View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0938-Insertion-9 (Length: 541)

Name: NF0938-Insertion-9
Description: NF0938
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0938-Insertion-9
NF0938-Insertion-9
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (20-541)||(17733429-17733960)
chr7 (20-540)||(31592529-31593055)
chr7 (117-362)||(45414538-45414792)
chr7 (86-284)||(28510396-28510594)
chr7 (217-362)||(13953005-13953159)
chr7 (94-353)||(3938712-3938980)
chr7 (383-433)||(13952926-13952976)
chr7 (56-163)||(1804814-1804922)
chr7 (60-208)||(11409391-11409539)
chr7 (56-143)||(2393261-2393348)
chr7 (456-497)||(13952871-13952912)
chr7 (85-174)||(46529232-46529323)
chr7 (381-429)||(41958270-41958318)
chr7 (381-429)||(46528960-46529008)
chr7 (381-432)||(28510239-28510290)
chr7 (383-429)||(1804538-1804584)
chr7 (6-36)||(17733961-17733991)
chr7 (381-429)||(45414812-45414860)
chr7 (316-360)||(46529029-46529073)
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (26-540)||(54603562-54604082)
chr4 (48-362)||(12027887-12028211)
chr4 (83-351)||(31302506-31302783)
chr4 (83-357)||(55740995-55741278)
chr4 (85-174)||(39390629-39390720)
chr4 (383-435)||(55740916-55740968)
chr4 (382-428)||(39390369-39390415)
chr4 (114-198)||(23240500-23240584)
chr4 (383-429)||(31302816-31302862)
chr4 (381-429)||(12027821-12027869)
[»] scaffold0251 (2 HSPs)
scaffold0251 (21-540)||(1421-1945)
scaffold0251 (7-36)||(1947-1976)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (6-540)||(18239625-18240153)
chr1 (40-362)||(46200715-46201047)
chr1 (83-536)||(42464714-42465166)
chr1 (38-362)||(13706300-13706633)
chr1 (84-435)||(15292256-15292616)
chr1 (83-361)||(31385567-31385856)
chr1 (84-435)||(42058102-42058462)
chr1 (462-540)||(31385946-31386024)
chr1 (490-540)||(27108800-27108850)
chr1 (381-429)||(13706654-13706702)
chr1 (248-284)||(8643748-8643784)
chr1 (381-425)||(46200652-46200696)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (38-540)||(20494907-20495406)
chr8 (83-540)||(44118784-44119234)
chr8 (38-284)||(23718333-23718578)
chr8 (40-362)||(42100288-42100617)
chr8 (109-260)||(23877959-23878110)
chr8 (48-225)||(1550791-1550968)
chr8 (381-428)||(8319077-8319124)
chr8 (252-351)||(21551296-21551404)
chr8 (252-351)||(21552342-21552450)
chr8 (83-154)||(21551503-21551573)
chr8 (83-154)||(21552549-21552619)
chr8 (316-362)||(8319145-8319191)
[»] scaffold0184 (2 HSPs)
scaffold0184 (38-362)||(28186-28520)
scaffold0184 (469-541)||(28018-28090)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (38-541)||(44324-44826)
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (39-362)||(4950452-4950773)
chr3 (38-361)||(53562041-53562372)
chr3 (146-540)||(18895456-18895844)
chr3 (4-117)||(18878918-18879031)
chr3 (48-170)||(37222539-37222662)
chr3 (85-261)||(48161734-48161910)
chr3 (85-362)||(55146808-55147094)
chr3 (48-159)||(47867752-47867864)
chr3 (48-174)||(18946271-18946399)
chr3 (85-163)||(30716120-30716199)
chr3 (318-362)||(30716364-30716408)
chr3 (48-174)||(45031679-45031807)
chr3 (381-429)||(45032013-45032061)
chr3 (381-429)||(48162040-48162088)
chr3 (381-429)||(53561971-53562019)
chr3 (394-433)||(7833810-7833849)
chr3 (383-429)||(4950385-4950431)
chr3 (381-427)||(30716427-30716473)
chr3 (381-427)||(55147114-55147160)
chr3 (384-429)||(183285-183330)
chr3 (316-361)||(183353-183398)
chr3 (112-145)||(18894101-18894134)
chr3 (381-429)||(18945698-18945746)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (48-362)||(7250254-7250566)
chr5 (83-540)||(10826425-10826888)
chr5 (83-540)||(42449378-42449840)
chr5 (84-362)||(23062439-23062726)
chr5 (85-259)||(19870713-19870886)
chr5 (316-357)||(19870952-19870993)
chr5 (383-435)||(23062748-23062796)
chr5 (381-429)||(9041869-9041917)
chr5 (381-428)||(19871018-19871065)
chr5 (316-362)||(9041937-9041983)
chr5 (116-174)||(9042142-9042202)
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (48-337)||(2120857-2121147)
chr2 (97-362)||(21831294-21831567)
chr2 (55-351)||(34457166-34457473)
chr2 (58-361)||(26170621-26170935)
chr2 (199-540)||(31508822-31509167)
chr2 (48-361)||(19508023-19508346)
chr2 (94-362)||(40614276-40614553)
chr2 (383-435)||(29899652-29899704)
chr2 (83-193)||(29899385-29899495)
chr2 (383-429)||(21831593-21831639)
chr2 (248-357)||(29899520-29899638)
chr2 (384-429)||(40614206-40614251)
chr2 (248-284)||(13567138-13567174)
chr2 (381-429)||(34457504-34457551)
[»] scaffold1813 (2 HSPs)
scaffold1813 (49-362)||(410-719)
scaffold1813 (380-428)||(342-390)
[»] scaffold0013 (1 HSPs)
scaffold0013 (109-353)||(86463-86715)
[»] scaffold0916 (3 HSPs)
scaffold0916 (56-362)||(445-760)
scaffold0916 (381-435)||(784-838)
scaffold0916 (462-503)||(857-898)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (462-540)||(7811017-7811095)
chr6 (217-362)||(19273246-19273400)
chr6 (83-362)||(1259603-1259901)
chr6 (85-174)||(5614055-5614146)
chr6 (381-429)||(1259535-1259583)
chr6 (381-428)||(5614374-5614421)
chr6 (316-362)||(5614306-5614352)
chr6 (397-433)||(19273170-19273206)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 17733960 - 17733429
Alignment:
Q  20 cccaaattcaaaaacataccaaattcaaccaaactttcatttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctat 119  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17733960 cccaagttcaaaaacataccaaattcacccaaactttcatttgcacgaaaatcatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctat 17733861  T
Q  120 tgacatgcaatgtaggttgtttagggtgttattttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaatta 219  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  17733860 ttacatgcaatgtaggttgtttagggtgttattttaataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaatttgcaaattatgatagaatta 17733761  T
Q  220 gatgttgtaattgattgtttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttg------------aattaacactaattgtgctagta 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||      
T  17733760 gatgttgtaattgattgtttatgctggcattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttgaatttgatgttgaattaacactaattgtgctag-- 17733663  T
Q  308 tattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgc-nnnnnnnnnnnnnnnnncttcaaatatgttcaattttataatgt 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||                  |||||||||||||||||||||||||||    
T  17733662 tattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatgtctaagtgagaaaatcttgcttttttgtgattttttttcttcaaatatgttcaattttataatgt 17733563  T
Q  407 atgtatgttataatgattataagtttgcannnnnnnnnnnnnnggcaagtttgataagtttaattagtttggacataatgatataataaccgtatattta 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  17733562 atgtatgttataatgattataagtttgca-tttttatttttttggcaagtttgattagtttaattagtttggacataatgatataataaccgtatatttg 17733464  T
Q  507 tgtaatgcgtatatgttatgatgtttataagttta 541  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17733463 tgtaatgcgtatatgttatgatgtttataagttta 17733429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 20 - 540
Target Start/End: Original strand, 31592529 - 31593055
Alignment:
Q  20 cccaaattcaaaaacataccaaattcaaccaaactttcatttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctat 119  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31592529 cccaagttcaaaaacataccaaattcacccaaaccttcatttgcacgaaaatcatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctat 31592628  T
Q  120 tgacatgcaatgtaggttgtttagggtgttattttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaatta 219  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||    
T  31592629 ttacatgcaatgtaggttgtttagggtgttattttcataattttagcaaattgtttagggtttaggttaggtttaaaaattgcaaattattatagaatta 31592728  T
Q  220 gatgttgtaattgattgtttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgta------------gttgaattaacactaattgtgctagta 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||            |||||||||||||||||||||||||      
T  31592729 gatgttgtaattgattgtttatgctggcattgttgtttagggtaggtttaggtgcaatgtagttgaatttgatgttgaattaacactaattgtgctag-- 31592826  T
Q  308 tattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgc-nnnnnnnnnnnnnnnnncttcaaatatgttcaattttataatgt 406  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||                  ||||||||||||||||||| |||||||    
T  31592827 tattttgaaatgcacataaggtgtttgatgaaatgcctaagtgagaaaaccttgcttttttgtgaatttttttcttcaaatatgttcaatttgataatgt 31592926  T
Q  407 atgtatgttataatgattataagtttgcannnnnnnnnnnnnnggcaagtttgataagtttaattagtttggacataatgatataataaccgtatattta 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||                    ||||  |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  31592927 atgtatgttataatgattataagtttgcatttttgtttttttt-----ttttggcaagtttgattagtttggacataatgataaaataaccgtatatttg 31593021  T
Q  507 tgtaatgcgtatatgttatgatgtttataagttt 540  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  31593022 tgtaatgcatatatgttatgatgtttataagttt 31593055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 117 - 362
Target Start/End: Original strand, 45414538 - 45414792
Alignment:
Q  117 tattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgttattttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaa 216  Q
    |||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||  |||     
T  45414538 tatttacacgcaatgtagtttgtttagggtgttattttcataattttagcaaaatg-ttagtgcttaggttaggtttaaaaattgcaaattatgttagat 45414636  T
Q  217 ttagatgttgtaattgattgtttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttgaat------------taacactaattgtgcta 304  Q
    || ||| |  ||||  |  |||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||    
T  45414637 tttgatataataatgtagggtttttactggcattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttgaatttgatgttgaaataacactaattgtgcta 45414736  T
Q  305 gtatattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgc 362  Q
    |  |||||| |||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  45414737 g--tattttaaaatgcacttaaagtgtttgatgaaatgcctaagtgaaataatcttgc 45414792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 86 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 28510594 - 28510396
Alignment:
Q  86 caagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgttatttt-cataatttt-agcaaaatgtttagggttta 183  Q
    |||||||||| |||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| | ||||||| |||||||||||   | ||||    
T  28510594 caagtaaatctcaagtaagtcattttcttcctatttacatgcaatgtaggttgtttagggctttattttacttaattttgagcaaaatgtt--agtttta 28510497  T
Q  184 ggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagtt 283  Q
    |||| |||| |||| |||||||||| |   || ||||||||| ||||  ||||||  |||||| ||||||| |||||||| || ||||||||  ||||||    
T  28510496 ggtttggttaaaaaattgcaaattaagcatgatttagatgttttaatgtattgttgttgctggaattgttgattagagtaagtataggtacaccgtagtt 28510397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 217 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 13953159 - 13953005
Alignment:
Q  217 ttagatgttgtaattgattgtttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttg-----------aattaacactaattgtgctag 305  Q
    ||||||||| ||||  |||||||||||| | |||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||           || ||||||||||||||||||    
T  13953159 ttagatgttttaatgtattgtttatgctagaattgttgtttagagtaagtgcaggtacaatgtagttgtttagatgttcaaataacactaattgtgctag 13953060  T
Q  306 tatattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgc 362  Q
    ||   |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13953059 taa--tttgaaatgcacttaaggtgtttgatgaaatgcctaagagagaaaatcttgc 13953005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 94 - 353
Target Start/End: Original strand, 3938712 - 3938980
Alignment:
Q  94 tcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttcataatttt-agcaaaatgtttagggtttaggttaggt 191  Q
    |||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |   | ||||||||||||    
T  3938712 tcacaagtaagttcttttcttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagcaaaatgct--agttttaggttaggt 3938809  T
Q  192 ttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgt-----------a 280  Q
