View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0925_low_27 (Length: 475)

Name: NF0925_low_27
Description: NF0925
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0925_low_27
NF0925_low_27
[»] chr2 (24 HSPs)
chr2 (16-451)||(44279018-44279453)
chr2 (48-444)||(26533299-26533695)
chr2 (129-356)||(27187002-27187219)
chr2 (129-356)||(27836544-27836761)
chr2 (83-356)||(27836770-27837033)
chr2 (48-356)||(21088888-21089195)
chr2 (83-356)||(27187228-27187491)
chr2 (83-356)||(27837042-27837305)
chr2 (48-166)||(26533280-26533398)
chr2 (48-168)||(44279004-44279125)
chr2 (74-168)||(38144014-38144108)
chr2 (47-155)||(31074227-31074335)
chr2 (48-136)||(8596464-8596552)
chr2 (343-430)||(8596463-8596549)
chr2 (344-444)||(31074235-31074334)
chr2 (228-359)||(3736215-3736345)
chr2 (151-335)||(14914247-14914427)
chr2 (370-430)||(38144049-38144108)
chr2 (119-168)||(27187488-27187537)
chr2 (119-168)||(27837302-27837351)
chr2 (344-428)||(21089112-21089195)
chr2 (379-430)||(27187227-27187278)
chr2 (379-430)||(27836769-27836820)
chr2 (379-430)||(27837041-27837092)
[»] chr1 (20 HSPs)
chr1 (48-430)||(32024985-32025366)
chr1 (48-430)||(32025281-32025662)
chr1 (48-169)||(32024949-32025070)
chr1 (68-168)||(9448644-9448744)
chr1 (47-168)||(31412392-31412513)
chr1 (342-430)||(32025577-32025664)
chr1 (233-382)||(50013921-50014069)
chr1 (48-168)||(4119115-4119235)
chr1 (55-168)||(51865808-51865920)
chr1 (364-430)||(9448644-9448709)
chr1 (164-365)||(44462004-44462204)
chr1 (344-430)||(31412393-31412478)
chr1 (327-424)||(34228415-34228511)
chr1 (228-385)||(33044701-33044854)
chr1 (381-444)||(51865829-51865892)
chr1 (319-360)||(50013604-50013644)
chr1 (269-413)||(4662855-4662998)
chr1 (50-130)||(34228434-34228514)
chr1 (344-425)||(4119155-4119235)
chr1 (54-175)||(34228194-34228314)
[»] chr4 (20 HSPs)
chr4 (48-444)||(19987666-19988059)
chr4 (48-444)||(8107135-8107513)
chr4 (66-382)||(18936206-18936521)
chr4 (98-356)||(18930593-18930853)
chr4 (205-427)||(45015531-45015752)
chr4 (48-168)||(19987645-19987765)
chr4 (333-430)||(19987974-19988070)
chr4 (48-168)||(8107414-8107534)
chr4 (219-436)||(38978742-38978946)
chr4 (76-168)||(38978713-38978805)
chr4 (119-343)||(18977007-18977232)
chr4 (48-166)||(11028757-11028874)
chr4 (48-149)||(7833755-7833856)
chr4 (344-430)||(7833755-7833840)
chr4 (344-451)||(8107135-8107240)
chr4 (343-436)||(11028784-11028875)
chr4 (50-108)||(18936184-18936242)
chr4 (234-383)||(48173825-48173973)
chr4 (110-169)||(5190972-5191031)
chr4 (308-356)||(34655572-34655620)
[»] chr6 (16 HSPs)
chr6 (48-343)||(30045271-30045566)
chr6 (48-444)||(1701881-1702259)
chr6 (124-357)||(35033168-35033403)
chr6 (96-251)||(28072127-28072281)
chr6 (344-430)||(30045481-30045566)
chr6 (48-161)||(1702160-1702273)
chr6 (246-381)||(2183631-2183766)
chr6 (48-168)||(32729551-32729671)
chr6 (190-382)||(5467083-5467276)
chr6 (384-428)||(29141559-29141603)
chr6 (344-430)||(32729586-32729671)
chr6 (213-282)||(5466998-5467067)
chr6 (47-168)||(33447641-33447762)
chr6 (204-355)||(32140145-32140297)
chr6 (392-430)||(28072126-28072164)
chr6 (90-127)||(29141563-29141600)
[»] scaffold0007 (2 HSPs)
scaffold0007 (48-343)||(261945-262240)
scaffold0007 (342-430)||(262155-262242)
[»] chr7 (22 HSPs)
chr7 (54-444)||(23071765-23072164)
chr7 (48-430)||(3958053-3958432)
chr7 (96-428)||(23072087-23072418)
chr7 (119-430)||(25194023-25194332)
chr7 (48-428)||(37223584-37223954)
chr7 (48-168)||(8356211-8356331)
chr7 (48-168)||(23071744-23071864)
chr7 (42-249)||(25194341-25194548)
chr7 (48-248)||(37223466-37223665)
chr7 (228-382)||(7741613-7741764)
chr7 (343-430)||(8356210-8356296)
chr7 (48-168)||(3958347-3958467)
chr7 (48-168)||(13789497-13789617)
chr7 (344-430)||(13789497-13789582)
chr7 (197-378)||(15019132-15019310)
chr7 (66-168)||(17944565-17944667)
chr7 (70-162)||(25193994-25194086)
chr7 (48-274)||(2414306-2414532)
chr7 (246-292)||(7406811-7406857)
chr7 (392-430)||(23072381-23072419)
chr7 (377-429)||(17944601-17944653)
chr7 (342-424)||(37223875-37223956)
[»] chr8 (21 HSPs)
chr8 (48-430)||(34373597-34373978)
chr8 (83-333)||(9410367-9410611)
chr8 (57-345)||(21403103-21403388)
chr8 (57-345)||(21797596-21797881)
chr8 (48-285)||(21397120-21397357)
chr8 (48-285)||(21791613-21791850)
chr8 (69-343)||(15937831-15938105)
chr8 (233-436)||(21008307-21008511)
chr8 (194-365)||(21396905-21397076)
chr8 (194-365)||(21791398-21791569)
chr8 (228-428)||(33446010-33446209)
chr8 (204-426)||(24195970-24196193)
chr8 (48-168)||(34373894-34374013)
chr8 (119-291)||(22576680-22576852)
chr8 (161-356)||(27138785-27138982)
chr8 (343-430)||(34373596-34373682)
chr8 (50-168)||(21008422-21008540)
chr8 (365-430)||(15937831-15937895)
chr8 (393-444)||(9410547-9410598)
chr8 (81-168)||(34074291-34074378)
chr8 (380-430)||(34074326-34074376)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (104-356)||(13843672-13843923)
chr3 (228-351)||(2706390-2706513)
chr3 (39-168)||(3870760-3870889)
chr3 (47-116)||(7407876-7407945)
chr3 (344-411)||(7407878-7407944)
chr3 (163-348)||(25315263-25315452)
chr3 (344-430)||(3870769-3870854)
chr3 (114-166)||(7400837-7400889)
chr3 (84-168)||(19997100-19997184)
chr3 (272-382)||(19214523-19214632)
chr3 (326-382)||(15002221-15002277)
[»] chr5 (22 HSPs)
chr5 (48-336)||(10321573-10321861)
chr5 (48-296)||(22586966-22587214)
chr5 (205-436)||(22598923-22599153)
chr5 (129-444)||(36975947-36976258)
chr5 (48-351)||(36975743-36976046)
chr5 (193-382)||(15225971-15226160)
chr5 (48-169)||(10567338-10567459)
chr5 (81-436)||(32064427-32064782)
chr5 (203-369)||(36975527-36975693)
chr5 (48-168)||(15173456-15173576)
chr5 (344-430)||(15173456-15173541)
chr5 (143-383)||(35946430-35946670)
chr5 (201-436)||(36975266-36975498)
chr5 (343-430)||(10567374-10567460)
chr5 (342-436)||(22586964-22587057)
chr5 (47-144)||(39569916-39570013)
chr5 (57-168)||(36975237-36975348)
chr5 (344-430)||(39569917-39570002)
chr5 (48-169)||(22599062-22599183)
chr5 (344-436)||(10321573-10321664)
chr5 (48-170)||(15226122-15226244)
chr5 (333-381)||(16023566-16023614)
[»] scaffold1212 (1 HSPs)
scaffold1212 (145-338)||(1898-2090)
[»] scaffold0251 (2 HSPs)
scaffold0251 (48-170)||(12598-12720)
scaffold0251 (334-444)||(12621-12730)
[»] scaffold0781 (1 HSPs)
scaffold0781 (246-381)||(559-694)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 432; Significance: 0; HSPs: 24)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 432; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 44279453 - 44279018
Alignment:
Q  16 ataacaccgcaagtaaaattcatcaaacaaagtgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaa 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44279453 ataacaccgcaagtaaaattcatcaaacaaagtgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaa 44279354  T
Q  116 ggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctat 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  44279353 ggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtctacgacgactttcactctat 44279254  T
Q  216 cgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44279253 cgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccg 44279154  T
Q  316 tggtccaactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggt 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44279153 tggtccaactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggt 44279054  T
Q  416 ttaagtaccacatcatacactatgatctatttgatg 451  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44279053 ttaagtaccacatcatacactatgatctatttgatg 44279018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 48 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 26533695 - 26533299
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggttt-aagtaccgcatcaaacactttgatct 146  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||||||    
T  26533695 tgttaggacttaagcccatgaggagagcccaacccaaaagactagtccaataggtgggagaacctcatggttttaagtaccacatcaagcactttgatct 26533596  T
Q  147 acttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttccttt 246  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  26533595 actcgatgtgggactccaaacattgccacgccctttaagagctgacgtccacggcggctttcactctatcgacactgacccaatggtagccctttccttt 26533496  T
Q  247 ttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgt 346  Q
    |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  26533495 ttggtggcttcactcacctatcagtattcggtggaacaccttaatccagcctataggtagccctttccatggtccaactctcaatgaaagcaccaactgt 26533396  T
Q  347 taggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatcatacactatgatcta 444  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||    
T  26533395 taggacttaagcccatgaggagagcccaaccc-aaaagactagtccattaggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatcaagcactttgatcta 26533299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 129 - 356
Target Start/End: Original strand, 27187002 - 27187219
Alignment:
Q  129 catcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccg 228  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||     
T  27187002 catcaagcactttgatctactcgatgtgagactcctaacattgccacgccctttaagagccgacgtccacggtgactttcactctatcggcactgaccc- 27187100  T
Q  229 atgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctc 328  Q
             |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| || | |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27187101 ---------ctttcctttttggcggcttcaatcacctatcagtattcggtggaacaccttaatccagcctataggtagccctttccgtggtccaactctc 27187191  T
Q  329 aatgaaagcaccaattgttaggacttaa 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27187192 aatgaaagcaccaattgttaggacttaa 27187219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 129 - 356
Target Start/End: Original strand, 27836544 - 27836761
Alignment:
Q  129 catcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccg 228  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||     
T  27836544 catcaagcactttgatctactcgatgtgagactcctaacattgccacgccctttaagagccgacgtccacggtgactttcactctatcggcactgaccc- 27836642  T
Q  229 atgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctc 328  Q
             |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| || | |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27836643 ---------ctttcctttttggcggcttcaatcacctatcagtattcggtggaacaccttaatccagcctataggtagccctttccgtggtccaactctc 27836733  T
Q  329 aatgaaagcaccaattgttaggacttaa 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27836734 aatgaaagcaccaattgttaggacttaa 27836761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 83 - 356
Target Start/End: Original strand, 27836770 - 27837033
Alignment:
Q  83 aaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaacattgccacgcccttt 182  Q
    |||||| || || |||||||| || ||||||| |  ||||||| | ||||||  | ||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  27836770 aaaagactactccaataggtgagaaaacctcatgacttaagtatcacatcaagtagtttgatctactcgatgtgagactcctaacattgtcacgcccttt 27836869  T
Q  183 aggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaa 282  Q
    | |||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||          |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  27836870 aagagccgacgtccacggcgactttcactctatcggcactgaccc----------ctttcctttttggcggcttcaatcacctatcagtattcggtggaa 27836959  T
Q  283 caccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaa 356  Q
    ||||||||| || | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27836960 caccttaatccagcctataggtagccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaa 27837033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 48 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 21089195 - 21088888
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    |||||||| |||||| | ||| ||||||||||||||||||| || || | ||||| | ||| ||| | ||||||| |||| ||| ||||||| | || ||    
T  21089195 tgttaggatttaagcccatgaagagagcccaacccaaaagactaatccattaggtcgcagagcctgatggtttaaataccacataaaacactcttattta 21089096  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttt 247  Q
    || |||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||| || |||  ||||||||||||||||    
T  21089095 ctcgatgtgggactcctaacatttcaacgctctttaagagccgacgtccacgacggctttcactctatcggcact-actcgacaatagccctttcctttt 21088997  T
Q  248 tgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgtt 347  Q
    || |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||  |   |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  21088996 tggcggcttcactcacctatcagtattcggtgaaacaccttaatctagactataggtagccctttccgtgctccaactctcaatgaaaacacaaattgtt 21088897  T
Q  348 aggacttaa 356  Q
    |||| ||||    
T  21088896 aggatttaa 21088888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 83 - 356
Target Start/End: Original strand, 27187228 - 27187491
Alignment:
Q  83 aaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaacattgccacgcccttt 182  Q
    |||||| || || |||||||| || ||||||| |  ||||||| | ||||||  | ||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  27187228 aaaagactactccaataggtgagaaaacctcatgacttaagtatcacatcaagtagtttgatctactcgatgtgagactcctaacattgtcacgcccttt 27187327  T
Q  183 aggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaa 282  Q
    | |||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||          |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  27187328 aagagccgacgtccacggcgactttcactctatcggcactgaccc----------ctttcctttttggcggcttcaatcacctatcagtattcggtggaa 27187417  T
Q  283 caccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaa 356  Q
    ||||||||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||    
T  27187418 caccttaatacaacctataggtagccctttccgttgtccaactctcaatgaaaacacccgttgttaggacttaa 27187491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 83 - 356
Target Start/End: Original strand, 27837042 - 27837305
Alignment:
Q  83 aaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaacattgccacgcccttt 182  Q
    |||||| || || |||||||| || ||||||| |  ||||||| | ||||||  | ||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  27837042 aaaagactactccaataggtgagaaaacctcatgacttaagtatcacatcaagtagtttgatctactcgatgtgagactcctaacattgtcacgcccttt 27837141  T
