View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0941_low_37 (Length: 405)

Name: NF0941_low_37
Description: NF0941
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0941_low_37
NF0941_low_37
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (29-393)||(53146119-53146483)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (29-341)||(5532346-5532658)
chr4 (29-347)||(5921369-5921687)
chr4 (148-347)||(5934829-5935028)
chr4 (140-347)||(38177153-38177360)
chr4 (29-89)||(38177411-38177471)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (32-344)||(45452574-45452886)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (31-338)||(34841417-34841724)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (136-347)||(45320229-45320440)
chr8 (148-341)||(40916443-40916636)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (127-347)||(11732009-11732229)
chr2 (29-89)||(11732267-11732327)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 365; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 53146483 - 53146119
Alignment:
Q  29 agctggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttgcacctctcacttctcgtgggtctcagcagtatgtatcccttac 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53146483 agctggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttgcacctctcacttctcgtgggtctcagcagtatgtatcccttac 53146384  T
Q  129 tgtcccggaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcaga 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53146383 tgtcccggaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcaga 53146284  T
Q  229 ggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtcta 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53146283 ggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtcta 53146184  T
Q  329 gtgtgtgtgatatcccacccaagaatttgaagatgtcgtccacttttattgggaactctacttca 393  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53146183 gtgtgtgtgatatcccacccaagaatttgaagatgtcgtccacttttattgggaactctacttca 53146119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 125; Significance: 3e-64; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 29 - 341
Target Start/End: Original strand, 5532346 - 5532658
Alignment:
Q  29 agctggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttgcacctctcacttctcgtgggtctcagcagtatgtatcccttac 128  Q
    |||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||| || ||||||||     | || |     
T  5532346 agcttgctgtgaatctcattccattcccgcgtcttcactttttcatggtgggatttgctcctttgacttcccgtggctcccagcagtacaggactctaag 5532445  T
Q  129 tgtcccggaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcaga 228  Q
    |||||| || || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| | ||||| || || ||||| |||    
T  5532446 tgtccctgagctcactcaacaaatgtgggatgccaagaacatgatgtgtgctgctgaccctaggcatgggcgatacctcactgcttcagccatgtttaga 5532545  T
Q  229 ggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtcta 328  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5532546 ggcaagatgagcaccaaggaggttgatgaacaaatgatgaatgtccagaacaagaactcatcctactttgttgaatggattccaaacaatgtgaagtcta 5532645  T
Q  329 gtgtgtgtgatat 341  Q
     ||| ||||||||    
T  5532646 ctgtctgtgatat 5532658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 29 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 5921687 - 5921369
Alignment:
Q  29 agctggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttgcacctctcacttctcgtgggtctcagcagtatgtatcccttac 128  Q
    |||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||| | || ||||||||| | |||||  | || |||||||||||     |  | |     
T  5921687 agcttgctgtgaatctcattccattccctcgtcttcactttttcatgttgggttttgcacctttgacttcaagaggttctcagcagtaccgtgctttgag 5921588  T
Q  129 tgtcccggaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcaga 228  Q
    ||| || || || ||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||| |||| || |||||| | |||||||| || || ||||||    
T  5921587 tgtaccagagctcactcagcaaatgtgggattccaagaatatgatgtgtgctgccgaccctagacacggacgatacctcactgcatcagccatcttcaga 5921488  T
Q  229 ggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtcta 328  Q
    || || |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| || ||||||||||| |||||||| || || |    
T  5921487 ggcaaaatgagcactaaagaagttgatgaacaaatgatcaatgttcagaacaagaactcatcctacttcgtcgaatggattccaaacaatgtcaaatcaa 5921388  T
Q  329 gtgtgtgtgatatcccacc 347  Q
     ||| |||||||| |||||    
T  5921387 ctgtttgtgatattccacc 5921369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 148 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 5935028 - 5934829
Alignment:
Q  148 caaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaag 247  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || || ||| | |||||||| || || |||||||| ||||||||||| || |    
T  5935028 caaatgtgggattccaagaacatgatgtgtgctgctgaccctagacacggacggtacctcactgcatcagccatcttcagaggcaagatgagcacaaagg 5934929  T
Q  248 aggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatatcccacc 347  Q
    | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| |||||||| || || | ||| |||||||| |||||    
T  5934928 aagttgatgaacaaatgatcaatgttcagaacaagaactcatcctacttcgttgaatggattccaaacaatgtcaaatcaactgtttgtgatattccacc 5934829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 140 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 38177360 - 38177153
Alignment:
Q  140 tgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgag 239  Q
    ||||||| || |||||||| || |||||||||||||| ||||| || || || || ||||| || || ||||| || ||||||||| | || ||||||||    
T  38177360 tgactcagcagatgtgggatgctaagaatatgatgtgcgctgcagatccacgccacggtcgttatttgactgcttcagcaatgttccgtggtaagatgag 38177261  T
Q  240 caccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgat 339  Q
    |||||| ||||| || || || || || ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| |||||||||    
T  38177260 caccaaggaggtggacgagcagatgattaatgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtggatacccaacaacgtcaagtctagcgtgtgtgat 38177161  T