    |  ||| ||  |||||| |   |  ||||||||| ||||  ||| ||  |||||||||||||| |||||  | || ||||||||||||           |    
T  3938810 tagaaaattaaaaattaagcatggtttagatgttttaatgtatttttgttgctggtattgttgattagaaaaagtataggtacaatgtagttgtttagaa 3938909  T
Q  281 gttgaattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgaga 353  Q
    |||||| |  ||||||||||||||||| |||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3938910 gttgaaatttcactaattgtgctagta-atttag-aatgcacttaaggtgtttgatgaaatgcctaagtgaga 3938980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 383 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 13952976 - 13952926
Alignment:
Q  383 caaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataagtttg 433  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13952976 caaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataagtttg 13952926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 56 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 1804922 - 1804814
Alignment:
Q  56 tcatttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-tttt 154  Q
    |||||||| ||||||| |||| | || |||||||||||||||||||||||    ||  ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || ||||    
T  1804922 tcatttgctcgaaaatcatcctaatttcttcaagtaaatcacaagtaagtcatcttaatcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgctagtttt 1804823  T
Q  155 cataatttt 163  Q
    |||||||||    
T  1804822 cataatttt 1804814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 60 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 11409539 - 11409391
Alignment:
Q  60 ttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgttatttt-cata 158  Q
    |||||||||||| |||| |  | ||||||||||||||||||||||| | |||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |   ||||||| | ||    
T  11409539 ttgcacgaaaatcatcctaacttcttcaagtaaatcacaagtaagttcttttctttcgatttacatgcaatgtaggttgtttatgactttattttactta 11409440  T
Q  159 atttt-agcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaatttgcaaatta 208  Q
    ||||| |||||||||||   | |||||||||||||  ||| ||||||||||    
T  11409439 attttgagcaaaatgtt--agttttaggttaggttagaaaattgcaaatta 11409391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 56 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 2393348 - 2393261
Alignment:
Q  56 tcatttgcacgaaaatgatcc-aatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttag 143  Q
    |||||||||| ||||| || | |||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  2393348 tcatttgcacaaaaatcatgctaatttg-ttcaagtaaatcacaagtaagtcattttcttcctatttacatgcaatgtagcttgtttag 2393261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 456 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 13952912 - 13952871
Alignment:
Q  456 tttgataagtttaattagtttggacataatgatataataacc 497  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13952912 tttgataagtttgattagtttggacataatgatataataacc 13952871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 85 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 46529323 - 46529232
Alignment:
Q  85 tcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttcat-aattttagcaaaatgtt 174  Q
    |||| ||| ||||||||||||   || ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||    
T  46529323 tcaattaattcacaagtaagttatttccttcctatttaaatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataaatttgagcaaaatgtt 46529232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 381 - 429
Target Start/End: Original strand, 41958270 - 41958318
Alignment:
Q  381 ttcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataag 429  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  41958270 ttcaaatatcttcaattttataaagtatatatgttataattattataag 41958318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 381 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 46529008 - 46528960
Alignment:
Q  381 ttcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataag 429  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  46529008 ttcaaatatcttcaattttataaagtatatatgttataattattataag 46528960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 381 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 28510290 - 28510239
Alignment:
Q  381 ttcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataagttt 432  Q
    |||||||  ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  28510290 ttcaaattggttaaattttataatgtatatatgttataatgattctaagttt 28510239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 383 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 1804584 - 1804538
Alignment:
Q  383 caaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataag 429  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  1804584 caaatatcttcaattttataaagtatatatgttataattattataag 1804538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 6 - 36
Target Start/End: Complemental strand, 17733991 - 17733961
Alignment:
Q  6 cagaaacacattcacccaaattcaaaaacat 36  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17733991 cagaaacacattcacccaaattcaaaaacat 17733961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 381 - 429
Target Start/End: Original strand, 45414812 - 45414860
Alignment:
Q  381 ttcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataag 429  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||  |||||||    
T  45414812 ttcaaatatgttaaattttataatgtacatatgttataatttttataag 45414860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 316 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 46529073 - 46529029
Alignment:
Q  316 aatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatctt 360  Q
    ||||| ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  46529073 aatgctcataaggtgtttgataaaatgcataagtgagaaaatctt 46529029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 26 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 54604082 - 54603562
Alignment:
Q  26 ttcaaaaacataccaaattcaaccaaactttcatttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacat 125  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  54604082 ttcaaaaacataccaaattcacccaaacattcatttgcacgaaaatcatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctatttacaa 54603983  T
Q  126 gcaatgtaggttgtttagggtgttattttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgtt 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  54603982 gcaatgtaggttgtttagggtgttattttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaattt-caaattatgatagaattagatgtt 54603884  T
Q  226 gtaattgattgtttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgta------------gttgaattaacactaattgtgctagtatatttt 313  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||            |||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  54603883 gtaattgattgtttatgctggcattgttgtttagagtaggtttgggtacaatgtagttgaatttgatgttgaattaacactaattgtgctag--tatttt 54603786  T
Q  314 gaaatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnctt-----caaatatgttcaattttataatgtat 408  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||                  ||     ||||||||||||||||||||||||||    
T  54603785 gaaatgcacataaggtgtttgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgcttttttttttttttttttttcttttcaaatatgttcaattttataatgtat 54603686  T
Q  409 gtatgttataatgattataagtttgca-nnnnnnnnnnnnnnggcaagtttgataagtttaattagtttggacataatgatataataaccgtatatttat 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||                |||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  54603685 gtatgttataatgattataagtttgcatttttgttttttttttgcaagtttgat---------tagtttggacataatgatataataaccatatatttgt 54603595  T
Q  508 gtaatgcgtatatgttatgatgtttataagttt 540  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  54603594 gtaatgcatatatgttatgatgtttataagttt 54603562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 48 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 12028211 - 12027887
Alignment:
Q  48 ccaaactttcatttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtg 147  Q
    ||||||||  |||||| ||||||| |||||| || | |||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  12028211 ccaaacttcaatttgctcgaaaatcatccaaatttcatcaattaattcacaagtaagtacctttcttcttatttacatgcaatgtaggttgcttagggtg 12028112  T
Q  148 tta-ttttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctgg 246  Q
    ||| ||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||| | |||||| ||||   | |||| || |||    
T  12028111 ttagttttcataattttagcaaaac-tttagtgtttaggttaggtttaaaaattgcaaattatgttagaaattgatgttataatgtttggtttttgttgg 12028013  T
Q  247 tattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttg------------aattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattg 334  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||            |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| |||    
T  12028012 cattgttgtttacagtaggtttaggtacaatgtagttgaatttgatgttgaattaacattaattgtgctag--tattttgaaatgcacttaaggtgtttg 12027915  T
Q  335 atgaaatgcctaagtgagaaaatcttgc 362  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||    
T  12027914 atgaaatgcctaagtgaaataatcttgc 12027887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 83 - 351
Target Start/End: Original strand, 31302506 - 31302783
Alignment:
Q  83 cttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgttattttcataattttagcaaaatgtttagggttt 182  Q
    |||||||||| | ||||||||||   ||| || ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  31302506 cttcaagtaattaacaagtaagttattttatttctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttattttcataattttagcaaaatg-ttagtgttt 31302604  T
Q  183 aggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattg-tttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtag 281  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| |||||| ||| || ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  31302605 aggttaggtttaaaaattgcaaattatgttagaatttgatgttataa-tgtttgttttttgctggcattgttgtttagagtaggtttaagtacaatgcag 31302703  T
Q  282 ------------ttgaattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtga 351  Q
                ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||    
T  31302704 ttgaatttgatattgaattaacactaattgtgctag--tattttgaaatgcacttaaggtgtttgatgaaattcctaagtga 31302783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 83 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 55741278 - 55740995
Alignment:
Q  83 cttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttcataatttt-agcaaaatgtttagggt 180  Q
    |||||| ||| ||||||| |||| | |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||   | |    
T  55741278 cttcaattaattcacaagaaagttcttttcttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagcaaaatgtta--gtt 55741181  T
Q  181 ttaggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgta 280  Q
    ||||||||||||  ||| ||||||||||||   || ||||||| | | |||||||||||||||||  ||| ||||||||||||  | |||||||||||||    
T  55741180 ttaggttaggttagaaaattgcaaattatgcatgatttagatgatttgattgattgtttatgctgtaattcttgtttagagtaaatgtaggtacaatgta 55741081  T
Q  281 gttg-----------aattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaat 357  Q
    ||||           || ||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  55741080 gttgtttagatgtttaaataacactaattgtgctag--taatttataatgcacttaaggtgtttgatgaaatgcctaagtgagaaaat 55740995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 85 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 39390720 - 39390629
Alignment:
Q  85 tcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttcataatttt-agcaaaatgtt 174  Q
    |||| ||| |||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  39390720 tcaattaattcacaagtaagttccttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagcaaaatgtt 39390629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 383 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 55740968 - 55740916
Alignment:
Q  383 caaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataagtttgca 435  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  55740968 caaatatgttcaattttatagtgtatatatgttataatgactaaaagtttgca 55740916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 382 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 39390415 - 39390369
