View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF0941_low_27 (Length: 451)
Name: NF0941_low_27
Description: NF0941
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF0941_low_27 |
 | |
|
| [»] scaffold0470 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 341; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 444
Target Start/End: Original strand, 19059187 - 19059605
Alignment:
| Q |
29 |
agttcggagtgaccatgtttgcagcaaacaagtaggtaagagcaaggcttgtgattacgatagacatgcctattgataaaagccacattgaaaacttatt |
128 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
19059187 |
agttcggagtgaccatgtttgcagcaaacaagtaggtaagagcaaggcttgagagtatgatagacatgcccattgataaaagccacattgaaaacttatt |
19059286 |
T |
|
| Q |
129 |
gtcgataggaattccactaacaagcacaagaataacactaagtgatgcaatgaaacaaattgtattgcatatcaaaaaagctagatagttattatgagat |
228 |
Q |
| |
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| T |
19059287 |
gtcgataggaattccactaacaagcacaagaataacactaagtgatgcaatgaaacaaattgtattgcatatcaaaaaagctagatacttatcatgagat |
19059386 |
T |
|
| Q |
229 |
tt---tgccaagatagcttctcctacgcatattgtggtatttattgtggatattaatattgtggaacagtcgttcctatcaccagcactaacttgcacaa |
325 |
Q |
| |
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| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||||| |
|
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| T |
19059387 |
ctagttgccaagatagcttctcctacgcatattgtggtatttattgtggatattaatattttgccacattcgttgctatcaccaacactagcttgcacaa |
19059486 |
T |
|
| Q |
326 |
cgccaccaggtggattagtggcaagtgaaaatgtcacagttgcgattagggaagctgttaaacttatgctacttttcatatcttttaaccattctatatc |
425 |
Q |
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|
|
| T |
19059487 |
cgccaccaggtggattagtggcaagtgaaaatgtcagagttgcgattagggaagctgttaaacttatgctacttttcatatcttttaaccattctatatc |
19059586 |
T |
|
| Q |
426 |
tttagaaggattttgttgg |
444 |
Q |
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| T |
19059587 |
tttagaaggatttttttgg |
19059605 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0470 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 1)
Name: scaffold0470
Description:
Target: scaffold0470; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 29 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 4800 - 4379
Alignment:
| Q |
29 |
agttcggagtgaccatgtttgcagcaaacaagtaggtaagagcaaggcttgtgattacgatagacatgcctattgataaaagccacattgaaaacttatt |
128 |
Q |
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| T |
4800 |
agtttggagtgaccattcctgcagcaaacaagtaggtaagagcaaggcctgagagtatgatggacatgactattgataaaagccatattaaaaatttatt |
4701 |
T |
|
| Q |
129 |
gtcgataggaattccactaacaagcacaagaataacactaagtgatgcaatgaaacaaattgtattgcatatcaaaaaagctagatagttattatgagat |
228 |
Q |
| |
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|
| T |
4700 |
gttgataggaattccactaacaagcacaaaaataacactaagtgatgcaatgaaacaaaatgtattgcatatcaaaaaagctagatagtcatcctttaat |
4601 |
T |
|
| Q |
229 |
---tttgccaagatagcttctcctacgcatattgtggtattt---attgtggatattaatattgtggaacagtcgttcctatcaccagcactaacttgca |
322 |
Q |
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| T |
4600 |
ctagttgccaagatagcttctcctaagcatattgtggtatttaccattctggtatttaatattgtggaacaatagttgctatcatcaagactagcttgca |
4501 |
T |
|
| Q |
323 |
caacgccaccaggtggattagtggcaagtgaaaatgtcacagttgcgattagggaagctgttaaacttatgctacttttcatatcttttaaccattctat |
422 |
Q |
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| T |
4500 |
caacgccaccaggtggattagtggcaagtgaaaatgtcagagttgcgatcagggaagctgttaaacttatgctacctttcatatcgtctaaccatttatt |
4401 |
T |
|
| Q |
423 |
atctttagaaggattttgttgg |
444 |
Q |
| |
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| T |
4400 |
atctttagaaggattttgttgg |