Q  183 aggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaa 282  Q
    | |||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||          |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  27837142 aagagccgacgtccacggcgactttcactctatcggcactgaccc----------ctttcctttttggcggcttcaatcacctatcagtattcggtggaa 27837231  T
Q  283 caccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaa 356  Q
    ||||||||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||    
T  27837232 caccttaatacaacctataggtagccctttccgttgtccaactctcaatgaaaacacccgttgttaggacttaa 27837305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 48 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 26533398 - 26533280
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  26533398 tgttaggacttaagcccatgaggagagcccaacccaaaagactagtccattaggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatcaagcactttgatcta 26533299  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaa 166  Q
    || ||||||||||||||||    
T  26533298 ctcgatgtgggactcctaa 26533280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 48 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 44279125 - 44279004
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaa-gattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatct 146  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  44279125 tgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatcatacactatgatct 44279026  T
Q  147 acttgatgtgggactcctaaca 168  Q
    | |||||||| |||||||||||    
T  44279025 atttgatgtgagactcctaaca 44279004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 74 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 38144108 - 38144014
Alignment:
Q  74 gcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaaca 168  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  38144108 gcccaacccaaaaaactagtccaataggtgggagaacctcaaggcttaagtaccacatcaagcactttgatatactcgatgtgggactcctaaca 38144014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 47 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 31074335 - 31074227
Alignment:
Q  47 gtgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatct 146  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |  |||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  31074335 gtgttaggacttaagcccatgaggagagcccaacccaaaagactagtccaatagatatgagaacctcatggcttaagtaccacatcaaatactttgatct 31074236  T
Q  147 acttgatgt 155  Q
    ||| |||||    
T  31074235 actcgatgt 31074227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 48 - 136
Target Start/End: Original strand, 8596464 - 8596552
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaac 136  Q
    ||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  8596464 tgttaggacttaagcccacgaggagagcccaacccaaaaaactagtccaataggtgggagaacctcaaggcttaagtaccacatcaaac 8596552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 343 - 430
Target Start/End: Original strand, 8596463 - 8596549
Alignment:
Q  343 ttgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    |||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  8596463 ttgttaggacttaagcccacgaggagagcccaacccaaaaa-actagtccaataggtgggagaacctcaaggcttaagtaccacatca 8596549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 344 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 31074334 - 31074235
Alignment:
Q  344 tgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatcatacactatgatct 443  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||| ||||||    
T  31074334 tgttaggacttaagcccatgaggagagcccaacccaaaa-gactagtccaatagatatgagaacctcatggcttaagtaccacatcaaatactttgatct 31074236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 228 - 359
Target Start/End: Original strand, 3736215 - 3736345
Alignment:
Q  228 gatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactct 327  Q
    |||||||||| ||| ||||||| || ||||||||||||| |||||||| || || |||||||||| |||||||| |||    ||| ||||||| ||||||    
T  3736215 gatgatagccattttctttttgtcgacttcactcacctatcagtattcagtagagcaccttaatttaacatatatgtagtagttt-cgtggtcaaactct 3736313  T
Q  328 caatgaaagcaccaattgttaggacttaaacc 359  Q
    |||||||| || ||||||||| ||||||||||    
T  3736314 caatgaaaacatcaattgttaagacttaaacc 3736345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 151 - 335
Target Start/End: Original strand, 14914247 - 14914427
Alignment:
Q  151 gatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttga 250  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||  |||||||||||||| || |||  ||    || |||||| | | ||||| ||| |||||||     
T  14914247 gatgtgggactcataacattgtcacgccctttaagagttgacgtccacgacgatttacaccata----cattgacccaacggtagcctttttctttttgg 14914342  T
Q  251 cggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaa 335  Q
    | |||||| ||||||| ||||||  || ||| ||||||||| |||| |||| |||  | ||| | ||||||||||||||||||||    
T  14914343 cagcttcaatcacctatcagtatctggcggagcaccttaatccaacctatatgtagtctttttcatggtccaactctcaatgaaa 14914427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 370 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 38144108 - 38144049
Alignment:
Q  370 gcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  38144108 gcccaacccaaaaa-actagtccaataggtgggagaacctcaaggcttaagtaccacatca 38144049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 119 - 168
Target Start/End: Original strand, 27187488 - 27187537
Alignment:
Q  119 ttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaaca 168  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27187488 ttaagtaccacatcaagcactttgatctactcgatgtgggactcctaaca 27187537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 119 - 168
Target Start/End: Original strand, 27837302 - 27837351
Alignment:
Q  119 ttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaaca 168  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27837302 ttaagtaccacatcaagcactttgatctactcgatgtgggactcctaaca 27837351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 344 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 21089195 - 21089112
Alignment:
Q  344 tgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacat 428  Q
    |||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| | ||| ||| ||||||||| ||||||||    
T  21089195 tgttaggatttaagcccatgaagagagcccaaccc-aaaagactaatccattaggtcgcagagcctgatggtttaaataccacat 21089112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 379 - 430
Target Start/End: Original strand, 27187227 - 27187278
Alignment:
Q  379 aaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||  ||||||| |||||||    
T  27187227 aaaaagactactccaataggtgagaaaacctcatgacttaagtatcacatca 27187278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 379 - 430
Target Start/End: Original strand, 27836769 - 27836820
Alignment:
Q  379 aaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||  ||||||| |||||||    
T  27836769 aaaaagactactccaataggtgagaaaacctcatgacttaagtatcacatca 27836820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 379 - 430
Target Start/End: Original strand, 27837041 - 27837092
Alignment:
Q  379 aaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||  ||||||| |||||||    
T  27837041 aaaaagactactccaataggtgagaaaacctcatgacttaagtatcacatca 27837092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 20)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 48 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 32025366 - 32024985
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| ||    
T  32025366 tgttaggacttaagcccatgaggagagcccaacccaaaaaactagtccaataggtgggagaacctcaaggcttaagtaccacatcaagcactttgatata 32025267  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttt 247  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| |||| || |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  32025266 ctcgatgtgggactcctaacattgccacgctctttaagagccgacgttcacggcggctttcactctatcgacactgacccgatggtagccctttcctttt 32025167  T
Q  248 tgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgtt 347  Q
    || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32025166 tggcggcttcactcacctatcagtattcggtggaacaccttaatccagcctataggtagccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgtt 32025067  T
Q  348 aggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  32025066 aggacttaagcccatgaggagagcccaacccaaaaa-actagtccaataggtgggagaacctcaaggcttaagtaccacatca 32024985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 48 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 32025662 - 32025281
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| ||    
T  32025662 tgttaggacttaagcccatgaggagagcccaacccaaaaaactagtccaataggtgggagaacctcaaggcttaagtaccacatcaagcactttgatata 32025563  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttt 247  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| |||| || |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  32025562 ctcgatgtgggactcctaacattgccacgctctttaagagccgacgttcacggcggctttcactctatcgacactgacccgatggtagccctttcctttt 32025463  T
Q  248 tgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgtt 347  Q
    || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32025462 tggcggcttcactcacctatcagtattcggtggaacaccttaatccagcctataggtagccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgtt 32025363  T
Q  348 aggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  32025362 aggacttaagcccatgaggagagcccaacccaaaaa-actagtccaataggtgggagaacctcaaggcttaagtaccacatca 32025281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 48 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 32025070 - 32024949
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| ||    
T  32025070 tgttaggacttaagcccatgaggagagcccaacccaaaaaactagtccaataggtgggagaacctcaaggcttaagtaccacatcaagcactttgatata 32024971  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaacat 169  Q
    || |||||||||||||||||||    
T  32024970 ctcgatgtgggactcctaacat 32024949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 68 - 168
Target Start/End: Original strand, 9448644 - 9448744
Alignment:
Q  68 aggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaac 167  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  9448644 aggagagcccaacccaaaaaactagtccaataggtgggagaacctcaaggcttaagtaccacatcaagcactttgatatactcgatgtgggactcctaac 9448743  T
Q  168 a 168  Q
    |    
T  9448744 a 9448744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 47 - 168
Target Start/End: Original strand, 31412392 - 31412513
Alignment:
Q  47 gtgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatct 146  Q
    |||||||||| ||||  | ||||||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||| || ||||||||    
T  31412392 gtgttaggacctaagtccatgaggagagtccaacccaaaagactagttgaataggtgggagaacctcacggcttaagtaccacatcaagcattttgatct 31412491  T
Q  147 acttgatgtgggactcctaaca 168  Q
    ||| ||||||||||||||||||    
T  31412492 actcgatgtgggactcctaaca 31412513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 342 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 32025664 - 32025577
Alignment:
Q  342 attgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  32025664 attgttaggacttaagcccatgaggagagcccaacccaaaaa-actagtccaataggtgggagaacctcaaggcttaagtaccacatca 32025577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 233 - 382
Target Start/End: Original strand, 50013921 - 50014069
Alignment:
Q  233 tagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaa-ccctttccgtggtccaactctcaat 331  Q
    |||| ||||||||| || ||| ||||||| |||| || ||||||  ||||||| |||||| | | ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||    
T  50013921 tagcactttcctttctggcggtttcactcccctatcaatattcgaaggaacac-ttaattgagcttataggtaggcccttttcgtggtccaactctcaat 50014019  T
Q  332 gaaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaa 382  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||| | ||||||| |||||||||||    
T  50014020 gaaagcaccaattgtaaggacttaagcccattaggagag-ccaacccaaaa 50014069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 48 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 4119235 - 4119115
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||| ||||| | | ||||| ||| ||||| || |||||||||   || |||||||| |||||    
T  4119235 tgttaggacttaagctcataaggagagcccgacccaaaagactagtccattcggtggcagagcctcatggcttaagtaccatgtcgaacacttttatcta 4119136  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaaca 168  Q
    || ||||||||||||||||||    
T  4119135 ctcgatgtgggactcctaaca 4119115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 55 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 51865920 - 51865808
Alignment:
Q  55 acttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatg 154  Q
    |||||||| | |||||||| |||||||  ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||| ||||||||||| || ||||||  |||    
T  51865920 acttaagcccatgaggaga-cccaacctgaaagactagtctaataggtgggagaacttcatgacttaagtaccacatcaaacactatgttctactctatg 51865822  T
Q  155 tgggactcctaaca 168  Q
    ||||||||||||||    
T  51865821 tgggactcctaaca 51865808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 364 - 430
Target Start/End: Original strand, 9448644 - 9448709
Alignment:
Q  364 aggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  9448644 aggagagcccaacccaaaaa-actagtccaataggtgggagaacctcaaggcttaagtaccacatca 9448709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 164 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 44462204 - 44462004
Alignment:
Q  164 taacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcac 263  Q
    |||||||||||  |||||||  ||| ||| | ||||| |||||||||| ||||  || ||| | |||| ||||| ||| |||||  ||| ||||||||||    
T  44462204 taacattgccataccctttaatagccgacattcacgaagactttcactttatcaacattgatctgatg-tagcctttttcttttgaacgacttcactcac 44462106  T
Q  264 ctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaaacccgtg 363  Q
    ||| |||||||  ||||| ||||||||||||| ||||| |||||  | |  || ||  || ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||| ||    
T  44462105 ctatcagtatttagtggagcaccttaattcaatatataagtaacattatttgtagtttaattctcaatgaaaacactaattgttaggacttaagcccatg 44462006  T
Q  364 ag 365  Q
    ||    
T  44462005 ag 44462004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 344 - 430
