View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0942_high_5 (Length: 670)

Name: NF0942_high_5
Description: NF0942
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0942_high_5
NF0942_high_5
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (124-658)||(48700438-48700972)
chr4 (124-658)||(42267069-42267603)
chr4 (124-657)||(30948800-30949333)
chr4 (125-658)||(2000051-2000584)
chr4 (130-615)||(21513658-21514150)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (124-658)||(5821892-5822426)
chr3 (124-658)||(2815880-2816414)
chr3 (125-658)||(42586117-42586650)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (124-658)||(9442709-9443243)
chr8 (125-658)||(24597106-24597639)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (124-658)||(27877326-27877860)
chr6 (512-592)||(8479998-8480078)
chr6 (629-658)||(30968537-30968566)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (124-658)||(41719576-41720110)
chr5 (128-658)||(34353179-34353706)
chr5 (408-612)||(31502110-31502314)
chr5 (97-126)||(10138870-10138899)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (124-658)||(826645-827179)
chr2 (256-640)||(15603853-15604237)
chr2 (365-633)||(15603424-15603691)
chr2 (148-418)||(13842485-13842755)
chr2 (475-658)||(13842766-13842949)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (130-658)||(8137082-8137610)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 519; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 519; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 124 - 658
Target Start/End: Original strand, 48700438 - 48700972
Alignment:
Q  124 tcccagaagcatgtataaattacttgtgatcttttctgctttcatcaccacaagattgcctttcactactttcaagattccactttcagtgtggatctta 223  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48700438 tcccagaagcatgtatagattacttgtgatcttttctgctttcatcaccacaagattgcctttcactactttcaagattccactttcagtgtggatctta 48700537  T
Q  224 cacccgagatcatccaattgtccaacagacaataaattcttcttcaacccctttacatgacgcactccttgtatttttctaacagtaccatcatgcatct 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48700538 cacccgagatcatccaattgtccaacagacaataaattcttcttcaacccctttacatgacgcactccttgtatttttctaacagtaccatcatgcatct 48700637  T
Q  324 ttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatctcg 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  48700638 ttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagaaaaaccaatctcg 48700737  T
Q  424 gtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacaggatt 523  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  48700738 gtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactggttgctgcttcactatacaggatt 48700837  T
Q  524 tccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttacgt 623  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48700838 tccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcagaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttacgt 48700937  T
Q  624 gccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 658  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48700938 gccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 48700972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 511; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 124 - 658
Target Start/End: Complemental strand, 42267603 - 42267069
Alignment:
Q  124 tcccagaagcatgtataaattacttgtgatcttttctgctttcatcaccacaagattgcctttcactactttcaagattccactttcagtgtggatctta 223  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42267603 tcccagaagcatgtatagattacttgtgatcttttctgctttcatcaccacaagattgcctttcactactttcaagattccactttcagtgtggatctta 42267504  T
Q  224 cacccgagatcatccaattgtccaacagacaataaattcttcttcaacccctttacatgacgcactccttgtatttttctaacagtaccatcatgcatct 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  42267503 cacccgagatcatccaattgtccaacagacaataaattcttcttcaacccctttacatgacgcactccttgtatttttcgaacagtaccatcatgcatct 42267404  T
Q  324 ttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatctcg 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42267403 ttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatggtcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagaaaaaccaatctcg 42267304  T
Q  424 gtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacaggatt 523  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42267303 gtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactggttgctgcttcactatacaggatt 42267204  T
