View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0938-Insertion-3 (Length: 1073)

Name: NF0938-Insertion-3
Description: NF0938
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0938-Insertion-3
NF0938-Insertion-3
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (8-927)||(47191883-47192802)
chr3 (47-139)||(26745712-26745804)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 896; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 896; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 927
Target Start/End: Original strand, 47191883 - 47192802
Alignment:
Q  8 gtttcgccgtctacttcacaaaatccaaacaacccaccattgtttggatggctaacagagaccaacctgttaacggcaaacactcaaaactctcactttt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47191883 gtttcgccgtctacttcacaaaatccaaacaacccaccattgtttggatggctaacagagaccaacctgttaacggcaaacactcaaaactctcactttt 47191982  T
Q  108 caaaaacggtaatctcattttaaccgatgcagacagaaaaagaacaccaatttggtccacttcatccttttctccttttccattacagctcaagcttcaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47191983 caaaaacggtaatctcattttaaccgatgcagacagaaaaagaacaccaatttggtccacttcatccttttctccttttccattacagctcaagcttcaa 47192082  T
Q  208 aacaatggcaacctcgttctctccacgaccaacggtaacattagtatcctttggcaaagctttgattttccggcagatactcttcttcctggccaagaaa 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  47192083 aacaatggcaacctcgttctctccacgaccaacggtaacattagtatcctttggcaaagctttgattttccaacagatactcttcttcctggccaagaaa 47192182  T
Q  308 ttaatgagcgagcaaccttagtttcatccaaaagtgaaacaaactattcctcaggtttctataagttttatttcgacaacgacaatgctcttcgtcttct 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47192183 ttaatgagcgagcaaccttagtttcatccaaaagtgaaacaaactattcctcaggtttctataagttttatttcgacaacgacaatgctcttcgtcttct 47192282  T
Q  408 attcaaaagtcctttgttatctagtgtctattggccatcaccttgggtattacctgttgatgcaggaagatcaacttataatgttactaaaatcgcgcta 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47192283 attcaaaagtcctttgttatctagtgtctattggccatcaccttgggtattacctgttgatgcaggaagatcaacttataatgttactaaaatcgcgcta 47192382  T
Q  508 ctcgattcctttggccatttcatgtcctctgatgcataccaatttgtcaccattgattatctaaagaaacttcatagattactcaaaatggatcatgatg 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47192383 ctcgattcctttggccatttcatgtcctctgatgcataccaatttgtcaccattgattatccaaagaaacttcatagattactcaaaatggatcatgatg 47192482  T
Q  608 gtaacccacgtgtttatagcttcaatgataaaactaagacatgggaagtttcatggcaagctattgctgaaccatgtgaggttcatggtatttgtggaga 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47192483 gtaacccacgtgtttatagcttcaatgataaaactaagacatgggaagtttcatggcaagctattgctgaaccatgtgaggttcatggtatttgtggaga 47192582  T
Q  708 aaatagcatgtgtagttatgatcctgttaatggaagaacatgttattgtttgaaaggttacaagttgaagaatcgtaatgattggacacaagggtgtgag 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47192583 aaatagcatgtgtagttatgatcctgttaatggaagaacatgttattgtttgaaaggttacaagttgaagaatcgtaatgattggacacaagggtgtgag 47192682  T
Q  808 cctgagtttaaacctgctgatctttcttgcggcagtgctcgcgttgaggatttcggttttcttcatcttcaaaacatggagttgtatggcgatgatttgt 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  47192683 cctgagtttaaacctgctgatctttcttgcgacagtgctcgcgttgaggatttcggttttcttcatcttcaaaacatggagttgtatggctatgatttgt 47192782  T
Q  908 atgtagcaaaaatgacaagc 927  Q
    ||||||||||| ||||||||    
T  47192783 atgtagcaaaagtgacaagc 47192802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 47 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 26745804 - 26745712
Alignment:
Q  47 ttgtttggatggctaacagagaccaacctgttaacggcaaacactcaaaactctcacttttcaaaaacggtaatctcattttaaccgatgcag 139  Q
    ||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| |||| ||||| ||| || ||| ||||||  || || |||||||||||||| ||||    
T  26745804 ttgtttggatggctaatcgtgaccaacctgttaacggaaaacgctcaacactttcccttctcaaaactggcaacctcattttaaccgacgcag 26745712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University