Target Start/End: Original strand, 31412393 - 31412478
Alignment:
Q  344 tgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    ||||||||| |||  || ||||||||| ||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  31412393 tgttaggacctaagtccatgaggagagtccaacccaaaa-gactagttgaataggtgggagaacctcacggcttaagtaccacatca 31412478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 327 - 424
Target Start/End: Original strand, 34228415 - 34228511
Alignment:
Q  327 tcaatgaaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtacc 424  Q
    |||||||||||| || || |||||||||||  || ||||||||| ||||||| ||||||||| |||| || |||||||| |||||| | |||||||||    
T  34228415 tcaatgaaagcatcatttattaggacttaagtccatgaggagagtccaaccc-aaaagactagtccattaagtgggagagcctcatagcttaagtacc 34228511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 228 - 385
Target Start/End: Original strand, 33044701 - 33044854
Alignment:
Q  228 gatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactct 327  Q
    |||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||||| ||  | |||||| |||| || |||||| ||||||||||    ||||||||| | | ||| | |    
T  33044701 gatggtagcctttttctttttggcggcttcactcacttattaatattcgatggagcatcttaatccaacatatag----ccctttccgagtttcaagtat 33044796  T
Q  328 caatgaaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaaga 385  Q
    ||| ||||||| | |||||||||| |||||| | |||||| |||||||  ||||||||    
T  33044797 caacgaaagcatcgattgttaggatttaaactcatgaggaaagcccaattcaaaaaga 33044854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 381 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 51865892 - 51865829
Alignment:
Q  381 aaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatcatacactatgatcta 444  Q
    |||||||| || ||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  51865892 aaagactagtctaataggtgggagaacttcatgacttaagtaccacatcaaacactatgttcta 51865829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 319 - 360
Target Start/End: Original strand, 50013604 - 50013644
Alignment:
Q  319 tccaactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaaaccc 360  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  50013604 tccaactctcaatgaaa-caccaattgttaggacttaaaccc 50013644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 269 - 413
Target Start/End: Original strand, 4662855 - 4662998
Alignment:
Q  269 agtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggag 368  Q
    |||||||||||||||| ||||||  | | |||| | | ||||| | |||||||||||||||||||||||| ||  |||||  | |||| ||| | |||||    
T  4662855 agtattcggtggaacaacttaatctagcctatatgcagcccttgcagtggtccaactctcaatgaaagcaacagatgttaaaatttaagcccataaggag 4662954  T
Q  369 agcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatg 413  Q
    |||||||| | | ||||| | | || || ||||||||||||||||    
T  4662955 agcccaacgc-agaagaccatttcattaagtgggagaacctcatg 4662998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 50 - 130
Target Start/End: Original strand, 34228434 - 34228514
Alignment:
Q  50 ttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgca 130  Q
    ||||||||||||  | ||||||||| ||||||||||||| ||||| | || |||||||| |||||  | ||||||||||||    
T  34228434 ttaggacttaagtccatgaggagagtccaacccaaaagactagtccattaagtgggagagcctcatagcttaagtaccgca 34228514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 344 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 4119235 - 4119155
Alignment:
Q  344 tgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtacca 425  Q
    ||||||||||||| | | | |||||||||| |||| ||||||||| |||| | ||||| ||| |||||||| ||||||||||    
T  4119235 tgttaggacttaagctcataaggagagcccgaccc-aaaagactagtccattcggtggcagagcctcatggcttaagtacca 4119155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 175
Target Start/End: Original strand, 34228194 - 34228314
Alignment:
Q  54 gacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgat 153  Q
    ||||||||| |  |||||||||||||| |||||||  |||| | ||||| ||||| ||||| || ||| ||||| ||   | |||||| ||||| |  ||    
T  34228194 gacttaagcccacgaggagagcccaactcaaaagaccagtccattaggtcggagagcctcatggctta-gtaccacactgagcacttttatctagtcaat 34228292  T
Q  154 gtgggactcctaacattgccac 175  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  34228293 gtgggactcctaacattgccac 34228314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 20)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 48 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 19988059 - 19987666
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    |||| |||||||||  | |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||| || |||||||||    
T  19988059 tgttgggacttaagtccatgaggagagcccaacccagaagactagtccaataggtgggagaacctcatggcttaagtaccacatcaagcattttgatcta 19987960  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttt 247  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||| |||| |||||||||||||||    
T  19987959 ctcgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaagagccgacgtccacgacggctttcact--atcggcactgacctgatggtagccctttcctttt 19987862  T
Q  248 tgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgtt 347  Q
    ||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19987861 tggaggcttcactcacctatcagtattcggtggaacaccttaatccagcctataggtagccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgtt 19987762  T
Q  348 aggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatcatacactatgatcta 444  Q
    |||||||||  || ||||||||||| ||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| | |||||||    
T  19987761 aggacttaagtccatgaggagagcctaaccc-agaagactagtccaataggtgggagaacctcatggcttaagtaccacatcaaacattttgatcta 19987666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 48 - 444
Target Start/End: Original strand, 8107135 - 8107513
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||| |||||  |||||||||||| ||| ||||||||||| ||| || |||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  8107135 tgttaggacttaagcccatgaggagagtccaacg-aaaagattagtccaatgggtgggagaacatcatggcttaagtaccggatcaaacactttgatata 8107233  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttt 247  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||| |||||||||| ||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  8107234 cttgatgtgggacttctaacattgccacgtcctttaagagccgacgtccacgacggctttcactctgtcggcattgacccgatgatagctctttcctttt 8107333  T
Q  248 tgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctc-aatgaaagcaccaattgt 346  Q
    || ||                 |||||||| ||| || |||||| |||| ||||| || ||||||| ||||||||||| || |||||||||| |||||||    
T  8107334 tggcg-----------------gtattcggcggagcagcttaatccaacctatagatagccctttctgtggtccaactatcaaatgaaagcaacaattgt 8107416  T
Q  347 taggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatcatacactatgatcta 444  Q
    ||||||| || ||| | ||||||||||||| | ||||| ||| | |||| | |||||||||||||| | |||||||||||||||  |||| |||||||    
T  8107417 taggactgaagcccataaggagagcccaactc-aaaaggctagttcaatggatgggagaacctcatagcttaagtaccacatcaagcactttgatcta 8107513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 66 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 18936521 - 18936206
Alignment:
Q  66 tgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactccta 165  Q
    |||||||||  |||||||||| ||||||| | ||||| ||| |  |||| ||||||||||||  ||||||||| || || || | ||||| |||||||||    
T  18936521 tgaggagagttcaacccaaaaaattagtccattaggtaggaaagtctcatggtttaagtaccaaatcaaacacgtttatttaatcgatgtaggactccta 18936422  T
Q  166 acattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacct 265  Q
    |||||||||||||||||| |||  | |||||||||||||||||||||||||   |||||||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  18936421 acattgccacgccctttaagagtcggcgtccacgacgactttcactctatcaa-actgacccaatggtagctctttcctttttggcggcttcactcacct 18936323  T
Q  266 accagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgag 365  Q
    | ||||||||  |||| ||||||||| ||  ||||| ||| ||||||||||| |||||||||||| || |||| ||||| ||||||||||| ||| ||||    
T  18936322 atcagtattcaatggagcaccttaatccataatatatgtagccctttccgtgatccaactctcaacgagagcatcaattcttaggacttaagcccatgag 18936223  T
Q  366 gagagcccaacccaaaa 382  Q
    |||||||||||||||||    
T  18936222 gagagcccaacccaaaa 18936206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 98 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 18930853 - 18930593
Alignment:
Q  98 taggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtcca 197  Q
    ||||||| |||  |||| |||||||||||| ||||||  ||||| || || | ||||| |||||||||| || | ||| || |||| |||| ||||||||    
T  18930853 taggtggaagagtctcatggtttaagtaccacatcaagtacttttatttagtcgatgtaggactcctaaaatagtcacaccttttaagagccgacgtcca 18930754  T
Q  198 cgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaaca 297  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||  |  |    
T  18930753 cgacgacttttactctatcggcactgacctaatggtagccctttcctttttggcggcttcactcacctatcagtattcggtggagcacctgaatctagaa 18930654  T
Q  298 tataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcacca--attgttaggacttaa 356  Q
    ||||  ||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||  |||||||||||||||    
T  18930653 tatatataaacctttccgtggtccaactctcaacgagagcaccaatattgttaggacttaa 18930593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 205 - 427
Target Start/End: Original strand, 45015531 - 45015752
Alignment:
Q  205 tttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggt 304  Q
    ||||||||||| |  | |||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||| | |||||  ||||| ||||||||| || | |||||||    
T  45015531 tttcactctattgatattgacccgatggtagccattacctttttggcggcttcactcacctatcggtatttagtggagcaccttaatccagcctataggt 45015630  T
Q  305 aaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggag 404  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| || ||||||||| |||| |||| ||| | ||||    
T  45015631 aaccctttccgtcgtctaactctcaccgaaagcaccaattgttaggacttaagcccatgaagagagtccgacccaaaaa-actagtccattagataggag 45015729  T
Q  405 aacctcatggtttaagtaccaca 427  Q
    | ||||||| ||| | |||||||    
T  45015730 agcctcatgatttgaataccaca 45015752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 48 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 19987765 - 19987645
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    ||||||||||||||  | ||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  19987765 tgttaggacttaagtccatgaggagagcctaacccagaagactagtccaataggtgggagaacctcatggcttaagtaccacatcaaacattttgatcta 19987666  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaaca 168  Q
    || ||||||||||||||||||    
T  19987665 ctcgatgtgggactcctaaca 19987645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 333 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 19988070 - 19987974
Alignment:
Q  333 aaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    |||| |||||||||| ||||||||  || ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19988070 aaaggaccaattgttgggacttaagtccatgaggagagcccaaccc-agaagactagtccaataggtgggagaacctcatggcttaagtaccacatca 19987974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 48 - 168
Target Start/End: Original strand, 8107414 - 8107534
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    |||||||||| |||| | | ||||||||||||| ||||||  ||||  ||| | |||||||||||||  | ||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  8107414 tgttaggactgaagcccataaggagagcccaactcaaaaggctagttcaatggatgggagaacctcatagcttaagtaccacatcaagcactttgatcta 8107513  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaaca 168  Q
    || ||||||||||||||||||    
T  8107514 ctcgatgtgggactcctaaca 8107534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 219 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 38978946 - 38978742
Alignment:
Q  219 cactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtgg 318  Q
    |||||| | |||| || |||||||||||| | ||| |||||||||||| |||| |||| ||||| |||||||| ||   |||||||| | ||||||||||    
T  38978946 cactgatctgatggtatccctttccttttcggcggattcactcacctatcagtgttcgttggaa-accttaatccagtttataggtagctctttccgtgg 38978848  T
Q  319 tccaactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggttta 418  Q
    |||||| |        |||| ||||||||||||||||| ||| |||    || |||||| |||||||||| |||| ||||||| ||| ||||||||||||    
T  38978847 tccaacac--------agcaacaattgttaggacttaagcccatgaa---agtccaacc-aaaaagactaatccattaggtggaagagcctcatggttta 38978760  T
Q  419 agtaccacatcatacact 436  Q
    |||||||||||| |||||    
T  38978759 agtaccacatcaaacact 38978742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 76 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 38978805 - 38978713
Alignment:
Q  76 ccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaaca 168  Q
    |||||| |||||| || || | ||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||    
T  38978805 ccaaccaaaaagactaatccattaggtggaagagcctcatggtttaagtaccacatcaaacacttttatctactccatgtgggactcctaaca 38978713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 119 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 18977232 - 18977007
Alignment:
Q  119 ttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgt 218  Q
    ||||||||| | || |||||||| |||| || ||| ||||||||||||  | |||||| | |||| | ||  || || ||||| || ||||||||||||     
T  18977232 ttaagtaccacgtcgaacacttttatctgctcgatatgggactcctaatgt-gccacgtcatttaagtgcctacatctacgacaacattcactctatcga 18977134  T
Q  219 cactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtgg 318  Q
    ||||  |||||||||| || || |||||||  ||||||||||||| || |||||||||||  | ||||||||| |||| |||| |||  | ||| | |||    
T  18977133 cactagcccgatgataacctttcccttttttgcggcttcactcacttatcagtattcggtaaagcaccttaatccaacctatatgtagtctttttcatgg 18977034  T
Q  319 tccaa--ctctcaatgaaagcaccaat 343  Q
    || ||  ||||||||||||||||||||    
T  18977033 tcaaactctctcaatgaaagcaccaat 18977007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 48 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 11028874 - 11028757
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    ||||||||||||||| | |||| |||| ||||||||||| || |||| | |||||| |||| ||||| ||||||| || | ||||||||||||| || ||    
