View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0925_low_7 (Length: 658)

Name: NF0925_low_7
Description: NF0925
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0925_low_7
NF0925_low_7
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (1-524)||(30264423-30264947)
chr4 (1-524)||(30287241-30287765)
chr4 (1-178)||(30271695-30271872)
chr4 (1-178)||(30304736-30304910)
chr4 (1-178)||(30280347-30280520)
chr4 (265-481)||(30271360-30271576)
chr4 (265-481)||(30280613-30280829)
chr4 (265-481)||(30304427-30304643)
chr4 (422-524)||(30048621-30048723)
chr4 (422-524)||(30062962-30063064)
chr4 (416-518)||(30032381-30032483)
chr4 (434-524)||(30228760-30228850)
chr4 (59-167)||(30219785-30219893)
chr4 (429-481)||(30220209-30220261)
[»] scaffold0024 (1 HSPs)
scaffold0024 (440-518)||(79601-79679)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 489; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 489; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 30264947 - 30264423
Alignment:
Q  1 tttgaagatgtaactgagccagtaagtccaagtggacaatacttcaacacccctcccctatgttcatatgtttttggatttttggaattagaaattccaa 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30264947 tttgaagatctaactgagccagtaagtccaagtggacaatatttcaacacccctcccctatgttcatatgtttttggatttttggaattagaaattccaa 30264848  T
Q  101 ttgatgactctcaagctatgtatttgatccaacatttgttcttacctatcaatccacgcttctcctccataatagtacgtacttttt-atgtgttttagt 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30264847 ttgatgactctcaagctatgtatttgatccaacatttgttcttacctatcaatccacgcttctcctccataatagtacgtacttttttatgtgttttagt 30264748  T
Q  200 gtttatatttccttacatatctatcatataacaaatattaacatgtgcatgtgcatgcaaccatgtatataggtgagagataaagatggaaatatgaaat 299  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30264747 gtttatatttccttacatatttatcatataacaaatattaacatgtgcatatgcatgcaaccatgtatataggtgagagataaagatggaaatatgaaat 30264648  T
Q  300 ggaaaaaagtagaggttaatccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtcaattgaattctatgatcatgattttgatgactatgt 399  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30264647 ggaaaaaagtagaggtaaatccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtcaattgaattctatgatcaagattttgatgactatgt 30264548  T
Q  400 gtcaaagatattaatagaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattc 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30264547 gtcaaagatattaatagaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattc 30264448  T
Q  500 aaacttcatcatgcacttgatgatg 524  Q
    ||||||||||||||||||| |||||    
T  30264447 aaacttcatcatgcacttggtgatg 30264423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 489; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 524
Target Start/End: Original strand, 30287241 - 30287765
Alignment:
Q  1 tttgaagatgtaactgagccagtaagtccaagtggacaatacttcaacacccctcccctatgttcatatgtttttggatttttggaattagaaattccaa 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30287241 tttgaagatctaactgagccagtaagtccaagtggacaatatttcaacacccctcccctatgttcatatgtttttggatttttggaattagaaattccaa 30287340  T
Q  101 ttgatgactctcaagctatgtatttgatccaacatttgttcttacctatcaatccacgcttctcctccataatagtacgtactttt-tatgtgttttagt 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30287341 ttgatgactctcaagctatgtatttgatccaacatttgttcttacctatcaatccacgcttctcctccataatagtacgtacttttttatgtgttttagt 30287440  T
Q  200 gtttatatttccttacatatctatcatataacaaatattaacatgtgcatgtgcatgcaaccatgtatataggtgagagataaagatggaaatatgaaat 299  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30287441 gtttatatttccttacatatttatcatataacaaatattaacatgtgcatatgcatgcaaccatgtatataggtgagagataaagatggaaatatgaaat 30287540  T
Q  300 ggaaaaaagtagaggttaatccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtcaattgaattctatgatcatgattttgatgactatgt 399  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30287541 ggaaaaaagtagaggtaaatccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtcaattgaattctatgatcaagattttgatgactatgt 30287640  T
Q  400 gtcaaagatattaatagaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattc 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30287641 gtcaaagatattaatagaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattc 30287740  T
Q  500 aaacttcatcatgcacttgatgatg 524  Q
