View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0925_low_57 (Length: 364)

Name: NF0925_low_57
Description: NF0925
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0925_low_57
NF0925_low_57
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (30-351)||(4689404-4689726)
chr8 (125-312)||(4775971-4776158)
chr8 (126-351)||(4681923-4682149)
chr8 (125-351)||(4746052-4746278)
chr8 (126-296)||(4716046-4716213)
chr8 (125-332)||(4737273-4737480)
chr8 (126-332)||(4912889-4913093)
chr8 (126-332)||(4900483-4900689)
chr8 (126-328)||(4996924-4997126)
chr8 (125-300)||(10447862-10448034)
chr8 (126-312)||(21438855-21439038)
chr8 (127-332)||(4704011-4704216)
chr8 (134-311)||(4923562-4923736)
chr8 (126-291)||(4726718-4726883)
chr8 (125-295)||(4889466-4889633)
chr8 (125-311)||(4874691-4874877)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 30 - 351
Target Start/End: Original strand, 4689404 - 4689726
Alignment:
Q  30 atctataattagggatggaaaatttgtgtgtaaagtaaattatgtgaaaattgtcttgaaatccttctcaactgnnnnnnnnnnnnnn-ctttctctaat 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               |||||||||||    
T  4689404 atctataattagggatggaaaatttgtgtgtaaagtaaattatgtgaaaattgtcttgaaatccttctcaactgtttttttttctttctctttctctaat 4689503  T
Q  129 accaaatactagttgatactattacaaacattaagaaggcctatggagtggctagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaattatatgtggga 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4689504 accaaatactagttgatactattacaaacattaagaaggcctatggagtggctagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaattatatgtggga 4689603  T
Q  229 aggcctaaattgtagtattgatgatgccaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttacaatcacttcaataaaccataataaattcaaaaactt 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4689604 aggcctaaattgtagtattgatgatgccaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttacaatcacttcaataaaccataataaattcaaaaactt 4689703  T
Q  329 caataacctctaatgttatatat 351  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  4689704 caataacctctaatgttatatat 4689726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 125 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 4776158 - 4775971
Alignment:
Q  125 taataccaaatactagttgatactattacaaacattaagaaggcctatggagtggctagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaattatatgt 224  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  4776158 taatacaaaatactagttgataatatcacaaacatcaagaatgcttatggagtgactagaaattggcaaggagatccatgtgcccctgtgaattatatgt 4776059  T
Q  225 gggaaggcctaaattgtagtattgatgatgccaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttacaatcacttcaataaaccata 312  Q
    ||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||    
T  4776058 gggaaggcctaaactgtagcactgatgatgacaataatcccccaagaatcacatctttgtaagtttacaatcccttaaattaaccata 4775971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 126 - 351
Target Start/End: Original strand, 4681923 - 4682149
Alignment:
Q  126 aataccaaatactagttgatactattacaaacattaagaaggcctatggagtggctagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaattatatgtg 225  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||    
T  4681923 aatacgaaatactagttgatactatgagaaacatcaagaaggcctatggggtggctagaaattggcagggagatccatgtggtccagtaaactatatgtg 4682022  T
Q  226 ggaaggcctaaattgtagtattgatgatgccaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttacaatcacttcaataaaccata---ataaattcaa 322  Q
    |||||||||||| || ||| |   ||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||   ||||||||||    
T  4682023 ggaaggcctaaactgcagtct---tgatggcaataacatcccaagaatcacatctttgtaagtttacaatcccttaaataaatcatatgcataaattcaa 4682119  T
Q  323 aaacttcaa-taacctctaatgttatatat 351  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||    
T  4682120 aaacttcaagtatcctctaatgttatatat 4682149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 125 - 351
Target Start/End: Original strand, 4746052 - 4746278
Alignment:
Q  125 taataccaaatactagttgatactattacaaacattaagaaggcctatggagtggctagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaattatatgt 224  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  4746052 taatacgaaatactagttgatactatcacaaacatcaagaatgcttatggggttgcgagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgcagtatatgt 4746151  T
Q  225 gggaaggcctaaattgtagtattgatgatgccaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttacaatcacttcaataaaccata---ataaattc- 320  Q
     |||| ||||||| || |||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  ||||    |||||||   ||||||||     
T  4746152 aggaatgcctaaactgcagtattgatggtggaaataaccccccaagaatcacatatttgtaagtttataattccttc----aaccatatgcataaattca 4746247  T
Q  321 aaaaacttcaataacctctaatgttatatat 351  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4746248 aaaaacttcaataacctctaatgttatatat 4746278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 126 - 296
Target Start/End: Original strand, 4716046 - 4716213
Alignment:
Q  126 aataccaaatactagttgatactattacaaacattaagaaggcctatggagtggctagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaattatatgtg 225  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||  | ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4716046 aatacaaaatactagttgatactatcacaaacatcaagaatacttatggggtgactagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaattatatgtg 4716145  T