T  11028874 tgttaggacttaagcccatgagaagagaccaacccaaaaaat-agtccattaggtgagagatcctcatggtttaaatatcacatcaaacacttttattta 11028776  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaa 166  Q
    || |||||| |||||||||    
T  11028775 ctcgatgtgagactcctaa 11028757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 48 - 149
Target Start/End: Original strand, 7833755 - 7833856
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    ||||||||||||||| | |||||  | |||||||||||||| ||||| | ||||||||||| ||||| |  ||||||||| |||||| |||||| |||||    
T  7833755 tgttaggacttaagcccatgagggaaacccaacccaaaagactagtccattaggtgggagagcctcatgacttaagtaccacatcaagcacttttatcta 7833854  T
Q  148 ct 149  Q
    ||    
T  7833855 ct 7833856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 344 - 430
Target Start/End: Original strand, 7833755 - 7833840
Alignment:
Q  344 tgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    ||||||||||||| ||| |||||  | |||||||||||| ||||| |||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||    
T  7833755 tgttaggacttaagcccatgagggaaacccaacccaaaa-gactagtccattaggtgggagagcctcatgacttaagtaccacatca 7833840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 344 - 451
Target Start/End: Original strand, 8107135 - 8107240
Alignment:
Q  344 tgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatcatacactatgatct 443  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||| |||||   |||||| || |||||| ||||||||||| |||||| |||||||||  |||| ||||| |||| |    
T  8107135 tgttaggacttaagcccatgaggagagtccaacg--aaaagattagtccaatgggtgggagaacatcatggcttaagtaccggatcaaacactttgatat 8107232  T
Q  444 atttgatg 451  Q
    | ||||||    
T  8107233 acttgatg 8107240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 343 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 11028875 - 11028784
Alignment:
Q  343 ttgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatcatacact 436  Q
    |||||||||||||| ||| |||| |||| |||||||||||  | || |||| |||||| |||| ||||||||||||| || ||||||| |||||    
T  11028875 ttgttaggacttaagcccatgagaagagaccaacccaaaa--aatagtccattaggtgagagatcctcatggtttaaatatcacatcaaacact 11028784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 50 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 18936242 - 18936184
Alignment:
Q  50 ttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggaga 108  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| || |||| || ||||||||    
T  18936242 ttaggacttaagcccatgaggagagcccaacccaaaagactattctattaagtgggaga 18936184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 234 - 383
Target Start/End: Original strand, 48173825 - 48173973
Alignment:
Q  234 agccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatga 333  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||| ||||| || |||| ||||||  || ||| |||  | ||||||||  | |||  ||||  ||||| |||||||    
T  48173825 agcccttttctttttg-cggcttcactgacctatcaatatttggtggagtactttagttctgcctataggtagtcatttttgtggcacaactatcaatga 48173923  T
Q  334 aagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaa 383  Q
    || ||  |||||||||||||||| ||  ||||||||| ||||||||||||    
T  48173924 aatcagtaattgttaggacttaagcctatgaggagagtccaacccaaaaa 48173973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 110 - 169
Target Start/End: Original strand, 5190972 - 5191031
Alignment:
Q  110 cctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaacat 169  Q
    ||||| ||||||| |  |||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  5190972 cctcatggtttaaatgacgcatcaagcactttggtctacttgatttgggactcctaacat 5191031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 308 - 356
Target Start/End: Original strand, 34655572 - 34655620
Alignment:
Q  308 cctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaa 356  Q
    ||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  34655572 ccttttcgtgatccgactctcaatgaaagaaccaattgttaagacttaa 34655620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 16)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 48 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 30045566 - 30045271
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| ||    
T  30045566 tgttaggacttaagcccatgaggagagcccaacccaaaaaactagtccaataggtgggagaacctcaaggcttaagtaccacatcaagcactttgatata 30045467  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttt 247  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30045466 ctcgatgtgggactcctaacattgccacgctctttaagagccgacttccacgacggctttcactctatcgacactgacccgatggtagccctttcctttt 30045367  T
Q  248 tgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaat 343  Q
    || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30045366 tggcggcttcactcacctatcagtattcggtggaacaccttaatccagcctataggtagccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaat 30045271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 48 - 444
Target Start/End: Original strand, 1701881 - 1702259
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    |||||||||||||| || ||||||||| |||||| |||||| ||||| |||| |||||||||||||  || ||||||||| ||||||  | |||||||||    
T  1701881 tgttaggacttaaggtcatgaggagaggccaacctaaaagactagtccaataagtgggagaacctcttggcttaagtaccacatcaagtattttgatcta 1701980  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttt 247  Q
    || |||||| |||||||||||||| |||  |||||  | || |||||||| | || ||||||||||||||  |||  | | ||| ||||||||| || ||    
T  1701981 ctcgatgtgagactcctaacattgtcacatccttttagggccgacgtccaaggcggctttcactctatcggtactacctcaatggtagcccttttctatt 1702080  T
Q  248 tgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgtt 347  Q
    |  ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | ||   ||||||                 || | ||||| || |||||||||||||    
T  1702081 ttgcggcttcactcacctattagtattcggtggaacaccttagtccagtctatagg-----------------cagccctcaacgagagcaccaattgtt 1702163  T
Q  348 aggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatcatacactatgatcta 444  Q
    ||||||||| | | |||| |||||||||||| ||||||| | |||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| ||| | |||||||    
T  1702164 aggacttaatctcatgagaagagcccaaccc-aaaagaccaatccaatagataggagaacctcatggcttaagtaccacatcaaacattttgatcta 1702259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 124 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 35033403 - 35033168
Alignment:
Q  124 taccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgt--cac 221  Q
    |||| |||||| |||||| |||||||  ||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||| ||||| ||||    ||||||||||||||   |||    
T  35033403 taccacatcaagcactttaatctactcaatgtgagactcctaacattgtcgcgccctttaagagccgacgttcacggatgctttcactctatcgagacac 35033304  T
Q  222 tgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtcc 321  Q
    ||||| |||  |||| ||||||||||||| |||||||||||| |   |||||||||||||||||||||| | | | ||||| ||  | ||||  ||||||    
T  35033303 tgacctgatcgtagctctttcctttttgaaggcttcactcacatgttagtattcggtggaacaccttaaattagcctatagatagtcatttctatggtcc 35033204  T
Q  322 aactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaaa 357  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35033203 aactctcaacgaaagcaccaattgttaggacttaaa 35033168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 96 - 251
Target Start/End: Original strand, 28072127 - 28072281
Alignment:
Q  96 aataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtc 195  Q
    |||||||||||||||||||  | ||||||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||||| | |||||||  ||| ||||| | |||| ||| ||    
T  28072127 aataggtgggagaacctcatagcttaagtaccacatcaatcacttttttctacttgatgtgggac-cttaacattatcacacccttcaagagccgacatc 28072225  T
Q  196 cacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgac 251  Q
    ||||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28072226 cacgacggctttcactctatcagcactgacccgatggtagccctttcctttttgac 28072281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 344 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 30045566 - 30045481
Alignment:
Q  344 tgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  30045566 tgttaggacttaagcccatgaggagagcccaacccaaaaa-actagtccaataggtgggagaacctcaaggcttaagtaccacatca 30045481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 48 - 161
Target Start/End: Original strand, 1702160 - 1702273
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    ||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||  | || ||||| | ||||||||||| || ||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  1702160 tgttaggacttaatctcatgagaagagcccaacccaaaagaccaatccaatagataggagaacctcatggcttaagtaccacatcaaacattttgatcta 1702259  T
Q  148 cttgatgtgggact 161  Q
    || |||||||||||    
T  1702260 ctcgatgtgggact 1702273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 246 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 2183766 - 2183631
Alignment:
Q  246 tttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattg 345  Q
    ||||| |||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||| | |||||| |||||| ||||||||| || |||||||||||    
T  2183766 tttgatggcttcactcacttattagtattcggtggaacaccttaatccaacctatgggtgatcctttctgtggtctaactctcaacgagagcaccaattg 2183667  T
Q  346 ttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaa 381  Q
    || ||| |||||  | ||| |||||| |||||||||    
T  2183666 ttcggatttaaattcatgaagagagctcaacccaaa 2183631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 48 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 32729671 - 32729551
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    |||||||||||| |  | ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| |  ||||||| | |||||| || |||||||||    
T  32729671 tgttaggacttacgtccatgaggagagcccaactcaaaagactagtccaataggtgggagaacttcatgacttaagtatcacatcaagcagtttgatcta 32729572  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaaca 168  Q
    || |||||| |||||||||||    
T  32729571 ctcgatgtgagactcctaaca 32729551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 190 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 5467276 - 5467083
Alignment:
Q  190 gacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacacctta 289  Q
    |||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    ||||| ||||||| |||  |||| |||||||||||     
T  5467276 gacgtctacaacgactttcactctatcgacactgacccgatggtagccctttcctttttggaaacttcattcacctatcag--ttcgatggaacaccttt 5467179  T
Q  290 attcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatg---aaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaa 382  Q
    ||  | | |||||||| |  | | |||||| ||||||||||||   ||| || |||||||||||| ||||  ||  |||||||||||||| |||||    
T  5467178 atctagcctataggtagctttgttcgtggttcaactctcaatgaaaaaaacatcaattgttaggatttaagtccacgaggagagcccaactcaaaa 5467083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 384 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 29141603 - 29141559
Alignment:
Q  384 gactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacat 428  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29141603 gactagtccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacat 29141559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 344 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 32729671 - 32729586
Alignment:
Q  344 tgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    ||||||||||||   || ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||    
T  32729671 tgttaggacttacgtccatgaggagagcccaactcaaaa-gactagtccaataggtgggagaacttcatgacttaagtatcacatca 32729586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 213 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 5467067 - 5466998
Alignment:
Q  213 tatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaa 282  Q
    |||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||||| |||||    
T  5467067 tatcatcactgacctgatggtagccctttcctttttggcgacttcattcacctatcagtattcgatggaa 5466998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 47 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 33447762 - 33447641
Alignment:
Q  47 gtgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatct 146  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||||||  |||||||||||| ||||  ||| |||||  ||  |||| |||||||||||| ||||||||| ||| || |    
T  33447762 gtgttaggacttaagttcacgaggagagttcaacccaaaagactagttcaattggtggacgagtctcatggtttaagtaccacatcaaacaattttattt 33447663  T
Q  147 acttgatgtgggactcctaaca 168  Q
    |  |||||| ||||||||||||    
T  33447662 agctgatgtaggactcctaaca 33447641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 204 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 32140297 - 32140145
Alignment:
Q  204 ctttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatatagg 303  Q
    |||||| ||||||| |||||||| |||| | | | ||||| |||| | | ||||||||| ||||||||| ||||||| | ||||||||| | |||||| |    
T  32140297 ctttcattctatcggcactgacctgatgctggtcatttcccttttaatgacttcactcatctaccagtaatcggtggtataccttaatttagcatataag 32140198  T
Q  304 taaccctttccgtggtccaactctcaatg-aaagcaccaattgttaggactta 355  Q
    || | |||| |||  |||||||||||| | |||| | ||||||||| ||||||    
T  32140197 tagctcttttcgtaatccaactctcaacgaaaagaatcaattgttatgactta 32140145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 392 - 430
Target Start/End: Original strand, 28072126 - 28072164
Alignment:
Q  392 caataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  28072126 caataggtgggagaacctcatagcttaagtaccacatca 28072164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 90 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 29141600 - 29141563
Alignment:
Q  90 tagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtacc 127  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29141600 tagtccaataggtgggagaacctcatggtttaagtacc 29141563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 2)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 48 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 262240 - 261945
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| ||    
T  262240 tgttaggacttaagcccatgaggagagcccaacccaaaaaactagtccaataggtgggagaacctcaaggcttaagtaccacatcaagcactttgatata 262141  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttt 247  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| |||| || |||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||    