Q  524 tccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttacgt 623  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42267203 tccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcagaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttacgt 42267104  T
Q  624 gccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 658  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42267103 gccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 42267069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 490; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 124 - 657
Target Start/End: Original strand, 30948800 - 30949333
Alignment:
Q  124 tcccagaagcatgtataaattacttgtgatcttttctgctttcatcaccacaagattgcctttcactactttcaagattccactttcagtgtggatctta 223  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30948800 tcccagaagcatgtatagattacttgtgatcttttctgctttcatcaccacaagattgcctttcactactttcaagattccactttcactgtggatctta 30948899  T
Q  224 cacccgagatcatccaattgtccaacagacaataaattcttcttcaacccctttacatgacgcactccttgtatttttctaacagtaccatcatgcatct 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30948900 cacccgagatcatccaattgtccaacagacaataaattcttcttcaacccctttacatgacgcactccttgtatttttctaacagtaccatcatgcatct 30948999  T
Q  324 ttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatctcg 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30949000 ttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacactgatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatctcg 30949099  T
Q  424 gtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacaggatt 523  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30949100 gtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccatacatcgttgagttgtctttcgccttcagaactggttgctgcttcactatacaggatt 30949199  T
Q  524 tccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttacgt 623  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  30949200 tccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgtagcttcagaattcttctctccattcttcttattattccaacactccttctttacgt 30949299  T
Q  624 gccctttcatgccacaaccgtagcatttgatatt 657  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30949300 gccctttcatgccacaaccgtagcatttgatatt 30949333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 125 - 658
Target Start/End: Complemental strand, 2000584 - 2000051
Alignment:
Q  125 cccagaagcatgtataaattacttgtgatcttttctgctttcatcaccacaagattgcctttcactactttcaagattccactttcagtgtggatcttac 224  Q
    |||| ||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||| || || || || |||||||| ||| |||||| || |||||||||||| |    
T  2000584 cccacaagcatgtatagattatttgtgagcttttctgctttcatcaccacgaggtttccctttactacttttaagtttccaccttgagtgtggatcttgc 2000485  T
Q  225 acccgagatcatccaattgtccaacagacaataaattcttcttcaacccctttacatgacgcactccttgtatttttctaacagtaccatcatgcatctt 324  Q
    | ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||  ||||||  ||||| || ||||||||||| | || ||||||| ||||  ||||    
T  2000484 atccgaggtcatccaattgcccaatagacaataaattcttcttcaagtcctttatgtgacgtaccccttgtattttgcgaatagtaccagcatgtgtctt 2000385  T
Q  325 taatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatctcgg 424  Q
    || | |||||||||| |  ||| ||| |||||| |  |||||||| |||||| | ||||||| ||| |||||||| ||||| | | ||||||||||   |    
T  2000384 tattttgatagtaccaatcccaacaacttctaaagtgtgatcattgcccatgaatacagatcattccgagataggttcataggtgcaaaaccaatccttg 2000285  T
Q  425 tgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtcttt-cgcctttagaactagttgctgcttcactatacaggatt 523  Q
    ||||||||||| || ||||| || ||| | |||| ||||||  |||| ||||| ||  ||| | |||||||||||| ||||| ||   ||||||| ||||    
T  2000284 tgtggagtcatatgtcatgtggcgcctaagtccactatccaaccatcattgag-cgcatttccacctttagaactaattgctactctgctatacaagatt 2000186  T
Q  524 tccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttacgt 623  Q
    || || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||  |||||||||||||| | ||| | |||||||||||| ||||    |    
T  2000185 tctccatcatctgaggtacttgcaacacaaccttgagaggttgacgcttctgatgtcttctctccattccttttgttgttccaacactccctcttataat 2000086  T
Q  624 gccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 658  Q
    ||||| |||| ||||||| ||||||||||| ||||    
T  2000085 gccctctcataccacaactgtagcatttgaaattc 2000051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 130 - 615
Target Start/End: Original strand, 21513658 - 21514150
Alignment:
Q  130 aagcatgtataaattacttgtgatcttttctgctttcatcaccacaagattgcctttcactactttcaagattccactttcagtgtggatcttacacccg 229  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||||   |||||||| ||   |    
T  21513658 aagcatgtataaattacttgtcatcttttctgcttttatcaccacaagattatctttcaccacttttaagattccactttcatcatggatcttgcattag 21513757  T
Q  230 agatcatccaattgtccaacagacaataaattcttcttcaacccctttacatgacgcactccttgtatttttctaacagtaccatcatgcatctttaatc 329  Q
    || | | ||||||     |  |||||||||||||| || ||||| ||||||||||  || || |||||||| | |||| |||||||||| |||||||||     
T  21513758 agttgacccaatttctttagcgacaataaattctttttgaacccatttacatgacttaccccatgtattttgcaaacaataccatcatgtatctttaatg 21513857  T
Q  330 tgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatctcggtgtgg 429  Q
    | |||||  |||||||| ||||||| |  | ||  ||||||    ||||||||  ||||| ||||||  ||| ||||||| |||| ||||||| |||| |    
T  21513858 taatagtgacgactccaacaatttcaacagtatagtcattttatgtgtacacaattccttatgagatcagctaataagagaaaaatcaatctcagtgtag 21513957  T
Q  430 agtcatgtgcc-------atgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacaggat 522  Q
    |||||||||||       ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||||   |||||||||||||||  |||||| ||||||| |||    
T  21513958 agtcatgtgccaattgccatgttgcacctgaatccattatccaaatatcgttgagacttcttctacctttagaactagttattgcttcgctatacaagat 21514057  T
Q  523 ttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactcctt 615  Q
    ||| || |||||| |||| ||| |||  |||||||||||||||||| ||||  || | || ||||||| ||| ||  ||||||| ||||||||    
T  21514058 ttcaccatcatctaaggtgcttccaatgcatccttgagatgttgaaacttcaaaagtattttctccatccttgttattattccaccactcctt 21514150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 515; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 515; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 124 - 658
Target Start/End: Original strand, 5821892 - 5822426
Alignment:
Q  124 tcccagaagcatgtataaattacttgtgatcttttctgctttcatcaccacaagattgcctttcactactttcaagattccactttcagtgtggatctta 223  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5821892 tcccagaagcatgtatagattacttgtgatcttttctgctttcatcaccacaagattgcctttcactactttcaagattccactttcagtgtggatctta 5821991  T
Q  224 cacccgagatcatccaattgtccaacagacaataaattcttcttcaacccctttacatgacgcactccttgtatttttctaacagtaccatcatgcatct 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5821992 cacccgagatcatccaattgtccaacagacaataaattcttcttcaacccctttacatgacgcactccttgtatttttctaacagtaccatcatgcatct 5822091  T
Q  324 ttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatctcg 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5822092 ttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagaaaaaccaatctcg 5822191  T
Q  424 gtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacaggatt 523  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  5822192 gtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactggttgctgcttcgctatacaggatt 5822291  T
Q  524 tccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttacgt 623  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5822292 tccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcagaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttacgt 5822391  T
Q  624 gccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 658  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5822392 gccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 5822426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 451; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 124 - 658
Target Start/End: Original strand, 2815880 - 2816414
Alignment:
Q  124 tcccagaagcatgtataaattacttgtgatcttttctgctttcatcaccacaagattgcctttcactactttcaagattccactttcagtgtggatctta 223  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2815880 tcccagaagcatgtatagattacttgtgatcttttctgctttcatcaccacaagattgcttttcactactttaaagattccactttcagtgtggatctta 2815979  T
Q  224 cacccgagatcatccaattgtccaacagacaataaattcttcttcaacccctttacatgacgcactccttgtatttttctaacagtaccatcatgcatct 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  2815980 cacccgagatcatccaattgtccaacagacaataaattcttcttcaacccctttacatgacgcactccttgtatttttcaaacagtacaatcatgcatct 2816079  T
Q  324 ttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatctcg 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2816080 ttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatggtcatttcccatgtacactgatccttcagagataggctcataagagtaaaaccaatctca 2816179  T
