View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0928_high_76 (Length: 389)

Name: NF0928_high_76
Description: NF0928
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0928_high_76
NF0928_high_76
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (28-383)||(38249249-38249604)
chr3 (32-381)||(38254370-38254719)
chr3 (174-256)||(7861769-7861850)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (25-381)||(12036574-12036930)
chr6 (32-381)||(20656895-20657247)
chr6 (80-380)||(20655873-20656174)
chr6 (38-331)||(12035847-12036137)
chr6 (70-159)||(302489-302578)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (34-381)||(22177319-22177666)
chr2 (117-381)||(22169127-22169391)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (29-375)||(4355666-4356012)
chr1 (29-375)||(4674900-4675246)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (84-136)||(26816413-26816465)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 348; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 383
Target Start/End: Original strand, 38249249 - 38249604
Alignment:
Q  28 caaggaaggtgtgtggacaacaatggaaagtggtttttcatgtggtggtcgaaacatgaaatttgacatgcctgtgtttcacaaaggaggccttcatttt 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38249249 caaggaaggtgtgtggacaacaatggaaagtggtttttcatgtggtggtcgaaacatgaaatttgacatgcctgtgtttcacaaaggaggccttcatttt 38249348  T
Q  128 atctcagatagcgatccttactttgcaaaatctagtccattttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaatctcaactatgcttaagt 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38249349 atctcagatagcgatccttactttgcaaaatctagtccattttataagccatatataatgtcttataatatagagaacggaatctcaactatgcttaagt 38249448  T
Q  228 tgccaagggaagctataaaaggttgtcataatatgtgcaccatgggaatattcaattggggtaaaaagacaagttacaatagttcaatttgtttggtgaa 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38249449 tgccaagggaagctataaaaggttgtcataatatgtgcaccatgggaatattcaattggggtaaaaagacaagttacaatagttcaatttgtttggtgaa 38249548  T
Q  328 attaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcaggttcat 383  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38249549 attaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcaggttcat 38249604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 32 - 381
Target Start/End: Original strand, 38254370 - 38254719
Alignment:
Q  32 gaaggtgtgtggacaacaatggaaagtggtttttcatgtggtggtcgaaacatgaaatttgacatgcctgtgtttcacaaaggaggccttcattttatct 131  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||  | ||||||||  | ||||| | |||||| |||||||||||| ||| |||||||| ||| |||||||||||||||    
T  38254370 gaaggcgtgtggacaacaatgaaacatagtttttcacctagtggtaggaacatggaatttgacatgcatgtatttcacaagggatgccttcattttatct 38254469  T
Q  132 cagatagcgatccttactttgcaaaatctagtccattttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaatctcaactatgcttaagttgcc 231  Q
    ||||| ||| | ||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||      
T  38254470 cagattgcgcttcttacattgcaagatctagtcctttttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaatttcaaccatgattaagttgtg 38254569  T
Q  232 aagggaagctataaaaggttgtcataatatgtgcaccatgggaatattcaattggggtaaaaagacaagttacaatagttcaatttgtttggtgaaatta 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  38254570 aagggaagctataaaaggttgtcatattatgtgcaacatgggcatattcaactagggtaaaaagacaagttacaatagttctatttgtttggtgcaatta 38254669  T
Q  332 agtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcaggttc 381  Q
    || || |||||||| ||  ||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  38254670 agaaattctgttttcacggtttggtttataaaagactatgagtcaggttc 38254719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 174 - 256
Target Start/End: Original strand, 7861769 - 7861850
Alignment:
Q  174 agccatatataatgtcttataatctagagaatggaatctcaactatgcttaagttgccaagggaagctataaaaggttgtcat 256  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| || ||| | || ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  7861769 agccatatataatatcttatgatctagagagtgaaatataaattatgcttaagttgccta-ggaagctataaaaggttgtcat 7861850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 25 - 381
Target Start/End: Original strand, 12036574 - 12036930
Alignment:
Q  25 catcaaggaaggtgtgtggacaacaatggaaagtggtttttcatgtggtggtcgaaacatgaaatttgacatgcctgtgtttcacaaaggaggccttcat 124  Q
    |||||| ||||| | ||||||||||||| ||| | ||||||||  ||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | ||||||    
T  12036574 catcaaagaaggcgggtggacaacaatgaaaaatagtttttcacctggtggtaggaacatgaaatttgacatgcctgtatttcacaagggatgtcttcat 12036673  T
Q  125 tttatctcagatagcgatccttactttgcaaaatctagtccattttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaatctcaactatgctta 224  Q
    |||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  12036674 tttatctcagattgtgattcttactttgcaaaatctagtcctttttataagccatatacaatgtcttataatctagagaatggaatctcaaccatgctta 12036773  T
Q  225 agttgccaagggaagctataaaaggttgtcataatatgtgcaccatgggaatattcaattggggtaaaaagacaagttacaatagttcaatttgtttggt 324  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| | |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||    
T  12036774 agttgtcaagggaagctgtaaaaggttgtcatattatgtgtaacatgggcatattcaactggggtaaaaagagaagttccaataattctatttgtttggt 12036873  T
Q  325 gaaattaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcaggttc 381  Q
    ||||||||| || | |||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  12036874 gaaattaagaaattttgttttcactgtttggtttttaaaagactatgagtcaggttc 12036930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 32 - 381
Target Start/End: Original strand, 20656895 - 20657247
Alignment:
Q  32 gaaggtgtgtggacaacaatggaaag-tggtttttcatgtggtggtcgaaacatgaaatttgacatgcctgtgtttcacaaaggaggccttcattttatc 130  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  | ||| ||||  ||||||| | |||||| |||||||||||| ||| |||||||| ||| | ||||||||||||    
T  20656895 gaaggtgtgtggacaacaatgaaaaaatagttgttcacctggtggtaggaacatggaatttgacatgcatgtatttcacaagggatgtcttcattttatc 20656994  T
Q  131 tcagatagcgatccttactttgcaaaatctagtccattttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaatctcaactatgcttaagttgc 230  Q
    |||||| ||  | ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20656995 tcagattgcacttcttactttgcaaaatctaggcctttttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaatctcaactatgcttaggttgc 20657094  T
Q  231 caagggaagctataaaaggttgtcataatatgtgcaccatgggaatattcaatt--ggggtaaaaagacaagttacaatagttcaatttgtttggtgaaa 328  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| | |||||| |||||||| |  |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  20657095 caagggaagctgtaaaaggttgtcatattatgtgtaacatgggcatattcaactggggggtaaaaagagaagtttcaatagttctatttgtttggtgaaa 20657194  T
Q  329 ttaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcaggttc 381  Q
    ||||| || | |||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  20657195 ttaagaaattatgttttcactgtttggtttttaaaagactatgagtcaggttc 20657247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 80 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 20656174 - 20655873
Alignment:
Q  80 aacatgaaatttgacatgcctgtgtttcacaaaggaggccttcattttatctcagatagcgatccttactttgcaaaatctagtccattttataagccat 179  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||| || ||| | || ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  20656174 aacatgaaatttgacatgcctgtatttcacaagggatgtcttcattttatctcaaattgcgcttctgactttgcaaaatctagtcctttttataagccat 20656075  T
Q  180 atataatgtcttataatctagagaatg-gaatctcaactatgcttaagttgccaagggaagctataaaaggttgtcataatatgtgcaccatgggaatat 278  Q
    || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||    
T  20656074 atgtaatgtcttataatctagagaatgagaatctcaactatgcttaagttgccaagggaagttgtaaaaggttgtcatattatgtgtaacatgggcatat 20655975  T
Q  279 tcaattggggtaaaaagacaagttacaatagttcaatttgtttggtgaaattaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcagg 378  Q