T  262140 ctcgatgtgggactcctaacattgccacgctctttaagagccgacgttcacggcggctttcactctatcgacactgacctgatggtagccctttcctttt 262041  T
Q  248 tgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaat 343  Q
    || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  262040 tggcggcttcactcacctatcagtattcggtggaacaccttaatccagcctataggtagccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaat 261945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 342 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 262242 - 262155
Alignment:
Q  342 attgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  262242 attgttaggacttaagcccatgaggagagcccaacccaaaaa-actagtccaataggtgggagaacctcaaggcttaagtaccacatca 262155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 182; Significance: 3e-98; HSPs: 22)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 54 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 23072164 - 23071765
Alignment:
Q  54 gacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgat 153  Q
    ||||||||| | ||| ||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| | ||| || || ||||||||||| |||    
T  23072164 gacttaagcccatgaagagagcctaacccaaaagtgtagtccaataggtgggagaacttcatggtttaagtatcacattaagcattttgatctactcgat 23072065  T
Q  154 gtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacgg 253  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| |||||||||||||| | |||||| |||| ||||| ||||| ||||| |||    
T  23072064 gtgggactcctaacattgccacgccctttaagagccaacgtccacgacggctttcactctatcggctctgacctgatggtagccatttcccttttggcgg 23071965  T
Q  254 cttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaa----------agcaccaat 343  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||          ||||| |||    
T  23071964 cttcactcacctatcagtactcggtggaacaccttaatccaacctataggttgctctttctgtggtccaactctcaatgaaagcatgaagaagcacgaat 23071865  T
Q  344 tgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatcatacactatgatct 443  Q
    |||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| | ||||||    
T  23071864 tgttaggatttaagcccatgatgagagcccaaccc-aaaagactagtccaataggtgggagaacttcatggtttaagtaccacatcaaacattttgatct 23071766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 48 - 430
Target Start/End: Original strand, 3958053 - 3958432
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    ||||||||||||||| |  || |||||| |||| ||||||| |||||  ||||||||||||||||||    ||||||| | ||||||  |||| ||||||    
T  3958053 tgttaggacttaagcccacgaagagagctcaactcaaaagactagtcctataggtgggagaacctcataacttaagtatcacatcaagtactt-gatcta 3958151  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttt 247  Q
    || || |||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |  ||||||| || |||||||||||||| |||| ||  |||| |||||||||||||||    
T  3958152 ctcgacgtgggactcctaacattgacacgccctttaagagccggtgtccacggcggctttcactctatcggcactaacatgatggtagccctttcctttt 3958251  T
Q  248 tgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgtt 347  Q
    || |||||||| |||| || |||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3958252 tg-cggcttcattcacatatcagtattcggtgaaacaccttaatccaacctataagtagccctttccgtggtccaactctcaacgaaagcaccaattgtt 3958350  T
Q  348 aggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    |||||||||  |  |||||||||||||| || ||||||||| ||| |||| |||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  3958351 aggacttaagtcaatgaggagagcccaatcc-aaaagactagtcctatagatgggagaacctcatgacttaagtaccacatca 3958432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 96 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 23072418 - 23072087
Alignment:
Q  96 aataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtc 195  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||| | |  || |||    
T  23072418 aataggtgggagaacttcatggtttaagtaccacatcaagcattttgatctactcgatgtgggactcctaacattgtcgcgccctttaagtgtcgatgtc 23072319  T
Q  196 cacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaa 295  Q
    || |||||| |||||||||||| |||||||| |||| ||||| ||||| |||||  || |||||||||||| | ||| | | ||||| |||||||| |||    
T  23072318 catgacgacgttcactctatcgacactgacctgatggtagccatttcccttttgttggattcactcacctatcggtacttgttggaataccttaatccaa 23072219  T
Q  296 catataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaat 395  Q
    | |||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||| ||| ||||||| ||||| |||||  || ||||||    
T  23072218 cttataagtagctctttccgtggtccaactctcaatgaaagcactaattcttacgacttaagcccatgaagagagcctaaccc-aaaagtgtagtccaat 23072120  T
Q  396 aggtgggagaacctcatggtttaagtaccacat 428  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  23072119 aggtgggagaacttcatggtttaagtatcacat 23072087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 119 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 25194332 - 25194023
Alignment:
Q  119 ttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgt 218  Q
    ||||||||| ||||||||||||| || ||   ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||     
T  25194332 ttaagtaccacatcaaacacttttatttatccgatatgggactcctaacattgtcacgccctttaagagccgacgtccacggcgactttcactctatcga 25194233  T
Q  219 cactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtgg 318  Q
    |||| || | ||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| || | ||||| || ||||||| || |    
T  25194232 cactaactcaatggtagccctttcctttttggaggcttcactcacctatcagtattcggtggagcactttaatccagcctatagttagccctttctgtag 25194133  T
Q  319 tccaactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggttta 418  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||| |||||| || ||  | ||| ||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||| ||| |||||||| |||    
T  25194132 tccaactctcaacgaaagcatcaattattagga-tttaagtcatgaagagagcccaaccc-aaaagactaatccattaggtggaagagcctcatggctta 25194035  T
Q  419 agtaccacatca 430  Q
    ||||||||||||    
T  25194034 agtaccacatca 25194023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 48 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 37223954 - 37223584
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    ||||||||||||||| | | ||||||||||||| |  |||| ||||| | |||||||||||  |||| || ||||||||| |||  | |||||| |||||    
T  37223954 tgttaggacttaagcccataaggagagcccaacgcctaagactagtccattaggtgggagagtctcatggcttaagtacctcattgagcacttttatcta 37223855  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcct-tt 246  Q
    ||  ||||||||||||| ||||| ||| |||||||| |||||||| |||| |  | |||||||| ||||| ||||||||| ||| |||||||||||| ||    
T  37223854 ctcaatgtgggactccttacattaccatgccctttaagagcagacatccagggtgtctttcactttatcgacactgacccaatggtagccctttcctttt 37223755  T
Q  247 ttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgt 346  Q
    ||| |||| |||||  ||||| |||||||||   ||||||||||| |       || || ||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37223754 ttggcggcatcactagcctacaagtattcggataaacaccttaatcc-------agctagcccttt-tttggcccaactctcaatgaaagcaccaattgt 37223663  T
Q  347 taggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacat 428  Q
    |||||||||| | | ||||||||||||||||   ||| |||| |||| ||||||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  37223662 taggacttaagcacatgaggagagcccaacc---aaaaactagtccattaggtgggagagcctaatggcttaagtaccacat 37223584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 48 - 168
Target Start/End: Original strand, 8356211 - 8356331
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | |||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| ||    
T  8356211 tgttaggacttaagcccatgaggagagcccaacccaaaaaactagtcctataggtgggagaacctcaaggcttaagtaccacatcaagcactttgatata 8356310  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaaca 168  Q
    || ||||||||||||||||||    
T  8356311 ctcgatgtgggactcctaaca 8356331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 48 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 23071864 - 23071744
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    |||||||| |||||| | ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  23071864 tgttaggatttaagcccatgatgagagcccaacccaaaagactagtccaataggtgggagaacttcatggtttaagtaccacatcaaacattttgatcta 23071765  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaaca 168  Q
    || |||| |||||||||||||    
T  23071764 ctcgatgagggactcctaaca 23071744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 42 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 25194548 - 25194341
Alignment:
Q  42 acaaagtgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacacttt 141  Q
    ||||| |||||||| |||| | | ||||| ||| | ||||||||| | ||||  | |||| |||||| ||||| || ||| ||||   ||||||||||||    
T  25194548 acaaattgttaggatttaaacccatgaggtgagtctaacccaaaacactagttcattaggggggagagcctcatggcttatgtactatatcaaacacttt 25194449  T
Q  142 gatctacttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagcccttt 241  Q
     || ||| | || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||  || ||||||||||  |||||||||||||  |||||||||||| |||||||||    
T  25194448 tatttacctaatatgggactcctaacattgtcacgccctttaagagtcgatgtccacgacggttttcactctatcgatactgacccgatggtagcccttt 25194349  T
Q  242 cctttttg 249  Q
     |||||||    
T  25194348 tctttttg 25194341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 48 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 37223665 - 37223466
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||   ||||| | ||||||||||| ||| | || ||||||||| |||  ||||  || | |||    
T  37223665 tgttaggacttaagcacatgaggagagcccaaccaaaaac--tagtccattaggtgggagagcctaatggcttaagtaccacattgaacatatttaacta 37223568  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaacattgccacgccc-tttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttccttt 246  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||  ||||||||||  | |||||||||||| | |||||| | ||||  |||||||||||||    
T  37223567 ctcaatgtgggactcctaacattgccacgcccttttaagagtcgacgtccacgggggctttcactctattggcactgatcagatggaagccctttccttt 37223468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 228 - 382
Target Start/End: Original strand, 7741613 - 7741764
Alignment:
Q  228 gatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactct 327  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||  ||||||| ||||| |||| |||||||| |  ||| |||||   ||||||    
T  7741613 gatggtagccctttccattttgacggcttcactcacctatcagtaatcgacggaacacattaatccaacttataggtagcttttttcgtgg---aactct 7741709  T
Q  328 caatgaaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaa 382  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||| || ||  ||||||||||    
T  7741710 caatgaaagcatcaattgttaggatttaagcccatgaagaaagttcaacccaaaa 7741764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 343 - 430
Target Start/End: Original strand, 8356210 - 8356296
Alignment:
Q  343 ttgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  8356210 ttgttaggacttaagcccatgaggagagcccaacccaaaaa-actagtcctataggtgggagaacctcaaggcttaagtaccacatca 8356296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 48 - 168
Target Start/End: Original strand, 3958347 - 3958467
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    ||||||||||||||    |||||||||||||| |||||||| |||||  |||| ||||||||||||| |  ||||||||| ||||||  |||||||||||    
T  3958347 tgttaggacttaagtcaatgaggagagcccaatccaaaagactagtcctatagatgggagaacctcatgacttaagtaccacatcaagtactttgatcta 3958446  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaaca 168  Q
    || |||||| |||||||||||    
T  3958447 ctcgatgtgagactcctaaca 3958467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 48 - 168
Target Start/End: Original strand, 13789497 - 13789617
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    ||||||||||||||| |  ||||||||||||||| |||| | ||||| ||||||||||||| || || || ||||||||| |||||| |||||| |  ||    
T  13789497 tgttaggacttaagcccaagaggagagcccaacctaaaaaactagtccaataggtgggagagccccatggcttaagtaccacatcaagcacttttagtta 13789596  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaaca 168  Q
    |  ||||||||||||||||||    
T  13789597 cccgatgtgggactcctaaca 13789617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 344 - 430
Target Start/End: Original strand, 13789497 - 13789582
Alignment:
Q  344 tgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    ||||||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||    
T  13789497 tgttaggacttaagcccaagaggagagcccaacctaaaaa-actagtccaataggtgggagagccccatggcttaagtaccacatca 13789582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 197 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 15019310 - 15019132
Alignment:
Q  197 acgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaac 296  Q
    |||| ||||||||||| |||| ||||||   |||| ||||| ||||||||||||| ||| | |||||||| ||||||||| ||||  ||||||||  | |    
T  15019310 acgatgactttcactcgatcgacactgatatgatggtagccatttcctttttgacagctccgctcacctatcagtattcgatggatgaccttaatatagc 15019211  T
Q  297 atataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaaccc 378  Q
     ||   ||||||||| | | ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||| | | |||| |||| |||||||    
T  15019210 cta---gtaacccttcctggggtccaactttcaatgaaagtaccaagtgttaggatttaagctcatgagaagagtccaaccc 15019132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 66 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 17944667 - 17944565
Alignment:
Q  66 tgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactccta 165  Q
    ||||||||  |||||| |||||| ||||| | ||| ||||||| ||||| || ||||||||| |||| | |||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  17944667 tgaggagattccaaccaaaaagactagtccattagatgggagagcctcatggcttaagtaccacatcgagcacttttatctactcgatgtgggactccta 17944568  T
Q  166 aca 168  Q
    |||    
T  17944567 aca 17944565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 70 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 25194086 - 25193994
Alignment:
Q  70 gagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactc 162  Q
    ||||||||||||||||||| || || | ||||||| ||| ||||| || ||||||||| ||||||||| ||| || |||  ||||||||||||    
T  25194086 gagagcccaacccaaaagactaatccattaggtggaagagcctcatggcttaagtaccacatcaaacatttttatttacccgatgtgggactc 25193994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 48 - 274
Target Start/End: Original strand, 2414306 - 2414532