Q  226 ggaaggcctaaattgtagtattgatgatgccaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttacaatc 296  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||| | ||| |  |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4716146 ggaaggcctaaattgtagtat---tgatggctatagcatcccaagaatcacatctctgtaagtttacaatc 4716213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 125 - 332
Target Start/End: Original strand, 4737273 - 4737480
Alignment:
Q  125 taataccaaatactagttgatactattacaaacattaagaaggcctatggagtggctagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaattatatgt 224  Q
    |||||| |||||| |||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  4737273 taatactaaataccagttgatactatgacaaacatcaagaatgcttatggtgtggcaagaaattggcaaggagatccatgtgcccctgtgaattacatgt 4737372  T
Q  225 gggaaggcctaaattgtagtattgatgatgccaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttacaatcacttcaataaaccata---ataaattca 321  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||    |||||||   |||||||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||||||||   |||||||||    
T  4737373 gggaaggcctaaactgtagtagtgatgg---caataacattccaagaatcacatctttgtaagtttataattccttaaataaaccatatgcataaattca 4737469  T
Q  322 aaaacttcaat 332  Q
    |||||||||||    
T  4737470 aaaacttcaat 4737480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 126 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 4913093 - 4912889
Alignment:
Q  126 aataccaaatactagttgatactattacaaacattaagaaggcctatggagtggctagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaattatatgtg 225  Q
    ||||||||||| ||||| || |||| |||||||| ||| | || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4913093 aataccaaataatagttaatgctatcacaaacatcaaggatgcttatgtggtggctagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaattatatgtg 4912994  T
Q  226 ggaaggcctaaattgtagtattgatgatgccaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttacaatcacttcaataaaccata-ataaattcaaaa 324  Q
    |||||||||||| |||||||||   |||| | ||| |   ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| ||||||||||| |||||||||| |    
T  4912993 ggaaggcctaaactgtagtatt---gatggctatagcattccaagaatcacatctttgtaagtttaccattccttaaataaaccatacataaattcaaga 4912897  T
Q  325 acttcaat 332  Q
    ||||||||    
T  4912896 acttcaat 4912889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 126 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 4900689 - 4900483
Alignment:
Q  126 aataccaaatactagttgatactattacaaacattaagaaggcctatggagtggctagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaattatatgtg 225  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4900689 aataccaaatgctagttgatactatcacaaacatcaaggatgcttatggggtggctagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaaatatatgtg 4900590  T
Q  226 ggaaggcctaaattgtagtattgatgatgccaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttacaatcacttcaataaaccata---ataaattcaa 322  Q
    ||||| |||||| |||||||||   |||| | ||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||  ||   |||| |||||    
T  4900589 ggaagtcctaaactgtagtatt---gatggctatagcattccaagaatcacatctttgtaagtttacaattccttaaataaactgtatgcataacttcaa 4900493  T
Q  323 aaacttcaat 332  Q
    ||||||||||    
T  4900492 aaacttcaat 4900483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 126 - 328
Target Start/End: Original strand, 4996924 - 4997126
Alignment:
Q  126 aataccaaatactagttgatactattacaaacattaagaaggcctatggagtggctagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaattatatgtg 225  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| | |||||| |||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  4996924 aatactaaatactagttgatactatcataaacatcaagaacacttatggggtggctagaaattggcaaggagatccatgtgcccctgtgaattatatgtg 4997023  T
Q  226 ggaaggcctaaattgtagtattgatgatgccaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttacaatcacttcaataaaccata---ataaattcaa 322  Q
    |||||||||||| || ||| |   ||||| |||||||  ||||||||||||||||||||| ||||| |||  ||| |||||||||||   ||||||||||    
T  4997024 ggaaggcctaaactgcagtct---tgatggcaataacatcccaagaatcacatctttgtaggtttataattccttaaataaaccatatgcataaattcaa 4997120  T
Q  323 aaactt 328  Q
    ||||||    
T  4997121 aaactt 4997126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 125 - 300
Target Start/End: Original strand, 10447862 - 10448034
Alignment:
Q  125 taataccaaatactagttgatactattacaaacattaagaaggcctatggagtggctagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaattatatgt 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  10447862 taataccaaatactagttgatactatcacaaacatcaagaatgcttatgggatggctagaaattggaatggagatccatgtggtccagtgaagtatatgt 10447961  T
Q  225 gggaaggcctaaattgtagtattgatgatgccaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttacaatcactt 300  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||    |||||||   | |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10447962 gggaaggcctaaactgtagtattgatgg---caataacattcaaagaatcacatctttgtaagtttagaatcactt 10448034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 126 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 21439038 - 21438855