Alignment:
Q  382 tcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataa 428  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||    
T  39390415 tcaaatatgttcaattttataatgtatatatgttctaattattataa 39390369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 114 - 198
Target Start/End: Original strand, 23240500 - 23240584
Alignment:
Q  114 tcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaat 198  Q
    ||||||| ||||||||| ||| ||| ||||||| ||| |||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| || |||||    
T  23240500 tcctattaacatgcaatttagtttgattagggtattaattttgataaatttagcaaaatg-ttagggtttaggttagtttgaaaat 23240584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 383 - 429
Target Start/End: Original strand, 31302816 - 31302862
Alignment:
Q  383 caaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataag 429  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  31302816 caaatatgttaaatcttataatgtatatatgttataattattataag 31302862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 381 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 12027869 - 12027821
Alignment:
Q  381 ttcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataag 429  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||    
T  12027869 ttcaaatatgttaaatcttataatgtatatatattataattattataag 12027821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 2)
Name: scaffold0251
Description:

Target: scaffold0251; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 21 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 1945 - 1421
Alignment:
Q  21 ccaaattcaaaaacataccaaattcaaccaaactttcatttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctatt 120  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1945 ccaagttcaaaaacataccaaattcacccaaaccttcatttgcacgaaaatcatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctatt 1846  T
Q  121 gacatgcaatgtaggttgtttagggtgttattttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattag 220  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  1845 tacatgcaatgtaggttgtttagggtgttattttcataattttagcaaaatgtttagggtttatgttaggtttaaaaattgcaaattattatagaattag 1746  T
Q  221 atgttgtaattgattgtttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttg------------aattaacactaattgtgctagtat 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||            |||||||| ||||||||||||  |    
T  1745 atgttgtaattgattgtttatgctggcattgttgtttacagtaggtttaggtataatgtagttgaatttgatgttgaattaacattaattgtgctag--t 1648  T
Q  309 attttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgc--nnnnnnnnnnnnnnnnncttcaaatatgttcaattttataatgt 406  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |                   ||||||||||||||||||| |||||||    
T  1647 attttgaaatgcacataaggtgtttgatgaaatgcctaagtgcgaaaatcttactttttggtgatttttttttcttcaaatatgttcaatttgataatgt 1548  T
Q  407 atgtatgttataatgattataagtttgcannnnnnnnnnnnnnggcaagtttgataagtttaattagtttggacataatgatataataaccgtatattta 506  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||                    ||||  |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  1547 atgtatgttataatgattataattttgcatttttgttttttt-------tttggcaagtttgattagtttggacataatgataaaataaccgtatatttg 1455  T
Q  507 tgtaatgcgtatatgttatgatgtttataagttt 540  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1454 tgtaatgcatatatgttatgatgtttataagttt 1421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 7 - 36
Target Start/End: Complemental strand, 1976 - 1947
Alignment:
Q  7 agaaacacattcacccaaattcaaaaacat 36  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1976 agaaacacattcacccaaattcaaaaacat 1947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 6 - 540
Target Start/End: Original strand, 18239625 - 18240153
Alignment:
Q  6 cagaaacacattcacccaaattcaaaaacataccaaattcaaccaaactttcatttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagt 105  Q
    ||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18239625 cagaaacacattcaagaaatttcaaaaacataccaaattcacccaaaccttcatttgcacgaaaatcatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagt 18239724  T
Q  106 acctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgttattttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaatttgcaaa 205  Q
    ||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  18239725 acctttcatcctatttacttgcaatgtaggttgtttaggg---tatttttataattttagcaaaatgttta-ggtttaggttaggtttaaaaattgcaaa 18239820  T
Q  206 ttatgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgta------------gttgaattaacac 293  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||    
T  18239821 ttatgatagaattagatgttgtaattgattttttatgctgacattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttgaatttaatgttgaattaacac 18239920  T
Q  294 taattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgc-nnnnnnnnnnnnnnnnncttcaaatatgtt 392  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||                  |||||||||| ||    
T  18239921 taattgtgctag--tattttgaaatgcacataaggtgtttgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgcgtttttgtgattttttttcttcaaatatatt 18240018  T
Q  393 caattttataatgtatgtatgttataatgattataagtttgcannnnnnnnnnnnnnggcaagtttgataagtttaattagtttggacataatgatataa 492  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    ||||  |||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  18240019 caattttataatgtatgtatgttataatgattataagtttgcattttttt-------------tttggcaagtttgattagtttggacataatgatgtaa 18240105  T
Q  493 taaccgtatatttatgtaatgcgtatatgttatgatgtttataagttt 540  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18240106 taaccgtatatttgtgtaatgcatatatgttatgatgtttataagttt 18240153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 40 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 46201047 - 46200715
Alignment:
Q  40 aaattcaaccaaactttcatttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgt 139  Q
    ||||||| | |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  46201047 aaattcaccaaaaccttcatttgcacgaaaatcatccaatttgcctcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctatttacatgcaatgtaggttgt 46200948  T
Q  140 ttagggtgttattttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgttt 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  46200947 ttagggtgttattttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttagatttaaaaattgcaaattatgatagaattagatgttgtaattgattgttt 46200848  T
Q  240 atgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttg------------aattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataag 327  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| | ||    
T  46200847 aggctggcattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttgaatttgatgttgaattaacactaattgtgctag--tattttgaaatgcactttag 46200750  T
Q  328 gtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgc 362  Q
     || |||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  46200749 atgtttgatgaaatgcctaagtgaaataatcttgc 46200715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 83 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 42465166 - 42464714
Alignment:
Q  83 cttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttcataattttagcaaaatgtttagggtt 181  Q
    |||||||||| | ||||||||||   |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  42465166 cttcaagtaattaacaagtaagttattttcttcctatttacatgaaatgtaggttgtttagggtgttagttttcataattttagcaaaat-tttagtgtt 42465068  T
Q  182 taggttaggtttaa-aatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgta 280  Q
    ||||||||||||   || ||||||||||||  |||||| |||||| ||||  |  |||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42465067 taggttaggtttttgaaattgcaaattatgttagaatttgatgttataatgtagggtttttgctggcattattgtttagagtaggtttaggtacaatgta 42464968  T
Q  281 gttg------------aattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgcnnnnnn 368  Q
    ||||            |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||          
T  42464967 gttgaatttgatgttgaattaacactaattgtgctag--tattttgaaatgcacataaggtgtttgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgctttttt 42464870  T
Q  369 nnnnnnnnnnnctt-caaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataagtttgcannnnnnnnnnnnnnggcaagtttgataagttt 467  Q
                || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||                    ||||| ||||||    
T  42464869 tgtgaaatatttttgcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataataattataagtttgcattttttt-------------tttgacaagttt 42464783  T
Q  468 aattagtttggacataatgatataataaccgtatatttatgtaatgcgtatatgttatgatgtttataa 536  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42464782 gattagtttggacataatgatataataaccgtatatttgtgtaatgcatatatgttatgatgtttataa 42464714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 38 - 362
Target Start/End: Original strand, 13706300 - 13706633
Alignment:
Q  38 ccaaattcaaccaaactttcatttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggtt 137  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||   ||| || ||||| ||||||||||||| ||    
T  13706300 ccaaaatcatccaaaccttcatttgcacgaaaatcatctaatttgcttcaagtaaatcataagtaagttattttgtttctatttacatgcaatgtagttt 13706399  T
Q  138 gtttagggtgttattttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgt 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| |||||| ||||     ||    
T  13706400 gtttagggtgttattttcataattttagcaaaatg-ttagtgtttaggttaggtttaaaaattgcaaattatgttagaatttgatgttataatgttgggt 13706498  T
Q  238 ttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgta------------gttgaattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacata 325  Q
    || |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||| ||||  |||||| |||||||| ||    
T  13706499 ttttgctgacattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttgaatttgatgttgaattaacactaattgtactag--tattttaaaatgcactta 13706596  T
Q  326 aggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgc 362  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| || | ||||||||    
T  13706597 aggtgtttggtgaaatgcctaagcgaaataatcttgc 13706633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 84 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 15292616 - 15292256
Alignment:
Q  84 ttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgttattttcataattttagcaaaatgtttagggttta 183  Q
    ||||||||| | ||||||||||   ||| ||  |||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||    
T  15292616 ttcaagtaattaacaagtaagttattttatttttatttacatgcattgtagtttgtttagggtgttattttcataattttagcaaaatgtt-agtattta 15292518  T
Q  184 ggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtag-- 281  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||  |||||| |||||| ||||   | |||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||      
T  15292517 ggttaggtttaaaaattgcaaattatgttagaatttgatgttataatgtttggtttttgctggcattgttgtttagagtaggtttaagtacaatgtagta 15292418  T
Q  282 ----------ttgaattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgcnnnnnnnnn 371  Q
              ||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||             
T  15292417 gaatttgatattgaattaacactaattgtgctag--tattttaaaatgcacttaaggtgtttgatgaaatgcctaagtgagaaaatattgcttttttgtg 15292320  T
Q  372 nnnnnnnncttcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataagtttgca 435  Q
             | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15292319 taatttttttgcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataagtttgca 15292256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 83 - 361
Target Start/End: Original strand, 31385567 - 31385856
Alignment:
Q  83 cttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttcataattttagcaaaatgtttagggtt 181  Q
    |||||||||| | ||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| |||    
T  31385567 cttcaagtaattaacaagtaagttattttcttcctatttacatgcaatgtaggttgtttagggtgttagttttcataattttagcaaaac-tttagtgtt 31385665  T
Q  182 taggttaggtttaa-aatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgta 280  Q