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||  |||||| ||| | ||||  | |||||||||||  |||| |  |||| |||| ||| ||||| ||| || ||    
T  2414306 tgttaggacttaaactcatgaggagagttcaaccccaaatactagttcattaggtgggagagtctcatgacttaaataccacattaaacaattttattta 2414405  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttt 247  Q
    |  |  |||| |||||| |||||| ||| ||||||| ||    ||||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||  |||| ||||||| || ||||    
T  2414406 cccgtagtggaactcctgacattgtcacaccctttaagaatcaacgtccatgacgactttcaatctatcgacaccgacttgatggtagccctatcttttt 2414505  T
Q  248 tgacggcttcactcacctaccagtatt 274  Q
       ||||||||| |||||| |||||||    
T  2414506 ctgcggcttcacccacctatcagtatt 2414532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 246 - 292
Target Start/End: Original strand, 7406811 - 7406857
Alignment:
Q  246 tttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaatt 292  Q
    |||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7406811 tttggcggtttcactcacctatcagtattcggtggaacaccttaatt 7406857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 392 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 23072419 - 23072381
Alignment:
Q  392 caataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  23072419 caataggtgggagaacttcatggtttaagtaccacatca 23072381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 377 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 17944653 - 17944601
Alignment:
Q  377 ccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatc 429  Q
    |||||||||||| |||| ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  17944653 ccaaaaagactagtccattagatgggagagcctcatggcttaagtaccacatc 17944601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 342 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 37223956 - 37223875
Alignment:
Q  342 attgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtacc 424  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| |  || ||||| |||| |||||||||||  ||||||| |||||||||    
T  37223956 attgttaggacttaagcccataaggagagcccaacgcctaa-gactagtccattaggtgggagagtctcatggcttaagtacc 37223875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 176; Significance: 1e-94; HSPs: 21)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 48 - 430
Target Start/End: Original strand, 34373597 - 34373978
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |  ||||||||  |||||| |||||| |||||    
T  34373597 tgttaggatttaagctcatgaggagagcccaatccaaaagactagtccaataggtgggagaacctcacgacttaagtactacatcaagcactttaatcta 34373696  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcc-ttt 246  Q
    || |||||| || ||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||| || | || |||||  |||||||||| |||    
T  34373697 ctcgatgtgagagtcctaacattgccacaccctttaagagccgacgtccacgacaactttcactctatcggcaataactcgatggcagccctttcctttt 34373796  T
Q  247 ttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgt 346  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || | || ||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  34373797 ttggtggcttcactcacctatcagtattcgatggaacaccttaatccagcctacaggtagcactttacgtggtccaactctcaatgaaagcatcaattgt 34373896  T
Q  347 taggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    |||||||| || || |||| |||||||||| | ||||||||| ||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||    
T  34373897 taggactt-aagccatgagaagagcccaacgc-aaaagactagtccaatatgtaggagaacctcacggcttaagtaccacatca 34373978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 83 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 9410611 - 9410367
Alignment:
Q  83 aaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaacattgccacgcccttt 182  Q
    |||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||      
T  9410611 aaaagattaacctaatagatgggagaacctcatggtttaagtattacatcaaacactttgatctactcgatgtgagattcctaacattgccacgctct-- 9410514  T
Q  183 aggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaa 282  Q
        || ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  9410513 ----gccgacgtccacgacgacttgcactctatcggcactgatccgatggtagcattttcctttttggcggcttcactcacataccagtatttggtggaa 9410418  T
Q  283 caccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatga 333  Q
    |||||||||||| | |||||| | | |||||||||||| ||||||||||||    
T  9410417 caccttaattcagcctataggcagctctttccgtggtctaactctcaatga 9410367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 57 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 21403388 - 21403103
Alignment:
Q  57 ttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtg 156  Q
    ||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||   |||  || ||| |||   |||||||||||| ||||| | |||||     
T  21403388 ttaagctcacgaggagagctcaacccaaaaggttagtccaataggtgggagagtttcattgtataaatac---atcaaacacttttatctattcgatgta 21403292  T
Q  157 ggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacggctt 256  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| || ||| | ||||||||||||| | |||||| |||||| ||||||| ||||||||| ||| |     
T  21403291 ggactcctaacattgtcacgccctttaagagccgacatctacggcaactttcactctattggcactgagccgatggtagccctctcctttttggcggtta 21403192  T
Q  257 cactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattg 345  Q
    ||| |||| | ||||||| |||||||||||||||| || | |||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21403191 cacccaccaatcagtatttggtggaacaccttaatccagcctataggtagctctttccatggtccaactctcaatgaaagcaacaattg 21403103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 57 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 21797881 - 21797596
Alignment:
Q  57 ttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtg 156  Q
    ||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||   |||  || ||| |||   |||||||||||| ||||| | |||||     
T  21797881 ttaagctcacgaggagagctcaacccaaaaggttagtccaataggtgggagagtttcattgtataaatac---atcaaacacttttatctattcgatgta 21797785  T
Q  157 ggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacggctt 256  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| || ||| | ||||||||||||| | |||||| |||||| ||||||| ||||||||| ||| |     
T  21797784 ggactcctaacattgtcacgccctttaagagccgacatctacggcaactttcactctattggcactgagccgatggtagccctctcctttttggcggtta 21797685  T
Q  257 cactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattg 345  Q
    ||| |||| | ||||||| |||||||||||||||| || | |||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21797684 cacccaccaatcagtatttggtggaacaccttaatccagcctataggtagctctttccatggtccaactctcaatgaaagcaacaattg 21797596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 48 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 21397357 - 21397120
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    |||||||| |||||| | | || |||||||||   |||||| ||||| | ||||||||||| || |  ||||||| |||| |||||| |||||| |||||    
T  21397357 tgttaggatttaagcccattagcagagcccaattgaaaagactagtccattaggtgggagagccccgtggtttaaataccacatcaatcacttttatcta 21397258  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttt 247  Q
    || || |||||||||||||||||||||| |||| ||  |||  || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  21397257 ctcgacgtgggactcctaacattgccacaccctataaaagccaacatccacgacgactttcactctatcggcactgacccgatggtagccctttcctctt 21397158  T
Q  248 tgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacac 285  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  21397157 tgacggctgcactcacctatcagtatttggtggaacac 21397120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 48 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 21791850 - 21791613
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    |||||||| |||||| | | || |||||||||   |||||| ||||| | ||||||||||| || |  ||||||| |||| |||||| |||||| |||||    
T  21791850 tgttaggatttaagcccattagcagagcccaattgaaaagactagtccattaggtgggagagccccgtggtttaaataccacatcaatcacttttatcta 21791751  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttt 247  Q
    || || |||||||||||||||||||||| |||| ||  |||  || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  21791750 ctcgacgtgggactcctaacattgccacaccctataaaagccaacatccacgacgactttcactctatcggcactgacccgatggtagccctttcctctt 21791651  T
Q  248 tgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacac 285  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  21791650 tgacggctgcactcacctatcagtatttggtggaacac 21791613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 69 - 343
Target Start/End: Original strand, 15937831 - 15938105
Alignment:
Q  69 ggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaaca 168  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| | |||||||||||  |||| || ||||||||| |||||| || ||| || |||  ||||||||||| ||||||    
T  15937831 ggagatcccaacccaaaagactagtccattaggtgggagagactcatggcttaagtaccacatcaagcaattttatatacccgatgtgggacttctaaca 15937930  T
Q  169 ttgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctacc 268  Q
    ||||||||||||||| |||| || || ||||  | |||||| ||||||| |||| |||||||| |||||||||   | |||  ||||||||||||||| |    
T  15937931 ttgccacgccctttaagagccgatgtacacggaggctttcattctatcggcactaacccgatggtagccctttttctattggtggcttcactcacctatc 15938030  T
Q  269 agtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaat 343  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| ||   |||||||| |||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||    
T  15938031 agtattcagtggagcaccttaatccagtctataggtagccctttccttggtccaaccgtcagtgaaagcaccaat 15938105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 233 - 436
Target Start/End: Original strand, 21008307 - 21008511
Alignment:
Q  233 tagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtat--tcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaa 330  Q
    |||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||||  | |||||||||||||||| || | |||||||| ||||||||||||||||| | ||||    
T  21008307 tagccctcgcctttttggcggcttcactcacctatcagtatatttggtggaacaccttaatccagcctataggtagccctttccgtggtccaaatttcaa 21008406  T
Q  331 tgaaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
     || |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| | |||| |||||||| || |||| |   |||||||||||| ||    
T  21008407 cgagagcaccaattattaggacttaaacccatgaggagagcccaaccc-aaaagacaagtccattaggtgggggagcctcgtaacttaagtaccacaaca 21008505  T
Q  431 tacact 436  Q
     |||||    
T  21008506 aacact 21008511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 194 - 365
Target Start/End: Original strand, 21396905 - 21397076
Alignment:
Q  194 tccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattc 293  Q
    ||||| || |||||||||||||   ||||||||| || ||||||  |||||||||| || |||||||||||||  |||||||||||||||| |||||| |    
T  21396905 tccacaacaactttcactctattaacactgacccaataatagccaattcctttttggcgccttcactcacctataagtattcggtggaacatcttaatcc 21397004  T
Q  294 a-acatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgag 365  Q
    | ||| ||| ||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||    
T  21397005 agaca-atacgtagccctttccgtgatcaaactctcaatgaaagcaccaatttttaggacttaagcccatgag 21397076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 194 - 365
Target Start/End: Original strand, 21791398 - 21791569
Alignment:
Q  194 tccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattc 293  Q
    ||||| || |||||||||||||   ||||||||| || ||||||  |||||||||| || |||||||||||||  |||||||||||||||| |||||| |    
T  21791398 tccacaacaactttcactctattaacactgacccaataatagccaattcctttttggcgccttcactcacctataagtattcggtggaacatcttaatcc 21791497  T
Q  294 a-acatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgag 365  Q
    | ||| ||| ||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||    
T  21791498 agaca-atacgtagccctttccgtgatcaaactctcaatgaaagcaccaatttttaggacttaagcccatgag 21791569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 228 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 33446209 - 33446010
Alignment:
Q  228 gatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactct 327  Q
    |||| ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| ||||||| ||| || ||||||||| || | |||| ||| |||||| |||||||||||| |    
T  33446209 gatggtagcccttttctttttggcggcttcattcacctatcagtatttggttgagcaccttaatccagcctatatgtagccctttacgtggtccaacttt 33446110  T
Q  328 caatgaaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccaca 427  Q
    ||||||||||| || |||||| || |||| | | || ||||||||||| || ||||||||| | || || |||| |||||||||| | |||||||| |||    
T  33446109 caatgaaagcaacatttgttaagatttaagctcatgcggagagcccaa-cctaaaagactagttcattaagtggaagaacctcatagcttaagtacaaca 33446011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 204 - 426
Target Start/End: Original strand, 24195970 - 24196193
Alignment:
Q  204 ctttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcac--ctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatata 301  Q
    |||||||| ||||| || ||| |||||| |||||||||||||||||  || ||||||| |  ||| ||||||||| | || |||||||||||| | ||||    
T  24195970 ctttcactttatcgacattgatccgatggtagccctttcctttttggtggtttcactctctcctatcagtattcgatagagcaccttaattcagcctata 24196069  T
Q  302 ggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgg 401  Q
    |||| |||||||||||| | ||||||||||  || |||||||||| | ||||| ||||| | | | ||||||||||| |||| |||| |||| |||||||    
T  24196070 ggtagccctttccgtggcctaactctcaatataaacaccaattgtaatgacttgaacccataaagtgagcccaaccc-aaaatactaatccattaggtgg 24196168  T
Q  402 gagaacctcatggtttaagtaccac 426  Q
    | || |||||| | ||||| |||||    
T  24196169 gggagcctcatagcttaagcaccac 24196193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 48 - 168
Target Start/End: Original strand, 34373894 - 34374013
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    ||||||||||||||| | |||| |||||||||| ||||||| ||||| |||| || ||||||||||| || ||||||||| |||||| |||||| |||||    
T  34373894 tgttaggacttaagc-catgagaagagcccaacgcaaaagactagtccaatatgtaggagaacctcacggcttaagtaccacatcaagcactttaatcta 34373992  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaaca 168  Q
    || ||| || ||||| |||||    
T  34373993 ctcgatatgagactcataaca 34374013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 119 - 291
Target Start/End: Original strand, 22576680 - 22576852
Alignment:
Q  119 ttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgt 218  Q
    |||| |||| |||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||  | || ||||| || |   |||||||||||||||     
T  22576680 ttaactaccacatcaagcatttttatctactcgatgtgggactcctaacattgccacgt--tttgagcgccgacgttcatggaaactttcactctatcgc 22576777  T
Q  219 cactgacccgatgatagccctttcct--ttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaat 291  Q
    |||| || ||||| |||||||||  |  ||||| || ||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||    
T  22576778 cactaactcgatgctagcccttttttgtttttggcgacttcactcacctatcagtattcggtggagcgccttaat 22576852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 161 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 27138982 - 27138785
Alignment:
Q  161 tcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgac-gactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttccttttt-gacggcttca 258  Q
    ||||||||||||||||  ||||| |||| |||||| ||| | || ||||| ||||||| ||| |||| ||||  | ||||||  ||||| |  |||||||    
T  27138982 tcctaacattgccacgttctttaagagccgacgtctacgccagattttcattctatcggcacggacctgatggcaacccttttattttttggtggcttca 27138883  T
Q  259 ctcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaa 356  Q
    || | ||| |||||||  ||| ||||||||||| |||| |||||||| | |||| | || ||||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||    
T  27138882 ctaatctatcagtattatgtgcaacaccttaatccaacctataggtagcacttttcatgatccaactctcatttaaagcactaattgttatgacttaa 27138785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 343 - 430
Target Start/End: Original strand, 34373596 - 34373682
Alignment:
Q  343 ttgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    ||||||||| |||| | | |||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||    
T  34373596 ttgttaggatttaagctcatgaggagagcccaatcc-aaaagactagtccaataggtgggagaacctcacgacttaagtactacatca 34373682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 50 - 168
Target Start/End: Original strand, 21008422 - 21008540
Alignment:
Q  50 ttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctact 149  Q
    ||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||  |||| | |||||||| || ||||     ||||||||| || |||||||||| || ||||    
T  21008422 ttaggacttaaacccatgaggagagcccaacccaaaagacaagtccattaggtgggggagcctcgtaacttaagtaccacaacaaacacttttatgtact 21008521  T
Q  150 tgatgtgggactcctaaca 168  Q
     |||||||||||| |||||    
T  21008522 cgatgtgggactcttaaca 21008540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 365 - 430
Target Start/End: Original strand, 15937831 - 15937895
Alignment:
Q  365 ggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    ||||| |||||||||||| ||||| |||| |||||||||||  ||||||| |||||||||||||||    
T  15937831 ggagatcccaacccaaaa-gactagtccattaggtgggagagactcatggcttaagtaccacatca 15937895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 393 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 9410598 - 9410547
Alignment:
Q  393 aataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatcatacactatgatcta 444  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||||    
T  9410598 aatagatgggagaacctcatggtttaagtattacatcaaacactttgatcta 9410547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 81 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 34074378 - 34074291
Alignment:
Q  81 ccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaaca 168  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| |  ||||||| | ||||||  | ||||||||||| |||||| || ||||||||    
T  34074378 ccaaaagactagtccaataggtgggagagcctcatgccttaagtatcacatcaagtattttgatctactcgatgtgagaatcctaaca 34074291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 380 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 34074376 - 34074326
Alignment:
Q  380 aaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||  ||||||| |||||||    
T  34074376 aaaagactagtccaataggtgggagagcctcatgccttaagtatcacatca 34074326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 104 - 356
Target Start/End: Original strand, 13843672 - 13843923
Alignment:
Q  104 ggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacga 203  Q
    ||||||||||| || ||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||| || | ||||| |||||||||||||||  ||| |||||||||||||     
T  13843672 ggagaacctcatggcttaagtaccacattaagcactttgatctactcgatgtgagatttctaac-ttgccacgccctttaaaagctgacgtccacgacgg 13843770  T
Q  204 ctttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatatagg 303  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||   ||||||    
T  13843771 ctttcactctatctgcactgacccgatggtagccctttcttttttgacggcttcactcacctatcagtattcgatggaacaccttaatccagtctatagg 13843870  T
Q  304 taaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaa 356  Q
    || ||||||| ||||||||||| |||| || ||||||||||||| ||||||||    
T  13843871 tagccctttcggtggtccaactttcaacgagagcaccaattgttgggacttaa 13843923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 228 - 351
Target Start/End: Original strand, 2706390 - 2706513
Alignment:
Q  228 gatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactct 327  Q
    |||| |||||||||| |||||| |||||| ||||||||| | ||||||||||||||| |||||| || | |||| ||| | ||||  |||||||||||||    
T  2706390 gatggtagccctttcttttttggcggctttactcacctatcggtattcggtggaacatcttaatccagcctataagtagctctttttgtggtccaactct 2706489  T
Q  328 caatgaaagcaccaattgttagga 351  Q
    ||||||||||| | ||||||||||    
T  2706490 caatgaaagcatcgattgttagga 2706513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 39 - 168
Target Start/End: Original strand, 3870760 - 3870889
Alignment:
Q  39 caaacaaagtgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacac 138  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||| ||||   | ||||||||| |||||| ||     
T  3870760 caaacaatgtgttaggacttaagcccatgaggagagcccaacccaaaagactagtccaaatggtgggagagcctcgtagcttaagtaccacatcaagcat 3870859  T
Q  139 tttgatctacttgatgtgggactcctaaca 168  Q
    ||  ||||||| |||||| |||||||||||    
T  3870860 ttaaatctactcgatgtgagactcctaaca 3870889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 47 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 7407945 - 7407876
Alignment:
Q  47 gtgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaag 116  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||    
T  7407945 gtgttaggacttaagcccatgaggagagcccaacccaaaaaactagtccaataggtgggagaacctcaag 7407876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 344 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 7407944 - 7407878
Alignment:
Q  344 tgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctca 411  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  7407944 tgttaggacttaagcccatgaggagagcccaacccaaaaa-actagtccaataggtgggagaacctca 7407878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 163 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 25315452 - 25315263
Alignment:
Q  163 ctaacattgccacgccctttag----gagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttca 258  Q
    ||||||||||||||| |||||     ||||||||||||||||  ||||||   |||| | |||||||  ||||  | ||||||||| |||  ||||||||    
T  25315452 ctaacattgccacgctctttaattaagagcagacgtccacgataactttcgtcctattgacactgacttgatggcaaccctttcctattttgcggcttca 25315353  T
Q  259 ctcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgtta 348  Q
    |||||||| || ||||| ||||| ||  | ||| ||   |||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  25315352 ctcacctatcaatattcagtggagcatttcaatccagtctataggtagccctttctgtgatccaactctcaatgaaagcaccgattgtta 25315263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 344 - 430
Target Start/End: Original strand, 3870769 - 3870854
Alignment:
Q  344 tgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||  ||||||||| |||| | | |||||||||||||||    
T  3870769 tgttaggacttaagcccatgaggagagcccaaccc-aaaagactagtccaaatggtgggagagcctcgtagcttaagtaccacatca 3870854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 114 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 7400889 - 7400837
Alignment:
Q  114 aaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaa 166  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  7400889 aaggcttaagtaccacatcaaacactttgatatactcgatgtgggactcctaa 7400837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 84 - 168
Target Start/End: Original strand, 19997100 - 19997184
Alignment:
Q  84 aaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaaca 168  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| || | |  ||||||||| |||||| || |||||| |||| |||||| || ||||||||    
T  19997100 aaagactagtctaataggtgggagaatcttaggacttaagtaccacatcaagcattttgatatactcgatgtgagattcctaaca 19997184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 272 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 19214632 - 19214523
Alignment:
Q  272 attcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggagagc 371  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||  |||| || || |||  ||||||||||||| || || ||||| | |||||||||||||||||| | | |||| |    
T  19214632 attcggtggaacactttaatccaacccatagatagccttttt-gtggtccaactctgaacgagagcactagttgttaggacttaaacccataaagagatc 19214534  T
Q  372 ccaacccaaaa 382  Q
    |||||| ||||    
T  19214533 ccaacctaaaa 19214523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 326 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 15002277 - 15002221
Alignment:
Q  326 ctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaa 382  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||  || |||| |||||| |||||||||    
T  15002277 ctcaatgaaaacaccaattgttatgacttaagtccatgagtagagcctaacccaaaa 15002221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 121; Significance: 8e-62; HSPs: 22)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 48 - 336
Target Start/End: Original strand, 10321573 - 10321861
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    ||||| ||||||||  | |||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||  |||| ||||| || ||||||||| ||||||||||||| || ||    
T  10321573 tgttaagacttaaggccatgaggagagctcaactcaaaagattagtccaataggtaagagagcctcatggcttaagtaccacatcaaacacttttattta 10321672  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttt 247  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||| | ||||||||||||| |||| ||| |||| |||| || |||||||    
T  10321673 tctgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaagaacagatgtccacgacaattttcactctatcggcactaacctgatggtagctctatcctttt 10321772  T
Q  248 tgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaag 336  Q
    || ||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||| || | |||| ||| || |||| ||||||||||||||||| ||||    
T  10321773 tggcggctacactcacctatcagtaatcggtggagcactttaatccagcctatatgtagccatttctgtggtccaactctcaataaaag 10321861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 48 - 296
Target Start/End: Original strand, 22586966 - 22587214
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    ||||||||||||||| | |||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||||| || ||||||||  ||||||||||||| |  ||    
T  22586966 tgttaggacttaagcccatgagaagagccaaacccaaaagactagtccaataggtgtgagagcctcatggcttaagtactacatcaaacacttttagtta 22587065  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttt 247  Q
    || |||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||  | ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||| | |||||||||||||    
T  22587066 ctcgatgtgggactcgtaacattgtcacgccctttaagagtcggcgtccacgacgtctttccctctatcggcactgacctgatggttgccctttcctttt 22587165  T
Q  248 tgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaac 296  Q
    || | |||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| ||||    
T  22587166 tggcagcttcactcacctatcagtattcggtggcgcaccttaatccaac 22587214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 205 - 436
Target Start/End: Original strand, 22598923 - 22599153
Alignment:
Q  205 tttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggt 304  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |      
T  22598923 tttcactctatcggcactgacccgatggtagccctttcctttttgacgacttcactcatctatcagtattcggtggaacaccttaatccaacctatggaa 22599022  T
Q  305 aaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggag 404  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| | ||  ||| || ||||||||| |||||||| || |||    
T  22599023 aactctttccatggtccaactctcaatgaatgcaccaattgttaggacttaagcccatgagaaaagttcaa-cctaaaagactagtccaatagatgagag 22599121  T
Q  405 aacctcatggtttaagtaccacatcatacact 436  Q
    | |||||||  |||||||||| |||| |||||    
T  22599122 agcctcatgacttaagtaccatatcaaacact 22599153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 129 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 36976258 - 36975947
Alignment:
Q  129 catcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccg 228  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || ||| |||| ||   |||   |||||||||||||||| ||||| ||| || ||     
T  36976258 catcaaacactttgatctactcgatgtgagactcctaacattgtcatgccgtttaagattcgac---cacgacgactttcactatatcgacac-gatcca 36976163  T
Q  229 atgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctacca-gtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactct 327  Q
    ||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||| || | |||| |||  ||||| | |||||||||| |    
T  36976162 atggtagccctttccttttttatggcttcactcacctatcacgtattcagtggaacaccttaatccagcttataagtagtccttttcatggtccaacttt 36976063  T
Q  328 caatgaaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccaca 427  Q
    |||||||||||  ||||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||||| ||| |||  |||| |||||||    
T  36976062 caatgaaagcaaaaattgttaggatttaagcccatgaggagagcctaaccc-aaaagactagtccaacaggtgggagagccttatgacttaaataccaca 36975964  T
Q  428 tcatacactatgatcta 444  Q
    ||| ||||| |||||||    
T  36975963 tcaaacactttgatcta 36975947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 48 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 36976046 - 36975743
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    |||||||| |||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||| ||| | |  |||| |||| |||||||||||||||||||    