    |||||||||| |||||||  |||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||| ||| ||||  ||| |||||||| |||||||||    
T  20655974 tcaattggggcaaaaagagtagttccaatagttctatttgtttggtgaaattaagaaattttgttttcactgtttgattttcaaaagactgtgagtcagg 20655875  T
Q  379 tt 380  Q
    ||    
T  20655874 tt 20655873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 38 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 12036137 - 12035847
Alignment:
Q  38 gtgtggacaacaatggaaagtggtttttcatgtggtggtcgaaacatgaaatttgacatgcctgtgtttcacaaaggaggccttcattttatctcagata 137  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||||||||  ||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| | | | ||||||||||||||||||     
T  12036137 gtgtggacaacaatgaaaaatagtttttcacctggtggtaggaacatgaaatttgacatgcctgtatttcacaaggaatgtcttcattttatctcagatt 12036038  T
Q  138 gcgatccttactttgcaaaatctagtccattttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaatctcaactatgcttaagttgccaaggga 237  Q
    |||   |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12036037 gcgcctcttactttgcaaaatctagtcctttttataagctatatataatgtcttataatctagagaatgaaatctcaactatgcttaggttgccaaggga 12035938  T
Q  238 agctataaaaggttgtcataatatgtgcaccatgggaatattcaattggggtaaaaagacaagttacaatagttcaatttgtttggtgaaatta 331  Q
    || | |||||||| |||||| |||||| | |||||    |||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  12035937 agttgtaaaaggtggtcatattatgtgtaacatgg---cattcaactggggtaaaaagagaagttccaatagttatatttgtttggtgaaatta 12035847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 70 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 302578 - 302489
Alignment:
Q  70 tggtggtcgaaacatgaaatttgacatgcctgtgtttcacaaaggaggccttcattttatctcagatagcgatccttactttgcaaaatc 159  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  302578 tggtggtaggaacatgaaatttgacatgcctgtatttcacaagggaggccttcgttttatctcagatagtgctccttactttgcaaaatc 302489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 34 - 381
Target Start/End: Original strand, 22177319 - 22177666
Alignment:
Q  34 aggtgtgtggacaacaatggaaagtggtttttcatgtggtggtcgaaacatgaaatttgacatgcctgtgtttcacaaaggaggccttcattttatctca 133  Q
    ||||||| ||||||||||| |||   ||||||||  ||||||| | |||||| |||||||||||||| | |||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  22177319 aggtgtgcggacaacaatgaaaaacagtttttcacctggtggtaggaacatggaatttgacatgcctttatttcacaagggatgccttcattttatctca 22177418  T
Q  134 gatagcgatccttactttgcaaaatctagtccattttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaatctcaactatgcttaagttgccaa 233  Q
    ||| ||| | |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||    
T  22177419 gattgcgcttcttactttgcaaaatccagtcctttttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaatttcaaccatgtttaagttgccaa 22177518  T
Q  234 gggaagctataaaaggttgtcataatatgtgcaccatgggaatattcaattggggtaaaaagacaagttacaatagttcaatttgtttggtgaaattaag 333  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||     
T  22177519 gggaagctataaaaggttgtcatattatgtgcaacatgggcatattcaactggggtaaaaagacaagttccgatagttctatttgtttggtgaaattaat 22177618  T
Q  334 taagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcaggttc 381  Q
     || | |||||| ||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  22177619 aaattatgttttcactgtttggtttttaaaagactacgagtcaggttc 22177666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 9e-86
Query Start/End: Original strand, 117 - 381
Target Start/End: Original strand, 22169127 - 22169391
Alignment:
Q  117 gccttcattttatctcagatagcgatccttactttgcaaaatctagtccattttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaatctcaac 216  Q
    |||||||||||||||||||| ||| | |||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  22169127 gccttcattttatctcagattgcgcttcttactatgcaaaatccagtcctttttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaattgcaac 22169226  T