    ||||||||||||   || ||||||||||||  |||||| |||||| ||||  |  |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31385666 taggttaggtttttgaaattgcaaattatgttagaatttgatgttataatgtagggtttttgctggcattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgta 31385765  T
Q  281 ------------gttgaattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttg 361  Q
                |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31385766 gttgaatttgatgttgaattaacactaattgtgctag--tattttgaaattcacataaggtgtttgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttg 31385856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 84 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 42058462 - 42058102
Alignment:
Q  84 ttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgttattttcataattttagcaaaatgtttagggttta 183  Q
    ||||||||| | ||||||||||   ||| || ||||| |||||||| |||| |||||||| || |||||||||||  |||||||||||||| || |||||    
T  42058462 ttcaagtaattaacaagtaagttattttatttctatttacatgcaacgtagtttgtttagagtattattttcataggtttagcaaaatgtt-agtgttta 42058364  T
Q  184 ggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgta--- 280  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||  |||||| |||||| ||||   | |||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||       
T  42058363 ggttaggtttaaaaattgcaaattatgttagaatttgatgttataatgtttggtttttgctggcattgttgtttagagtaggtttaagtacaatgtagta 42058264  T
Q  281 ---------gttgaattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgcnnnnnnnnn 371  Q
             |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||             
T  42058263 gaatttgatgttgaattaacactaattgtgctag--tattttgaaatgcacttaaggtgtttgatgaaatgcctaagtgagaaaatattgcttttttgtg 42058166  T
Q  372 nnnnnnnncttcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataagtttgca 435  Q
             | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42058165 taattttattgcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataagtttgca 42058102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 462 - 540
Target Start/End: Original strand, 31385946 - 31386024
Alignment:
Q  462 aagtttaattagtttggacataatgatataataaccgtatatttatgtaatgcgtatatgttatgatgtttataagttt 540  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  31385946 aagtttgattagtttggacataataatataataaccgtatatttgtgtaatgcatatatgttatgatgtttataagttt 31386024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 490 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 27108850 - 27108800
Alignment:
Q  490 taataaccgtatatttatgtaatgcgtatatgttatgatgtttataagttt 540  Q
    |||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27108850 taataaccgtatatttgtgaaatgcatatatgttatgatgtttataagttt 27108800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 381 - 429
Target Start/End: Original strand, 13706654 - 13706702
Alignment:
Q  381 ttcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataag 429  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  13706654 ttcaaatatgttaaatcttataatgtatatatgttataattattataag 13706702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 248 - 284
Target Start/End: Original strand, 8643748 - 8643784
Alignment:
Q  248 attgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttg 284  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  8643748 attgttgtttagagtaggtttagatacaatgtggttg 8643784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 381 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 46200696 - 46200652
Alignment:
Q  381 ttcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgatta 425  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  46200696 ttcaaatatgttaaatcttataatgtatatatgttataattatta 46200652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 240; Significance: 1e-133; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 38 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 20495406 - 20494907
Alignment:
Q  38 ccaaattcaaccaaactttcatttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggtt 137  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  20495406 ccaaaatcacccaaaccttcatttgcacgaaaatcatccaatttgattcaactaaatcacaagtaagtacctttcctcctatttacatgcaatgtaggtt 20495307  T
Q  138 gtttagggtgttattttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgt 237  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  20495306 gtttagggtgttatattcataattttagcaaaatgtttatggtttaggttaagtttaaaaattgtaaattatgatagaattagatgttgtaattgatttt 20495207  T
Q  238 ttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttg------------aattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacata 325  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  20495206 ttatgttggcattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttgaatttgatgttgaattaacactaattgtgctag--tattttgaaatgcacata 20495109  T
Q  326 aggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgc-nnnnnnnnnnnnnnnnncttcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgatt 424  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20495108 aggtgtttgatgaaatgcctaagtgaggaaatcttgctttttggtgattttttttcttcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgatt 20495009  T
Q  425 ataagtttgcannnnnnnnnnnnnnggcaagtttgataagtttaattagtttggacataatgatataataaccgtatatttatgtaatgcgtatatgtta 524  Q
    |||||||||||                    ||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||    
T  20495008 ataagtttgcatttttt--------------tttggcaagtttgattagtttggacataatgatataataaccatatatttgtgtaatgcatatatgtta 20494923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 83 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 44119234 - 44118784
Alignment:
Q  83 cttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttcataattttagcaaaatgtttagggtt 181  Q
    |||||||||| | ||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||||| |||    
T  44119234 cttcaagtaattaacaagtaagttattttcttcctatttacatgcaatgtaggttgtttagggtgttagttttcatagttttagcaaaac-tttagtgtt 44119136  T
Q  182 taggttaggtttaa-aatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgta 280  Q
    ||||||||||||   || ||| ||||||||  |||||| |||||| ||||  |  |||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44119135 taggttaggtttttgaaattgaaaattatgttagaatttgatgttataatgtagggtttttgttggcattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgta 44119036  T
Q  281 gttgaattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnc 380  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  |||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||                      
T  44119035 gttgaattaacaccaattgtgctag--tattttgaaacgcacaaaaggtgtttgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgctctttttgtgtaatattt 44118938  T
Q  381 tt-caaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataagtttgcannnnnnnnnnnnnnggcaagtttgataagtttaattagtttgga 479  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    ||||  |||||| |||||||||||    
T  44118937 ttgcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataagtttgcattttttttttttt-------tttggcaagtttgattagtttgga 44118845  T
Q  480 cataatgatataataaccgtatatttatgtaatgcgtatatgttatgatgtttataagttt 540  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44118844 cataatgatataataaccgtatatttgtgtaatgcatatatgttatgatgtttataagttt 44118784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 38 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 23718578 - 23718333
Alignment:
Q  38 ccaaattcaaccaaactttcatttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggtt 137  Q
    ||||||| | |||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  23718578 ccaaatttacccaaaccttcatttgcacgaaaatcatctaatttgcttcaagtaaatcacaaataagtacctttcttcctatttacatgcaatgtaggtt 23718479  T
Q  138 gtttagggtgttattttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgt 237  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||    
T  23718478 gtttagggttgtattttcataattttagcaaaatg-ttagtgttgaggttaggtttaaaaattgcaaattattatagaatttgatgttgtaatggattgt 23718380  T
Q  238 ttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttg 284  Q
    |||| |||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23718379 ttattctgacattgttgtctagagtaggtttaggtacaatgtagttg 23718333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 40 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 42100617 - 42100288
Alignment:
Q  40 aaattcaaccaaactttcatttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgt 139  Q
    ||||||| |||| | |||||||| | |||||| ||||||||||| |||| ||||||||    ||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  42100617 aaattcacccaatccttcatttggaggaaaatcatccaatttgcctcaaataaatcaccc--aa--acctttcttcctatttacatgcaatgtaggttat 42100522  T
Q  140 ttagggtgttattttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgttt 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  42100521 ttagggtgttattttcataattttagcaaaatgtttagggtt-aggttatgtttaaaaattgcaaattatgatagaattagatgttgtaagtgattgttt 42100423  T
Q  240 atgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttg--------------aattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacata 325  Q
    ||| | | ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||              |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  42100422 atgtttgcattgttgtttatagtaggtttaggtacaacgtagttgaatttttgatgttgaattaacactaattgtgctag--tattttgaaatgcacata 42100325  T
Q  326 aggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgc 362  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | | ||||||||    
T  42100324 aggtgtttgatgaaatgcctaagtaaaataatcttgc 42100288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 109 - 260
Target Start/End: Original strand, 23877959 - 23878110
Alignment:
Q  109 tttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaatttgcaaatt 207  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||| || | ||||    
T  23877959 tttcttcctatttacatgcaatgtagattgtttagggtgttagtttttataattttagcaaaat-tttagtgtttaagttaggtttgaaaatttctaatt 23878057  T
Q  208 atgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggtattgttgtttaga 260  Q
    ||||  |||||||||||||| || |||||||||||| |  |||||||||||||    
T  23878058 atgagtgaattagatgttgtgatggattgtttatgcagaaattgttgtttaga 23878110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 48 - 225
Target Start/End: Original strand, 1550791 - 1550968
Alignment:
Q  48 ccaaactttcatttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtg 147  Q
    ||||||||  |||||| | ||||| |||||| || | |||| ||| ||||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||     
T  1550791 ccaaacttcaatttgctccaaaatcatccaaatttcatcaa-taattcacaagtaagttattttcttcctatttacatgcaatgtagattgtttagggta 1550889  T
Q  148 tta-ttttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttagg-tttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgtt 225  Q
    ||| ||||||||||||||||||||  ||||| ||||| |||||| |||  || ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  1550890 ttagttttcataattttagcaaaa-ctttagtgtttatgttaggtttttgaaattgcaaattatgatagaatttgatgtt 1550968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 381 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 8319124 - 8319077
Alignment:
Q  381 ttcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataa 428  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||    
T  8319124 ttcaaatatgttcaattttataatgtatatatgttgtaattattataa 8319077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 252 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 21551404 - 21551296
Alignment:
Q  252 ttgtttagagtaggtttaggtacaatgta-----------gttgaattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaa 340  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||           |||||| ||||||||| ||||||||  || |||| |||||||  |||||| |||||||||    
T  21551404 ttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttgtttagatgttgaaataacactaactgtgctag--taatttggaatgcactcaaggtgtttgatgaaa 21551307  T
Q  341 tgcctaagtga 351  Q
    |||||||||||    
T  21551306 tgcctaagtga 21551296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 252 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 21552450 - 21552342