Alignment:
Q  126 aataccaaatactagttgatactattacaaacattaagaaggcctatggagtggctagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaattatatgtg 225  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||| | || |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  21439038 aataccaaatactagttgatgctatcacaaacgtcaaggatgcttataaggtggctagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgggaattatatgtg 21438939  T
Q  226 ggaaggcctaaattgtagtattgat-gatgccaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttacaatcacttcaataaaccata 312  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||    ||| |  |||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| |||||||||||    
T  21438938 ggaaggcctaaattgtagcattgatggat----atagcatcccaagaatcacatctttgtaagtttactattccttaaataaaccata 21438855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 127 - 332
Target Start/End: Original strand, 4704011 - 4704216
Alignment:
Q  127 ataccaaatactagttgatactattacaaacattaagaaggcctatggagtggctagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaattatatgtgg 226  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |  || || |||||  | ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  4704011 atacgaaatactagttgatactatcatgaatatcaagaacacttatggggtgtctagaaattggcaaggagatccatgtgtccctgtgaattacatgtgg 4704110  T
Q  227 gaaggcctaaattgtagtattgatgatgccaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttacaatcacttcaataaaccata---ataaattcaaa 323  Q
    |||||| |||| |||| |||   ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||   ||||||||||     
T  4704111 gaaggcgtaaactgtactat---tgatgccaatagcatcccaagaatcacatctttgtaagtttacaatcccttaaataaatcatatccataaattcaag 4704207  T
Q  324 aacttcaat 332  Q
    |||||||||    
T  4704208 aacttcaat 4704216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 134 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 4923736 - 4923562
Alignment:
Q  134 atactagttgatactattacaaacattaagaaggcctatggagtggctagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaattatatgtgggaaggcc 233  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||| | ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  4923736 atactagttgatactatcacaaacatcaagaagacttatggggtggctaaaaattggcaaggagatccatgtggccctgtgaagtatatatgggaaggcc 4923637  T
Q  234 taaattgtagtattgat-gatgccaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttacaatcacttcaataaaccat 311  Q
    |||| || ||  ||||| |||    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||| ||||| ||||    
T  4923636 taaactgcagcgttgatggat----ataaccccccaagaatcacatctttgtaagtctactatcccttgaataagccat 4923562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 126 - 291
Target Start/End: Original strand, 4726718 - 4726883
Alignment:
Q  126 aataccaaatactagttgatactattacaaacattaagaaggcctatggagtggctagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaattatatgtg 225  Q
    |||||| ||||| |||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  4726718 aataccgaatacaagttgatactatgacaaacatcaagaatgcttatggggtgactaggaattggcagggagatccatgtggtcccgtgaaatatatgtg 4726817  T
Q  226 ggaaggcctaaattgtagtattgatgatgccaataaccccccaagaatcacatctttgtaagttta 291  Q
    ||||||| |||| || |||||||||| ||  |||||||||  |||||||| || ||||||||||||    
T  4726818 ggaaggcttaaactgcagtattgatggtggaaataaccccaaaagaatcatatatttgtaagttta 4726883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 125 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 4889633 - 4889466
Alignment:
Q  125 taataccaaatactagttgatactattacaaacattaagaaggcctatggagtggctagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaattatatgt 224  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||  || ||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||  |||    
T  4889633 taatacgaaatactagttgatactatcacaaacatcaagaatgcttatgggctgactagaaattgggaaggagatccatgtgcccctgtgaattacgtgt 4889534  T
Q  225 gggaaggcctaaattgtagtattgatgatgccaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttacaat 295  Q
    ||||||||||||| || |||||   ||||| |||||||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  4889533 gggaaggcctaaactgcagtat---tgatggcaataacatcccaagaatcatatctttgtaagtatacaat 4889466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 125 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 4874877 - 4874691
Alignment:
Q  125 taataccaaatactagttgatactattacaaacattaagaaggcctatggagtggctagaaattggcaaggagatccatgtggtcctgtgaattatatgt 224  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||   ||||     || ||||    
T  4874877 taatgccaaatactagttgatactatcacaaacatcaagaatgcttatggggtggaaagaaattggcaaggagatccatgttaccctgaagcatacatgt 4874778  T
Q  225 gggaaggcctaaattgtagtattgatgatgccaataaccccccaagaatcacatctttgtaagtttacaatcacttcaataaaccat 311  Q
    ||||||||||||| ||||||||  || ||   | |  |  ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||  ||||||||||    
T  4874777 gggaaggcctaaactgtagtatgcattatctgattggcggcccaagaatcctatctttgtaagtttacaatccctgaaataaaccat 4874691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 364 times since January 2019
Visitors: 6703