Q  340 atcccacc 347  Q
    || |||||    
T  38177160 ataccacc 38177153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 29 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 38177471 - 38177411
Alignment:
Q  29 agctggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttgcacc 89  Q
    |||| |||||||| || ||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  38177471 agcttgctgtcaaccttatcccattccctcgtctccatttctttatggttgggtttgcacc 38177411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 93; Significance: 4e-45; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 32 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 45452886 - 45452574
Alignment:
Q  32 tggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttgcacctctcacttctcgtgggtctcagcagtatgtatcccttactgt 131  Q
    |||| |||||||| || || ||||| ||| | || || || ||||| || ||||| || |||||||||||||| || ||||||||   | | ||||||||    
T  45452886 tggcagtcaatctcattcctttccctcgtttgcatttcttcatggtgggatttgccccactcacttctcgtggttcacagcagtacagagctcttactgt 45452787  T
Q  132 cccggaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagagga 231  Q
     || || ||||| || || ||||||||  | ||||| |||||||| || ||||| ||||| || ||||| || || || |||||||| |||||| | ||     
T  45452786 acctgagctgacccagcagatgtgggattcaaagaacatgatgtgcgccgctgatcctcgccacggtcgttatttgacagcatctgccatgttccgtggt 45452687  T
Q  232 aagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtg 331  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | ||    
T  45452686 aagatgagcaccaaggaggttgatgagcagatgatcaatgttcagaacaagaattcatcatactttgttgagtggattcccaacaatgtgaaatccactg 45452587  T
Q  332 tgtgtgatatccc 344  Q
    | |||||||||||    
T  45452586 tctgtgatatccc 45452574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 31 - 338
Target Start/End: Original strand, 34841417 - 34841724
Alignment:
Q  31 ctggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttgcacctctcacttctcgtgggtctcagcagtatgtatcccttactg 130  Q
    ||||| || ||||| ||||||||||| || || ||||| || |||||||| ||||| ||||| || || ||||| |||||||| ||     |  | ||||    
T  34841417 ctggcagtgaatctcatcccattccctcgcctgcacttcttcatggttggttttgctcctcttacatcccgtggctctcagcaataccgtgcattgactg 34841516  T
Q  131 tcccggaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagagg 230  Q
    | || ||||| || || || ||||||||  |||| || ||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| | ||||| ||||| |||||||| ||    
T  34841517 ttccagaactcacccagcagatgtgggattccaaaaacatgatgtgtgctgctgatcctaggcatggtcgatacctcactgcgtctgccatgttcagggg 34841616  T
Q  231 aaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagt 330  Q
     |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||    
T  34841617 taagatgagcaccaaagaggtggatgagcaaatgataaatgtccagaacaagaactcttcctactttgttgagtggatccccaacaatgttaagtcaagt 34841716  T
Q  331 gtgtgtga 338  Q
    || |||||    
T  34841717 gtttgtga 34841724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 76; Significance: 5e-35; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 136 - 347
Target Start/End: Original strand, 45320229 - 45320440
Alignment:
Q  136 gaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaaga 235  Q
    ||||| || ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || || || || ||||| || || ||||| || || ||  |||| ||||| || |    
T  45320229 gaacttacacaacagatgtgggatgccaagaacatgatgtgtgcggcggatccacgccatggccgttatttaacagcctcagcggtgtttagagggaaaa 45320328  T
Q  236 tgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtg 335  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||  | || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||    
T  45320329 tgagcacaaaagaagtggatgaacaggtaatgaatgtgcagaacaagaattcttcttacttcgttgaatggattcccaataatgtgaagtccagtgtctg 45320428  T
Q  336 tgatatcccacc 347  Q
    |||| |||||||    
T  45320429 tgatgtcccacc 45320440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 148 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 40916636 - 40916443
Alignment:
Q  148 caaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaag 247  Q
    ||||||||||| || |  || ||||||||||||||||| ||  |||||||| | ||  |||| || || ||||||||| | || || |||||||| ||||    
T  40916636 caaatgtgggatgcaagaaacatgatgtgtgctgctgatccaagacatggtaggtatctaacagcctcggcaatgttccgtggcaaaatgagcacaaaag 40916537  T
Q  248 aggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatat 341  Q
    | |||||| |||| || || ||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  40916536 aagttgatcaacagatgataaatgttcagaacaagaactcgtcttactttgtggaatggattccaaacaatgtgaaatcaagtgtttgtgatat 40916443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 69; Significance: 8e-31; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 127 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 11732229 - 11732009
Alignment:
Q  127 actgtcccggaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttca 226  Q
    ||||| || ||| ||||||| || ||||||||  | ||||| ||||||||||||||||| || || ||||| || || || || ||||| |||||||||     
T  11732229 actgtaccagaattgactcagcagatgtgggattcaaagaacatgatgtgtgctgctgatccacgccatggccgttatttgaccgcatcagcaatgttcc 11732130  T
Q  227 gaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtc 326  Q
    | || ||||||||||| || || || ||||| || || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||||| |||||    
T  11732129 gtggtaagatgagcacaaaggaagtagatgagcagatgatcaatgtgcaaaacaagaactcttcatactttgttgagtggataccaaataatgttaagtc 11732030  T
Q  327 tagtgtgtgtgatatcccacc 347  Q
     || || ||||||||||||||    
T  11732029 cagcgtatgtgatatcccacc 11732009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 29 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 11732327 - 11732267
Alignment:
Q  29 agctggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttgcacc 89  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| || || || || || |||||||||||||||||    
T  11732327 agcttgctgtcaatcttatcccattccctcggctccatttcttcatggttgggtttgcacc 11732267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University