Alignment:
Q  252 ttgtttagagtaggtttaggtacaatgta-----------gttgaattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaa 340  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||           |||||| ||||||||| ||||||||  || |||| |||||||  |||||| |||||||||    
T  21552450 ttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttgtttagatgttgaaataacactaactgtgctag--taatttggaatgcactcaaggtgtttgatgaaa 21552353  T
Q  341 tgcctaagtga 351  Q
    |||||||||||    
T  21552352 tgcctaagtga 21552342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 83 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 21551573 - 21551503
Alignment:
Q  83 cttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgttatttt 154  Q
    ||||||||||||||||| |||||   |||||||||||| |||||||| | ||||||||||| || |||||||    
T  21551573 cttcaagtaaatcacaa-taagtcattttcttcctatttacatgcaacggaggttgtttagtgttttatttt 21551503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 83 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 21552619 - 21552549
Alignment:
Q  83 cttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgttatttt 154  Q
    ||||||||||||||||| |||||   |||||||||||| |||||||| | ||||||||||| || |||||||    
T  21552619 cttcaagtaaatcacaa-taagtcattttcttcctatttacatgcaacggaggttgtttagtgttttatttt 21552549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 316 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 8319191 - 8319145
Alignment:
Q  316 aatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgc 362  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  8319191 aatgcacgtaaggtgtttgatgaaatgtctaagtgagaaaatgttgc 8319145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0184 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 2)
Name: scaffold0184
Description:

Target: scaffold0184; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 38 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 28520 - 28186
Alignment:
Q  38 ccaaattcaaccaaactttcatttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggtt 137  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  28520 ccaaaatcacccaaaccttcatttccacgaaaatcatccaatttgcttcaactaaatcacaagtaagtacctttcttcctatttacatgcaatgtaggtt 28421  T
Q  138 gtttagggtgttattttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgt 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  28420 gtttagggtgttattttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaaattgcaaattatgatagaattagatgttgtaattgatttt 28321  T
Q  238 ttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttgaatt------------aacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacata 325  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||            |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  28320 ttatgctgacattgttgtttagagtaggtttaggtacaatttagttgaatttgacgttgaataaacactaattgtgctag--tattttgaaatgcacata 28223  T
Q  326 aggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgc 362  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28222 aggtgtttgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgc 28186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0184; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 469 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 28090 - 28018
Alignment:
Q  469 attagtttggacataatgatataataaccgtatatttatgtaatgcgtatatgttatgatgtttataagttta 541  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  28090 attagtttggacataatgatataataactgtatatttgtgtaatgcatatatgttatgatgtttataagttta 28018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 38 - 541
Target Start/End: Original strand, 44324 - 44826
Alignment:
Q  38 ccaaattcaaccaaactttcatttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggtt 137  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  44324 ccaaaatcacccaaaccttcatttccacgaaaatcatccaatttgcttcaactaaatcacaagtaagtacctttcttcctatttacatgcaatgtaggtt 44423  T
Q  138 gtttagggtgttattttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgt 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  44424 gtttagggtgttattttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaaattgcaaattatgatagaattagatgttgtaattgatttt 44523  T
Q  238 ttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttgaatt------------aacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacata 325  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||            ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  44524 ttatgctgacattgttgtttagagtaggtttaggtacaatttagttgaatttgacgttgaataaacactaattgtgctagtat--tttgaaatgcacata 44621  T
Q  326 aggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgcnnnnnnnnnnnnnnnnn--cttcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgat 423  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||                   |||||||||| ||||||||||||    |||||||||||||||||    
T  44622 aggtgtttgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgcttttttgtgatttttttttcttcaaatattttcaattttata----atgtatgttataatgat 44717  T
Q  424 tataagtttgcannnnnnnnnnnnnnggcaagtttgataagtttaattagtttggacataatgatataataaccgtatatttatgtaatgcgtatatgtt 523  Q
    |||||||||  |               |||||||||         |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  44718 tataagtttaaatttttgtttttttttgcaagtttg---------attagtttggacataatgatataataactgtatatttgtgtaatgcatatatgtt 44808  T
Q  524 atgatgtttataagttta 541  Q
    ||||||||||||||||||    
T  44809 atgatgtttataagttta 44826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 162; Significance: 3e-86; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 39 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 4950773 - 4950452
Alignment:
Q  39 caaattcaaccaaactttcattt-gcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggtt 137  Q
    |||||||| ||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||| |||||||| |||| ||    
T  4950773 caaattcacccaaattttcattttgcacgaaaatcatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagttattttctttctatttacatgcaaggtagttt 4950674  T
Q  138 gtttagggtgttattttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgt 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| |||||| ||||  |  ||    
T  4950673 gtttagggtgttattttcataattttagcaaaacg-ttagtgtttaggttaggtttaaaaattgcaaattatgttagaatttgatgttataatgtagggt 4950575  T
Q  238 ttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttgaattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattgatg 337  Q
    || || ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||| |||||||| ||||||| ||||||    
T  4950574 ttttgttgacattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttgaattaacaataattgtgctag--tactttaaaatgcacttaaggtgtttgatg 4950477  T
Q  338 aaatgcctaagtgagaaaatcttgc 362  Q
    |||| |||||| || | ||||||||    
T  4950476 aaatacctaagagaaataatcttgc 4950452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 38 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 53562372 - 53562041
Alignment:
Q  38 ccaaattcaaccaaactttcatttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggtt 137  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  53562372 ccaaaatcacccaaaccttcatttacacgaaaatcatccaatttgcttcaagtaaat-acaagtaagtacctttcttcctatttacatgcaatgtaggtt 53562274  T
Q  138 gtttagggtgttattttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgt 237  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| |||||| ||||   | ||    
T  53562273 gtttagggtgttgttttcataattttagcaaaatg-ttaatgtttaggttaggtttaaaaattgcaaattatgttagaatttgatgttataatgtttggt 53562175  T
Q  238 ttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgta------------gttgaattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacata 325  Q
    || |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||    
T  53562174 ttttgctggcattattgtttaaagtaggtttaggtacaatgtagttgaatttgatgttgaattaacactaattgtgctag--tattttgaaatgcactta 53562077  T
Q  326 aggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttg 361  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || | |||||||    
T  53562076 aggtgtttgatgaaatgcctaagcgaaataatcttg 53562041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 146 - 540
Target Start/End: Original strand, 18895456 - 18895844
Alignment:
Q  146 tgttattttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctg 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  18895456 tgttattttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttgaaaattgcaaattatgatagaattagatgttgtaattgattgtttatgttg 18895555  T
Q  246 gtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttgaa------------ttaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgatt 333  Q
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||            |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||    
T  18895556 acattgttgtttagagtaggtttaggtacagtgtagttgaatttgatgttgatttaacactaattgtgctag--tattttgaaatgcacataaggtgttt 18895653  T
Q  334 gatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgcnnnnnnnnnnnnnnnnncttcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataagtttg 433  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||                  |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  18895654 gatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgcttttttgtgttttttt--ttcaaatatgttcaattttataatg--tgtatgttataatgattataagtttg 18895749  T
Q  434 cannnnnnnnnnnnnnggcaagtttgataagtttaattagtttggacataatgatataataaccgtatatttatgtaatgcgtatatgttatgatgttta 533  Q
    ||               |||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||| |||||||||||||||| |    
T  18895750 catttttttttttt---gcaagtttg---------attagtttggacataatgatataataaccataaatttgtgtaatgcatatatgttatgatgttga 18895837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 4 - 117
Target Start/End: Original strand, 18878918 - 18879031
Alignment:
Q  4 aacagaaacacattcacccaaattcaaaaacataccaaattcaaccaaactttcatttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaa 103  Q
    |||| |||||||||||   || |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18878918 aacaaaaacacattcaagaaagttcaaaaacatatcaaattcacccaaaccttcatttgcacgaaaattatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaa 18879017  T
Q  104 gtacctttcttcct 117  Q
     |||||||||||||    
T  18879018 ttacctttcttcct 18879031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 48 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 37222662 - 37222539
Alignment:
Q  48 ccaaactttcatttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtg 147  Q
    ||||||||  |||||| ||||||| |||||| || | |||| ||| | ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||  ||||||||    
T  37222662 ccaaacttcaatttgctcgaaaatcatccaaatttcatcaattaatttacaagaaagtacctttcttcttatttacatgcaatgtaggtttcttagggtg 37222563  T
Q  148 tta-ttttcataattttagcaaaa 170  Q
    ||| ||||||||||||||||||||    
T  37222562 ttagttttcataattttagcaaaa 37222539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 85 - 261
Target Start/End: Original strand, 48161734 - 48161910
Alignment:
Q  85 tcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttcat-aattttagcaaaatgtttagggttt 182  Q
    |||| ||| ||| |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||   | |||    
T  48161734 tcaattaattcataagtaagttcttttcttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataaatttgagcaaaatgtt--agtttt 48161831  T
Q  183 aggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggtattgttgtttagag 261  Q
    ||||||||||  ||| ||| |||||| |   || ||||||| | | || ||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  48161832 aggttaggttagaaaattgaaaattaagcatgatttagatgctttgatggattgtttatgctgtaattgttgtttagag 48161910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 85 - 362
Target Start/End: Original strand, 55146808 - 55147094
Alignment:
Q  85 tcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttcataatttt-agcaaaatgtttagggttt 182  Q
    |||| ||| |||||||||||| | || ||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||   | |||    
T  55146808 tcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttctttagggtgttagttttcataattttgagccaaatgtt--agtttt 55146905  T