Q  424 gtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacaggatt 523  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||    
T  2816180 gtgtggagtcatgtgccatattgcacctgaatccattatcaagacatcgttgagtcgtctttcacctttagaattggttgctgcttcactatacaagatt 2816279  T
Q  524 tccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttacgt 623  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2816280 ttcccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcaaaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttatgt 2816379  T
Q  624 gccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 658  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2816380 gctctttcatgccacaactgtagcatttgatattc 2816414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 125 - 658
Target Start/End: Complemental strand, 42586650 - 42586117
Alignment:
Q  125 cccagaagcatgtataaattacttgtgatcttttctgctttcatcaccacaagattgcctttcactactttcaagattccactttcagtgtggatcttac 224  Q
    |||| ||||||||||| |||  | |||| ||||||||||||||||||||| || || || || |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||| |    
T  42586650 cccacaagcatgtatagattgttagtgagcttttctgctttcatcaccacgaggtttccctttactacttttaagtttccaccttcagtgtggatcttgc 42586551  T
Q  225 acccgagatcatccaattgtccaacagacaataaattcttcttcaacccctttacatgacgcactccttgtatttttctaacagtaccatcatgcatctt 324  Q
    ||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||| || ||||||||||| | || |||| |||||||  ||||    
T  42586550 acccgaggtcatccaattgcccaatagacaataaattattcttcaagtcctttacgtgacgtaccccttgtattttgcgaatagtatcatcatgtgtctt 42586451  T
Q  325 taatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatctcgg 424  Q
    || | ||| |||||| |  ||| ||| |||||| |  |||||||| |||||| | |||||| |||| |||||||| ||||| | | ||||||||||   |    
T  42586450 tattttgacagtaccaatcccaacaacttctaaagtgtgatcattgcccatgaatacagattcttccgagataggttcataggtgcaaaaccaatccttg 42586351  T
Q  425 tgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtcttt-cgcctttagaactagttgctgcttcactatacaggatt 523  Q
     |||||||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||| |||| ||||| ||  ||| | |||||||||||| |||||||| | ||||||| ||||    
T  42586350 cgtggagtcatatgccatgtggcacctgagtccactatccagccatcattgag-cgcatttccacctttagaactaattgctgctccgctatacaagatt 42586252  T
Q  524 tccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttacgt 623  Q
    || || |||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||  |||||||| ||||| | ||| | |||||||||||| | || |  |    
T  42586251 tctccatcatctcaggtacttgctacacaaccttgagaggttgacgcttctgatgtcttctcttcattccttttgttgttccaacactcccttttcaaat 42586152  T
Q  624 gccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 658  Q
    ||||  |||| | ||||||||||||||||| ||||    
T  42586151 gcccgctcatacgacaaccgtagcatttgaaattc 42586117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 511; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 511; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 124 - 658
Target Start/End: Original strand, 9442709 - 9443243
Alignment:
Q  124 tcccagaagcatgtataaattacttgtgatcttttctgctttcatcaccacaagattgcctttcactactttcaagattccactttcagtgtggatctta 223  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9442709 tcccagaagcatgtatagattacttgtgatcttttctgctttcatcaccacaagattgcctttcactactttcaagattccactttcagtgtggatctta 9442808  T
Q  224 cacccgagatcatccaattgtccaacagacaataaattcttcttcaacccctttacatgacgcactccttgtatttttctaacagtaccatcatgcatct 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9442809 cacccgagatcatccaattgtccaacagacaataaattcttcttcaacccctttacatgacgcactccttgtatttttcgaacagtaccatcatgcatct 9442908  T
Q  324 ttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatctcg 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9442909 ttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatggtcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagaaaaaccaatctcg 9443008  T
Q  424 gtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacaggatt 523  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9443009 gtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactggttgctgcttcactatacaggatt 9443108  T
Q  524 tccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttacgt 623  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9443109 tccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcagaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttacgt 9443208  T