    ||||||||||||||||||| |||||    
T  30287741 aaacttcatcatgcacttggtgatg 30287765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 30271872 - 30271695
Alignment:
Q  1 tttgaagatgtaactgagccagtaagtccaagtggacaatacttcaacacccctcccctatgttcatatgtttttggatttttggaattagaaattccaa 100  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||    
T  30271872 tttgaatatgtaaccgagccagtaagtccaagtggacaatacttcaacacaccacccctatgttcatatgttttcggatttttggaatcacaaattccaa 30271773  T
Q  101 ttgatgactctcaagctatgtatttgatccaacatttgttcttacctatcaatccacgcttctcctccataatagtac 178  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  30271772 ttgatgattctcaaactatgtatttgttccaacatgtcttcttacctatcaatccacgtttctcctccataatggtac 30271695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 30304910 - 30304736
Alignment:
Q  1 tttgaagatgtaactgagccagtaagtccaagtggacaatacttcaacacccctcccctatgttcatatgtttttggatttttggaattagaaattccaa 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || || ||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  30304910 tttgaagatgtaacagagccagtaagtccaagtggacaattcttcaatacaccacccttatgttcatatgttttcggatttttagaattagaaattccaa 30304811  T
Q  101 ttgatgactctcaagctatgtatttgatccaacatttgttcttacctatcaatccacgcttctcctccataatagtac 178  Q
    | || ||||||||| | ||||||||| ||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30304810 tggacgactctcaaacaatgtatttgttccaaaat---ttcttacctatcaatccacgcttctcctccataatggtac 30304736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 30280347 - 30280520
Alignment:
Q  1 tttgaagatgtaactgagccagtaagtccaagtggacaatacttcaacacccctcccctatgttcatatgtttttggatttttggaattagaaattccaa 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || ||| |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  30280347 tttgaagatctaactgagccagtaagtccaagtggacaattcttcaatacaccacccttatgttcatatg-tttcggatttttagaattagaaattccaa 30280445  T
Q  101 ttgatgactctcaagctatgtatttgatccaacatttgttcttacctatcaatccacgcttctcctccataatagtac 178  Q
    | || ||||||||| | ||||||||| ||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30280446 tggacgactctcaaacaatgtatttgttccaaaat---ttcttacctatcaatccacgcttctcctccataatggtac 30280520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 265 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 30271576 - 30271360
Alignment:
Q  265 tatataggtgagagataaagatggaaatatgaaatggaaaaaagtagaggttaatccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtca 364  Q
    ||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||| || ||  |||||||| |  | |||||| | |||||||||| ||| |||    
T  30271576 tatataggtgagagacaaagatggcaaaatgaaatggaaaaaggtagaggtgaagcctgaagatcatatgcacgttccaatattccctaaaagtgaatca 30271477  T
Q  365 attgaattctatgatcatgattttgatgactatgtgtcaaagatattaatagaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagt 464  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||  | || ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||| | || || |    
T  30271476 attgaattgtatgatcaatattttgatgattatgtgtcaaagattatgatggaaagaacaccacaagacaaaccactttgggaaatacatttaattaaat 30271377  T
Q  465 atccaacaagcaatgct 481  Q
    |||||||||| ||||||    
T  30271376 atccaacaagaaatgct 30271360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 265 - 481
Target Start/End: Original strand, 30280613 - 30280829
Alignment:
Q  265 tatataggtgagagataaagatggaaatatgaaatggaaaaaagtagaggttaatccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtca 364  Q
    |||||||||||||||| ||||||| || ||||  ||||||||| ||||||  || ||  |||||||| | ||||||||| | |||||||||| ||| |||    
T  30280613 tatataggtgagagatcaagatggcaaaatgatgtggaaaaaaatagaggcgaagcctgaagatcatatgaaggttccaatattccctaaaagtgaatca 30280712  T
Q  365 attgaattctatgatcatgattttgatgactatgtgtcaaagatattaatagaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagt 464  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||  | || ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| ||| | || || |    
T  30280713 attgaattgtatgatcaatattttgatgattatgtgtcaaagattatgatggaaagaacaccacaagacaaaccactttgggaaatgcatttaattaaat 30280812  T
Q  465 atccaacaagcaatgct 481  Q
    |||||||||||||||||    