Q  183 aggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgta-- 280  Q
    ||||||||||   || ||| ||||||     || ||||||||| |||   |||||||||||||| |||||||||||| |||  | |||||||||||||      
T  55146906 aggttaggttaggaaattgaaaattaaacttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttagtgtaaatgtaggtacaatgtagc 55147005  T
Q  281 ---------gttgaattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgc 362  Q
             ||| || |||||||| |||||||  || |||| | || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  55147006 cctttagatgttcaaataacactagttgtgctccta-atttag-aacgcacataaggtgtttgatgaaatgcctaagtgagaaaatgttgc 55147094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 48 - 159
Target Start/End: Original strand, 47867752 - 47867864
Alignment:
Q  48 ccaaactttcatttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtg 147  Q
    ||||||||  |||||| ||||||| |||||| || | |||| ||| ||||  |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  47867752 ccaaacttcaatttgctcgaaaatcatccaaatttcatcaattaattcactggtaagtacctttcttcttatttacatgcaatgtaggttgcttagggtg 47867851  T
Q  148 tta-ttttcataa 159  Q
    ||| |||||||||    
T  47867852 ttagttttcataa 47867864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 48 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 18946399 - 18946271
Alignment:
Q  48 ccaaactttcatttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtg 147  Q
    ||||||||  |||||| ||||||| || ||| || | |||| ||| ||||||||||||   || ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  18946399 ccaaacttcaatttgctcgaaaatcattcaaatttcatcaattaattcacaagtaagttatttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtg 18946300  T
Q  148 tta-ttttcat-aattttagcaaaatgtt 174  Q
    ||| ||||||| ||||| |||||||||||    
T  18946299 ttagttttcataaatttgagcaaaatgtt 18946271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 85 - 163
Target Start/End: Original strand, 30716120 - 30716199
Alignment:
Q  85 tcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttcataatttt 163  Q
    |||| ||| |||||||||||| | || ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30716120 tcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcagtgtagtttgtttagggtgttagttttcataatttt 30716199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 318 - 362
Target Start/End: Original strand, 30716364 - 30716408
Alignment:
Q  318 tgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgc 362  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30716364 tgcacataaggtgtttgatgaaatgcctaagtgagaaaatgttgc 30716408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 48 - 174
Target Start/End: Original strand, 45031679 - 45031807
Alignment:
Q  48 ccaaactttcatttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtg 147  Q
    ||||||||  |||||| ||||||| || ||| || | |||| ||| ||||||||||||   || |||||| || ||||||||||||| ||||||||| ||    
T  45031679 ccaaacttcaatttgctcgaaaatcattcaaatttcatcaattaattcacaagtaagttatttccttcctgtttacatgcaatgtagtttgtttaggatg 45031778  T
Q  148 tta-ttttcat-aattttagcaaaatgtt 174  Q
    ||| ||||||| ||||| |||||||||||    
T  45031779 ttagttttcataaatttgagcaaaatgtt 45031807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 381 - 429
Target Start/End: Original strand, 45032013 - 45032061
Alignment:
Q  381 ttcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataag 429  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  45032013 ttcaaatatcttcaattttataaagtatatatgttataattattataag 45032061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 381 - 429
Target Start/End: Original strand, 48162040 - 48162088
Alignment:
Q  381 ttcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataag 429  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  48162040 ttcaaatatcttcaattttataaagtatatatgttataattattataag 48162088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 381 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 53562019 - 53561971
Alignment:
Q  381 ttcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataag 429  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  53562019 ttcaaatatgttaaatcttataatgtatatatgttataattattataag 53561971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 394 - 433
Target Start/End: Original strand, 7833810 - 7833849
Alignment:
Q  394 aattttataatgtatgtatgttataatgattataagtttg 433  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  7833810 aattttataatgtatatatgttataatgattataaatttg 7833849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 383 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 4950431 - 4950385
Alignment:
Q  383 caaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataag 429  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  4950431 caaatatgttaaattttataatgtatatatgttataaatattataag 4950385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 381 - 427
Target Start/End: Original strand, 30716427 - 30716473
Alignment:
Q  381 ttcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattata 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||| ||||||    
T  30716427 ttcaaatatgttcaattttataatgtatatatgctgtaattattata 30716473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 381 - 427
Target Start/End: Original strand, 55147114 - 55147160
Alignment:
Q  381 ttcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattata 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||| ||||||    
T  55147114 ttcaaatatgttcaattttataatgtatatatgctgtaattattata 55147160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 384 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 183330 - 183285
Alignment:
Q  384 aaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataag 429  Q
    |||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  183330 aaatatcttcaattttataaagtatatatgttataattattataag 183285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 316 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 183398 - 183353
Alignment:
Q  316 aatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttg 361  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||||    
T  183398 aatgcacataaggtgtttgataaaatgcataagtgaggaaatcttg 183353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 112 - 145
Target Start/End: Original strand, 18894101 - 18894134
Alignment:
Q  112 cttcctattgacatgcaatgtaggttgtttaggg 145  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18894101 cttcctatttacatgcaatgtaggttgtttaggg 18894134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 381 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 18945746 - 18945698
Alignment:
Q  381 ttcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataag 429  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||| || |||||||| ||||||||    
T  18945746 ttcaaatatcttcaattttataaagtatatacgttataattattataag 18945698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 48 - 362
Target Start/End: Original strand, 7250254 - 7250566
Alignment:
Q  48 ccaaactttcatttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtg 147  Q
    ||||||||  |||||| ||||||| |||||| || | |||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  7250254 ccaaacttcaatttgctcgaaaatcatccaaatttcatcaattaattcacaagtaagtatctttcttcttatttacatgcaatgtaggttgcttagggtg 7250353  T
Q  148 tta-ttttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctgg 246  Q
    ||| ||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| |||||| ||||   | |||| ||||||    
T  7250354 ttagttttcataattttagcaaaac-tttagtgtttaggttaggtttaaaaattgcaaattatgttagaatttgatgttataatgtttggtttttgctgg 7250452  T
Q  247 tattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttgaattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatgccta 346  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||    
T  7250453 cattgttgtttaaagtaggtttaggtacaatgtagttgaattaacactaattgtgctag--tattttgaaatgcacttaaggtgtttgatgaaatgtcta 7250550  T
Q  347 agtgagaaaatcttgc 362  Q
    ||||| | ||||||||    
T  7250551 agtgaaataatcttgc 7250566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 83 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 10826888 - 10826425
Alignment:
Q  83 cttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttcataattttagcaaaatgtttagggtt 181  Q
    |||||||||| | ||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| |||    
T  10826888 cttcaagtaattaacaagtaagttattttcttcctatttacatgcaatgtaggttgtttagggtgttagttttcataattttagcaaaac-tttagtgtt 10826790  T
Q  182 taggttaggtttaa-aatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgta 280  Q
    ||||||||||||   || ||||||||||||  |||||| |||||| ||||  |  |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10826789 taggttaggtttttgaaattgcaaattatgttagaatttgatgttataatgtagagtttttgctggcattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgta 10826690  T
Q  281 gtt------------gaattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgcnnnnnn 368  Q
    |||            ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||          
T  10826689 gttcaatttgacgttgaattaacactaattgtgcaagtat--tttgaaatgcacataaggtgtttgatgaaatgcctaagtgataaaatcttgctttttt 10826592  T
Q  369 nnnnnnnnnnnctt-caaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataagtttgcannnnnnnnnnnnnnggcaagtttgataagttt 467  Q
                || ||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||                    ||||  ||||||    
T  10826591 tgtgtaatatttttgcaaatatattcaattttataatgtat--atgttataatgattataagtttgcatttttgtttttttt----tttttggcaagttt 10826498  T
Q  468 aattagtttggacataatgatataataaccgtatatttatgtaatgcgtatatgttatgatgtttataagttt 540  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10826497 gattagtttggacataatgatataataatcgtatatttgtgtaatgcatatatgttatgatgtttataagttt 10826425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 83 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 42449840 - 42449378
Alignment:
Q  83 cttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttcataattttagcaaaatgtttagggtt 181  Q
    |||||||||| | ||||||||||   |||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| |||    
T  42449840 cttcaagtaattaacaagtaagttattttctttctatttgcatgcaatgtaggttgtttagggtgttagttttcataattttagcaaaac-tttagtgtt 42449742  T
Q  182 taggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtag 281  Q
    ||||||||||||  || ||||||||||||  |||||| |||||| ||||  |  |||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42449741 taggttaggttttgaaattgcaaattatgttagaatttgatgttataatgtagggtttttgttggcattattgtttagagtaggtttaggtacaatgtag 42449642  T
Q  282 ttg------------aattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgcnnnnnnn 369  Q
    |||            |||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||           
T  42449641 ttgaatttgatgttgaattaacact-attgtgctag--tattttgaaatgcacataaggtgtttgatggaatgcctaagtgagaaaatcttgcttttttt 42449545  T
Q  370 nnnnnnnnnnctt----caaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataagtttgcannnnnnnnnnnnnnggcaagtttgataagt 465  Q
               ||    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||                    ||||| ||||    
T  42449544 tttgtgtaatatttttgcaaatatgttcaattttataatgtatatatgttataatgattataagtttgcatttttgtttttt--------tttgacaagt 42449453  T
Q  466 ttaattagtttggacataatgatataataaccgtatatttatgtaatgcgtatatgttatgatgtttataagttt 540  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  42449452 ttgattagtttggacataatgatataataaccgtatatttgtgtaatgcatatatgttatgatatttataagttt 42449378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 84 - 362
Target Start/End: Original strand, 23062439 - 23062726
Alignment:
Q  84 ttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgttattttcataattttagcaaaatgtttagggttta 183  Q
    ||||||||| | ||||||||||   ||| || ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||    
T  23062439 ttcaagtaattaacaagtaagttattttatttctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttattttcataattttagcaaaatg-ttattgttta 23062537  T