Q  624 gccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 658  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9443209 gccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 9443243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 125 - 658
Target Start/End: Original strand, 24597106 - 24597639
Alignment:
Q  125 cccagaagcatgtataaattacttgtgatcttttctgctttcatcaccacaagattgcctttcactactttcaagattccactttcagtgtggatcttac 224  Q
    |||| ||||||||||| |||  |||||| ||||| ||||||||||||||| || || || || |||||||| ||| |||||| ||||||||| ||||| |    
T  24597106 cccacaagcatgtatagattgtttgtgagcttttttgctttcatcaccacgaggtttccctttactacttttaagtttccaccttcagtgtgaatcttgc 24597205  T
Q  225 acccgagatcatccaattgtccaacagacaataaattcttcttcaacccctttacatgacgcactccttgtatttttctaacagtaccatcatgcatctt 324  Q
    ||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| || ||||||||||| | || ||||||||||||  ||||    
T  24597206 acccgaggtcatccaattgcccaatagacaataaattcttcttcaagtcctttacgtgacgtaccccttgtattttgcgaatagtaccatcatgtgtctt 24597305  T
Q  325 taatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatctcgg 424  Q
    || | ||| |||||| |  ||| ||| |||||| |  |||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||| |||||   | ||||||||||   |    
T  24597306 tattttgacagtaccaatcccaacaacttctaaagtgtgatcattgcccatgaatacagatccttccgagataggttcatagctgcaaaaccaatccttg 24597405  T
Q  425 tgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtcttt-cgcctttagaactagttgctgcttcactatacaggatt 523  Q
     |||||||||| | |||||| |||||||| |||| ||||||  |||| ||||| ||  ||| | ||||||| |||| ||| |||| | ||||||| ||||    
T  24597406 cgtggagtcatattccatgtggcacctgagtccactatccaaccatcattgag-cgcatttccacctttagtactaattgatgctccgctatacaagatt 24597504  T
Q  524 tccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttacgt 623  Q
    || || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||  |||||||| ||||| | ||| | |||||||||||| | || |  |    
T  24597505 tctccatcatctgaggtacttgctacacaaccttgagaggttgacgcttctgatgtcttctcttcattccttttgttgttccaacactcccttttcaaat 24597604  T
Q  624 gccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 658  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  24597605 gccctctcataccacaaccgtagcatttgaaattc 24597639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 511; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 511; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 124 - 658
Target Start/End: Original strand, 27877326 - 27877860
Alignment:
Q  124 tcccagaagcatgtataaattacttgtgatcttttctgctttcatcaccacaagattgcctttcactactttcaagattccactttcagtgtggatctta 223  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27877326 tcccagaagcatgtatagattacttgtgatcttttctgctttcatcaccacaagattgcctttcactactttcaagattccactttcagtgtggatctta 27877425  T
Q  224 cacccgagatcatccaattgtccaacagacaataaattcttcttcaacccctttacatgacgcactccttgtatttttctaacagtaccatcatgcatct 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27877426 cacccgagatcatccaattgtccaacagacaataaattcttcttcaacccctttacatgacgcactccttgtatttttcgaacagtaccatcatgcatct 27877525  T
Q  324 ttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatctcg 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27877526 ttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatggtcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagaaaaaccaatctcg 27877625  T
Q  424 gtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacaggatt 523  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27877626 gtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactggttgctgcttcactatacaggatt 27877725  T
Q  524 tccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttacgt 623  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27877726 tccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcagaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttacgt 27877825  T
Q  624 gccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 658  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27877826 gccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 27877860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 512 - 592
Target Start/End: Original strand, 8479998 - 8480078
Alignment:
Q  512 ctatacaggatttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattc 592  Q
    ||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||  ||||||||||||||    
T  8479998 ctatacaagatttctccatcatctgaggtacttgcaacacaaccttgagaggttgatgcttctgatgtcttctctccattc 8480078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 629 - 658