T  36976046 tgttaggatttaagcccatgaggagagcctaacccaaaagactagtccaacaggtgggagagccttatgacttaaataccacatcaaacactttgatcta 36975947  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttt 247  Q
    || |||||||||||||||||| ||  | || ||||| |||| |||||||||||||  ||||||||| ||| | ||||  ||||||||| |||||  ||||    
T  36975946 ctcgatgtgggactcctaacactgttatgctctttaagagccgacgtccacgacggttttcactct-tcgactctgattcgatgatagtccttttatttt 36975848  T
Q  248 tgacggcttcactcacctacca-gtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgt 346  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||   ||||||||||| || || | |||| ||| || |||| | ||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  36975847 tgacggcttcactcacctatcaggtatttaatggaacaccttgatccagcttataagtagccttttctgaggtccaactttcaatgaaagcacaaattgt 36975748  T
Q  347 tagga 351  Q
     ||||    
T  36975747 aagga 36975743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 193 - 382
Target Start/End: Original strand, 15225971 - 15226160
Alignment:
Q  193 gtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttga-cggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaat 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||| ||| |||||||| ||| | |||||||||| ||  | |||||||||||| |||||||||||    
T  15225971 gtccacgacgactttcactctatcgacaatgatccgatggtagtcctttcctattttagcggcttcactaactcatcagtattcggtg-aacaccttaat 15226069  T
Q  292 tcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaa 382  Q
     |||| |||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||    
T  15226070 ccaacctataggtagccttttccgtggtccaactctcaattaaaacatcaattgttaggacttaagcccatgaggagagctcaatccaaaa 15226160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 48 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 10567459 - 10567338
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||| |  ||||||| | |||||| ||||||||| ||    
T  10567459 tgttaggacttaagcccatgaggagagcccaacccaaaagactagtgcaataggtgggagaacctcatgccttaagtatcacatcaagcactttgatata 10567360  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaacat 169  Q
    ||  ||||||||||||||||||    
T  10567359 ctcaatgtgggactcctaacat 10567338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 81 - 436
Target Start/End: Original strand, 32064427 - 32064782
Alignment:
Q  81 ccaaaagattagtctaataggtgg-gagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtgggactcctaacattgccacgccc 179  Q
    |||||| ||||||| | ||||||| |||| | ||| ||||||| |||| ||||||||||||| || || |||||| | ||||||||||||||||||   |    
T  32064427 ccaaaaaattagtccattaggtggagagagcatcacggtttaaataccacatcaaacacttttatttatttgatgcgtgactcctaacattgccacattc 32064526  T
Q  180 tttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtg 279  Q
    ||||  |   |||||||| |    |||||| |||||||  ||||| | |||| || | |||| | ||||| | |||||||  ||||| |||||||||||     
T  32064527 tttaaaaattgacgtccatggtagctttcattctatcgatactgatcagatggtaactcttttccttttggcagcttcacatacctatcagtattcggta 32064626  T
Q  280 gaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaaccca 379  Q
    || || ||||||||| ||| |||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||   |  |||||||  |||| |||    
T  32064627 gaccatcttaattcagcatctaggtaactctttatgtgggccaactctcaatgaaagcaaaaattgttaggatttaagttcacgaggagaatccaatcca 32064726  T
Q  380 aaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatcatacact 436  Q
    |||| |||| || | |||||  |||||  |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  32064727 aaaa-actaatctattaggtaagagaatgtcatagtttaagtaccacatcaaacact 32064782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 203 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 36975693 - 36975527
Alignment:
Q  203 actttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccag-tattcggtggaacaccttaattcaacatata 301  Q
    ||||||||||| ||| |||||| ||||||| | |||||| |||||| | |||| |||||||||| ||| ||||| ||||||| ||||||| || | ||||    
T  36975693 actttcactct-tcgacactgatccgatgacaacccttttcttttttatggctacactcacctatcaggtattcagtggaaccccttaatccagcttata 36975595  T
Q  302 ggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggaga 369  Q
     ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| |||| ||| ||| ||||    
T  36975594 agtagccctttccgtggtccaactttcaatgaaagaacaaattgttaggatttaagcccatgaagaga 36975527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 48 - 168
Target Start/End: Original strand, 15173456 - 15173576
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| ||||| || ||||||||| |||||| |||||| | |||    
T  15173456 tgttaggacttaagcccatgaggagagcccaacccaaaagactagtccaaaaggtgggagagcctcatgggttaagtaccacatcaagcacttttagcta 15173555  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaaca 168  Q
    |  | |||||||||| |||||    
T  15173556 cccggtgtgggactcttaaca 15173576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 344 - 430
Target Start/End: Original strand, 15173456 - 15173541
Alignment:
Q  344 tgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  15173456 tgttaggacttaagcccatgaggagagcccaacccaaaa-gactagtccaaaaggtgggagagcctcatgggttaagtaccacatca 15173541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 143 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 35946670 - 35946430
Alignment:
Q  143 atctacttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttc 242  Q
    |||||| ||||| |||||| ||||||||| || | | || |  ||| ||| ||||||||||||||||||||| || || | |||||||  ||||||||||    
T  35946670 atctacctgatgcgggacttctaacattgtcatgtctttaaaaagctgacatccacgacgactttcactctaccgacattaacccgatagtagccctttc 35946571  T
Q  243 ctttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaa 342  Q
     ||||||  |||||| |||||||| |||| |||| |||| ||| ||||| |||| |||| ||| || ||||| || |||| ||| | | || || |||||    
T  35946570 ttttttggaggcttctctcacctatcagtgttcgttggagcactttaatccaacttataagtagccatttccctgatccagctcactacgagagtaccaa 35946471  T
Q  343 ttgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaa 383  Q
    |||||| |  |||||||| |||| |||| | ||||||||||    
T  35946470 ttgttaaggtttaaacccatgagtagagtctaacccaaaaa 35946430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 201 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 36975498 - 36975266
Alignment:
Q  201 cgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcctttttgacggcttcactcacctaccag-tattcggtggaacaccttaattcaacata 299  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| |||||||   ||||||  ||||||| |||| |||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||  |   ||    
T  36975498 cgactttcactct-tcgacactgatccgatgactaccctttt-tttttgatggctccactcacctatcaggtattccgtggaacaccttaatctaggtta 36975401  T
Q  300 taggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggt 399  Q
    || ||| ||||||| |||||||| || ||||| ||||||| ||||||| ||| |||| ||| ||| ||||||||||||| ||||||||| | |||||| |    
T  36975400 taagtagccctttctgtggtccagctttcaatcaaagcacaaattgttggga-ttaagcccatgaagagagcccaaccc-aaaagactagttcaatagat 36975303  T
Q  400 gggagaacctcatggtttaagtaccacatcatacact 436  Q
    |||||| ||| |||  |||| ||| |||||| |||||    
T  36975302 gggagagccttatgacttaaatactacatcaaacact 36975266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 343 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 10567460 - 10567374
Alignment:
Q  343 ttgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||    
T  10567460 ttgttaggacttaagcccatgaggagagcccaaccc-aaaagactagtgcaataggtgggagaacctcatgccttaagtatcacatca 10567374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 342 - 436
Target Start/End: Original strand, 22586964 - 22587057
Alignment:
Q  342 attgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatcatacact 436  Q
    ||||||||||||||| ||| |||| |||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  22586964 attgttaggacttaagcccatgagaagagccaaacccaaaa-gactagtccaataggtgtgagagcctcatggcttaagtactacatcaaacact 22587057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 47 - 144
Target Start/End: Original strand, 39569916 - 39570013
Alignment:
Q  47 gtgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgat 144  Q
    |||||||||||||||  | |||||||||  ||| |||| ||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||    
T  39569916 gtgttaggacttaagtccatgaggagagttcaatccaagagactagtccaataggtggaagaacctcaaggtttaagtactacatcaagcactttgat 39570013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 57 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 36975348 - 36975237
Alignment:
Q  57 ttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatctacttgatgtg 156  Q
    |||||| | ||| ||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||| ||| | |  |||| |||  ||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  36975348 ttaagcccatgaagagagcccaacccaaaagactagttcaatagatgggagagccttatgacttaaatactacatcaaacactttaatctactcgatgtg 36975249  T
Q  157 ggactcctaaca 168  Q
    ||||||||||||    
T  36975248 ggactcctaaca 36975237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 344 - 430
Target Start/End: Original strand, 39569917 - 39570002
Alignment:
Q  344 tgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatca 430  Q
    |||||||||||||  || |||||||||  ||| |||| | ||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  39569917 tgttaggacttaagtccatgaggagagttcaatccaaga-gactagtccaataggtggaagaacctcaaggtttaagtactacatca 39570002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 48 - 169
Target Start/End: Original strand, 22599062 - 22599183
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    ||||||||||||||| | |||| | ||  ||||| |||||| ||||| ||||| || |||| ||||| |  |||||||||  |||||||||||| |  ||    
T  22599062 tgttaggacttaagcccatgagaaaagttcaacctaaaagactagtccaatagatgagagagcctcatgacttaagtaccatatcaaacacttttagtta 22599161  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaacat 169  Q
    |  |||||||||||||||||||    
T  22599162 cccgatgtgggactcctaacat 22599183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 344 - 436
Target Start/End: Original strand, 10321573 - 10321664
Alignment:
Q  344 tgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatcatacact 436  Q
    ||||| |||||||  || |||||||||| |||| ||||| || || ||||||||||  |||| |||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  10321573 tgttaagacttaaggccatgaggagagctcaactcaaaa-gattagtccaataggtaagagagcctcatggcttaagtaccacatcaaacact 10321664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 48 - 170
Target Start/End: Original strand, 15226122 - 15226244
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||| ||| |||||||| ||||| | ||  ||| ||| |||||  | ||||||||| | ||   |||||| |||||    
T  15226122 tgttaggacttaagcccatgaggagagctcaatccaaaagaatagtccattaattggcagagcctcatagcttaagtaccacgtcgggcacttttatcta 15226221  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaacatt 170  Q
    ||||||| | |||| ||||||||    
T  15226222 cttgatgagagacttctaacatt 15226244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 333 - 381
Target Start/End: Original strand, 16023566 - 16023614
Alignment:
Q  333 aaagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaa 381  Q
    |||||||||| |||||| |||||| ||| |||| |||||||||||||||    
T  16023566 aaagcaccaaatgttagaacttaatcccatgagcagagcccaacccaaa 16023614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1212 (Bit Score: 86; Significance: 6e-41; HSPs: 1)
Name: scaffold1212
Description:

Target: scaffold1212; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 145 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 2090 - 1898
Alignment:
Q  145 ctacttgatgtgggactcctaacattgccacgccctttaggagcagacgtccacgacgactttcactctatcgtcactgacccgatgatagccctttcct 244  Q
    ||||| || ||| ||||||||| ||||||||  |||||| |||| |||||||||| ||||||| |||||| || ||||||||||||| |||| |||||||    
T  2090 ctactcgacgtgagactcctaatattgccacatcctttaagagccgacgtccacggcgacttttactctaccgacactgacccgatggtagctctttcct 1991  T
Q  245 ttttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagca 338  Q
    ||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||||  ||| || || | |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1990 ttttggcggcttcactcacctattagtattgggtggaacttctt-atccagcctataggtagccctttccatggtccaactctcaatgaaagca 1898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 2)
Name: scaffold0251
Description:

Target: scaffold0251; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 48 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 12720 - 12598
Alignment:
Q  48 tgttaggacttaagctcgtgaggagagcccaacccaaaagattagtctaataggtgggagaacctcaaggtttaagtaccgcatcaaacactttgatcta 147  Q
    ||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| || ||||||| | |||||| ||||||||||||    
T  12720 tgttaggacctaagcccatgaggagagcccaacccaaaagactagtccaataggtggaagaacctcatggcttaagtaacacatcaagcactttgatcta 12621  T
Q  148 cttgatgtgggactcctaacatt 170  Q
    || ||||||||||||||||||||    
T  12620 ctcgatgtgggactcctaacatt 12598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 334 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 12730 - 12621
Alignment:
Q  334 aagcaccaattgttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaaaagactactccaataggtgggagaacctcatggtttaagtaccacatcatac 433  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||  |    
T  12730 aagcatcaattgttaggacctaagcccatgaggagagcccaacccaaaa-gactagtccaataggtggaagaacctcatggcttaagtaacacatcaagc 12632  T
Q  434 actatgatcta 444  Q
    ||| |||||||    
T  12631 actttgatcta 12621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0781 (Bit Score: 56; Significance: 5e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0781
Description:

Target: scaffold0781; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 246 - 381
Target Start/End: Original strand, 559 - 694
Alignment:
Q  246 tttgacggcttcactcacctaccagtattcggtggaacaccttaattcaacatataggtaaccctttccgtggtccaactctcaatgaaagcaccaattg 345  Q
    ||||| |||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||| | |||||| |||||| ||||||||| || |||||||||||    
T  559 tttgatggcttcactcacttattagtattcggtggaacaccttaatccaacctatgggtgatcctttctgtggtctaactctcaacgagagcaccaattg 658  T
Q  346 ttaggacttaaacccgtgaggagagcccaacccaaa 381  Q
    || ||| |||||  | ||| |||||| |||||||||    
T  659 ttcggatttaaattcatgaagagagctcaacccaaa 694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 554 times since January 2019
Visitors: 6704