Q  184 ggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattg-tttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagt 282  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||  |||||| |||||| ||| || ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23062538 ggttaggtttaaaaattgtaaattatgttagaatttgatgttataa-tgtttgatttttgctggcattgttgtttagagtaggtttaagtacaatgtagt 23062636  T
Q  283 ------------tgaattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgc 362  Q
                ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  23062637 agaatttgatgatgaattaacactaattgtgcta--atattttgaaatgcacttaaggtgtttgatgaaatgcctaagtgagaaaatattgc 23062726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 85 - 259
Target Start/End: Original strand, 19870713 - 19870886
Alignment:
Q  85 tcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttcataatttt-agcaaaatgtttagggttt 182  Q
    |||| ||| ||||||||||||   || ||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| || ||||||||   | |||    
T  19870713 tcaattaattcacaagtaagttatttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagagtgttagttttcataattttgagtaaaatgtt--agtttt 19870810  T
Q  183 aggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggtattgttgtttag 259  Q
    ||||||||||  ||| ||| |||||| |   || ||||||||| |||   |||||||||||| | ||||||||||||    
T  19870811 aggttaggttagaaaattgaaaattaagtttgatttagatgttttaaagtattgtttatgct-gaattgttgtttag 19870886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 316 - 357
Target Start/End: Original strand, 19870952 - 19870993
Alignment:
Q  316 aatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaat 357  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19870952 aatgcacataaggtgtttgatgaaatgcctaagtgagaaaat 19870993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 383 - 435
Target Start/End: Original strand, 23062748 - 23062796
Alignment:
Q  383 caaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataagtttgca 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||    
T  23062748 caaatatgttcaattttataatgt----atgttataatgattataagtttgca 23062796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 381 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 9041917 - 9041869
Alignment:
Q  381 ttcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataag 429  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  9041917 ttcaaatatcttcaattttataaagtatatatgttataattattataag 9041869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 381 - 428
Target Start/End: Original strand, 19871018 - 19871065
Alignment:
Q  381 ttcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataa 428  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||    
T  19871018 ttcaaatatgatcaattttataatgtatatatgttgtaattattataa 19871065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 316 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 9041983 - 9041937
Alignment:
Q  316 aatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgc 362  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| |||||||||    
T  9041983 aatgcacataaggtgtttgataaaatgcataagtgaggaaatcttgc 9041937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 116 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 9042202 - 9042142
Alignment:
Q  116 ctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttcat-aattttagcaaaatgtt 174  Q
    ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||    
T  9042202 ctatttacatgtaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataaatttgagcaaaatgtt 9042142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 124; Significance: 2e-63; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 48 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 2121147 - 2120857
Alignment:
Q  48 ccaaactttcatttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtg 147  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  2121147 ccaaaccttcatttgcacgaaaatcatccaatttgcttcaaggaaatcacaagtaagtatatttcttcctatttacatgcaatgtaggttgttcagggtg 2121048  T
Q  148 ttattttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggt 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||      ||  ||||| ||||   | |||| |||||      
T  2121047 ttattttcataattttagcaaaatg-ttagtgtttaggttagatttaaaaattgcaaattatg------tt--atgttataatgtttggtttttgctgac 2120957  T
Q  248 attgttgtttagagtaggtttaggtacaatgta------------gttgaattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattga 335  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  2120956 attgttgtttaaagtaggtttaggtacaatgtatttgaatttgatgttgaattaacactaattgtgctag--tattttgaaatgcacttaaggtgtttga 2120859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 97 - 362
Target Start/End: Original strand, 21831294 - 21831567
Alignment:
Q  97 caagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgttattttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaa 196  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||| |    
T  21831294 caagtaagtacctttattcctatttacatgcaatgaaggttgtttagggtgttatattcataattttagcaaaatgtt-agtggttaggttaggtttaga 21831392  T
Q  197 atttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttg-----------a 285  Q
    | ||||||||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||           |    
T  21831393 aattgcaaattatgatagaatttaatgttgtaatggattgtttatgctggcattgttgcttagagtaagtttaggtacaatgtagttgtttagttgttca 21831492  T
Q  286 attaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgc 362  Q
    | || |||||||| ||||| || |||| | ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21831493 aatagcactaattctgctacta-atttag-aatgcacttaaggtgtttgatgaaatgcctaagtgagataatcttgc 21831567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 55 - 351
Target Start/End: Original strand, 34457166 - 34457473
Alignment:
Q  55 ttcatttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgttatttt 154  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  34457166 ttcatttgcacgaaaatcatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagttattttctttctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttatttt 34457265  T
Q  155 cataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggttt--aaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggtattg- 251  Q
    ||||| | |||||||||| ||||  |||||||||  |||  |||||||  || || ||  |||||| |||||| ||||  |  |||| |||||| ||||     
T  34457266 cataa-tatagcaaaatg-ttagtatttaggttacatttaaaaaatttcaaatttttgttagaatttgatgttataatgtagggtttttgctggcattgt 34457363  T
Q  252 ttgtttagagtaggtttaggtacaatgta------------gttgaattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattgatgaa 339  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  34457364 ttttttagagtaggtttaggtacaatgtagttgaatttgatgttgaattaacactaattgtgctag--tattttaaaatgcacttaaggtgtttgatgaa 34457461  T
Q  340 atgcctaagtga 351  Q
    ||||||||||||    
T  34457462 atgcctaagtga 34457473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 58 - 361
Target Start/End: Original strand, 26170621 - 26170935
Alignment:
Q  58 atttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttca 156  Q
    |||||| ||||||| |||||| || | |||| ||| |||||||||||| | ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  26170621 atttgctcgaaaatcatccaaatttcatcaattaactcacaagtaagttcttttcttcttatttacatgcaatgtaggttgtttagggtgttagttctca 26170720  T
Q  157 taattttagcaaaatgtttagggtttaggttagg-tttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggtattgttgt 255  Q
    ||||||||||||||  | |||  ||||||||||| |||  || |||||||||| || |||||| |||||| ||||  || |||  |||||| ||| ||||    
T  26170721 taattttagcaaaa-ctgtagtatttaggttaggtttttgaaattgcaaattacgatagaatttgatgttataatgtatggttcttgctggcattattgt 26170819  T
Q  256 ttagagtaggtttaggtacaatgtagttgaatt------------aacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatgc 343  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||            |||||||||||||||||  || |||||||||||| ||||||  ||||||||||||    
T  26170820 ttagagtaggtttaggtacaatgcagttgaatttaatgttgaatcaacactaattgtgctag--taatttgaaatgcacttaaggtatttgatgaaatgc 26170917  T
Q  344 ctaagtgagaaaatcttg 361  Q
    |||||||||| |||||||    
T  26170918 ctaagtgagataatcttg 26170935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 199 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 31509167 - 31508822
Alignment:
Q  199 ttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttgaatt---------- 288  Q
    ||||||||||||  |||||| |||||| ||||  |  |||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              
T  31509167 ttgcaaattatgttagaatttgatgttataatgtagggtttttgttggcattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttgaatttgattttgaa 31509068  T
Q  289 --aacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnctt--ca 384  Q
      ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||                  ||  ||    
T  31509067 ttaacactaattgtgctagtat--tttgaaatgcacataaggtgtttgatgaaattcctaagtgagaaaatcttgcttttttttgtgtaatatttttgca 31508970  T
Q  385 aatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataagtttgcannnnnnnnnnnnnnggcaagtttgataagtttaattagtttggacataa 484  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    ||||  |||||| ||||||||||||||||    
T  31508969 aatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataagtttgcatttttgtttttt--------tttggcaagtttgattagtttggacataa 31508878  T
Q  485 tgatataataaccgtatatttatgtaatgcgtatatgttatgatgtttataagttt 540  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  31508877 tgatataataactgtatatttgtgtaatgcatatatgttatgatgtttataagttt 31508822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 48 - 361
Target Start/End: Original strand, 19508023 - 19508346
Alignment:
Q  48 ccaaactttcatttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtg 147  Q
    ||||||||  |||||| ||||||| |||||| || | |||| ||| |||||||||||| | || ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||    
T  19508023 ccaaacttcaatttgctcgaaaatcatccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtactttgtttagggtg 19508122  T
Q  148 tta-ttttcataatttt-agcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctg 245  Q
    ||| |||| |||||||| |||||||||||   | |||||||||||||  ||| ||||||||||||   || ||||||| | | || ||||||||||||||    
T  19508123 ttagtttttataattttgagcaaaatgtt--agttttaggttaggttagaaaattgcaaattatgcatgatttagatgctttgatggattgtttatgctg 19508220  T
Q  246 gtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttgaat------------taacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgatt 333  Q
    | |||| ||||||||||| || | |||| |||||||||||||            ||||||||||||||||||  |||||||||  |||| ||||||| ||    
T  19508221 gaattgatgtttagagtaagtgttggtataatgtagttgaatttgatgttgaaataacactaattgtgctag--tattttgaatagcacttaaggtgttt 19508318  T
Q  334 gatgaaatgcctaagtgagaaaatcttg 361  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||    
T  19508319 gatgaaatgcctaagtgagagaatcttg 19508346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 94 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 40614553 - 40614276
Alignment:
Q  94 tcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttcataatttt-agcaaaatgtttagggtttaggttaggt 191  Q
    |||||||||||| | || ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||   | ||||||||||||    
T  40614553 tcacaagtaagttctttccttcctatatacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagcaaaatatt--agttttaggttaggt 40614456  T
Q  192 ttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgta----------- 280  Q
    |  ||| ||| |||||| |   || ||||||||| |||   |||||||||||||| ||||||||||| ||||  | |||||||||||||               
T  40614455 tagaaaattgaaaattaagcatgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttatagtaaatgtaggtacaatgtaaccctttagat 40614356  T
Q  281 gttgaattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgc 362  Q
    ||| || ||||| ||||||||||  || |||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  40614355 gttcaaataacattaattgtgctccta-atttag-aatgcacataaggtgtttgatgaaatgcctaagtgagaaaatattgc 40614276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 383 - 435
Target Start/End: Original strand, 29899652 - 29899704
Alignment:
Q  383 caaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataagtttgca 435  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  29899652 caaatatgttcaattttataatgtatatatgttataatgattataagtttgca 29899704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 83 - 193