Target Start/End: Complemental strand, 30968566 - 30968537
Alignment:
Q  629 ttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 658  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30968566 ttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 30968537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 507; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 507; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 124 - 658
Target Start/End: Complemental strand, 41720110 - 41719576
Alignment:
Q  124 tcccagaagcatgtataaattacttgtgatcttttctgctttcatcaccacaagattgcctttcactactttcaagattccactttcagtgtggatctta 223  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41720110 tcccagaagcatgtatagattacttgtgatcttttctgctttcatcaccacaagattgcctttcactactttcaagattccactttcagtgtggatctta 41720011  T
Q  224 cacccgagatcatccaattgtccaacagacaataaattcttcttcaacccctttacatgacgcactccttgtatttttctaacagtaccatcatgcatct 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41720010 cacccgagatcatccaattgtccaacagacaataaattcttcttcaacccctttacatgacgcactccttgtatttttctaacagtaccatcatgcatct 41719911  T
Q  324 ttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatctcg 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  41719910 ttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagaaaaaccaatctcg 41719811  T
Q  424 gtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacaggatt 523  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||    
T  41719810 gtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactggttgctgcctcgctatacaggatt 41719711  T
Q  524 tccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttacgt 623  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41719710 tccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcagaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttacgt 41719611  T
Q  624 gccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 658  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  41719610 gccctttcatgccacaaccgtagcatttaatattc 41719576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 473; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 128 - 658
Target Start/End: Complemental strand, 34353706 - 34353179
Alignment:
Q  128 agaagcatgtataaattacttgtgatcttttctgctttcatcaccacaagattgcctttcactactttcaagattccactttcagtgtggatcttacacc 227  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34353706 agaagcatgtatagattacttgtgatcttttctgcttttatcaccacaagattgcctttcactactttcaagattccactttcagtgtggatcttacacc 34353607  T
Q  228 cgagatcatccaattgtccaacagacaataaattcttcttcaacccctttacatgacgcactccttgtatttttctaacagtaccatcatgcatctttaa 327  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34353606 cgagatcatccaattgtccaacagacaataaattcttcttcaacccctttacatgacgcactccttgtatttttctaagagtaccatcatgcatctttaa 34353507  T
Q  328 tctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatctcggtgt 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  34353506 tctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagaaaaaccaatctcggtgt 34353407  T
Q  428 ggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacaggatttccc 527  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| || ||||||||||||||||    
T  34353406 ggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactggttgttgcctcgctatacaggatttccc 34353307  T
Q  528 cgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttacgtgccc 627  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||    
T  34353306 cgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcaaaattcttctctccattcttcttgatattccaacactc---ctttacgtgccc 34353210  T
Q  628 tttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 658  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34353209 tttcatgccacaaccgtaacatttgatattc 34353179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 408 - 612
Target Start/End: Original strand, 31502110 - 31502314
Alignment:
Q  408 agtaaaaccaatctcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgc 507  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||| | ||||  |||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||    
T  31502110 agtaaaaccaatcttggtatggagtcatgttcgatgtcacacctgaatctattgtccatacatcgttgagtcgtctctcgcctttataactagttgttgc 31502209  T
Q  508 ttcactatacaggatttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaa 607  Q
    ||   |||    ||||||    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  || ||||||||||||| || ||   |||||||    