Q  217 tatgcttaagttgccaagggaagctataaaaggttgtcataatatgtgcaccatgggaatattcaattggggtaaaaagacaagttacaatagttcaatt 316  Q
     ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||  |||    
T  22169227 cataattaagttgccaagggaagctataaaaggttgtcatattatgtgcaacatggacatattcaactggggtaaaaagacaagtttcaatagttatatt 22169326  T
Q  317 tgtttggtgaaattaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcaggttc 381  Q
    ||||||||||||||||  || |||||||| ||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  22169327 tgtttggtgaaattaaaaaattctgttttcactgtttggtttttaaaagactacgagtcaggttc 22169391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 29 - 375
Target Start/End: Original strand, 4355666 - 4356012
Alignment:
Q  29 aaggaaggtgtgtggacaacaatggaaagtggtttttcatg-tggtggtcgaaacatgaaatttgacatgcctgtgtttcacaaaggaggccttcatttt 127  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| | ||||||  | || ||||||  |||||||||| || ||||||   |||||||||||   || | || || ||    
T  4355666 aaggaaggtgtgtggaaaacaatggataatggtttc-cttgctggtggaagaaacatgaacttcgacatgaacgtgtttcacaacaaagccattaatgtt 4355764  T
Q  128 atctcagatagcgatccttactttgcaaaatctagtccattttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaatctcaactatgcttaagt 227  Q
    ||||||||| |   || ||| ||||||||| |||| || ||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| |||||| ||||| | ||    
T  4355765 atctcagattgttctcattattttgcaaaacctagccctttttacaagccatacataatgtcttatcatctcgagaatggaaactcaacaatgctgaggt 4355864  T
Q  228 tgccaagggaagctataaaaggttgtcataatatgtgcaccatgggaatattcaattggggtaaaaagacaagttacaatagttcaatttgtttggtgaa 327  Q
    ||||||| ||||| || | |||||| ||||  |||   | |||||| ||||| |||||||||||   | |||| |  ||  | || ||||||||||||||    
T  4355865 tgccaagagaagccattagaggttgccataccatgactaacatgggcatatttaattggggtaaggtgtcaagctcgaaacgatctatttgtttggtgaa 4355964  T
Q  328 attaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtc 375  Q
    | |||| ||||| ||||||||| |||||  ||| ||||| ||||||||    
T  4355965 agtaagaaagtcagtttttactgtttggtatttgaaagattatgagtc 4356012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 29 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 4675246 - 4674900
Alignment:
Q  29 aaggaaggtgtgtggacaacaatggaaagtggtttttcatg-tggtggtcgaaacatgaaatttgacatgcctgtgtttcacaaaggaggccttcatttt 127  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| | ||||||  | || ||||||  |||||||||| || ||||||    ||||||||||   || | || || ||    
T  4675246 aaggaaggtgtgtggaaaacaatggataatggtttc-cttgctggtggaagaaacatgaacttcgacatgaacttgtttcacaacaaagccatttatgtt 4675148  T
Q  128 atctcagatagcgatccttactttgcaaaatctagtccattttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaatctcaactatgcttaagt 227  Q
    ||||||||| |   || ||| ||||||||| |||| || ||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| |||||| ||||| | ||    
T  4675147 atctcagattgttctcattattttgcaaaacctagccctttttacaagccatacataatgtcttatcatctcgagaatggaaactcaacaatgctgaggt 4675048  T
Q  228 tgccaagggaagctataaaaggttgtcataatatgtgcaccatgggaatattcaattggggtaaaaagacaagttacaatagttcaatttgtttggtgaa 327  Q
    ||||||| ||||| || | |||||| ||||  |||   | |||||| ||||| |||||||||||   | |||| |  ||  | || ||||||||||||||    
T  4675047 tgccaagagaagccattagaggttgccataccatgactaacatgggcatatttaattggggtaaggtgtcaagctcgaaacgatctatttgtttggtgaa 4674948  T
Q  328 attaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtc 375  Q
    | |||| ||||| ||||||||| |||||  ||| ||||| ||||||||    
T  4674947 agtaagaaagtcagtttttactgtttggtatttgaaagattatgagtc 4674900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 84 - 136
Target Start/End: Original strand, 26816413 - 26816465
Alignment:
Q  84 tgaaatttgacatgcctgtgtttcacaaaggaggccttcattttatctcagat 136  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||| | |||| || |||||||||    
T  26816413 tgaaatttgacatgccagtgtttcacaatggagccgttcacttcatctcagat 26816465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 962 times since January 2019
Visitors: 6707