggtaagtctatgggattgaggatcaccacaagaa 11126477  T
Q  273 atatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaacca 316  Q
    |   |  ||||||||| ||||||  ||||| ||||| |||||||    
T  11126478 a---ggattcttgatatgatcaaaattggtccaatcaagaacca 11126518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 163 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 34597919 - 34597760
Alignment:
Q  163 gaaatggtgaaaagactaaaa-aatgaagaactggaatggatagacagggacgccacact--ttctaatccaagaaagt--gataagtctatggatgcga 257  Q
    |||| |||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||| | || | |||||  ||||||| ||||||||   |||||||   ||||||  |    
T  34597919 gaaaaggtgaaaagactcaaacaatgaagaaatggaatggatagacaagaacactacactctttctaattcaagaaagaacgataagttggtggatg--a 34597822  T
Q  258 ggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaaccacaagag 322  Q
    ||||| | |||| |||   |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34597821 ggatctctacaaaaaag--gatttcttgataagat-aaggatggttcaatccagaaccacaagag 34597760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 433 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 34596754 - 34596705
Alignment:
Q  433 ctaataaattaaaatacacctaatattattctaaagaaaagaaataaatg 482  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  34596754 ctaataaattaaaagacacctaatattactctaaggaaaacaaataaatg 34596705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0075 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 2)
Name: scaffold0075
Description:

Target: scaffold0075; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 170 - 448
Target Start/End: Original strand, 25720 - 25999
Alignment:
Q  170 tgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaa 269  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25720 tgaaaagactaaaaaatgaagaaatggaatggatagacagggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtatatggatgcgaggatcgccacaa 25819  T
Q  270 gaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacc 369  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  25820 gaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaactacaagagacaaagctctcactacacatatgtgtaaaattctataaaattcaact 25919  T
Q  370 t-tttctatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgttgcaagtatctcaatggtcactaataaattaaaata 448  Q
    | ||| |||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  25920 tctttttatttcataataaaacttacaatttatagagtacttgttgcaagtatctcaatggaccctaataaattaaaata 25999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0075; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 508 - 673
Target Start/End: Original strand, 26123 - 26286
Alignment:
Q  508 aaaataaatcactaaaactattctttgagaattaacatgacttatttgttatgttcattttcaattgataaaaactgctccaaataaattccaaaaccgt 607  Q
    |||||||| || ||||| | ||||||| || ||||| |||||   ||||||| ||||||| |||||||||||| |||  ||||| ||||||  |||| |     
T  26123 aaaataaagcaataaaattgttctttgggatttaacgtgactagcttgttatcttcatttccaattgataaaagctggcccaaaaaaattctgaaactgc 26222  T
Q  608 tgcaagctgccacctttaagtgtagtaattactatcaagctgccacattt-aattctaaaaccgtta 673  Q
    ||||||||| | |||| || |   |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||    
T  26223 tgcaagctgactccttaaaat---gtaattactatcaagctgcctcctttcaattctaaaaccgtta 26286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 223; Significance: 1e-122; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 114 - 405
Target Start/End: Original strand, 6050127 - 6050419
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggac 213  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6050127 tgatgagtgccacgaagccgtcggaagcaaattatgaatattgttggtgaaaatggtgaaaagactaaaa-atgaagaaatggaatggatagacagggac 6050225  T
Q  214 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  6050226 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 6050325  T
Q  314 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaac--cttttctatttcatagagaaacttacaatttatagag 405  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  6050326 ccacaagagacaaagctcttaatacacatatgtgtaaaattctataatattcaactttttttttatttcatagaaaaagttacaatttatagag 6050419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 688 - 934
Target Start/End: Original strand, 23736003 - 23736249
Alignment:
Q  688 ttatcttcattggaattgacctgaatggttgtgacatttaaaaatcacgttttgtttggtctttggtgagctagtaccaggaatcaaaataattctctac 787  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  23736003 ttatcttcattggaattgacctgattgattgtgacatttaaaaatcacgttttatttggtctttggtgagctagtaccaggaatcaaaataattctttac 23736102  T
Q  788 tttggaaacaataaaaaccaacgaaattgtcccttgagcagcttgtgacttagtactccacttcatgtatcaaattatgcaatgatgaatcatagagatt 887  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23736103 tttggaaacaataaaaaccaacgaaattgtcccttgaccagcttgtgacttaatactccacttcatgtatcaaattatgaaatgatgaatcatagagatt 23736202  T
Q  888 taagccatgaatcttcaattagttaataccaaagcagtgagaataat 934  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23736203 taagccatgaatcttcaattagttaataccaaagcagtgagaataat 23736249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 129 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 15410031 - 15409791
Alignment:
Q  129 agccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggacgccacactttctaat 228  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15410031 agccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatggtgaaaagactaaaaa-tgaagaaatggaatggatagacagggacgccacactttctaat 15409933  T
Q  229 ccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaaccacaagagacaaag 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15409932 ccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaaccacaagagacaaag 15409833  T
Q  329 ctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacct 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  15409832 ctctcaatacacatatgtgtaaaattctataatattcaacct 15409791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 113 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 33809626 - 33809331
Alignment:
Q  113 ttgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgtt--ggtggaaatggtgaaaagactaaaaaat----gaagaactggaatggataga 206  Q
    ||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||||| | ||  ||||||||||||||||||| | ||||||    |||||| |||||| ||||||    
T  33809626 ttgatgagtgtcgtggagccgtcggaagcaaatta-gaatatttttttggtggaaatggtgaaaagattcaaaaataagtgaagaaatggaatcgataga 33809528  T
Q  207 cagggacgccacact--ttctaatccaagaaag--tgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggt 302  Q
    || || |||||||||  ||| ||||||||||||  ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    ||||      ||||| |||| ||||    
T  33809527 caagggcgccacactctttccaatccaagaaagaatgataagccgatggatgcgaggatcgccacaagaaaagaaattt------aagattaaggatggt 33809434  T
Q  303 tcaatccagaaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaaccttttctatttcatagagaaacttacaatttata 402  Q
    |  ||||| |||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  33809433 ttgatccaaaaccacaagagacaagactctcaacacacatatgtgtaaaattctataaaattcaacttattttatttcatagaaaaacttacgatttata 33809334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 110 - 232
Target Start/End: Original strand, 23732346 - 23732468
Alignment:
Q  110 tcattgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacag 209  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| | ||| ||||||||||    
T  23732346 tcattgacgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattatgaatattgttggttgaaatggtgaggagactaaaaaatgaagaaatagaacggatagacag 23732445  T
Q  210 ggacgccacactttctaatccaa 232  Q
    ||||||||||||||| |||||||    
T  23732446 ggacgccacactttcaaatccaa 23732468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 520 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 15409106 - 15408956
Alignment:
Q  520 taaaactattctttgagaattaacatgacttatttgttatgttcattttcaattgataaaaactgctccaaataaattccaaaaccgttgcaagctgcca 619  Q
    ||||| |||||||||| |||| || ||||||  ||||||| ||| ||| ||||||||| || |||||||| | |||||||||||| | ||||||||||||    
T  15409106 taaaattattctttgataattcacgtgacttgcttgttatcttcttttccaattgatagaatctgctccatacaaattccaaaactgctgcaagctgcca 15409007  T
Q  620 cctttaagtgtagtaattactatcaagctgcca-catttaattctaaaaccgtt 672  Q
    || |||| |   | |||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||    
T  15409006 ccattaaat---gcaattactatcaaactgccatcttttaattctaaaaccgtt 15408956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 256 - 319
Target Start/End: Original strand, 44792884 - 44792948
Alignment:
Q  256 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggttggttcaatccagaaccacaa 319  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||    
T  44792884 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatgcatggttcaatccagaaccacaa 44792948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 44794819 - 44794775
Alignment:
Q  208 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 252  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  44794819 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 44794775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 256 - 316
Target Start/End: Original strand, 24808197 - 24808258
Alignment:
Q  256 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggttggttcaatccagaacca 316  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||    
T  24808197 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatgcatggttcaatccagaacca 24808258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 474 - 510
Target Start/End: Original strand, 15725140 - 15725176
Alignment:
Q  474 aaataaatgacatactagccttacaattattctaaaa 510  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15725140 aaataaatgacatattagccttacaattattctaaaa 15725176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 256 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 31939114 - 31939075
Alignment:
Q  256 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa 295  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  31939114 gaggatcgccacaagaaacatggtttcttgataagatcaa 31939075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 375 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 1003243 - 1003138
Alignment:
Q  375 tatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgttgcaagtatctcaatggtcactaataaattaaaatacacctaatattattctaaagaaaaga 474  Q
    ||||||| | ||||| ||| |||||||||||| |||| |  ||  | ||||| || | ||||||||| |||| |||| |||||||| ||||||||||| |    
T  1003243 tatttcacaaagaaatttataatttatagagctcttgctctaatgaactcaaaggaccctaataaataaaaacacacttaatattaatctaaagaaaaca 1003144  T
Q  475 aataaa 480  Q
    ||||||    
T  1003143 aataaa 1003138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0146 (Bit Score: 210; Significance: 1e-114; HSPs: 3)
Name: scaffold0146
Description:

Target: scaffold0146; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 114 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 6863 - 6576
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggac 213  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6863 tgatgagtgtcacggagccgtcggaagcaaattaagaagaatgttggtggaaatggtgaaaagactagaaaatgaagaaatggaatggatagacagggac 6764  T
Q  214 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |||||||||||||||||  |||||||||||| ||    
T  6763 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaa-aaaaattcttgataagatcaagaatggttcaatccaaaa 6665  T
Q  314 ccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaaccttttctatttcatagagaaacttacaatttatag 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  6664 ccacaagagacaaagctctcaatacacataagtgtaaaattctataaaattcaa-cttgtttatttcataaagaaacttacaatatatag 6576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0146; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 116 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 9756 - 9471
Alignment:
Q  116 atgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggacgc 215  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| |    
T  9756 atgagtgtcacggagtcgtcggaagcaaattaagaataatgttggtggaaatggtgaaaagactagaaaatgaagatatggaatggatagacagggacac 9657  T
Q  216 cacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaacc 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| |  | |||||||||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  9656 cacactttctaatccaagaaagtgataagtcggtggatgcgaggatccccacaagaaa-agaaattcttgataagaacaagaatggttcaatccagaacc 9558  T
Q  316 acaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaaccttttctatttcatagagaaacttacaatttatag 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||| ||||||||| ||| |||||    
T  9557 acaagagacaaagctctcaatacacataagtgtaaaattctatcaaattcaa-cttgtttatttcataaagaaacttaaaatatatag 9471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0146; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 116 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 17423 - 17138
Alignment:
Q  116 atgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggacgc 215  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| |    
T  17423 atgagtgtcacggagtcgtcggaagcaaattaagaataatgttggtggaaatggtgaaaagactagaaaatgaagatatggaatggatagacagggacac 17324  T
Q  216 cacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaacc 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| |  | |||||||||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  17323 cacactttctaatccaagaaagtgataagtcggtggatgcgaggatccccacaagaaa-agaaattcttgataagaacaagaatggttcaatccagaacc 17225  T
Q  316 acaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaaccttttctatttcatagagaaacttacaatttatag 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||| ||||||||| ||| |||||    
T  17224 acaagagacaaagctctcaatacacataagtgtaaaattctatcaaattcaa-cttgtttatttcataaagaaacttaaaatatatag 17138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0585 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 1)
Name: scaffold0585
Description:

Target: scaffold0585; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 112 - 404
Target Start/End: Original strand, 774 - 1065
Alignment:
Q  112 attgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacaggg 211  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| | ||||||| ||||||||||||||||||    
T  774 attgatgagtgccacggagccgtcggaagaaaattaagaataatgttgatggaaatggtgaaaagaataaagattgaagaaatggaatggatagacaggg 873  T
Q  212 acgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccag 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  874 acgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgagaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccag 973  T
Q  312 aaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaaccttttctatttcatagagaaacttacaatttataga 404  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||| || ||||| | |||||||||||| ||||||    
T  974 aaccacaagagacaaagttctcaatacacatatgtgtaaaattctataatattccacttttttta-ttcattgtgaaacttacaatatataga 1065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0096 (Bit Score: 177; Significance: 7e-95; HSPs: 1)
Name: scaffold0096
Description:

Target: scaffold0096; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 114 - 326
Target Start/End: Original strand, 22519 - 22730
Alignment:
Q  114 tgatgagtgtcacagagccgtcggaagcaaattatgaataatgttggtggaaatggtgaaaagactaaaaaatgaagaactggaatggatagacagggac 213  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22519 tgatgagtgccacgaagccgtcggaagcaaattaagaataatgttgatggaaatggtgaaaagactaaaa-atgaagaaatggaatggatagacagggac 22617  T
Q  214 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggttggttcaatccagaa 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22618 gccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatggatgcgaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaaggatggttcaatccagaa 22717  T
Q  314 ccacaagagacaa 326  Q
    |||||||||||||    
T  22718 ccacaagagacaa 22730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0254 (Bit Score: 94; Significance: 2e-45; HSPs: 2)
Name: scaffold0254
Description:

Target: scaffold0254; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 375 - 592
Target Start/End: Original strand, 24445 - 24662
Alignment:
Q  375 tatttcatagagaaacttacaatttatagagcacttgttgcaagtatctcaatggtcactaataaattaaaatacacctaatattattctaaagaaaaga 474  Q
    |||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||| |  ||  | ||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24445 tatttcataatgaaacttacaattcatagagctcttgctctaatgaactcaaaggacactaataaattaaaatacacctagtattattctaaagaaaaga 24544  T
Q  475 aataaatgacatactagccttacaattattctaaaaataaatcactaaaactattctttgagaattaacatgacttatttgttatgttcattttcaattg 574  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||| ||||| | ||| ||   | |||| ||||||| ||||||    
T  24545 aataaatgacatactaaccttacaattattctaaaattaaaacattaaaattattctttgaaaattagcgtgaattgcatattattttcatttccaattg 24644  T
Q  575 ataaaaactgctccaaat 592  Q
    || ||| |||||| ||||    
T  24645 atgaaagctgctcaaaat 24662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0254; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 256 - 316
Target Start/End: Original strand, 24311 - 24372
Alignment:
Q  256 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggttggttcaatccagaacca 316  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||    
T  24311 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatgcatggttcaatccagaacca 24372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0269 (Bit Score: 63; Significance: 7e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0269
Description:

Target: scaffold0269; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 298 - 368
Target Start/End: Original strand, 1490 - 1560
Alignment:
Q  298 ttggttcaatccagaaccacaagagacaaagctctcaatacacatatgtgtaaaattctataaaattcaac 368  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1490 ttggttcaatccagaaccataagagacaaagctctcaatacacataagtgtaaaattctataaaattcaac 1560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0671 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0671
Description:

Target: scaffold0671; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 2199 - 2155
Alignment:
Q  208 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 252  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  2199 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 2155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0359 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0359
Description:

Target: scaffold0359; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 252
Target Start/End: Original strand, 8768 - 8812
Alignment:
Q  208 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 252  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  8768 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 8812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0065 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0065
Description:

Target: scaffold0065; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 252
Target Start/End: Original strand, 33780 - 33824
Alignment:
Q  208 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 252  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  33780 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 33824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 289037 - 288993
Alignment:
Q  208 agggacgccacactttctaatccaagaaagtgataagtctatgga 252  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  289037 agggacgccacactttctaatcctagaaaatgataagtctatgga 288993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0180 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0180
Description:

Target: scaffold0180; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 256 - 316
Target Start/End: Original strand, 10850 - 10911
Alignment:
Q  256 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggttggttcaatccagaacca 316  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||    
T  10850 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatgcatggttcaatccagaacca 10911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0139 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0139
Description:

Target: scaffold0139; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 256 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 6526 - 6465
Alignment:
Q  256 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggttggttcaatccagaacca 316  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||    
T  6526 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatgcatggttcaatccagaacca 6465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0018 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0018
Description:

Target: scaffold0018; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 256 - 316
Target Start/End: Original strand, 141 - 202
Alignment:
Q  256 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggttggttcaatccagaacca 316  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||    
T  141 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatgcatggttcaatccagaacca 202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 256 - 316
Target Start/End: Original strand, 374790 - 374851
Alignment:
Q  256 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggttggttcaatccagaacca 316  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||    
T  374790 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaatgcatggttcaatccagaacca 374851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0062 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0062
Description:

Target: scaffold0062; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 474 - 510
Target Start/End: Original strand, 73693 - 73729
Alignment:
Q  474 aaataaatgacatactagccttacaattattctaaaa 510  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  73693 aaataaatgacatattagccttacaattattctaaaa 73729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0025 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0025
Description:

Target: scaffold0025; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 256 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 55486 - 55425
Alignment:
Q  256 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggttggttcaatccagaacca 316  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||| ||||||| |  ||||||||||||||||||    
T  55486 gaggatcgccacaagaaacgtggtttcttgatgagatcaatgcatggttcaatccagaacca 55425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0013
Description:

Target: scaffold0013; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 256 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 241675 - 241614
Alignment:
Q  256 gaggatcgccacaagaaatatgatttcttgataagatcaa-ggttggttcaatccagaacca 316  Q
    ||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||    
T  241675 gaggatcaccacaagaaacgtggtttcttgataagatcaacgcatggttcaatccagaacca 241614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 362 times since January 2019
Visitors: 6696