T  31502210 tttgatatcattgatttcattatcatctgaggtacttgcaacacatccttcagatgttaaagcttcaaaactcttctctccatttttattatcattccaa 31502309  T
Q  608 cactc 612  Q
    |||||    
T  31502310 cactc 31502314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 97 - 126
Target Start/End: Original strand, 10138870 - 10138899
Alignment:
Q  97 actcctttggggcctcaatatttcccttcc 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10138870 actcctttggggcctcaatatttcccttcc 10138899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 495; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 495; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 124 - 658
Target Start/End: Complemental strand, 827179 - 826645
Alignment:
Q  124 tcccagaagcatgtataaattacttgtgatcttttctgctttcatcaccacaagattgcctttcactactttcaagattccactttcagtgtggatctta 223  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  827179 tcccagaagcatgtatagattacttgtgatcttttctgctttcatcaccacaagattacctttcactactttcaagattccactttcagtgtggatctta 827080  T
Q  224 cacccgagatcatccaattgtccaacagacaataaattcttcttcaacccctttacatgacgcactccttgtatttttctaacagtaccatcatgcatct 323  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  827079 cacccgaggtcatccaattgtccaacagacaataaattcttcttcaacccctttacatgacgcactccttgtatttttctaacagtaccatcatgcatct 826980  T
Q  324 ttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatctcg 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  826979 ttaatctgatagtaccgactccagcaatttctaatgcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagaaaaaccaatctcg 826880  T
Q  424 gtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacaggatt 523  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  826879 gtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactggttgctgcttcgctatacaggatt 826780  T
Q  524 tccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttacgt 623  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  826779 tccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcagaattcttctctccattcttcttgatattccaacattccttctttacgt 826680  T
Q  624 gccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 658  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  826679 gccctttcatgccacaaccgtagcatttaatattc 826645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 256 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 15604237 - 15603853
Alignment:
Q  256 taaattcttcttcaacccctttacatgacgcactccttgtatttttctaacagtaccatcatgcatctttaatctgatagtaccgactccagcaatttct 355  Q
    ||||||||| ||| ||| |||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||    
T  15604237 taaattctttttcgacctctttacatgatgtactccttgtatttttcaaacagtatcatcatgaatctttaatctgatagtacctacttcagaaatttct 15604138  T
Q  356 aaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatctcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaat 455  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||||    
T  15604137 aaggcatgatcattttccatgtacactaatccttctgagatgggttcataagagtaaacccaatctcggtgcagagtcgtgtgccatgttacacctgaat 15604038  T
Q  456 ccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacaggatttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatcc 555  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |   |||| || |||||| |||||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15604037 ccattatccagacatcgttgagtcgtgttccaaatttataaatagttgttgcttcgctatacaagattcccccatcatctgaggtacttgcaacacatcc 15603938  T
Q  556 ttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttacgtgccctttcatgccacaa 640  Q
    ||||||||||||||||||  || | |||||||||||||| ||  ||||||| ||| ||||||||| ||||||| |||| ||||||    
T  15603937 ttgagatgttgaagcttcataagtgttctctccattctttttattattccagcacaccttctttaagtgccctctcattccacaa 15603853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 365 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 15603691 - 15603424
Alignment:
Q  365 tcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatctcggtgtggagtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatcc 464  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| || ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||| |||||| ||| ||| |||||||| |    
T  15603691 tcatttcccatgtccactgatcctactaagataggttcataagagtaaaacaaatctcggtgcggattcaagtgtcatgttacacttga-tccattattc 15603593  T
Q  465 agacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacaggatttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgt 564  Q