Target Start/End: Original strand, 29899385 - 29899495
Alignment:
Q  83 cttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttcataattttagcaaaatgtttagggtt 181  Q
    |||||||||| | ||||||| ||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||||| |||    
T  29899385 cttcaagtaattaacaagtatgttattttcttcctatttcaatgcaatgtaggttgtttagggtgttagttttcataattttagcataa-ctttagtgtt 29899483  T
Q  182 taggttaggttt 193  Q
    ||||||||||||    
T  29899484 taggttaggttt 29899495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 383 - 429
Target Start/End: Original strand, 21831593 - 21831639
Alignment:
Q  383 caaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataag 429  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  21831593 caaatatgttaaattttataatgtatatatgttataatgattctaag 21831639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 248 - 357
Target Start/End: Original strand, 29899520 - 29899638
Alignment:
Q  248 attgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttg-----------aattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattgat 336  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||           || ||||||||||||||||  || |||| ||| ||| ||||||||| |||||    
T  29899520 attgttatttagagtaggtttaggtacaatgcagttgtttatatgttcaaataacactaattgtgctccta-atttagaa-tgcgcataaggtgtttgat 29899617  T
Q  337 gaaatgcctaagtgagaaaat 357  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  29899618 gaaatgcctaagtgagaaaat 29899638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 384 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 40614251 - 40614206
Alignment:
Q  384 aaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataag 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||    
T  40614251 aaatatgttcaattttataatgtatatatgttgtaattattataag 40614206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 248 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 13567174 - 13567138
Alignment:
Q  248 attgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttg 284  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13567174 attgttgtatagagtaggtttaggtacaatgtggttg 13567138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 381 - 429
Target Start/End: Original strand, 34457504 - 34457551
Alignment:
Q  381 ttcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataag 429  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  34457504 ttcaaatatgttaaattt-ataatgtatatatgttataattattataag 34457551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1813 (Bit Score: 110; Significance: 3e-55; HSPs: 2)
Name: scaffold1813
Description:

Target: scaffold1813; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 49 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 719 - 410
Alignment:
Q  49 caaactttcatttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgt 148  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||   |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||    
T  719 caaaccttcatttgcacgaaaatcatccaatttgcttcaagtaattaacaagtaagttattttctttctatttacatgcaatgtagtttgtttaggatgt 620  T
Q  149 tattttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggta 248  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||             ||||| ||||   | |||| |||||| |    
T  619 tattttcataattttagcaaaatg-ttagtgtttaggttaggtttaaaaattgcaaatt-------------atgttataatgtttggtttttgctggca 534  T
Q  249 ttgttgtttagagtaggtttaggtacaatgta------------gttgaattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattgat 336  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||            |||||||||||| ||||||||||||  |||||| |||||||| ||||||| || ||    
T  533 ttgttgtttagagtaggtttagatacaatgtagttgaatttgatgttgaattaacagtaattgtgctag--tattttaaaatgcacttaaggtgtttaat 436  T
Q  337 gaaatgcctaagtgagaaaatcttgc 362  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||    
T  435 gaaatgcctaagtgaaataatcttgc 410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1813; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 380 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 390 - 342
Alignment:
Q  380 cttcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataa 428  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||| |||||| |||||||    
T  390 cttcaaatatgttaaatcttataatgtatatatgctataattattataa 342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013 (Bit Score: 91; Significance: 8e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0013
Description:

Target: scaffold0013; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 109 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 86715 - 86463
Alignment:
Q  109 tttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttcataattttagcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaatttgcaaatt 207  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||| ||| || | ||||    
T  86715 tttcttcctatttacatacaatgtaggttgtttagggtgttagttttcataattttagcaaaat-tgtaatgtttaggttaggtttgaaaattactaatt 86617  T
Q  208 atgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttg-----------aattaacactaa 296  Q
    ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||| || |||  ||||||||||||           || |||||||||    
T  86616 atgagtgaattagatgttgtaatggattgtttatgctagaattgttgtttagagtaagtgtagacacaatgtagttgtttagatgttcaaataacactaa 86517  T
Q  297 ttgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgaga 353  Q
    ||||||||||| |||| | ||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||    
T  86516 ttgtgctagta-atttag-aatgcacttaaggtg-tttatgaaatgcctaagtgaga 86463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0916 (Bit Score: 67; Significance: 2e-29; HSPs: 3)
Name: scaffold0916
Description:

Target: scaffold0916; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 56 - 362
Target Start/End: Original strand, 445 - 760
Alignment:
Q  56 tcatttgcacgaaaatgatccaatttgcttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgttattttc 155  Q
    ||||||||  |||||| |||| | || |||||||||| ||||||||||||    ||  ||||||| ||||||||||||||||||||| |   |||||||     
T  445 tcatttgcttgaaaatcatcctaatttcttcaagtaagtcacaagtaagtcatcttaatcctatttacatgcaatgtaggttgtttatgactttatttta 544  T
Q  156 ataatttt--agcaaaatgtttagggtttaggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggtattgtt 253  Q
     ||| |||  ||||||||||| || ||||||||||||||  ||| ||| ||||||||| || ||| ||||||||    |||||||||||||   ||||||    
T  545 ctaaattttaagcaaaatgtt-agtgtttaggttaggttagaaaattgaaaattatgatagtatttgatgttgtttaggattgtttatgctaa-attgtt 642  T
Q  254 gtttagagtaggtttaggtacaatgtagttg-----------aattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatg 342  Q
    |||||||||| || ||| |||||||||||||           || |||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||    
T  643 gtttagagtaagtgtagttacaatgtagttgtttagatgttcaaataacactaattgtgctagta-atttagaa-tgcacttaaggtgtttgatgaaatg 740  T
Q  343 cctaagtgagaaaatcttgc 362  Q
    ||||| ||||||||||||||    
T  741 cctaaatgagaaaatcttgc 760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0916; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 381 - 435
Target Start/End: Original strand, 784 - 838
Alignment:
Q  381 ttcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataagtttgca 435  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  784 ttcaaatatgttcaattttataatgtatatatgttataatgattataagtttgca 838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0916; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 462 - 503
Target Start/End: Original strand, 857 - 898
Alignment:
Q  462 aagtttaattagtttggacataatgatataataaccgtatat 503  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  857 aagtttgattagtttggacataatgatataataaccatatat 898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 67; Significance: 2e-29; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 462 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 7811095 - 7811017
Alignment:
Q  462 aagtttaattagtttggacataatgatataataaccgtatatttatgtaatgcgtatatgttatgatgtttataagttt 540  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7811095 aagtttgattagtttggacataatgatataataaccgtatatttgtgtaatgcatatatgttatgatgtttataagttt 7811017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 217 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 19273400 - 19273246
Alignment:
Q  217 ttagatgttgtaattgattgtttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttg-----------aattaacactaattgtgctag 305  Q
    ||||||||| ||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||           || ||||||||||||||||      
T  19273400 ttagatgttttaatgtattgtttatgctggaattgttgtttagagtaggtttaggtacaatgtagttgtttagatgttcaaataacactaattgtgctcc 19273301  T
Q  306 tatattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgc 362  Q
    || |||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  19273300 ta-atttag-aatgcacataaggtgtttgatgaaatgcctaagtgagatattcttgc 19273246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 83 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 1259901 - 1259603
Alignment:
Q  83 cttcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttcataatttt-agcaaaatg-----ttt 175  Q
    |||||| ||| |||||||||||| | || ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||     |||    
T  1259901 cttcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttatatgcaatgtagtttgtttagggtgttagtttttataattttgagcaaaatgttagtttt 1259802  T
Q  176 ag---ggtttaggttaggtttaaaatttgcaaattatgacagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggtattgttgtttagagtaggtttaggt 272  Q
    ||   | ||||||||| |||  ||| ||||||||||||   || ||||||| | | || ||||||||||| ||  |||||||||||||||| || |||||    
T  1259801 agatagttttaggttaagttagaaaattgcaaattatgcatgatttagatgctttgatggattgtttatgttgtaattgttgtttagagtaagtgtaggt 1259702  T
Q  273 acaatgtagttg-----------aattaacactaattgtgctagtatattttgaaatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttg 361  Q
    ||||||||||||           || ||||||||||| ||||  || |||| | ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  1259701 acaatgtagttgtttagatgttcaaataacactaattatgctccta-atttag-aatgcacataaggtgtttgatgaaatgcgtaagtgagaaaatgttg 1259604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 85 - 174
Target Start/End: Original strand, 5614055 - 5614146
Alignment:
Q  85 tcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctattgacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttcataa-ttttagcaaaatgtt 174  Q
    |||| ||| |||||||||||| | || ||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||    
T  5614055 tcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtctgtttagggtgttagttttcataagtttgagcaaaatgtt 5614146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 381 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 1259583 - 1259535
Alignment:
Q  381 ttcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataag 429  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  1259583 ttcaaatatgtttaattttataatgtatatatgttataattattataag 1259535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 381 - 428
Target Start/End: Original strand, 5614374 - 5614421
Alignment:
Q  381 ttcaaatatgttcaattttataatgtatgtatgttataatgattataa 428  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||    
T  5614374 ttcaaatatgttcaattttataatgtatatatgttgtaattattataa 5614421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 316 - 362
Target Start/End: Original strand, 5614306 - 5614352
Alignment:
Q  316 aatgcacataaggtgattgatgaaatgcctaagtgagaaaatcttgc 362  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  5614306 aatgcacataaggtgtttgatgaaatgcttaagtgagaaaatgttgc 5614352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 397 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 19273206 - 19273170
Alignment:
Q  397 tttataatgtatgtatgttataatgattataagtttg 433  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  19273206 tttataatgtatataagttataatgattataagtttg 19273170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University