4379 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 29 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 6615514 - 6615093
Alignment:
| Q |
29 |
agttcggagtgaccatgtttgcagcaaacaagtaggtaagagcaaggcttgtgattacgatagacatgcctattgataaaagccacattgaaaacttatt |
128 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||| |||||| |||||||||||||||| ||| |||| ||||| |
|
|
| T |
6615514 |
agtttggagtgaccattcctgcagcaaacaagtaggtaagagcaaggcctgagagtatgatggacatgactattgataaaagccatattaaaaatttatt |
6615415 |
T |
|
| Q |
129 |
gtcgataggaattccactaacaagcacaagaataacactaagtgatgcaatgaaacaaattgtattgcatatcaaaaaagctagatagttattatgagat |
228 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || | || |
|
|
| T |
6615414 |
gttgataggaattccactaacaagcacaaaaataacactaagtgatgcaatgaaacaaaatgtattgcatatcaaaaaagctagatagtcatcctttaat |
6615315 |
T |
|
| Q |
229 |
---tttgccaagatagcttctcctacgcatattgtggtattt---attgtggatattaatattgtggaacagtcgttcctatcaccagcactaacttgca |
322 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||| | ||| |||||| || |||| |||||| |
|
|
| T |
6615314 |
ctagttgccaagatagcttctcctaagcatattgtggtatttaccattctggtatttaatattgtggaacaatagttgctatcatcaagactagcttgca |
6615215 |
T |
|
| Q |
323 |
caacgccaccaggtggattagtggcaagtgaaaatgtcacagttgcgattagggaagctgttaaacttatgctacttttcatatcttttaaccattctat |
422 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||| | |
|
|
| T |
6615214 |
caacgccaccaggtggattagtggcaagtgaaaatgtcagagttgcgatcagggaagctgttaaacttatgctacctttcatatcgtctaaccatttatt |
6615115 |
T |
|
| Q |
423 |
atctttagaaggattttgttgg |
444 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6615114 |
atctttagaaggattttgttgg |
6615093 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 34 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 6756824 - 6756452
Alignment:
| Q |
34 |
ggagtgaccatgtttgcagcaaacaagtaggtaagagcaaggcttgtgattacgatagacatgcctattgataaaagccacattgaaaacttattgtcga |
133 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |
|
|
| T |
6756824 |
ggagtgaccatgtttgcagcatacaagtaggtaagagcaaggcttgtgattacgatagacatgcctattgataaaagccacattgaaaatttattgttga |
6756725 |
T |
|
| Q |
134 |
taggaattccactaacaagcacaagaataacactaagtgatgcaatgaaacaaattgtattgcatatcaaaaaagctagatagttattatga-gat--tt |
230 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | || |||| ||| | |
|
|
| T |
6756724 |
taggaattccactaacaagcaagagaataacactaagtgatgcaatgaaacaaattgtattgcatatcaaaaatcttaaatattcatcatgatgataagt |
6756625 |
T |
|
| Q |
231 |
tgccaagatagcttctcctacgcatattgtggtatttattgtggatattaatattgtggaacagtcgttcctatcaccagcactaacttgcacaacgcca |
330 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| | ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
6756624 |
agctaagatagcttctcctgcgcatattgtgggatt---------------tattgtggaacattggttgctatcaccaacactagcttgcacaacgcca |
6756540 |
T |
|
| Q |
331 |
ccaggtggattagtggcaagtgaaaatgtcacagttgcgattagggaagctgttaaacttatgctacttttcatatcttttaaccatt |
418 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
6756539 |
ccaggtggattagtggcaagtgaaaatgtcatagttgcgattatggaagctgttaaacttatgctacctttcatatgctttaaccatt |
6756452 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 34 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 6750033 - 6749661
Alignment:
| Q |
34 |
ggagtgaccatgtttgcagcaaacaagtaggtaagagcaaggcttgtgattacgatagacatgcctattgataaaagccacattgaaaacttattgtcga |
133 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |
|
|
| T |
6750033 |
ggagtgaccatgtttgcagcatacaagtaggtaagagcaaggcttgtgattacgatagacatgcctattgataaaagccacattgaaaatttattgttga |
6749934 |
T |
|
| Q |
134 |
taggaattccactaacaagcacaagaataacactaagtgatgcaatgaaacaaattgtattgcatatcaaaaaagctagatagttattatgagatt---t |
230 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | || |||| | | | |
|
|
| T |
6749933 |