    ||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||| |||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||| || || | | ||||||    
T  15603592 agacatcgttgagccgtcttccgcatttagaactagttgatgcttcgctatatagcatttccccgtcatatgaggtacttgcagcaaataccttagatgt 15603493  T
Q  565 tgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttacgtgccctttcat 633  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||| ||   ||||||| |||| ||||||| ||| ||| ||||    
T  15603492 tgaagcttcagaagtcttctctccattctttttatgattccaatactcattctttaagtgtcctctcat 15603424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 148 - 418
Target Start/End: Original strand, 13842485 - 13842755
Alignment:
Q  148 tgtgatcttttctgctttcatcaccacaagattgcctttcactactttcaagattccactttcagtgtggatcttacacccgagatcatccaattgtcca 247  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |||| ||||| |||||||||    
T  13842485 tgtgatcttttttgctttcatcaccagaagatttcctttcactactttcaagatgccactttcagtgtggatcacacactcgaggtcatctaattgtcca 13842584  T
Q  248 acagacaataaattcttcttcaacccctttacatgacgcactccttgtatttttctaacagtaccatcatgcatctttaatctgatagtaccgactccag 347  Q
    | ||| ||| ||| ||| || |  || |||||||| || ||  ||| ||||||   |||| || |||| |||||||||||| |||||||||||||||||     
T  13842585 atagaaaatgaatcctttttaactccttttacatgtcgtaccacttttattttatgaacaatatcatcttgcatctttaatatgatagtaccgactccaa 13842684  T
Q  348 caatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaa 418  Q
    |||||||||| ||||  | |||||||||| |||   |||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  13842685 caatttctaaagcattgtaatttcccatgcacaatcatccttttcagataggctcataagagtaaaaccaa 13842755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 475 - 658
Target Start/End: Original strand, 13842766 - 13842949
Alignment:
Q  475 gagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacaggatttccccgtcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcg 574  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||   |||| | |||||  || ||||   || ||||| |||||||||||| ||||||||||||| |     
T  13842766 gagttgtctttcgcctttataactagttgttgctttgttatatatgattttaccatcattcaagatactttcaacacatccttaagatgttgaagctgca 13842865  T
Q  575 gaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttacgtgccctttcatgccacaaccgtagcatttgatattc 658  Q
    ||| |||||| ||  ||||||||  |||||||||||||  |||||| ||||||| |||  ||| ||  ||||||||||| ||||    
T  13842866 gaagtcttctatcagttcttcttattattccaacactcagtctttaagtgccctctcagaccataattgtagcatttgagattc 13842949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 365; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 130 - 658
Target Start/End: Original strand, 8137082 - 8137610
Alignment:
Q  130 aagcatgtataaattacttgtgatcttttctgctttcatcaccacaagattgcctttcactactttcaagattccactttcagtgtggatcttacacccg 229  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8137082 aagcatgtatagattacttgtgatattttcttctttcatcaccacaagattgcatttcactactttcaagattccactttcagtgtggatcttacacccg 8137181  T
Q  230 agatcatccaattgtccaacagacaataaattcttcttcaacccctttacatgacgcactccttgtatttttctaacagtaccatcatgcatctttaatc 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  8137182 agatcatccaattgtccaacagacaataaattcttcttcaacccatttagatgatgtactccttgtatttttcgaacagtaccatcatgcatctttaatc 8137281  T
Q  330 tgatagtaccgactccagcaatttctaaggcatgatcatttcccatgtacacagatccttctgagataggctcataagagtaaaaccaatctcggtgtgg 429  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8137282 tgatagtaccgacttcagcaatttctaaggcatggtcatttcctatgtacattgatccttctgaaataggctcataagagtaaaaccaatctcgatgtgg 8137381  T
Q  430 agtcatgtgccatgttgcacctgaatccattatccagacatcgttgagtcgtctttcgcctttagaactagttgctgcttcactatacaggatttccccg 529  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| |||| |||| ||||| |||||||    
T  8137382 agtcatatgccatgttgcacctgaatcctttatctagacatcgttgagtcatctttcgactttagaactagtcgcttcttcgctatgcaggagttccccg 8137481  T
Q  530 tcatctgaggtacttgcaacacatccttgagatgttgaagcttcggaattcttctctccattcttcttgatattccaacactccttctttacgtgccctt 629  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || |||||||||||||||||||  |||||||| |||| ||||||| ||| |||     
T  8137482 tcatctgagatacttgcaacacatccttgagatattgaagcttcataagtcttctctccattcttcttattattccaagactcattctttaagtgacctc 8137581  T
Q  630 tcatgccacaaccgtagcatttgatattc 658  Q
    |||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  8137582 tcatgccacaattgtagcatttgagattc 8137610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University