T  30280813 atccaacaagcaatgct 30280829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 265 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 30304643 - 30304427
Alignment:
Q  265 tatataggtgagagataaagatggaaatatgaaatggaaaaaagtagaggttaatccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtca 364  Q
    |||||||||||||||| ||||||| || ||||  ||||||||| ||||||  || ||  |||||||| | ||||||||| | |||||||||| ||| |||    
T  30304643 tatataggtgagagatcaagatggcaaaatgatgtggaaaaaaatagaggcgaagcctgaagatcatatgaaggttccaatattccctaaaagtgaatca 30304544  T
Q  365 attgaattctatgatcatgattttgatgactatgtgtcaaagatattaatagaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagt 464  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||  | || ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| ||| | || || |    
T  30304543 attgaattgtatgatcaatattttgatgattatgtgtcaaagattatgatggaaagaacaccacaagacaaaccactttgggaaatgcatttaattaaat 30304444  T
Q  465 atccaacaagcaatgct 481  Q
    |||||||||||||||||    
T  30304443 atccaacaagcaatgct 30304427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 422 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 30048723 - 30048621
Alignment:
Q  422 acaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttgatg 521  Q
    |||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  30048723 acaccacaagataaaccactttgggaaattcatgttatcaattatccaacaaccaatgctgcttgcaccataatattcaaacttcatcatggacttggtg 30048624  T
Q  522 atg 524  Q
    |||    
T  30048623 atg 30048621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 422 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 30063064 - 30062962
Alignment:
Q  422 acaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttgatg 521  Q
    |||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  30063064 acaccacaagataaaccactttgggaaattcatgttatcaattatccaacaaccaatgctgcttgcaccataatattcaaacttcatcatggacttggtg 30062965  T
Q  522 atg 524  Q
    |||    
T  30062964 atg 30062962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 416 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 30032483 - 30032381
Alignment:
Q  416 gaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcac 515  Q
    ||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30032483 gaaagaacaccacaagataaaccactttgggaaattcatattatcaattatccaacaaccaatgaagcttgcaccataatattcaaacttcatcatgcac 30032384  T
Q  516 ttg 518  Q
    |||    
T  30032383 ttg 30032381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 434 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 30228850 - 30228760
Alignment:
Q  434 aaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttgatgatg 524  Q
    ||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  30228850 aaaccactttgggaaattcatattatcaattatccaacaaccaatgctgcttgcaccataatattcaaacttaatcatgcacttggtgatg 30228760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 59 - 167
Target Start/End: Original strand, 30219785 - 30219893
Alignment:
Q  59 tatgttcatatgtttttggatttttggaattagaaattccaattgatgactctcaagctatgtatttgatccaacatttgttcttacctatcaatccacg 158  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||||||||||||||||| ||| |||||  |||| |  || || | ||| | ||||||||||||||    
T  30219785 tatgttcatatgtttttgggtttctggaattagctattccaattgatgactcacaaactatgcctttgcttaaagatgtcttccttcctatcaatccacg 30219884  T
Q  159 cttctcctc 167  Q
     ||||||||    
T  30219885 tttctcctc 30219893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 429 - 481
Target Start/End: Original strand, 30220209 - 30220261
Alignment:
Q  429 aagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgct 481  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||| | || || ||||||||||||||||||    
T  30220209 aagataaacccctttgggaaattcatttgattaaatatccaacaagcaatgct 30220261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 440 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 79679 - 79601
Alignment:
Q  440 ctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttg 518  Q
    |||||||| |||||| |||| || ||||||||||  ||||| |||   ||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  79679 ctttgggagatacatattattaaatatccaacaaaaaatgcagctggtaccttagtattcaaacttcatcatgcacttg 79601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 778 times since January 2019
Visitors: 6696