taggaattccactaacaagcaagagaataacactaagtgatgcaatgaaacaaattgtattgcatatcaaaaatcttaaatattcatcatgataataagt |
6749834 |
T |
|
| Q |
231 |
tgccaagatagcttctcctacgcatattgtggtatttattgtggatattaatattgtggaacagtcgttcctatcaccagcactaacttgcacaacgcca |
330 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||| | | ||||| || |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6749833 |
agctaagatagcttctcctgcgcatattgtgggat---------------atattgtggaacaaaggataatatcaacaacactaacttgcacaacgcca |
6749749 |
T |
|
| Q |
331 |
ccaggtggattagtggcaagtgaaaatgtcacagttgcgattagggaagctgttaaacttatgctacttttcatatcttttaaccatt |
418 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
6749748 |
ccaggtggattagtggcaagtgaaaatgtcatagttgcgattatggaagctgttaaacttatgctacctttcatatgctttaaccatt |
6749661 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 40 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 6658986 - 6658620
Alignment:
| Q |
40 |
accatgtttgcagcaaacaagtaggtaagagcaaggcttgtgattacgatagacatgcctattgataaaagccacattgaaaacttattgtcgataggaa |
139 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |
|
|
| T |
6658986 |
accatctttgcagcaaacaagtaggtaagagcaaggcttgtgattacgatagacatgcctattgataaaagccacattgaaaatttattgttgataggaa |
6658887 |
T |
|
| Q |
140 |
ttccactaacaagcacaagaataacactaagtgatgcaatgaaacaaattgtattgcatatcaaaaaagctagatagttattatgagatt---ttgccaa |
236 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | || |||| | | | || || |
|
|
| T |
6658886 |
ttccactaacaagcaagagaataacactaagtgatgcaatgaaacaaattgtattgcatatcaaaaatcttaaatattcatcatgataataagtagctaa |
6658787 |
T |
|
| Q |
237 |
gatagcttctcctacgcatattgtggtatttattgtggatattaatattgtggaacagtcgttcctatcaccagcactaacttgcacaacgccaccaggt |
336 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||| | || ||||| || |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6658786 |
gatagcttctcctgcgcatattgtgggat---------------atattgtggaacaacgggtcttatcatcaacactaacttgcacaacgccaccaggt |
6658702 |
T |
|
| Q |
337 |
ggattagtggcaagtgaaaatgtcacagttgcgattagggaagctgttaaacttatgctacttttcatatcttttaaccatt |
418 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
6658701 |
ggattagtggcaagtgaaaatgtcatagttgcgattatggaagctgttaaacttatgctacctttcatatgctttaaccatt |
6658620 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 40 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 6739388 - 6739022
Alignment:
| Q |
40 |
accatgtttgcagcaaacaagtaggtaagagcaaggcttgtgattacgatagacatgcctattgataaaagccacattgaaaacttattgtcgataggaa |
139 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |
|
|
| T |
6739388 |
accatctttgcagcaaacaagtaggtaagagcaaggcttgtgattacgatagacatgcctattgataaaagccacattgaaaatttattgttgataggaa |
6739289 |
T |
|
| Q |
140 |
ttccactaacaagcacaagaataacactaagtgatgcaatgaaacaaattgtattgcatatcaaaaaagctagatagttattatgagatt---ttgccaa |
236 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | || |||| | | | || || |
|
|
| T |
6739288 |
ttccactaacaagcaagagaataacactaagtgatgcaatgaaacaaattgtattgcatatcaaaaatcttaaatattcatcatgataataagtagctaa |
6739189 |
T |
|
| Q |
237 |
gatagcttctcctacgcatattgtggtatttattgtggatattaatattgtggaacagtcgttcctatcaccagcactaacttgcacaacgccaccaggt |
336 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||| | || ||||| || |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6739188 |
gatagcttctcctgcgcatattgtgggat---------------atattgtggaacaacgggtcttatcatcaacactaacttgcacaacgccaccaggt |
6739104 |
T |
|
| Q |
337 |
ggattagtggcaagtgaaaatgtcacagttgcgattagggaagctgttaaacttatgctacttttcatatcttttaaccatt |
418 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
6739103 |
ggattagtggcaagtgaaaatgtcatagttgcgattatggaagctgttaaacttatgctacctttcatatgctttaaccatt |
6739022 |
T |
|
Back To:
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